Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_9007_Rodrigo Monte Lorenzoni.pdf: 954098 bytes, checksum: 5aea780df5fa2ff2c51790957419c8fd (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / O biribá (Annona mucosa) é uma espécie que tem como centro de origem a Floresta Amazônica, seu fruto possui grande aceitação para consumo in natura, além de ser uma fonte promissora de compostos bioativos com propriedades farmacológicas. Entretanto, apesar da importância, pouco se sabe sobre a variabilidade e diversidade genética desta espécie. O conhecimento da variabilidade genética de espécies pouco explorado possibilita a utilização das mesmas em programas de melhoramento genético e/ou de conservação, sendo os microssatélites (SSR) uma ferramenta interessante para esse tipo de estudo, contudo para realizar estudos com essa classe de marcadores é necessário o conhecimento da ploidia da espécie. Porém, dados referentes ao conteúdo de DNA nuclear e número cromossômico, ainda não foram descritos para a espécie. Portanto, objetivou-se mensurar o valor 2C nuclear, determinar o número cromossômico, avaliar a transposição de marcadores microssatélites desenvolvidos para Phaseolus vulgaris e Coffea sp. e estimar a diversidade genética entre acessos de A. mucosa. O conteúdo de DNA nuclear foi estimado por meio da citometria de fluxo onde foi verificado que a espécie apresenta valor 2C= 5,42 pg e que não existe variação intraespecífica. A técnica de citogenética clássica gerou metáfases onde foi possível determinar que a espécie possui 42 cromossomos e, portanto, é uma espécie hexaploide. Com base na ploidia encontrada foi possível avaliar a transferibilidade dos marcadores, onde foram transferidos e validados 42,25% dos primers. A partir dos 157 fragmentos gerados com 82% de polimorfismo foi possível estimar a diversidade genética entre os acessos estudados, onde os indivíduos foram separados em três grupos distintos pelo método UPGMA e em dois grupos pela análise bayesiana. Com este estudo foi possível verificar que após o conhecimento da ploidia, onde 2n= 6x= 42 cromossomos, os marcadores puderam ser avaliados e mostraram-se eficientes para amplificação heteróloga de amostras de DNA de A. mucosa e os primers que apresentaram polimorfismo poderão ser utilizados em estudos moleculares desta espécie, sem o gasto de recursos financeiros e tempo no desenvolvimento de novos marcadores.

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3505.pdf: 1518341 bytes, checksum: 4efdb62d361c64397c9a8d593dc99efc (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / The tayassuidae family, order Artiodactyla, occurs exclusevely in the American continet and has three extant species: Tayassu pecari, the White-lipped peccary, Pecari tajacu, the collared peccary, Catagonus wagneri, the chacoan peccary. The existence of a fourth species in the family, Pecari maximus, recently discovered, is being discussed. White-lipped peccaries occur from southern Mexico through northern Argentina, while collared peccaries have a wider distribution: from southern United States through northern Argentina. Both species play key roles in the ecossystem, being part of the trophic chain and acting as seeds predators and dispersers. They are hunted in various levels throughout thier range and suffer with habitat changes provoked by humans.Microssatellites are short repetitive sequences of DNA found all over the genome and present a high degree of polimorphysm, codominance and are selective neutral, therefore being considered a ideal molecular marker for populational studies. The flanking regions of these microssatellites tend to be conserved among related species, wich makes possible the cross amplification.The aim of this work was to describe and charaterize microssatellite loci for Tayassu pecari and to test their aplicability to population studies of Pecari tajacu. A partial enriched genomic library was constructed through the DNA cleavage with restriction enzymes, hybridiztion of the fragments with repetitive biotinilated probes and magnetic recovery of hybrids with streptavidincoated magnetic beads. Among 192 recombinant clones that were sequenced, 60 repetitive regions were obtained. Design of primers was possible for 19 of them and they were tested in 30 individuals from a wild population of White-lipped and 23 from a captive population of collared peccaries. 