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Análise do polimorfismo do gene p53 (códon 72) em pacientes sintomáticos para ateroscleroseLagares, Magda Helena 02 March 2017 (has links)
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Previous issue date: 2017-03-02 / Atherosclerosis is a multifactorial pathological disease that alter the morphology and function
of arterial walls. The atheroma growth leads to vessel hardening and lumen narrowing,
limiting the blood flow. The atheroma plaque can eventually break, exposing highly
thrombogenic material and leading to platelet activation and subsequent formation of
thrombus that may block blood flow in loco, or even leading to obstruction of other vessels
with a smaller diameter. This process is one of the main determinants of the clinical
manifestations of atherosclerosis such as coronary artery disease (CAD), ischemic stroke, and
peripheral arterial disease. Although the inflammatory theory about atherosclerosis is the most
renowned one, observations point to common biological characteristics between cancer and
atherosclerosis suggesting a possible association between p53 and atherosclerotic diseases.
We collected peripheral blood samples from 200 individuals with clinical manifestations of
atherosclerotic disease and 100 individuals without manisfestation of the disease to form the
control group. DNA was subjected to molecular analysis (PCR) in order to identify the
polymorphism of the p53 gene. We have not find any relationship between the polymorphism
of the p53 gene and atherosclerosis in the population studied (p=0.36). There was no
relationship among AD, polymorphism of the p53 gene and variants studied: gender (p = 0.78
male and 0.37 female), smoking (p = 0.72, 0.51 and 0.62 for smokers, (P = 0.17 for alcoholic
and 0.38 for non-alcoholic), systemic arterial hypertension (p = 0.60), diabetes mellitus (p =
0.34), and dyslipidemia (p = 0.34). = 0.89). Our population has a high rate of miscegenation
and heterozygotes and, according to studies, the arginine variant is more related to plaque
formation because it induces apoptosis more frequently when compared to the proline variant.
According to our results there is no association between the polymorphism of the p53 gene,
atherosclerosis and its risk factors in the population studied. / A aterosclerose é um processo patológico multifatorial, durante o qual a morfologia e
função das paredes arteriais são alteradas. O crescimento do ateroma, leva ao endurecimento
dos vasos e ao estreitamento do lúmen, limitando o fluxo sanguíneo. Essa placa pode se
romper levando à exposição de material altamente trombogênico, com a ativação plaquetária e
posterior formação de trombos que podem bloquear o fluxo de sangue in loco, ou romper e
entrar na corrente sanguínea, obstruindo outros vasos com diâmetro menor. Este processo é
um dos principais determinantes das manifestações clínicas da aterosclerose: como por
exemplo doença arterial coronariana, AVC isquêmico e doença arterial periférica. Embora a
teoria inflamatória da aterosclerose é o mais proeminente, observações apontam para
características biológicas comuns entre câncer e aterosclerose, essas características sugerem
possível associação de p53 com doenças ateroscleróticas. Foram Coletadas amostras de
sangue periférico de 200 indivíduos portadores de algum tipo de doença aterosclerótica e 100
indivíduos livres da doença para formar o grupo controle. DNA foi submetido a análise
molecular (PCR) para pesquisa do polimorfismo do gene p53. Não foi encontrado nenhuma
relação entre o polimorfismo do gene p53 e a aterosclerose na população estudada (p=0,36).
Não houve relação entre a DA, o polimorfismo do gene p53 e as variantes estudas: gênero
(p=0,78 masculino e 0,37 feminino), tabagismo (p= 0,72, 0,51 e 0,62 para fumantes, não
fumantes e ex fumantes respectivamente), etilismo (p=0,17 para etilista e 0,38 para não
etilista), hipertensão arterial sistêmica (p=0,60), diabetes mellitus (p=0,34) e dislipidemia
(p=0,89). Acredita-se que esses resultados seja em função da miscigenação da população
estudada, o que favorece uma alta taxa de heterozigotos e, segundo estudos, a variante
arginina está mais relacionada com a formação da placa por ter maior poder de apoptose
quando comparada a variante prolina.
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Efeito de extratos de folhas de barbatimão sobre o dano oxidativo e a genotoxicidade induzida por ciclofosfamidaSANTOS FILHO, Plínio Rodrigues dos 19 February 2008 (has links)
O objetivo do presente estudo foi determinar o efeito antioxidante e antigenotóxico de
extratos de folhas de Styphnodendron adstringens (“barbatimão”). Foram obtidos o extrato
aquoso (AEB), a fração aquosa (WFB) e o extrato etanólico (EEB) de folhas de barbatimão.
Foram analisadas as atividades antioxidante in vitro e in vivo e o efeito dos extratos contra o
agente genotóxico, ciclofosfamida (CP). O conteúdo de compostos fenólicos variou de 23,93
a 34,94%, os flavonóides de 3,63 a 5,02% e as proantocianidinas de 23,32 a 35,4 mM. Todos
os extratos testados exibiram atividade antioxidante. A capacidade antioxidante total dos
extratos foi de: 147,85±12,68, 124,36 ± 7,18 e 148,64 ± 8,41 mg ácido ascórbico/g extrato,
para o AEB, WFB e EEB respectivamente. A atividade seqüestrante de DPPH dos extratos foi
dependente da concentração e a atividade máxima foi obtida com 62 μg/mL dos extratos.
