Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wanessa Fernandes Carvalho.pdf: 6063093 bytes, checksum: 0ea1cba23ab3d2a3ae295a8c03e44030 (MD5) Previous issue date: 2014-02-10 / Os agrotóxicos tem sido alvo de preocupação por parte dos diversos segmentos da sociedade, uma vez que o uso indiscriminado (regido por fatores, como: uso inadequado, alta toxicidade, falta do uso de equipamentos de proteção e precariedade dos mecanismos de vigilância) podem gerar impactos ambientais, sociais e sanitários. A exposição ocupacional de trabalhadores agrícolas ocorre por falta de informação ou recursos técnicos qualificados. Um dos problemas da utilização de agrotóxicos é a genotoxicidade de tais produtos o que pode acarretar danos genéticos. Pouco se sabe sobre a relação entre a genotoxidade e a variação dos polimosfismos genéticos de metabolização de xenobióticos que podem modificar a suscetibilidade individual aos possíveis efeitos genotóxicos dos agrotóxicos. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito genotóxico e mutagênico da exposição ocupacional aos agrotóxicos, verificando a variabilidade polimórfica dos genesGSTM1 e GSTT1 em indivíduos expostos a pesticidas, associados à intoxicação, em municípios do estado de Goiás, com intensa atividade agrícola. Foram avaliados 71 trabalhadores rurais com histórico de exposição ocupacional a pesticidas e 68 controles, que apresentaram as mesmas condições socioambientais (idade, fumo, álcool). Os danos no DNA foram avaliados utilizando o teste do micronúcleo e o ensaio cometa. Para estes ensaios foram selecionados os seguintes parâmetros: comprimento da cauda do cometa, porcentagem de DNA na cauda e momento da cauda de Olive. As amostras de DNA foram obtidas a partir de linfócitos de sangue periférico utilizando o kit Ilustra MS ® (GE, EUA), de acordo com o protocolo do fabricante. Para a reação da PCR foi utilizado SYBR ® Green PCR Master Mix (AppliedBiosystems ®, EUA). A estimativa de danos genômicos para os trabalhadores que não utilizavam EPI foi de 0,82 + 0,990, para o comprimento do cometa, 0,78 + 0,94 para % de DNA na cauda e 0,20 + 1,06 para momento da cauda de Olive, demostrando assim diferença estatisticamente significativa entre os parâmetros. O estudo demonstrou uma taxa relativamente alta de micronúcleos 5,42 + 7,32 e células binucleadas 10,37 + 8,66, em indivíduos expostos que não usavam equipamentos de proteção individual (EPI), indicando que o uso destes equipamentos pode ter efeito protetor contra os agrotóxicos (p<0,001). A distribuição da frequência de GSTM1 e GSTT1 nulos no grupo exposto foi observada em 43,66% e 21,12% respectivamente, e o grupo controle apresentou deleção de GSTM1 em 39,70% dos indivíduos, e para GSTT1, 29,41% dos indivíduos apresentaram a deleção. No entanto, não houve um aumento no risco de intoxicação para os genótipos nulos.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARIANA SCHWENGBER RABELO.pdf: 832715 bytes, checksum: 2706eef7f6a3e8662625069e50c1529d (MD5) Previous issue date: 2014-10-09 / The hemoglobinopathies are a group of heritable changes prevalent in various regions of the world, but significantly affect the Brazilian population for its abundant miscegenation. Are changes in structural genes that cause the formation of hemoglobin variants, and - or regulatory genes, causing thalassemias. Currently, the number of identified abnormal hemoglobin has increased due to improvements in methods of analysis, however, many routine laboratories are not prepared for the correct identification of these changes. In the present study aimed to assess the prevalence of hemoglobinopathies using classical methods and make the molecular characterization of mutations S, C, beta thalassemia IVS-110, IVS-1, IVS-6 and CD-39 by gene amplification using the PCR technique (Polymerase Chain Reaction). The molecular study used specific primers that bind promptly at the position of the mutated allele in position and the normal allele can thereby carry out gene allele specific amplification. 200 peripheral blood samples of patients of the Clinical Laboratory at PUC-Goiás were collected during July - December 2012-2012. The results showed the validity of the methodology in the molecular characterization of mutations, two (1%) AC patients, an one (0,5%) AS, two (1%) with mutation IVS-6 and one (0,5%) IVS-1 observed. The codon 39 and IVS-110 were not detected in any of the patients investigated. / As hemoglobinopatias formam um grupo de alterações hereditárias prevalentes em várias regiões do mundo, mas atingem significativamente a população brasileira por sua miscigenação abundante. São alterações em genes estruturais, que ocasionam a formação de hemoglobinas variantes, e-ou em genes reguladores, causando as talassemias. Atualmente, o número de hemoglobinas anormais identificadas tem aumentado devido à melhoria nas metodologias de análises, no entanto, muitos laboratórios de rotina não estão preparados para a correta identificação destas alterações. No presente estudo objetivamos avaliar a prevalência das hemoglobinopatias por meio de métodos clássicos e fazer a caracterização molecular das mutações S, C, beta talassemia IVS-110, IVS-1, IVS-6 e CD-39 pela amplificação gênica utilizando a técnica do PCR-AE. O estudo molecular utilizou primers específicos que se ligam pontualmente na posição do alelo mutado e na respectiva posição do alelo normal, podendo assim realizar amplificação gênica alelo específica. Foram coletadas 200 amostras de sangue periférico de pacientes do Laboratório Clínico da PUC-Goiás no período de julho-2012 a dezembro-2012. Os resultados evidenciaram a validade da metodologia molecular na caracterização das mutações, sendo observados dois pacientes (1%) AC, um (0,5%) AS, dois (1%) com mutação IVS-6 e um (0,5%) IVS-6. O códon 39 e IVS-110 não foram detectados em nenhum dos pacientes investigados.