Transposable elements (TEs) are segments of DNA that have the ability to move up and replicate themselves within the genome. The retrotransposon copia belongs to the superfamily copia and was first sequenced in D. melanogaster. We used in part of this work, which corresponded to a populational analysis of element
copia in the genomes of species of the group willistoni, the portion of 5'LTR-URL for its importance as a regulatory sequence that can give us relevant phylogenetic
information. Data in silico were added to the work which sought in the twelve genomes of Drosophila available the complete sequence of the element copia and the sequence of LTRs that surround the element. The wide distribution of element copia in the genus Drosophila suggests the occurrence of several cases of horizontal transfer, one of them between D. melanogaster and D. willistoni. To investigate this case we amplify by PCR the region 5'LTR-URL of two strains of D. willistoni, which showed a 95 to 98% similarity with the element copia, but the same homology was not detected in the search made by Southern blot. Some assumptions can be considered to explain these results: the copia polymorphism in the host genome, a
small number of copies in a few individuals of the population or the sequence of the copia element could be in a vector. But the data are still inconclusive. The results of the searches showed a wide distribution of element copia in the genome, despite uneven, and some inconsistencies were found related to the phylogenetic analysis of the host species. Of the species examined, only three of subgenus Sophophora and two of subgenus Drosophila did not show sequences related to copia element. / Elementos transponíveis (TEs) são segmentos de DNA que têm a capacidade de mover-se e replicar-se dentro dos genomas. O retrotransposon copia pertence à
superfamília copia e foi primeiramente seqüenciado em D. melanogaster. Abordamos em parte deste trabalho uma busca por seqüências relacionadas ao elemento copia nos genomas de diversas linhagens de espécies do grupo willistoni.
A região estudada corresponde a porção da 5 LTR-URL, escolhida pela sua importância como seqüência regulatória e que pode nos fornecer informações filogenéticas relevantes. Dados in silico foram adicionados ao trabalho onde
buscamos nos doze genomas de Drosophila disponíveis a seqüência completa de copia e a seqüência das LTRs que flanqueiam o elemento. A ampla distribuição do elemento copia no gênero Drosophila sugere indícios da ocorrência de vários casos de transferência horizontal, um deles entre D. melanogaster e D. willistoni. Para investigarmos esse caso amplificamos por PCR a região 5 LTR-URL de duas linhagens de D. willistoni, que apresentaram de 95 a 98% de similaridade com o elemento copia, porém a mesma homologia não foi detectada em rastreamentos por Southern Blot. Algumas hipóteses podem ser levadas em consideração para
explicarmos tais resultados: o polimorfismo de copia nos genomas hospedeiros, pequeno número de cópias em poucos indivíduos da população ou a seqüência do elemento copia estar em um vetor. No momento não podemos excluir nenhuma
dessas hipóteses. Os resultados das buscas nos genomas seqüenciados mostraram uma ampla distribuição do elemento copia, porém desigual, e algumas incongruências foram encontradas com relação à análise filogenética das espécies
hospedeiras. Das espécies analisada em somente três do subgênero Sophophora e duas do subgênero Drosophila não foram encontradas seqüências relacionadas a copia.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufsm.br:1/5250 |
| Date | 30 April 2008 |
| Creators | Rubin, Paloma Menezes |
| Contributors | Gaiesky, Vera Lúcia da Silva Valente, Torres, Fabiano Pimentel |
| Publisher | Universidade Federal de Santa Maria, Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade Animal, UFSM, BR, Ciências Biológicas |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSM, instname:Universidade Federal de Santa Maria, instacron:UFSM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 200100000000, 400, 300, 300, 300, 89006d85-3dff-4c23-8962-0529c7242553, 0b32e159-9924-4153-995b-8fc88a54e828, fc11e251-737c-4169-a9b5-8c7b5eaa3d7f |
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