Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2007. / Submitted by Luis Felipe Souza (luis_felas@globo.com) on 2008-11-25T19:05:36Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_2007_CesarLeguiza.pdf: 549428 bytes, checksum: 669413d56afa5a2d8687e32ee7c0f8f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Georgia Fernandes(georgia@bce.unb.br) on 2009-01-15T13:15:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_2007_CesarLeguiza.pdf: 549428 bytes, checksum: 669413d56afa5a2d8687e32ee7c0f8f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-01-15T13:15:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_2007_CesarLeguiza.pdf: 549428 bytes, checksum: 669413d56afa5a2d8687e32ee7c0f8f2 (MD5) / O objetivo deste trabalho foi verificar a existência de associações significativas entre alelos de locos pertencentes ao MHC (Major Histocompatibility Complex) de ovinos (OLA - ovine leucocyte antigen) com características de desempenho, carcaça e resistência às parasitas gastrintestinais em ovelhas puras e cruzadas das raças Santa Inês, Bergamácia, Texel e Ile de France oriundas de diferentes localidades. Também foi avaliada a diversidade genética desta região genômica em populações de ovinos da raça Sana Inês pertencente a três localidades diferentes do Centro-Oeste Brasileiro e no rebanho da UnB num período de três anos. Foram utilizados 13 locos microssatélites localizados no cromossomo 20 de ovinos. Os marcadores utilizados demonstraram ter uma alta variabilidade genética entre os indivíduos. Foi observada uma associação significativa (p<0,05) entre características de carcaça e OPG nestes marcadores presentes no MHC ovino. Foi observada uma diminuição da variabilidade genética nas populações analisadas, de maneira que algumas estavam significativamente estruturadas. Estes resultados necessitam de maior amostragem e confirmação em outras populações para os estudos de associação, mas demonstraram o poder do uso da região do MHC para estudos de manejo de rebanhos. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The objective of this study was to verify the existence of significant associations between alleles of the ovine MHC (OLA - ovine leucocyte antigen) with characteristics of performance, carcass and resistance to gastrointestinal parasites in purebred Santa Inês sheep and their crosses with Bergamasca, Texel and Ile de France sires from different localities. The genetic diversity of this genomic region in populations of Santa Inês sheep from three different farms in the Brazilian Center-West and that of the University of Brasilia. Thirteen microsatellite loci, located on chromosome 20, were used. The markers studied showed high genetic variability between individuals. A significant association (p<0,05) between carcass characteristics and OPG was observed in the ovine MHC. The studied genomic region was shown to be highly polymorphic, coinciding with the consulted bibliography. The populations analysed showed a reduction in genetic variability, causing subdivision of the same. The association results should be verified by larger sampling and confirmation in other populations, as well the MHC region was suitable to studies of herd management.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2017. / Submitted by Raiane Silva (raianesilva@bce.unb.br) on 2017-07-19T16:38:29Z No. of bitstreams: 1 2017_AlcebiadesRenatoNepomuceno.pdf: 2512848 bytes, checksum: ada98e573a9febea0d42de372a5d6347 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-09-19T15:33:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_AlcebiadesRenatoNepomuceno.pdf: 2512848 bytes, checksum: ada98e573a9febea0d42de372a5d6347 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-19T15:33:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_AlcebiadesRenatoNepomuceno.pdf: 2512848 bytes, checksum: ada98e573a9febea0d42de372a5d6347 (MD5) Previous issue date: 2017-09-19 / A aquicultura é uma atividade que vem crescendo de forma acentuada tanto no Brasil como no mundo. Dentre as espécies de peixes marinhos da costa brasileira, o bijupirá (Rachycentroncanadum, Linnaeus, 1766), comumente conhecido como cobia, é uma das que mais apresenta potencial para o incremento na produção pesqueira. Tendo ganhado espaço no cenário econômico de vários países e a fim de garantir a comercialização legal e aliviar possíveis conflitos e impactos ao meio ambiente, a caracterização dos perfis genéticos dos peixes de cultivo e de populações selvagens podem reduzir os potenciais impactos genéticos negativos. Neste contexto, a informação sobre a estrutura genética do cobia é essencial para otimização da