Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Vanessa Paes da Cruz / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Fernando Yuldi Ashikaga / Banca: Guilherme José da Costa Silva / Banca:Cristiane Kioko Shimabukuro / Banca: Patrícia Elda Sobrinho Scuderler / Resumo: / Abstract: / Mestre

As abelhas da tribo Meliponini (abelhas sem ferrão) estão amplamente distribuídas pelas regiões tropicais do planeta, tendo um importante papel na polinização, sendo o gênero Melipona o que contém o maior número de espécies. A espécie Melipona marginata é uma das menores e mais ancestrais do grupo, e a exemplo de outras espécies nidifica em ocos de árvore. M. marginata, assim como outras espécies do gênero Melipona, vêm sofrendo com a destruição do seu ambiente natural, pelo desmatamento, sendo, aparentemente mais exigente que outras espécies quanto ao tamanho do fragmento florestal para se manter, devido a isso é encontrada apenas em fragmentos maiores, mais antigos e menos perturbados. Tendo em vista a perda de hábitat e o pouco conhecimento da biologia dessa espécie, este trabalho pretende analisar populações de M. marginata, através da técnica PCR+RFLP do DNA mitocondrial e marcadores microssatélites, visando contribuir para entendimento da estrutura populacional de M. marginata. Foram analisados 54 ninhos, provenientes dos estados de MG, SP, PR, SC e RS. Oito regiões do DNA mitocondrial foram amplificadas, e posteriormente digeridas com 12 enzimas de restrição. Foram detectados 14 haplótipos, sendo apenas um compartilhado. A população de SP apresentou o maior número de haplótipos. Os testes estatísticos demonstraram que as populações estão estruturadas e isoladas, não havendo fluxo gênico entre as populações. Já nas análises dos microssatélites foram analisados 4 locos, apresentando alta variabilidade genética, onde também foi verificado que as populações se encontram estruturadas. Os resultados obtidos podem ser explicados principalmente pela redução da área de floresta, mas, podem se dever a eventos antigos em conseqüência de mudanças climáticas ocorridas durante as últimas glaciações. / The tribe Meliponini (stingless bees) is present in all tropical regions of the world and has an important role in pollination. The genus Melipona has the highest number of species in the tribe. The specie Melipona marginata is considered the most ancestral within the genus, and like other species builds the nests in hollow of trees. Unfortunately several bee species have suffered with the devastation of their natural environment. M. marginata seems to be very dependent on the size of the forest fragment, being found only in the biggest, oldest and consequently more preserved ones. In view of the habitat loss and few biological knowledge about this specie, this research intended to analyse M. marginata populations molecularly, through mitochondrial DNA PCR-RFLP and microsatellite data., Fifty four colonies were analyzed, from MG, SP, PR, SC and RS states. Eight mitochondrial DNA regions were amplified and screened with 12 restriction enzymes. Fourteen haplotypes were verified and among them just one was shared. SP population showed the highest number of haplotypes. Statistic tests showed that the 5 populations were genetic structured and isolated, therefore not presenting gene flow. The 4 microsatellites loci analyzed showed high genetic variability. The statistics analysis indicated that the 5 populations are structure and isolated. These results can be explained mainly because the decrease of forest leading to population isolation, however we can not discard the hypothesis that this current scenario is a consequence of climatic changes occurred during the last glaciations.

