Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2016-04-11T18:17:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) VANESSACALADO.pdf: 932249 bytes, checksum: 1c7ef0a0203cbe692b36ff255ce5a041 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-11T18:17:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) VANESSACALADO.pdf: 932249 bytes, checksum: 1c7ef0a0203cbe692b36ff255ce5a041 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Trichospilus diatraeae Cherian & Margabandhu e Palmistichus elaeisis Delvare &LaSalle (Hymenoptera: Eulophidae) are endoparasitoids pupal, preferably lepidopteran and has the potential to be used exclusively or associated with other parasitoids, for the control of insect pests in different agricultural and forest crops. The mass rearing of these parasitoids is known, but nothing is known about the quality of the insects produced after several generations in the laboratory. The objective of this study is to compare biological characteristics of three populations of Trichospilus diatraeae and Palmistichus elaeisis created in pupae of D. saccharalis for twenty generations and to evaluate possible changes in the genetic variability of these parasitoids using molecular markers. In F1, F5, F10, F15 and F20, each parasitoid, the duration of the life cycle, the parasitism, emergence percentage, the number of parasitoids emerged per pupa, longevity of the children, the sex ratio were evaluated, was also evaluated test of two DNA extraction protocols and the transferability of molecular markers for optimization of genetic testing. The creation of T. diatraeae and P. elaeisis in pupae of D. saccharalis for 20 successive generations did not affect parasitism and the sex ratio of their offspring. There were variations in the progeny, but the life cycle, longevity and the size of the head capsule of parasitoids remained at good levels, ie absence of drastic reductions in biological variables. The protocol A (Chelex®) is possible and feasible to be used, the optimization of this technique allowed the use of DNA samples T. diatraeae and P. elaeisis in the PCR reaction with satisfactory results. In T. diatraeae and P. elaeisi reared in the laboratory on two polymorphisms were found microsatellite markers, this indicates that may be considered to be implemented as markers for identifying individuals belonging tothe same family. / Trichospilus diatraeae Cherian & Margabandhu e Palmistichus elaeisis Delvare & LaSalle (Hymenoptera: Eulophidae) são endoparasitoides pupais, preferencialmente de lepidópteros e, tem potencial para serem utilizados exclusivamente ou associados à outros parasitoides, visando o controle de insetos-praga em diferentes culturas agrícolas e florestais. A técnica de produção desses parasitoides é conhecida, porém nada se sabe sobre a qualidade dos insetos produzidos após várias gerações em laboratório. O objetivo foi comparar características biológicas de três populações de T. diatraeae e de P. elaeisis criados em pupas de Diatraea saccharalis (Fabricius) (Lepidoptera: Crambidae) por vinte gerações. Nas gerações F1, F5, F10, F15 e F20, de cada parasitoide, a duração do ciclo de vida (ovo-adulto), as porcentagens de parasitismo e de emergência, o número de parasitoides emergidos por pupa, a longevidade dos descendentes, a razão sexual foram avaliados. Além disso, foi avaliado dois protocolos de extração de DNA e a transferibilidade de marcadores moleculares para otimização das análises genéticas. A criação de T. diatraeae e P. elaeisis em pupas de D. saccharalis por 20 gerações sucessivas não afetou o parasitismo e a razão sexual de seus descendentes. Houve variações na progênie, porém o ciclo de vida, a longevidade e o tamanho da cápsula cefálica dos parasitoides se mantiveram em níveis bons, ou seja, ausência de reduções drásticas das variáveis biológicas. O protocolo A (Chelex®) é possível e viável de ser utilizada, a otimização desta técnica permitiu utilizar as amostras de DNA de T. diatraeae e P. elaeisis na reação de PCR com resultados satisfatórios. Em T. diatraeae e P. elaeisi criados em laboratório foram encontrados polimorfismo em dois marcadores microssatélites, o que indica que podem ser consideradas como marcadores para ser aplicados na identificação de indivíduos pertecentes a mesma família.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-09-15T13:54:35Z No. of bitstreams: 1 karlagasparinidossantos.pdf: 1186792 bytes, checksum: dac7f21d89dd87a474e971fead9a7387 (MD5) / Approved for entry into archive by Diamantino Mayra (mayra.diamantino@ufjf.edu.br) on 2016-09-26T20:20:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 karlagasparinidossantos.pdf: 1186792 bytes, checksum: dac7f21d89dd87a474e971fead9a7387 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-26T20:20:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 karlagasparinidossantos.pdf: 1186792 bytes, checksum: dac7f21d89dd87a474e971fead9a7387 (MD5) Previous issue date: 2011-08 / Em países de clima tropical, os prejuízos causados pelo carrapato Riphichephalus (Boophilus) microplus causam grande impacto nos sistemas de produção bovino. A identificação de regiões genômicas e marcadores de DNA associados à resistência ao parasita poderão ser utilizados como estratégia para seleção de animais mais resistentes. Já foram descritos sete QTL relacionados à resistência ao carrapato bovino, porém, os estudos iniciais geralmente detectam QTL com uma resolução baixa ou moderada, sendo necessário o posterior refinamento da região onde o mesmo foi detectado. Dessa forma, esse trabalho teve como objetivo refinar a posição dos QTL previamente identificados com a adição de marcadores microssatélites em uma população bovina F2 formada a partir do cruzamento entre animais Gir e Holandês. Amostras de sêmen e sangue foram submetidas à extração de DNA e posterior PCR com os marcadores microssatélites. Os produtos de PCR foram detectados utilizando o seqüenciador automático de DNA MegaBACE 1000 e as análises estatísticas foram feitas utilizando o software GridQTL. As análises realizadas nos cromossomos 2, 5, 10, 11, 21, 23 e 27 confirmaram a presença dos QTL encontrados anteriormente e reduziram significativamente os intervalos de confiança da maioria dos QTL. Os QTL encontrados no BTA 2 e 27 foram significativos a Pc<0.05, aqueles localizados no BTA 5, 10, 11, 21 e 23 foram significativos a Pc<0.01. O BTA 2 sofreu redução no intervalo de confiança de 12 cM passando de 22 para 10 cM, assim como o BTA 5 que passou de 20 para 8 cM. No BTA 10 foi confirmada a presença de dois picos de QTL com intervalo de confiança de 27cM anteriormente detectado em 47 cM. O BTA 11 passou a apresentar um