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Análise de marcadores moleculares em roedores sul americanos tuco-tucos (CTENOMYIDAE: RODENTIA) do centro-oeste e do norte do Brasil

Leipnitz, Leonardo Trindade January 2016 (has links)
A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.
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Análise de marcadores moleculares em roedores sul americanos tuco-tucos (CTENOMYIDAE: RODENTIA) do centro-oeste e do norte do Brasil

Leipnitz, Leonardo Trindade January 2016 (has links)
A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.
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Estabelecimento de relações evolutivas do grupo willistoni de Drosophila (Diptera, Drosophilidae) por meio de morfologia e marcadores moleculares combinados

Zanini, Rebeca January 2015 (has links)
O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.
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Estabelecimento de relações evolutivas do grupo willistoni de Drosophila (Diptera, Drosophilidae) por meio de morfologia e marcadores moleculares combinados

Zanini, Rebeca January 2015 (has links)
O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.
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Análise de marcadores moleculares em roedores sul americanos tuco-tucos (CTENOMYIDAE: RODENTIA) do centro-oeste e do norte do Brasil

Leipnitz, Leonardo Trindade January 2016 (has links)
A Ordem Rodentia é considerada a mais diversa entre os mamíferos, compreendendo cerca de 2.277 espécies descritas, distribuídas em 34 famílias. Roedores subterrâneos têm representantes distribuídos em todos os continentes, à exceção da Oceania e da Antártida. Na América do Sul, são representados pela família Ctenomyidae e seu único gênero, Ctenomys, o mais diverso entre os roedores subterrâneos, com cerca de 60 espécies descritas. Ctenomídeos são territorialistas, em geral solitários, e dependentes de um sistema de galerias para sobrevivência, deixando esses sistemas apenas para buscar alimento, procurar parceiro para reprodução ou para migração. Tais características refletem na estruturação genética entre populações, que podem ser divididas em subpopulações, ou demes. Neste estudo foram analisados 91 indivíduos de Ctenomys, distribuídos em nove populações localizadas nos estados do Mato Grosso populações PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) e NM (Nova Mutum) e de Rondônia; PB (Pimenta Bueno), para quatro loci de DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites, de modo a inferir padrões estruturação genética ancestral e atual para as populações conhecidas, posicionando-as numa filogenia expandida para o gênero Ctenomys. Análises dos marcadores mitocondriais revelam estruturação genética ancestral entre a maioria dos pares populacionais, à exceção de populações geograficamente próximas, para alguns marcadores; filogenias interpopulacionais formam dois grandes clados, o Norte populações NO, NU1, NU2 e FN e o Sul populações PL, CA e SP. PB e NM compartilham ancestral comum mais recente para alguns dos loci mitocondriais, mas variam de posição nas filogenias, não constituindo um clado. Na filogenia interespecífica, as populações de estudo constituem as espécies mais derivadas do grupo boliviensis, sendo um grupo monofilético, que compartilha ancestral comum mais recente com o grupo de espécies do oeste e sudoeste da Bolívia, norte do Chile e norte da Argentina (grupo opimus). Análises com microssatélites encontram estruturação genética atual entre todos os pares de populações do Clado Norte e do Clado Sul, mesmo entre populações geograficamente próximas. O padrão de estruturação genética encontrado não pode ser explicado apenas pela disposição geográfica das populações, sendo propostas algumas barreiras geográficas, que, em conjunto com o acúmulo aleatório de mutações nas sequências de DNA dos marcadores analisados, possam explicar o padrão de estruturação genética observado. Análises acessórias às análises com marcadores moleculares, como identificação do padrão cariotípico e da morfologia craniana de cada indivíduo, são necessárias para confirmar o número de espécies presentes na área de estudo, que são estimadas em, no mínimo três, com base nas análises moleculares conduzidas neste estudo e em estudos anteriores, e conhecimento prévio do padrão cariotípico e da morfologia craniana de algumas populações. / The Order Rodentia is considered to be the most diverse among mammals, comprising approximately 2,277 known species, sorted among 34 families. Subterranean rodents are distributed in all continents, except for Oceania and Antartida. In South America they are represented by the Family Ctenomyidae and its single genus, Ctenomys, the most diverse genus of subterranean rodents, comprising approximately 60 known species. Individuals of the genus Ctenomys are generally solitary, territorialist, and rely upon a system of galleries to survive, emerging only to secure food, mate, or migrate. Such characteristics result in genetic structuring among populations, which can be subdivided in subpopulations or demes. 91 individuals from nine populations from the states of Mato Grosso PL (Pontes e Lacerda), CA (Cáceres), SP (Sapezal), NO (Nova Olímpia), NU1 (Nova Ubiratã 1), NU2 (Nova Ubiratã 2), FN (Feliz Natal) and NM (Nova Mutum) populations and Rondônia PB (Pimenta Bueno) population were amplified for four mitochondrial DNA loci, and 14 microsatellite loci, allowing the inference of patterns of ancestral and present genetic structure for the known populations, and positioning them in an expanded phylogeny for the genus Ctenomys. Mitochondrial markers reveal genetic structure between most pairs of population comparisons, except for geographically close populations, given the marker. Population level phylogenies structure populations into two major clades, the Northern Clade NO, NU1, NU2 and FN populations and the Southern Clade PL, CA and SP populations. The PB and NM populations share their most recent common ancestor depending on the locus being analyzed, but do not occupy a fixed position in the phylogenies neither comprise a clade of their own. A species level phylogeny considers the study populations to be the most recently diverged populations among the boliviensis group, a monophyletic group of species, and share their most recent common ancestor with the opimus group, which comprise species distributed in West and Southwest Bolivia, Northern Chile and Northern Argentina. Microsatellite analysis of present population structure reveal genetic structuring between all pairs of populations from the Southern and Northern clades. Overall patterns of genetic structuring cannot be resolved by the geographic distance between populations, and so geographic barriers have to be proposed in order to explain the patterns of genetic structure observed, complementing the random accumulation of mutations in diverging DNA sequences of neutrally evolving molecular markers. Analysis which are complementary to molecular analysis, such as karyotype and skull morphometry analysis, are required to confirm the number of species present at the study area, which is estimated at at least three species and previous knowledge of karyotype and skull morphometry patterns available for some of the populations.
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Estabelecimento de relações evolutivas do grupo willistoni de Drosophila (Diptera, Drosophilidae) por meio de morfologia e marcadores moleculares combinados