O gênero Partamona compreende 33 espécies, distribuídas do sul do México ao sul do Brasil. O gênero tem sido amplamente estudado em diferentes níveis: citogenético, etológico e morfológico. O presente trabalho teve como objetivo contribuir com dados moleculares para o conhecimento do grupo, realizando estudos populacionais por meio da caracterização do DNA mitocondrial por PCR+RFLP e da análise de regiões de microssatélites do DNA genômico de duas espécies: P. mulata de distribuição restrita ao sul de Mato Grosso e norte do Mato Grosso do Sul, e P. helleri de distribuição mais ampla, do sul da Bahia até Santa Catarina. Foram detectados apenas dois haplótipos em P. mulata, os quais diferiram entre si por apenas um sítio de restrição. As análises estatísticas demonstraram não haver estruturação entre as populações sugerindo que esta espécie possa ter passado por recente afunilamento populacional. Em P. helleri foram observados dez haplótipos sendo alguns exclusivos e outros compartilhados. Análises estatísticas apontaram alta estruturação entre as populações e a distribuição filogeográfica observada sugere um possível isolamento por fragmentação da Mata Atlântica durante o Pleistoceno. A análise dos locos microssatélites mostrou baixa variabilidade genética em ambas espécies e discreta estruturação entre as populações, não relacionada com a distribuição geográfica das mesmas. Isto pode ser conseqüência de migração de machos entre populações visto que as rainhas são filopátricas ou, fragmentação dos habitats pela rápida degradação do cerrado e da Mata Atlântica, ou por alelos nulos causados pelo uso de primers heteroespecíficos. A análise de parentesco entre abelhas de um mesmo ninho apontou a existência de apenas uma patrilínea em P. mulata sugerindo monoandria para esta espécie. Foram encontradas duas patrilíneas em algumas colônias de P. helleri, o que pode ser resultante de fecundação por mais de um macho ou substituição recente da rainha. A caracterização parcial do DNAmt de duas espécies de Partamona poderá contribuir em estudos filogenéticos tanto do gênero quanto de outras espécies de Meliponini. A análise populacional mostrou o status da variabilidade genética das espécies, suas possíveis histórias evolutivas e a possível relação desta com degradação dos ambientes onde estas estão distribuídas. / The Partamona genus comprises 33 species distributed from south Mexico to south Brazil. This genus has been studied at different levels: cytogenetical, ethological and morphological. This work aimed at to contribute with molecular data for the knowledge about the group performing a population study employing the PCR+RFLP of mtDNA, and analysis of microsatellite loci from nuclear DNA of two species, P. mulata which is distributed in south Mato Grosso and north Mato Grosso do Sul, and P. helleri which geographic distribution is wider, from Santa Catarina to southern Bahia. It was detected two haplotypes in 58 colonies of P. mulata, each one differing by one single restriction site. The statistical analyses indicated no differentiation among populations suggesting that the species could have passed through a recent populational bottleneck. It was observed ten haplotypes in 47 colonies of P. helleri, some exclusive and others shared among populations. Statistical analysis pointed high population differentiation and the observed phylogeography distribution suggested a possible recent isolation probably by Atlantic Forest fragmentation during the Pleistocene. The microsatellite analysis showed low genetic variability in both species and discrete population structuring, not related to the geographic distribution. This might be consequence of migration of males, since the queens are highly phylopatric, or habitat fragmentation by degradation of savanna and Atlantic forest areas, or null alleles caused by the use of heterospecific primers. The relatedness investigation revealed only one patriline in nest mates of P. mulata that suggests monoandry for this species. It was found two patrilines in P. helleri that can be resulted from more than one mating or recent queen replacement. The partial characterization of the mtDNA of two Partamona species can contribute to further phylogenetic studies among bees of this genus or among other Meliponini species. The populational analysis showed the genetic variability status of the species, their putative evolutionary histories and the possible relation between the results and the environmental degradation in their distribution areas.

