Este estudo teve como objetivo geral analisar remanescentes de Floresta com Araucária, com base em métricas de paisagem e nos requisitos ecológicos de Tapirus terrestris (anta) e de Tayassu pecari (queixada). Para tanto, a pesquisa foi conduzida na paisagem em meso-escala (Fazenda Lageado Grande - FLG, onde os animais possuem áreas de uso fixo) e na paisagem em macro-escala (áreas limítrofes à FLG, de uso esporádico dos animais). Na paisagem de meso-escala os objetivos específicos foram: avaliar o uso de habitat pelas espécies considerando áreas conservadas e áreas antropizadas; relacionar a composição e disposição das unidades paisagísticas que compõem a paisagem com a freqüência de uso e seletividade de habitats pelos animais; testar a utilidade do método de parcelas amostrais para a obtenção de dados referentes ao uso e seletividade de habitats pelas espécies; e analisar a estrutura espacial da paisagem mediante a utilização de métricas. Na paisagem em macro-escala os objetivos específicos foram: verificar a adequação de habitats para as espécies; conhecer o tamanho de área de uso, abundância relativa, capacidade de movimentação e distribuição espacial das espécies na região estudada; analisar a estrutura espacial das áreas, sobretudo das manchas dos habitats-chaves, mediante a utilização de métricas da paisagem; e por fim, avaliar o conjunto de informações disponíveis a respeito dos ambientes, identificando pontos favoráveis à sua conservação e as ameaças a que estão submetidas, como parte do planejamento estratégico de conservação dos ungulados em ambiente natural. Os métodos de amostragem utilizados consistiram na elaboração do mapa de uso e cobertura do solo, por meio de fotointerpretação, onde seis classes de habitat foram identificadas: várzeas (VAZ), vegetação ciliar do Rio Iratim (APP), floresta com predomínio de pinheiro (FPP), floresta com predomínio de folhosas (FPF), reflorestamento com pinus (REF) e área antrópica (AIA). Esses habitats foram amostrados in loco para verificar a freqüência de uso e seletividade de habitats pelas espécies, sendo a quantidade de parcelas de 1 ha a serem amostradas em cada habitat determinada mediante o “Cálculo do Tamanho de uma Amostra Aleatória Simples”. A intensidade de uso dos habitats foi medida pela “Freqüência de Ocorrência de Localizações”; e a seleção de habitats avaliada mediante o uso do “Índice de Seletividade de Ivlev”. A análise da estrutura da paisagem foi realizada mediante a utilização do software Fragstats 3.3, métricas de área, forma, área central, contágio e agregação. No Arc Map 9.2 foi calculada a proporção de áreas de conexão na paisagem. Inferências sobre a percepção da paisagem das espécies foram baseadas no Limiar de Fragmentação de Andrén e no Limiar da Percolação de Stauffer. Foram utilizados índices para estimar a abundância relativa das espécies, como a contagem de indícios (no caso da anta) e número de visualizações (no caso do queixada). Os resultados obtidos pelo “Índice de Seletividade” indicaram que a anta seleciona os ambientes de VAZ em proporções equivalentes a 14 vezes mais que sua disponibilidade na área (IS 0,8698). Da mesma forma, o queixada seleciona estes ambientes 10 vezes mais que sua respectiva disponibilidade (IS 0,8108). O segundo habitat mais selecionado por estes ungulados foi APP: anta utiliza esse habitat três vezes mais que sua disponibilidade (IS 0,5434), e o queixada cinco vezes mais que sua disponibilidade na área (IS 0,6367). Com base nesses valores pode-se afirmar que as várzeas e a vegetação ciliar, embora sejam os habitats menos disponíveis na paisagem, são habitatschave para a sobrevivência das espécies na região estudada. A característica da matriz (predominantemente florestal com espécies nativas), associada aos limiares de percolação e à proporção de elementos de conexão existentes, favorece o deslocamento dos animais até as manchas de seus habitats-chaves. Tanto a anta quanto o queixada utilizam rotas de deslocamento estáveis para trânsito entre a FLG e as áreas do entorno. A anta possui sua área de vida restrita as FLG, Santa Gema Geyer, Lageado Grande/ Remasa e Santa Cruz (4.314 ha); e sua densidade relativa na região estudada pode ser considerada bastante baixa (média de apenas quatro indivíduos). O queixada possui área de vida maior que a anta (Grupo 1 = 12.457 ha, e o Grupo 2 = 7.397 ha), porém a sua densidade relativa também pode ser considerada baixa (Grupo 1 = média de 56 indivíduos; Grupo 2 = média de 63 indivíduos). A caça é a principal causa do declínio populacional das espécies na região estudada, e a falta de fiscalização e coibição da caça, bem como de educação ambiental são fatores que potencializam ainda mais as ameaças sobre as espécies.

