• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 781
  • 6
  • Tagged with
  • 787
  • 787
  • 787
  • 454
  • 204
  • 170
  • 95
  • 70
  • 67
  • 55
  • 51
  • 50
  • 48
  • 42
  • 42
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
1

Identificação e caracterização de genes e seus produtos protéicos do sistema olfatório e morfologia de antena da abelha sem ferrão Melipona scutellaris (Apidae: Meliponini)

Carvalho, Washington João de 31 July 2014 (has links)
Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The main role of bees in nature is pollination of angiosperms, because of it bees are responsible for biological diversity maintenance and food production as well. Brazilian stingless bees (Meliponini) pollinate 40-90% of native trees and are found worldwide, wherein Brazil is the main representative of these bees. The Melipona scutellaris species (popularly known as the uruçu do nordeste ) is distributed geographically from Bahia to Rio Grande do Norte State, in the Zona da Mata region. The understanding of caste differentiation in Melipona scutellaris is extremely important for conservation and management of this bee. In 1950, Kerr proposed the model two genes/two-locus to explain the caste differentiation in Melipona; when well fed double heterozygous larvae develop into queens and underfed larvae or homozygous for these genes become workers, as a result of low production of Juvenile Hormone. Antennae is the main organ of bee olfactory system playing an important role in mantaining of colony social organization and in the performance of caste and sexes as well. The antennae houses a great diversity of sensilla, which are very important to bee chemical communication as receptors of compounds in the air such as pheromones, leading to typical behavioral responses of individuals, species, genera or families. The second chapter we show the results from scanning electron microscopy which demonstrates a heterogeneous distribution pattern of sensilla along the antenna. The main types of sensillum found in the antennae of M. scutellaris were: trichodea, basiconica, placodea, coeloconica, ampullacea and campaniformia. The most abundant sensilla found were trichodea and placoid in both castes and sexes. The ampullacea and coeloconica sensilla were found only in the distal flagellomeres of females and campiniformes and basiconica sensilla were not found in the analyzed antennae male. Larvae pre-defecant showed structures that are morphologically similar to sensilla. These structures has pores at its base and were found in many parts of the head area, which may represent an important gateway of volatile compounds from the larval food. xvii These compounds, possibly can activate genes involved in caste differentiation of Melipona scutellaris. The third chapter introduces the detection, cloning and sequencing of transcripts of the MscuCSP2, MscuCSP6, MscuOBP4 and MscuOBP8 genes from Melipona scutellaris larvae. We detected the MscuOBP8 protein in the L2, L3 (1-3), LPD LD larval stages of development using a monoclonal antibody selected by phage display. The 3D structure of the MscuOBP8 protein showed an internal cavity composed of hydrophobic amino acids confirming its binding function to hydrophobic compounds such as volatile substances. According to our data, the morphology of the head and especially adult antenna of the pre-defecating larvae (stage responsive to the action of juvenile hormone) and also the caracterization of genes and proteins of olfactory system in larvae of Melipona scutellaris can be correlated with caste differentiation mechanism in Melipona scutellaris proposed by Kerr. / O principal papel das abelhas na natureza é a polinização de angiospermas, com papel fundamental na manutenção da diversidade biológica, bem como na produção de alimentos de modo geral. As abelhas brasileiras sem ferrão (Meliponini), polinizam de 40 a 90% das árvores nativas e estão presentes em todo o mundo, sendo o Brasil o principal representante dessas abelhas. A espécie Melipona scutellaris (popularmente conhecida como uruçu do Nordeste) está distribuída na região da Zona da Mata, ocorrendo desde a Bahia até o Rio Grande do Norte. O entendimento sobre a diferenciação de castas em Melipona scutellaris é um aspecto extremamente importante para a conservação e manejo dessa abelha, principalmente no Brasil. Em 1950, Kerr propôs um modelo, para explicar a diferenciação de casta em Melipona, de dois genes/dois lócus, de modo que larvas duplo heterozigotas, quando bem alimentadas, desenvolvem-se em rainhas e larvas mal alimentadas ou homozigotas para esses genes, tornam-se operárias, em consequência de baixa produção de Hormônio Juvenil. Para a organização social da colônia e desempenho adequado dos papéis das castas e sexos, as abelhas apresentam um elaborado sistema olfatório, do qual a antena é o principal órgão sensorial, abrigando grande diversidade de sensilas. As sensilas têm papel na comunicação química intra e interespecífica, atuando como receptores de compostos químicos no ar, como os feromônios, levando à respostas comportamentais característico de indivíduos, espécies, famílias ou gêneros. No segundo capítulo apresentamos, de acordo com as imagens de microscopia de eletrônica de varredura, um padrão heterogêneo de distribuição das sensilas ao longo da antena. Os principais tipos de sensilas identificados nas antenas de M. scutellaris foram: tricóide, basicônica, placóide, celocônica, ampulácea e campiniforme, sendo que as sensilas tricóides e placóides foram as mais abundantes em todas as castas e sexo. As sensilas ampulácea e celocônica foram encontradas apenas nos flagelômeros distais das fêmeas e xv campiniformes e basicônicas não foram encontradas nas antenas de macho analisadas. As larvas LPD apresentaram estruturas morfologicamente semelhantes à sensilas, com poros em sua base, em diversas regiões da área analisada, que podem representar uma importante porta de entrada de compostos voláteis presentes no alimento larval que possam ativar genes envolvidos na diferenciação de castas de Melipona scutellaris. No terceiro capítulo, nós detectamos transcritos, clonamos e sequenciamentos os genes MscuCSP2, MscuCSP6, MscuOBP4 e MscuOBP8 em larvas de M. scutellaris. Selecionamos um anticorpo monoclonal por phage display que nos permitiu detectar a proteína MscuOBP8 nos estágios L2, L3 (1- 3), LPD e LD do desenvolvimento larval. A estrutura 3D da proteína MscuOBP8 apresentou cavidade interna composta por aminoácidos hidrofóbicos corroborando com sua função carreadora de compostos hidrofóbicos tais como, substâncias voláteis. Neste contexto, este trabalho apresenta a morfologia da antena de adultos e, principalmente, da porção anterior de larva do estágio pré-defecante do desenvolvimento (sensível à ação do hormônio juvenil) e também a caracterização de genes e proteínas do sistema olfatório em larva de Melipona scutellaris a fim de correlacioná-los com o mecanismo de diferenciação de castas em Melipona scutellaris proposto por Kerr. / Doutor em Genética e Bioquímica
2