Estes apresentaram capacidade similar ao ácido ascórbico e maior que o BHT para reduzir o
Fe3+ e esta atividade foi também dependente da concentração. O poder redutor máximo foi
obtido com 250 mg/mL dos extratos. Nos ensaios in vivo o AEB e EEB foram mais eficientes
no cérebro, reduzindo a formação de TBARS, enquanto o WFB foi mais ativo no fígado,
diminuindo a oxidação de proteínas. Em relação à fragmentação do DNA, foi visto que a CP
induziu apoptose, confirmada pelo padrão de DNA escada. O AEB não produziu apoptose,
mas também não protegeu as células contra o efeito da CP. O WFB foi antigenotóxico, pois
não induziu apoptose e protegeu as células dos efeitos apoptóticos da CP. O EEB induziu
necrose, evidenciada pela intensa lesão do DNA (arraste). Em conclusão, todos os extratos
apresentaram atividade antioxidante e o WFB é antigenotóxico. / The aim of the present study was to determine the antioxidant and antigenotoxic effect of leaf
extracts of Styphnodendron adstringens (“barbatimão”). The aqueous (AEB), water fraction
(WFB) and ethanolic (EEB) extracts of leaves were obtained. We analyzed the antioxidant
activity in vitro and in vivo and the effect against a genotoxic agent, cyclophosphamide (CP),
of the extracts. The extracts presented high content of phenolic compounds, flavonoids and
proanthocyanidins. All of the extracts tested exhibit antioxidant activity. The total antioxidant
capacity of the extracts was: 147.85±12.68, 124.36 ± 7.18 and 148.64 ± 8.41 mg ascorbic
acid/g extract, for AEB, WFB and EEB respectively. The free radical DPPH scavenging
activity of the extracts was concentration-dependent and the maximum activity was achieved
with 62 μg/mL. The extracts presented Fe3+reducing capacity similar to ascorbic acid and
higher than BHT and it was also concentration-dependent. The maximum reducing power was
achieved with 250 mg/mL. The AEB and EEB were most efficient in brain, reducing TBARS
formation while the WFB was most active in liver, decreasing protein oxidation. As for DNA
fragmentation, it can be seen that CP induced apoptosis, confirmed by the DNA ladder
pattern. The AEB neither induce apoptosis nor protected cells from the effects of CP. The
WFB was antigenotoxic, as it did not induce apoptosis and protected cells from the apoptotic
effect of CP. The EEB induced necrosis, as seen by the intense DNA lesion (smear). In
conclusion all extracts presented antioxidant activity and WFB was antigenotoxic. WFB may
be useful as cancer chemopreventive and/or anticarcinogenic agent. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG
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Abordagem computacional para detecção e análise de polimorfismos de nucleotídeo único em genomas bacterianos / Compuitational approach for detection and analysis of single-nucleotide polymorphisms SNPS)in bacterial genomesLima, Nicholas Costa Barroso 01 December 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-12-01 / Single nucleotide polymorphism, SNP, are common and may be responsible for di_erent phenotypes. The attention around this type of polymorphism was intensi_ed when it was discovered, through the sequencing project of the human
genome, that they were responsible for most of the genetic variability (90%) of complete human genomes compared. Thus, presenting a frequency of occurrence of one SNP per 1.000-2.000bp intervals. Recently, several studies have focused on the detection of this type of polymorphism in bacterial genomes for use in bacterial strain typing and phylogeny reconstruction, for example. In this work we developed a methodology for detecting and _ltering SNPs for bacterial genomes in order to analyze the prevalence of this type of polymorphism. The methodology involves the use of sequence alignment algorithms and _lters developed in PERL programming language for the detection and filtering of SNPs in order to obtain a reliable final set. The occurrence of SNPs fits the concept of Poisson probability distribution because they are events that occur in an interval, in this case, coding sequences. Within this context, we also calculated the expected frequency of SNPs for each case using a Poisson probability distribution. SNPs that exceeded the expected frequency may be subject to diferent selective pressure. The methodology was tested and evaluated for genomes in five genera of the family Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella and Yersinia) and used in the case study of Klebsiella pneumoniae str. Kp13 genome, a bacteria causing nosocomial infection. The methodology has been able to detect and filter SNPs in diferent species of the family Enterobacteriaceae in accordance with data already published. For the four Klebsiella pneumoniae strains analyzed the occurrence of such polymorphism between the strains compared was observed. Thus, coding sequences with a number of SNPs higher than the expected frequency, obtained by the Poisson Probability Distribution, have been investigated to assess its possible association with the bacteria lifestyle. / Polimorfismos de Unico Nucleotídeo, SNP, são freqüentes e podem ser responsáveis por diferentes fenótipos. A atenção em torno deste tipo de polimorfismo se intensificou quando se descobriu, através do projeto de seqüenciamento do genoma humano, que eram responsáveis pela maior parte da variabilidade genética (90%) entre genomas humanos completos comparados. Com isso apresentando uma freqüência de ocorrência de 1 SNP em intervalos de 1.000-2.000pb. Recentemente vários estudos se concentraram na detecção desse tipo de polimorfismo em genomas bacterianos para uso em tipagem de estirpes e reconstrução de filogenia, por exemplo.
Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia de detecção e filtragem de SNPs para genomas bacterianos visando a análise da prevalência desse tipo de polimorfismo. A metodologia envolve o uso de algoritmos de alinhamento de seqüência e filtros desenvolvidos na linguagem de programação PERL para a detecção e filtragem de SNPs com a finalidade de se obter um conjunto final confiável.
A ocorrência de SNPs se encaixa no conceito de distribuição de probabilidade de Poisson por serem eventos que ocorrem em um intervalo, nesse caso, seqüência
codificantes. Dentro deste contexto, também foi calculada a freqüência esperada de SNPs para cada caso estudado usando uma distribuição de probabilidade de Poisson. Microrganismos que apresentem SNPs em uma freqüência acima da esperada podem estar sujeitos a pressões seletivas diferenciadas. A metodologia foi testada e avaliada para genomas em cinco gêneros da família Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella e Yersinia) e utilizada no caso específico da bactéria Klebsiella pneumoniae str. Kp13, causadora de infecção nosocomial isolada no Brasil. A metodologia se provou capaz de detectar e filtrar SNPs em diferentes espécies da família Enterobacteriaceae em concordância com dados já publicados.
Para as 4 estirpes de Klebsiella pneumoniae foi observada a ocorrência desse tipo de polimorfismo entre as estirpes comparadas. Desta maneira, seqüências codificantes com um número de SNPs maior que a freqüência esperada, obtida com a Distribuição de Probabilidade de Poisson, foram investigadas para averiguação da sua possível associação com o estilo de vida bacteriano.