Orientador: Márcio Garcia Ribeiro / Resumo: Foram investigadas, neste estudo, proteínas associadas à virulência (genes vapA, vapB e vapN) das espécies de Rhodococcus equi e Micobactérias isoladas de 330 linfonodos de catetos (Tayassu tajacu) e queixadas (Tayassu pecari) destinados ao consumo humano. Trinta e seis (10,9%) linhagens de R. equi foram isoladas, 3,3% (11/330) dos linfonodos de queixadas e 7,6% (25/330) dos catetos. Entre os 11 isolados de R. equi das queixadas, 90,9% (n=10/11) foram obtidos de linfonodos mesentéricos e apenas 9,1% (n=1/10) de linfonodo mediastínico. Nos 25 isolados de R. equi dos catetos, 40,0% (10/25) foram obtidos de linfonodos mesentéricos, 36,0% (9/25) de submandibulares e 24,0% (6/25) de mediastínicos. Não foram identificados genes vapA, vapB e vapN entre os isolados de R. equi. Foi isolado Mycobacterium sp. de 3,03% (10/330) do total de linfonodos. Entre os 10 isolados de micobactérias, 60% (n=6/10) dos linfonodos eram de queixadas e 40% (4/10) de catetos. Dez espécies de Mycobacterium foram detectadas por PCR-PRA, com predominância de M. avium tipo 1. O sequenciamento dos genes hsp65 e rpob revelaram micobactérias saprófitas (M. sinense, M. kumamotonense) e potencialmente patogênicas (M. colombiense, M. intracellulare) para humanos e animais. Esta é a primeira descrição de R. equi e / ou espécies de micobactérias identificadas nos linfonodos de espécimes de Tayassuideos. Apesar da ausência de genes Vap, a identificação de R. equi, bem como de micobactérias não tuberculosas e saprófit... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Virulence-associated proteins (vapA, vapB and vapN genes) of Rhodococcus equi and Mycobacterium species isolated from 330 lymph nodes of collared peccaries (Tayassu tajacu) and white-lipped peccaries (Tayassu pecari) intended for human consumption were investigated. Thirty-six (10.9%) R. equi strains were isolated, 3.3% (11/330) from white-lipped peccary and 7.6% (25/330) of collared peccary lymph nodes. Among the 11 isolates of R. equi of the white-lipped peccaries, 90.9% (n = 10/11) were obtained from mesenteric lymph nodes and only 9.1% (n = 1/10) of the mediastinal lymph node. In the 25 isolates of R. equi obtained from collared peccaries, 40.0% (10/25) were recovered from mesenteric lymph nodes, 36% (9/25) from submandibular, and 24.0% (6/25) from mediastinal ones. No vapA, vapB, and vapN genes (plasmidless type) were identified among R. equi isolates. Mycobacterium sp. was isolated in 3.03% (10/330) of all lymph nodes analyzed. Among the 10 mycobacterial isolates, 60% (n = 6/10) were from white-lipped peccary, and 40% (4/10) from collared peccary lymph nodes. Ten Mycobacterium species were detected by PCR-PRA, with predominance of M. avium type 1. Sequencing of hsp65 and rpob genes revealed mycobacteria that were saprophytic (M. sinense, M. kumamotonense) and potentially pathogenic (M. colombiense, M. intracellulare) to humans and animals. To our knowledge, this is the first description of R. equi and/or mycobacteria species identified in the lymph nodes of Tayassuid sp... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.

