Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Resumo: Cariniana estrellensis (Raddi) Kuntze (Lecythidaceae), popularmente conhecida como jequitibá-branco, é uma espécie arbórea tropical típica de estágios sucessionais avançados, característica de florestas clímax. Apesar da sua importância ecológica, a espécie encontra-se ameaçada de extinção, principalmente devido à intensa exploração e degradação de seu ambiente natural. O objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de cruzamento e o fluxo gênico contemporâneo de uma população de C. estrellensis, localizada em um fragmento florestal (448,2 ha) na cidade de Bataguassu (Estado do Mato Grosso do Sul, Brasil), utilizando marcadores microssatélites. Foram mapeadas, medidas (altura e diâmetro a altura do peito) e genotipadas todas as 285 árvores adultas encontradas na área e coletadas sementes de 20 árvores matrizes, 32 sementes por árvore para as análises de forma hierárquica dentro e entre frutos. Utilizando os genótipos de adultos e progênies foram investigadas a herança Mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de nove locos de C. estrellensis, os quais exibiram herança Mendeliana, não estão ligados e segregam de forma independente. Embora a riqueza alélica ( ), heterozigozidade observada ( ) e esperada ( ) foram similares entre adultos ( = 8,3, = 0,648, = 0,686) e sementes ( = 7,8, = 0,640, = 0,682), estes índices foram significativamente menores nas sementes. O índice fixaçã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Apesar de causar um enorme impacto na história da evolução e prognóstico a partir da infecção pelo HIV, a terapia anti-retroviral altamente potente prolongada apresenta vários efeitos colaterais. Dentre esses, a síndrome da lipodistrofia (SL) caracterizada por alterações metabólicas e morfológicas. Embora tenha sido descrito que a adesão à terapia esteja associada, sua patogenia ainda permanece desconhecida. Um enfoque têm sido dado aos mediadores pró-inflamatórios, como o Fator de Necrose Tumoral (TNF), sugerindo que o aumento nos níveis dessa citocina esteja associado com o desenvolvimento da SL. Como os sítios polimórficos têm sido associados com a magnitude da produção de citocinas, no presente estudo avaliamos a freqüência de alguns sítios polimórficos na região do gene que codifica o TNF em portadores do HIV/aids apresentando ou não a SL. Para avaliar o polimorfismo genético dos microssatélites TNFa-e e da região promotora do TNF (TNF-308 e TNF-238) foram estudados 117 portadores do HIV-1 usando terapia anti-retroviral (67 com SL e 50 sem SL) e 131 controles saudáveis. Os microssatélites e região promotora do TNF foram tipificados usando DNA genômico hibridizado com iniciadores específicos. Os pacientes foram arrolados no Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP). A analise estatística foi realizada utilizando-se o teste exato de Fisher. Quando consideramos as comparações das freqüências dos alelos dos microssatélites da região do TNF podemos inferir que a presença do alelo TNFa5 pode conferir proteção aos indivíduos portadores do HIV/aids no desenvolvimento da SL. Já as comparações dos alelos da região promotora do TNF nos sugerem que a presença do alelo TNF-308G, assim como seu homozigoto TNF-308GG, podem conferir susceptibilidade para o desenvolvimento da SL. A presença do haplótipo TNFe3 d3 -238G -308A c1 a5 b7 sugere proteção para o desenvolvimento dessa síndrome. Esse é o primeiro estudo associando o polimorfismo dos microssatelites do TNF com a SL e aponta diversas associações entre alelos da região do gene que codifica o TNF com a SL. Embora os mecanismos relacionados com a participação do TNF no desenvolvimento da SL não estejam bem esclarecidos, este estudo sugere que fatores imunogenéticos associados com a magnitude de expressão do TNF e, provavelmente da expressão de outras citocinas pró-inflamatórias, estejam envolvidas no desenvolvimento da SL em portadores do HIV/aids. / Despite causing a significant impact in the history of evolution and prognosis after HIV infection, the highly potent antiretroviral therapy causes various side effects, which include lipodystrophy syndrome (LS), characterized by metabolic and morphologic changes. Although it has been reported that treatment compliance is associated, LS pathogenesis remains unknown. Special attention has been given to proinflammatory mediators, such as the Tumoral Necrosis Factor (TNF), suggesting that the increase in levels of this cytokine is associated with the development of LS. Since polymorphic sites have been associated with the magnitude of cytokine production, in the present study we evaluated the frequency of some polymorphic sites in the gene region that codes TNF in HIV/aids-infected patients presenting LS or not. In order to evaluate the genetic polymorphism of TNFa-e microsatellites and of the TNF promoter region (TNF-308 and TNF-238), 117 HIV-1 infected patients using antiretroviral therapy (67 with LS and 50 without LS) and 131 healthy controls were studied. Microsatellites and the TNF promoter region were typified using hybridized genomic DNA with specific initiators. Patients were selected at the Clinics Hospital of the University of São Paulo (HCFMRP-USP). Statistical analysis was performed using the Fisher\'s exact test. Comparisons of the frequencies of microsatellite alleles of the TNF region suggest that the presence of the TNFa5 allele could provide HIV/aids patients with protection against developing LS. In addition, comparisons of alleles of the TNF promoter region suggest that the presence of TNF-308G allele, as well as of its homozygote TNF-308GG could pose susceptibility to developing LS. The presence of the haplotype, TNFe3 d3 -238G -308A c1 a5 b7, suggests protection against developing that syndrome. The present study is the first to associate TNF microsatellite polymorphism with LS, indicating several associations among alleles of the gene region that codes TNF with LS. Although the mechanisms regarding the participation of TNF in the development of LS are not clear, this study suggests that immunogenetic factors associated with the TNF expression magnitude and probably the expression of other proinflammatory cytokines are involved in the development of LS in HIV/aids infected patients.

