Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-05T19:01:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1450755 bytes, checksum: 7b05d5c67d98257fd3c5469f873df50a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T19:01:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1450755 bytes, checksum: 7b05d5c67d98257fd3c5469f873df50a (MD5) Previous issue date: 2004-03-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Uma população de 118 RILs (linhagens recombinantes endogâmicas) foi obtida por meio do cruzamento entre o acesso BARC-8 (com alto teor de proteína) e a variedade brasileira Garimpo (com teor de proteína normal). Na geração F 9 foram abertas linhas, que constituíram o material genético utilizado neste trabalho. Noventa e cinco dessas RILs, cultivadas em dois ambientes distintos: Viçosa, MG e São Gotardo, MG, foram analisadas para as seguintes características: teor de proteína total em sementes de soja, teor das proteínas de reserva 11S e 7S e de suas respectivas subunidades, e da relação proteína total menos proteínas de reserva (PT-(11S+7S)). Quase todas estas características apresentaram uma distribuição aproximadamente normal (P<0,01), com exceção de proteína total em Viçosa. As herdabilidades das características avaliadas foram altas nos dois locais, entretanto, na análise conjunta, as herdabilidades foram menores devido ao efeito da interação genótipo X ambiente. Amostras do DNA das 118 RILs foram amplificadas com primers microssatélites, RAPD e AFLP. Análise de associação de marcas simples, regressão múltipla e mapeamento por intervalo composto foram utilizados para detectar e mapear as regiões genômicas associadas com estas características. Foram encontrados QTLs associados ao conteúdo de proteína total (GL I, que explica 14,74% da variação desta característica), ao conteúdo da subunidade α (GL G e GL C2, que explicam em conjunto 28,83% da variação desta característica), ao conteúdo da subunidade β (GL G e dois no grupo K, que explicam em conjunto 32,62% da variação desta característica), ao conteúdo de PT-(11S+7S) (GL D1b, que explica 13,71% da variação desta característica) e ao conteúdo de 7S (GL G e GL E) que explicam em conjunto 21,86% da variação desta característica no experimento de Viçosa. No experimento de São Gotardo, foram encontrados QTLs associados ao conteúdo de proteína total (GL 3 e I, que explicam em conjunto 11,42% da variação desta característica), ao conteúdo da subunidade α’ (GL A2, que explica 10,64% da variação desta característica), ao conteúdo das subunidades ácidas (GL 3, que explica 12,06% da variação desta característica), ao conteúdo de PT-(11S+7S) (GL I, que explica 11,34% da variação desta característica) e ao conteúdo de 11S (dois QTLS em diferentes fragmentos do GL K) que explicam em conjunto 20,88% da variação desta característica. Os marcadores associados ao teor de proteína foram diferentes de um local para outro, o que indica interação entre o genótipo e o ambiente. O grupo de ligação I foi associado a QTLs para proteína total em Viçosa e em São Gotardo. Este fato sugere que os locos associados presentes neste grupo de ligação contêm regiões com genes que são expressos em diferentes ambientes. / A 118 soybean RILs (recombinant inbreed lines) population was obtained by crossing the BARC-8 access (cultivar with high protein content) and the Brazilian variety Garimpo (with normal protein content). Lines from the F 9 generation constituted the genetic material used in this work. Ninety-five RILs cultivated in two different environments, Viçosa - MG and São Gotardo - MG, were analyzed following the characteristics: total protein content, storage protein content 11S and 7S and their respective subunits and relation of total protein minus storage proteins (PT-(11S+7S)). Almost all these characteristics presented a distribution approximately normal (P<0,001), except total protein in Viçosa. The heritability values of the characteristics were high in both places, however in a combined analysis; the heritability values were lower due to the effect of genotype x environment interaction. DNA samples of the 118 RILs were amplified with microsatellite primers, RAPD and AFLP. Analysis of association of simple markers, multiple regression and composed interval mapping were used to detect and map the genomic regions associated with these traits. QTLs (quantitative trait loci) associated with total protein content were found in GL I, that explains 14,7 % of the variation of this characteristic, with content of the a subunit in GL G and GL C2, that together explain 28,83% of the variation of this characteristic, with content of the ß subunit in GLG and two in group K, that together explain 32,62 % of the variation of this characteristic, with PT-(11S+7S) in GL D1b, that explains 13,71 % of the variation of this characteristic, and with content of 7S in GL G and GL E that together explain 21,86 % of the variation of this characteristic in the experiment conducted in Viçosa. QTLs associated with total protein content were found in the experiment conducted in São Gotardo in GL 3 and GL I, that together explain 11,42% of the variation of this characteristic, with content of the a’ subunit in GL A2, that explain 10,64 % of the variation of this characteristic, with content of acid subunits in GL 2, that explain 12,06 % of the variation of this characteristic, with PT-(11S+7S) in GL I, that explain 11,34 % of the variation of this characteristic and with the 11S content two QLTs in different GLK fragments that explain 20,88 % of the variation of this characteristic. The markers associated with protein content varied in different environment, indicating genotype and environment interaction. The linkage group I was associated with QTLs to total protein in Viçosa and São Gotardo. This suggests that total protein content loci associated with this linkage group contain regions with genes that express in different environments. / Tese importada do Alexandria, autor sem CPF