Orientador: Mauro Galetti Rodrigues / Coorientador: Tadeu de Siqueira Barros / Banca: Marina Correa Cortes / Banca: Adriano Garcia Chiarello / Resumo: O impacto humano sobre os ecossistemas tropicais tem um amplo efeito sobre a população dos grandes vertebrados. A ausência dos grandes mamíferos causa uma falta de seus processos fundamentais sobre comunidades de plantas como a herbivoria, o pisoteio, a predação e a dispersão de sementes. A perda de espécies resulta em perda de funções ecológicas o que altera o próprio funcionamento do ecossistema. Essa dissertação está organizada em dois capítulos: Primeiro (Capítulo I: A defaunação seletiva de mamíferos altera sua diversidade funcional em florestas atlânticas contínuas) nós analisamos como mudanças na riqueza e abundância de espécies de mamíferos de médio e grande porte afetam a diversidade funcional em Florestas Atlânticas tropicais brasileiras. Encontramos que, apesar das quatro áreas estudadas fazerem parte do mesmo contínuo de Floresta Atlântica, a riqueza e a abundância de espécies não são similares entre elas, e em uma das quatro áreas encontramos diversidade funcional alterada, o que revela a existência de comunidades de grandes mamíferos distintas nas áreas. Segundo (Capítulo II: Consequências da extinção de herbívoros sobre a diversidade de plantas em um gradiente de defaunação) nós investigamos se a ausência de grandes mamíferos altera a riqueza, densidade e beta diversidade de plântulas em florestas tropicais, a Floresta Atlântica Brasileira. Nós concluímos que apesar do fato de as quatro áreas fazerem parte de um mesmo contínuo de Floresta Atlântica, nós encontramos que em áreas com queixada, a presença dos grandes mamíferos herbívoros (parcelas abertas) causou uma tendência tanto no declínio na densidade de plântulas quanto no aumento da beta diversidade, como esperávamos, mas não encontramos um padrão para seu efeito sobre a riqueza de plântulas. Nas áreas sem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Human impact on tropical ecosystems has a pervasive effect on large bodied vertebrate populations. The absence of large mammals causes a lack of fundamental processes performed by them within the plant communities, such as herbivory, trampling, seed predation and seed dispersal. Species loss results in loss of ecological functions altering the proper functioning of the ecosystem. This dissertation is organized into two chapters. Firstly (Chapter I: Selective mammal defaunation changes functional diversity in continuous Atlantic rainforests) we analyzed how changes in species richness and abundance of mid and large forest-dwelling mammals affect functional diversity in a tropical forest, the Brazilian Atlantic Forest. We found that, despite the fact that the four studied sites compose the same Atlantic Forest continuum, species richness and abundance were not similar between sites and in one of four sites we found an alteration in functional diversity, which reveals the existence of distinct large mammal communities in these areas. Secondly (Chapter II: Consequences of herbivores extinction on plant diversity in a gradient of defaunation) we investigated whether the absence of large mammals alters seedling species richness, density and beta diversity in the same areas. We found that at peccary-present sites, the presence of large herbivorous mammals (open plots) causes a tendency of decrease in seedling density and a tendency of increase in beta diversity, but we found no pattern of their effect over seedling richness. At peccary-absent sites, the presence of large herbivorous mammals (open plots) causes no changes in seedling richness and in beta diversity, but we found no pattern of their effect over seedling density. The extinction of large mammals may result in worrying consequences over plant communities, being the white-lipped... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by AMANDA BONALUME CORDEIRO DE MORAIS null (amandabonalume@gmail.com) on 2017-08-26T23:21:44Z No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado - Amanda Bonalume Cordeiro de Morais.