intervalo de confiança de 19 cM e BTA 21 de 36 cM sofreu redução para 26 cM. O BTA 23 apresentou a menor redução no intervalo de confiança na estação de chuva passando de 17 para 14 cM e na seca manteve inalterado com I.C. de 12 cM, assim como o BTA 27 que sofreu redução de apenas 1 cM passando para 7 cM. A adição de marcadores e a redução no intervalo de confiança de QTL previamente encontrados é um importante passo para a identificação de genes relacionados à resistência ao carrapato. / In tropical countries, losses caused by tick Rhipichephalus (Boophilus) microplus causes a great impact on cattle production systems. The identification of genomic regions and DNA markers associated to the parasite resistance may be used to select resistant animals. Seven QTL associated with tick resistance were described, however, the initial studies detect QTL with low or moderate resolution, being necessary the refinement of the regions where the QTL were detected. Thus, the aim of this work was refine the position of QTL previous identified with addiction of microsatellite markers in Gir X Holstein F2 population. Semen and blood samples were submitted to DNA extraction and then, the PCR were done using microsatellite markers. The PCR products were detected using DNA automatic sequencer MegaBACE1000 and the statistical analysis was performed using GridQTL software. The analysis performed on chromosome 2, 5, 10, 11, 21, 23 and 27 confirmed the presence of QTL previously found and the confidence intervals were significantly reduced in most of QTL. The QTL found on the BTA 2 and 27 were significant at Pc<0.05 and those located on BTA 5, 10, 11, 21 and 23 were significant at Pc<0.01. The BTA 2 was reduced 12 cM in the C.I., from 22 to 10 cM, and BTA 5 from 20 to 8. In BTA 10 was confirmed the presence of two QTL peaks with C.I. 27 cM, previously detected in 47 cM. BTA 11 reduced C.I. to 19 cM and BTA 21 reduced from 36 cM to 26 cM. BTA 23 showed the smallest reduction in C.I. in the rainy season, from 17 to 14 cM and in dry season the C.I remained unchanged with 12 cM, as the BTA 27 that reduced only 1 cM reaching 7 cM. The addiction of markers and the reduction in the confidence interval of QTL previously found is an important step to identify genes related to ticks resistance.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-14T12:08:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 459359 bytes, checksum: 33b2ffa38434f74a7e7b0705153c1a1f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-14T12:08:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 459359 bytes, checksum: 33b2ffa38434f74a7e7b0705153c1a1f (MD5) Previous issue date: 2017-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A espécie Coffea arabica é autógama com base genética estreita e originada no sudoeste da Etiópia. As variedades botânicas de cafeeiros introduzidas no Brasil mais representativas foram a Típica e o Bourbon, as quais deram origem a outras variedades. A variedade Bourbon é a reconhecida internacionalmente por apresentar elevado potencial de bebida. E é, por isso, valorizada nos mercados de cafés especiais. Dessa forma é essencial para programas de melhoramento que essa espécie seja conservada em Bancos de Germoplasma. O Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de café da Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (Epamig), situado no município de Patrocínio, Minas Gerais, dá suporte aos programas de melhoramento e conta com 1596 acessos de café, destes, 140 foram registradas como Bourbon. O BAG de café da Epamig recebe o apoio do BAG de café da Universidade Federal de Viçosa (UFV), situado na Área Experimental do Fundão, no munícipio de Viçosa. Apesar de apresentarem uma ampla disponibilidade de características, esses bancos ainda não foram devidamente caracterizados, como é o caso do Bourbon, que ainda se tem muitas dúvidas sobre seus acessos, o que dificulta o uso no melhoramento e na comercialização. Para auxiliar a caracterização desses acessos, uma ferramenta útil é a utilização de marcadores moleculares, e os microssatélites são indicados para esse tipo de estudo. Diante disso, objetivou-se avaliar a diversidade genética por meio de marcadores moleculares SSR de acessos de Bourbon, além de variedades antigas e cultivadas, da coleção do BAG de café da Epamig. Esses acessos e variedades antigas e cultivadas foram denominados de populações, totalizado 14. Para as análises de variância molecular (AMOVA), discriminantes e de redes de correlação foram utilizados seis primers microssatélites (SSR), por apresentarem polimorfismo. Com base na AMOVA, observou-se maior variação genética dentro da população (64,88%) do que entre as populações (35,12%). Esses resultados sugerem que pode ter ocorrido polinização cruzada no local de coleta. Quanto à classificação das populações por análise discriminante observou-se que as populações tiveram similaridade com mais de uma população e algumas não tiveram similaridade com sua própria população. As populações caracterizadas pelo BAG como Bourbons foram analisados e, por similaridade, nenhum foi identificado como Bourbon, e sim como Sumatra, Catuaí Amarelo e alguns não foram bem distintos. Além disso, foram comparadas três características morfoagronômicas das quatro populações de possíveis Bourbons com as populações já identificadas como Bourbon Vermelho e Bourbon Amarelo. Observou-se variação para cor de broto nos indivíduos para as três populações caracterizadas como Bourbon Vermelho, e variação de porte na população caracterizada como Bourbon Amarelo. Pelos resultados obtidos, concluiu-se que existe uma maior variabilidade genética dentro das populações, e as quatro com classificação duvidosa de Bourbon apresentam similaridade com outras variedades. / Coffea arabica species is an autogamous with a narrow genetic base originating in southwestern Ethiopia. The most representative botanical varieties of coffee trees introduced in Brazil were Tipica and Bourbon, which gave rise to other cultivars. The Bourbon variety is internationally renowned for its high cup quality. Therefore, it is valued in the specialty coffee market. As a result, it is essential for breeding programs that this species be conserved in Germplasm Banks. The Agricultural Germplasm Bank (BAG) of the Agricultural Research Organization of Minas Gerais (EPAMIG), located in the municipality of Patrocínio, Minas Gerais, supports coffee breeding programs and has 1596 coffee accessions, of which 140 (like Bourbon) have been registered. The Epamig coffee BAG receives the support of the BAG of the Universidade Federal de Viçosa (UFV), located in the experimental area of the UFV, no municipality of Viçosa, Minas Gerais. Although they have a wide availability of characteristics, these banks have not yet been adequately characterized, as is the case of the Bourbon group, in which still there are many doubts about their accesses, which makes difficult to use in breeding and marketing. To help characterize these accesses, a useful tool is the use of molecular markers among which microsatellites are indicated for this type of study. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity through SSR molecular markers of Bourbon accesses, as well as old and cultivated varieties, from EPAMIG's coffee BAG collection. These ancient and cultivated accesses and varieties were called populations, totaling 14 polymorphisms. For analysis of molecular variance (AMOVA), discriminant and correlation networks, six microsatellite primers (SSR) were used. Based on AMOVA, there was greater genetic variation within the population (64.88%) than among populations (35.12%). These results suggest that cross-pollination may have occurred at the collection site. As for the classification of populations by discriminant analysis, it was observed that the populations had similarity with more than one population and some did not have similarity with their own population. Populations characterized by BAG as Bourbons were analyzed and, by similarity, none were identified as Bourbon, but as Sumatra, Catuaí Amarelo and some were not very distinct. In addition, three morphoagronomic characteristics of the four populations of possible Bourbons were compared to populations already identified as Red Bourbon and Yellow Bourbon. Variation to bud color was observed in the individuals for the three populations characterized as Red Bourbon and variation of size in the population characterized as Yellow Bourbon. From the results obtained, it was concluded that there is a greater genetic variability within the populations and the four with uncertain classification of Bourbon presented similarity with other varieties.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-10T08:50:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 982150 bytes, checksum: 8872406e51980e3f5e6b68d2f3485322 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-10T08:50:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 982150 bytes, checksum: 8872406e51980e3f5e6b68d2f3485322 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O gênero Anadenanthera (Leguminosae–Mimosoideae) está atualmente circunscrito como duas espécies com duas variedades cada uma de acordo com Altschul 1964: A. colubrina (Vell.) Brenan var. colubrina; A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul; A. peregrina (L.) Speg. var. peregrina; e A. peregrina var. falcata (Benthan) Altschul, mas já foram consideradas como quatro espécies distintas segundo a classificação de Brenan 1955: A. colubrina (Vell.) Brenan, A. macrocarpa (Benth.) Brenan, A. peregrina (L.) Speg. e A. falcata (Benth.) Speg. Espécies de Anadenanthera Speg. ocorrem na maioria dos núcleos disjuntos das florestas estacionais, sendo a espécie A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul mais amplamente distribuída nessas áreas e, por isso, considerada como espécie modelo para estudo da história evolutiva dessas florestas. O objetivo desse estudo foi caracterizar a diversidade genética de espécies do gênero Anadenanthera Speg. Doze marcadores microssatélites foram utilizados para genotipar 283 espécimes. Os resultados de três análises (STRUCTURE, NJ e PCoA) foram concordantes e mostraram claramente quatro grupos genéticos para o gênero Anadenanthera. A diferenciação de A. colubrina foi observada com microssatélites e ITS, mostrando congruência parcial entre os resultados desses marcadores. A diversidade genética em termos de riqueza alélica e heterozigosidade mostraram valores mais elevados e similares nas espécies A. macrocarpa, A. peregrina e A. falcata em comparação ao valor particularmente baixo encontrado para a espécie A. colubrina. Análises de pares de FST e número médio de migrantes entre populações de cada espécie sensu Altschul 1964 mostraram fluxo gênico restrito entre variedades. A diversificação de A. colubrina foi provavelmente anterior à diversificação das demais espécies. A baixa diversidade em A. colubrina foi possivelmente consequência da sua distribuição mais restrita e da elevada endogamia. A miscigenação das populações de A. falcata refletiu um cenário de expansão recente para essa espécie. Os resultados sugerem que a circunscrição das espécies de Anadenanthera proposta por Brenan é a mais adequada. / The Anadenanthera genus (Leguminosae - Mimosoideae) is currently circumscribed into two species with two varieties each according to Altschul 1964: A. colubrina (Vell.) Brenan var. colubrina; A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul; A. peregrina (L.) Speg. var. peregrina; and A. peregrina var. falcata (Bentham) Altschul. However, they were already considered as four distinct species according to the classification of Brenan 1955: A. colubrina (Vell.) Brenan, A. macrocarpa (Benth.) Brenan, A. peregrina (L.) Speg. e A. falcata (Benth.) Speg. The Anadenanthera Speg. species occur in most of seasonal forests disjunct nucleus. The specie A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul is more widely distributed in these areas and therefore considered as a model species for studying the evolutionary history of the seasonal forests. The aim of this study was to characterize the genetic diversity of the genus Anadenanthera Speg. Twelve microsatellite markers were used to genotype 283 specimens. The results of three analyzes (STRUCTURE, NJ and PCoA) were concordant and showed clearly four genetic groups in the Anadenanthera genus. The differentiation of A. colubrina was observed with microsatellites and ITS and showed partial congruence between the results of these markers. The genetic diversity under allelic richness and heterozygosity showed higher and similar values in the species A. macrocarpa, A. peregrina and A. falcata, compared to the lowest values found for the species A. colubrina. Analyzes of pairs of FST and mean number of migrants between populations of each species sensu Altschul 1964 showed restricted gene flow between varieties. The diversification of A. colubrina was probably before the diversification of other species. The low diversity in A. colubrina was possibly a consequence of its more restricted distribution and high inbreeding. The admixure of populations of A. falcata reflected a scenario of recent expansion of this species. The results suggest that the division of the species of Anadenanthera proposed by Brenan is the most suitable.