Diversidade e estrutura genética de Pilosocereus jauruensis : uma cactácea restrita aos enclaves de vegetação xérica no entorno do bioma Pantanal

Godoy, Mariana Ortiz de 08 September 2014 (has links)
Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-10-07T13:45:39Z No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:35:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:35:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-20T19:35:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) Previous issue date: 2014-09-08 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Studies focusing on genetic diversity and population structure of naturally fragmented taxa are of conservation concern. Such fragmented populations are more subject to endogamy and genetic diversity erosion due to the pronounced effects of isolation and genetic drift. Pilosocereus jauruensis is a columnar cactus species restricted to patches of xeric vegetation on rock outcrops occurring around the Pantanal biome in southwestern South America. This species has been recently resurrected from synonymy with P. machriisi in the P. AURISETUS species group, and three taxa (P. paraguayensis, P. saudadensis e P. densivillosus) are synonymized with P. jauruensis in the current taxonomy. The present study aims to investigate the genetic population structure of P. jauruensis and identify possible distinct population segments within this species. We used data from four SSR markers in 157 individuals of six P. jauruensis populations and 49 individuals of two populations of P. vilaboensis, a related species occurring close to P. jauruensis populations in central Brazil. Furthermore, nucleotide variation in two plastid intergenic spacers (trnSGCU-trnGUCC and trnT-trnL) was investigated in four to five samples of each population. The indices FST e G”ST for SSR data in P. jauruensis was 0.201 and 0.559 respectively, revealing high levels of genetic differentiation among populations. Three haplotypes (Hd 0.663) of P. jauruensis with six polymorphic sites were found in the cpDNA. NJ dendograms showed similar relationships using SSR and cpDNA markers. Two populations, occurring in the same geographic region of the invalid taxa P. saudadensis were highly differentiated from other P. jauruensis populations. The cpDNA haplotype found in the northernmost P. jauruensis population was closely related with P. vilaboensis haplotypes. Also, two populations, occurring in the same geographic region of the invalid taxa P. densivillosus were highly differentiated from other P. jauruensis populations. These results were incongruent with the current taxonomic circumscription of P. jauruensis and suggest the presence of distinct taxa within this species. / Os estudos sobre a diversidade genética e estrutura populacional de espécies naturalmente fragmentada são de grande interesse para a conservação. Essas populações fragmentadas estão mais sujeitas a endogamia e perda da diversidade genética devido aos efeitos pronunciados de isolamento e deriva genética. Pilosocereus jauruensis é uma espécie de cacto colunar restrita a manchas de vegetação seca sobre afloramentos rochosos que ocorrem em torno do bioma Pantanal, no sudoeste da América do Sul. Esta espécie foi recentemente retirada de sinonímia com P. machriisi no grupo de espécies P. AURISETUS e três táxons desse grupo (P. paraguayensis, P. saudadensis e P. densivillosus) são atualmente sinonimizados a ela. O presente estudo tem como objetivo investigar a estrutura genética de populações de P. jauruensis e identificar possíveis segmentos populacionais distintos dentro desta espécie. Foram utilizados dez marcadores microssatélites em 157 indivíduos de seis populações de P. jauruensis e 49 indivíduos de duas populações de P. vilaboensis, uma espécie do grupo P. AURSETUS que ocorre em regiões próximas às populações de P. jauruensis no Brasil central. Além disso, a variação nucleotídica em dois espaçadores plastidiais intergênicos (trnSGCUtrnGUCC e trnT-trnL) foi investigada em quatro a cinco amostras de cada população. Os índices de FST e G"ST para dados SSR em P. jauruensis foi 0,201 e 0,559, respectivamente, revelando elevados níveis de diferenciação genética entre as populações. Três haplótipos plastidiais (Hd 0,663) de P. jauruensis com seis sítios polimórficos foram encontrados. As relações de similaridade entre as populações foram semelhantes entre os dois tipos de marcadores estudados. Duas populações, que ocorrem na mesma região geográfica do táxon inválido P. saudadensis, foram altamente diferenciadas em relação às outras populações de P. jauruensis e proximamente relacionadas às populações de P. vilaboensis. As duas populações de P. jauruensis que ocorrem na mesma região geográfica do táxon inválido P. densivillosus também foram diferenciadas em relação às populações restantes de P. jauruensis. Estes resultados foram incongruentes com a circunscrição taxonômica atual de P. jauruensis e sugerem a presença de táxons distintos dentro desta espécie.
3

Caracterização funcional do gene ypkA, homólogo de ypk1 em levedura, no fungo patógeno oportunista humano Aspergillus fumigatus / Functional characterization of the ypkA gene, an ypk1 homologous in yeast, on the human opportunist pathogenous fungus Aspergillus fumigatus