gestão da pesca e formação de plantéis de reprodutores nos diversos sistemas de cultivo. Desta forma, este estudo se propôs a analisar a diversidade e estruturação genética de populações naturais e de cultivo do cobia no Brasil. Com intuito de avaliar quanto da diversidade genética do cobia é observado nos espécimes selvagens do nordeste brasileiro, foram avaliados as relações filogenéticas com populações selvagens do cobia do Atlântico ocidental e de regiões Indo-Pacíficas a partir da análise de seqüências do DNA mitocondrial (mtDNA). As análises foram realizadas a partir de 1.525 pares de bases (pb) envolvendo duas regiões do mtDNA (Cytb e ATP6). Foi evidenciada uma baixa diversidade genética entre as populações das diferentes bacias oceânicas. Uma maior proximidade genética entre as amostras do Atlântico Norte e Sul (FST = 0,020; p = 0,063) foi observada. Contudo, a existência de SNP’sem sítios específicos do mtDNA nas populações do Atlântico evidenciaram maior diferenciação genética destas com às amostras Indo-Pacíficas (FST = 0,842; p = 0,000). A estruturação genética do cobia no Brasil foi avaliada a partir da diversidade haplotípica e nucleotídica das sequências do mtDNA associadas a marcadores de microssatélites. As análises de diversidade molecular (AMOVA) realizada par-a-par entre grupos formados por espécimes selvagens e os de cultivo demonstraram a existência de uma diversidade molecular de 76% entre espécimes dentro destes dois grupos (FST = 0,2304; p = 0,00). Dos vinte locos de microssatélites analisados, quinze mostraram-se polimórficos nos dois grupos. De modo geral, os grupos de espécimes apresentaram uma heterozigose próxima à esperada, sendo consideradas em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Contudo, um nível moderado de diferenciação populacional foi observado entre estes grupos (фst = 0,07231; p = 0,000). A maior diferenciação foi observada entre espécimes selvagens coletados na região litorânea do Piauí e os provenientes do sistema de cultivo de Pernambuco (фst = 0,10156; p = 0,000). As análises do mtDNA e dos marcadores de microssatélites convergiram para uma baixa diversidade genética entre os espécimes selvagens e de cultivo. Contudo, uma estruturação de dois pools gênicos (k = 2), sendo um formado por animais de cativeiro e o outro formado por espécimes de vida livre, foi identificada. Fato importante quando observamos que a atividade de cultivo de espécimes marinha é recente no Brasil e que políticas voltadas para conservação dos estoques naturais devem ser realizadas. Com base nessas diferenças genéticas, discussões sobre a comercialização de reprodutores do cobia entre as diversas empresas aquícolas devem ser analisadas, principalmente quando se diz respeito a reprodutores de origem Indo-Pacíficas. / Aquaculture is an activity that has grown significantly in Brazil and worldwide. Among the species of marine fish of the Brazilian coast, bijupira (Rachycentroncanadum, Linnaeus, 1766), commonly known as cobia, is one of the ones that presents the greatest potential for the increase in fish production. Having gained space in the economic landscape of several countries and in order to ensure legal commercialization and to alleviate possible conflicts and impacts on the environment, the characterization of the genetic profiles of farmed fish and wild populations may reduce potential negative genetic impacts. In this context, information on the genetic structure of cobia is essential for optimizing fishery management and training breeding stock in the various cropping systems. Thus, this study aimed to analyze the diversity and genetic structuring of natural populations and cobia cultivation in Brazil. In order to evaluate how much of the genetic diversity of cobia is observed in the wild specimens of the Brazilian northeast, the phylogenetic relationships with wild populations of cobia of the western Atlantic and of the Indo-Pacific regions were analyzed from mtDNA sequences. The analyzes were performed from 1,525 base pairs (bp) involving two regions of mtDNA (Cytb and ATP6). There was a low genetic diversity among the populations of the different ocean basins. Greater genetic proximity between North Atlantic and South Atlantic samples (FST = 0,020; p = 0,063) was observed. However, the existence of SNP’s at specific mtDNA sites in the Atlantic populations showed a greater genetic differentiation of these with Indo-Pacific samples (FST = 0,842; p = 0,000). The genetic structure of cobia in Brazil was evaluated from the haplotype and nucleotide diversity of the mtDNA sequences associated with microsatellite markers. Molecular