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Diversidade haplotípica de microssatélites do cromossomo Y humano na população de Pernambuco, Nordeste do Brasil

Eline Xavier da Silva Barros, Jemima January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:05:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6233_1.pdf: 2126575 bytes, checksum: 74545cd2d1f68fa1820f18784c87de22 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Os microssatélites do cromossomo Y têm sido reconhecidos como ferramentas valiosas na caracterização genética de populações humanas. No entanto, poucos são os trabalhos com esse cromossomo no Nordeste do Brasil. Por isso, estudamos 11 marcadores do cromossomo Y, visando criar um banco de dados para caracterizar a população de Pernambuco quanto ao grau de variabilidade genética, fornecendo informações para investigações forenses e de paternidade. Assim, a amostra foi constituida por 250 homens pernambucanos não aparentados e um filho (sexo masculino) de cada um deles. O DNA genômico foi obtido de sangue periférico e extraído por mini salting out. Os sítios de interesse foram amplificados por PCR e os produtos da PCR submetidos à eletroforese vertical em PAGE, com revelação por impregnação com AgNO3. Os resultados encontrados são consistentes com a história da população do Nordeste do Brasil. Freqüências e diversidades alélicas/haplotípicas foram determinadas. Os locos DYS385 e DYS464 foram os mais informativos com diversidade genética (h) acima de 80%, e os locos DYS389I e DYS393 os menos informativos, com h inferior a 50%. Foram observados 227 haplótipos distintos, dos quais os mais freqüentes foram encontrados em quatro indivíduos e 211 haplótipos foram únicos, sendo o haplótipo estendido bastante informativo. Outros haplótipos foram construídos e analisados, mostrando uma contribuição maior que o haplótipo mínimo também estudado. Estes resultados fornecem informações úteis para investigações de paternidade e forense, bem como para análise histórica da população pernambucana.
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Determinação do polimorfismo de 15 microssatélites do cromossomo Y na população do Estado de Alagoas, Nordeste do Brasil

AZEVEDO, Dalmo Almeida de January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:05:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6275_1.pdf: 1470797 bytes, checksum: aa39f70d5f235c59d832a639818d2235 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Microssatélites localizados na região não recombinante do cromossomo Y (NRY) são amplamente utilizados em estudos forenses e populacionais. Neste trabalho foi feita a análise do polimofismo e da taxa de mutação de 15 microssatélites do cromossomo Y (haplótipo mínimo mais DYS447, DYS458, DYS464) numa amostra da população de Alagoas constituída por 255 duplas pai/filho. Foi observado um total de 230 haplótipos diferentes dos quais 207 ocorreram apenas uma vez. Através da análise de pais e filhos foram detectadas mutações em oito das 3.825 transmissões alélicas analisadas, com uma taxa de mutação média estimada em 2,092 × 10-3. O haplótipo mínimo mais comum ocorreu 16 vezes e é também o haplótipo mais comum entre caucasianos das populações do Rio de Janeiro e São Paulo bem como nas populações européias do sul de Portugal, Madri (Espanha) e Ligúria (Itália). O haplótipo mínimo mais comum das populações Yanomami, Bantu e de Moçambique não foi encontrada nenhuma vez na amostra analisada
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Diversidade de Passifloraceae s.s. no Espírito Santo

BORGES, K. F. 16 August 2016 (has links)
Made available in DSpace on 2018-08-01T22:33:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8996_Katiuss Ferreira Borges.pdf: 6834509 bytes, checksum: 3ef1dbac275a941df6eb5d3567f78721 (MD5) Previous issue date: 2016-08-16 / Passifloraceae sensu stricto é uma família representada por 17 gêneros e cerca de 630 espécies. No Brasil, das 139 espécies encontradas, 30 ocorrem no Espírito Santo, que ocupa a 8ª posição em diversidade, tanto de espécies cultivadas quanto de espécies silvestres. Cultivos comerciais no Brasil concentram-se basicamente em Passiflora edulis, no entanto, as demais espécies ocorrentes no estado também exibem caracteres morfo-agronômicos de interesse, e são fontes de recursos genéticos a serem caracterizados e empregados em programas de melhoramento e conservação. O objetivo deste trabalho foi caracterizar espécies de Passifloraceae s.s. ocorrentes no Espírito Santo, por meio de ferramentas taxonômicas e marcadores moleculares microssatélites para fornecer informações para o preenchimento de lacunas geográficas, diversidade genética e conhecimento da flora. Para tal buscou-se estudar os espécimes depositados em coleções de herbários e os provenientes de coletas de campo. As espécies foram caracterizadas através de 50 SSR desenvolvidos para P. edulis e 21 para P. alata. 