Godoy, Naiane Lima 15 June 2016 (has links)
Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-05-02T12:12:25Z No. of bitstreams: 1 DissNLG.pdf: 8153268 bytes, checksum: d6e08bab696e4cda4275474ec2fa4b5a (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-04T12:25:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissNLG.pdf: 8153268 bytes, checksum: d6e08bab696e4cda4275474ec2fa4b5a (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-04T12:25:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissNLG.pdf: 8153268 bytes, checksum: d6e08bab696e4cda4275474ec2fa4b5a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-04T12:40:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissNLG.pdf: 8153268 bytes, checksum: d6e08bab696e4cda4275474ec2fa4b5a (MD5) Previous issue date: 2016-06-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Aspergillus fumigatus is an opportunistic pathogenic filamentous fungus, and the causative agent of aspergillosis, including the invasive pulmonary aspergillosis in immunocompromised individuals, most lethal form of the disease. As in all eukaryotes, the plasma membrane of A. fumigatus is composed of sterols, glycolipids and sphingolipids. The sphingolipids molecules are structural elements that participate in the regulation of the actin cytoskeleton endocytosis, and cell growth. In Saccharomyces cerevisiae, the sphingolipid synthesis is regulated by proteins such as the "AGC kinases" known as Ypk1p and Ypk2p that inactivate Orm1p and Orm2p, which are inhibitory proteins of the serine palmitoyltransferase (SPT) enzyme, the first enzyme that participates in biosynthetic pathway of sphingolipids. Thus, Ypk1/2p are responsible for stimulating the production of sphingolipids in response to several cellular stress factors, such as cell wall stress and heat stress. Here, we aimed to expand the study of sphingolipid biosynthesis in A. fumigatus by functional characterization of the ypkAYPK1 gene by establishing its role in the regulation of sphingolipid synthesis and in the maintenance of cell integrity. To accomplish this goal, one null mutant strain ΔypkAypk1 and a conditional mutant strain niiA::ypkA of A. fumigatus were obtained. The mutant strains were characterized by phenotypic tests aimed at understanding the role of this gene in sphingolipid synthesis, virulence and pathogenicity of this fungus. Subsequently real time RT-PCR experiments were performed to quantify the expression of this gene in conditions of heat stress. The results indicated that deletion of the gene ypkA promotes changes in the development of the fungus, which presents severe defects in the vegetative growth and absence of conidia. In addition, the conditional mutant shows increased sensitivity to lipid synthesis inhibitory drugs. The results also indicate that there is no interaction between genetic ypkA and pathway genes of the cell wall. Thus, we propose that protein kinase YpkA in A. fumigatus is related to vegetative growth and participates in the sphingolipid biosynthesis in A. fumigatus, contributing to the development and integrity of the fungal cell. / Aspergillus fumigatus é um fungo filamentoso patogênico oportunista, e o agente etiológico da aspergilose, que em imunocomprometidos pode vir a ocasionar a forma mais letal da doença, a aspergilose pulmonar invasiva. Como em todos os eucariotos, a membrana plasmática de A. fumigatus é composta por esteróis, glicolipídios e esfingolipídios. As moléculas de esfingolipídios são elementos estruturais que participam da regulação da endocitose, do citoesqueleto de actina e do crescimento celular. Em Saccharomyces cerevisiae, a síntese de esfingolipídios é regulada pelas proteínas do tipo “AGC quinases” conhecidas como Ypk1p e Ypk2p, que inativam Orm1p e Orm2p, as quais são proteínas inibidoras da enzima serina palmitoil-transferase (SPT), a primeira enzima que participa da via de biossíntese dos esfingolipídios. Dessa forma Ypk1/2p são responsáveis por estimular a produção de esfingolipídios na membrana plasmática em resposta a diversos fatores de estresse celular, como por exemplo o estresse de parede celular, estresse térmico entre outros. Diante disso, este trabalho teve como objetivo ampliar o estudo da biossíntese de esfingolipídios em A. fumigatus através da caracterização funcional do gene ypkAYPK1, de forma a estabelecer sua função na regulação da síntese de esfingolipídios e na manutenção da integridade celular. Para cumprir esse objetivo, uma linhagem mutante nulo ΔypkAypk1 e uma linhagem mutante condicional niiA::ypkA em A. fumigatus foram obtidas. As linhagens mutantes foram caracterizadas através de ensaios fenotípicos visando a compreensão do papel desse gene na síntese de esfingolipídios, na virulência e patogenicidade desse fungo. Posteriormente, foram realizados experimentos de RT-PCR em tempo real para a quantificação da expressão desse gene em condições de estresse térmico. Os resultados indicaram que a deleção do gene ypkA promove alterações no desenvolvimento vegetativo do fungo, o qual cresce na forma de colônias pequenas as quais não formam conídios. Ainda, o mutante condicional, quando reprimido, apresenta sensibilidade a drogas inibidoras da síntese de lipídeos e esfingolipídios. Os resultados indicam também que não há interação genética entre ypkA e os genes da via da integridade da parede celular. Assim, podemos propor que a proteína quinase YpkA de A. fumigatus está relacionada com o crescimento vegetativo e participa da biossíntese de esfingolipídios em A. fumigatus, contribuindo com o desenvolvimento e integridade da célula fúngica.
4

Efeitos de uma desintegrina RGD recombinante na migração de uma linhagem celular de carcinoma de células escamosas de origem oral

Montenegro, Cyntia de Freitas 28 April 2016 (has links)
Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-06-12T19:03:09Z No. of bitstreams: 1 TeseCFM.pdf: 6014577 bytes, checksum: 3206ee0e787d62e3dde8985abe54b0f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-06-12T19:44:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCFM.pdf: 6014577 bytes, checksum: 3206ee0e787d62e3dde8985abe54b0f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-06-12T19:44:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCFM.pdf: 6014577 bytes, checksum: 3206ee0e787d62e3dde8985abe54b0f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T19:49:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCFM.pdf: 6014577 bytes, checksum: 3206ee0e787d62e3dde8985abe54b0f3 (MD5) Previous issue date: 2016-04-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cancer is a group of diseases related to abnormal cell growth and ability to invade tissues. These skills result in the development of metastases, leading to death in many of the patients. During the process of invasion, the cells find a connective tissue rich in fibronectin and collagen in which they will have to go through in order to reach the blood vessels and then the metastatic site. Fibronectin adhesion receptors such as αvβ3 and α5β1 integrins are essential for cells to be able to move through the fibronectin fibers. Integrins bind to the extracellular matrix (ECM) proteins via the RGD motif present in fibronectin, making these cell types migration receptors a potential target for the study of cancer. Thus, the effect of DisBa-01, an RGD containing motif disintegrin, was investigated in two cell specialized on migration; fibroblasts (BJ) and oral squamous cell carcinoma (SCC25). DisBa-01 (1 and 2 μM) was able to reduce cancer cells migration speed and directionality, but not fibroblasts, on time-lapse experiments performed on fibronectin coated plates. In order to understand if the effect of DisBa-01 is associated with alterations in cellular adhesion, cells were plated on fibronectin and stained with anti-paxillin. Images acquired by confocal microscopy show changes in focal adhesions, which have become larger and more numerous. These data were confirmed, by time-lapse assays using Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF) in cells transfected with paxillin. The expression of key fibronectin receptors, α5, β3 and αv is present similarly in both strains, while the β1 subunit is expressed in lower amounts in OSCC cells. To investigate the probable relationship of migration inhibition with integrin β3 level, this subunit was overexpressed in the OSCC cells and all parameters analyzed were restored. Taken together, these results demonstrate the ability of DisBa-01 to affect cell migration depending on integrin expression level and by modulating the dynamics of cell adhesions. / O câncer representa um conjunto de doenças relacionadas ao crescimento anormal de células e sua capacidade de invadir tecidos. Essas habilidades resultam no desenvolvimento de metástases, que levam muitos dos pacientes acometidos por essa doença, à morte. Durante o processo de invasão as células encontram um tecido conectivo rico em fibronectina e colágeno, o qual terão que atravessar a fim de chegar aos vasos sanguíneos e posteriormente ao sítio metastático. Receptores de adesão a fibronectica como a αvβ3 e α5β1 são essenciais para que as células sejam capazes de se movimentar sobre as fibras dessa protéína. A integrinas se ligam a fibronectina através do motivo RGD presente, fazendo desses receptores, potenciais alvos no estudo da migração celular durante o câncer. Assim, o efeito da DisBa-01, uma desintegrina com motivo RGD, foi investigado em duas células especializadas em migração; fibroblastos (BJ) e uma linhagem de carcinoma de células escamosas oral (SCC25). A DisBa-01 (1 e 2 μM) foi capaz de diminuir a velocidade de migração e a direcionalidade das células de câncer, mas não dos fibroblastos, em ensaios de time-lapse realizados em placas recobertas por fibronectina. Com o objetivo de entender se o efeito da DisBa-01 está relacionado com alterações na adesões celulares, as células foram plaqueadas sobre fibronectina e marcadas com anti-paxilina. Nas imagens adquiridas através de microscopia confocal é possível visualizar mudanças nas adesões, que se tornaram maiores e mais numerosas. Dados que foram confirmados em ensaios de time-lapse utilizando a microscopia de fluorescência de reflecção interna total (TIRF – Total Internal Reflection Fluorescence) em células transfectadas com paxilina. A expressão dos principais receptores de fibronectina, α5, αv e β3 está presente de forma similar nas duas linhagens, enquanto a subunidade β1 é expressa em quantidades menores nas células OSCC. Para investigar a provavel relação da inibição da migração com a expressão da integrina β3, a mesma foi superexpressa em nas células de OSCC e todos os parâmetros analizados foram normalizados. Em conjunto, esses resultados demonstram a capacidade da DisBa-01 de afetar a migração celular dependendo do nível de expressão de integrinas e através da modulação da dinâmica das adesões.
5