Zanini, Rebeca January 2015 (has links)
O grupo willistoni de Drosophila tem origem e distribuição essencialmente Neotropical. A primeira descrição de espécies desse grupo data do final do século 19, sendo a mais recente nova espécie adicionada ao grupo em 2013. Dessa forma, apesar de uma longa trajetória de estudos, muito ainda precisa ser acrescentado acerca da diversidade e evolução das espécies desse grupo, que é o principal objetivo da presente Tese. Assim, revisamos os registros de distribuição geográfica das espécies dos subgrupos willistoni, bocainensis e alagitans, e reforçamos a D. willistoni como a de distribuição mais ampla do grupo. As lacunas quanto à distribuição das espécies do grupo, parecem ser devidas mais a escassez de estudos do que à ausência de espécies. A caracterização ultraestrutural dos estágios pré-adultos de espécies do grupo willistoni, mostrou que, com exceção da forma dos filamentos respiratórios dos ovos, que são variáveis, todas as outras estruturas apresentam-se de forma similar, tanto dentro quanto entre as espécies analisadas. Quanto à análise de estruturas morfológicas dos adultos das espécies crípticas do subgrupo willistoni, foram observadas diferenças essencialmente na genitália masculina. Essas diferenças permitem a diferenciação ou identificação de espécies, até mesmo daquelas entidades pertencentes ao cluster da D. paulistorum. As nossas análises filogenéticas combinando marcadores morfológicos e moleculares, sugerem a origem evolutiva do subgrupo no Mioceno, a partir da espécie D. insularis. D. paulistorum começou a divergir há cerca um milhão de anos, e parece estar ainda em processo de especiação. Tal sugestão tem respaldo na similaridade aqui observada com diferentes marcadores dentro do grande conjunto de espécies, incluindo as espécies incipientes da D. paulistorum. / The willistoni group of Drosophila has a distribution that is essentially Neotropical, as is its origin. The first species description of this group dates from the later 19th century, with the latest dating from 2013. Thus, even after many studies, a lot of information is still lacking about the diversity and evolution of the species in this group, a situation this work aims to improve. With that said, we revised the geographical distribution records for the species in the subgroups willistoni, bocainensis and alagitans, and reaffirmed D. willistoni as the one with the widest distribution within this group. Gaps in the distribution information, seems to be more due to lack of research than due to a lack of species. The ultrastructural characterization of the pre-adult stages of the willistoni group showed that, with the exception of the shape of the egg’s respiratory filaments, which are variable, all other structures have a similar shape, either within or between the analyzed species. As for the the analisys of morphological structures in adults of the cryptic species in the subgroup wlillistoni, the differences were limited to the male genitalia. Those differences allowed us to differentiate or identify species, even those belonging to the D. paulistorum cluster. Our phylogenetic analyses, combining both morphologic and molecular markers, suggest an origin during the Miocene, from D. insularis. D. paulistorum started diverging around 1Mya, and it seems to be an ongoing process. This suggestion is backed by the similarities hereby observed with different markers within a big group of species, including the early D. paulistorum species.
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Genética aplicado no estudo da cadeia produtiva de Serrasalmídeos : identificação de espécies e híbridos comercializados /