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Análise molecular e validação de raças primitivas de pupunha (Bactris gasipeaes) por meio de marcaodres RAPD.Silva, Cirlande Cabral da 31 August 2004 (has links)
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Previous issue date: 2004-08-31 / Molecular markers were used to examine the genetic variability of eight
landraces of peach palm (Bactris gasipaes var. gasipaes) and two wild
populations (B. gasipaes var. chichagui), their relationships and genetic
structures. Two hundred plants of these 8 races were used and 18 plants of the
two wild populations, one from the Magdalena River, Colômbia, and the other
from the Xingu River, Pará, Brasil. Eight primers were used to generate RAPD
markers, of which 124 markers were obtained with 101 polymorphic. The
observed heterozygosity of the set of landraces and wild populations was 0.38,
with 93 % polymorphism, both slightly greater than in earlier studies. The
Amazonian landraces had greater heterozygosity and % polymorphism than the
Central American race. The structure of the dendrogram based on Nei s (1972)
distances with the four previously studied landraces was similar to that study,
essentially validating it and confirming two landrace groups one Occidental
and one Oriental. When the Juruá landrace was added to the analysis, it joined
with the other Occidental races, as expected by its geographic position. When the
other landraces (with small sample sizes) were added to the analysis, a
consistency and some problems were observed. The consistency was that all the
landraces joined the Occidental group, expected by their geographic positions.
The problems were the grouping of the Vaupés landrace with the Juruá landrace,
which are geographically distant and have different fruit sizes and shapes. The
relationship between the Cauca landrace and the Inirida landrace was also
problematic, since they are geographically separated. These problems can only
be resolved with new germplasm collections in the appropriate geographic areas
and with an appropriate number of individuals. The two wild populations joined
the landraces at a great distance, suggesting that they did not participate in the
domestication of the cultivated landraces and indirectly reenforcing the
hypothesis of a single origin in southwestern Amazonia. / Marcadores moleculares foram utilizados para verificar a variabilidade genética
de oito raças primitivas de pupunha (Bactris gasipaes var. gasipaes) e duas
populações silvestres (B. gasipaes var. chichagui), suas relações e estruturas
genéticas. Foram utilizadas 200 plantas das 8 raças primitivas de pupunha e 18
plantas de duas populações silvestres, sendo uma do rio Magdalena, Colômbia, e
outra do rio Xingu, Pará, Brasil. Oito iniciadores foram usados para gerar
marcadores RAPD, obtendo 124 marcadores, dos quais 101 polimórficos. A
heterozigosidade observada do conjunto de raças e populações foi de 0,38, com
porcentagem de polimorfismo de 93%, ambas um pouco maior que nos estudos
anteriores. As raças da Amazônia apresentaram maiores heterozigosidades e %
polimorfismo que a raça de América Central. A estrutura do dendrograma
baseado nas distâncias de Nei (1972) para as quatro raças estudadas
anteriormente foi muito similar a este primeiro estudo, essencialmente validando
esta, e confirmando dois grupos de raças um Ocidental e um Oriental. Quando
a raça Juruá foi adicionada à análise, se agrupou com as raças Ocidentais, como
esperado pelo posicionamento geográfico. Quando as outras raças (com
tamanhos amostrais insuficientes) foram adicionadas à análise, observou-se
algumas consistências e problemas. A consistência principal foi o agrupamento
de todas as raças ocidentais no lado ocidental do dendrograma. Os problemas
foram os agrupamentos da raça Vaupés com a raça Juruá, que são distantes
geograficamente e possuem formatos e tamanhos de fruto muito diferentes. A
relação entre Cauca e Inirida também foi problemática, pois são geograficamente
separadas. Estes problemas somente podem ser resolvidos com novas coletas de
germoplasma nas áreas geográficas apropriadas com um número apropriado de
indivíduos. As duas populações silvestres se agruparam muito longe das raças,
sugerindo que não participaram da domesticação das populações cultivadas e
indiretamente reforçando a hipótese de uma origem no sudoeste da Amazônia.
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Estudos citogenéticos em algumas espécies de peixes da família loricariidae pertencentes à Bacia do Rio Piracicaba.Camilo, Fábio Mendes 21 December 2004 (has links)
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Previous issue date: 2004-12-21 / Willing to develop the number cytogenetically reports on fish species belonged to the
Loricariidae family, the actual work had as the basic aim to feature chromosomically three
specimen of fishes from the basin of the Piracicaba river: Hypostomus albopunctatus;
Liposarcus anisitsi and Corumbataia cuestae. The specimen H. albopunctatus and L.
anisitsi which were previously feature cytogenetically in other basins and these
cytogenetically data are correlated to the data obtained on this work, concerning to the
species C. cuestae, the cytogenetically data obtained puts together the first feature of
chromosome framing of a specie belonging to this king. The samples were exposed to
conventional and differential cytogenetically methodologies, involving bandings-C, Ag-
RON e FISH (hybridization fluorescent in situ) with probe 18S. The specimen H.
albopunctatus and L. anisitsi were collected in Piracicaba river (Piracicaba country, SP),
the H. albopunctatus, showed 2n=74 chromosomes (10M, 20SM, 44ST/A) the parts
organized of nucleolus were seen as diversified, with until 3 chromosome marked by Silver
Nitrate, featuring on this specie multiple RONs, being acrocentric chromosome with
terminal bandings on short arms and of small submetacentric pair with telomeric bandings
on short arms, coinciding to the results obtained by de FISH technique. The preparations to
marking C, made it clear large heterochromatin interstitial arm of a acrocentric
chromosomal pair, on short arm of a submetacentric pair pericentromeric marking of a long
arm of a large metacentric pair beyond short markings in centromeric parts of chromosomal
submetacentric. The samples of L. anisitsi showed 2n=52 chromosome (16M, 28SM, 6ST,
2A), after Silver Nitrate staining, the markings were placed on terminal position of a long
arm by a submetacentric chromosomal pair, featuring a single RON, confirmed by FISH.