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 WILMAR JOSE MANOEL.pdf: 28599556 bytes, checksum: 2aff9f0bc3700a6ea9bee62b4406ec07 (MD5) Previous issue date: 2008-12-12 / Soft tissue sarcomas are rare neoplasms, usually with dismal prognosis, that account for 1% of all malignancies. Several challenges are described for their management, specially when the tumor is larger than 5cm, with high histological grade, trunk localization and presenting metastasis. Immunohistochemical data demonstrate a possible prognostic role for the immunodetection of p53 protein, but any Brazilian study has ever been carried out on this assumption. The goal of the present study was to investigate the possible association between the immunodetection of p53 protein and prognosis in a group of 104 adult patients with soft tissue sarcoma assisted at the Hospital Araújo Jorge, Associação de Combate ao Câncer em Goiás from 1996 to 2000. Our study demonstrated that 41 cases (39.4%) had positive immunodetection of p53 protein, of whom, fibrosarcoma was the histological type with the higher immunodetection rate (29.2%), followed by leiomiosarcoma (19.5%). No statistically significant association was demonstrated between immunodetection of p53 and clinical-pathological features. The immunodetection of p53 protein in tumor cells revealed a labeling index higher than 50% in 32 cases (78%), and lower than 50% in 9 cases (32%). The 5-year survival rate was higher for patients with negative p53 immunodetection (60.6%), when compared with those with positive immunodetection (39.4%), however, the difference between the two groups was not statistically significant (p=0.279). The prognostic role of the p53 protein in the present study revealed that a labeling index higher than 50% was significantly associated with a lower 5-year survival rate (85.7% vs 28.3%) (p= 0.015). This parameter should be useful as a prognostic factor for soft tissue sarcoma, and should be better investigated in larger multiinstitutional prospective studies, justified by its potential influence in therapeutic decisions. / Os sarcomas de partes moles (SPM) são neoplasias raras, representando cerca de 1% do total das neoplasias. E com prognóstico ruim. Várias dificuldades são constatadas no tratamento dos SPM com tamanhos maiores que 5 cm, alto grau histológico, localização no tronco e presença de metástases. Estudos de imuno-histoquimica demonstram uma possível correlação entre o prognóstico dos SPM e a imunodetecção de p53, porém, nenhuma investigação acerca desta correlação foi desenvolvida no Brasil. O objetivo deste estudo foi investigar as possíveis correlações entre a detecção imuno-histoquímica da proteína p53 e o prognóstico de SPM em amostras obtidas de 104 pacientes adultos, atendidos no Hospital Araújo Jorge da Associação de Combate ao Câncer em Goiás de 1996 a 2000. Nosso estudo demonstrou a imunodetecção de p53 em 41 dos casos de SPM (39,4%), dos quais o fibrossarcoma foi o tipo histológico com maior imunodetecção (29,2%), seguido do leiomiossarcoma (19,5%). Nenhuma relação estatisticamente significativa foi demonstrada entre a imunodetecção de p53 e os aspectos clínicopatológicos estudados. A imunodetecção de p53 revelou índices de marcação superiores a 50% em 32 casos (78%) e inferiores a 50% em 9 casos (22%). A sobrevida em cinco anos foi maior para os pacientes cuja imunodetecção da proteína p53 foi negativa (50,06%), quando comparados àqueles nos quais a imunodetecção foi positiva (39,9%). Entretanto, a diferença entre os dois grupos não teve significância estatística (p=0,279). A investigação do papel prognóstico da proteína p53, no presente estudo, evidenciou que índices de marcação superiores a 50% das células tumorais associaram-se de forma inversa com a sobrevida em cinco anos (85,7% vs 28,3%) (p= 0,015). Este parâmetro pode ser útil como fator prognóstico para os SPM e deverá ser melhor avaliado em futuros estudos prospectivos multicêntricos, tendo em vista sua potencial influência em decisões terapêuticas.