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T14:13:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 morais_abc_dr_bot.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T14:13:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 morais_abc_dr_bot.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) Previous issue date: 2017-07-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Foram investigadas, neste estudo, proteínas associadas à virulência (genes vapA, vapB e vapN) das espécies de Rhodococcus equi e Micobactérias isoladas de 330 linfonodos de catetos (Tayassu tajacu) e queixadas (Tayassu pecari) destinados ao consumo humano. Trinta e seis (10,9%) linhagens de R. equi foram isoladas, 3,3% (11/330) dos linfonodos de queixadas e 7,6% (25/330) dos catetos. Entre os 11 isolados de R. equi das queixadas, 90,9% (n=10/11) foram obtidos de linfonodos mesentéricos e apenas 9,1% (n=1/10) de linfonodo mediastínico. Nos 25 isolados de R. equi dos catetos, 40,0% (10/25) foram obtidos de linfonodos mesentéricos, 36,0% (9/25) de submandibulares e 24,0% (6/25) de mediastínicos. Não foram identificados genes vapA, vapB e vapN entre os isolados de R. equi. Foi isolado Mycobacterium sp. de 3,03% (10/330) do total de linfonodos. Entre os 10 isolados de micobactérias, 60% (n=6/10) dos linfonodos eram de queixadas e 40% (4/10) de catetos. Dez espécies de Mycobacterium foram detectadas por PCR-PRA, com predominância de M. avium tipo 1. O sequenciamento dos genes hsp65 e rpob revelaram micobactérias saprófitas (M. sinense, M. kumamotonense) e potencialmente patogênicas (M. colombiense, M. intracellulare) para humanos e animais. Esta é a primeira descrição de R. equi e / ou espécies de micobactérias identificadas nos linfonodos de espécimes de Tayassuideos. Apesar da ausência de genes Vap, a identificação de R. equi, bem como de micobactérias não tuberculosas e saprófitas, destacam o risco de transmissão desses patógenos das espécies de Tayassuideos para humanos por meio de carne ou produtos à base de carne contaminados com conteúdo de linfonodos, uma vez que R. equi sem plasmídeo de virulência e as espécies de micbactérias descritas aqui já foram relatadas como causas de infecções pulmonares e extrapulmonares em seres humanos imunocompetentes e imunocomprometidos. / Virulence-associated proteins (vapA, vapB and vapN genes) of Rhodococcus equi and Mycobacterium species isolated from 330 lymph nodes of collared peccaries (Tayassu tajacu) and white-lipped peccaries (Tayassu pecari) intended for human consumption were investigated. Thirty-six (10.9%) R. equi strains were isolated, 3.3% (11/330) from white-lipped peccary and 7.6% (25/330) of collared peccary lymph nodes. Among the 11 isolates of R. equi of the white-lipped peccaries, 90.9% (n = 10/11) were obtained from mesenteric lymph nodes and only 9.1% (n = 1/10) of the mediastinal lymph node. In the 25 isolates of R. equi obtained from collared peccaries, 40.0% (10/25) were recovered from mesenteric lymph nodes, 36% (9/25) from submandibular, and 24.0% (6/25) from mediastinal ones. No vapA, vapB, and vapN genes (plasmidless type) were identified among R. equi isolates. Mycobacterium sp. was isolated in 3.03% (10/330) of all lymph nodes analyzed. Among the 10 mycobacterial isolates, 60% (n = 6/10) were from white-lipped peccary, and 40% (4/10) from collared peccary lymph nodes. Ten Mycobacterium species were detected by PCR-PRA, with predominance of M. avium type 1. Sequencing of hsp65 and rpob genes revealed mycobacteria that were saprophytic (M. sinense, M. kumamotonense) and potentially pathogenic (M. colombiense, M. intracellulare) to humans and animals. To our knowledge, this is the first description of R. equi and/or mycobacteria species identified in the lymph nodes of Tayassuid specimens. Despite the absence of Vap genes, the identification of R. equi, as well as nontuberculous and saprophytic mycobacteria highlight the risk of transmission of these pathogens from Tayassuidae species to humans by means of meat or meat products contaminated with lymph node contents, since R. equi plasmidless type and mycobacterial species described here have been reported as causes of pulmonary and extrapulmonary infections both in immunocompetent and immunocompromised humans.