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Previous issue date: 2007 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Agência Internacional de Energia Atômica (IAEA) / Nós identificamos em T. cruzi uma nova família de retroelementos sítioespecífico
chamada TcTREZO (Trypanosoma cruzi Tandem Repetitive Element ZO). O
elemento TcTREZO é uma repetição de natureza composta sendo constituído por
seqüências presentes em outras localidades do genoma não associadas ao elemento.
Análise da distribuição do TcTREZO no genoma indica claramente que o elemento está
inserido em sítios específicos do genoma. A maioria dos elementos TcTREZO é
flanqueada por seqüências conservadas. A região 5´ do elemento é flanqueada por uma
seqüência conservada de 68-pb e a região 3´ por um domínio de aproximadamente 500
pb cujas extremidades não são muito bem definidas.
Análises de hibridação em “northern blot” e amplificação por RT-PCR indicam
a presença de transcritos TcTREZO poliadenilados cujo tamanho (1,6 kb) corresponde
ao tamanho do elemento completo. Também foram detectados transcritos de ~ 0,2 kb
derivados de uma pequena região do elemento TcTREZO.
O número de cópias do elemento foi estimado como sendo de ~ 1800 cópias por
genoma haplóide. TcTREZO parece ter sido formado por inserção de seqüências em um
elemento progenitor. Uma vez associadas entre si, essas foram amplificadas com
sucesso gerando um novo elemento que representa ~ 5 % do genoma de T. cruzi.
TcTREZO poderia ter sido originado por um único evento de inserção após o qual o
aumento do número de cópias teria ocorrido por “crossing-over” desigual ou conversão
gênica.
O fato de TcTREZO ser encontrado apenas em T. cruzi sugere que ele possa ter
tido algum papel na especiação deste parasita por amplificação e distribuição no
genoma. TcTREZO insere-se em sítios específicos, sugerindo que uma endonuclease
específica pode ser a responsável por sua inserção em sítios únicos do genoma. / A new family of site-specific retroelements identified in Trypanosoma cruzi,
which we named TcTREZO, is described here. TcTREZO appears to be a composite
repeated element, since three subregions may be defined within it on the basis of
sequence similarities with other T. cruzi sequences. Analysis of the distribution of
TcTREZO in the genome clearly indicates that it displays site specificity for insertion.
Most TcTREZO elements are flanked by conserved sequences. There is a highly
conserved 68-bp sequence at the 5’ end of the element and a sequence domain of ~500
bp without a well-defined borderline at the 3’ end.
Northern blot hybridization and RT-PCR analyses showed that TcTREZO
transcripts are expressed as oligo (A)-terminated transcripts whose length corresponds
to the unit size of the element (1.6 kb). Transcripts of ~0.2 kb derived from a small part
of TcTREZO are also detected in steady-state RNA.
The copy number of TcTREZO sequences was estimated to be ~ 1800 copies per
haploid genome. TcTREZO appears to have been assembled by insertions of sequences
into a progenitor element. Once associated with each other, these subunits were
amplified as a new transposable element with such remarkable success that TcTREZO
comprises ~ 5 % of the T. cruzi genome. TcTREZO could presumably have originated
from a single insertion event after which its copy number increased, possibly through
unequal sister-chromatid exchange or gene conversion.
As it is only present in T. cruzi, TcTREZO could have played a role in the
speciation of this parasite by amplification and genome-wide dispersion. TcTREZO
shows site specificity for insertion, suggesting that a sequence-specific endonuclease
could be responsible for its insertion at a unique site.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.unifesp.br:11600/39421 |
| Date | January 2007 |
| Creators | Souza, Renata Torres [UNIFESP] |
| Contributors | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), Silveira, Jose Franco da [UNIFESP] |
| Publisher | Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Format | 149 f. |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UNIFESP, instname:Universidade Federal de São Paulo, instacron:UNIFESP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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