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francisco Weliton Rodrigues.pdf: 26774271 bytes, checksum: c81af1f8ff9812886fda32632000dc44 (MD5) Previous issue date: 2008-09-29 / Pterygium is a disease of unknown origin and pathogenesis that can be vision threatening. Several researchers believe that pterygium is UV-related and that abnormal expression of p53 protein and infection with human papillomavirus (HPV) are risk factors for pterygium, but their experiments have been inconclusive. We investigated its relation with p53 protein expression, p53 gene codon 72 polymorphism and infection with HPV DNA. Pterygial samples were obtained from 36 patients; 21 normal conjunctival samples were used as controls. Expression of p53 protein was studied by Immunohistochemistry, using the antibody DO-7. Analysis for the p53 genotype was made with PCR, using specific primers for the arginine and proline alleles, and an analysis for HPV was made of the pterygium patients and control group. Fourteen of the 36 pterygia specimens were positive for abnormal p53 expression. Thirty one of the patients were heterozygotic and three were homozygotic for the proline allele; two were homozygotic for the arginine allele; in the control group 12 of 21 were heterozygotic and seven of these 21 were homozygotic for the proline allele; two were homozygotic for the arginine allele. Twenty-one of the pterygia patients were positive for HPV; HPV type 1 was found in nine of these, type 2 in seven and both types in five. Only two of the 21 controls had HPV; both had type 16. We suggest that abnormal expression of p53, p53 codon 72 polymorphisms and HPV DNA are required cofactors for the development of pterygium. / O pterígio é uma doença de origem e patogênese desconhecida que pode comprometer a visão. Vários pesquisadores acreditam que o pterígio está relacionado à luz UV e a expressão anormal da proteína p53, além da presença do papilomavírus humano (HPV), como fatores de risco para o seu desenvolvimento, mas os resultados são inconclusivos. Investigamos a expressão da proteína p53, o polimorfismo do codon 72 do gene TP53 e a presença do HPV. Amostras de pterígio foram obtidas de 36 pacientes e 21 escleras normais formaram o grupo controle. A expressão de p53 foi analisada por imunohistoquímica usando anticorpo DO-7. Análise do genótipo de p53 foi realizada por PCR com primers específicos para os alelos arginina e prolina e a presença do HPV foi analisada nos dois grupos. Quatorze amostras de pterígio (39%) foram positivas para expressão anormal de p53. O polimorfismo foi observado em 31 (86%) amostras heterozigotas, 03 (8%) homozigotas para prolina e 02 (6%) homozigotas para arginina, enquanto que no grupo controle foi observado 12 (57%) amostras heterozigotas, 07 (33%) homozigotas para prolina e 02 (10%) homozigotas para arginina. 21 pterígios (59%) foram positivos para HPV e o tipo 01 foi encontrado em 43% (9/21), tipo 02 em 34% (7/21) e os dois tipos simultaneamente em 23% (5/21) amostras do gruppo pterígio. O grupo controle mostrou 9.5% (2/21) amostras positivas para HPV e o tipo 16 nas duas amostras. Nossos dados sugerem que a expressão anormal de p53, o polimorfismo do codon 72 e a presença do HPV podem estar relacionados com o desenvolvimento do pterígio.

A alface (Lactuca sativa L.) e a cebola (Allium cepa L.) são vegetais de grande importância na alimentação dos brasileiros. Também são amplamente utilizadas como espécie-alvo em bioensaios, os quais são importantes para a determinação do efeito de agentes sobre partes de um organismo. O conhecimento sobre os aspectos morfológicos dos cromossomos de espécies alvo é extremamente importante. Desta forma, faz-se necessário a utilização de metodologias que possibilitem um conhecimento de características que estão relacionadas com a sensibilidade e/ou resistência dos materiais geneticamente distintos dentro da espécie-alvo. Um parâmetro a ser utilizado na descrição cariotípica é a identificação de proporção áurea na razão de braços de cromossomos. A proporção áurea encontrada em várias formas na natureza e utilizada em diversas áreas dos saberes do homem confere às estruturas uma maior estabilidade e resistência. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar metodologias para averiguar a presença de proporção áurea, bem como quantificar as variações cariotípica e morfométricas de sete genótipos de Lactuca sativa L. e de quatro genótipos de Allium cepa L., bem como identificar e quantificar a presença de proporção áurea na razão de braços dos cromossomos desses genótipos. A metodologia que estabelece a presença de proporção áurea fazendo uso da diferença entre o maior segmento e o menor multipicado por apresentou melhores resultados nos controles das taxas de erro tipo I e de poder. Houve variação da fórmula cariotípica de genótipos das duas espécies utilizadas para o estudo. Identificou-se a presença de proporção áurea nos pares cromossômicos em todos os genótipos. Há variação na quantidade de cromossomos que apresentam em proporção áurea entre os genótipos das espécies. Elas apresentaram entre um e quarto cromossomos em proporção áurea. Os resultados citogenéticos aqui relatados podem ser aplicados como ferramentas de auxílio na identificação de genótipos de Lactuca sativa L e de Allium cepa L. além de fornecer subsídios para futuros estudos de manipulação cromossômica. / Lettuce (Lactuca sativa L.) and onion (Allium cepa L.) plants are of great importance in the diet of Brazilians. They are also widely used in bioassays as the target species, which are important for determining the effect of agents on parts of the body. Knowledge of the morphology of the chromosomes of