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-13Bitstream added on 2014-06-13T18:40:16Z : No. of bitstreams: 1 schmaedecke_g_me_rcla.pdf: 524935 bytes, checksum: 9291a32a19fd57a307a955d30397d672 (MD5) / O impacto humano sobre os ecossistemas tropicais tem um amplo efeito sobre a população dos grandes vertebrados. A ausência dos grandes mamíferos causa uma falta de seus processos fundamentais sobre comunidades de plantas como a herbivoria, o pisoteio, a predação e a dispersão de sementes. A perda de espécies resulta em perda de funções ecológicas o que altera o próprio funcionamento do ecossistema. Essa dissertação está organizada em dois capítulos: Primeiro (Capítulo I: A defaunação seletiva de mamíferos altera sua diversidade funcional em florestas atlânticas contínuas) nós analisamos como mudanças na riqueza e abundância de espécies de mamíferos de médio e grande porte afetam a diversidade funcional em Florestas Atlânticas tropicais brasileiras. Encontramos que, apesar das quatro áreas estudadas fazerem parte do mesmo contínuo de Floresta Atlântica, a riqueza e a abundância de espécies não são similares entre elas, e em uma das quatro áreas encontramos diversidade funcional alterada, o que revela a existência de comunidades de grandes mamíferos distintas nas áreas. Segundo (Capítulo II: Consequências da extinção de herbívoros sobre a diversidade de plantas em um gradiente de defaunação) nós investigamos se a ausência de grandes mamíferos altera a riqueza, densidade e beta diversidade de plântulas em florestas tropicais, a Floresta Atlântica Brasileira. Nós concluímos que apesar do fato de as quatro áreas fazerem parte de um mesmo contínuo de Floresta Atlântica, nós encontramos que em áreas com queixada, a presença dos grandes mamíferos herbívoros (parcelas abertas) causou uma tendência tanto no declínio na densidade de plântulas quanto no aumento da beta diversidade, como esperávamos, mas não encontramos um padrão para seu efeito sobre a riqueza de plântulas. Nas áreas sem... / Human impact on tropical ecosystems has a pervasive effect on large bodied vertebrate populations. The absence of large mammals causes a lack of fundamental processes performed by them within the plant communities, such as herbivory, trampling, seed predation and seed dispersal. Species loss results in loss of ecological functions altering the proper functioning of the ecosystem. This dissertation is organized into two chapters. Firstly (Chapter I: Selective mammal defaunation changes functional diversity in continuous Atlantic rainforests) we analyzed how changes in species richness and abundance of mid and large forest-dwelling mammals affect functional diversity in a tropical forest, the Brazilian Atlantic Forest. We found that, despite the fact that the four studied sites compose the same Atlantic Forest continuum, species richness and abundance were not similar between sites and in one of four sites we found an alteration in functional diversity, which reveals the existence of distinct large mammal communities in these areas. Secondly (Chapter II: Consequences of herbivores extinction on plant diversity in a gradient of defaunation) we investigated whether the absence of large mammals alters seedling species richness, density and beta diversity in the same areas. We found that at peccary-present sites, the presence of large herbivorous mammals (open plots) causes a tendency of decrease in seedling density and a tendency of increase in beta diversity, but we found no pattern of their effect over seedling richness. At peccary-absent sites, the presence of large herbivorous mammals (open plots) causes no changes in seedling richness and in beta diversity, but we found no pattern of their effect over seedling density. The extinction of large mammals may result in worrying consequences over plant communities, being the white-lipped... (Complete abstract click electronic access below)

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.