56 caracteres morfológicos foram avaliados e, 44 primers amplificados, com taxa de 48% de transposição resultou para o estado a identificação do gênero Passiflora com 29 espécies, subordinadas dentro de quatro subgêneros: cinco pertencentes ao subg. Decaloba (DC.) Rchb. (P. auriculata Kunth., P. capsularis L., P. misera Kunth, P. porophylla Vell. e P. suberosa L.; 20 ao subg. Passiflora L. (P. actinia Hook., P. alata Curtis, P. amethystina J.C. Mikan, P. campanulata Mast., P. edmundoi Sacco, P. edulis Sims, P. filamentosa Cav., P. foetida L., P. junqueirae Imig & Cervi, P. kermersina Link & Otto, P. malacophylla Mast., P. margaritae Sacco, P. mediterranea Vell., P. miersii Mast., P. mucronata Lam., P. racemosa Brot., P. setacea DC., P. sidifolia M.Roem., P. silvestris Vell., P. speciosa Gardn. e P. vellozii Gardn.; duas ao subg. Astrophea Mast. (P. haematostigma Mast. e P. rhamnifolia Mast.) e somente uma ao subg. Deidamioides (Harms) Killip (P. contracta Vitta) e do gênero Mitostemma com uma única espécie Mitostemma glaziovii Mast. Apresentamos também ilustrações e dados de distribuição geográfica das espécies. A compilação das análises morfológicas e moleculares auxiliaram no entendimento das relações entre as espécies. Palavras-chave: maracujá, microssatélites, morfologia, taxonomia, transferibilidade
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Efeito dos impactos antrópicos na diversidade genética de populações de araticum (Annona crassiflora Mart.) e cagaita (Eugenia dysenterica DC.)

Vasconcelos, Pedro Braunger de 01 December 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-23T20:03:15Z No. of bitstreams: 1 2016_PedroBraungerdeVasconcelos.pdf: 1311632 bytes, checksum: 751b620b96ef0515826f058796a3bebd (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-04T21:30:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_PedroBraungerdeVasconcelos.pdf: 1311632 bytes, checksum: 751b620b96ef0515826f058796a3bebd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-04T21:30:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_PedroBraungerdeVasconcelos.pdf: 1311632 bytes, checksum: 751b620b96ef0515826f058796a3bebd (MD5) / Os hábitats naturais estão cada vez mais fragmentados e sujeitos a queimadas, derrubada de árvores e presença de gado. Esta redução populacional leva a gargalos genéticos, efeito fundador, deriva genética e redução no fluxo gênico. O Cerrado brasileiro é a mais rica savana do mundo mas já perdeu metade da sua vegetação original. Dentre as espécies endêmicas do Cerrado, encontram-se o araticum (Annona crassiflora Mart.) e cagaita (Eugenia dysenterica DC.). Tais espécies se destacam pelo seu potencial de exploração econômica através do extrativismo de seus frutos. O objetivo dessa tese foi determinar os efeitos da fragmentação e distúrbios antrópicos na diversidade genética, estrutura espacial genética e endogamia em A. crassiflora e E. dysenterica. Para isso coletamos folhas de 30 indivíduos adultos em seis populações de cada espécie. Três populações eram localizadas em áreas grandes e protegidas sem histórico recente de distúrbios e outras três populações em áreas pequenas, isoladas e com sinais de distúrbios antrópicos. Para a diferenciação dos indivíduos utilizamos 10 marcadores SSR já desenvolvidos para araticum e 13 para cagaita desenvolvidos na tese. Com os dados da genotipagem determinamos o polimorfismo, heterozigosidade e estrutura genética espacial. Todas as populações apresentaram alto polimorfismo e diversidade genética. Contudo, não houve diferenças significativas entre as áreas controle e degradadas, além de não ter sido observada uma forte estrutura genética nessas áreas. Populações degradadas podem não ter sido afetadas devido à já alta diversidade genética natural encontrada em todas as populações estudadas ou que ainda há fluxo gênico entre populações degradadas. Além disso, é possível que tenham sido estudadas árvores que existiam antes da redução