Martins, Diego Galetti January 2017 (has links)
Orientador: Fábio Porto Foresti / Resumo: O consumo per capta de proteína animal vem crescendo de forma significativa no Brasil e no mundo. Dentre as distintas fontes para este recurso, o pescado destaca-se como a mais comercializada mundialmente, com 167.2 milhões de toneladas produzidas em 2014. No Brasil, atualmente, a maior parcela do comércio de espécies de peixes continentais é proveniente de pisciculturas, tendo como prática comum a hibridação interespecífica. Dentre as espécies nativas mais utilizadas para os cruzamentos interespecíficos em cultivos brasileiros estão: Colossoma macropomum (tambaqui), Piaractus mesopotamicus (pacu) e Piaractus brachypomus (pirapitinga), que juntamente a seus híbridos recíprocos, corresponderam a 39,2% da produção aquícola brasileira em 2015, com 190 mil toneladas produzidas. Entretanto, devido à dificuldade de diferenciação morfológica em relação às espécies puras, híbridos podem ser erroneamente manejados, ocasionando problemas para a produção, comércio e ambiente. Dentro deste contexto, o presente estudo objetivou a identificação molecular de exemplares comercializados em uma das maiores feiras atacadistas da América Latina, a Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo (CEAGESP). O diagnóstico genético revelou que 75,9% das amostras analisadas não condiziam com a nomenclatura comercial utilizada durante a venda, havendo exemplares de diferentes linhagens híbridas na composição dos lotes. Além de presentes, os exemplares híbridos foram notados em altas frequência... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The per capita consumption of animal protein has been growing significantly in Brazil and in the world. Among the different sources for this resource, the fish stands out as the most commercialized in the world, with 167.2 million tons produced in 2014. In Brazil, currently the largest share of the trade in inland fish species comes from fish farms, with interspecific hybridization as a common practice. Among the native species most used for interspecific crosses in Brazilian crops are Colossoma macropomum (tambaqui), Piaractus mesopotamicus (pacu) e Piaractus brachypomus (pirapitinga), which together with their hybrids, corresponded to 39.2% of Brazilian aquaculture production in 2015, with 190 thousand tons produced. However, due to the difficulty of morphological differentiation in relation to the pure species, hybrids can be mistakenly handled, causing problems for production, trade and environment. In this context, the present study aimed the molecular identification of 364 specimens marketed in one of the largest wholesale fairs in Latin America, the Company of Warehouses and General Warehouses of São Paulo (CEAGESP). The genetic diagnosis revealed that 75.9% of the analyzed samples did not match the commercial nomenclature used during the sale, with different hybrid lines in the composition of the lots. Further existing, the hybrid specimens were noticed at high frequencies, with a correspondence of 51.6% of the samples with advanced hybrid individuals and 25.2% of F1 ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Uso de marcadores moleculares em amostras obtidas de punção aspirativa pré-operatória de tireoide: análise secundária de dados

Rodrigues, Homero Gustavo Correia January 2012 (has links)
p. 1-84 / Submitted by Antonio Geraldo Couto Barreto (ppgms@ufba.br) on 2013-10-17T13:12:11Z No. of bitstreams: 1 TESE - HOMERO.pdf: 1703002 bytes, checksum: 87018579eae4a454b306ec611b0e048a (MD5) / Approved for entry into archive by Flávia Ferreira (flaviaccf@yahoo.com.br) on 2013-10-30T18:35:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE - HOMERO.pdf: 1703002 bytes, checksum: 87018579eae4a454b306ec611b0e048a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-30T18:35:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE - HOMERO.pdf: 1703002 bytes, checksum: 87018579eae4a454b306ec611b0e048a (MD5) / A punção aspirativa por agulha fina (PAAF) se constitui no método mais importante para a avaliação das doenças nodulares da tireoide. Contudo, em alguns casos a amostra citológica obtida desse procedimento se revela insuficiente ou apresenta características que dificultam ou impedem a definição do caráter benigno ou maligno da lesão. Ao se estabelecer a dúvida, a conduta subsequente consiste na remoção cirúrgica da tireoide, em grande parte desnecessárias, porquanto exames posteriores revelam a condição benigna do nódulo. Assim, nos últimos anos, tem se buscado encontrar marcadores moleculares que elevem a acurácia diagnóstica da PAAF, particularmente para as lesões indeterminadas. O volume crescente de experimentos publicados sobre um ou diferentes tipos de marcadores passou a justificar a necessidade de se reunir, minimamente, essas informações, como forma de agregar evidências e nortear o desenvolvimento de pesquisas futuras. A partir de argumentos de busca e critérios previamente definidos, 95 artigos foram selecionados nos indexadores PUBMED, MEDLINE, SCOPUS e LILACS. Foram identificados 36 marcadores submetidos à análise em amostras de PAAF pré-operatória de tireoide, mas apenas 10 (Galectina-3, CK-19, HBME-1, TPO, CD44, Telomerase, DAP IV, RAS, RET e BRAF) foram avaliados em mais de dois estudos, seja em painel ou individualmente. Do conjunto de estudos foram obtidos os valores mínimos, máximos e médios da sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo, valor preditivo negativo e acurácia diagnóstica assim como foram identificadas as limitações e vantagens do uso de cada marcador. A mutação B-RAF, pela inquestionável especificidade, e a Galectina-3 pela regularidade de resultados médios, multiplicidade de localizações e multifuncionalidade no âmbito celular, foram percebidos como detentores das evidências mais expressivas no esforço para reduzir a incerteza diagnóstica em PAAF pré-operatória de tireoide. / Salvador
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Caracterização molecular de um antígeno de Paracoccidioides brasiliensis