Submitted by Milena Dias (milena.dias@ufpe.br) on 2015-03-10T19:42:03Z No. of bitstreams: 2 Tese Liliane Amorim.pdf: 4605349 bytes, checksum: e4e99a641965d895f55abc2588099e43 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-10T19:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Liliane Amorim.pdf: 4605349 bytes, checksum: e4e99a641965d895f55abc2588099e43 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / CAPES / Culex quinquefasciatus é vetor de muitos agentes etiológicos de doenças humanas, incluindo Wuchereria bancrofti, o parasita que causa a filariose linfática, uma doença endêmica no Estado de Pernambuco (PE), Brasil. A elevada densidade deste mosquito pode causar problemas secundários que têm impacto na saúde e qualidade de vida das pessoas expostas; por isso, o controle desta espécie é importante. O objetivo do trabalho foi identificar se existem e quais são os mecanismos de resistência a inseticidas químicos e a diversidade genética de populações naturais de Culex quinquefasciatus coletadas em PE. As avaliações foram feitas por meio de bioensaios, ensaios bioquímicos para mensurar a atividade das enzimas de detoxificação e ensaios moleculares para estimar a frequência da mutação presente no gene da acetilcolinesterase (ace-1), associada à resistência a organofosforados (OPs) e carbamatos (CMs). A diversidade genética das populações foi avaliada utilizando 16 marcadores microssatélites. Ovos de Culex foram coletados em seis municípios de PE: Olinda (Peixinhos e Alto da Conquista), Recife (Água Fria), Jaboatão dos Guararapes, Ipojuca, Glória do Goitá e Santa Cruz do Capibaribe. Os resultados mostraram que apenas a população proveniente de Santa Cruz do Capibaribe (SC) apresentou alteração na susceptibilidade (RR = 7,2 vezes), com nível de resistência moderado ao temephos, enquanto as outras populações analisadas não mostraram alteração na susceptibilidade ao inseticida. Quanto aos testes bioquímicos, apenas em SC foi observado um aumento na atividade de todas as esterases estudadas e indícios de insensibilidade da acetilcolinesterase. A frequência da mutação G119S no alelo de resistência ace-1 (G119S) foi de 0,11 em SC e zero nas outras populações. O número de alelos por locus variou entre 2 e 15. Alguns desses alelos foram exclusivos de algumas localidades. O percentual de variabilidade genética encontrado foi maior dentro das populações do que entre as populações e os resultados indicam excesso de heterozigotos. Estes dados mostram que embora não haja programas nacionais para o controle de Culex, esta espécie apresenta mecanismos de resistência que estão sendo mantidos em populações naturais como um resultado da exposição acidental ao inseticida, o que poderia prejudicar as ações de controle que podem ser implantadas no futuro.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T12:48:26Z No. of bitstreams: 2 TESE Pollyana Karla da Silva.pdf: 1663231 bytes, checksum: 274757a9866e85a251ff0e49fe82ca58 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T12:48:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Pollyana Karla da Silva.pdf: 1663231 bytes, checksum: 274757a9866e85a251ff0e49fe82ca58 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-07-30 / FACEPE; CNPq / A genômica comparativa tornou-se uma importante área de pesquisa nos últimos anos, após a disponibilização de um número de genomas total ou parcialmente sequenciados, permitindo uma visão detalhada da organização de regiões gênicas ou não codificantes. A comparação dos genomas é de grande importância para a análise das regiões funcionalmente relevantes, permitindo também inferências sobre a evolução e os mecanismos que conduzem ao rearranjo de cariótipos, havendo importantes implicações práticas, principalmente quando são comparadas espécies cultivadas e seus parentes silvestres, potencialmente doadores de genes para o melhoramento. Este trabalho teve o objetivo de realizar um estudo citogenético e comparativo de espécies dos gêneros Glycine e Vigna. Para isso foram utilizadas três abordagens: Uma análise citogenômica comparativa mediante localização in situ de oligonucleotídeos com padrão de microssatélites [(AAC)5, (AAG)5, (ACC)5, (AG)8 (CTC)5, (TGA)6] ao longo dos cromossomos de Glycine soja e G. tomentella. Nesta etapa, foram observadas regiões de marcação mais intensa em alguns cromossomos, embora a maioria dos oligonucleotídeos tenha apresentado distribuição dispersa nos genomas analisados. Uma segunda abordagem avaliou a distribuição de domínios RT do retrotransposons Ty1- copia-like, nos cromossomos de Vigna umbellata, V. sesquipedalis e V. aconitifolia, apresentando uma distribuição dispersa e sinais proximais destes elementos nem determinados cromossomos. Em uma terceira abordagem, foi realizada uma investigação do elemento transponível CACTA no genoma da soja (Glycine max), mediante análise in silico. Neste estudo, foram identificados domínios transposase do elemento citado, compreendendo 10 Mb de Tnp1, 2,2 Mb de Tnp2, bem como domínios de outras transposases não relacionados diretamente ao elemento CACTA, mostrando que a diversidade e abrangência destes elementos é maior do que reportado até então. Considerando-se que microssatélites e retrotransposons são importantes componentes dos genomas em espécies da tribo Phaseoleae, os resultados aqui obtidos trazem interessantes evidências sobre o papel estrutural e funcional dessas sequências repetitivas.

Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-04-17T14:31:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese Geyner Cruz.pdf: 5016989 bytes, checksum: 78d1b845e0b795a59bd6c983e8a3c635 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T14:31:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese Geyner Cruz.pdf: 5016989 bytes, checksum: 78d1b845e0b795a59bd6c983e8a3c635 (MD5) Previous issue date: 2013-03-04 / Cryptanthus Otto & Dietr. é endêmico do Brasil e composto por 67 espécies distribuídas em floresta Atlântica, restingas, campos rupestres e Caatinga. Apresenta espécies terrícolas endêmicas e em sua maioria ameaçadas de extinção, devido à perda do habitat natural. O presente trabalho teve como objetivo reconstituir a filogenia molecular do gênero, medir e associar o tamanho genômico com a história evolutiva do grupo e estabelecer marcadores microssatélites para estudos populacionais. No primeiro capítulo utilizando 104 espécimes de Cryptanthus, foi reconstruída a filogenia molecular para o grupo a partir de AFLP, e realizada análise do estado de caracter ancestral para flores andromonóicas e hermafroditas. Foi observado que os subgêneros Cryptanthus e Hoplocryptanthus Mez. não são monofiléticos. Além disso, os grupos morfológicos previamente propostos para o gênero, apresentaram caracteres homoplásicos, exceto larcedae. Em relação à biogeografia, a colonização da floresta Atlântica parece ter surgido dentro do grupo múltiplas vezes, sendo predominante no subgênero Cryptanthus. Em Hoplocryptanthus, as espécies de Campos Rupestres e de floresta Atlântica apresentam uma separação bem definida, consistindo em mais um indício da condição polifilética deste grupo. A análise de estado de caracter ancestral, mostrou a importância das flores andromonóicas na diversificação do gênero especialmente na floresta Atlântica. No segundo capítulo, o tamanho genômico de 47 espécies de Cryptanthus foi estimado e comparado com o estado de caracter ancestral de diferentes tipos de habitats em que o gênero ocorre, a partir de uma filogenia molecular pré-estabelecida. Foi observado diferenciação significativa entre os dois subgêneros em relação à variação do tamanho genômico e as relações filogenéticas. Adicionalmente, diferenças significativas entre tamanho genômico e preferência por diferentes habitas, também foram observadas. Contudo, as espécies que ocorrem em floresta Atlântica não se diferenciam em relação apenas a preferência por habitats, assim sugerindo que às relações filogenéticas provavelmente são os fatores mais determinantes na variação observada do tamanho genômico de Cryptanthus. O terceiro capítulo abordou a avaliação de 34 loci de microssatélite plastidial (cpSSR) da espécie Dyckia marnier-lapostollei L.B. Smith., permitindo o estabelecimento de 29 loci, dos quais sete foram genotipados em três populações da espécie C. schwackeanus Mez e três da espécie C. warrenloosei Leme. Seis loci apresentaram polimorfismo entre as populações, assim demonstrando que os cpSSR estabelecidos são uma boa ferramenta para estudos populacionais no gênero. No conjunto os dados representam os primeiros passos para o entendimento da evolução e das relações do grupo com ferramentas moleculares.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-09-03T17:15:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1536754 bytes, checksum: b298a5181a8740d77097de57b1778b9b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-03T17:15:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1536754 bytes, checksum: b298a5181a8740d77097de57b1778b9b (MD5) Previous issue date: 2018-06-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Manihot Mill. (Euphorbiaceae) é um gênero Neotropical com aproximadamente 100 espécies. Manihot carthagenensis é uma espécie muito polimórfica e associada com ambientes secos, principalmente a caatinga e o chaco. Atualmente, critérios morfológicos associados com distribuição geográfica distingue três táxons infraespecíficos em M. carthagenensis: M. carthagenensis subsp. carthagenensis, M. carthagenensis subsp. glaziovii, and M. carthagenensis subsp. hahnii. Reunimos conjuntos de dados multilocus com dados de sequências de DNA obtidos de quatro genes nucleares (sts, ch_metE, g3pdh, and nia-i3) para 34 amostras das três subespécies de M. carthagenensis e 14 amostras de 10 espécies relacionadas e realizamos análise filogenética Bayesiana. Também obtivemos dados de microssatélites para 19 populações representativas amostradas ao longo da maior parte da extensão conhecida de M. carthagenensis, para investigar a estrutura genética e diversidade. Nosso