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2013-01-25T14:50:53Z No. of bitstreams: 1 Antonio mauro Rezende.pdf: 690614 bytes, checksum: b6e63e721fa01db8344fd047db4db0fe (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-25T14:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Antonio mauro Rezende.pdf: 690614 bytes, checksum: b6e63e721fa01db8344fd047db4db0fe (MD5) Previous issue date: 2009 / A malária humana é causada por protozoários do gênero Plasmodium. Atualmente, mais de 2 bilhões de pessoas estão sob risco de contrair malária sobretudo em áreas tropicais e subtropicais. No Brasil, a malária está concentrada na região da Amazônia Legal, onde se registram mais de 99% dos casos, sendo cerca de 80% causados pelo Plasmodium vivax. Estratégias efetivas de combate ao parasito são essenciais para o controle da doença, e estas dependem do entendimento de diversos fatores como, por exemplo, a variabilidade genética e a estrutura populacional do P. vivax. Desta maneira, os marcadores moleculares são importantes ferramentas que podem auxiliar na elucidação destes aspectos biológicos do parasito. Contudo, poucos marcadores moleculares estão disponíveis para estudos populacionais de P. vivax, comparado ao P. falciparum, principalmente marcadores neutros ou quase neutros, ideais para esse tipo de estudo. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar novos microssatélites em P. vivax e realizar análises de genética de população em isolados de cinco áreas da Amazônia Brasileira utilizando esses microssatélites e os cinco marcadores do tipo TR mais polimórficos descritos na literatura. Deste modo, uma busca in silico foi realizada utilizando o rascunho do genoma do parasito, e foram selecionados microssatélites com unidades repetitivas variando de 2 a 4 pares de base. Cada locus foi amplificado utilizando iniciadores específicos, incluindo os TRs cujos iniciadores foram baseados na literatura. O DNA molde para a realização da amplificação foi extraído de pacientes com infecção aguda de P. vivax. Os produtos amplificados foram analisados em seqüenciadores automáticos de DNA utilizando programas de análise de tamanhos de fragmentos. As análises de genética de população foram realizadas utilizando vários pacotes computacionais. Ambos marcadores detectaram uma alta diversidade nas populações estudadas. Porém, algumas diferenças foram identificadas nas análises com cada tipo de marcador molecular, dentre elas: as populações geneticamentes próximas foram diferentes juntamente com o padrão de desequilíbrio de ligação em cada população e a taxa de multiplicidade de infecção também variou entre os tipos de marcadores. Além disso, foi possível, utilizando os microssatélites, estruturar as populações, o que não ocorreu utilizando os TRs. Por fim, foi possível perceber que os microssatélites se mostraram mais polimórficos, mais bem distribuídos pelo genoma do parasito e ainda assim, o seu mecanismo de manutenção de variabilidade é conhecido, logo, eles aparentam ser mais aptos na utilização de estudos de genética de população de P. vivax. / Human malaria is caused by a protozoan from genus Plasmodium. Currently, more than 2 billion people are under risk to contract malaria mainly in tropical and subtropical areas. In Brazil, malaria is concentrated in the Legal Amazon, where more than 99% of the cases are registered, being around 80% caused by Plasmodium vivax. Effective strategies of combating are essential to control the disease, and these ones depend on understanding of many factors such as the genetic variability and population structure of P. vivax. Hence, molecular markers are important tools that can help to elucidate these biological aspects of the parasite. However, few molecular markers are available for population studies of P. vivax, compared with P. falciparum, mainly neutral or near neutral markers, which are indicated for this kind of study. Thus, the aim of this work was to identify new polymorphic microsatellite loci in P. vivax and to perform population genetic analyses with isolates from five areas of Brazilian Amazon using these microsatellites and also the five most polymorphic tandem repeats markers described in literature. For this, an in silico search was performed using the genome draft of the parasite, and microsatellite with repeat units ranging from 2 to 4 base pairs were selected. Each locus was amplified using specific primers, including the TRs whose primers were previously described. The template DNA for amplification was obtained from patient’s blood with acute P. vivax infection. The amplified products were analyzed in automatic DNA sequencer using software to identify fragments size. The genetic population analyses were performed with several computational packages. Although, some differences were identified among the measured parameters with each kind of molecular marker: the populations genetically close, linkage disequilibrium pattern in each population and level of multiple infection were different. Besides, it was possible, using the microsatellites, to detect structuring of the populations, what did not happen using the TRs. In conclusion, it was possible to notice that the microsatellite are more polymorphic, more spread across parasite genome, and its variability maintenance mechanism is known; thus, they seem to be more useful in population genetic studies of P. vivax field isolates.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1936.pdf: 717703 bytes, checksum: edc8111747eacdffef679be3e2b2ac27 (MD5) Previous issue date: 2007-02-23 / Financiadora de Estudos e Projetos / Shrimp capture is one of the most important fishing activities and has been growing in the last years due to an increment in the fishing effort and the larger number and enhanced fishing power of the shrimp boats. Thus, most of the penaeid stocks are being threatened by overexploitation. For our object of study we used the marine shrimp species Rimapenaeus constrictus, captured off the coast of Guarapari, Espírito Santo and the coast of Ubatuba, São Paulo. These points were strategically chosen since they are located above and below the Cabo Frio upwelling, a potential geographic barrier for the dispersion of marine organisms. Genetic studies, through the development and analysis of molecular microsatellite markers, and morphometric studies were performed in order to determine if there is any structure in the populations of this region. The HE and HO values of the four developed