populacional, refletindo assim uma diversidade genética pré-degradação. Nossos resultados mostram que áreas pequenas e fragmentadas podem manter a diversidade genética in situ de A. crassiflora e E. dysenterica. / Natural habitats are increasingly fragmented and subject to burning, cutting trees and cattle. This population reduction leads to genetic bottlenecks, founding effect, genetic drift and reduction in gene flow. The Brazilian Cerrado is the richest savannah in the world but has lost half of its original vegetation. Among the endemic species of the Cerrado, are araticum (Annona crassiflora Mart.) and cagaita (Eugenia dysenterica DC.). Such species stand out for their potential for economic exploitation through the extraction of their fruits. The aim of this thesis was to determine the effects of fragmentation and anthropic disturbances on genetic diversity, genetic spatial structure and inbreeding in A. crassiflora and E. dysenterica. We collected leaves of 30 adult individuals in six populations of each species. Three populations were located in large, protected areas with no recent history of disturbances and three other populations in small, isolated areas with signs of anthropogenic disturbances. For the differentiation of the individuals we used 10 SSR markers already developed for araticum and 13 for cagaita developed in the thesis. With the genotyping data, we determined the polymorphism, heterozygosity and spatial genetic structure. All populations showed high polymorphism and genetic diversity. However, there were no significant differences between the control and degraded areas, nor was there a strong genetic structure in these areas. Degraded populations may not been affected due to the already high natural genetic diversity found in all populations studied or that there is still gene flow among degraded populations. In addition, it is possible that trees that existed prior to population reduction have been studied, thus reflecting a pre-degraded genetic diversity. Our results show that small and fragmented areas can maintain the in situ genetic diversity of A. crassiflora and E. dysenterica.
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Estudo do gene SHOX em pacientes com baixa estatura associada ou não a malformações esqueléticas encaminhadas com suspeita clínica da síndrome de Turner

SANTOS, Luana Oliveira dos 31 January 2013 (has links)
Submitted by Andre Moraes Queiroz (andre.moraesqueiroz@ufpe.br) on 2015-04-14T14:58:22Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO LUANA SANTOS.pdf: 2620467 bytes, checksum: dda9bba3a16c2408ffcfa5d487b9a85b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T14:58:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO LUANA SANTOS.pdf: 2620467 bytes, checksum: dda9bba3a16c2408ffcfa5d487b9a85b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / CNPq; FACEPE / A baixa estatura é uma das maiores causas de encaminhamento de pacientes à uma unidade pediátrica, sendo uma indicação comum para avaliação genética. Um dos mais importantes genes analisados em pacientes com déficit estatural é o SHOX (Short stature HOmeobox-cotainig gene), relacionado com a baixa estatura e deformidades esqueléticas. Este estudo teve como objetivo definir o cariótipo das pacientes com suspeita clínica da síndrome de Turner (ST) e investigar a haploinsuficiência do gene SHOX em pacientes com cariótipo normal (46,XX) que apresentaram sinais clínicos de baixa estatura associada ou não a malformações esqueléticas. As pacientes foram atendidas no Serviço de Genética Médica do IMIP e no Serviço de Endocrinologia Pediátrica do HC. A análise citogenética foi realizada em linfócitos de sangue periférico e a investigação de deleções foi realizada através de marcadores de microssatélites. A análise citogenética realizada em 168 pacientes revelou alterações cromossômicas compatíveis com a ST em 68 pacientes (40,48%), 20 pacientes (11,90%) apresentaram outras constituições cariotípicas e 80 pacientes (47,62%) apresentaram cariótipo 46,XX, sendo 28 destas inseridas no estudo molecular. A análise citogenética nas pacientes com suspeita clínica da ST permitiu definir seus cariótipos e a investigação do gene SHOX permitiu descartar a haploinsuficiência do gene em 46,43% da amostra de pacientes citogeneticamente normais. Assim, a baixa estatura nestas pacientes não possui etiologia genética para os marcadores moleculares utilizados no presente estudo.