Orientador: Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T12:23:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Laborda_PriandaRios_D.pdf: 3045492 bytes, checksum: d1a998a5b1c4300247471d90da1ee8da (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Drosophila mediopunctata, mosca não cosmopolita de distribuição neotropical e pertencente ao grupo tripunctata do subgênero Drosophila, é uma espécie utilizada por alguns grupos no Brasil como modelo em estudos com enfoque evolutivo. Abordagens que exploram a biologia da espécie, tais como a detecção de variação genética natural e a influência de inversões cromossômicas na dinâmica populacional são costumeiramente usadas. Todavia, essa espécie não possui disponíveis marcadores moleculares que facilitem a investigação das bases genéticas que norteiam os eventos explorados até agora. Os microssatélites são marcadores moleculares consagrados e a ferramenta de escolha no estudo de diversos organismos pela simplicidade de uso e de análise. Entretanto, para espécies que ainda não têm grande parte de seu genoma seqüenciado, a obtenção de marcadores desse tipo passa pela necessidade de desenvolvimento via bibliotecas genômicas. Esse trabalho objetivou desenvolver, caracterizar e mapear microssatélites em D. mediopunctata para que estudos de variação morfológica, de identificação de regiões genômicas associadas a fenótipos de interesse, de genética de populações entre outros possam ser realizados com o respaldo de dados moleculares. Uma biblioteca enriquecida em motivos repetitivos foi construída e, após o seqüenciamento de aproximadamente 2000 clones, 600 microssatélites foram identificados e 134 locos desenvolvidos. Os marcadores mostraram tamanho reduzido com relação ao número de repetições e preponderância de motivos AC/GT. A aplicação dos microssatélites de D. mediopunctata para amplificações heterólogas em outras trinta espécies foi feita com aproximadamente 50% de sucesso. Em adição, o uso de dados de presença/ausência nas espécies do grupo tripunctata recuperou algumas relações filogenéticas previamente conhecidas. Um mapa de ligação foi construído com 49 marcadores e revelou 450 cM de extensão. Os cinco principais cromossomos da espécie foram identificados por meio de comparações com o genoma de D. melanogaster e com os elementos de Müller. Essas comparações também confirmaram a grande sintenia prevista dentro do gênero Drosophila. Não houve concordância na ordem dos locos microssatélites nas duas espécies. No cromossomo II de D. mediopunctata foi mapeada uma região associada à característica "número de pintas abdominais" / Abstract: Drosophila mediopunctata, a non-cosmopolitan fly of Neotropical distribution that belongs to the tripunctata group of the Drosophila subgenus, was chosen by some Brazilian researchers as a model in evolutionary studies. Several approaches, such as the analysis of natural variation and the influence of chromosome inversions in population dynamics, are traditionally used. Nevertheless, molecular markers, which would enhance the investigation of the genetic bases of the already known phenomena, are still not available for the species. Microsatellites are celebrated molecular markers and the chosen tool for the exploration of various organisms due to their ease of use. Nonetheless, their application in species whose genomes have not yet been sequenced requires a prior development phase. This study intended to develop, characterize and map microsatellites for the species D. mediopunctata so that initiatives concerning morphological variation, identification of genomic regions linked to interesting phenotypes, population genetics, etc can be carried out in the light of molecular data. A repetitive DNA-enriched library was constructed and approximately 2000 clones were sequenced. Six hundred microsatellites were identified and 134 loci were developed. The loci are small in length, with reduced number of motif repetitions, and are mainly composed of AC/GT dinucleotides. The use of D. mediopunctata microsatellites for heterologous amplification in other thirty Drosophila species was done with a 50% success ratio. In addition, a clustering analysis carried out with binary data obtained from the tripunctata species recovered already known phylogenetic relationships. A linkage map was constructed with recombination data of 49 markers and is 450 cM in length. The five major species chromosomes were identified on the basis of comparisons with the D. melanogaster genome and the Müller elements. This strategy also confirmed the great synteny predicted for the genus Drosophila. It was not observed agreement in loci order between both species. A genomic region associated to the number of abdominal spots was mapped to the chromosome II of D. mediopunctata / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

O comércio ilegal de fauna é hoje uma das principais ameaças aos animais silvestres brasileiros, junto com a perda e degradação de habitats. O grupo pelo qual existe maior demanda é o das aves, principalmente as canoras. Paralelamente, o número de apreensões de aves provenientes do comércio ilegal tem crescido a cada ano. Apesar de um grande número de indivíduos não sobreviver, dos que sobrevivem, muitos são recuperados e estão, em teoria, aptos a voltarem à vida livre. Contudo, esforços de repatriação devem ser vistos com extrema cautela, já que grandes prejuízos podem ser trazidos para as populações naturais se inseridos nelas indivíduos de grupos genéticos diferentes. Com isso, tornam-se extremamente necessários estudos demográficos e de estrutura genética de espécies com grande demanda no comércio ilegal. Além de auxiliar tomadas de decisões sobre possíveis esforços de repatriação, estes estudos contribuirão com o maior conhecimento das espécies. Este projeto teve como objetivo o estudo da genética de populações de quatro espécies de passeriformes sabidamente de grande interesse para o comércio ilegal, procurando abranger a maior área possível de suas distribuições: o azulão (Cyanoloxia brissonii), o trinca-ferro (Saltator similis), o galo-da-campina (Paroaria dominicana) e o pixoxó (Sporophila frontalis). Foram realizadas 19 viagens a campo, coletadas 522 