diversity analyzes (AMOVA) performed in pairs between groups of wild and cultivated specimens demonstrated the existence of a 76% molecular diversity between specimens within these two groups (FST = 0,2304; p = 0,00). Of the twenty microsatellite loci analyzed, fifteen were polymorphic in both groups. In general, the groups of specimens showed a heterozygosity close to that expected, being considered in Hardy-Weinberg equilibrium. However, a moderate level of population differentiation was observed among these groups (фst= 0,07231; p = 0,000). The highest differentiation was observed among wild specimens collected in the coastal region of Piaui and those from the Pernambuco farming system (фst = 0,10156; p = 0,000). Analyzes of mtDNA and microsatellite markers converged to low genetic diversity between wild and cultivated specimens. However, a structuring of two gene pools (k = 2), one consisting of captive animals and the other formed by free-living specimens, was identified. This is an important fact when we observe that the activity of growing marine specimens is recent in Brazil and that policies aimed at the conservation of natural stocks must be carried out. Based on these genetic differences, discussions on the commercialization of cobia breeders among the various aquaculture companies should be analyzed, especially when it comes to breeders of Indo-Pacific origin.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2017-02-03T14:02:45Z No. of bitstreams: 1 2016_SusanIngridArayaSalas.pdf: 11865903 bytes, checksum: 486d83520fcf069206a484db04106a76 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-13T18:29:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_SusanIngridArayaSalas.pdf: 11865903 bytes, checksum: 486d83520fcf069206a484db04106a76 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T18:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_SusanIngridArayaSalas.pdf: 11865903 bytes, checksum: 486d83520fcf069206a484db04106a76 (MD5) / O gênero Passiflora compreende centenas de espécies silvestres e cultivadas de maracujá que possuem diversos usos na alimentação, na indústria, na medicina e também no paisagismo. Esforços para desenvolver ferramentas de análises genéticas em Passiflora edulis Sims, a espécie mais importante do gênero Passiflora, ainda são incipientes. Nessa pesquisa, é descrito o uso do Sequenciamento de Nova Geração para a montagem parcial do genoma de P. edulis com o intuito de desenvolver centenas de novos marcadores microssatélites. Um total de 14,11 Gpb de reads de sequências paired-end de Illumina foram analisadas para detectar sequências simples repetidas no genoma de maracujá. Uma amostra de 1.300 contigs que continham sequencias de microssatélites foram selecionadas para o desenvolvimento de primers para PCR. Os painéis para os marcadores di- e trinucleotídeos selecionados, foram testados em acessos de P. edulis para a sua validação. Polimorfismo foi detectado em 74% dos marcadores (PIC=0,16-0,77; número de alelos/loco=2-7). Os marcadores mais polimórficos (PIC=0,46-0,77) foram usados em análises de transferibilidade, modo de reprodução e confirmação de cruzamentos. Os marcadores foram testados em 78 espécies de Passiflora, onde aproximadamente 71% da combinação marcador/espécie foi positiva para a amplificação em todas as espécies testadas. No estudo do modo de reprodução da cultivar BRS Maracujá Jaboticaba de P. edulis, nas populações de polinização aberta, a taxa de cruzamento multiloco (tm) variou entre 0,409 e 0,566, evidenciando modo de reprodução misto por meio de autogamia e alogamia. Na confirmação de cruzamentos, foram analisados os genitores de quatro genealogias para a Inclusão ou Exclusão Categóricas para cada loco, e então calculados os Índice de Paternidade (PI) e a Probabilidade de Paternidade (W) para os verdadeiros genitores. Os marcadores microssatélites testados auxiliaram na exclusão de 7 supostos genitores de 6 cruzamentos em 4 genealogias, e confirmaram como genitores verdadeiros 5 dos supostos genitores, onde W variou entre 95,137 e 99,999%. Nossos estudos confirmaram a obtenção dos híbridos sexuais do cruzamentos interespecífico P. edulis GA2 x P. incarnata. Os marcadores moleculares microssatélites desenvolvidos, validados e utilizados nesse trabalho serão de grande utilidade para diferentes estudos genéticos das Passifloras por diferentes grupos de pesquisa no Brasil e no mundo. / The Passiflora genus comprises hundreds of wild and cultivated species of passion fruit used for food, industrial, ornamental and medicinal purposes. Efforts to develop genomic tools for genetic analysis of