The cytogenetical result obtained with two specimen on the actual work when compared to
the same specimen already described belonged to other basins they show a considered
conservation state. Differences were found, however, we might suggest that these specimen
seem to be cytogenetically very preserved when we compare the cytogetical results already
obtained to the species H. albopunctatus and L. anisitsi available in literature. The specie
Corumbataia cuestae, colleted at Lapa river (Itirapina county-SP), showed 2n=54
chromosomes (28M; 20SM; 6ST/A) just to Nucleolus Organized Regions were observed,
placed on the terminal part of short arm from number 2 pair featured as metacentric, and
they were seen as heteromorphic thought the size, sequential analysis of metaphases in
Giemsa/Silver and Giemsa/banding-C, discovered that the secondary constrictions
correspond to RONs. The constitutive heterochromatin pattern is observed clearly
nucleolus chromosomal pair, with large pericentromeric heterochromatic blocks. The
results obtained to offer new subsidy for studies evolution of Loricariídae, to open
perspective for best understanding of correlations between species of Hypostominae and
Hypoptopomatinae. / Com intuito de incrementar o número de registros citogenéticos em espécies de
peixes pertencentes à família Loricariidae, o presente trabalho teve como objetivo básico
caracterizar cromossomicamente três espécies de peixes da bacia do rio Piracicaba:
Hypostomus albopunctatus e Liposarcus anisitsi pertencentes à subfamília Hypostominae,
e Corumbataia cuestae pertencente à subfamília Hypoptopomatinae. As espécies H.
albopunctatus e L. anisitsi já foram previamente analisadas em outras bacias e os dados
citogenéticos disponíveis são correlacionados a aqueles ora obtidos neste trabalho. Quanto
à espécie C. cuestae, os dados citogenéticos obtidos constituem a primeira caracterização
da estruturação cromossômica de uma espécie pertencente a este gênero. Os exemplares
foram submetidos a metodologias citogenéticas convencionais, complementadas com
bandamento-C, Ag-RON e FISH (hibridação fluorescente in situ) com sonda de rDNA 18S.
As espécies H. albopunctatus e L. anisitsi foram coletadas no rio Piracicaba (município de
Piracicaba, SP) H. albopunctatus, apresentou 2n=74 cromossomos (10M, 20SM, 44ST/A).
As regiões organizadoras de nucléolo foram detectadas em até três cromossomos,
pelo tratamento com o Nitrato de Prata, caracterizando RONs múltiplas, sendo um
cromossomo acrocêntrico, com marcações terminais no braço longo e um par de
submetacêntricos pequenos, com marcações teloméricas nos braços curtos, coincidindo
com os resultados obtidos pela técnica de FISH. O bandamento C evidenciou grandes
blocos de heterocromatina constitutiva na região intersticial do braço longo de um par de
cromossomos acrocêntricos, no braço curto de um par de submetacêntricos, marcações
pericentroméricas no braço longo de um par de metacêntricos grandes, além de marcações
tênues em regiões centroméricas de cromossomos submetacêntricos. L. anisitsi apresentou
2n=52 cromossomos (16M, 28SM, 6ST, 2A). As Ag-RONs se localizaram na posição
terminal do braço longo de um par de cromossomos submetacêntricos, caracterizando
RONs simples, confirmadas por FISH. A heterocromatina constitutiva apresentou-se
localizada em blocos bem evidentes no braço longo do par de cromossomos
submetacêntricos portador da RON, adjacente à este sítio, na porção terminal do braço
longo de um par submetacêntrico grande e também na região intersticial do braço longo de
um par de cromossomos acrocêntricos grandes. Os resultados citogenéticos obtidos com
essas duas espécies, mostram uma boa correlação com os resultados descritos para
espécimens pertencentes a outras bacias, sugerindo uma estabilidade cariotípica entre
diferentes populações dessas espécies. A espécie Corumbataia cuestae, coletada no
córrego da Lapa (município de Itirapina-SP), apresentou 2n=54 cromossomos (28M;
20SM; 6ST/A). Apenas duas regiões organizadoras de nucléolos foram observadas,
localizadas na região terminal do braço curto do par metacêntrico número 2, apresentandose
heteromórficas quanto ao tamanho. Análises seqüenciais das metáfases coradas pelo
Giemsa/ Nitrato de Prata/ bandeamento C, evidenciaram que as constricções secundárias no
par número 2 correspondem as RONs. Regiões heterocromatina constitutiva são observadas
nitidamente nesse par de cromossomos, com grandes blocos pericentroméricos. Os
resultados obtidos oferecem novos subsídios para os estudos evolutivos dos Loricariídae,
abrindo perspectivas para uma melhor compreensão das correlações entre as espécies de
Hypostominae e Hypoptopomatinae.
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Diversidade e estrutura genética de Pilosocereus jauruensis : uma cactácea restrita aos enclaves de vegetação xérica no entorno do bioma PantanalGodoy, Mariana Ortiz de 08 September 2014 (has links)
Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-10-07T13:45:39Z
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Previous issue date: 2014-09-08 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Studies focusing on genetic diversity and population structure of naturally
fragmented taxa are of conservation concern. Such fragmented populations are more
subject to endogamy and genetic diversity erosion due to the pronounced effects of
isolation and genetic drift. Pilosocereus jauruensis is a columnar cactus species
restricted to patches of xeric vegetation on rock outcrops occurring around the Pantanal
biome in southwestern South America. This species has been recently resurrected from
synonymy with P. machriisi in the P. AURISETUS species group, and three taxa (P.
paraguayensis, P. saudadensis e P. densivillosus) are synonymized with P. jauruensis
in the current taxonomy. The present study aims to investigate the genetic population
structure of P. jauruensis and identify possible distinct population segments within this
species. We used data from four SSR markers in 157 individuals of six P. jauruensis
populations and 49 individuals of two populations of P. vilaboensis, a related species
occurring close to P. jauruensis populations in central Brazil. Furthermore, nucleotide
variation in two plastid intergenic spacers (trnSGCU-trnGUCC and trnT-trnL) was
investigated in four to five samples of each population. The indices FST e G”ST for SSR
data in P. jauruensis was 0.201 and 0.559 respectively, revealing high levels of genetic
differentiation among populations. Three haplotypes (Hd 0.663) of P. jauruensis with
six polymorphic sites were found in the cpDNA. NJ dendograms showed similar
relationships using SSR and cpDNA markers. Two populations, occurring in the same
geographic region of the invalid taxa P. saudadensis were highly differentiated from
other P. jauruensis populations. The cpDNA haplotype found in the northernmost P.
jauruensis population was closely related with P. vilaboensis haplotypes. Also, two
populations, occurring in the same geographic region of the invalid taxa P. densivillosus
were highly differentiated from other P. jauruensis populations. These results were
incongruent with the current taxonomic circumscription of P. jauruensis and suggest the
presence of distinct taxa within this species. / Os estudos sobre a diversidade genética e estrutura populacional de espécies
naturalmente fragmentada são de grande interesse para a conservação. Essas populações
fragmentadas estão mais sujeitas a endogamia e perda da diversidade genética devido
aos efeitos pronunciados de isolamento e deriva genética. Pilosocereus jauruensis é
uma espécie de cacto colunar restrita a manchas de vegetação seca sobre afloramentos
rochosos que ocorrem em torno do bioma Pantanal, no sudoeste da América do Sul.