A região Neotropical é uma das regiões com maior biodiversidade no planeta. Essa região apresenta uma complexa história geológica que iniciou-se com a quebra da Gondwana, separando os continentes sul-americano e africano, durante o Mesozóico, há ca. de 150 milhões. Todas as mudanças geológicas que seguiram influenciaram a diversificação da fauna e flora dessa região. No entanto, ainda não sabemos quais processos levaram à alta diversidade encontrada nesta região. Esse estudo, foca em Stizophyllum, (Bignonieae, Bignoniaceae), um pequeno gênero de lianas Netropicais, que ocorre desde o México até o sul do Brasil. Apesar da cirscunscrição de Stizophyllum ser clara, limites específicos permanecem complicados neste grupo e pouco se sabe sobre sua história evolutiva. Este estudo visa: (i) reconstruir a filogenia do gênero e utilizá-la como base para inferir a história biogeográfica do grupo, e (ii) desenvolver marcadores de microssatélites (SSRs) nucleares e plastidiais, para futuros estudos filogeográficos e de genética de populações. Para tal, reconstruímos a filogenia do gênero com base em três marcadores moleculares (ndhF, rpl32-trn,L e pepC) e uma ampla amostragem de indivíduos, utilizando inferências bayesiana e de máxima verossimilhança. Em seguida estimamos as idades de divergência das diversas linhagens e reconstruímos a história biogeográfica do grupo. Por fim, desenvolvemos marcadores de microssatélite nucleares (nSSRs) e de cloroplasto (cpSSRs) para o grupo. Ao todo, desenvolvemos trinta e sete SSRs, nove nucleares e vinte oito de cloroplasto. Todos marcadores foram polimórficos em S. riparium e apresentaram sucesso de transferabilidade para S. inaequilaterum e S. perforatum. Cinco clados principais foram reconstruídos na filogenia molecular do gênero, os quais são caracterizados por bons caracteres morfológicos e aqui reconhecidos como espécies em uma nova sinopse apresentada para o grupo: (i) S. inaequilaterum Bureau & K. Schum., distribuído pela Amazônia e América Central; (ii) S. perforatum (Cham.) Miers, distribuído pela Mata Atlântica e Áreas Secas do Brasil Central, (iii) S. riparium (Kunth) Sandwith, distribuído por toda Bacia Amazônia; (iv) S. flos-ardeae (Pitter) Beyer & L.G. Lohmann, distribuído pela América Central, e (v) S. coriaceum Beyer & L.G. Lohmann, restrito ao Estado do Pará, na Amazônia Oriental. O estudo biogeográfico indicou que o ancestral de Stizophyllum e seu grupo-irmão Martinella, estava distribuído pela Amazônia. A divergência destas linhagens ocorreu durante o Eoceno, enquanto a diversificação das espécies de Stizophyllum ocorreu durante o Mioceno, a partir de um ancestral amplamente distribuído pela região Neotropical. Essa dissertação traz novos dados para um melhor entendimento dos processos que levaram à estruturação da biota Neotropical e contribui dados importantes para um projeto multidisciplinar amplo neste tópico (FAPESP 2012/50260-6) / The Neotropics is one of the most biodiverse regions in the planet. This region has a complex geological history that began during the break of Gondwana, which separated the South American and African continents in the Mesozoic, at ca. 150 million years ago. All the geological changes that followed greatly impacted the diversification of the fauna and flora of this region. However, it is still not clear what processes led to the high diversity found in this region. This study focuses on Stizophyllum (Bignonieae, Bignoniaceae), a small genus of Neotropical lianas, distributed from Mexico to southern Brazil. Although Stizophyllum is well circumscribed, species limits remain complicated in this group and little is known about its evolutionary history. This study aims to: (i) reconstruct the phylogeny of the genus and use it as a basis to infer the biogeographical history of this group, and (ii) develop nuclear and plastid microsatellite markers (SSRs) for future studies on the phylogeography and population genetics of this group. To this end, we reconstructed the phylogeny of the genus based on three molecular markers (ndhF, rpl32-trnL and pepC) and a broad sample of individuals, using Bayesian and Maximum Likelihood approaches. We then estimated divergence times of the various lineages and recontructed the biogeographical history of the group. Lastly, we developed nuclear microsatellite markers (nSSRs) and chloroplast microsatellite markers (cpSSRs) for the group. In total, we developed thirty-seven SSRs, nine from the nucleus and twenty-eight from the chloroplast. All markers amplified successfully in S. riparium and transferability was sucessful to S. inaequilaterum and S. perforatum. Five main clades were reconstructed in the molecular phylogeny of the group, all of which are characterized by good morphological markers and here recognized as species in an updated synopsis of the group: (i) S. inaequilaterum Bureau & K. Schum., distributed through the Amazon and Central America; (ii) S. perforatum (Cham.) Miers, distributed through the Atlantic Forest and the Dry Areas from Central Brasil; (iii) S. riparium (Kunth) Sandwith, distributed throughout the Amazon Basin; (iv) S. flos-ardeae (Pitter) Beyer & L.G. Lohmann, distributed through Central America; and, (v) S. coriaceum Beyer & L.G. Lohmann, restricted to the state of Pará, in Eastern Amazonia. The biogeographic study indicated that the ancestor of Stizophyllum and its sister-group Martinella was broadly distributed through Amazônia. These lineages dievrsified during the Eocene, while the diversification of Stizophyllum species occurred during the Miocene, from an ancestor that was broadly distributed through the Neotropics. This dissertation brings new information for the assembly of the Neotropical biota and contributes important data for a broader multidisciplinary project on this topic (FAPESP 2012 / 50260-6)