Análise molecular e validação de raças primitivas de pupunha (Bactris gasipeaes) por meio de marcaodres RAPD.

Silva, Cirlande Cabral da 31 August 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissCCS.pdf: 1405492 bytes, checksum: 1ccf925c4d6d2952c26ebbf9e80a1949 (MD5) Previous issue date: 2004-08-31 / Molecular markers were used to examine the genetic variability of eight landraces of peach palm (Bactris gasipaes var. gasipaes) and two wild populations (B. gasipaes var. chichagui), their relationships and genetic structures. Two hundred plants of these 8 races were used and 18 plants of the two wild populations, one from the Magdalena River, Colômbia, and the other from the Xingu River, Pará, Brasil. Eight primers were used to generate RAPD markers, of which 124 markers were obtained with 101 polymorphic. The observed heterozygosity of the set of landraces and wild populations was 0.38, with 93 % polymorphism, both slightly greater than in earlier studies. The Amazonian landraces had greater heterozygosity and % polymorphism than the Central American race. The structure of the dendrogram based on Nei s (1972) distances with the four previously studied landraces was similar to that study, essentially validating it and confirming two landrace groups one Occidental and one Oriental. When the Juruá landrace was added to the analysis, it joined with the other Occidental races, as expected by its geographic position. When the other landraces (with small sample sizes) were added to the analysis, a consistency and some problems were observed. The consistency was that all the landraces joined the Occidental group, expected by their geographic positions. The problems were the grouping of the Vaupés landrace with the Juruá landrace, which are geographically distant and have different fruit sizes and shapes. The relationship between the Cauca landrace and the Inirida landrace was also problematic, since they are geographically separated. These problems can only be resolved with new germplasm collections in the appropriate geographic areas and with an appropriate number of individuals. The two wild populations joined the landraces at a great distance, suggesting that they did not participate in the domestication of the cultivated landraces and indirectly reenforcing the hypothesis of a single origin in southwestern Amazonia. / Marcadores moleculares foram utilizados para verificar a variabilidade genética de oito raças primitivas de pupunha (Bactris gasipaes var. gasipaes) e duas populações silvestres (B. gasipaes var. chichagui), suas relações e estruturas genéticas. Foram utilizadas 200 plantas das 8 raças primitivas de pupunha e 18 plantas de duas populações silvestres, sendo uma do rio Magdalena, Colômbia, e outra do rio Xingu, Pará, Brasil. Oito iniciadores foram usados para gerar marcadores RAPD, obtendo 124 marcadores, dos quais 101 polimórficos. A heterozigosidade observada do conjunto de raças e populações foi de 0,38, com porcentagem de polimorfismo de 93%, ambas um pouco maior que nos estudos anteriores. As raças da Amazônia apresentaram maiores heterozigosidades e % polimorfismo que a raça de América Central. A estrutura do dendrograma baseado nas distâncias de Nei (1972) para as quatro raças estudadas anteriormente foi muito similar a este primeiro estudo, essencialmente validando esta, e confirmando dois grupos de raças um Ocidental e um Oriental. Quando a raça Juruá foi adicionada à análise, se agrupou com as raças Ocidentais, como esperado pelo posicionamento geográfico. Quando as outras raças (com tamanhos amostrais insuficientes) foram adicionadas à análise, observou-se algumas consistências e problemas. A consistência principal foi o agrupamento de todas as raças ocidentais no lado ocidental do dendrograma. Os problemas foram os agrupamentos da raça Vaupés com a raça Juruá, que são distantes geograficamente e possuem formatos e tamanhos de fruto muito diferentes. A relação entre Cauca e Inirida também foi problemática, pois são geograficamente separadas. Estes problemas somente podem ser resolvidos com novas coletas de germoplasma nas áreas geográficas apropriadas com um número apropriado de indivíduos. As duas populações silvestres se agruparam muito longe das raças, sugerindo que não participaram da domesticação das populações cultivadas e indiretamente reforçando a hipótese de uma origem no sudoeste da Amazônia.
6

Estudos citogenéticos em algumas espécies de peixes da família loricariidae pertencentes à Bacia do Rio Piracicaba.