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Mapeamento cromossômico comparativo em espécies de Glycine Willd., Phaseolus L. e Vigna Savi

Cilene de Andrade Bortoleti, Kyria 31 January 2010 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo794_1.pdf: 3152169 bytes, checksum: cc4e181b062470e2d6d2fd6689e4f9eb (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Um estudo genômico comparativo foi realizado mediante localização in situ de oligonucleotídeos com padrão de microssatélites [(AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6] e dos domínios RT dos retrotransposons Ty1-copia-like e Ty3-gypsy-like, ao longo dos cromossomos de Glycine max, Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata e V. radiata. Os oligonucleotídeos apresentaram-se em grande proporção nos genomas analisados, porém houve variação em quantidade, organização e distribuição ao longo dos cromossomos. Na análise genômica de soja, observou-se números e tamanhos (30 a 454 pb) de sítios de repetições variáveis localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. A associação da FISH e análise in silico ressaltou uma distribuição diferencial não aleatória dos oligonucleotídeos, podendo estar preferencialmente associados à heterocromatina ou à eucromatina. Os domínios RT de Ty1-copia-like e Ty3-gypsy-like foram amplificados em V. unguiculata, sendo a sequência de Ty1-copia-like menos homogênea. As análises filogenéticas enfatizaram a origem monofilética dos referidos domínios RT. A FISH evidenciou a presença de sinais dispersos e pericentroméricos, utilizando ambos retroelementos, com algumas divergências interespecíficas. Em algumas espécies, tais marcações estavam associadas a DNAr 5S e 45S, bem como localizadas em regiões heterocromáticas, enfatizando uma distribuição preferencial nos genomas estudados. Os microssatélites e retrotransposons são apontados como importantes componentes dos genomas em espécies do clado Phaseoloids (tribo Phaseoleae), propiciando uma discussão sobre o potencial estrutural e funcional dessas sequências repetitivas
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Diversidade genética de populações da abelha sem ferrão Plebeia remota: análise do DNA mitocondrial e microssatélites.