Esta espécie foi recentemente retirada de sinonímia com P. machriisi no grupo de
espécies P. AURISETUS e três táxons desse grupo (P. paraguayensis, P. saudadensis e
P. densivillosus) são atualmente sinonimizados a ela. O presente estudo tem como
objetivo investigar a estrutura genética de populações de P. jauruensis e identificar
possíveis segmentos populacionais distintos dentro desta espécie. Foram utilizados dez
marcadores microssatélites em 157 indivíduos de seis populações de P. jauruensis e 49
indivíduos de duas populações de P. vilaboensis, uma espécie do grupo P. AURSETUS
que ocorre em regiões próximas às populações de P. jauruensis no Brasil central. Além
disso, a variação nucleotídica em dois espaçadores plastidiais intergênicos (trnSGCUtrnGUCC
e trnT-trnL) foi investigada em quatro a cinco amostras de cada população. Os
índices de FST e G"ST para dados SSR em P. jauruensis foi 0,201 e 0,559,
respectivamente, revelando elevados níveis de diferenciação genética entre as
populações. Três haplótipos plastidiais (Hd 0,663) de P. jauruensis com seis sítios
polimórficos foram encontrados. As relações de similaridade entre as populações foram
semelhantes entre os dois tipos de marcadores estudados. Duas populações, que
ocorrem na mesma região geográfica do táxon inválido P. saudadensis, foram altamente
diferenciadas em relação às outras populações de P. jauruensis e proximamente
relacionadas às populações de P. vilaboensis. As duas populações de P. jauruensis que
ocorrem na mesma região geográfica do táxon inválido P. densivillosus também foram
diferenciadas em relação às populações restantes de P. jauruensis. Estes resultados
foram incongruentes com a circunscrição taxonômica atual de P. jauruensis e sugerem a
presença de táxons distintos dentro desta espécie.
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Caracterização funcional do gene ypkA, homólogo de ypk1 em levedura, no fungo patógeno oportunista humano Aspergillus fumigatus / Functional characterization of the ypkA gene, an ypk1 homologous in yeast, on the human opportunist pathogenous fungus Aspergillus fumigatusGodoy, Naiane Lima 15 June 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-06-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Aspergillus fumigatus is an opportunistic pathogenic filamentous fungus, and the
causative agent of aspergillosis, including the invasive pulmonary aspergillosis in
immunocompromised individuals, most lethal form of the disease. As in all
eukaryotes, the plasma membrane of A. fumigatus is composed of sterols, glycolipids
and sphingolipids. The sphingolipids molecules are structural elements that
participate in the regulation of the actin cytoskeleton endocytosis, and cell growth. In
Saccharomyces cerevisiae, the sphingolipid synthesis is regulated by proteins such
as the "AGC kinases" known as Ypk1p and Ypk2p that inactivate Orm1p and Orm2p,
which are inhibitory proteins of the serine palmitoyltransferase (SPT) enzyme, the
first enzyme that participates in biosynthetic pathway of sphingolipids. Thus, Ypk1/2p
are responsible for stimulating the production of sphingolipids in response to several
cellular stress factors, such as cell wall stress and heat stress. Here, we aimed to
expand the study of sphingolipid biosynthesis in A. fumigatus by functional
characterization of the ypkAYPK1 gene by establishing its role in the regulation of
sphingolipid synthesis and in the maintenance of cell integrity. To accomplish this
goal, one null mutant strain ΔypkAypk1 and a conditional mutant strain niiA::ypkA of A.
fumigatus were obtained. The mutant strains were characterized by phenotypic tests
aimed at understanding the role of this gene in sphingolipid synthesis, virulence and
pathogenicity of this fungus. Subsequently real time RT-PCR experiments were
performed to quantify the expression of this gene in conditions of heat stress. The
results indicated that deletion of the gene ypkA promotes changes in the
development of the fungus, which presents severe defects in the vegetative growth
and absence of conidia. In addition, the conditional mutant shows increased
sensitivity to lipid synthesis inhibitory drugs. The results also indicate that there is no
interaction between genetic ypkA and pathway genes of the cell wall. Thus, we
propose that protein kinase YpkA in A. fumigatus is related to vegetative growth and
participates in the sphingolipid biosynthesis in A. fumigatus, contributing to the
development and integrity of the fungal cell. / Aspergillus fumigatus é um fungo filamentoso patogênico oportunista, e o agente
etiológico da aspergilose, que em imunocomprometidos pode vir a ocasionar a forma
mais letal da doença, a aspergilose pulmonar invasiva. Como em todos os
eucariotos, a membrana plasmática de A. fumigatus é composta por esteróis,
glicolipídios e esfingolipídios. As moléculas de esfingolipídios são elementos
estruturais que participam da regulação da endocitose, do citoesqueleto de actina e
do crescimento celular. Em Saccharomyces cerevisiae, a síntese de esfingolipídios é
regulada pelas proteínas do tipo “AGC quinases” conhecidas como Ypk1p e Ypk2p,
que inativam Orm1p e Orm2p, as quais são proteínas inibidoras da enzima serina
palmitoil-transferase (SPT), a primeira enzima que participa da via de biossíntese
dos esfingolipídios. Dessa forma Ypk1/2p são responsáveis por estimular a
produção de esfingolipídios na membrana plasmática em resposta a diversos fatores
de estresse celular, como por exemplo o estresse de parede celular, estresse
térmico entre outros. Diante disso, este trabalho teve como objetivo ampliar o estudo
da biossíntese de esfingolipídios em A. fumigatus através da caracterização
funcional do gene ypkAYPK1, de forma a estabelecer sua função na regulação da
síntese de esfingolipídios e na manutenção da integridade celular. Para cumprir esse
objetivo, uma linhagem mutante nulo ΔypkAypk1 e uma linhagem mutante condicional
niiA::ypkA em A. fumigatus foram obtidas. As linhagens mutantes foram
caracterizadas através de ensaios fenotípicos visando a compreensão do papel
desse gene na síntese de esfingolipídios, na virulência e patogenicidade desse
fungo. Posteriormente, foram realizados experimentos de RT-PCR em tempo real
para a quantificação da expressão desse gene em condições de estresse térmico.