polymorphic microsatellite loci were 0.502 and 0.283 for Ubatuba and 0.473 and 0.374 for Guarapari. The FST estimate between the populations (0.0012; p = 0.1500) and probability (Bayesian method; p = 0.993) indicate that these populations behave as a single one, contrasting with the results of the multivariate analyses of the morphometric data. The gene flow rate between the populations may be attributed to the pronounced larval dispersion led by the surface current system of the Brazilian coast. Different patterns of growth and weight gain may have been responsible for the structure based on the morphometric data. Although a raise in the sample and microsatellite numbers are necessary, this study was valuable as it produced knowledge that is useful for the conservation of this species. / A captura de camarões é uma das atividades pesqueiras de maior importância e que vem aumentando nos últimos anos em decorrência de um incremento do esforço de pesca e de um maior número e poder de pesca das embarcações. Desta forma, a maioria dos estoques de peneídeos está sendo ameaçada por uma superexploração. Utilizamos como objeto desse estudo a espécie de camarão marinho Rimapenaeus constrictus, capturada no litoral de Guarapari, Espírito Santo e no litoral de Ubatuba, São Paulo. Esses pontos foram estrategicamente escolhidos por situarem-se ao norte e ao sul da Ressurgência de Cabo Frio, uma possível barreira geográfica para dispersão de organismos marinhos. Estudos morfométricos e genéticos, por meio de desenvolvimento e análise de marcadores moleculares microssatélites, foram realizados a fim de desvendar se há estruturação nas populações dessa região. Os valores de HE e HO, para os quatro locos microssatélites polimórficos desenvolvidos, foram de 0,502 e 0,283 em Ubatuba e de 0,473 e 0,374 em Guarapari. Os valores da estimativa FST entre as populações (0,0012; p=0,1500) e de probabilidade (método Bayesiano) (p=0,993) indicaram que essas populações se comportam como uma metapopulação, contrastando com resultados das análises multivariadas dos dados morfométricos. Estes resultados podem ser reflexos do fluxo gênico existente entre estas populações, devido à grande dispersão larval provocada pelo sistema de correntes de superfície da costa brasileira e no caso da estruturação apontada pelos dados morfométricos, devido à padrões de crescimento e ganho de peso diferenciado.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2754.pdf: 1596501 bytes, checksum: 942c46cb613e5d89c8ba3fa8cd1a6111 (MD5) Previous issue date: 2009-08-04 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Africanization process through the Americas started in 1956 with the introduction in Rio Claro (SP) of Apis mellifera scutellata queens from South Africa. The resultant alterations of this process in the characteristics of the preexisting honeybee populations have been measured through several methods, including morphometry, allozymes, mitochondrial DNA patterns and in a lower degree the microsatellite loci. The aim of this study was to determine the genetic structure of the A. mellifera Africanized populations from seven countries of South and Central Americas, employing 12 microsatellite loci. Parental populations from Europe and Africa were used as control. The results obtained from 2034 colonies analyzed indicated that the American Africanized populations presented a high variability and have essentially an African genetic constitution. The South region of Argentina is an exception since those samples keep the variation patterns of the European populations, with a lower degree of polymorphism. However, the presence of Africanized honeybees in high altitudes and low temperatures observed in Colombia indicate that the restrictions for the colonization of temperate regions by the Africanized swarms are not only due to the temperature. Concerning to the low frequencies of the European patterns in the Africanized populations, the contribution of genes characteristics of subspecies from the M lineage (A. m. iberiensis) is higher, with a very low proportion of C lineage genes (A. m. ligustica). Results of population structure indicate that the Africanized populations are genetically low differentiated. Even though a low fraction of European genes exists in the Africanized populations, we can affirm that the genetic constitution of the honeybees of Americas is a straight result of the introduction of A. m. scutellata in Brazil. / O processo de africanização da abelha melífera pelas Américas teve início em 1956 com a introdução em Rio Claro (SP) de rainhas de Apis mellifera scutellata oriundas da África do Sul. As alterações resultantes deste processo nas características das populações preexistentes têm sido mensuradas por métodos distintos, dentre os quais se destacam a análise morfométrica, alozímica, padrões do DNA mitocondrial e, em menor grau, os locos microssatélites. Este trabalho objetivou determinar a estrutura genética de populações africanizadas de A. mellifera provenientes de sete países das Américas do Sul e Central a partir da análise de 12 locos microssatélites. Populações parentais da Europa e África foram utilizadas como controle. Os resultados obtidos após análise de 2.034 colônias indicam que as populações africanizadas das Américas apresentam elevada variabilidade e uma constituição genética essencialmente africana. Exceção a esta observação ocorre na região sul da Argentina, cujas amostras analisadas mantêm o padrão de variação das populações de origem européia, com menor grau de variação. No entanto, a presença das abelhas africanizadas em elevadas altitudes e baixas temperaturas na Colômbia sugere que as restrições à colonização de regiões temperadas pelos enxames africanizados não se devem somente à temperatura. Em meio à baixa freqüência de padrões europeus nas populações africanizadas analisadas, destaca-se a contribuição de genes característicos de subespécies da linhagem M (A. m. iberiensis) e uma proporção muito baixa de genes da linhagem C (A. m. ligustica). Os resultados de estruturação populacional indicam que as populações africanizadas são pouco diferenciadas geneticamente e, embora a pequena fração de genes europeus, pode-se afirmar que a constituição genética das abelhas melíferas hoje nas Américas é resultado direto da referia introdução de A. m. scutellata no Brasil.