13 loci amplified in the White-lipped peccary population and ten of them polimorphyc. The genetic diversity in this population was considered moderated, two loci deviated from Hardy-Weinberg Equilibrium in response to the presence of an homozygous excess caused by null alleles. The genetic diversity found in the collared peccary population was slightly higher, probably due to the mixed origin of the animals. This difference may also be a result of different patterns or reproduction in the two species: while White-lipped herd seem to function as a relatevely closed reproductive units, the social flexibility of collared peccaries that occurs in the wild may favour the genetic diversity in the species, so when a captive population is established, its genetic diversity, as a reflex of the total genetic diversity, is also higher. There were more related individuals in the White-lipped population than were found for the collared population, which might be a consequence of the reproductive patterns of the two species. The genetic markers described here can be used in for popualtion studies in both species, and may base future managment and conservation programs for the maintaince of the peccaries. / A família Tayassuidae, ordem Artiodactyla, ocorre exclusivamente no continente americano e possui, atualmente, apenas três espécies: Tayassu pecari, as queixadas, Pecari tajacu, os catetos e Catagonus wagneri, o taguá. A existência de uma quarta espécie na família, Pecari maximus, recentemente descrita, vem sendo discutida. As queixadas distribuem-se do sul do México ao norte da Argentina, enquanto os catetos possuem uma distribuição mais ampla, sendo encontrados desde o sul dos Estados Unidos até o norte da Argentina. As duas espécies desempenham papel-chave nos ecossistemas, por fazerem parte da cadeia trófica e atuar como predadores e dispersores de sementes. São caçadas em diferentes intensidades ao longo de sua distribuição e também sofrem com a alteração, fragmentação e perda de habitats causados pela atuação humana em áreas naturais. Os microssatélites, sequências curtas e repetitivas, distribuemse uniformemente por todo o genoma, apresentam alto grau de polimorfismo, são codominantes e seletivamente neutros e, por isso, considerados como marcadores moleculares ideais para serem usados em estudos populacionais. O fato de a região flanqueadora dos microssatélites apresentarse extremamente conservada em algumas espécies relacionadas possibilita a utilização de marcadores microssatélites em espécies próximas àquelas para as quais foram descritos. Esse trabalho teve como objetivo descrever e caracterizar locos microssatélites para a espécie Tayassu pecari e testar sua aplicabilidade em estudos populacionais de Pecari tajacu. Para isso, foi construída uma biblioteca genômica parcial enriquecida. Tal metodologia baseia-se em três etapas principais: clivagem do DNA através de enzimas de restrição, hibridização dos fragmentos obtidos com sondas biotiniladas de sequência repetitiva e motif tetranucleotídico e recuperação magnética dos híbridos através da utilização de partículas magnéticas cobertas com streptavidina. Entre 192 colônias recombinantes que foram sequenciadas, foram obtidas 60 regiões repetitivas, tendo sido possível a construção de iniciadores para 19 delas. Dos iniciadores testados, 13 apresentaram um padrão satisfatório de amplificação em queixadas e 15 em catetos. Destes, dez foram polimórficos na população de queixadas analisada e 11 na de catetos. A variabilidade genética encontrada na população selvagem de queixadas estudada foi considerada moderada. Nessa população não foi encontrado desequilíbrio de ligação significativo e dois locos não se encontravam em Equilíbrio de Hardy-Weinberg, em virtude de um excesso de homozigotos, provocado pela presença de alelos nulos. A variabilidade genética encontrada na população cativa de catetos foi mais alta que a das queixadas, provavelmente por causa da origem diversa dos membros da população. Essa diferença também poderia ser explicada em função dos diferentes padrões de acasalamento das espécies: enquanto os bandos de queixadas parecem funcionar como unidades reprodutivas, a estrutura social mais flexível dos catetos, em vida livre, parece favorecer a maior diversidade genética nessa espécie, dessa forma, quando se estabelece uma popualação cativa, sua diversidade genética, que é um reflexo da diversidade total, também é maior. Foram encontrados mais indivíduos aparentados entre a população de queixadas do que na de catetos, o que pode ser uma conseqüência dos padrões reprodutivos das duas espécies. Os marcadores descritos aqui podem ser utilizados para estudos populacionais dessas duas espécies, que podem embasar futuros programas de manejo e conservação necessários para a manutenção das mesmas.