A região Neotropical é uma das regiões com maior biodiversidade no planeta. Essa região apresenta uma complexa história geológica que iniciou-se com a quebra da Gondwana, separando os continentes sul-americano e africano, durante o Mesozóico, há ca. de 150 milhões. Todas as mudanças geológicas que seguiram influenciaram a diversificação da fauna e flora dessa região. No entanto, ainda não sabemos quais processos levaram à alta diversidade encontrada nesta região. Esse estudo, foca em Stizophyllum, (Bignonieae, Bignoniaceae), um pequeno gênero de lianas Netropicais, que ocorre desde o México até o sul do Brasil. Apesar da cirscunscrição de Stizophyllum ser clara, limites específicos permanecem complicados neste grupo e pouco se sabe sobre sua história evolutiva. Este estudo visa: (i) reconstruir a filogenia do gênero e utilizá-la como base para inferir a história biogeográfica do grupo, e (ii) desenvolver marcadores de microssatélites (SSRs) nucleares e plastidiais, para futuros estudos filogeográficos e de genética de populações. Para tal, reconstruímos a filogenia do gênero com base em três marcadores moleculares (ndhF, rpl32-trn,L e pepC) e uma ampla amostragem de indivíduos, utilizando inferências bayesiana e de máxima verossimilhança. Em seguida estimamos as idades de divergência das diversas linhagens e reconstruímos a história biogeográfica do grupo. Por fim, desenvolvemos marcadores de microssatélite nucleares (nSSRs) e de cloroplasto (cpSSRs) para o grupo. Ao todo, desenvolvemos trinta e sete SSRs, nove nucleares e vinte oito de cloroplasto. Todos marcadores foram polimórficos em S. riparium e apresentaram sucesso de transferabilidade para S. inaequilaterum e S. perforatum. Cinco clados principais foram reconstruídos na filogenia molecular do gênero, os quais são caracterizados por bons caracteres morfológicos e aqui reconhecidos como espécies em uma nova sinopse apresentada para o grupo: (i) S. inaequilaterum Bureau & K. Schum., distribuído pela Amazônia e América Central; (ii) S. perforatum (Cham.) Miers, distribuído pela Mata Atlântica e Áreas Secas do Brasil Central, (iii) S. riparium (Kunth) Sandwith, distribuído por toda Bacia Amazônia; (iv) S. flos-ardeae (Pitter) Beyer & L.G. Lohmann, distribuído pela América Central, e (v) S. coriaceum Beyer & L.G. Lohmann, restrito ao Estado do Pará, na Amazônia Oriental. O estudo biogeográfico indicou que o ancestral de Stizophyllum e seu grupo-irmão Martinella, estava distribuído pela Amazônia. A divergência destas linhagens ocorreu durante o Eoceno, enquanto a diversificação das espécies de Stizophyllum ocorreu durante o Mioceno, a partir de um ancestral amplamente distribuído pela região Neotropical. Essa dissertação traz novos dados para um melhor entendimento dos processos que levaram à estruturação da biota Neotropical e contribui dados importantes para um projeto multidisciplinar amplo neste tópico (FAPESP 2012/50260-6) / The Neotropics is one of the most biodiverse regions in the planet. This region has a complex geological history that began during the break of Gondwana, which separated the South American and African continents in the Mesozoic, at ca. 150 million years ago. All the geological changes that followed greatly impacted the diversification of the fauna and flora of this region. However, it is still not clear what processes led to the high diversity found in this region. This study focuses on Stizophyllum (Bignonieae, Bignoniaceae), a small genus of Neotropical lianas, distributed from Mexico to southern Brazil. Although Stizophyllum is well circumscribed, species limits remain complicated in this group and little is known about its evolutionary history. This study aims to: (i) reconstruct the phylogeny of the genus and use it as a basis to infer the biogeographical history of this group, and (ii) develop nuclear and plastid microsatellite markers (SSRs) for future studies on the phylogeography and population genetics of this group. To this end, we reconstructed the phylogeny of the genus based on three molecular markers (ndhF, rpl32-trnL and pepC) and a broad sample of individuals, using Bayesian and Maximum Likelihood approaches. We then estimated divergence times of the various lineages and recontructed the biogeographical history of the group. Lastly, we developed nuclear microsatellite markers (nSSRs) and chloroplast microsatellite markers (cpSSRs) for the group. In total, we developed thirty-seven SSRs, nine from the nucleus and twenty-eight from the chloroplast. All markers amplified successfully in S. riparium and transferability was sucessful to S. inaequilaterum and S. perforatum. Five main clades were reconstructed in the molecular phylogeny of the group, all of which are characterized by good morphological markers and here recognized as species in an updated synopsis of the group: (i) S. inaequilaterum Bureau & K. Schum., distributed through the Amazon and Central America; (ii) S. perforatum (Cham.) Miers, distributed through the Atlantic Forest and the Dry Areas from Central Brasil; (iii) S. riparium (Kunth) Sandwith, distributed throughout the Amazon Basin; (iv) S. flos-ardeae (Pitter) Beyer & L.G. Lohmann, distributed through Central America; and, (v) S. coriaceum Beyer & L.G. Lohmann, restricted to the state of Pará, in Eastern Amazonia. The biogeographic study indicated that the ancestor of Stizophyllum and its sister-group Martinella was broadly distributed through Amazônia. These lineages dievrsified during the Eocene, while the diversification of Stizophyllum species occurred during the Miocene, from an ancestor that was broadly distributed through the Neotropics. This dissertation brings new information for the assembly of the Neotropical biota and contributes important data for a broader multidisciplinary project on this topic (FAPESP 2012 / 50260-6)

Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Os processos migratórios realizados por diferentes espécies animais com finalidades tróficas ou reprodutivas tem despertado grande interesse por parte dos pesquisadores há várias décadas. Entre as espécies de grande importância nestes ambientes, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) se caracteriza como um peixe migrador de ampla distribuição em território brasileiro, principalmente na bacia do Prata, constituída pelos rios Paraná, Paraguai e Uruguai, onde pode atingir grande tamanho. Assim, estudos que visam proporcionar melhores condições de manejo e sua conservação são muito importantes. Neste contexto, as alterações antropogênicas que afetam a espécie S. brasiliensis e a falta de informação que dificultam estratégias eficazes de manejo e conservação, o presente estudo teve como objetivo investigar a variabilidade genética e a estrutura genética das populações migratórias e residentes de S. brasiliensis da bacia do Rio Mogi Guaçu, a partir de amostragem realizada no período de 2008, 2009, 2010 e 2015, tendo como ferramenta a aplicação de técnicas de genética molecular. Os resultados obtidos indicaram altos níveis de variabilidade genética em todos os grupos amostrados, sendo que a heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,59 a 0,67 e a heterozigosidade esperada (He) variou de 0,70 a 0,74. A Análise da Variância Molecular (AMOVA) revelou baixa estruturação genética em todos os grupos (FST = 0,0072), nas quais a maior fonte de variabilidade genética foi verificada entre os i... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The migratory processes carried out by different animal species for trophic or reproductive purposes have aroused great interest on the part of researchers for several decades. Among the species of great importance in these environments, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) is characterized as a migratory fish of wide distribution in Brazilian territory, mainly in the Prata basin, constituted by the rivers Paraná, Paraguay and Uruguay, where it can reach large size. Thus, studies aimed at providing better management conditions and its conservation is important and well received. In this context, considering the anthropogenic changes that affect the S. brasiliensis species and the lack of information that allow effective management and conservation strategies, this study aimed to investigate the genetic variability and genetic structure of the migratory and resident populations of S. brasiliensis from the Mogi Guaçu River basin, based on sampling carried out from 2008 to 2015 using as a tool the application of molecular genetic techniques. The results indicated high levels of genetic variability in all the sampled groups and the observed heterozygosity (Ho) varied from 0.59 to 0.67 while the expected heterozygosity (He) ranged from 0.70 to 0.74. Molecular Variance Analysis (AMOVA) revealed low genetic structure in all groups analyzed (FST = 0.0072), in which the greatest source of genetic variability was observed in comparisons among individuals (85.98%). However, the analysis... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-21T23:15:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_FelipeAokiGoncalves.pdf: 4019040 bytes, checksum: f74776a8e1e4eb45c987837446b58d50 (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - As datas da capa e da página de rosto estão diferentes (uma está fevereiro e outra abril/2018) - Na capa, excluir o texto "Dissertação apresentada..." - Na página de rosto falta o cabeçalho da universidade - No Resumo e no Abstract faltam as palavras-chave e Keywords. Em caso de dúvidas entre em contato pelo email repositoriounesp@reitoria.unesp.br. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-23T13:48:49Z (GMT) / Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-27T00:34:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4850341 bytes, checksum: d57d8babaceaadcbca57c2bb4fd7152e (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - Erro de grafia/digitação no título da capa e na página de rosto. O termo "Tillandsia aeranthos (Lois.)" está sem a letra D. Observe que o arquivo digital deve estar idêntico ao trabalho impresso. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-27T16:27:13Z (GMT) / Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-28T08:53:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4851233 bytes, checksum: 00282da22e9621485fa889dc2eeab49a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) Previous issue date: 2018-05-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O continente sul-americano é o mais biodiverso da Terra, sendo palco da interação de complexos processos climáticos e geológicos que moldaram sua biota de forma muito heterogênea. Um crescente numero de estudos estudos de filogeografia de especies Sul Americanos tem auxiliado no entendimento das respostas evolutivas envolvidas em tal diversificação. A família Bromeliaceae é caracterizada por extensa radiação adaptativa, apresenta heterogeneidade de estratégias reprodutivas e padrões distintos de fluxo gênico e estrutura genética. Tillandsia aeranthos (Lois.) L.B. Smith é uma bromeliácea epífita que habita matas ciliares por toda região dos Pampas. Sua ocorrência em densas populações ao longo de ambientes geograficamente distintos a torna um bom modelo para a estudos sobre a influência de fatores geoclimáticos e ecológicos no padrão de distribuição da variabilidade genética e decorrentes processos de especiação ou manutenção da integridade da espécie. Esta dissertação foi dividida em dois manuscritos a fim de fornecer dados e análises