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TesePRAMA.pdf: 5748873 bytes, checksum: 6e01feb6698bd8a82b3887d7a78e7f4c (MD5) Previous issue date: 2004-11-12 / Universidade Federal de Minas Gerais / The Brazilian coast extends over nearly 8,000km. Along the coastline, several marine ecosystems can be found and determine a rich ichthyofauna, regarding both diversity and number of species. The reef sites are characterized as the main reason for such abundance. As a paradox, genetic studies aiming to characterize the several species and populations from this environment are nearly absent in Brazil. Based on these statements, the major goals of the present work were to analyze the population structure and the relationship among marine fish species from a Perciform family, common at coral reefs and important for aquarium trade Pomacanthidae. The selected species were Centropyge aurantonotus, Holacanthus ciliaris, H. tricolor, Pomacanthus arcuatus and P. paru, distributed over nearly all the Brazilian shore, besides another species from the family Chaetodontidae, closely related to that focused in this work - Chaetodon striatus. For that, molecular markers obtained from analyses of genomic DNA by RAPD and microsatellites were adopted. The results based on RAPD profiles, from a set of primers, indicate that species from both families show a high genetic variability, with inter-specific and inter-populational differences. Specific marks were found in all species, useful for the establishment of phylogenetic relationships and taxonomical discrimination. The dendrogram generated allowed to distinguish each species, revealing that those from a same genus are more closely related. Albeit the values of gene flow and genetic identity were relatively high after inter-populational comparisons, indications of structuring along the Brazilian Province were detected, particularly if we consider &#966;s t values. The most conspicuous species along the coast, composing widely distributed populations, tended to exhibit greater genetic similarities among samples. Animals from oceanic isolates were not quite differentiated from inshore populations, but showed decreased variability. The isolation and characterization of microsatellites in the species P. paru and H. ciliaris, according to PIMA (PCR isolation of microsatellite arrays) methodology, allowed us to select several microsatellite loci, useful for populational approaches. Primers flanking such regions were designed and it was verified that one locus, called Pp02 was polymorphic and it is present in Pomacanthus and Holacanthus representatives. The populational analyses of the locus Pp02 in P. paru revealed significant values of Fst and genetic differentiation, in agreement with population structure hypothesis. These data, described for the first time, are useful for the conservation management of such exploited animals and for the inferences of dispersal and populational composition of reef species from the Brazilian Province. / A costa brasileira apresenta cerca de 8.000 Km de extensão. Ao longo do litoral, diversos ecossistemas marinhos podem ser encontrados e determinam uma ictiofauna rica tanto em diversidade quanto quantidade de espécies. Os ambientes recifais são caracterizados como os maiores responsáveis por tal abundância. Paradoxalmente, estudos genéticos que procurem caracterizar as muitas de suas espécies e populações são praticamente ausentes no Brasil. Com base nessas premissas, esse trabalho teve como objetivos básicos analisar a estrutura populacional e a relação entre espécies de peixes marinhos em uma família de Perciformes comum nos recifes e importante para aquariofilia Pomacanthidae. As espécies selecionadas foram Centropyge aurantonotus, Holacanthus ciliaris, H. tricolor, Pomacanthus arcuatus e P. paru, com ocorrência ao longo de quase todo o litoral do Brasil, além de uma espécie adicional da família Chaetodontidae, intimamente relacionada com a enfocada nesse trabalho - Chaetodon striatus. Para tal, marcadores moleculares a partir da análise do DNA genômico por RAPD e microssatélites foram adotados. Os resultados obtidos com as análises por RAPD, a partir de um conjunto de primers, indicam que as espécies dessas famílias apresentam alta variabilidade genética, com diferenças interespecíficas e interpopulacionais. Marcas específicas foram detectadas em todas as espécies, úteis para a identificação e estabelecimento das relações filogenéticas das espécies. O dendrograma obtido permitiu distinguir cada espécie, revelando que aquelas do mesmo gênero estão intimamente relacionadas. Embora os valores de fluxo gênico e de identidade genética tenham sido relativamente altos nas comparações interpopulacionais, indícios de estruturação ao longo da Província do Brasil foram detectados, particularmente se considerarmos os valores de &#966;s t. As espécies mais conspícuas ao longo do litoral, formando populações de distribuição mais ampla, foram as que apresentaram maior similaridade genética entre as regiões. Animais de isolados oceânicos não se mostraram tão diferenciados de populações costeiras, mas apresentaram variabilidade reduzida. A prospecção de microssatélites nas espécies P. paru e H. ciliaris, pelo método PIMA (PCR isolation of microssatelite arrays) permi tiu a seleção de alguns locos microssatélites, informativos para abordagens populacionais. Os primers das regiões flanqueadoras desses locos foram desenhados e foi verificado que um deles, denominado Pp02, é polimórfico e está presente nas espécies de Pomacanthus e Holacanthus. A análise populacional desse loco em P. paru revelou índices significativos de Fst e de diferenciação genética, condizentes com estruturação populacional. Esses dados, até então inéditos, são importantes para o manejo de conservação desses animais comercialmente explorados e permitem inferir padrões de dispersão e composição populacional das espécies recifais da Província Brasileira.