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Previous issue date: 2015-06-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Handroanthus impetiginosus, known as ipê roxo, is a species present in several Brazilian biomes, with ecological and economic importance. The species has suffered strong exploration thanks to the quality of its wood. Despite of its ecological importance, economic value and medicinal potential, there is virtually no genomic study published with this species. This work aimed to take advantage of the large sequencing capacity of next generation platforms to generate, assemble and functional annotate the sequences of the entire transcriptome of H. impetiginosus. Seeds were collected from two trees on the Campus II of the Universidade Federal de Goiás. The seeds were germinated, their aerial tissues collected and the RNA extracted and sent to the University of Illinois to be sequenced on the HiSeq 2500 platform (Illumina). A total of 148,359,530 sequencing reads were generated. The adapters and low-quality sequences were removed. Contaminating sequences were detected and eliminated, and the remaining sequences were normalized. Sequences were then assembled, annotated and polymorphisms were detected. A total of 190,885 scaffolds were assembled from 23,002 genes. Mimulus guttatus was the species with the most Blast best hit against the sequences of H. impetiginosus. Of all the Gene Ontology (GO) annotated sequences, the majority had categories for Biological Process (50.94%), followed by Cellular Component (28.34%) and Molecular Function (20.72%). The most frequent GO categories related to Biological Process were metabolic and cellular processes, while in Cell Components the most frequent were cell and organelles. Catalytic activity and binding of ions and molecules were the most frequent annotated categories of Molecular Function. As the sequences were generated from a pool of RNA from four plants, 25,169 InDels and 278,121 SNPs were identified. As expected, InDels are depleted in coding regions (CDS) when compared to SNPs. These results will be important for future studies with an interest in gene expression of the species. Furthermore, the possible SNPs identified can facilitate genetic studies and genomic H. impetiginosus populations. / Handroanthus impetiginosus, conhecida como ipê-roxo, é uma espécie presente em vários biomas brasileiros, tendo importância ecológica e econômica. O ipê-roxo vem sofrendo forte exploração graças à qualidade de sua madeira. Apesar de sua importância ecológica, seu valor econômico e de seu potencial medicinal, inexistem estudos genômicos publicados com esta espécie. Assim, este trabalho teve como objetivo principal aproveitar a grande capacidade de sequenciamento das plataformas de nova geração para gerar, montar e fazer anotação funcional da sequência do transcritoma de Handroanthus impetiginosus. Foram coletadas sementes de duas árvores matrizes de H. impetiginosus dispersas pelo Campus II da Universidade Federal de Goiás. As sementes foram germinadas, seus tecidos aéreos coletados e o RNA foi extraído e enviado à Universidade de Illinois para ser sequenciado na plataforma HiSeq 2500 da Illumina. Foi gerado um total de 148.359.530 sequências. Os adaptadores e as sequências de baixa qualidade foram removidos. Em seguida, possíveis sequências contaminantes foram detectadas e eliminadas, e as sequências restantes foram normalizadas. Ao final da normalização, as sequências foram montadas, anotadas e os polimorfismos detectados. Foram montados 190.885 transcritos (scaffolds), totalizando 23.002 genes. Mimulus guttatus, popularmente conhecida como flor de macaco, foi a espécie com maior número de sequências mais similares às de Handroanthus impetiginosus. De todas as sequências anotadas com categorias GO (Gene Ontology) a maioria teve anotações para Processo Biológico (50.94%), seguido de Componente Celular (28.34%) e Função Molecular (20.72%). As sequências mais frequentes relacionadas à Processo biológico estão ligadas a processos metabólicos e celulares, em Componentes Celulares as sequências mais frequentes estão ligadas a célula e a organelas. Já em Função Molecular as sequências mais frequentes estão relacionadas a atividade catalítica e ligação de íons e moléculas. Como as sequências foram geradas a partir de amostras de RNA de quatro plantas, 25.169 InDels e 278.121 SNPs foram identificados. Como esperado, os InDels são significativamente mais deplecionados em regiões codantes (CDS) que os SNPs.Estes resultados serão importantes para futuros estudos com interesse na expressão gênica da espécie. Além disso, os possíveis SNPs identificados poderão facilitar estudos de genética e genômica de populações para H. impetiginosus.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/5519 |
| Date | 29 June 2015 |
| Creators | Fernandes, Lanusse Andrade |
| Contributors | Novaes, Evandro |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Genetica e Biologia Molecular, UFG, Brasil, Instituto de Ciências Biológicas - ICB (RG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -7235106986317239737, 600, 600, 600, 600, -3872772117827373404, -5518144268585252051, 2075167498588264571 |
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