Flávio de Oliveira Francisco 14 May 2002 (has links)
Ferramentas moleculares têm sido amplamente utilizadas em estudos de caracterização de populações. Dentre essas ferramentas destaca-se o DNA mitocondrial (DNAmt) e os microssatélites. Em abelhas Apis mellifera esses dois marcadores têm auxiliado no entendimento da dinâmica de populações, caracterização de subespécie, filogeografia e relações filogenéticas. Neste trabalho, nosso objetivo foi caracterizar populações da abelha nativa Plebeia remota com os marcadores moleculares acima citados para uma possível correlação entre suas composições genéticas e biogeografia. Foram estudadas amostras de quatro populações (SP, PRp, PRc e SC) pertencentes a três estados brasileiros: SP, PR e SC. Foi caracterizado o DNAmt de 70 colméias dessa espécie, e pudemos observar a existência de 15 haplótipos distintos. Diferentes métodos estatísticos revelaram isolamento entre as quatro populações estudadas, indicando a ausência de fluxo gênico via fêmea. Com relação ao uso dos microssatélites, sete locos foram selecionados e analisados em 360 indivíduos de 72 colméias. Análises realizadas com cinco indivíduos por colméia mostraram ser menos eficientes do que as realizadas com um indivíduo por colméia, cujo resultado não mostrou diferenciação entre as populações de SP e PRc, e entre PRc e SC. Essa ausência de isolamento pode ser devida ao pequeno número amostral de PRc. As topologias dos fenogramas construídos com base nos dados do DNAmt e dos microssatélites, relacionando as quatro populações estudadas, foram concordantes. / Molecular tools have been widely applied in studies of population characterization. Among those tools, the mitochondrial DNA (mtDNA) and the microsatellites are the most successfully used. In honeybees Apis mellifera these two molecular markers have added new and important informations about population dynamics, subspecies characterization, phylogeography and phylogenetic relationships. In this work, our objective was to characterize populations of the native bee Plebeia remota using the molecular markers mentioned above and make correlation between their genetic compositions and biogeography. Samples from four populations (SP, PRp, PRc and SC) were studied, belonging to three Brazilian states: SP, PR and SC. The mtDNA from 70 colonies was characterized, and 15 distinct haplotypes were determined. Through statistical methods, isolation among the four populations studied was shown, indicating the absence of female gene flow. For the microsatellites, seven loci were selectioned and 360 individuals from 72 colonies were analyzed. The data obtained using five individuals per colony showed to be lees efficient than the analysis made with one individual per colony. The microsatellite data from one individual did not show isolation between SP and PRc populations neither between PRc and SC populations. The apparent lack of population structure might be due to the small number of samples from PRc. The topologies of the phenograms built based on the data from mtDNA and microsatellites, were similar.
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Estrutura genética populacional De Frankliniella Schultzei (TRYBOM, 1910) (THYSANOPTERA: Thripidae) No Brasil, Utilizando Marcadores Moleculares E Espectroscopia

Mascarenhas, André Luiz Santos 23 March 2018 (has links)
Submitted by Jorge Cativo (jorge.cativo@inpa.gov.br) on 2018-08-23T13:05:02Z No. of bitstreams: 2 TESE_FINAL_.pdf: 4368762 bytes, checksum: 819cc6a5cad9b495a51a1d1b2a102bf7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-23T13:05:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE_FINAL_.pdf: 4368762 bytes, checksum: 819cc6a5cad9b495a51a1d1b2a102bf7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Frankliniella schultzei (Trybom, 1910) is a highly polyphagous thrips that has a pest status and a tropical and subtropical distribution. It presents plasticity in body coloration and its two morpho-colors (pale and dark) is an open taxonomic question. Although uncertain, it’s likely that they originate in the Neotropics, as most species of that genus. Recent researches in Kenya and Australia (areas where this species was introduced) indicate that morpho-colors are different species, and that the dark form is actually a complex of species. In this study, nuclear (microsatellites - SSRs) and mitochondrial (Cytochrome Oxidase I - COI) molecular markers were used to estimate the genetic diversity, and to evaluate the population structure of F. schultzei in Brazil. The Near Infrared Spectroscopy (NIRS) was used to discriminate morfo-colors. We found that the clear form of F. schultzei is a different species from the dark one, and that it probably corresponds to a single biological unit in the world. We also inferred the existence of a complex of species within the dark form of F. schultzei in Brazil, in which populations (two species) are living in sympatry and sharing the same hosts. These populations are highly structured, with a higher percentage of variation within than between them, and a low or nonexistent gene flow. Adding haplotype network data into this context, we deduced that the southern region of Brazil should be the most likely center of origin and dispersal of F. schultzei, since it presents composition of samples by more stable and genetically diverse localities. These are the