estudo filogenético sugeriu que M. carthagenensis, como atualmente circunscrita, não constitui um clado monofilético mas representa três linhagens bem diferenciadas: M. carthagenensis, M. glaziovii e M. hahnii. Essas três linhagens foram apoiadas com base em diferenças morfológicas, relações genealógicas e associação com a vegetação. Dados de microssatélites sugerem que M. carthagenensis consiste em pelo menos três pools gênicos distintos, parcialmente estruturados de acordo com a geografia. Hipotetizamos que esses pools gênicos evoluíram em alopatria mas permaneceram interférteis e foram capazes de produzir zonas híbridas após reconexão. Assim, a mistura genética generalizada que observamos é de origem recente e devido à expansão populacional. / Manihot Mill. (Euphorbiaceae) is a Neotropical genus with approximately 100 species. Manihot carthagenensis is a very polymorphic species and associated with dry environments, mostly the caatinga and the chaco. Currently, morphological criteria associated with geographic distribution distinguish three infraspecific taxa in M. carthagenensis: M. carthagenensis subsp. carthagenensis, M. carthagenensis subsp. glaziovii, and M. carthagenensis subsp. hahnii. Herein, we assembled multilocus datasets with DNA sequence data obtained from four nuclear genes (sts, ch_metE, g3pdh, and nia-i3) for 34 samples of the three subspecies of M. carthagenensis and 14 samples from 10 closely-related species and carried out Bayesian phylogenetic analyses. We also obtained microsatellite data from 19 representative populations sampled throughout most of the known range of M. carthagenensis to investigate genetic structure and diversity. Our phylogenetic study suggested that M. carthagenensis, as presently circumscribed, does not constitute a monophyletic clade, but represents three well-differentiated lineages: M. carthagenensis, M. glaziovii and M. hahnii. These three lineages were supported based on morphological differences, genealogical relationships, and vegetation associations. Microsatellite data suggest that M. carthagenensis consists of at least three distinct gene pools partly structured according to geography. We hyphothesized that these gene pools evolved in allopatry but remained interfertile and were able to produce hybrid zones after reconnecting. Thereby the genetic admixture is of recent origin and owing to population expansion.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-14T19:38:24Z No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:26:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:30:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T18:30:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Ederly Santos Silva.pdf: 1737064 bytes, checksum: 3f36097378fc3cdeb2502d467b6793ac (MD5) Previous issue date: 2011-08-01 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Copaibas are trees that are native to tropics, with nine species found in Brazilian Amazonia. Copaiba trees produce an oil-resin that is found in secretory channels located in the trunks. Copaifera reticulata is the predominant species in the Tapajós National Forest. The socioeconomic aspects of the communities of Pedreira and São Domingos, who are authorized to collect copaiba, and the phytodemographic, genetic and physical-chemical aspects of the copaiba populations available to these communities were analyzed, with the objective of subsidizing future actions of copaiba management in the Tapajós Flona. In the socioeconomic study, semi-structured interviews with the communities extractors elucidated the current local situation with respect to the extraction of copaiba. In the phytodemographic study, the species was identified, the density of potentially productive individuals was quantified, and these were mapped. Microsatellite markers developed by Embrapa Genetic Resources and Biotechnology were used for the genetic analyses. The physical-chemical parameters used were density and viscosity of the oil-resin, as these are associated with potential uses and for the chemical study it was the refraction index, acidity, saponificacion and éster. The management of copaiba is technologically simple, but the extractors identified numerous difficulties, including less advantage in the sale of the oil-resin than formerly, showing that the situation in the past that stimulated them is very different from the current situation, especially in the commercialization process. The density of productive trees in the collection area of Km 67 was 5,5 and of Km 72 was 6,2, with 200 adult individuals geo-referenced. The largest number of productive