Camilo, Fábio Mendes 21 December 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissFMC.pdf: 1515469 bytes, checksum: fcd2cdfc67729e91afea6c9a579f0879 (MD5) Previous issue date: 2004-12-21 / Willing to develop the number cytogenetically reports on fish species belonged to the Loricariidae family, the actual work had as the basic aim to feature chromosomically three specimen of fishes from the basin of the Piracicaba river: Hypostomus albopunctatus; Liposarcus anisitsi and Corumbataia cuestae. The specimen H. albopunctatus and L. anisitsi which were previously feature cytogenetically in other basins and these cytogenetically data are correlated to the data obtained on this work, concerning to the species C. cuestae, the cytogenetically data obtained puts together the first feature of chromosome framing of a specie belonging to this king. The samples were exposed to conventional and differential cytogenetically methodologies, involving bandings-C, Ag- RON e FISH (hybridization fluorescent in situ) with probe 18S. The specimen H. albopunctatus and L. anisitsi were collected in Piracicaba river (Piracicaba country, SP), the H. albopunctatus, showed 2n=74 chromosomes (10M, 20SM, 44ST/A) the parts organized of nucleolus were seen as diversified, with until 3 chromosome marked by Silver Nitrate, featuring on this specie multiple RONs, being acrocentric chromosome with terminal bandings on short arms and of small submetacentric pair with telomeric bandings on short arms, coinciding to the results obtained by de FISH technique. The preparations to marking C, made it clear large heterochromatin interstitial arm of a acrocentric chromosomal pair, on short arm of a submetacentric pair pericentromeric marking of a long arm of a large metacentric pair beyond short markings in centromeric parts of chromosomal submetacentric. The samples of L. anisitsi showed 2n=52 chromosome (16M, 28SM, 6ST, 2A), after Silver Nitrate staining, the markings were placed on terminal position of a long arm by a submetacentric chromosomal pair, featuring a single RON, confirmed by FISH. The cytogenetical result obtained with two specimen on the actual work when compared to the same specimen already described belonged to other basins they show a considered conservation state. Differences were found, however, we might suggest that these specimen seem to be cytogenetically very preserved when we compare the cytogetical results already obtained to the species H. albopunctatus and L. anisitsi available in literature. The specie Corumbataia cuestae, colleted at Lapa river (Itirapina county-SP), showed 2n=54 chromosomes (28M; 20SM; 6ST/A) just to Nucleolus Organized Regions were observed, placed on the terminal part of short arm from number 2 pair featured as metacentric, and they were seen as heteromorphic thought the size, sequential analysis of metaphases in Giemsa/Silver and Giemsa/banding-C, discovered that the secondary constrictions correspond to RONs. The constitutive heterochromatin pattern is observed clearly nucleolus chromosomal pair, with large pericentromeric heterochromatic blocks. The results obtained to offer new subsidy for studies evolution of Loricariídae, to open perspective for best understanding of correlations between species of Hypostominae and Hypoptopomatinae. / Com intuito de incrementar o número de registros citogenéticos em espécies de peixes pertencentes à família Loricariidae, o presente trabalho teve como objetivo básico caracterizar cromossomicamente três espécies de peixes da bacia do rio Piracicaba: Hypostomus albopunctatus e Liposarcus anisitsi pertencentes à subfamília Hypostominae, e Corumbataia cuestae pertencente à subfamília Hypoptopomatinae. As espécies H. albopunctatus e L. anisitsi já foram previamente analisadas em outras bacias e os dados citogenéticos disponíveis são correlacionados a aqueles ora obtidos neste trabalho. Quanto à espécie C. cuestae, os dados citogenéticos obtidos constituem a primeira caracterização da estruturação cromossômica de uma espécie pertencente a este gênero. Os exemplares foram submetidos a metodologias citogenéticas convencionais, complementadas com bandamento-C, Ag-RON e FISH (hibridação fluorescente in situ) com sonda de rDNA 18S. As espécies H. albopunctatus e L. anisitsi foram coletadas no rio Piracicaba (município de Piracicaba, SP) H. albopunctatus, apresentou 2n=74 cromossomos (10M, 20SM, 44ST/A). As regiões organizadoras de nucléolo foram detectadas em até três cromossomos, pelo tratamento com o Nitrato de Prata, caracterizando RONs múltiplas, sendo um cromossomo acrocêntrico, com marcações terminais no braço longo e um par de submetacêntricos pequenos, com marcações teloméricas nos braços curtos, coincidindo com os resultados obtidos pela técnica de FISH. O bandamento C evidenciou grandes blocos de heterocromatina constitutiva na região intersticial do braço longo de um par de cromossomos acrocêntricos, no braço curto de um par de submetacêntricos, marcações pericentroméricas no braço longo de um par de metacêntricos grandes, além de marcações tênues em regiões centroméricas de cromossomos submetacêntricos. L. anisitsi apresentou 2n=52 cromossomos (16M, 28SM, 6ST, 2A). As Ag-RONs se localizaram na posição terminal do braço longo de um par de cromossomos submetacêntricos, caracterizando RONs simples, confirmadas por FISH. A heterocromatina constitutiva apresentou-se localizada em blocos bem evidentes no braço longo do par de cromossomos submetacêntricos portador da RON, adjacente à este sítio, na porção terminal do braço longo de um par submetacêntrico grande e também na região intersticial do braço longo de um par de cromossomos acrocêntricos grandes. Os resultados citogenéticos obtidos com essas duas espécies, mostram uma boa correlação com os resultados descritos para espécimens pertencentes a outras bacias, sugerindo uma estabilidade cariotípica entre diferentes populações dessas espécies. A espécie Corumbataia cuestae, coletada no córrego da Lapa (município de Itirapina-SP), apresentou 2n=54 cromossomos (28M; 20SM; 6ST/A). Apenas duas regiões organizadoras de nucléolos foram observadas, localizadas na região terminal do braço curto do par metacêntrico número 2, apresentandose heteromórficas quanto ao tamanho. Análises seqüenciais das metáfases coradas pelo Giemsa/ Nitrato de Prata/ bandeamento C, evidenciaram que as constricções secundárias no par número 2 correspondem as RONs. Regiões heterocromatina constitutiva são observadas nitidamente nesse par de cromossomos, com grandes blocos pericentroméricos. Os resultados obtidos oferecem novos subsídios para os estudos evolutivos dos Loricariídae, abrindo perspectivas para uma melhor compreensão das correlações entre as espécies de Hypostominae e Hypoptopomatinae.
7

“Avaliação dos mecanismos imunológicos associados ao aumento da resistência de animais tratados com Talidomida frente à infecção com Brucella abortus”