úteis para a compreensão da evolução desta espécie neotropical. No Capítulo 1 foi realizada a amplificação heteróloga em Tillandsia aeranthos e Tillandsia recurvata de marcadores microssatélites nucleares previamente desenvolvidos para outras espécies de Bromeliaceae. Conjuntos de sete e seis marcadores apresentaram índices satisfatórios de polimorfismos em T. aeranthos e T. recurvata, respectivamente. A análise dos dados em duas populações de 20 indivíduos de cada espécie apresentou resultados compatíveis com sistemas reprodutivos distintos de cada espécie: fecundação cruzada predominante em T. aeranthos e auto-fecundação predominante em T. recurvata. No Capítulo 2 investigamos os padrões de variabilidade e estrutura genética e sistema reprodutivo de Tillandsia aeranthos ao longo da distribuição geográfica da espécie. Um total de 203 indivíduos de 13 localidades foi analisado a partir de sete marcadores microssatélites nucleares; 12 indivíduos tiveram 13 regiões universais plastidiais sequenciadas; e 74 indivíduos com 543 flores foram submetidos a experimentos de polinização manual. Os dados de microssatélites nucleares apontam altos níveis de diversidade genética em T. aeranthos (HE=0,806; HO=0,745) apesar de todas as regiões plastidiais sequenciadas terem sido monomórficas, sem diferenciação haplotípica. Foi observada também baixa diferenciação populacional (FST=0,031) sem correlação significativa entre as distâncias genéticas e geográficas das populações (isolamento-por-distância). Sinais moderados de eventos recentes de gargalo genético foram detectados em somente quatro das 13 populações, indicando que a maior parte das populações apresentou estabilidade demográfica durante o último máximo glacial. Os experimentos de manipulação polínica evidenciaram auto-incompatibilidade total em T. aeranthos. Em conclusão, os resultados demonstram altos níveis de diversidade genética e estabilidade demográfica na espécie, com fluxo gênico ocorrendo sem barreiras geográficas evidentes dentro da área de ocorrência de Tillandsia aeranthos. / South America is the most biodiverse subcontinent of the planet, bearing interactions between complex geoclimatic processes that heterogeneously molded its biota. An increasing number of Phylographic studies in South American species have helped us to understand the evolutionary responses that gradually formed such great biodiversity. Bromeliaceae is a family of herbaceous plants characterized by extreme adaptive radiation, its species present a wide range of reproductive strategies and distinct patterns of gene flow and genetic structure. Tillandsia aeranhos (Lois.) L.B. Smith is an epiphyte that inhabits mainly riparian forests of the Pampas biome. It occurs in dense populations across distinct habitats and topographic profiles, which makes it a good model species in studies about the influence of geo-climatic and ecologic factors over patterns of genetic variability and structure, as well as subsequent evolutionary processes of speciation or species cohesion maintenance. This dissertation presents two manuscripts aiming to provide data and analysis that will allow a better comprehension of T. aeranthos evolutionary history. In Chapter 1, we performed cross-amplifications of several nuclear microsatellite loci developed for other bromeliad species in Tillandsia aeranthos and T. recurvata. Sets of seven and six markers amplified satisfactorily and were polymorphic in T. aeanthos an T. recurvata respectively. The following analysis were carried in two populations of 20 individuals for each species and results were in accordance to opposite breeding sytems of each species: predominant cross-pollination in T. aeranthos and predominant self-pollination in T. recurvata. In Chapter 2, we investigated patterns of genetic diversity, phylogeographic structure and breeding system in T. aeranthos across most of its geographic distribution. Altogether, 203 individuals were analyzed from seven microsatellite markers; 12 individuals were analyzed from 13 chloroplast regions; and controlled pollinatin experiments were carried in 74 individuals bearing 543 flowers. Nuclear microsatellite data suggests very high levels of genetic diversity (HE=0,806; HO=0,74). Contrastingly, all chloroplast regions were monomorphic, with no haplotype differentiation. Genetic structure was very low (FST=0,031)) and isolation-by-distance hypothesis was refuted. Moderated signs of recent bottleneck events were detected in four out of 13 populations, suggesting that most populations were demographically stable since the last glacial maximum. Controlled pollination experiments showed complete self-incompatibility in T. aeranthos. In conclusion, our results sow high levels of genetic diversity and demographic stability in the species, with gene flow occurring freely without evidence of geographic barriers across the species geographic distribution. / FAPESP: 2016/03777-4 / FAPESP: 2014/15586-6