trees was in the diameter class 51-70 cm, totaling 88 trees, and the largest diameter found was 120 cm. To C. reticulata it presents an oil-resin with viscosity 9 (mPa.s) very variable and it lowers acidity (mg of KOH/g), which could serve as a basis for oil-resin differentiation. With the six microsatellite loci that transferred, 78 alleles were observed. The genetic diversity (He) varied from 0.59 to 0.85 per locus, considered high for Neotropical tree species; however, the observed heterozygosity was smaller than the expected heterozygosity by the Hardy-Weinberg equilibrium in the collection areas, demonstrating a reasonable level of inbreeding (f = 0.375 to 0.419), probably due to a clumped distribution. The analysis with Structure did not identify two populations based on the collection areas, but two genetic groupings based on different combinations of alleles. Most of the genetic variation was found within the collection areas (97%), with weak genetic differentiation among the areas (Fst = 0.030). A little less genetic variation it was found within the genetic groups (93%), with a corresponding increase in divergence (Fst = 0.070). The noncorrespondence between collection areas and genetic groupings could be due to unknown historical events, but, combined with the high genetic diversity founds, suggests that the current levels of inbreeding won't be a problem for a management plan, although the isolation of the Tapajós Flona in the future could contribute to elevate inbreeding to worrying levels. The information presented here will serve as a baseline for future comparison, guiding improvements in the management plan. / As copaíbas são árvores nativas da região tropical das quais nove espécies podem ser encontradas na Amazônia brasileira. As árvores de copaíba produzem um óleo-resina que é encontrado em canais secretores localizados no tronco das árvores. Copaifera reticulata é a espécie predominante na área deste estudo. Foram analisados os aspectos socioeconômicos das Comunidades de Pedreira e São Domingos na Flona do Tapajós, Santarém, Pará, por serem autorizadas a coletar copaíba na Flona, e os aspectos fito-demográficos, genéticos e físicos das populações de copaibeiras disponíveis a estas comunidades, com objetivo de subsidiar futuras ações de manejo de copaíba na Flona. No estudo socioeconômico, realizouse entrevistas semi-estruturadas com os extratores das comunidades para saber a real situação local quanto a extração do produto. No estudo fito-demográfico, identificou-se a espécie, quantificou-se a densidade dos indivíduos que foram potencialmente produtivos, e mapeou-se as árvores. Marcadores microssatélites desenvolvidos pela Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia serão utilizados para as análises genéticas. Os parâmetros escolhidos para o estudo físico foram a determinação da densidade e viscosidade do óleo-resina por serem relacionados aos usos potenciais, e para o estudo químico foram os índices de refração, acidez, saponificação e éster. O processo de manejo da copaíba apresenta tecnologia simples para a retirada do óleo-resina, mas os extratores apontaram muitas dificuldades em relação ao manejo da espécie. Extrativistas afirmaram que atualmente tem-se menos vantagem na venda do óleo-resina de copaíba do que antigamente, indicando que a situação no passado que os estimulava é bem diferente do quadro atual, necessitando de apoio no processo de comercialização. As densidades dos indivíduos na área de coleta do Km 67 foi 5,5 indivíduos por hectare e no Km 72 foi 6,2 indivíduos por hectare, e 200 indivíduos adultos foram georeferenciados. O maior número de matrizes produtivas encontram-se na classe diamétrica 51-70 cm, totalizando 88 árvores, e o maior diâmetro encontrado foi 120 cm de DAP. A C. 7 reticulata apresenta um óleo-resina com viscosidade (mPa.s) muito variável e baixa acidez (mg de KOH/g), podendo servir de base para diferenciação de óleos-resina. Com os seis locos microssatélites que transferiram foram observados 78 alelos. A diversidade genética (He) variou de 0,59 a 0,85 por locos, considerada alta para a maioria das espécies neotropicais; no entanto, a heterozigosidade observada foi menor que a heterozigosidade esperada pelas proporções do EHW para as áreas de estudo, demonstrando um razoável nível de endogamia (f = 0,375 a 0,419) nas áreas de coleta, provavelmente devido a sua distribuição agrupada. As análises com Structure não identificaram duas populações baseadas nas áreas de coleta, mas sim dois agrupamentos genéticos baseados em conjuntos distintos de alelos. A maior parte da variação genética