P. edulis, the most important of the Passiflora species, are still incipient. We describe the use of NGS technology to partially assemble the P. edulis genome in order to develop hundreds of new microsatellite markers. A total of 14.11 Mbp of Illumina pairedend sequence reads were analyzed to detect simple sequence repeat sites in the sour passion fruit genome. A sample of 1,300 contigs containing perfect repeat microsatellite sequences was selected for PCR primer development. A panel of di- and tri-nucleotide repeat markers selected were then tested in P. edulis germplasm accessions for validation. DNA polymorphism was detected in 74% of the markers (PIC= 0.16 to 0.77; number of alleles/locus= 2 to 7). A core panel of highly polymorphic markers (PIC= 0.46 to 0.77) was used in analysis of cross-amplify, matting system and confirmation crosses in Passiflora. The markers tested in 78 species of Passiflora resulted in 71% of the marker/species combinations for positive amplicons in all species tested. In the study of matting system in the cultivar BRS Maracujá Jaboticaba of P. edulis, in three of the offspring that comes from commercial orchards of P. edulis allogamy were confirmed with multilocus outcrossing rate (tm) 0,409 to 0,566, that is an evidence of the mixed mating system through autogamy and allogamy. For the confirmation of crosses we analyzed the genitors from crosses of four genealogies by Categorical Inclusion or Exclusion for each loci, and then, estimated the Paternity Index (PI) and the Probability of Paternity (W) for the true genitor. Microsatellite markers tested assist for the exclusion of 7 alleged genitors of 6 crossings in 4 genealogies, and confirmed as a true genitors 5 alleged genitors, where W was rated between 95.137 and 99.999%. Our research confirms the achievement of sexual hybrid for interspecific crossing of P. edulis GA2 x P. incarnata. The new microsatellite markers, validated and used in this research, will be useful for different genetic studies of Passiflora by different research groups in Brazil and worldwide.

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-10-07T13:45:39Z No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:35:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-20T19:35:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-20T19:35:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMOG.pdf: 9813481 bytes, checksum: d5fdf73e1fcd764903f71fe58d1c80c8 (MD5) Previous issue date: 2014-09-08 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Studies focusing on genetic diversity and population structure of naturally fragmented taxa are of conservation concern. Such fragmented populations are more subject to endogamy and genetic diversity erosion due to the pronounced effects of isolation and genetic drift. Pilosocereus jauruensis is a columnar cactus species restricted to patches of xeric vegetation on rock outcrops occurring around the Pantanal biome in southwestern South America. This species has been recently resurrected from synonymy with P. machriisi in the P. AURISETUS species group, and three taxa (P. paraguayensis, P. saudadensis e P. densivillosus) are synonymized with P. jauruensis in the current taxonomy. The present study aims to investigate the genetic population structure of P. jauruensis and identify possible distinct population segments within this species. We used data from four SSR markers in 157 individuals of six P. jauruensis populations and 49 individuals of two populations of P. vilaboensis, a related species occurring close to P. jauruensis populations in central Brazil. Furthermore, nucleotide variation in two plastid intergenic spacers (trnSGCU-trnGUCC and trnT-trnL) was investigated in four to five samples of each population. The indices FST e G”ST for SSR data in P. jauruensis was 0.201 and 0.559 respectively, revealing high levels of genetic differentiation among populations. Three haplotypes (Hd 0.663) of P. jauruensis with six polymorphic sites were found in the cpDNA. NJ dendograms showed similar relationships using SSR and cpDNA markers. Two populations, occurring in the same geographic region of the invalid taxa P. saudadensis were highly differentiated from other P. jauruensis populations. The cpDNA haplotype found in the northernmost P. jauruensis population was closely related with P. vilaboensis haplotypes. Also, two populations, occurring in the same geographic region of the invalid taxa P. densivillosus were highly differentiated from other P. jauruensis populations. These results were incongruent with the current taxonomic circumscription of P. jauruensis