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T19:10:55Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 641690 bytes, checksum: 192a865a962268cc1e6e97448d12fefd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T19:10:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 641690 bytes, checksum: 192a865a962268cc1e6e97448d12fefd (MD5) Previous issue date: 2004-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Melipona rufiventris é uma espécie de meliponíneo que encontra-se ameaçada de extinção no estado de Minas Gerais. Até recentemente, as “formas” encontradas tanto em regiões de mata Atlântica quanto em regiões de cerrado dentro deste estado eram, consideradas uma única espécie. No entanto, devido ao grande número de diferenças morfológicas encontradas entre espécimens provenientes de diferentes regiões, a “forma” encontrada em regiões de mata passou a ser considerada como Melipona mondury e a “forma” presente no cerrado como M. rufiventris. Com o objetivo de estimar a variabilidade genética em populações dessas duas espécies, foram feitas análises com nove “primers” microssatélites em 45 colônias coletadas em diferentes localidades do estado de Minas Gerais. O seqüenciamento de alguns dos locos demonstrou que os fragmentos amplificados realmente continham regiões microssatélites. Considerando todas as amostras analisadas, 7 locos foram polimórficos, sendo que alguns alelos estavam presentes somente em M. rufiventris e outros eram exclusivos de M. mondury. A análise de agrupamento permitiu a formação de dois grupos distintos: o primeiro constituído pelas colônias de M. mondury e o segundo pelas de M. rufiventris. Nesse último observou-se a formação de dois subgrupos, sendo que as colônias de Brasilandia de Minas e Dom Bosco encontraram-se separadas das demais colônias de cerrado. A porcentagem de locos polimórficos foi de 33,3% para as espécies M. mondury e M. rufiventris e 22,2% para as colônias de Brasilandia de Minas/Dom Bosco. A heterozigosidade observada nessas populações foi de 0,1159 para M. mondury, 0,0684 para M. rufiventris e 0,0222 para as colônias de Brasilandia de Minas/ Dom Bosco. M. mondury e M. rufiventris apresentaram valores de F ST próximo de 0,25, mostrando que essas espécies possuem uma elevada estruturação populacional, com grande diferenciação genética entre as subpopulações. / Melipona rufiventris is one species of the stingless bee that is becoming very rare in Minas Gerais state. Therefore it was included on the endangered species’ list of Minas Gerais. Until recently, the different "forms" of M. rufiventris founded in the Atlantic forest areas or in the cerrado areas of this state, were considered as a unique species. However, due to the high number of morphological differences founded among specimens from different geographic regions, the "form" found in forest areas passed to be called Melipona mondury while the "form " found in the cerrado was assumed to be M. rufiventris. Aiming to estimate the genetic variability in populations of these two species, we analysed samples from 45 colonies collected at different places of the Minas Gerais state with nine microsatellites primers. The sequencing of some of these loci revealed that the amplified fragments really corresponded to microsatellite areas. Considering all the samples, 7 loci were polymorphic, with some alleles presented only in M. rufiventris while others were exclusive to M. mondury. The Grouping Analysis allowed the establishment of two different groups: the first constituted by the M. mondury’s colonies and the second by the M. rufiventris’ colonies. In the last one, the establishment of two subgroups was observed, being the colonies from Brasilândia de Minas/Dom Bosco separated from the others colonies from the cerrado. The percentage of polymorphic loci was 33.3% to the species M. mondury and M. rufiventris and 22.2% to the colonies from Brasilândia de Minas/Dom Bosco. The observed heterozygosity in these populations was of 0.1159 for M. mondury, 0.0684 for M. rufiventris and 0.0222 for the colonies from Brasilândia de Minas/ Dom Bosco. M. mondury and M. rufiventris presented F ST close to 0.25, indicating that their subpopulations are well structured, with a great genetic differentiation among them.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-06T17:52:24Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133276 bytes, checksum: 58925ce395d2c8f7b6595cff56650411 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T17:52:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133276 bytes, checksum: 58925ce395d2c8f7b6595cff56650411 (MD5) Previous issue date: 2004-08-10 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A vulnerabilidade genética tornou-se preocupação constante no melhoramento de qualquer espécie vegetal. A manutenção da diversidade genética entre genótipos em uma cultura torna-se medida de proteção contra potenciais perdas devido ao ataque de pragas e doenças. A diversidade genética entre genótipos também facilita a criação de populações segregantes a partir das quais plantas contendo combinações de genes superiores podem ser selecionadas. Com a aprovação da Lei de Proteção de Cultivares no Brasil (1997), a caracterização genética de cultivares tornou-se importante na proteção do direito intelectual do melhorista, bem como para auxiliar os programas de melhoramento dessas cultivares. Os objetivos gerais desse trabalho foram caracterizar e avaliar a diversidade genética de algumas cultivares de importância tanto comercial quanto para os programas de melhoramento do Brasil, bem como de linhagens, por meio de marcadores microssatélites (SSR). Dessa forma, neste trabalho foram utilizadas cultivares de algodoeiro herbáceo indicadas para plantio em diferentes regiões do Brasil, bem como cultivares provenientes da Argentina e Paraguai. Linhagens de algodoeiro, provenientes do programa de melhoramento da COODETEC, também foram utilizadas. Os resultados evidenciaram que o sistema eletroforético com gel desnaturante de poliacrilamida 7% foi o recomendado para realização de caracterização e análise de diversidade genética de cultivares de algodoeiro herbáceo, por apresentar maior poder de resolução. Ademais, constatou-se o potencial dos marcadores microssatélites em estudos de diversidade genética entre indivíduos da espécie Gossypium hirsutum L., uma base genética estreita entre as cultivares e entre as linhagens de algodoeiro e, como conseqüência a necessidade de se introduzir novos alelos no pool gênico dos algodoeiros melhorados. O conjunto de primers SSR selecionados para as