Os resultados indicaram que a deleção do gene ypkA promove alterações no
desenvolvimento vegetativo do fungo, o qual cresce na forma de colônias pequenas
as quais não formam conídios. Ainda, o mutante condicional, quando reprimido,
apresenta sensibilidade a drogas inibidoras da síntese de lipídeos e esfingolipídios.
Os resultados indicam também que não há interação genética entre ypkA e os genes
da via da integridade da parede celular. Assim, podemos propor que a proteína
quinase YpkA de A. fumigatus está relacionada com o crescimento vegetativo e
participa da biossíntese de esfingolipídios em A. fumigatus, contribuindo com o
desenvolvimento e integridade da célula fúngica.
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Efeitos de uma desintegrina RGD recombinante na migração de uma linhagem celular de carcinoma de células escamosas de origem oralMontenegro, Cyntia de Freitas 28 April 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-04-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cancer is a group of diseases related to abnormal cell growth and ability to invade
tissues. These skills result in the development of metastases, leading to death in many of
the patients. During the process of invasion, the cells find a connective tissue rich in
fibronectin and collagen in which they will have to go through in order to reach the
blood vessels and then the metastatic site. Fibronectin adhesion receptors such as αvβ3
and α5β1 integrins are essential for cells to be able to move through the fibronectin
fibers. Integrins bind to the extracellular matrix (ECM) proteins via the RGD motif
present in fibronectin, making these cell types migration receptors a potential target for
the study of cancer. Thus, the effect of DisBa-01, an RGD containing motif disintegrin,
was investigated in two cell specialized on migration; fibroblasts (BJ) and oral
squamous cell carcinoma (SCC25). DisBa-01 (1 and 2 μM) was able to reduce cancer
cells migration speed and directionality, but not fibroblasts, on time-lapse experiments
performed on fibronectin coated plates. In order to understand if the effect of DisBa-01
is associated with alterations in cellular adhesion, cells were plated on fibronectin and
stained with anti-paxillin. Images acquired by confocal microscopy show changes in
focal adhesions, which have become larger and more numerous. These data were
confirmed, by time-lapse assays using Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF) in
cells transfected with paxillin. The expression of key fibronectin receptors, α5, β3 and
αv is present similarly in both strains, while the β1 subunit is expressed in lower
amounts in OSCC cells. To investigate the probable relationship of migration inhibition
with integrin β3 level, this subunit was overexpressed in the OSCC cells and all
parameters analyzed were restored. Taken together, these results demonstrate the ability
of DisBa-01 to affect cell migration depending on integrin expression level and by
modulating the dynamics of cell adhesions. / O câncer representa um conjunto de doenças relacionadas ao crescimento anormal de
células e sua capacidade de invadir tecidos. Essas habilidades resultam no
desenvolvimento de metástases, que levam muitos dos pacientes acometidos por essa
doença, à morte. Durante o processo de invasão as células encontram um tecido
conectivo rico em fibronectina e colágeno, o qual terão que atravessar a fim de chegar
aos vasos sanguíneos e posteriormente ao sítio metastático. Receptores de adesão a
fibronectica como a αvβ3 e α5β1 são essenciais para que as células sejam capazes de se
movimentar sobre as fibras dessa protéína. A integrinas se ligam a fibronectina através
do motivo RGD presente, fazendo desses receptores, potenciais alvos no estudo da
migração celular durante o câncer. Assim, o efeito da DisBa-01, uma desintegrina com
motivo RGD, foi investigado em duas células especializadas em migração; fibroblastos
(BJ) e uma linhagem de carcinoma de células escamosas oral (SCC25). A DisBa-01 (1 e
2 μM) foi capaz de diminuir a velocidade de migração e a direcionalidade das células
de câncer, mas não dos fibroblastos, em ensaios de time-lapse realizados em placas
recobertas por fibronectina. Com o objetivo de entender se o efeito da DisBa-01 está
relacionado com alterações na adesões celulares, as células foram plaqueadas sobre
fibronectina e marcadas com anti-paxilina. Nas imagens adquiridas através de
microscopia confocal é possível visualizar mudanças nas adesões, que se tornaram
maiores e mais numerosas. Dados que foram confirmados em ensaios de time-lapse
utilizando a microscopia de fluorescência de reflecção interna total (TIRF – Total
Internal Reflection Fluorescence) em células transfectadas com paxilina. A expressão
dos principais receptores de fibronectina, α5, αv e β3 está presente de forma similar nas
duas linhagens, enquanto a subunidade β1 é expressa em quantidades menores nas
células OSCC. Para investigar a provavel relação da inibição da migração com a
expressão da integrina β3, a mesma foi superexpressa em nas células de OSCC e todos
os parâmetros analizados foram normalizados. Em conjunto, esses resultados
demonstram a capacidade da DisBa-01 de afetar a migração celular dependendo do
nível de expressão de integrinas e através da modulação da dinâmica das adesões.
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Identificação e caracterização de genes e seus produtos protéicos do sistema olfatório e morfologia de antena da abelha sem ferrão Melipona scutellaris (Apidae: Meliponini)Carvalho, Washington João de 31 July 2014 (has links)
Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The main role of bees in nature is pollination of angiosperms, because of it
bees are responsible for biological diversity maintenance and food production as
well. Brazilian stingless bees (Meliponini) pollinate 40-90% of native trees and
are found worldwide, wherein Brazil is the main representative of these bees.
The Melipona scutellaris species (popularly known as the uruçu do nordeste ) is
distributed geographically from Bahia to Rio Grande do Norte State, in the Zona
da Mata region. The understanding of caste differentiation in Melipona scutellaris
is extremely important for conservation and management of this bee.