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2692.pdf: 5081574 bytes, checksum: 0403cbfc056a6ef26ddbae9e26772bec (MD5) Previous issue date: 2009-07-01 / Universidade Federal de Minas Gerais / The Tribe Euglossini consists of relatively large bees, with metallic skin and bright color. Their extremely long tong enables them to use nectar resources that are inaccessible to other bees. Equipped with high capacity of dispersal, they are able to survive in disturbed environments, and compose even 25% of bees diversity in some forests. As important pollinators of many Angiosperms, especially Orchidaceae, they are fundamental to maintaining the stability of plant communities. Some species of the tribe are abundant in cities, in particular, Euglossa cordata. The genetic variability of five urban populations of this species was estimated by López-Uribe (2006) in adults caught while they were collecting nectar in flowers of Thevetia peruviana. The lack of structure found from nuclear loci (allozymes) and significant population structure for the 16S mitochondrial region are evidences that males and females showed different patterns of dispersion, where females are philopatrics while males are dispersers. To corroborate this hypothesis, this study aimed to determine the genetic structure of populations of E. cordata collected in flowers of T. peruviana in cities along a north/south transect of the State of São Paulo using mitochondrial and nuclear genetic data. The genetic differentiation found in the examined 12 populations was significant for the data sequence of mitochondrial cytb region (Fst=0.15; P<0.05), unlike observed for nine microsatellite loci (Fst=0.008; P>0.05). Allozymes loci were analyzed with the primary purpose of checking the individuals species; most polymorphisms showed that the populations are homogeneous, similar to the microsatellite data. Thus, our data from nuclear genes strongly suggest that there is no evidence of population structure in E. cordata, whereas mitochondrial data suggest structured population and that geographical proximity influence the events of colonization. Our results indicate that dispersal and colonization in E. cordata are characteristic attributes of males and females, respectively. / A tribo Euglossini é constituída por abelhas relativamente grandes, que possuem tegumento metálico, de coloração brilhante. Sua língua é extremamente longa, o que possibilita utilizar recursos de néctar inacessíveis a outras abelhas. Dotadas de alta capacidade de dispersão, são capazes de sobreviver em ambientes perturbados, além de constituírem até 25% da diversidade de abelhas em algumas matas. São importantes polinizadores de diversas Angiospermas, especialmente de Orchidaceae, sendo fundamentais para a manutenção da estabilidade das comunidades vegetais onde se encontram. Algumas espécies da tribo são abundantes nas cidades, em particular, Euglossa cordata. A variabilidade genética de cinco populações urbanas desta espécie foi estimada por López-Uribe (2006) em adultos coletados em flores de Thevetia peruviana durante a coleta de néctar. A ausência de estruturação verificada a partir de locos nucleares alozímicos e a significativa estruturação populacional para a região 16S mitocondrial indicavam que machos e fêmeas apresentavam padrão de dispersão distinto, em que as fêmeas eram filopátricas, enquanto os machos eram os dispersores. Para corroborar esta hipótese, este trabalho teve como objetivo determinar por meio de marcadores genéticos mitocondriais e nucleares a estrutura genética de populações de E. cordata coletadas em flores de T. peruviana em cidades ao longo de um transecto norte/sul do Estado de São Paulo. A diferenciação genética encontrada para 12 populações analisadas foi significativa para os dados de seqüência da região mitocondrial cytb (Fst=0,15; P<0,05), ao contrário do observado para nove locos microssatélites (Fst=0,008; P>0,05). Locos alozímicos também foram analisados, com o intuito principal de verificar a espécie dos indivíduos; a maioria dos polimorfismos demonstraram que as populações são homogêneas, semelhantemente aos dados de microssatélites. Assim, nossos dados de genes nucleares indicam fortemente que não há indícios de estruturação populacional em E. cordata, enquanto que os dados mitocondriais parecem indicar estruturação populacional e que a proximidade geográfica influencia os eventos de colonização. Neste sentido, os dados indicam que dispersão e colonização em E. cordata são atributos característicos de machos e fêmeas, respectivamente.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2827.pdf: 904817 bytes, checksum: cbde040392a5d96f81eb30ab1ff1ce1c (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Atlantic forest is reduced to less than 8% of its original extent, but still has one of the greatest diversity and endemism rates observed in the Neotropical forests. Therefore, this biome can be internationally considered an hotspot for conservation priority. Several taxa are threatened by the intense habitat fragmentation, particularly, some understory species of birds have a reduced ability of permanence in degraded places. Studies on the species Dendrocincla turdina demonstrate that it possesses sensitivity to local intense edge effects and it could even disappear at depleted environments. This lowers tolerance may be due to its high ecological specialization. We can verify the impacts of environmental degradation on the species through analysis of genetic diversity, which is made using molecular markers. A quite useful molecular marker for population studies are the microsatellites, however, some species have none described, preventing such analysis to be performed. Our aim was to identify and to characterize microsatellite loci for D. turdina and to analyze the genetic variability of a population of this species from an Atlantic Forest area in the Sao Paulo State, in order to contribute to the conservation of this species. It were identified and characterized nineteen microsatellite loci, of which 11 showed polymorphism for the studied population. So far there was not any described loci for the species The number of alleles for polymorphic loci ranged from 2 to 16. Only one locus (Dft12) presented deviations of Hardy-Weinberg equilibrium, possibly due to the presence of null alleles. No pair of loci was in linkage disequilibrium. The genetic