Goyatá, Társila Ferreira Guimarães 25 July 2014 (has links)
Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-09-12T18:53:45Z No. of bitstreams: 1 tarsilaferreiraguimaraesgoyata.pdf: 1000273 bytes, checksum: be5992580eacbf673c2b1da15204d40e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-10-01T19:28:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tarsilaferreiraguimaraesgoyata.pdf: 1000273 bytes, checksum: be5992580eacbf673c2b1da15204d40e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-01T19:28:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tarsilaferreiraguimaraesgoyata.pdf: 1000273 bytes, checksum: be5992580eacbf673c2b1da15204d40e (MD5) Previous issue date: 2014-07-25 / A Brucelose é uma zoonose causada por bactérias do gênero Brucella que infectam o homem e uma grande variedade de animais, principalmente o gado. Em humanos causa febre ondulante, endocardite, artrite e osteomielite enquanto em animais causa aborto e infertilidade. Essa enfermidade é considerada a zoonose mais prevalente no mundo, com mais de 500.000 novos casos relatados por ano. Somente no Brasil, a Brucelose causa um impacto econômico estimado de 32 milhões de dólares ao ano. A resposta imune contra a Brucella envolve vários mecanismos da imunidade inata e adquirida entre os quais a citocina IFN-y, típica do perfil TH1, e as células T CD8+ executam um papel de destaque. IFN-y ativa macrófagos induzindo a produção de radicais derivados de oxigênio e nitrogênio essenciais no combate ao patógeno, além de ativar células NK. Já os linfócitos T CD8+ lisam as células infectadas destruindo o patógeno ou deixando-o vulnerável aos mecanismos extracelulares da imunidade. Assim, estes mecanismos são essenciais para o controle efetivo da infecção. Diversos trabalhos têm mostrado que a Talidomida, um derivado do ácido glutâmico, é capaz de induzir a formação de um perfil TH1, com elevada produção de IFN-y, além de co-estimular e induzir a proliferação e produção de citocinas por linfócitos T CD8+. De fato, trabalhos prévios de nosso grupo demonstraram que o tratamento prévio com Talidomida é capaz de aumentar a resistência de camundongos C57BL/6 contra Brucella, aliada ao aumento na produção de citocinas (IL-12 e IFN-y), óxido nítrico e células T CD8+. Assim, uma vez que a Talidomida apresenta um amplo espectro de ações, o objetivo deste estudo foi avaliar outros mecanismos imunológicos afetados pela Talidomida e que estejam associados ao aumento da resistência ao patógeno. Nosso foco não é o tratamento com a Talidomida em si, mas embasar o desenvolvimento de novos compostos ou componentes vacinais que auxiliem no combate a esta importante patologia. Como metodologia, primeiramente foi confirmada a carga bacteriana esplência uma semana após infecção, em animais previamente tratados com Talidomida. Em seguida a proliferação celular e o perfil de células regulatórias foram determinados em esplenócitos derivados de animais tratados e infectados. Em relação a imunidade inata, a ação da Talidomida foi avaliada através da produção de citocinas (IL-6 e TNF-α) e de óxido Nítrico. Por fim, avaliamos a influência da talidomida na sobrevivência de animais “Knockout” para IFN-y após a infecção por Brucella e se o tratamento com a droga é capaz de alterar a proteção induzida pela vacinação com a cepa RB51. Como resultados, foi percebida uma significativa redução na carga bacteriana de animais tratados com Talidomida em relação aos animais não tratados. Essa redução foi acompanhada de um aumento na proliferação linfocitária e da diminuição no percentual de células T regulatórias. Em relação aos macrófagos, foi percebido um aumento na produção de óxido nítrico em células tratadas com a droga após estímulo com a bacteria. Por fim, o tratamento com Talidomida não foi capaz de conferir maior nível de proteção a animais vacinados com a cepa RB51 e nem modificou o tempo de vida de animais “Knockout” para IFN-y infectados com B. abortus. Assim, o presente estudo conclui que a talidomida é capaz de potencializar a eliminação da Brucella abortus in vivo, e que esta potencialização é dependente da produção de IFN-y e óxido nítrico, bem como da redução do perfil regulatório. / Brucellosis is a zoonotic disease caused by bacteria of the genus Brucella that infects humans and a wide variety of animals, especially cattle. In humans it causes undulant fever, endocarditis, arthritis and osteomyelitis while in animals causes abortion and infertility. This disease is considered the most prevalent zoonosis in the world, with more than 500,000 new cases reported annually. Only in Brazil, Brucellosis causes an estimated economic impact of $ 32 million annually. The immune response against Brucella involves different mechanisms of innate and acquired immunity among which IFN-y cytokine, typical of TH1 profile, and CD8+ T cells have an important role. IFN-y activates macrophages by inducing the production of radicals derived from oxygen and nitrogen essential to combat the pathogen and activate NK cells. Already, CD8+ lymphocytes lyse infected cells by destroying the pathogen or leaving it vulnerable to extracellular mechanisms of immunity. So, these mechanisms are essential for an effective infection control. Several studies have shown that thalidomide, a derivative of glutamic acid, is able to induce the formation of a TH1 profile with high production of IFN-y, and to co-stimulate and induce proliferation and cytokine production by CD8 + T lymphocytes. In fact, previous studies from our group demonstrated that previous treatment with thalidomide is able to increase the resistance of C57BL/6 mice against Brucella, coupled with the increase in cytokine production (IL-12 and IFN-y), nitric oxide and CD8+ T cells. Therefore, since the Thalidomide has a broad spectrum of actions, the objective of this study was to evaluate other immune mechanisms affected by Thalidomide and which are associated with increased resistance to the pathogen. Our focus is not the treatment with thalidomide itself, but undergird the development of new compounds or vaccine components that help in combating this important disease. As methodology, firstly was confirmed the bacterial load one week after infection in animals previously treated with Thalidomide. Then the profile of regulatory cells and cell proliferation were determined in splenocytes derived from treated and infected mice. Regarding innate immunity, the action of thalidomide was evaluated by the production of cytokines (IL-6 and TNF-α) and nitric oxide. Finally, we evaluated the influence of thalidomide on survival of animals "IFN-y Knockout” after Brucella infection and if the treatment with the drug is able to change the protection induced by vaccination with strain RB51 protection. As results, it was noticed a significant decrease in bacterial load of animals treated with thalidomide compared to untreated animals. This reduction was accompanied by an increase in lymphocyte proliferation and decrease in the percentage of regulatory T cells. With regard to macrophages, an increase in nitric oxide production in cells treated with the drug was seen after stimulation with bacteria. Finally, treatment with thalidomide was not able to confer higher level of protection to animals vaccinated with RB51 strain and did not change the life of animals "Knockout" for IFN-y infected with B. abortus. So, this study concludes that thalidomide is able to enhance the elimination of Brucella abortus in vivo, and that this enhancement depends on the IFN-y and nitric oxide as well as the reduction in the regulatory profile.
8