cultivares (11 pares de primers SSR) e linhagens (14 pares de primers) poderão ser úteis nos processos de proteção de cultivares, nas análises de pureza genética e nos programas de melhoramento. A correlação entre as distâncias genéticas obtidas pelos coeficientes de parentesco e marcadores microssatélites tanto para as cultivares quanto para as linhagens foi positiva e significativa (P < 0,001). Entretanto, a magnitude das correlações não foi elevada, com valores iguais a 0,25 entre as cultivares e a 0,29 entre as linhagens. A estimativa da diversidade genética com base em marcadores microssatélites forneceu mais informações sobre as relações genéticas entre os indivíduos. A constatação de que poucos ancestrais contribuem para a constituição genética das cultivares de algodoeiro usadas no Brasil, sugere maior preocupação em introgredir novos alelos no pool gênico dessas cultivares e, assim, aumentar sua base genética. / The genetic vulnerability is a constant concern breeding of any vegetal species. Maintaining genetic diversity among crop genotypes offers a measure of protection against potential widespread losses from crop pests and facilitates the creation of segregating populations from which plants with superior gene combinations can be selected. Along with the development of new cultivars, there has been a growing interest in the genetic characterization, for commercial protection provided by the Brazilian Cultivar Protection Low and regulations (1997). The general purpose of this work were to characterize and to evaluate the genetic diversity of some important cultivars used in breeding program in Brazil through microsatellites (SSR) markers and genealogy. In this work we used cotton cultivars developed and released by Brazilian public and private institutions and cotton cultivars developed in Argentina and Paraguay. Cotton lines from breeding program developed by COODETEC also were used at present work. In conclusion, was evidenced that the eletrophoretic system with denaturing gel of 7% was recommended for characterization and analyze of genetic diversity of cotton cultivars because they present higher resolution. The results revealed the potential of the markers for genetic diversity studies among Gossypium hirsutum L. genotypes, a narrow genetic base among cultivars and among lines and the necessity to introduce new alleles in improved cotton germplasm. The selected SSR primers for the cultivars (11 primers pairs) and lines (14 primers pairs) will be useful for cultivars protection process, analyzes of genetic purity and in breeding program. The correlation evidenced between the estimation used to calculate the genetic distance among cultivars and among lines was positive and significant. However, the correlations are not so high, with values equal to 0,25 among cultivars and 0,29 among lines. The genetic diversity estimation based in molecular markers provided more information about the genetic relationships among individuals. The evidence that few ancestral contribute to genetic constitution of the cotton cultivars used in Brazil suggest a need of introducing new alleles into the gene pool of these cultivars and in this way to increase the cotton genetic base.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-22T14:00:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 442843 bytes, checksum: 214b021a6cbd81302f374a561f9712ca (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-22T14:00:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 442843 bytes, checksum: 214b021a6cbd81302f374a561f9712ca (MD5) Previous issue date: 2015-07-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Jatropha curcas L. é a oleaginosa perene mais promissora para produção de biodiesel e bioquerosene. Contudo, pesquisas recentes revelam estreita variabilidade genética na espécie e novos estudos nesse tema são necessários para fundamentar o seu melhoramento. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética entre 93 famílias, cada qual representada por uma planta, por meio de cinco pares de marcadores SSR. Estas 93 famílias compõem o Banco Ativo de Germoplasma (BAG) da Universidade Federal de Viçosa (UFV). No total foram avaliados 60 pares de primers SSR, mas apenas os cinco mais polimórficos foram selecionados. Observou-se a constituição de nove grupos de diversidade pelo método UPGMA, com destaque para as famílias UFVJC 19, UFVJC 36 e UFVJC 98 que apresentaram a maior divergência genética. Pelo método de Tocher ocorreu a formação de 13 grupos, evidenciando a divergência das famílias UFVJC 18, UFVJC 36 e UFVJC 71 por suas singularidades. A variabilidade presente entre as famílias coletadas no norte de Minas Gerais suporta a hipótese da região como possível centro secundário de diversidade da espécie. Ainda que exploratória, a presente pesquisa evidenciou expressiva variabilidade genética no BAG. Este fato corrobora o acerto da estratégia de coleta das famílias do BAG-UFV, praticada com muitas plantas por família (mínimo de 16). Na implantação de outros BAGs a ênfase foi coletar maior número de acessos, porém com poucas plantas por acesso. Essa é talvez a principal razão de os estudos anteriores apontarem baixa variabilidade genética na espécie. A obtenção de novos marcadores SSR polimórficos e o processamento de análises de variabilidade dentro das famílias será a etapa seguinte da pesquisa. / Jatropha curcas L. is the most promising perennial oilseed for biodiesel and biokerosene. However, recent research reveals narrow genetic variability in the species and further studies on this topic are needed to support its genetic improvement. We evaluated the genetic variability among 93 families, each one represented by a single plant, through five primers of SSR markers. These 93 families make