and suggest the presence of distinct taxa within this species. / Os estudos sobre a diversidade genética e estrutura populacional de espécies naturalmente fragmentada são de grande interesse para a conservação. Essas populações fragmentadas estão mais sujeitas a endogamia e perda da diversidade genética devido aos efeitos pronunciados de isolamento e deriva genética. Pilosocereus jauruensis é uma espécie de cacto colunar restrita a manchas de vegetação seca sobre afloramentos rochosos que ocorrem em torno do bioma Pantanal, no sudoeste da América do Sul. Esta espécie foi recentemente retirada de sinonímia com P. machriisi no grupo de espécies P. AURISETUS e três táxons desse grupo (P. paraguayensis, P. saudadensis e P. densivillosus) são atualmente sinonimizados a ela. O presente estudo tem como objetivo investigar a estrutura genética de populações de P. jauruensis e identificar possíveis segmentos populacionais distintos dentro desta espécie. Foram utilizados dez marcadores microssatélites em 157 indivíduos de seis populações de P. jauruensis e 49 indivíduos de duas populações de P. vilaboensis, uma espécie do grupo P. AURSETUS que ocorre em regiões próximas às populações de P. jauruensis no Brasil central. Além disso, a variação nucleotídica em dois espaçadores plastidiais intergênicos (trnSGCUtrnGUCC e trnT-trnL) foi investigada em quatro a cinco amostras de cada população. Os índices de FST e G"ST para dados SSR em P. jauruensis foi 0,201 e 0,559, respectivamente, revelando elevados níveis de diferenciação genética entre as populações. Três haplótipos plastidiais (Hd 0,663) de P. jauruensis com seis sítios polimórficos foram encontrados. As relações de similaridade entre as populações foram semelhantes entre os dois tipos de marcadores estudados. Duas populações, que ocorrem na mesma região geográfica do táxon inválido P. saudadensis, foram altamente diferenciadas em relação às outras populações de P. jauruensis e proximamente relacionadas às populações de P. vilaboensis. As duas populações de P. jauruensis que ocorrem na mesma região geográfica do táxon inválido P. densivillosus também foram diferenciadas em relação às populações restantes de P. jauruensis. Estes resultados foram incongruentes com a circunscrição taxonômica atual de P. jauruensis e sugerem a presença de táxons distintos dentro desta espécie.

Submitted by MELINA AULINO CAMPOS DE LIMA null (mel_linaa@hotmail.com) on 2016-06-14T11:27:04Z No. of bitstreams: 1 Campos, versão final.pdf: 6619779 bytes, checksum: 1ced7c5593e51838fa6cdc10742bb1f2 (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-06-15T19:04:14Z (GMT) / Submitted by MELINA AULINO CAMPOS DE LIMA null (mel_linaa@hotmail.com) on 2016-07-28T09:31:04Z No. of bitstreams: 1 Campos, versão final.pdf: 6669108 bytes, checksum: bf58ca3048946ca88e3c4dd8fb99500a (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-07-28T14:10:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lima_mac_dr_bot.pdf: 6669108 bytes, checksum: bf58ca3048946ca88e3c4dd8fb99500a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T14:10:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lima_mac_dr_bot.pdf: 6669108 bytes, checksum: bf58ca3048946ca88e3c4dd8fb99500a (MD5) Previous issue date: 2016-05-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Degradação florestal, alterações ambientais antropogênicas e mudanças climáticas são fatores que podem modificar a dinâmica populacional de anofelinos. Anopheles (Nyssorhynchus) dar- lingi é o principal vetor de malária no Brasil e em outros países na América do Sul. Estudos observaram o aumento da abundância do vetor An. darlingi e número de casos de malária após desflorestação e demais modificações ambientais antropogênicas. Além de ter ampla distribuição geográfica, essa espécie possui plasticidade comportamental e diversidade morfo- lógica, biológica e genética. Tendo em vista essa heterogeneidade, o presente estudo avaliou a diversidade genética populacional em An. darlingi ligada a distribuição geográfica, dinâmica sazonal e comportamento hematofágico, através de marcadores microssatélites e SNPs. Espé- cimes de An. darlingi foram coletados em dois assentamentos rurais próximos e, em uma área urbana à aproximadamente 600 km de distância. Além disso, as coletas foram realizadas no primeiro e segundo semestre e, dentro e fora das casas, durante o período de atividade hema- tofágica do vetor, ou seja, das 18-6 horas. Os resultados apresentaram subpopulações de An. darlingi em aspecto geográfico, em escalas macro e microgeográficas, acessadas com mais pro- fundidade com os dados dos SNPs. Além disso, o estudo