In 1950, Kerr proposed the model two genes/two-locus to explain the
caste differentiation in Melipona; when well fed double heterozygous larvae
develop into queens and underfed larvae or homozygous for these genes
become workers, as a result of low production of Juvenile Hormone.
Antennae is the main organ of bee olfactory system playing an important
role in mantaining of colony social organization and in the performance of caste
and sexes as well. The antennae houses a great diversity of sensilla, which are
very important to bee chemical communication as receptors of compounds in the
air such as pheromones, leading to typical behavioral responses of individuals,
species, genera or families.
The second chapter we show the results from scanning electron
microscopy which demonstrates a heterogeneous distribution pattern of sensilla
along the antenna. The main types of sensillum found in the antennae of M.
scutellaris were: trichodea, basiconica, placodea, coeloconica, ampullacea and
campaniformia. The most abundant sensilla found were trichodea and placoid in
both castes and sexes. The ampullacea and coeloconica sensilla were found
only in the distal flagellomeres of females and campiniformes and basiconica
sensilla were not found in the analyzed antennae male. Larvae pre-defecant
showed structures that are morphologically similar to sensilla. These structures
has pores at its base and were found in many parts of the head area, which may
represent an important gateway of volatile compounds from the larval food.
xvii
These compounds, possibly can activate genes involved in caste differentiation
of Melipona scutellaris.
The third chapter introduces the detection, cloning and sequencing of
transcripts of the MscuCSP2, MscuCSP6, MscuOBP4 and MscuOBP8 genes
from Melipona scutellaris larvae. We detected the MscuOBP8 protein in the L2,
L3 (1-3), LPD LD larval stages of development using a monoclonal antibody
selected by phage display. The 3D structure of the MscuOBP8 protein showed
an internal cavity composed of hydrophobic amino acids confirming its binding
function to hydrophobic compounds such as volatile substances.
According to our data, the morphology of the head and especially adult
antenna of the pre-defecating larvae (stage responsive to the action of juvenile
hormone) and also the caracterization of genes and proteins of olfactory system
in larvae of Melipona scutellaris can be correlated with caste differentiation
mechanism in Melipona scutellaris proposed by Kerr. / O principal papel das abelhas na natureza é a polinização de
angiospermas, com papel fundamental na manutenção da diversidade biológica,
bem como na produção de alimentos de modo geral. As abelhas brasileiras sem
ferrão (Meliponini), polinizam de 40 a 90% das árvores nativas e estão presentes
em todo o mundo, sendo o Brasil o principal representante dessas abelhas. A
espécie Melipona scutellaris (popularmente conhecida como uruçu do Nordeste)
está distribuída na região da Zona da Mata, ocorrendo desde a Bahia até o Rio
Grande do Norte. O entendimento sobre a diferenciação de castas em Melipona
scutellaris é um aspecto extremamente importante para a conservação e manejo
dessa abelha, principalmente no Brasil.
Em 1950, Kerr propôs um modelo, para explicar a diferenciação de casta
em Melipona, de dois genes/dois lócus, de modo que larvas duplo heterozigotas,
quando bem alimentadas, desenvolvem-se em rainhas e larvas mal alimentadas
ou homozigotas para esses genes, tornam-se operárias, em consequência de
baixa produção de Hormônio Juvenil.
Para a organização social da colônia e desempenho adequado dos papéis
das castas e sexos, as abelhas apresentam um elaborado sistema olfatório, do
qual a antena é o principal órgão sensorial, abrigando grande diversidade de
sensilas. As sensilas têm papel na comunicação química intra e interespecífica,
atuando como receptores de compostos químicos no ar, como os feromônios,
levando à respostas comportamentais característico de indivíduos, espécies,
famílias ou gêneros.
No segundo capítulo apresentamos, de acordo com as imagens de
microscopia de eletrônica de varredura, um padrão heterogêneo de distribuição
das sensilas ao longo da antena. Os principais tipos de sensilas identificados
nas antenas de M. scutellaris foram: tricóide, basicônica, placóide, celocônica,
ampulácea e campiniforme, sendo que as sensilas tricóides e placóides foram as
mais abundantes em todas as castas e sexo. As sensilas ampulácea e
celocônica foram encontradas apenas nos flagelômeros distais das fêmeas e
xv
campiniformes e basicônicas não foram encontradas nas antenas de macho
analisadas. As larvas LPD apresentaram estruturas morfologicamente
semelhantes à sensilas, com poros em sua base, em diversas regiões da área
analisada, que podem representar uma importante porta de entrada de
compostos voláteis presentes no alimento larval que possam ativar genes
envolvidos na diferenciação de castas de Melipona scutellaris.
No terceiro capítulo, nós detectamos transcritos, clonamos e
sequenciamentos os genes MscuCSP2, MscuCSP6, MscuOBP4 e MscuOBP8
em larvas de M. scutellaris. Selecionamos um anticorpo monoclonal por phage
display que nos permitiu detectar a proteína MscuOBP8 nos estágios L2, L3 (1-
3), LPD e LD do desenvolvimento larval. A estrutura 3D da proteína MscuOBP8
apresentou cavidade interna composta por aminoácidos hidrofóbicos
corroborando com sua função carreadora de compostos hidrofóbicos tais como,
substâncias voláteis.