target species is important. Thus, it is necessary to use methods that allow knowledge of characteristics that relate to the sensitivity and/or resistance of materials within genetically distinct target species. A parameter to be used in karyotype description is the identification of the golden ratio in the arm ratio of chromosome. The golden ratio found in various forms in nature and used in various areas of human knowledge structures confers greater stability and strength. The objective of this study was to evaluate methodologies for the presence of the golden ratio, as well as quantify the karyotypic and morphometric variation in seven genotypes of Lactuca sativa L. and four genotypes of Allium cepa L., and identify and quantify the presence of the golden ratio in the ratio arms of chromosomes of these genotypes. The methodology that establishes the presence of the golden ratio making use of the difference between the largest and smallest segment multiplied by showed better results in the control of Type I error rates and power . There was variation in the karyotype formula of genotypes of the two species used for the study. Identified the presence of the golden ratio in chromosome pairs in all genotypes. There is variation in the number of chromosomes present in the golden ratio between genotypes and species. The species had between one and fourth chromosomes in golden ratio. Cytogenetic findings reported here can be applied as a tool to aid identification of genotypes and Lactuca sativa L. e Allium cepa L. and provide insights for future studies of chromosomal manipulation.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-11T17:48:37Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Daniel Lúcio Rodrigues Dutra.pdf: 623819 bytes, checksum: e27c559cf8e657f3868f5417b83e9c4d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-11T17:48:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Daniel Lúcio Rodrigues Dutra.pdf: 623819 bytes, checksum: e27c559cf8e657f3868f5417b83e9c4d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2006-07-11 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / The main objective of this work was to isolate the ORFs CV0867 (sodB2) e CV2504 (sodB1) of C. violaceum and induce their expression in Escherichia coli cells harboring sod genes, to evaluate the increase in SOD activity in the recombinant cells exposed to oxidative stress conditions. The sodB1 gene was isolated by PCR, using specific primers, and cloned into pGEM ® -T Easy vector. The amplification reaction could not be optimized for the second set of primers, specific for sodB2 gene. In an attempt to obtain a vector suitable for the regulated heterologous expression of SOD, some strategies were proposed for the construction of vectors with expression under the control of a sterically repressed promoter – srp. The sodB1 gene was then subcloned into vectors pCR4-SRP and pUC-SRP, derived from pCR ® 4-TOPO ® e pUC72, respectively, both developed during this project. However, the obtaining of recombinant clones was not possible. Despite the fact that SOD is not a toxic protein for the cell, we tested the hypothesis of the lethality of recombinant clones caused by the overexpression of SOD. Thus, amy and pfu genes were cloned into pUC-SRP, although the clones harboring the gene of interest could not be obtained. We concluded that the expression mechanisms of pUC-SRP and pCR4-SRP vectors may have caused deletery effects to the host cells, and that modifications in their structure should be made for the minimizing of heterologous expression levels, reducing the risk of toxicity for the clones. / O principal objetivo do trabalho foi isolar as regiões estruturais dos genes sod correspondentes às ORFs CV0867 (sodB2) e CV2504 (sodB1) de C. violaceum e expressá- las em células de Escherichia coli portando os genes sod, para avaliar o incremento da atividade de SOD nas células recombinantes submetidas a condições de estresse oxidativo. O gene sodB1 foi isolado via PCR, utilizando iniciadores específicos, e clonado em vetor pGEM ® -T Easy. Para sodB2, não conseguiu-se otimizar a reação de amplificação. Com o intuito de obter um vetor para expressão heteróloga regulada de SOD foram traçadas estratégias para a construção de vetores com expressão controlada por um promotor estericamente regulado - srp. O gene sodB1 foi então subclonado nos vetores pCR4-SRP e pUC-SRP, derivados de pCR ® 4-TOPO ® e pUC72, respectivamente, ambos desenvolvidos a partir deste trabalho. No entanto, não foi possível a obtenção de clones recombinantes. Apesar de SOD não ser uma proteína tóxica para a célula, testou-se a hipótese de que a superexpressão desta proteína seria a causa da letalidade dos clones recombinantes. Assim, foram clonados os genes amy e pfu em pUC-SRP. Porém, mais uma vez não foram obtidos clones portando os genes de interesse. Conclui-se então que os mecanismos de expressão do vetor pUC-SRP, bem como de pCR4-SRP, devem ter ocasionado efeitos deletérios às células hospedeiras, e que alterações na sua estrutura devem ser feitas no sentido de minimizar os níveis de expressão heteróloga, reduzindo assim o risco de produção de toxicidade para os clones.

Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-02-11T18:56:57Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Aline Almeida Mattos.pdf: 3417727 bytes, checksum: c5c27457db3dabcfb4b55c7e2378496e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-11T18:56:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Aline Almeida Mattos.pdf: 3417727 bytes, checksum: c5c27457db3dabcfb4b55c7e2378496e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2007-10-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The species Simulium guianense s.l. Wise is incriminated as the main vector of Onchocerca volvulus Leuckart, which is the ethiologic agent of oncocerciasis in the Amazonian focus of the disease, located in the northern portion of South América. The objectives of this study were to analyze different populations of this species using polythene chromosomes and mitochondrial gene sequences of the COI region to evaluate the relationships among these populations. The specimens for the cytotaxonomic study were collected in the Brazilian states of Amazonas, São Paulo and Goiás (Rio Ponte de Pedra) and for the molecular study the specimens were collected in the states of Amazonas, Amapá, Goiás (Rios Ponte de Pedra and Verdão), Maranhão and Roraima (one population from the Homoxi oncocerciasis focus and two from sites outside of the focus: Caroebe and Surumu). The polythene chromosomes from the analyzed populations were compared with a standard map that had been previously established for this species. The cytological analysis indicates the presence of polymorphic inversion in the Amazonas and São Paulo populations; the population from Goiás (Rio Ponte de Pedras) had two fixed inversions. Comparing 702 bp from the COI mithochondrial gene in the nine studied populations, a considerable number of polymorphic sites were observed, thereby allowing population and phylogeographic analyses to be undertaken. A representative cladogram was constructed to analyse the relationships among the observed haplotypes. The cladogram suggests that the populations from the northern region of Brazil (Amapá, Amazonas and the Caroebe site in Roraima) share one haplotype, while the populations from the Amazonian focus (Homoxi site in Roraima) is most closely related to the population from the Surumu site in Roraima, as these populations share a common haplotype. The populations from São Paulo and Goiás, Rio Verdão (from the southeast and centro-west regions of Brazil, respectively) have high haplotypic variability, each specimen being represented by one haplotype. The population from the Rio Ponte de Pedra site in Goiás did not share haplotypes with any of the other populations studied, including the population from the Rio Verdão site in Goiás, located approximately 50 Km away in the same hydrological basin. The populations from Amazonas and the Caroebe site in Roraima had negative values of F ST, suggesting that they exchange alleles freely and do not show any genetic structure. The population from Maranhão is well sructured in relation to the others with a low number of migrants; this population appears to be derived from the population in São Paulo. The NJ phylogeographic tree constructed using the F ST values indicates the division of the analyzed populations into two groups separated by the Amazon River. The northern group is represented by the populations in Amapá, Roraima (Surumu, Homoxi and Caroebe) and Amazonas, while the southern group is represented by Maranhão, the Rio Verdão site in Goiás, and São Paulo. The results obtained by cytological and molecular techniques suggested that the S. guianense s.l. populations analyzed, in general, do not constitute a species complex, as has been suggested by some authors, even though the populations had high genetic variability. The only exception is the population from Goiás (Rio Ponte de Pedra), which probably represents a species that is new to science. / A espécie Simulium guianense s.l. Wise é incriminada como principal vetor de Onchocerca volvulus Leuckart, causadora da oncocercose no foco Amazônico, localizado no norte da América do Sul. Os objetivos do presente estudo foram analisar diferentes populações dessa espécie utilizando cromossomos politênicos e seqüências da região do gene mitocondrial COI, para avaliar as relações entre essas diferentes populações. Para a análise cromossômica, os espécimes foram coletados nos estados do Amazonas, São Paulo e Goiás (Rio Ponte de Pedra) e para a análise molecular foram coletados nos estados do Amazonas, Amapá, Goiás (Rios Ponte de Pedra e Verdão), Maranhão e Roraima (uma população na área do foco de oncocercose-Homoxi e, duas fora da área do foco, Caroebe e Surumu). Os cromossomos politênicos das populações analisadas foram comparados com mapas estabelecidos anteriormente para essa espécie. As análises citológicas do padrão de bandas dos cromossomos politênicos mostraram inversões polimórficas, na condição heterozigota nas populações do Amazonas e São Paulo, e a de Goiás (Rio Ponte de Pedras) apresentaram duas inversões fixas. Comparando 702 pb da região do gene mitocondrial COI das nove populações estudadas, um valor considerável de sítios polimórficos foram observados, permitindo estudos populacionais e filogeográficos. Um cladograma representativo foi construído a fim de relacionar os haplótipos detectados, permitindo observar que as populações do norte, Amapá, Amazonas e RR-Caroebe compartilham um mesmo haplótipo, enquanto a área do foco Amazônico (RR-Homoxi) está mais relacionada com as populações de RR-Surumu, compartilhando um haplótipo em comum. As populações de São Paulo e Goiás, Rio Verdão (das regiões sudeste e centro-oeste, respectivamente) apresentam elevada variabilidade haplotípica, onde cada indivíduo é representado por um haplótipo. A população do Rio Ponte de Pedra, de Goiás não compartilhou haplótipos com as outras populações estudadas, nem mesmo com a do Rio Verdão, também em Goiás, localizada a aproximadamente 50 Km de distância. As populações do Amazonas e RR-Caroebe apresentaram valores negativos de F ST, sugerindo que elas, trocam alelos livremente, representando uma população sem estrutura genética. A população do Maranhão, que se mostrou bem estruturada em relação às outras, tem baixo número de migrantes, mas parece ser derivada da população de São Paulo. Usando os valores de F ST uma árvore filogenética de NJ foi gerada e pode-se observar uma separação entre os grupos ao norte da calha do Rio Amazonas, representados por indivíduos do Amapá, RR (Surumu, Homoxi e Caroebe) e Amazonas, e outro ao sul da calha do Rio Amazonas (Maranhão, GO-Rio Verdão e São Paulo). Os resultados obtidos, utilizando técnicas citogenéticas e moleculares, sugerem que as populações de S. guianense s.l. analisadas, no geral, não fazem parte de um complexo de espécie, como sugerido por alguns autores, apesar de apresentar acentuada variabilidade genética. A exceção é a população de Goiás (Rio Ponte de Pedra) que, provavelmente, representa uma nova espécie para a Ciência.