Efeito de extratos de folhas de barbatimão sobre o dano oxidativo e a genotoxicidade induzida por ciclofosfamida

SANTOS FILHO, Plínio Rodrigues dos 19 February 2008 (has links)
O objetivo do presente estudo foi determinar o efeito antioxidante e antigenotóxico de extratos de folhas de Styphnodendron adstringens (“barbatimão”). Foram obtidos o extrato aquoso (AEB), a fração aquosa (WFB) e o extrato etanólico (EEB) de folhas de barbatimão. Foram analisadas as atividades antioxidante in vitro e in vivo e o efeito dos extratos contra o agente genotóxico, ciclofosfamida (CP). O conteúdo de compostos fenólicos variou de 23,93 a 34,94%, os flavonóides de 3,63 a 5,02% e as proantocianidinas de 23,32 a 35,4 mM. Todos os extratos testados exibiram atividade antioxidante. A capacidade antioxidante total dos extratos foi de: 147,85±12,68, 124,36 ± 7,18 e 148,64 ± 8,41 mg ácido ascórbico/g extrato, para o AEB, WFB e EEB respectivamente. A atividade seqüestrante de DPPH dos extratos foi dependente da concentração e a atividade máxima foi obtida com 62 μg/mL dos extratos. Estes apresentaram capacidade similar ao ácido ascórbico e maior que o BHT para reduzir o Fe3+ e esta atividade foi também dependente da concentração. O poder redutor máximo foi obtido com 250 mg/mL dos extratos. Nos ensaios in vivo o AEB e EEB foram mais eficientes no cérebro, reduzindo a formação de TBARS, enquanto o WFB foi mais ativo no fígado, diminuindo a oxidação de proteínas. Em relação à fragmentação do DNA, foi visto que a CP induziu apoptose, confirmada pelo padrão de DNA escada. O AEB não produziu apoptose, mas também não protegeu as células contra o efeito da CP. O WFB foi antigenotóxico, pois não induziu apoptose e protegeu as células dos efeitos apoptóticos da CP. O EEB induziu necrose, evidenciada pela intensa lesão do DNA (arraste). Em conclusão, todos os extratos apresentaram atividade antioxidante e o WFB é antigenotóxico. / The aim of the present study was to determine the antioxidant and antigenotoxic effect of leaf extracts of Styphnodendron adstringens (“barbatimão”). The aqueous (AEB), water fraction (WFB) and ethanolic (EEB) extracts of leaves were obtained. We analyzed the antioxidant activity in vitro and in vivo and the effect against a genotoxic agent, cyclophosphamide (CP), of the extracts. The extracts presented high content of phenolic compounds, flavonoids and proanthocyanidins. All of the extracts tested exhibit antioxidant activity. The total antioxidant capacity of the extracts was: 147.85±12.68, 124.36 ± 7.18 and 148.64 ± 8.41 mg ascorbic acid/g extract, for AEB, WFB and EEB respectively. The free radical DPPH scavenging activity of the extracts was concentration-dependent and the maximum activity was achieved with 62 μg/mL. The extracts presented Fe3+reducing capacity similar to ascorbic acid and higher than BHT and it was also concentration-dependent. The maximum reducing power was achieved with 250 mg/mL. The AEB and EEB were most efficient in brain, reducing TBARS formation while the WFB was most active in liver, decreasing protein oxidation. As for DNA fragmentation, it can be seen that CP induced apoptosis, confirmed by the DNA ladder pattern. The AEB neither induce apoptosis nor protected cells from the effects of CP. The WFB was antigenotoxic, as it did not induce apoptosis and protected cells from the apoptotic effect of CP. The EEB induced necrosis, as seen by the intense DNA lesion (smear). In conclusion all extracts presented antioxidant activity and WFB was antigenotoxic. WFB may be useful as cancer chemopreventive and/or anticarcinogenic agent. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG
9

Análise do polimorfismo do gene p53 (códon 72) em pacientes sintomáticos para aterosclerose