foi encontrada dentro das áreas de coleta (97%), enquanto encontrou-se uma fraca diferenciação genética entre as áreas (FST = 0,030). Um pouco menos de variação genética foi encontrada dentro dos grupos genéticos (93%), com um aumento correspondente na divergência (FST = 0,070). A não correspondência entre áreas de coleta e agrupamentos genéticos poderia ser devido a eventos históricos desconhecidos, mas, combinada com a alta diversidade encontrada, sugere que a endogamia atual não será um problema para um plano de manejo, embora o isolamento da Flona no futuro poderia contribuir para elevar a endogamia a níveis preocupantes. As informações aqui apresentadas servirão como linha base para comparação futura, orientando melhorias no plano de manejo.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cleiton Fantin.pdf: 1078270 bytes, checksum: 5ca25ef1341a3ab0c4b469d3442db3c8 (MD5) Previous issue date: 2008-01-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Few data are available about reproductive biology of the genus Podocnemis, especially with respect to the type of mating system. To date studies of mating system with species of the genus Podocnemis have been done only with P. expansa. In the present study we developed 18 primer pairs specific to microsatellite regions in P. unifilis, and we tested their transferability to other species of the genus Podocnemis (P. expansa, P. sextuberculata, P. erythrocephala, P. vogli and P. lewyana) and also to Peltocephalus dumerilianus. These microsatellite markers have proven to be powerful molecular tools for investigating mating systems of P. unifilis, P. sextuberculata and P. erythrocephala. Using different microsatellite panels a minimum of two contributing parents were found in nests of P. erythrocephala, and the presence of up to three contributing parents was found in nests of P. unifilis and P. sextuberculata. These results directly contribute to the knowledge of the reproductive system and indirectly to studies related to the impact of management and reproduction in nature as well as in captivity. Moreover, our results will contribute to improvements in captive breeding programs. / Poucos dados estão disponíveis com relação à biologia da reprodução no gênero Podocnemis, mais especificamente com relação ao sistema de reprodução. Até hoje os estudos sobre sistema de reprodução realizados no gênero Podocnemis foram realizados somente com P. expansa. No presente trabalho desenvolvemos 18 iniciadores específicos para regiões microssatélites em P. unifilis, e testamos sua transferibilidade nas outras espécies do gênero Podocnemis (P. expansa, P. sextuberculata, P. erythrocephala, P. vogli e P. lewyana) e também em Peltocephalus dumerilianus. Estes microssatélites apresentaram um grande potencial como marcadores moleculares para investigar o sistema de reprodução em P. unifilis, P. sextuberculata e P. erythrocephala. Utilizando diferentes grupos de locos de microssatélites, encontrou-se o mínimo de dois pais contribuindo para as ninhadas de P. unifilis, e o mínimo de três pais contribuindo para as ninhadas de P. sextuberculata e P. erythrocephala. Esses resultados contribuem diretamente para o conhecimento do sistema de reprodução e indiretamente para estudos relacionados ao impacto de manejo e reprodução tanto na natureza como em cativeiro destas espécies. Além disso, nossos resultados poderão contribuir para um melhoramento nos programas de reprodução em criadouros.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:17Z No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-29T13:05:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) Previous issue date: 2015-12-11 / Methodologies for molecular analysis population and forensic studies, have been developed based on microsatellites or STRs. The application of the markers, enhance the PCR amplification system, utilizing only one pair of primers (monoplex), or several pairs (multiplex). For human identification by using DNA techniques, the first multiplex system were stabilished with STRs on autossomal chromosomes followed by using of reduced-size STRs (Mini-STRs). Then to the Y chromosome, have been developed the Y-STRs, mini–YSTRs and more recently the rapidly mutating (RM)-YSTRs. However, there are no studies using STRs on Y chromosome for the population of Manaus city, the objective of this study was developed a multiplex system Mini-YSTR to evaluate the amplification efficiency of degraded forensic DNA samples. In addtion, to determine haplotype frequency of the population in Manaus, a commercial Kit PowerPlex ® Y23 System (Promega) was