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-04-16T17:42:56Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrezza Arantes Castro - 2018.pdf: 2625041 bytes, checksum: 5c588cc8e4644fe3bfa34ba8e1dd05a9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-04-17T10:54:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrezza Arantes Castro - 2018.pdf: 2625041 bytes, checksum: 5c588cc8e4644fe3bfa34ba8e1dd05a9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-17T10:54:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andrezza Arantes Castro - 2018.pdf: 2625041 bytes, checksum: 5c588cc8e4644fe3bfa34ba8e1dd05a9 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-12 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The ease access to Next Generation Sequence methodologies has improved the development of several projects, once it makes possible the de novo assembly of DNA sequences, creating a great amount of data and giving access to unknown genomes of different organisms. The anuran species Ololygon centralis belong to Hylidae family. It is considered as endemic of Cerrado Biome and little is known about its genomics. The aim of this work was to realize a draft of the genome of O. centralis in order to identify, to characterize, to quantify repetitive elements and to predict possible genes. Also, we aimed to develop microsatellite markers for the species. The genome draft assembled in 13989 scaffolds, which correspond to 4926069 bp with N50 = 336. The repetitive elements found in the O. centralis genome (1795 transposons, 957, microsatellite, one satellite DNA and 25 small nuclear RNAs) comprised 531337 bp. Between the retrotransposons, the LINE element (49,83%) was the most abundant, followed by LTR (48,66%) and SINE (1,56%). It was possible to identify coding genes for the 5S, 18S and 28S subunits of ribosomes. Also, 18 types of coding regions for tRNA and 26 putative genes were found in the O. centralis genome. From the microsatellite regions, it was possible to design 87 pairs of primers for the flanking sites. There were found 47 regions composed of tetranucleotides, 39 dinucleotides and on trinucleotide on the microsatellite sites. From them, 31 pairs of primers were selected for amplification and 18 showed good results. The annealing temperatures varied from 50° e 60° C. Seven markers showed polymorphism. From them, only 5 markers (PCE05, OCE11, PCE20, OCE21, OCE26) were used to characterize the genotype of 30 individuals. The medium number of alleles was 10, the allelic amplitude varied from 148 bp (OCE20) to 318 bp (OCE21). The Expected Heterozygosity was 0,7 and the observed was 0,5. The probability of parentage exclusion (Q) was 0,993 and the probability of combined identity (I) was 1,13x10-6. The global value of the fixation index (FST) was significant and equal to 0,2 (p<0.05). The data obtained from the NGS Illumina platform represent one important step for the knowledge of genomics of this species and of the anuran in general. / A facilidade para o acesso às metodologias de Sequenciamento de Segunda Geração (Next Generation Sequence) tem impulsionado o desenvolvimento de diversos projetos, uma vez que possibilita a montagem de novo de sequências, gerando uma grande quantidade de dados e permitindo o acesso a genomas de diversos organismos ainda pouco conhecidos. A espécie de anuro Ololygon centralis (Pombal e Bastos 1996) pertence à família Hylidae, considerada endêmica do Bioma Cerrado e que ainda não dispõe de nenhuma informação genômica. O objetivo desse trabalho foi realizar uma montagem parcial do genoma de Ololygon centralis a fim de identificar, caracterizar, quantificar elementos repetitivos e predizer genes nas sequências genômicas, além de desenvolver marcadores microssatélites para a espécie. O genoma parcial montado resultou em 13.989 scaffolds, que correspondem a 4.926.069 pb com N50 de 336. Os elementos repetitivos encontrados no genoma de O. centralis (1.795 elementos transponíveis, 957 microssatélites, um DNA satélite e 25 pequenos RNAs nucleares) totalizaram 531.337 pb. Entre os retrotransposons, o elemento LINE (49,83%) foi o mais abundante, seguido do LTR (48,66%) e SINE (1,56%). Foram identificados os genes que codificam as subunidades 5S, 18S e 28S de ribossomos, 18 tipos de tRNAs no genoma e 26 genes. A partir das sequências foi possível desenhar 87 pares de primers flanqueando regiões microssatélites. Dentre elas, 47 foram regiões compostas de tetranucleotídeos, 39 dinucleotídeos, e um trinucleotídeo. Deste total, 31 pares de primers foram selecionados para padronização em gel de poliacrilamida (6%) e 18 deles apresentaram produto de amplificação adequado. Durante a padronização, as temperaturas de anelamento variaram entre 50° e 60° C e sete marcadores apresentaram polimorfismo. Dos sete, apenas cinco marcadores (OCE05, OCE11, OCE20, OCE21, OCE26) foram padronizados e utilizados para caracterização em 30 indivíduos de O. centralis no analisador automático ABI3500. O número médio de alelos foi igual a 10, a amplitude alélica variou entre 148pb (OCE 20) a 318 pb (OCE 21). A Heterozigosidade média esperada foi 0,7 e a observada igual a 0,5. A probabilidade de exclusão de paternidade (Q) foi igual a 0,993 e a probabilidade combinada de identidade (I) igual a 1,13x10-6. O valor global para o índice de fixação (FST) foi significativo e igual a 0,2 (p <0,05). Os dados obtidos a partir do NGS plataforma Illumina representam um importante passo para o conhecimento genômico dessa espécie e dos anfíbios em geral, o desenvolvimento de primers contribuirá para o estudos genéticos-populacionais de Ololygon centralis e espécies correlacionadas por meio da transferibilidade.