diversity varied from 0.08 to 0.91 and the observed heterozygosity from 0.07 to 0.80. The inbreeding coefficient for the population did not differ significantly from zero. The software Bottleneck indicated a possible occurrence of population bottleneck. The sex ratio was the expected 1:1. The described microsatellites amplified with success in other two species of the family Dendrocolaptidae (Xyphorhynchus fuscus and Sittasomus griseicapillus), indicating its potential use for population analysis of related taxa. The study produced valuable genetic tools for studies that seek to understand the diversity and genetic structure of the species D. turdina and possibly related groups. The analysis of the molecular biodiversity of species in habitats critically endangered, as the Atlantic forest, may be useful for conservation plans and management, aiding in the recognition and characterization of areas with larger genetic resources, in order to preserve the largest possible variability. / A Mata Atlântica está reduzida a menos de 8% de sua extensão original, ainda assim, possui uma das maiores diversidades e taxas de endemismos observadas em florestas neotropicais. Portanto, este bioma é considerado um local prioritário para conservação internacionalmente. Diversos táxons são ameaçados pela intensa fragmentação de hábitat, particularmente, algumas espécies de aves de sub-bosque têm uma capacidade reduzida de permanência em locais degradados. Estudos com a espécie Dendrocincla turdina demonstram que possui sensibilidade a locais com intenso efeito de borda, podendo até mesmo desaparecer de ambientes muito impactados. Esta baixa tolerância pode ocorrer devido à sua alta especialização ecológica. Podemos verificar os impactos da degradação ambiental sobre as espécies por meio de análises de sua diversidade genética, para isso é necessário fazer uso de marcadores moleculares. Um marcador molecular bastante útil para estudos populacionais são os microssatélites, no entanto, algumas espécies não possuem nenhum loco descrito, impedindo que tal análise seja realizada. Nosso objetivo foi identificar e caracterizar locos de microssatélites para a espécie D. turdina e analisar a variabilidade genética de uma população da espécie em uma área de Mata Atlântica do Estado de São Paulo, de modo a contribuir com a conservação dessa espécie. Foram identificados e caracterizados dezenove locos de microssatélites, dos quais 11 apresentaramse polimórficos para a população estudada. Até o momento não havia nenhum loco descrito para a espécie. O número de alelos para os locos polimórficos variou de 2 a 16. Apenas um loco (Dft12) apresentou desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg, possivelmente devido à presença de alelos nulos. Nenhum loco estava em desequilíbrio de ligação. A diversidade gênica variou de 0,08 a 0,91 e a heterozigosidade observada de 0,07 a 0,80. O coeficiente de endocruzamento para a população não diferiu significativamente de zero. O programa Bottleneck indicou uma possível ocorrência de gargalo populacional. A razão sexual foi a esperada de 1:1. Os microssatélites descritos amplificaram com sucesso em outras duas espécies da família Dendrocolaptidae (Xiphorhynchus fuscus e Sittasomus griseicapillus), indicando sua possível utilização para análises populacionais de grupos taxonômicos relacionados. O estudo produziu ferramentas genéticas importantes para trabalhos que visem compreender a diversidade e estrutura genética da espécie D. turdina e possivelmente de grupos próximos. A análise da biodiversidade molecular de espécies em hábitats criticamente ameaçados, como a Mata Atlântica, podem ser úteis para planos de conservação e manejo, auxiliando no reconhecimento e caracterização de áreas com maiores recursos genéticos, de modo a preservar a maior variabilidade possível.

Submitted by RONALD RIBEIRO ALVES null (ronald.ribeiro@yahoo.com.br) on 2018-03-12T13:16:31Z No. of bitstreams: 1 tese ronald final.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-03-14T13:23:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 alves_rr_dr_bot.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-14T13:23:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alves_rr_dr_bot.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os processos migratórios realizados por diferentes espécies animais com finalidades tróficas ou reprodutivas tem despertado grande interesse por parte dos pesquisadores há várias décadas. Entre as espécies de grande importância nestes ambientes, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) se caracteriza como um peixe migrador de ampla distribuição em território brasileiro, principalmente na bacia do Prata, constituída pelos rios Paraná, Paraguai e Uruguai, onde pode atingir grande tamanho. Assim, estudos que visam proporcionar melhores condições de manejo e sua conservação são muito importantes. Neste contexto, as alterações antropogênicas que afetam a espécie S. brasiliensis e a falta de informação que dificultam estratégias eficazes de manejo e conservação, o presente estudo teve como objetivo investigar a variabilidade genética e a estrutura genética das populações migratórias e residentes de S. brasiliensis da bacia do Rio Mogi Guaçu, a partir de amostragem realizada no período de 2008, 2009, 2010 e 2015, tendo como ferramenta a aplicação de técnicas de genética molecular. Os resultados obtidos indicaram altos níveis de variabilidade genética em todos os grupos amostrados, sendo que a heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,59 a 0,67 e a heterozigosidade esperada (He) variou de 0,70 a 0,74. A Análise da Variância Molecular (AMOVA) revelou baixa estruturação genética em todos os grupos (FST = 0,0072), nas quais a maior fonte de variabilidade genética foi verificada entre os indivíduos (85,98%). No entanto, a análise de FST em pares mostrou diferenças sutis na variabilidade genética, uma vez que foi verificada uma variação de FST = 0,025; p <0,05 entre os grupos residentes (2008/2015) e de FST = 0,026; p <0,05 entre os grupos migratórios (2009/2010) e o grupo residente (2015). Embora os estoques analisados desta espécie apresentem altos níveis de variabilidade genética, por conta do número de alelos, não