up the genebank of the Universidade Federal de Viçosa (UFV). In total 60 SSR primer pairs were evaluated, but only the five most polymorphic were selected. There was the establishment of nine clusters of diversity by using UPGMA method. Families UFVJC 19, UFVJC 36 and 98 had the highest genetic diversity. A total of 13 clusters were formed by using Tocher method, with the families UFVJC 18, UFVJC 36 and UFVJC 71 as the most divergent. This variability among families collected in northern Minas Gerais state supported the hypothesis of the region as putative secondary center of diversity of the species. Although exploratory, the present research showed significant genetic variability in UFV genebank. This fact confirms the correctness of the collection strategy of UFV genebank families, practiced with many plants per family (minimum of 16). In the implementation of other genebanks the emphasis was to collect more accessions, but with few plants for accession. Perhaps this is the main reason previous studies suggest low genetic variability in species. Obtaining new polymorphic SSR markers and processing variability analysis within families are the next step of the research.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-21T17:59:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 382726 bytes, checksum: 351ccc02a1b72003c1e584b1d1acb6b8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-21T17:59:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 382726 bytes, checksum: 351ccc02a1b72003c1e584b1d1acb6b8 (MD5) Previous issue date: 2000-02-11 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Uma população de 118 RIL’s (linhagens recombinantes endogâmicas) foi obtida através do cruzamento entre o acesso BARC-8 (com alto teor de proteína) e a variedade brasileira Garimpo (com teor de proteína normal). Na geração F6 foram abertas linhas, que constituíram o material genético utilizado neste trabalho. Esse material foi analisado, utilizando-se marcadores microssatélites. Foi feita também a análise do teor de proteínas para essa população cultivada em dois ambientes distintos: Cascavel, PR, e Viçosa, MG. Análise de regressão simples e múltipla e mapeamento por intervalo composto foram utilizados para detectar e mapear as regiões genômicas associadas com alto teor de proteína. A proporção da variância fenotípica explicada por marcador variou entre 3,25% e 6,37% em Cascavel e entre 2,92 % e 12,43% em Viçosa. Na análise de regressão múltipla, os marcadores Satt190, Satt384, Satt422 e Sat-105 explicaram aproximadamente 23% do total da variação do teor de proteínas (Cascavel), e os marcadores Satt190, Satt384, Satt012, Satt304, Satt369 e Sat-105 explicaram, juntos, aproximadamente 31% do total da variação do teor de proteínas em Viçosa. Utilizando-se as médias dos teores de proteína dos dois locais, dois marcadores mostraram-se estáveis nos dois ambientes: Satt384 e Sat-105. Esses marcadores estão associados a genes conservados, cujas funções estão ligadas à determinação do conteúdo de proteínas na semente. No mapeamento por intervalo composto, foram encontrados dois QTL’s associados a teor de proteína nos grupos de ligação C1 e C2, para as famílias cultivadas em Cascavel, que explicam, respectivamente, 11,13% e 12,19% da variação do teor de proteínas. Outras regiões foram encontradas nos grupos de ligação B2, C1, G, K (Viçosa) e E (Cascavel), mas a ligação entre essas regiões e o conteúdo de proteínas não foi significativa nas condições do teste de ligação efetuado. / A soybean population of 118 RILs (recombinant inbred lines) obtained from the cross between the accession BARC - 8 (genotype with high protein content, around 50%) and the brazilian commercial variety Garimpo (genotype with normal protein content, around 36%) was used for the construction of a molecular linkage map, with SSR markers, and for identifying QTLs which control protein level in soybean seeds. F6 generations were grown in two distinct locations (Viçosa, MG and Cascavel, PR) in the summer of 1998/99. Protein contents in the seeds from each line cultivated in the two locations were determined by the Kjedahl method. DNA samples purified from leaves from each line of the population were amplified with 567 soybean SSR primers. Sixty five SSR markers were polymorphic and segregated in a 1:1 ratio in the population. Single and multiple regression and composed interval mapping analysis were used to detect genomic regions associated with high protein content. The SSR markers were also used to construct a molecular genetic map containing 16 linkage groups. The proportion of the phenotypic variance explained by the markers varied from 3,25% to 6,37% in Cascavel, and from 2,92% to 12,43% in Viçosa. Multiple regression analysis identify that markers Satt190, Satt384, Satt422 and Sat-105 explained 23% of the total protein content variation in the RILs cultivated in Cascavel, PR, and Satt190, Satt384, Satt012, Satt304, Satt369 and Sat-105 explained 31% of the total protein content variation in the RILs grown in Viçosa, MG. By using mean values of protein content of the two places, markers Satt384 and Sat-105 shown to be stable in the two environment. It is proposed that these markers are associated with conserved genes, whose functions are very important in protein synthesis and deposition in the seed. Composed interval mapping analysis identified two QTL's associated with protein content in linkage groups C1 and C2 for RIL’s cultivated in Cascavel, which explained, respectively, 11,13% and 12,19% of protein content variation. Other genomic regions were detected in linkage groups B2, C1, G, K (Viçosa) and E (Cascavel), but with no significative correlation with protein content based on the test used. / Não foi localizado o cpf do autor.