amostras (entre amostras de apreensão e de populações naturais) e outras foram obtidas por colaboração com diversas instituições. Foram construídas quatro bibliotecas genômicas com o intuito de desenvolver oligonucleotídeos iniciadores (primers) de marcadores microssatélites espécie-específicos, que foram posteriormente testados para as outras três espécies. Partido de mais de 700 clones sequenciados, foram descritos oito locos informativos para P. dominicana, nove para S. similis, sete para C. brissonii e quatro para S. frontalis. Por conta de dificuldade de obtenção de amostragens representativas, as análises populacionais foram realizadas com P. dominicana e S. similis. As análises de estrutura genética populacional (com 74 amostras) indicaram estruturação populacional sutil, porém significativa (p<0.01) para P. dominicana, com a descrição de três clusters: (1) nordeste, que englobou as localidades de coleta Paraíba, Trindade e Petrolina, e apresentou heterozigose observada (Ho) média de 0.736 e heterozigose esperada (He) média de 0.753; (2) sudoeste, composto pelas localidades Parnaguá, Beira Rio e Vitória da Conquista, com Ho 0.624 e He 0.731; e (3) leste, composto por Canudos e Feira de Santana, Ho 0.750 e He 0.768. A presença de estrutura genética nos marcadores nucleares e ausência no DNA mitocondrial (observada em estudos anteriores) podem indicar que existe filopatria dos machos e dispersão diferencial em P. dominicana. O teste kg não identificou sinal de expansão populacional, portanto, a hipótese de expansão populacional recente da espécie com base na expansão da Caatinga datada de quinze mil anos não foi corroborada. Foram encontrados sinais significativos de gargalo populacional recente com dois testes diferentes (Bottleneck e M-ratio) condizentes com a ocupação e degradação da Caatinga e a super-exploração da espécie nos últimos 200 anos. Além disso, os resultados permitiram o surgimento de uma nova hipótese, interessante para ser tratada em trabalhos futuros: um possível corredor de fluxo gênico entre os clusters nordeste e sudoeste, ao longo do Rio São Francisco. Por fim, foram também realizados testes de atribuição com 49 amostras de indivíduos da espécie provenientes de apreensões de fauna comercializada ilegalmente em São Paulo e todas foram atribuídas com probabilidade que variou de a 0.554 e 0.713 ao cluster nordeste. Essa tendência é relevante, e deverá ser levada em conta tanto para esforços de prevenção do tráfico da espécie, quanto o desenvolvimento de planos de repatriacão dos indivíduos apreendidos. Contudo, vale mencionar que, mesmo sempre sendo de suma importância que indivíduos apreendidos e reabilitados sejam soltos o mais próximo possível de sua real população de origem, dificilmente a mistura entre indivíduos de clusters diferentes levaria a uma depressão por exocruzamento. Não foi encontrada estrutura genética populacional significativa para S. similis (66 amostras) nem com a análise de diferenciação com populações definidas a priori, e nem através de duas análises de partição de amostras (análise discriminante de componentes principais e a realizada pelo Structure, baseada em algoritmo Bayesiano). Logo, não foi possível refutar a hipótese nula de pan-mixia. A espécie apresentou heterozigose média observada 0.643 enquanto que a esperada foi de 0.757. Os altos níveis de Hardy-Weinberg detectados sugerem que o cenário observado possa ser devido a efeitos demográficos. Os testes kg não identificaram sinal de expansão populacional recente. Entretanto, dois testes de gargalo populacional (Bottleneck e M-ratio) indicaram sinais de redução populacional recente, condizentes com a maior ocupação e degradação da Mata Atlântica e do Cerrado nos últimos 200 anos. A variação nos dialetos do canto observada para a espécie provavelmente está ligada à propagação do som nos diferentes ambientes e não a um isolamento genético entre populações. A ausência de estrutura genética permite afirmar que a probabilidade de ocorrência de depressão por exocruzamento causada por fluxo gênico entre indivíduos de origens diferentes é praticamente nula para S. similis / Wildlife trafficking is a major threat to Brazilian biodiversity, with millions of specimens withdrawn from nature every year to supply the consumer markets. In Brazil, the pet trade generates a major demand for birds. After seizure from the illegal trade, rehabilitation and release is one way of mitigating the negative impacts on wild bird populations, but those releases could create more problems for the natural populations. Knowledge of the species\' genetic structure is crucial to help avoid the possibility of outbreeding depression and to guide responsible releases. This project´s main goal was the study of the genetic structure of four passerine species, among the most trafficked birds in Brazil: ultramarine grosbeak (Cyanoloxia brissonii), green-winged saltator (Saltator similes), red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and buffy-fronted seedeater (Sporophila frontalis). We obtained 522 tissue/blood samples (from individuals with known orginin as well as those seized from the ilegal trade) both in field work trips and through collaboration with various institutions. We built four species-specific genomic libraries, all of which were cross-tested in the other three sepcies. From over 700 sequenced clones, we developed eight informative microsatellite loci for P. dominicana, nine for S. similes, seven for C. brissonii and four for S. frontalis. Genetic structure analyzes were performed only for P. dominicana and S. similis due to the difficulty of obtaining representative samples for the other two species. Data was analyzed both with and without a priori definition of populations using discriminant analysis of principal components, Bayesian clustering algorithms, and fixation indices. Genetic structure of P. dominicana was inferred using 71 samples with known origin and subtle but significant (p<0.01) genetic structure was found, with the description of three clusters: (1) northeast, which encompass the sampling localities of Paraíba, Trindade e Petrolina, with mean observed heterozigosity (Ho) of 0.736 and mean expected heterozigosity (He) of 