first scientific data produced about the population genetics of F. schultzei in their most likely region of origin – South America / southern Brazil, which are in agreement with the reports for for the species analyzed in Kenya and Australia. / Frankliniella schultzei (Trybom, 1910) é um tripes altamente polífogo, com status de praga e distribuição tropical e subtropical. Apresenta plasticidade na coloração corporal e suas duas morfo-cores (clara e escura) é uma questão taxonômica em aberto. Apesar de incerta, tem provável origem nos Neotrópicos como a maioria das espécies do gênero. Recentes pesquisas, no Quênia e na Austrália (áreas de introdução da espécie), indicam que as morfo-cores são espécies diferentes e que a forma escura é um complexo de espécies. Neste estudo, marcadores moleculares nuclear (microssatélites - SSR) e mitocondrial (Citocromo Oxidase I - COI) foram utilizados com o objetivo de estimar a diversidade genética e avaliar a estrutura populacional de F. schultzei no Brasil e a Espectroscopia no Infravermelho Próximo (NIRS) para a discriminação das morfo-cores. Encontramos que a forma clara de F. schultzei é uma espécie diferente da forma escura e que, provavelmente, corresponda a uma única unidade biológica no mundo. Inferimos também a existência de um complexo de espécies dentro da forma escura de F. schultzei no Brasil, com populações (duas espécies) vivendo em simpatria e compartilhando os mesmos hospedeiros. Estas se encontram altamente estruturadas, com maior porcentagem da variação dentro que entre elas, e com baixo ou inexistente fluxo gênico. Acrescentando dados de rede de haplótipos a este contexto, deduzimos que a região sul do Brasil deve ser o provável centro de origem e dispersão de F. schultzei escura, por apresentar composição de amostras por localidade mais estáveis e mais diversas geneticamente. Estes são os primeiros dados científicos produzidos sobre genética populacional de F. schultzei em sua provável região de origem – América do Sul / região sul do Brasil, os quais estão em consonância com os relatos para a espécie analisados no Quênia e Austrália.
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Diversidade genética de populações da abelha sem ferrão Plebeia remota: análise do DNA mitocondrial e microssatélites.

Francisco, Flávio de Oliveira 14 May 2002 (has links)
Ferramentas moleculares têm sido amplamente utilizadas em estudos de caracterização de populações. Dentre essas ferramentas destaca-se o DNA mitocondrial (DNAmt) e os microssatélites. Em abelhas Apis mellifera esses dois marcadores têm auxiliado no entendimento da dinâmica de populações, caracterização de subespécie, filogeografia e relações filogenéticas. Neste trabalho, nosso objetivo foi caracterizar populações da abelha nativa Plebeia remota com os marcadores moleculares acima citados para uma possível correlação entre suas composições genéticas e biogeografia. Foram estudadas amostras de quatro populações (SP, PRp, PRc e SC) pertencentes a três estados brasileiros: SP, PR e SC. Foi caracterizado o DNAmt de 70 colméias dessa espécie, e pudemos observar a existência de 15 haplótipos distintos. Diferentes métodos estatísticos revelaram isolamento entre as quatro populações estudadas, indicando a ausência de fluxo gênico via fêmea. Com relação ao uso dos microssatélites, sete locos foram selecionados e analisados em 360 indivíduos de 72 colméias. Análises realizadas com cinco indivíduos por colméia mostraram ser menos eficientes do que as realizadas com um indivíduo por colméia, cujo resultado não mostrou diferenciação entre as populações de SP e PRc, e entre PRc e SC. Essa ausência de isolamento pode ser devida ao pequeno número amostral de PRc. As topologias dos fenogramas construídos com base nos dados do DNAmt e dos microssatélites, relacionando as quatro populações estudadas, foram concordantes. / Molecular tools have been widely applied in studies of population characterization. Among those tools, the mitochondrial DNA (mtDNA) and the microsatellites are the most successfully used. In honeybees Apis mellifera these two molecular markers have added new and important informations about population dynamics, subspecies characterization, phylogeography and phylogenetic relationships. In this work, our objective was to characterize populations of the native bee Plebeia remota using the molecular markers mentioned above and make correlation between their genetic compositions and biogeography. Samples from four populations (SP, PRp, PRc and SC) were studied, belonging to three Brazilian states: SP, PR and SC. The mtDNA from 70 colonies was characterized, and 15 distinct haplotypes were determined. Through statistical methods, isolation among the four populations studied was shown, indicating the absence of female gene flow. For the microsatellites, seven loci were selectioned and 360 individuals from 72 colonies were analyzed. The data obtained using five individuals per colony showed to be lees efficient than the analysis made with one individual per colony. The microsatellite data from one individual did not show isolation between SP and PRc populations neither between PRc and SC populations. The apparent lack of population structure might be due to the small number of samples from PRc. The topologies of the phenograms built based on the data from mtDNA and microsatellites, were similar.