corroborou o prévio achado de duas subpopulações de An. darlingi relacionadas ao regime de chuvas. Por fim, pela primeira vez, a heterogeneidade genética em populações simpátricas desse vetor foi encontrada e relacionada com o fenótipo de comportamento hematofágico, endo e exofagia. Esses achados demonstram a importância do entendimento e vigilância entomológica, pois possuem potencial impacto na transmissão de malária. Dado que cada localidade possui características ambientais peculia- res e portanto, diferentes composições populacionais dos vetores, intervenções específicas em menor escala passam a ser abordagens interessantes no controle da malária. / Forest degradation, human environmental alteration and climate changes are all influence anopheline populations. Anopheles darlingi is the main vector of malaria parasite in Brazil and other countries of South America. Deforestation and others anthropogenic activities have been accompanied by sharp increases in both abundance of the primary malaria vector Anopheles darlingi and numbers of malaria cases. Besides it is widely distributed, this species display great behavioral plasticity and morphological, biological and genetic diversity. The aim of this study was to analyze population genetic diversity of An. darlingi related to geographical distribution, seasonal dynamics and hematophagic behavior, using microsatellites and SNPs markers. An. darlingi specimens were collected in two close rural settlements and in an urban area about 600 km away. In addition, collections were performed in both semesters of the year and, indoor and outdoor during the biting activity period of the vector, i.e., 6pm-6am. The results showed subpopulations of An. darlingi related to geographical aspect, in a macro and micro geographic scales, better accessed with SNPs dataset. Moreover, this study corroborated with a previous finding showing two subpopulations of An. darlingi related to rainfall. Finally, for the first time, genetic heterogeneity was found in sympatric populations of this vector, and it was associated with a phenotype of hematophagic behavior, endo and exophagy. These outcomes demonstrate that genetic heterogeneity may represent an important vector phenotypic variation with potentially highly significant consequences for malaria transmission. Since each site has unique environmental characteristics and therefore, different population compositions of vectors, specific interventions on a smaller scale become interesting approaches for optimal targeted malaria transmission interventions. / CAPES: BEX 9230/12-2 / FAPESP: 2014/09461-3 / FAPESP: 2012/04881-9

Orientador: André Rodrigues / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Simone Possedente de Lira / Banca: Lara Durães Sette / Resumo: As coleções de culturas são importantes pilares na preservação, catalogação e prospecção da biodiversidade microbiana. Com o propósito de atender ao depósito e fornecimento de material biológico de qualidade, a Central de Recursos Microbianos da UNESP (CRM-UNESP) iniciou sua adequação para alcançar os padrões internacionais de operação e gerenciamento; o que inclui a autenticação taxonômica das culturas mantidas na coleção. Utilizando um método de triagem molecular adaptado nesse estudo (microssatélites), aliado ao uso de marcadores morfológicos e moleculares, realizamos a identificação taxonômica de 189 isolados, de um total de 201 fungos filamentosos selecionados com base na diversidade de fontes de isolamento e mantidos no acervo de pesquisa da CRM-UNESP. Com o intuito de agregar informações sobre o potencial biotecnológico desses isolados, também avaliamos a produção de compostos antimicrobianos. Após a reativação e purificação dos isolados, foram identificados 66 gêneros e 116 espécies, sendo que os gêneros mais abundantes foram: Fusarium (18,9%), Clonostachys (11,4%), Trichoderma (7%) e Penicillium (6,5%). Todos os 201 isolados foram avaliados quanto à produção de metabólitos secundários com propriedade antibacteriana e antifúngica, segundo um método de alto desempenho (também adaptado neste estudo), frente a micro-organismos de interesse agrícola (Xanthomonas citri subsp. citri) e clínico (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei e Candida parapsilosis). Do total dos cultivos brutos avaliados, a maioria (62,7%) apresentou atividade antagonista frente, a pelo menos, um dos micro-organismos de referência. Os cultivos brutos dos fungos Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 e de um isolado não identificado LESF 227 inibiram o crescimento de todos os micro-organismos de... / Abstract: Culture