0.753; (2) southwest, which encompass the localites Parnaguá, Beira Rio e Vitória da Conquista, with Ho 0.624 and He 0.731; and (3) east, which encompass Canudos and Feira de Santana, with Ho 0.750 and He 0.768. Occurrence of outbreeding depression for this species is unlikely due to high gene flow among clusters. The presence of genetic structure for nuclear markers not detected for mtDNA (previous studies) indicates male philopatry and different dispersion patterns between male and females. No population expansion signal was detected using kg tests, which precludes us from corroborating a previously proposed hypothesis of population expansion congruent with the Caating expansion 15 thousand years ago. Two tests (Bottleneck e M-ratio) indicated the occurrence of recent population bottlenecks for P. dominicana, which can be explained by the intense occupation, habitat degradation and over-exploitation of the Caatinga in the last 200 years. We also propose a new hypothesis, to be tested in future studies: the existence of a dispersion route along the Sao Francisco river, promoting gene flow between northeast and southwest clusters. Furthermore, we performed assignment tests in 49 samples from specimens seized from the illegal trade in Sao Paulo. All of them were assigned to the same \"northeast\" cluster with probability 0.554-0.713, showing a clear trend and a relevant result which corroborates police intelligence information. For S. similis, no significant genetic structure was detected (using 66 samples), so we could not refut the pan-mixia null hypothesis. Although this species\' range is a large, and now fragmented area, the possibility of outbreeding depression resulting from mixing populations is higly unlikely, which does not preclude consideration of other characteristics prior to release into the wild. The observed heterozigosity was 0.643 while the expected was 0.757. High levels of deviations from Hardy-Weinberg equilibrium may be due to population fluctuations. No population expansion signal was detected (kg test), but two tests (Bottleneck e M-ratio) indicate the occurrence of recent population bottlenecks, which could be related to the intense occupation, habitat degradation and over-exploitation of the Cerrado and Atlantic Forest in the last 200 years. Variation in song dialects observed in this species is probably related to characteristics of sound propagation in different environments, rather than to genetic isolation. Knowledge of genetic structure is one of the most important steps towards intelligent management of rehabilitated seized animals

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T18:53:57Z : No. of bitstreams: 1 venancio_lpr_me_sjrp.pdf: 1068047 bytes, checksum: d85b41abf589322ab5174b5d9c2b731e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Nsf - Nacional Science Foundation / O Brasil é o país com o maior rebanho de búfalo de rio, Bubalus bubalis, no continente americano e também o maior produtor deste animal fora do continente asiático. A produção de leite e derivados vem aumentando devido à potencialidade dessa espécie em produzir leite com baixos custos e elevado rendimento industrial. Apesar das características economicamente importantes inerentes ao búfalo, as pesquisas científicas são limitadas em muitos países onde o búfalo é economicamente importante e como conseqüência a pesquisa genômica encontrase defasada quando comparado com outras espécies de interesse econômico. Marcadores moleculares são essenciais para avaliar informações qualitativas e quantitativas da diversidade molecular com o objetivo de aperfeiçoar a utilização e conservação da variabilidade genética e o relacionamento entre vários rebanhos. Microssatélites diferem dos outros tipos de seqüências de DNA por seu extenso polimorfismo dentro e entre populações, sendo considerados excelentes tipos de marcadores moleculares. O presente estudo teve como objetivos construir bibliotecas genômicas parciais enriquecidas com microssatélites, isolar e caracterizar os microssatélites obtidos, além de determinar as condições de amplificação por PCR para alguns dos locos isolados da biblioteca. Foram desenvolvidas 6 bibliotecas genômicas parciais – (CA)15 , (CT)15 , (AGG)8 , (GATA)8 , (GAAA)8, (AAAAC)8. O processo de clonagem gerou um total de 1.824 clones recombinantes, sendo que 954 foram seqüenciados para identificação de microssatélites. Cento e treze microssatélites foram encontrados. Desses, foram identificados 96 com unidade de repetição dinucleotídica (84,95%), 10 repetições trinucleotídicas (8,85%), 6 repetições tetranucleotídicas (5,3%) e 1 repetição pentanucleotídica (0,89%). As seqüências de microssatélites... / Brazil is the largest river buffalo (Bubalus bubalis) breeding center outside the Asian continent, the origin of the domestic buffalo. All buffalo breeds have a strong milk/meat attributes. Their extensive use in agriculture world wide, and especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Among the different types of DNA markers, microsatellites are useful for studying genetic variability within and between populations due its high heterozygosity. The goal of this study was to construct partial genomic libraries enriched with repeated sequences to isolate and characterize microsatellites for river buffalo. The cloning process generated a total of 1824 recombinant clones, from which 954 were sequenced for the microsatellites search. One hundred and thirteen new microsatellites were isolated, containing the following type of repeats: dinucleotide repeats (96 sequences - 84.95%), trinucleotide repeats (10 sequences - 8.85%), tetranucleotide repeats (6 sequences – 5.3%) and pentanucleotide repeats (1 sequence - 0.89%). The new microsatellites were structurally categorized into 3 categories: pure repeats (90 sequences - 79.64%), pure interrupted (21 sequences - 18.59%) and compound interrupted repeats (2 sequence – 1.77%). PCR primer pairs were designed for ten microsatellites, from which four had the PCR conditions optimized. The microsatellites isolated in this study will be used to evaluate the genetic variability of Brazilian populations of river buffalo and to the gene mapping program established for this specie.