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Taxonomia e potencial antimicrobiano de fungos depositados no acervo de pesquisa da Central de Recursos Microbianos da UNESP /

Polezel, Danilo Augusto. January 2015 (has links)
Orientador: André Rodrigues / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Simone Possedente de Lira / Banca: Lara Durães Sette / Resumo: As coleções de culturas são importantes pilares na preservação, catalogação e prospecção da biodiversidade microbiana. Com o propósito de atender ao depósito e fornecimento de material biológico de qualidade, a Central de Recursos Microbianos da UNESP (CRM-UNESP) iniciou sua adequação para alcançar os padrões internacionais de operação e gerenciamento; o que inclui a autenticação taxonômica das culturas mantidas na coleção. Utilizando um método de triagem molecular adaptado nesse estudo (microssatélites), aliado ao uso de marcadores morfológicos e moleculares, realizamos a identificação taxonômica de 189 isolados, de um total de 201 fungos filamentosos selecionados com base na diversidade de fontes de isolamento e mantidos no acervo de pesquisa da CRM-UNESP. Com o intuito de agregar informações sobre o potencial biotecnológico desses isolados, também avaliamos a produção de compostos antimicrobianos. Após a reativação e purificação dos isolados, foram identificados 66 gêneros e 116 espécies, sendo que os gêneros mais abundantes foram: Fusarium (18,9%), Clonostachys (11,4%), Trichoderma (7%) e Penicillium (6,5%). Todos os 201 isolados foram avaliados quanto à produção de metabólitos secundários com propriedade antibacteriana e antifúngica, segundo um método de alto desempenho (também adaptado neste estudo), frente a micro-organismos de interesse agrícola (Xanthomonas citri subsp. citri) e clínico (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei e Candida parapsilosis). Do total dos cultivos brutos avaliados, a maioria (62,7%) apresentou atividade antagonista frente, a pelo menos, um dos micro-organismos de referência. Os cultivos brutos dos fungos Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 e de um isolado não identificado LESF 227 inibiram o crescimento de todos os micro-organismos de... / Abstract: Culture collections are keystones in the preservation, cataloging and exploration of microbial diversity. In order to meet international standards of deposit and supply of biological materials, the UNESP-Microbial Resources Center (CRM-UNESP) started their suitability for functioning and management to reach international standards; which include taxonomic authentication of cultures preserved in the collection. Using an adapted molecular screening protocol (microsatellites) coupled with morphological and molecular markers, we obtained the taxonomic identification of 189 out of 201 filamentous fungi from the CRM-UNESP research collection. In order to gather information on the biotechnological potential of these isolates, we also evaluated the production of antimicrobial compounds. After revival and purification of fungal isolates, we identified 66 genera and 116 species; comprehending the most abundant genera: Fusarium (18.9%), Clonostachys (11.4%), Trichoderma (7%) and Penicillium (6.5%). All isolates were evaluated for the production of secondary metabolites with antibacterial and antifungal properties, according to a high-throughput method (also adapted in this study), towards agricultural (Xanthomonas citri subsp. citri) and clinical-relevant (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei and Candida parapsilosis) reference strains. The majority of culture broths (62.7%) showed antagonist activity against at least one of the reference strains. Culture broths of Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 and from the non-identified fungus LESF 227 inhibited the growth of all reference strains. Our results contributed for the establishment of two screening approaches in the routine of CRM-UNESP. These methods allowed the identification of the various fungal isolates examined as well as the evaluation of the antimicrobial potential of ... / Mestre

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