Lagares, Magda Helena 02 March 2017 (has links)
Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2017-06-01T14:10:20Z No. of bitstreams: 1 MAGDA HELENA LAGARES.pdf: 1059348 bytes, checksum: 8bd1fe90af646043bcc1603109b51dab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T14:10:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MAGDA HELENA LAGARES.pdf: 1059348 bytes, checksum: 8bd1fe90af646043bcc1603109b51dab (MD5) Previous issue date: 2017-03-02 / Atherosclerosis is a multifactorial pathological disease that alter the morphology and function of arterial walls. The atheroma growth leads to vessel hardening and lumen narrowing, limiting the blood flow. The atheroma plaque can eventually break, exposing highly thrombogenic material and leading to platelet activation and subsequent formation of thrombus that may block blood flow in loco, or even leading to obstruction of other vessels with a smaller diameter. This process is one of the main determinants of the clinical manifestations of atherosclerosis such as coronary artery disease (CAD), ischemic stroke, and peripheral arterial disease. Although the inflammatory theory about atherosclerosis is the most renowned one, observations point to common biological characteristics between cancer and atherosclerosis suggesting a possible association between p53 and atherosclerotic diseases. We collected peripheral blood samples from 200 individuals with clinical manifestations of atherosclerotic disease and 100 individuals without manisfestation of the disease to form the control group. DNA was subjected to molecular analysis (PCR) in order to identify the polymorphism of the p53 gene. We have not find any relationship between the polymorphism of the p53 gene and atherosclerosis in the population studied (p=0.36). There was no relationship among AD, polymorphism of the p53 gene and variants studied: gender (p = 0.78 male and 0.37 female), smoking (p = 0.72, 0.51 and 0.62 for smokers, (P = 0.17 for alcoholic and 0.38 for non-alcoholic), systemic arterial hypertension (p = 0.60), diabetes mellitus (p = 0.34), and dyslipidemia (p = 0.34). = 0.89). Our population has a high rate of miscegenation and heterozygotes and, according to studies, the arginine variant is more related to plaque formation because it induces apoptosis more frequently when compared to the proline variant. According to our results there is no association between the polymorphism of the p53 gene, atherosclerosis and its risk factors in the population studied. / A aterosclerose é um processo patológico multifatorial, durante o qual a morfologia e função das paredes arteriais são alteradas. O crescimento do ateroma, leva ao endurecimento dos vasos e ao estreitamento do lúmen, limitando o fluxo sanguíneo. Essa placa pode se romper levando à exposição de material altamente trombogênico, com a ativação plaquetária e posterior formação de trombos que podem bloquear o fluxo de sangue in loco, ou romper e entrar na corrente sanguínea, obstruindo outros vasos com diâmetro menor. Este processo é um dos principais determinantes das manifestações clínicas da aterosclerose: como por exemplo doença arterial coronariana, AVC isquêmico e doença arterial periférica. Embora a teoria inflamatória da aterosclerose é o mais proeminente, observações apontam para características biológicas comuns entre câncer e aterosclerose, essas características sugerem possível associação de p53 com doenças ateroscleróticas. Foram Coletadas amostras de sangue periférico de 200 indivíduos portadores de algum tipo de doença aterosclerótica e 100 indivíduos livres da doença para formar o grupo controle. DNA foi submetido a análise molecular (PCR) para pesquisa do polimorfismo do gene p53. Não foi encontrado nenhuma relação entre o polimorfismo do gene p53 e a aterosclerose na população estudada (p=0,36). Não houve relação entre a DA, o polimorfismo do gene p53 e as variantes estudas: gênero (p=0,78 masculino e 0,37 feminino), tabagismo (p= 0,72, 0,51 e 0,62 para fumantes, não fumantes e ex fumantes respectivamente), etilismo (p=0,17 para etilista e 0,38 para não etilista), hipertensão arterial sistêmica (p=0,60), diabetes mellitus (p=0,34) e dislipidemia (p=0,89). Acredita-se que esses resultados seja em função da miscigenação da população estudada, o que favorece uma alta taxa de heterozigotos e, segundo estudos, a variante arginina está mais relacionada com a formação da placa por ter maior poder de apoptose quando comparada a variante prolina.
10

Abordagem computacional para detecção e análise de polimorfismos de nucleotídeo único em genomas bacterianos / Compuitational approach for detection and analysis of single-nucleotide polymorphisms SNPS)in bacterial genomes

Lima, Nicholas Costa Barroso 01 December 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NickDisser.pdf: 4259889 bytes, checksum: ee955de15c6345917110d7b6dc4b9765 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 / Single nucleotide polymorphism, SNP, are common and may be responsible for di_erent phenotypes. The attention around this type of polymorphism was intensi_ed when it was discovered, through the sequencing project of the human genome, that they were responsible for most of the genetic variability (90%) of complete human genomes compared. Thus, presenting a frequency of occurrence of one SNP per 1.000-2.000bp intervals. Recently, several studies have focused on the detection of this type of polymorphism in bacterial genomes for use in bacterial strain typing and phylogeny reconstruction, for example. In this work we developed a methodology for detecting and _ltering SNPs for bacterial genomes in order to analyze the prevalence of this type of polymorphism. The methodology involves the use of sequence alignment algorithms and _lters developed in PERL programming language for the detection and filtering of SNPs in order to obtain a reliable final set. The occurrence of SNPs fits the concept of Poisson probability distribution because they are events that occur in an interval, in this case, coding sequences. Within this context, we also calculated the expected frequency of SNPs for each case using a Poisson probability distribution. SNPs that exceeded the expected frequency may be subject to diferent selective pressure. The methodology was tested and evaluated for genomes in five genera of the family Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella and Yersinia) and used in the case study of Klebsiella pneumoniae str. Kp13 genome, a bacteria causing nosocomial infection. The methodology has been able to detect and filter SNPs in diferent species of the family Enterobacteriaceae in accordance with data already published. For the four Klebsiella pneumoniae strains analyzed the occurrence of such polymorphism between the strains compared was observed. Thus, coding sequences with a number of SNPs higher than the expected frequency, obtained by the Poisson Probability Distribution, have been investigated to assess its possible association with the bacteria lifestyle. / Polimorfismos de Unico Nucleotídeo, SNP, são freqüentes e podem ser responsáveis por diferentes fenótipos. A atenção em torno deste tipo de polimorfismo se intensificou quando se descobriu, através do projeto de seqüenciamento do genoma humano, que eram responsáveis pela maior parte da variabilidade genética (90%) entre genomas humanos completos comparados. Com isso apresentando uma freqüência de ocorrência de 1 SNP em intervalos de 1.000-2.000pb. Recentemente vários estudos se concentraram na detecção desse tipo de polimorfismo em genomas bacterianos para uso em tipagem de estirpes e reconstrução de filogenia, por exemplo. Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia de detecção e filtragem de SNPs para genomas bacterianos visando a análise da prevalência desse tipo de polimorfismo. A metodologia envolve o uso de algoritmos de alinhamento de seqüência e filtros desenvolvidos na linguagem de programação PERL para a detecção e filtragem de SNPs com a finalidade de se obter um conjunto final confiável. A ocorrência de SNPs se encaixa no conceito de distribuição de probabilidade de Poisson por serem eventos que ocorrem em um intervalo, nesse caso, seqüência codificantes. Dentro deste contexto, também foi calculada a freqüência esperada de SNPs para cada caso estudado usando uma distribuição de probabilidade de Poisson. Microrganismos que apresentem SNPs em uma freqüência acima da esperada podem estar sujeitos a pressões seletivas diferenciadas. A metodologia foi testada e avaliada para genomas em cinco gêneros da família Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella e Yersinia) e utilizada no caso específico da bactéria Klebsiella pneumoniae str. Kp13, causadora de infecção nosocomial isolada no Brasil. A metodologia se provou capaz de detectar e filtrar SNPs em diferentes espécies da família Enterobacteriaceae em concordância com dados já publicados. Para as 4 estirpes de Klebsiella pneumoniae foi observada a ocorrência desse tipo de polimorfismo entre as estirpes comparadas. Desta maneira, seqüências codificantes com um número de SNPs maior que a freqüência esperada, obtida com a Distribuição de Probabilidade de Poisson, foram investigadas para averiguação da sua possível associação com o estilo de vida bacteriano.

Page generated in 0.0524 seconds