used. Therefore, was developed a multiplex system denominated Mini YSTR09, combining nine mini-YSTR markers and (RM)-YSTR (Chapter I). For validation, tests to evaluate sensbilty, tests of detection sample containing mixtures and tests of degraded forensic DNA samples (98 samples of bones human) were conducted, by SWGDAM procedures.The multiplex was able to amplified 09 (100%) in a DNA mixture system and in 64,4% of degraded forensic DNA samples. For the population studies (chapter II), 214 blood samples were collected of male people, not correlated genetically. All de samples were extracted by using commercial kits and the amplified PCR products (31 Y-STRs in three dferent groups) and they are subjected to capillary electrophoresis in ABI 3500, automatic DNA sequence and analyzing in Genemapper v.4.1 software. 204 DNA samples were typed with the commercial kit (group I),189 with the Mini YSTR09 (group II) and 168 with the set (Mini YSTR09 more commercial Kit PowerPlex ® Y23 System),(group III). Results demonstrated the existing unique haplotypes in group I, II e III of the 202, 181 e 168, respectively.The greatest genetic diversity was found in locos DYS626, DYS570, DYS576, DYS447 (group I); DYS385, DYS570, DYS458, DYS481 e DYS456 (group II) e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576, DYS447 e DYS456 (group III).The locos DYS447, is was most polymorphic of group I and III. Therefore, the use of multiplex Mini YSTR09 developed made possible the forensic DNA samples amplification and for population analysis, provided a higher capacity of discrimination, when it was used in addition with the commercial kit PowerPlex ® Y23 System, highlighting the locos DYS447, DYS570, DYS576, DYS626. / Metodologias para análise molecular relacionadas com estudos populacional e forense, têm sido desenvolvidas a partir de marcadores de microssatélites (STRs) e as aplicações desses marcadores, potencialzam os sistemas de amplificação por PCR, seja utilizando apenas um par de STRs (monoplex) ou vários STRs (multiplex). Para a identificação humana por DNA, os primeiros sistemas multiplex foram estabelecidos com STRs de cromossomos autossomômicos, seguidos do uso de STRs de tamanho reduzido, conhecidos como Mini- STRs. Posteriormente, para o cromossomo Y, foram desenvolvidos os Y-STRs, os Mini-YSTRs e mais recentemente o uso dos YSTR de mutação rápida (RM)-YSTR. E por não existirem dados com STRs do cromossomo Y na população da Cidade de Manaus, o estudo com tais marcadores torna-se relevante. Assim, os objetivos deste trabalho foram desenvolver um sistema multiplex do tipo MiniY-STR para avaliar a eficiência na amplificação de amostras de casos forenses (DNA degradado) e além disso, em conjunto com o Kit comercial PowerPlex®Y23 System (Promega), determinar a frequência haplotípica da população da cidade de Manaus. Para tanto, foi construído um sistema multiplex “in house” denominado Mini YSTR09, contendo 9 locos de Mini-YSTR e (RM)-YSTR (Capítulo I).Para a validação,foram realizados testes de sensibilidade, de detecção em amostras com misturas e testes em amostras de DNA degradado (98 amostras de osso humano), conforme recomendação do SWGDAM. O multiplex foi capaz de amplificar todos os 09 (100%) locos nos sistemas de mistura de DNA e nos sistemas com amostras de DNA degradado (69,4%). Para o estudo populacional (capítulo II), as 214 amostras de sangue coletadas de indivíduos do sexo masculino não relacionados geneticamente, foram extraídas com kits comerciais e os produtos amplificados por PCR (31 Y-STRs em três grupos), foram submetidos a eletroforese capilar no sequenciador ABI 3500 e analisados no software Genemapper v. 4,1. 204 amostras foram tipadas com o kit comercial (grupo I), 189 com o Mini YSTR09 (grupo II) e 168 com o conjunto desses dois multiplexs, Kit comercial mais o Mini YSTR09 (grupo III). A presença de haplótipos únicos nos grupos I, II e III foi de 202, 181 e 168, respectivamente. A maior diversidade gênica foi dos DYS626, DYS570, DYS576 e DYS447, para o grupo I; dos DYS385, DYS570, DYS458, DYS481 e DYS456 para o grupo II e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576, DYS447 e DYS456 para o grupo III, sendo o DYS447, dentre os mais polimórficos quando das análises no grupo I e III. Portanto, a aplicação do multiplex Mini YSTR09 aqui desenvolvido, possibiltou a amplificação desse DNA em quantidades mínimas e degradado e além disso, para as análises populaconais proporcionou uma maior capacidade de discriminação quando foi utilizado em conjunto com o kit comercial PowerPlex® Y23 System, destacando-se os locos DYS447, DYS570, DYS576 e DYS626