Eduardo Silva Martins, Albert January 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6311_1.pdf: 2366152 bytes, checksum: f5adb8c408d8ad59c55286f77bfa694a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A Paracoccidioidomicose é uma importante causa de morbidade, levando à morte em alguns casos. Essa doença é provocada pelo fungo dimórfico Paracoccidioides brasiliensis e seu diagnóstico clínico é inespecífico. Recentemente, no nosso laboratório foi isolado e sequenciado um fragmento de DNA de 850pb obtido pela técnica de RAPD, presente em cepas de P. brasiliensis com morfologia típica, e virulentas quando inoculadas em camundongos, que não estava presente em cepas de morfologias atípicas não virulentas. O objetivo desse trabalho foi caracterizar este fragmento através da subclonagem em vetor de expressão pGEX e a produção da proteína recombinante cognata em hospedeiro heterólogo. A proteína expressa reagiu com soro de camundongo infectado com P.brasiliensis e a análise do BLASTx revelou homologia com um domínio de uma flavina-monoxigenase (Flavin-binding monooxygenase-like ou FMO) hipotética do fungo Neurospora crassa. A seqüência completa do DNA de ceja1 ainda precisa ser obtida e sequenciada para que seja, de fato, atribuída a esta seqüência a atividade de uma monooxigenase. Contudo, os resultados sugerem que as cepas de P. brasiliensis estocadas por longos períodos (2-3 décadas) sob uma camada de óleo na coleção de culturas de fungos do Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro tenham uma redução, se não abolição, na atividade das monooxigenases
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Determinação do polimorfismo de deltaccr5 e comparação com a distribuição de freqüências encontradas em indivíduos infectados pelo HIV-1 na população de Pernambuco

Karolina Vanderlei Macêdo, Ana January 2003 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6408_1.pdf: 500352 bytes, checksum: 85458507aeff558a6d3cea6b1fe0801a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Desde a descoberta de que a proteína CCR5 serve como co-receptor de superfície celular para o vírus HIV-1 em células CD4, o gene que codifica essa proteína tem sido tema central de estudos genéticos na patogênese da AIDS. Uma deleção de 32pb neste gene fornece uma proteção contra a infecção pelo HIV-1 em homozigotos para este alelo na transmissão sexual. Este trabalho tem como finalidade detectar e comparar as freqüências desta deleção nos indivíduos normais e infectados pelo vírus em Pernambuco. Para tanto, foram coletados sangue venoso de 251 indivíduos não aparentados de Pernambuco e de 260 indivíduos infectados pelo HIV-1 do Hospital Correia Picanço/PE. O DNA foi extraído por mini saltingout e digestão com proteinase K. A PCR foi realizada utilizando programa de amplificação e primers específicos. Os fragmentos amplificados foram submetidos a PAGE desnaturante a 7%, e coloração com AgNO3. A freqüência do alelo mutante ccr5Δ32 foi de 0,042 na amostra controle e na amostra de pacientes infectados. A amostra controle está em desequilíbrio de Hardy-Weinberg, com excesso de homozigotos para a deleção, sugerindo a ocorrência de seleção a favor dos homozigotos. Fora a ação de seleção natural, apenas o fluxo gênico explicaria este desequilíbrio. No entanto não há registros de migração recente de europeus para o Nordeste brasileiro. Não está descartada a possibilidade do desequilíbrio observado ter sido causado por outros fatores que não o HIV. Dos indivíduos infectados, 22 eram heterozigotos e nenhum era homozigoto para deleção

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