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Resumo: No cenário atual, é crescente a busca por novas fontes de energia renovável, sendo a cana-de-açúcar uma das culturas de destaque, não apenas pela produção de açúcar e etanol como também pela co-geração de energia elétrica. Esforços no sentido de utilizar a cana integralmente vêm sendo realizados nos últimos anos pelos Programas de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar no Brasil, que têm focado no desenvolvimento das chamadas “cana-energia”, as quais apresentam maior quantidade de fibra que as cultivares convencionais. Tanto para a geração de novas cultivares convencionais, como de cana-energia, é necessário que haja conhecimento da variabilidade genética e fenotípica em um banco de germoplasma para uma maior eficiência no uso dos recursos genéticos disponíveis. O Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico (IAC) importou diversos acessos do Complexo Saccharum, principalmente acessos de S. spontaneum para compor a sua coleção de germoplasma básico. No presente trabalho, pretendeu-se avaliar a diversidade genética, através de 12 pares de primers microssatélites (SSR - Single Sequence Repeats) de um grupo de genótipos compostos por acessos de S. spontaneum, S. officinarum, cultivares de cana-energia e cultivares comerciais. Os resultados mostraram a separação de todos os genótipos em dois grupos principais: Grupo 1 formado por acessos de S. spontaneum e Grupo 2 formado pelo restante dos acessos, com 7,31% (P<0,001) da variabilidade total distrib... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In the current scenario, the search for new sources of renewable energy is increasing, and sugarcane is one of the most important crops not only for the production of sugar and ethanol but also for electric energy co-generation. Efforts to use whole sugarcane have been carried out in recent years by the Sugarcane Breeding Programs in Brazil, which have focused on the development of "energy cane", which present a greater amount of fiber than the conventional cultivars. In order to obtain new conventional and energy-cane cultivars, it is important to measure the genetic and phenotipic variability of a germplasm bank, to promote a greater efficiency in the use of available genetic resources. The Sugarcane Breeding Program of the Agronomic Institute (IAC) has imported accessions from the Saccharum Complex to compose its basic germplasm collection. The present work aimed to evaluate the genetic diversity by using 12 microsatellite primers pairs (SSR - Single Sequence Repeats) of a group of accessions from S. spontaneum, S. officinarum energy-cane cultivars and commercial cultivars. The results showed the division of all accessions in two main groups: Group 1 formed by accessions from S. spontaneum, and Group 2 by the remaining accessions, with 7.31% (P <0.001) of the total variability found between these groups. In the phylogenetic analysis, the genotypes were grouped according to their genealogies, forming subgroups for each species. The average pair-wise dissimilarity was 0.73. ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fabio Porto Foresti / Banca: Rafael Vilhena Reis Neto / Resumo: O Tambaqui (Colossoma macropomum), natural das bacias do rio Amazonas e do rio Orinoco, possui características favoráveis ao sistema de cultivo e boa aceitação de mercado. Contudo, há poucos estudos genéticos realizados com esta espécie, especialmente de melhoramento genético. Para a construção de um mapa genético desta espécie, é necessário o desenvolvimento de um elevado número de marcadores moleculares. Desta forma, este estudo teve como objetivo caracterizar microssatélites gene-associados e neutros (não gênicos), obtidos por Next Generation Sequencing (RNA-seq e Whole Genome Shotgun - WGS, respectivamente), para serem disponibilizados em estudos de associação com QTLs (Quantitative Trait Loci) e construção de um mapa genético. De modo geral, a avaliação de 200 marcadores (100 de cada conjunto) resultou em 45 loci polimórficos. Do conjunto de marcadores RNA-seq, as heterozigosidades observada e esperada (HO e HE) variaram de 0,09 a 0,73, e 0,09 a 0,85, respectivamente. Do conjunto WGS, HO e HE variaram de 0,33 a 0,95, e 0,28 a 0,92, respectivamente. Posteriormente, alguns microssatélites foram testados em três famílias de C. macropomum para buscar associações com características de resistência à bactéria e crescimento. Para o estudo de resistência, três famílias (n = 120), foram submetidas ao desafio bacteriano com Aeromonas hydrophila. Os dados do desafio apresentaram diferenças significativas nos tempos de morte e taxa de mortalidade entre as famílias. O crescimento foi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Tambaqui (Colossoma macropomum), is a fish species of the Amazon and Orinoco rivers, with favorable traits to the production system and market acceptance. However, there are few genetic studies with this species, especially genetic improvement. For the construction of a genetic map of this species, the development of a high number of molecular markers is necessary. Thus, this study aimed to characterize gene-associated and neutral (non-gene) microsatellites obtained by Next Generation Sequencing (RNA-seq and Whole Genome Shotgun - WGS, respectively), to be available in association studies with Quantitative Trait Loci (QTLs) and construction of a genetic map. Overall, the evaluation of 200 markers (100 of each set) resulted in 45 polymorphic loci. In the RNA-seq data, the observed and expected heterozygosity (Ho and He) ranged from 0.09 to 0.73, and 0.09 to 0.85, respectively. In the WGS data, Ho and He ranged from 0.33 to 0.95, and 0.28 to 0.92, respectively. Subsequently, some microsatellites were tested in three families of C. macropomum to seek associations with bacterial resistance and growth characteristics. For the resistance study, three families (n = 120) were submitted to the bacterial challenge with Aeromonas hydrophila. The challenge data presented significant differences in time of death and mortality rate among the families. Growth was evaluated by morphometric measures and weight, and all the characteristics were significantly correlated (p < 0.01). Microsatelli... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O Brasil é o país mais rico do mundo em espécies de psitacídeos (cerca de 74), sendo 17 delas ameaçadas de extinção. Entre elas está a arara-azul (Anodorhynchus hyacinthinus) que é considerada vulnerável e pode se tornar ameaçada num futuro próximo, em conseqüência do intenso tráfico ilegal e perda do seu habitat. No presente estudo estimamos os níveis de variabilidade e caracterizamos a estrutura genética de populações naturais de A. hyacinthinus. Analisamos 10 locos de microssatélites de 98 indivíduos e seqüências concatenadas de genes mitocondriais (ND5, citocromo-b e ND2; 2123 pb total) de 80 indivíduos. O índice de diversidade genética foi considerado baixo em relação a outras espécies de psitacídeos. Além disso, os índices RST e a análise bayesiana dos dados de microssatélites indicaram moderada estruturação genética entre indivíduos de quatro regiões geográficas (Pantanal norte, Pantanal sul, norte e nordeste), mas os índices de FST indicaram diferenciação somente entre três regiões (norte e nordeste sem diferenciação). A estruturação entre essas três regiões foi congruente com a forte estruturação genética apontada pelos índices de FST e pela rede de haplótipos das seqüências mitocondriais. Baseado nos dados mitocondriais o tempo de divergência entre os grupos genéticos de A. hyacinthinus foi estimado em 16 a 42 mil anos atrás, o que corresponde ao final do Pleistoceno. Ainda, os resultados apontaram para uma população demograficamente estável ao longo do tempo, o que pode indicar que a baixa variabilidade pode ser uma característica da espécie. Entretanto, a rede de haplótipos apresenta forma em estrela com alguns haplótipos de baixa freqüência, o que pode indicar expansão recente, principalmente para região nordeste. Baseado nos dados de estruturação genética populacional, foi possivel indicar a possível origem de indivíduos apreendidos e sem procedência conhecida, o que é importante para realizar ações preventivas de repressão e fiscalização. Adicionalmente, foram analisados sete locos de microssatélites de filhotes amostrados no mesmo ninho (mesma estação reprodutiva, estações reprodutivas consecutivas e estações alternadas) em duas regiões do Pantanal. Os resultados sugerem que a espécie é predominantemente monogâmica estrita, mas há pelo menos 12,5% de paternidade extra-par e 6,5% de parasitismo de ninho. Além disso, foram confirmados dados obtidos em campo de que muitos casais utilizam o mesmo ninho em anos consecutivos e alternados. Finalmente, padronizamos a sexagem molecular de amostras de penas de muda. Concluindo, os resultados genéticos obtidos nesse trabalho trazem informações sobre os processos envolvidos na história evolutiva dessa espécie, além de contribuir com informações sobre o comportamento reprodutivo das araras-azuis proporcionando mais subsídios para elaboração de programas de conservação. / Brazil has the highest number of parrot species in the world (about 74), 17 of them endangered. Among them is the hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), which is considered vulnerable and could become endangered in the near future, due to the intense illegal traffic and loss of habitat. In this study we estimated levels of variability and characterized the genetic structure of natural populations of hyacinth macaws. We analyzed 10 microsatellite loci from 98 individuals and concatenated sequences of mitochondrial genes (ND5, cytochrome b and ND2, 2,123 bp total) from 80 individuals. The genetic diversity index was low compared to those from other species of parrots. In addition, RST indeces and Bayesian analysis of microsatellite data showed moderate genetic structure among individuals of four regions in Brazil (north Pantanal, south Pantanal, north and northeast), but FST indeces indicate differentiation only between three regions (north and northeast without differentiation). This is in accordance with the strong genetic structure indicated by FST indeces and haplotype network based on mitochondrial sequences. Based on the mitochondrial data, the time of divergence of the genetic groups of hyacinth macaws was estimated to have occurred 16 to 42 thousand years ago, which corresponds to the late Pleistocene. Still, the results suggest that the population has been demographically stable over time, which may indicate that the low variability levels may be a characteristic of the species. However, the haplotype network presents a star shape, which indicate recent expansion, specially in the northeast. Additionally, given the population genetic structure data, it was possible to identify the most probable region of origin of apprehended individuals, this information is important to plan preventive and repressive control. Additionally, we analyzed seven microsatellite loci of chicks sampled in the same nest (same breeding season, alternate breeding seasons and consecutive seasons) in two regions of the Pantanal. The results suggest that the species is predominantly monogamous, but there is at least 12.5% of extra-pair paternity and 6.5% of brood parasitism. Furthermore, the genetic data is congruent with field observations that suggest that many couples return to the same nest in consecutive and alternative breeding seasons. Finally, we standardized for a molecular sexing protocol for molten feathers. In conclusion, the genetic results obtained in this study provide information about the processes involved in the evolutionary history and the reproductive behavior of hyacinth macaws that may help plan conservation actions.