pode ser descartada a possibilidade de que mudanças ambientais possam afetar essa variabilidade genética existente. Assim, a possibilidade de uma redução populacional não pode ser excluída devido à perda de alelos e ao aumento da pressão seletiva, em decorrência da instalação de novos projetos nestes ambientes e caso venham a interferir negativamente na dinâmica reprodutiva da espécie, poderá ocorrer a perda do fluxo gênico, com consequente aumento da endogamia, fatores que são prejudiciais ao equilíbrio genético populacional. Neste sentido, considera-se que estudos aprofundados e continuados sobre a estrutura e a dinâmica das populações desta espécie são necessários neste ambiente, visando adicionar informações que possam estimar e prever condições para sua sustentação, podendo, do mesmo modo, contribuir, assim, para a conservação de outras espécies de peixes deste ecossistema. / The migratory processes carried out by different animal species for trophic or reproductive purposes have aroused great interest on the part of researchers for several decades. Among the species of great importance in these environments, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) is characterized as a migratory fish of wide distribution in Brazilian territory, mainly in the Prata basin, constituted by the rivers Paraná, Paraguay and Uruguay, where it can reach large size. Thus, studies aimed at providing better management conditions and its conservation is important and well received. In this context, considering the anthropogenic changes that affect the S. brasiliensis species and the lack of information that allow effective management and conservation strategies, this study aimed to investigate the genetic variability and genetic structure of the migratory and resident populations of S. brasiliensis from the Mogi Guaçu River basin, based on sampling carried out from 2008 to 2015 using as a tool the application of molecular genetic techniques. The results indicated high levels of genetic variability in all the sampled groups and the observed heterozygosity (Ho) varied from 0.59 to 0.67 while the expected heterozygosity (He) ranged from 0.70 to 0.74. Molecular Variance Analysis (AMOVA) revealed low genetic structure in all groups analyzed (FST = 0.0072), in which the greatest source of genetic variability was observed in comparisons among individuals (85.98%). However, the analysis of FST in pairs showed subtle differences in genetic variability, since it was found a variation of FST = 0.025; P <0.05 between the resident groups (2008/2015), and of FST = 0.026; P <0.05 between the migratory groups (2009/2010) and the resident group (2015). Although the analyzed stocks of this species showed high levels of genetic variability, the possibility that environmental changes can affect this genetic variability cannot be ruled out. Thus, the possibility of a population reduction cannot be excluded due to loss of alleles and selective pressure increase, due to the installation of new projects in these environments. These facts certainly will negatively interfere in the reproductive dynamics of the species, gene flow, with a consequent increase in inbreeding, factors that are detrimental to the population genetic balance. In this sense, it is considered that in-depth and continuous studies on the structure and dynamics of the populations of this species are necessary in this environment, aiming at adding information that can estimate and predict conditions for being able its sustentation, and in the same way contributing to the conservation of other species in the ecosystem.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 831305 bytes, checksum: 7de0dccf59e4128a858ec0de24b05804 (MD5) Previous issue date: 2009-08-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is a crop of great nutritional, economical and social importance. Breeding programs use molecular markers as important auxiliary tools for various types of genetic studies. Different classes of molecular markers have been developed, and among them microsatellites highlight. Microsatellites are DNA simple sequence repeats (SSR) distributed in tandem along the genome, forming highly variable polymorphic sites, enabling their use as molecular markers. SSRs are codominant, multiallelic, and thus can be used in several types of studies, mainly for genetic mapping. Primers flanking microsatellite sequences are commonly developed from genomic libraries, enriched genomic libraries, sequences obtained from databases and, alternatively, from internal simple sequence repeats (ISSR-PCR). Common bean breeding molecular geneticists have developed SSR markers for mapping specific traits of interest. However, a saturated consensus genetic map for common bean has not been established so far that can be used as a reference for the development of specific maps. Therefore, the BIOAGRO/UFV common bean breeding program developed a population of recombinant inbred lines (RILs) which is suggested to be used to integrate, in one single map, all microsatellite markers that have been developed so far. However, to saturate the map, there must be a great number of markers available. The objective of the present study was to develop and validate primers that amplify microsatellites sequences obtained from enriched genomic libraries and from ISSR sequences. In the first case, two enrichedgenomic libraries for microsatellite sequences, that had been developed in a previous study, were used. In the present study, 207 clones were selected from these two genomic libraries. One hundred and ninety six of these clones (94.68%) were sequenced and 184 (88.89%) of them could be analyzed, 133 clones from library 1 and 51 from library 2. Forty eight redundant clones (26.09%) were detected. Clone analysis led to the identification of 66 (49.62%) microsatellite motifs in library 1 and 20 (39.22%) in library 2, and 56 primer pairs were designed. From the 56 primer pairs developed, 34 were characterized andtested in 20 Mesoamerican and Andean genotypes, including AND277 and Rudá. All the primer pairs were able to generate PCR products and six (17.65%) generated polymorphic DNA bands among the tested genotypes. In the ISSR enrichment methodology, 250 clones