Neste contexto, este trabalho apresenta a morfologia da antena de
adultos e, principalmente, da porção anterior de larva do estágio pré-defecante
do desenvolvimento (sensível à ação do hormônio juvenil) e também a
caracterização de genes e proteínas do sistema olfatório em larva de Melipona
scutellaris a fim de correlacioná-los com o mecanismo de diferenciação de
castas em Melipona scutellaris proposto por Kerr. / Doutor em Genética e Bioquímica
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“Avaliação dos mecanismos imunológicos associados ao aumento da resistência de animais tratados com Talidomida frente à infecção com Brucella abortus”Goyatá, Társila Ferreira Guimarães 25 July 2014 (has links)
Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-09-12T18:53:45Z
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Previous issue date: 2014-07-25 / A Brucelose é uma zoonose causada por bactérias do gênero Brucella que infectam o homem e uma grande variedade de animais, principalmente o gado. Em humanos causa febre ondulante, endocardite, artrite e osteomielite enquanto em animais causa aborto e infertilidade. Essa enfermidade é considerada a zoonose mais prevalente no mundo, com mais de 500.000 novos casos relatados por ano. Somente no Brasil, a Brucelose causa um impacto econômico estimado de 32 milhões de dólares ao ano. A resposta imune contra a Brucella envolve vários mecanismos da imunidade inata e adquirida entre os quais a citocina IFN-y, típica do perfil TH1, e as células T CD8+ executam um papel de destaque. IFN-y ativa macrófagos induzindo a produção de radicais derivados de oxigênio e nitrogênio essenciais no combate ao patógeno, além de ativar células NK. Já os linfócitos T CD8+ lisam as células infectadas destruindo o patógeno ou deixando-o vulnerável aos mecanismos extracelulares da imunidade. Assim, estes mecanismos são essenciais para o controle efetivo da infecção. Diversos trabalhos têm mostrado que a Talidomida, um derivado do ácido glutâmico, é capaz de induzir a formação de um perfil TH1, com elevada produção de IFN-y, além de co-estimular e induzir a proliferação e produção de citocinas por linfócitos T CD8+. De fato, trabalhos prévios de nosso grupo demonstraram que o tratamento prévio com Talidomida é capaz de aumentar a resistência de camundongos C57BL/6 contra Brucella, aliada ao aumento na produção de citocinas (IL-12 e IFN-y), óxido nítrico e células T CD8+. Assim, uma vez que a Talidomida apresenta um amplo espectro de ações, o objetivo deste estudo foi avaliar outros mecanismos imunológicos afetados pela Talidomida e que estejam associados ao aumento da resistência ao patógeno. Nosso foco não é o tratamento com a Talidomida em si, mas embasar o desenvolvimento de novos compostos ou componentes vacinais que auxiliem no combate a esta importante patologia. Como metodologia, primeiramente foi confirmada a carga bacteriana esplência uma semana após infecção, em animais previamente tratados com Talidomida. Em seguida a proliferação celular e o perfil de células regulatórias foram determinados em esplenócitos derivados de animais tratados e infectados. Em relação a imunidade inata, a ação da Talidomida foi avaliada através da produção de citocinas (IL-6 e TNF-α) e de óxido Nítrico. Por fim, avaliamos a influência da talidomida na sobrevivência de animais “Knockout” para IFN-y após a infecção por Brucella e se o tratamento com a droga é capaz de alterar a proteção induzida pela vacinação com a cepa RB51. Como resultados, foi percebida uma significativa redução na carga bacteriana de animais tratados com Talidomida em relação aos animais não tratados. Essa redução foi acompanhada de um aumento na proliferação linfocitária e da diminuição no percentual de células T regulatórias. Em relação aos macrófagos, foi percebido um aumento na produção de óxido nítrico em células tratadas com a droga após estímulo com a bacteria. Por fim, o tratamento com Talidomida não foi capaz de conferir maior nível de proteção a animais vacinados com a cepa RB51 e nem modificou o tempo de vida de animais “Knockout” para IFN-y infectados com B. abortus. Assim, o presente estudo conclui que a talidomida é capaz de potencializar a eliminação da Brucella abortus in vivo, e que esta potencialização é dependente da produção de IFN-y e óxido nítrico, bem como da redução do perfil regulatório. / Brucellosis is a zoonotic disease caused by bacteria of the genus Brucella that infects humans and a wide variety of animals, especially cattle. In humans it causes undulant fever, endocarditis, arthritis and osteomyelitis while in animals causes abortion and infertility. This disease is considered the most prevalent zoonosis in the world, with more than 500,000 new cases reported annually. Only in Brazil, Brucellosis causes an estimated economic impact of $ 32 million annually. The immune response against Brucella involves different mechanisms of innate and acquired immunity among which IFN-y cytokine, typical of TH1 profile, and CD8+ T cells have an important role. IFN-y activates macrophages by inducing the production of radicals derived from oxygen and nitrogen essential to combat the pathogen and activate NK cells. Already, CD8+ lymphocytes lyse infected cells by destroying the pathogen or leaving it vulnerable to extracellular mechanisms of immunity. So, these mechanisms are essential for an effective infection control. Several studies have shown that thalidomide, a derivative of glutamic acid, is able to induce the formation of a TH1 profile with high production of IFN-y, and to co-stimulate and induce proliferation and cytokine production by CD8 + T lymphocytes. In fact, previous studies from our group demonstrated that previous treatment with thalidomide is able to increase the resistance of C57BL/6 mice against Brucella, coupled with the increase in cytokine production (IL-12 and IFN-y), nitric oxide and CD8+ T cells. Therefore, since the Thalidomide has a broad spectrum of actions, the objective of this study was to evaluate other immune mechanisms affected by Thalidomide and which are associated with increased resistance to the pathogen. Our focus is not the treatment with thalidomide itself, but undergird the development of new compounds or vaccine components that help in combating this important disease.
As methodology, firstly was confirmed the bacterial load one week after infection in animals previously treated with Thalidomide. Then the profile of regulatory cells and cell proliferation were determined in splenocytes derived from treated and infected mice. Regarding innate immunity, the action of thalidomide was evaluated by the production of cytokines (IL-6 and TNF-α) and nitric oxide. Finally, we evaluated the influence of thalidomide on survival of animals "IFN-y Knockout” after Brucella infection and if the treatment with the drug is able to change the protection induced by vaccination with strain RB51 protection. As results, it was noticed a significant decrease in bacterial load of animals treated with thalidomide compared to untreated animals. This reduction was accompanied by an increase in lymphocyte proliferation and decrease in the percentage of regulatory T cells. With regard to macrophages, an increase in nitric oxide production in cells treated with the drug was seen after stimulation with bacteria. Finally, treatment with thalidomide was not able to confer higher level of protection to animals vaccinated with RB51 strain and did not change the life of animals "Knockout" for IFN-y infected with B. abortus. So, this study concludes that thalidomide is able to enhance the elimination of Brucella abortus in vivo, and that this enhancement depends on the IFN-y and nitric oxide as well as the reduction in the regulatory profile.
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