Submitted by Luciana Sebin (lusebin@ufscar.br) on 2016-10-07T18:32:03Z No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-13T19:51:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-13T19:51:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-13T19:51:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPPP.pdf: 1959628 bytes, checksum: 65b4132f7bd4b59eb075f69f2b29aac8 (MD5) Previous issue date: 2015-08-28 / The black lion tamarin (Leontopithecus chrysopygus) is one of the most endangered neotropical primates and the historical causes that led them to the brink of extinction are closely related to the history of the Atlantic Rainforest. Among its main threats are the fragmentation of their habitat, the small number of his surviving populations and the isolation of them, which directly affect the genetic structure of these populations. The use of genetic analysis and molecular markers for the wildlife conservation have been growing over the past few years with the advent of genetic and molecular technologies and bioinformatics, allowing the establishment of rapid diagnosis of diseases and many genetic and ecological parameters such as migration rate, population size, genetic diversity, kinship relations. Among the main molecular markers are microsatellite that consist of short DNA sequences tandemly repeated composed of 1 to 6 bases pairs widely distributed in eukaryotic and prokaryotic genomes. Characteristics like codominance and high level of polymorphism make microsatellites an important tool to measure the loss of genetic diversity and recent changes in genetic structure of populations, and for use in forensic investigations. Among the methods used for the isolation of such markers, is the in silico mining for species with available genetic data. In the present study, we identified 60 tetranucleotide microsatellite loci have been identified in the genome of common marmoset (Callithrix jacchus) through data mining conducted in the genome of this species. Primer pairs were designed and tested in black lion tamarin, since this kind does not have any genomic data available. Of the 60 loci tested, 87% had successful amplification of DNA samples from 10 captive animals. PCR products were analyzed on agarose gel and 13 loci were genotyped in automatic sequencer ABI3730XL. The Geneious version 8.1.6 software was used for genotyping. Only four loci showed polymorphism, observed two alleles per locus. This low polymorphism may be associated with the origin of the captive colonies. / O mico-leão-preto (Leontopithecus chrysopygus) é um dos mais ameaçados primatas neotropicais e as causas históricas que o levaram à beira da extinção estão intimamente relacionadas à história da Mata Atlântica. Entre suas principais ameaças estão a fragmentação de seu habitat, o número reduzido de suas populações sobreviventes e o isolamento das mesmas, as quais afetam diretamente a estrutura genética dessas populações. O uso de análises genéticas e marcadores moleculares a favor da conservação da vida silvestre vêm crescendo ao longo dos últimos anos com o surgimento das tecnologias genéticas, moleculares e da bioinformática, possibilitando o estabelecimento do rápido diagnóstico de doenças e de muitos parâmetros genéticos e ecológicos, como taxa de migração, tamanho populacional, diversidade genética, relações de parentesco. Dentre os principais marcadoes estão os microssatélites que consistem em pequenas sequências de DNA repetidas em tandem compostas de 1 a 6 pares de base amplamente distribuídas nos genomas eucarióticos e procarióticos. Suas características de codominância e alto nível de polimorfismos fazem desses marcadores ferramentas importantes para estimativas de perda de variabilidade e de mudanças recentes na estruturação genética de populações, além do uso em investigações forenses. Dentre os métodos utilizados para o isolamento de tais marcadores, está a mineração in silico para espécies com dados genéticos disponíveis. No presente estudo, identificamos 60 microssatélites tetranucleotídicos no genoma do saguí-de-tufo-branco (Callithrix jacchus) através de Data Mining realizados no genoma desta espécie. Pares de primers foram desenhados e testados em Leontopithecus chrysopygus, uma vez que esta espécie não possui dados genômicos disponíveis. Dos 60 locos testados, 87% tiveram sucesso de amplificação em amostras de DNA provenientes de 10 animais de cativeiro. Os produtos de PCR foram analisados em gel de agarose e 13 locos foram genotipados em sequenciador automático ABI3730XL. O programa Geneious versão 8.1.6 foi utilizado para genotipagem. Somente quatro locos demonstraram polimorfismo, sendo observados dois alelos por loco. Esse baixo polimorfismo pode estar associado à origem das colônias de cativeiro.