were seleted with sizes over 400 bp. From these 250 clones, 168 (67.2%) were sequenced and 103 (41.2%) could be analyzed. Thirty redundant clones (29.13%) were detected. Clone analyses led to the identification of 58 microsatellite motifs (56.31%) and 32 primer pairs were developed. Out of these, 10 were characterized and tested in the same genotypes used in the previous methodology. Out of the 10 primer pairs tested, six were identified as codominant markers and the other four as dominant. The codominant markers revealed no polymorphisms among the tested genotypes. Additionally, microsatellite containing sequences obtained from both methodologies were submitted to BLAST analysis against sequences deposited in public databases. Similarity was identified between the SSR sequences and transcribed and non-transcribed regions, from nuclear, mitochondrial and chloroplast genomes, and also with retrotransposon sequences. Both methodologies were effective for selecting, in common bean, sequences that contain microsatellites. The results obtained represent an initial effort to select molecular markers that will be mapped in the future RIL's consensus population, contributing for the construction of a satured genetic map for the species. In addition, these primers can be used in different types of genetic studies which are important for common bean breeding programs that use molecular markers. / O feijão-comum (Phaseolus vulgaris L.) é uma cultura de destacada importância nutricional, econômica e social. Programas de melhoramento genético do feijoeiro têm utilizado marcadores moleculares como importantes ferramentas auxiliares em diversos tipos de estudos genéticos. Diferentes classes de marcadores têm sido desenvolvidas, dentre as quais se destacam os microssatélites. Os microssatélites (SSR) são seqüências simples repetidas de DNA, que se repetem em tandem ao longo do genoma, formando sítios altamente polimórficos, o que possibilita o seu uso como marcas moleculares. Como marcadores, são codominantes, multialélicos, e aplicáveis em diversos tipos de estudos, principalmente no mapeamento genético. Primers que flanqueiam sequências SSR geralmente são desenhados a partir da construção de bibliotecas genômicas, bibliotecas genômicas enriquecidas, sequências depositadas em bancos de dados e, alternativamente, a partir de seqüências internas simples repetidas (ISSR). Geneticistas moleculares têm desenvolvido marcadores SSR com o intuito de mapear genes que codificam determinadas características de interesse. Entretanto, não existe um mapa consenso saturado para o feijão que sirva como referência para auxiliar na construção de mapas específicos. Nesta perspectiva, o Programa de Melhoramento Genético do Feijoeiro do BIOAGRO/UFV desenvolveu uma população de RIL s que poderá ser usada para integrar, em um único mapa, todos os marcadores SSR já desenvolvidos. No entanto, para a saturação do mapa, há necessidade de um grande número de marcadores. O presente trabalho teve o objetivo de desenvolver e validar primers que amplifiquem regiões contendo microssatélites a partir da metodologia da construção de bibliotecas genômicas enriquecidas e a partir de ISSR. Na primeira metodologia, em trabalho anterior, foram construídas duas bibliotecas genômicas enriquecidas para seqüências SSR. No presente trabalho, a partir das bibliotecas genômicas desenvolvidas, foram selecionados 207 clones contendo insertos de tamanho desejado. Destes, foram seqüenciados 196 (94,68%), dos quais 184 (88,89%) puderam ser analisados, sendo 133 clones da biblioteca 1 e 51 da biblioteca 2. Foram detectados 48 (26,09%) clones redundantes. A análise dos clones permitiu identificar 66 (49,62%) motivos SSR na biblioteca 1 e 20 (39,22%) na biblioteca 2, a partir dos quais foram desenhados 56 pares de primers. Destes, 34 tiveram suas condições de amplificação otimizadas e padronizadas e foram testados quanto ao polismorfismo detectado entre 20 genótipos andinos e mesoamericanos, incluindo os genitores AND277 e Rudá. Todos os primers geraram produtos de amplificação e seis (17,65%) amplificaram produtos polimórficos entre os genótipos testados. Em relação à metodologia de enriquecimento por ISSR-PCR foram selecionados 250 clones contendo insertos com tamanho desejado, obtidos a partir da amplificação por ISSRPCR, clonagem dos fragmentos e transformação de células competentes. Dos 250 clones, 168 (67,2%) foram sequenciados e 103 (41,2%) puderam ser analisados. Foram detectados 30 clones redundantes (29,13%). A análise das sequências permitiu identificar 58 motivos microssatélites (56,31%) e foi possível o desenho de 32 pares de primers. Destes, 10 tiveram suas condições de amplificação padronizadas e foram analisados quanto ao polimorfismo detectado entre os mesmos 20 genótipos andinos e mesoamericanos utilizados na metodologia de bibliotecas genômicas enriquecidas. Dos 10 pares de primers testados, seis comportaram-se como marcadores codominantes e quatro como dominantes. Dos codominantes nenhum mostrou-se polimórfico dentre os genótipos testados. Adicionalmente, as sequências contendo motivos microssatélites, obtidas a partir das duas metodologias utilizadas, foram submetidas à busca por similaridade com sequências já caracterizadas em bancos públicos de sequências. Foi identificada similaridade com regiões transcritas e não traduzidas, e com regiões codificadoras de proteínas, a partir do genoma nuclear, mitocondrial e do cloroplasto, e também a partir de sequências advindas de retrotransposons. As duas metodologias utilizadas foram eficazes para a seleção, no feijoeiro, de seqüências contendo microssatélites. Estes resultados representam um primeiro esforço no sentido de selecionar marcadores moleculares que serão futuramente mapeados na população consenso de RILs, além de fornecer marcadores que poderão ser usados nos mais variados tipos de estudos genéticos, contribuindo de fundamental maneira para o aprimoramento dos programas de melhoramento do feijoeiro comum que utilizam marcadores moleculares.

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:15Z : No. of bitstreams: 1 000868518.pdf: 4362952 bytes, checksum: f8782956d423a313439c04aba289df01 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)