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 383074.pdf: 317111 bytes, checksum: 586824978be7b33eb0edbe3378f0449d (MD5) Previous issue date: 2006-09-12 / Introdu??o Devido a sua estrutura mineralizada e inerte, ao seu tamanho e a sua localiza??o, dentes molares e pr?-molares s?o considerados boas fontes para obten??o do DNA necess?rio para a identifica??o molecular de pessoas. V?rias metodologias t?m sido empregadas para obten??o de DNA a partir dos dentes, sendo que o uso do equipamento de pulveriza??o criog?nica Freezer mill ? para a pulveriza??o e da coluna concentradora MicroconTM-100 s?o procedimentos padr?o mais utilizados e difundidos. O uso conjunto dessas duas metodologias ?, por?m, demorado e de custo elevado. N?s desenvolvemos este trabalho com o objetivo de testar e padronizar um novo m?todo econ?mico e r?pido para a obten??o de DNA de dentes para estudos forenses. O resultado deste trabalho vem a atender aos interesses do Conv?nio de Coopera??o entre o Programa de P?s-Gradua??o em Biologia Celular e Molecular da PUCRS (PPGBCM-PUCRS) e o Instituto-Geral de Per?cias (IGP-RS) da Secretaria da Justi?a e da Seguran?a P?blica do Rio Grande do Sul (SJS-RS), o qual visa desenvolver pesquisas que atendam ?s necessidades de avan?o na linha de investiga??o da Biologia Forense. Material Foram utilizados dentes molares ou pr?-molares provenientes de 26 cad?veres n?o identificados previamente, depositados no DML-RS. Para cada cad?ver avaliado foi registrado seu estado geral de apresenta??o, o tempo estimado de morte, a idade e o local onde o cad?ver foi encontrado. Os dentes foram retirados dos cad?veres, armazenados por no m?nimo 24 horas a 80?C e, posteriormente, utilizados nos testes. A escolha dos corpos foi aleat?ria, abrangendo v?rios est?gios de decomposi??o, tempo de morte e locais onde foram encontrados. Metodologia Material Foram utilizados dentes molares ou pr?-molares provenientes de 26 cad?veres n?o identificados previamente, depositados no DML-RS. Para cada cad?ver avaliado foi registrado seu estado geral de apresenta??o, o tempo estimado de morte, a idade e o local onde o cad?ver foi encontrado. Os dentes foram retirados dos cad?veres, armazenados por no m?nimo 24 horas a 80?C e, posteriormente, utilizados nos testes. A escolha dos corpos foi aleat?ria, abrangendo v?rios est?gios de decomposi??o, tempo de morte e locais onde foram encontrados. Metodologia Para a economia: (I) foi usado o moinho mineral?gico IKA (Ika do Brasil RJ- Brasil), de baixo custo em compara??o ao uso do Freezer mill?; (II) foi usado precipita??o do DNA com o uso de isopropanol, de baixo custo em compara??o ao uso do MicroconTM-100. Para a rapidez: foi testado o tempo de duas horas para a incuba??o do tecido no tamp?o de lise celular em compara??o ao tempo padronizado de 12 horas. Procedimentos: N?s usamos o moinho mineral?gico IKA para obten??o de tecido pulverizado dos dentes a fim de extrair DNA na quantidade e qualidade necess?rias para a obten??o de perfil gen?tico. Cada amostra foi mo?da e separada em quatro subamostras, nas quais foi avaliado o tempo de incuba??o (2 ou 12 horas de incuba??o) e o m?todo de precipita??o final do DNA (MicroconTM 100 ou isopropanol). A quantidade e a qualidade do DNA obtido foram testadas. A viabilidade de uso do DNA nuclear e do DNA mitocondrial obtido foi verificada pela capacidade de amplifica??o por t?cnica de Polymerase Chain Reaction (PCR) das amostras atrav?s do uso dos kits apropriados. Resultados e Discuss?o: A utiliza??o do moinho mineral?gico IKA para pulveriza??o de tecido foi eficaz em todas as amostras testadas. As amostras processadas com MicroconTM-100 n?o apresentaram diferen?as significativas na quantidade de DNA obtido quando incubadas por 2 ou 12 horas, o que permite aceitar que uma incuba??o de duas horas ? suficiente para o procedimento padr?o. O mesmo foi verificado nos subgrupos, nos quais, a precipita??o foi realizada com isopropanol. Com o uso do MicroconTM-100 obteve-se uma concentra??o superior de DNA quando comparado ao uso do isopropanol (p<0,001). No entanto, a precipita??o por isopropanol obteve um DNA de pureza superior ao do DNA processado com MicroconTM-100 (p<0,001). Dos 26 casos avaliados, dentes de 20 corpos tiveram seu DNA nuclear autoss?mico identificado com sucesso e, em dois dos 20 casos, foi tamb?m utilizada com sucesso a an?lise do cromossomo Y, n?o excluindo v?nculo patril?neo. Os seis demais casos apenas foram identificados pela an?lise do DNA mitocondrial, n?o excluindo o v?nculo