This thesis addresses the challenge of denoising microscopy images captured under low-light conditionswith varying intensity levels. The study compares three deep learning models — N2V, CARE, andRCAN — against the collaborative filter BM4D, which serves as a reference point. The models weretrained on two distinct datasets: Endoplasmic Reticulum and Mitochondria datasets, both acquired witha lattice light-sheet microscope.Results show that BM4D maintains stable performance metrics and delivers superior visual quality,when compared to the noisy input. In contrast, the deep learning models exhibit poor performance onnoisy test images when trained on datasets with non-uniform noise levels. Additionally, a sensitivitycomparison of neural parameter between the same models was made. Revealing that supervised modelsare data-specific to some extent, whereas the self-supervised N2V demonstrates consistent neuralparameters, suggesting lower data specificity. / Denna uppsats tar upp problemet med att reducera brus i mikroskopibilder tagna under svagaljusförhållanden med varierande intensitetsnivåer. Studien jämför tre djupinlärningsmodeller – N2V,CARE och RCAN – mot det kollaborativa filtret BM4D, vilket agerar som en referenspunkt.Modellerna tränades på två olika dataset: Endoplasmic Reticulum och Mitochondria, båda tagna meden selektiv planbelysningsmikroskop (lattice light-sheet microscope).Resultaten visar att BM4D behåller stabila prestationsmått och levererar bättre visuell kvalitet, jämförtmed den brusiga input. Däremot visar djupinlärningsmodellerna bristande prestanda på brusigatestbilder när de tränats på data med icke-enhetliga brusnivåer. Dessutom gjordes enkänslighetsjämförelse av neurala parametrar mellan samma modeller. Detta visade att de övervakademodellerna är specifika för data i viss utsträckning, medan den självövervakade N2V-modellen visarlika neurala parametrar, vilket tyder på lägre dataspecificitet
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-348386 |
| Date | January 2024 |
| Creators | Kamoun, Sami |
| Publisher | KTH, Tillämpad fysik |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-SCI-GRU ; 2024:115 |
Page generated in 0.0023 seconds