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-04-07T12:34:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Ferreira, D.M.C.-DELIMITAÇÃO DE ESPÉCIES E FILOGEOGRAFIA DO COMPLEXO Cryptanthus zonatus (Vis.) Vis. (BROMELIACEAE).pdf: 2597427 bytes, checksum: 104e86eeb5b9dc72d1a7d96ef9fa743f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-07T12:34:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Ferreira, D.M.C.-DELIMITAÇÃO DE ESPÉCIES E FILOGEOGRAFIA DO COMPLEXO Cryptanthus zonatus (Vis.) Vis. (BROMELIACEAE).pdf: 2597427 bytes, checksum: 104e86eeb5b9dc72d1a7d96ef9fa743f (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / CAPES / Cryptanthus Otto & A.Dietr. (Bromeliaceae, Bromelioideae) é um gênero endêmico do Brasil. Cryptanthus burle-marxii Leme e C. zonatus (Vis.) Vis. são restritas ao norte da Floresta Atlântica nordestina e não apresentam delimitação taxonômica bem definida, pois muitos de seus caracteres morfológicos se sobrepõem. Ambas as espécies compõem o complexo C. zonatus (Vis.) Vis.. O objetivo do presente estudo foi realizar a delimitação de espécies e descrever os padrões filogeográficos do complexo C. zonatus, utilizando dados morfológicos, moleculares e de modelagem de nicho ecológico. Para o estudo foram feitos testes de amplificação heteróloga em C. burle-marxii e C. zonatus, utilizando 38 locos de microssatélites nucleares de cinco espécies de Bromeliaceae. Dos 38 locos testados, 24 apresentaram amplificação positiva e 13 foram polimórficos. Dez locos polimórficos foram selecionados para serem amplificados e genotipados em 147 indivíduos de oito populações do complexo C. zonatus. O resultado da análise morfológica e de estrutura genética mostrou que C. burle-marxii e C. zonatus são dois nomes dados à mesma espécie. A análise filogeográfica mostrou que a distribuição geográfica e estrutura genética do complexo C. zonatus pode ter sofrido modificações no quaternário. No último máximo glacial a distribuição geográfica potencial do complexo era contínua e maior em algumas áreas que atualmente é mar, o que deve ter ocorrido provavelmente devido à regressão marinha neste local. No Holoceno médio houve a potencial separação da distribuição possivelmente devido a uma barreira ecológica que perdurou até o presente formando dois grupos geneticamente estruturados, um ao norte e outro ao sul. Para a conservação da espécie foram indicadas populações prioritárias para o estabelecimento de unidades de conservação. / Cryptanthus Otto & A.Dietr. (Bromeliaceae, Bromelioideae) is an endemic genus from Brazil. Cryptanthus burle-marxii Leme and C. zonatus (Vis.) Vis. are species restricted to the north of the northeastern Atlantic Forest and have no well-defined taxonomic delimitation due to overlaping of some morphological characters. Both species are included in the Cryptanthus zonatus complex. The main goal of this study was to delimit species boudaries and to describe the phylogeographic patterns of the complex C. zonatus using morphological, molecular and ecological niche modeling data. For this study were carried out cross-amplification tests in C. burle-marxii and C. zonatus using 38 loci of nuclear microsatellite of five species of Bromeliaceae. Of the 38 loci tested, 24 showed positive amplification and 13 were polymorphic. Ten polymorphic loci were selected to be amplified and genotypes in 147 individuals from eight populations of the complex C. zonatus. The results of the morphological and genetic structure analyses showed that C. burle-marxii and C. zonatus are two names given to the same species. The phylogeographic analysis showed that the geographic distribution and genetic structure of the complex C. zonatus may have been modified in the Quaternary. The potential geographic distribution of the complex in the last glacial maximum was continuous and larger in some areas which are sea in present, what have probably occurred due to marine regression at this location. In the middle Holocene, there was the potential separation of distribution, possibly due to an ecological barrier that lasted until the present, forming two genetically structured groups, one in the north and other in the south. For conservation of the species priority populations were indicated for the establishment of protected areas