matril?neo. A menor concentra??o de DNA derivada da precipita??o realizada com isopropanol parece ter sido compensada pela maior pureza do material uma vez que houve similaridade do n?meros de loci analisados com sucesso quando se comparam MicroconTM-100 e isopropanol. O estado geral do cad?ver, o tempo estimado de morte, a idade e o local onde o cad?ver foi encontrado n?o foram significativamente associados com a quantidade ou a qualidade do DNA obtido, bem como com o n?mero de loci analisados com sucesso. Conclus?o: A utiliza??o do moinho mineral?gico IKA para pulveriza??o de tecido foi eficaz e pode substituir o uso do Freezer mill? reduzindo o custo dos procedimentos. A precipita??o com isopropanol foi eficaz e pode substituir o uso do MicroconTM-100 reduzindo ainda mais o custo dos procedimentos. Um tempo de duas horas para a incuba??o do tecido no tamp?o de lise celular foi eficaz para reduzir o tempo dos procedimentos. Os experimentos desenvolvidos neste trabalho testaram e padronizaram um novo m?todo r?pido e econ?mico para a obten??o de DNA de dentes para estudos forenses, que pode ser empregado em outros caso de identifica??o de cad?veres humanos. O resultado deste trabalho poder? atender aos interesses do Conv?nio de Coopera??o entre o PPGBCM-PUCRS e o IGP-RS no desenvolvimento e no avan?o na linha de investiga??o da Biologia Forense.

A leucemia linfóide aguda de células T (LLA-T) é um tipo agressivo de câncer hematológico que surge a partir da transformação maligna de progenitores de células T. Apesar do progresso significativo no tratamento atual, os desafios concentram-se na morbidade após os regimes de quimioterapia convencionais e na sobrevida pós-recaída. Além disso, os pacientes com LLA-T apresentam pior prognóstico quando comparados àqueles com precursores de células B, consequentemente, novas abordagens terapêuticas ainda se fazem necessárias para aprimorar os resultados naquele subtipo. YM-155 é um derivado imidazólico originalmente classificado como supressor transcricional de survivina e tem demonstrado potente efeito antiproliferativo sobre uma grande variedade de tumores humanos, porém a atividade desse composto ainda é pouco explorada em linhagens de células T. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de YM-155 no crescimento e morte celular em linhagens de LLA-T infantil. O presente estudo demonstrou que YM-155 exibiu atividade antiproliferativa e potente efeito indutor de apoptose nessas células, na qual a linhagem JURKAT mostrou ser mais sensível ao tratamento em relação a CCRF-CEM, apresentando o valor de CI50, respectivamente, 73,11 ± 7,65 nM e 2,17 ± 0,08 μM. Além disso, YM-155 diminuiu significativamente a capacidade de formação de colônias e induziu o bloqueio do ciclo celular da CCRF-CEM na fase S e, na linhagem JURKAT, diminuiu substancialmente a população em G2/M e aumentou a fração Sub-G1. No entanto, em ambas, não foi observada a inibição da expressão de survivina após tratamento com YM-155, assim como a inibição da expressão dos genes VEGF e Bcl-xL, o que sugere que esse composto, em linhagens LLA-T mutadas para TP53, esteja atuando de forma independe da inibição de survivina e do fator de transcrição SP-1. Conclui-se que YM-155 é eficaz na redução do crescimento e aumento de morte celular, portanto representa um agente antitumoral promissor em linhagens de leucemia linfóide aguda de células T. / T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) is an aggressive hematological cancer that arises from the malignant transformation of T-cell progenitors. Despite the significant progress in current treatment, challenges remain the lifelong morbidity after present chemotherapy regimens and post-relapse survival. Additionally, patients with T-ALL have poor prognosis compared to those with B-cell precursor, consequently, novel therapeutic approaches are still needed to improve the outcome in this cohort. YM-155 is an imidazolium derivative originally discovered as supressant of survivin transcription and has potent antiproliferative effects on a variety of human cancer, but, YM-155 effect in T-ALL cell line is underexplored. Based on this information, the present study aimed to evaluate YM-155 effect on cell lines derived from pediatric T-ALL. The drug exhibited antiproliferative activity and induced apoptosis. JURKAT cells (IC50 value: was 73.11 ± 7.65 nM) was more sensitive to treatment than CCRF-CEM (IC50 value: 2.17 ± 0.08 uM). Moreover, YM- 155 decreased clonogenic capacity and affected cell cycle dynamic. In CCRF- CEM, the treatment induced S phase arrest and, in JURKAT cells, decreased G2/M population and increased sub-G1 fraction. However, in both cell line, inhibition of survivin expression was not observed after treatment with YM-155, as well as the inhibition of VEGF and Bcl-xL genes expression, suggesting that this compound, in p53-deficient T-ALL cell line, is acting independently of survivin and SP-1 transcription factor inhibition. This results reinforcing the likelihood of using YM-155 as a therapeutic approach to combat leukemia and increase knowledge about mechanisms in vitro.