collections are keystones in the preservation, cataloging and exploration of microbial diversity. In order to meet international standards of deposit and supply of biological materials, the UNESP-Microbial Resources Center (CRM-UNESP) started their suitability for functioning and management to reach international standards; which include taxonomic authentication of cultures preserved in the collection. Using an adapted molecular screening protocol (microsatellites) coupled with morphological and molecular markers, we obtained the taxonomic identification of 189 out of 201 filamentous fungi from the CRM-UNESP research collection. In order to gather information on the biotechnological potential of these isolates, we also evaluated the production of antimicrobial compounds. After revival and purification of fungal isolates, we identified 66 genera and 116 species; comprehending the most abundant genera: Fusarium (18.9%), Clonostachys (11.4%), Trichoderma (7%) and Penicillium (6.5%). All isolates were evaluated for the production of secondary metabolites with antibacterial and antifungal properties, according to a high-throughput method (also adapted in this study), towards agricultural (Xanthomonas citri subsp. citri) and clinical-relevant (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei and Candida parapsilosis) reference strains. The majority of culture broths (62.7%) showed antagonist activity against at least one of the reference strains. Culture broths of Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 and from the non-identified fungus LESF 227 inhibited the growth of all reference strains. Our results contributed for the establishment of two screening approaches in the routine of CRM-UNESP. These methods allowed the identification of the various fungal isolates examined as well as the evaluation of the antimicrobial potential of ... / Mestre

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Resumo: Degradação florestal, alterações ambientais antropogênicas e mudanças climáticas são fatores que podem modificar a dinâmica populacional de anofelinos. Anopheles (Nyssorhynchus) dar- lingi é o principal vetor de malária no Brasil e em outros países na América do Sul. Estudos observaram o aumento da abundância do vetor An. darlingi e número de casos de malária após desflorestação e demais modificações ambientais antropogênicas. Além de ter ampla distribuição geográfica, essa espécie possui plasticidade comportamental e diversidade morfo- lógica, biológica e genética. Tendo em vista essa heterogeneidade, o presente estudo avaliou a diversidade genética populacional em An. darlingi ligada a distribuição geográfica, dinâmica sazonal e comportamento hematofágico, através de marcadores microssatélites e SNPs. Espé- cimes de An. darlingi foram coletados em dois assentamentos rurais próximos e, em uma área urbana à aproximadamente 600 km de distância. Além disso, as coletas foram realizadas no primeiro e segundo semestre e, dentro e fora das casas, durante o período de atividade hema- tofágica do vetor, ou seja, das 18-6 horas. Os resultados apresentaram subpopulações de An. darlingi em aspecto geográfico, em escalas macro e microgeográficas, acessadas com mais pro- fundidade com os dados dos SNPs. Além disso, o estudo corroborou o prévio achado de duas subpopulações de An. darlingi relacionadas ao regime de chuvas. Por fim, pela primeira vez, a heterogeneidade genética em populações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Forest degradation, human environmental alteration and climate changes are all influence anopheline populations. Anopheles darlingi is the main vector of malaria parasite in Brazil and other countries of South America. Deforestation and others anthropogenic activities have been accompanied by sharp increases in both abundance of the primary malaria vector Anopheles darlingi and numbers of malaria cases. Besides it is widely distributed, this species display great behavioral plasticity and morphological, biological and genetic diversity. The aim of this study was to analyze population genetic diversity of An. darlingi related to geographical distribution, seasonal dynamics and hematophagic behavior, using microsatellites and SNPs markers. An. darlingi specimens were collected in two close rural settlements and in an urban area about 600 km away. In addition, collections were performed in both semesters of the year and, indoor and outdoor during the biting activity period of the vector, i.e., 6pm-6am. The results showed subpopulations of An. darlingi related to geographical aspect, in a macro and micro geographic scales, better accessed with SNPs dataset. Moreover, this study corroborated with a previous finding showing two subpopulations of An. darlingi related to rainfall. Finally, for the first time, genetic heterogeneity was found in sympatric populations of this vector, and it was associated with a phenotype of hematophagic behavior, endo and exophagy. These outcomes demon... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:57:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10050_Dissertação Final Jheniffer Abeldt Christ.pdf: 4205692 bytes, checksum: bb75f5e1f3cba4f4b50b5af527d2d346 (MD5) Previous issue date: 2016-07-18 / Marcadores moleculares de DNA constituem uma alternativa ao uso de caracteres morfológicos para a distinção de espécies, dado que estes podem depender dos aspectos relacionados à fenologia ou serem variáveis em relação ao ambiente. Neste trabalho é apresentado um método que se baseia em fingerprinting de transferibilidade de marcadores microssatélites baseado na ausência ou presença da amplificação. Primers (51) desenvolvidos para quatro espécies de Piper foram testados para 16 espécies nativas nativas da Floresta Atlântica. Os dados moleculares e morfológicos foram submetidos a análise de agrupamento, segida de teste de nitidez de grupos. Um Heat map foi aplicado ao agrupamento. Uma árvore de regressão foi aplicada aos dados moleculares. Dos primers utilizados, 45 foram transferidos para no mínimo quatro espécies. Os dados moleculares foram mais eficientes em detectar grupos nítidos comparado aos dados morfológicos. Grupos de espécies delimitadas por um conjunto de caracteres morfológicos compartilhados foram diferenciadas com base nos dados moleculares. Espécies morfologicamente semelhantes podem ou não ser relacionadas do ponto de vista molecular. Nove primers se mostraram explicativos para identificar as 16 espécies estudadas. A técnica de fingerprinting de transferibilidade utilizada neste estudo demonstrou ser útil tanto à delimitação quanto para a identificação das espécies.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:57:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10266_Dissertação Final Iana Pedro da Silva Quadros.pdf: 2554686 bytes, checksum: 3716e4642d5c167349ceddb1c5ee793f (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / A mandioca é típica dos trópicos e fonte de segurança alimentar para mais de 600 milhões de pessoas, utilizada na alimentação humana e animal e na indústria, pela extração de amido e produção de biocombustível. O Brasil é o segundo país em produção, entretanto o incremento em produção é baixo para atender o crescente mercado. A compreenção da arquitetura genética de caracteres agronomicamente importantes é útil para delinear cruzamentos e possibilita a identificação de loci controladores de características quantitativas (QTL), no intuito de seleção assistida e clonagem de genes candidatos. Neste trabalho objetivou-se identificar, mapear e caracterizar QTL para as características de altura das plantas (AP), produtividade de parte aérea (PPA), produtividade total de raízes fresca (PTR), teor de matéria seca da raiz (MS) e produtividade de amido (PROD-AMD) de mandioca. Para isto foi utilizada uma população F1 de 141 indivíduos, oriunda do cruzamento entre as cultivares Fécula Branca e BRS Formosa, mantida em delineamento em blocos, com duas repetições e 16 plantas por parcela para as análises fenotípicas. A genotipagem dos indivíduos foi realizada usando SNPs, microssatélites e minissatélites. O mapa foi construído com abordagem multiponto e a detecção dos QTL realizada por análise de contraste entre médias e intervalo, considerando os diferentes tipos de segregação do QTL. Variabilidade foi observada para todas as características e altas correlações fenotípicas, exceto para MS, com destaque para PTR e PROD-AMD (0,98), bem como alta herdabilidade para AP (74,29%). Também, segregação transgressiva foi detectada para todas as características, indicando complementariedade de alelos dos pais na progênie segregante. O mapa genético representou regiões dos 18 cromossomos da mandioca e foi composto por 283 marcadores em 32 grupos de ligação. Uma região do cromossomo 10 apresentou evidência de pleitropia. Para AP, PPA e PROD-AMD um QTL comum foi identificado, bem como para PTR e PROD-AMD, três QTL comuns foram verificados. O MS apresentou QTL exclusivos. Estes resultados indicam o controle quantitativo das características estudadas, com QTL de grande e pequeno efeito detectados. Estes são úteis no melhoramento da cultura visando maior produtividade.

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.