Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-05T19:01:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1450755 bytes, checksum: 7b05d5c67d98257fd3c5469f873df50a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T19:01:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1450755 bytes, checksum: 7b05d5c67d98257fd3c5469f873df50a (MD5) Previous issue date: 2004-03-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Uma população de 118 RILs (linhagens recombinantes endogâmicas) foi obtida por meio do cruzamento entre o acesso BARC-8 (com alto teor de proteína) e a variedade brasileira Garimpo (com teor de proteína normal). Na geração F 9 foram abertas linhas, que constituíram o material genético utilizado neste trabalho. Noventa e cinco dessas RILs, cultivadas em dois ambientes distintos: Viçosa, MG e São Gotardo, MG, foram analisadas para as seguintes características: teor de proteína total em sementes de soja, teor das proteínas de reserva 11S e 7S e de suas respectivas subunidades, e da relação proteína total menos proteínas de reserva (PT-(11S+7S)). Quase todas estas características apresentaram uma distribuição aproximadamente normal (P<0,01), com exceção de proteína total em Viçosa. As herdabilidades das características avaliadas foram altas nos dois locais, entretanto, na análise conjunta, as herdabilidades foram menores devido ao efeito da interação genótipo X ambiente. Amostras do DNA das 118 RILs foram amplificadas com primers microssatélites, RAPD e AFLP. Análise de associação de marcas simples, regressão múltipla e mapeamento por intervalo composto foram utilizados para detectar e mapear as regiões genômicas associadas com estas características. Foram encontrados QTLs associados ao conteúdo de proteína total (GL I, que explica 14,74% da variação desta característica), ao conteúdo da subunidade α (GL G e GL C2, que explicam em conjunto 28,83% da variação desta característica), ao conteúdo da subunidade β (GL G e dois no grupo K, que explicam em conjunto 32,62% da variação desta característica), ao conteúdo de PT-(11S+7S) (GL D1b, que explica 13,71% da variação desta característica) e ao conteúdo de 7S (GL G e GL E) que explicam em conjunto 21,86% da variação desta característica no experimento de Viçosa. No experimento de São Gotardo, foram encontrados QTLs associados ao conteúdo de proteína total (GL 3 e I, que explicam em conjunto 11,42% da variação desta característica), ao conteúdo da subunidade α’ (GL A2, que explica 10,64% da variação desta característica), ao conteúdo das subunidades ácidas (GL 3, que explica 12,06% da variação desta característica), ao conteúdo de PT-(11S+7S) (GL I, que explica 11,34% da variação desta característica) e ao conteúdo de 11S (dois QTLS em diferentes fragmentos do GL K) que explicam em conjunto 20,88% da variação desta característica. Os marcadores associados ao teor de proteína foram diferentes de um local para outro, o que indica interação entre o genótipo e o ambiente. O grupo de ligação I foi associado a QTLs para proteína total em Viçosa e em São Gotardo. Este fato sugere que os locos associados presentes neste grupo de ligação contêm regiões com genes que são expressos em diferentes ambientes. / A 118 soybean RILs (recombinant inbreed lines) population was obtained by crossing the BARC-8 access (cultivar with high protein content) and the Brazilian variety Garimpo (with normal protein content). Lines from the F 9 generation constituted the genetic material used in this work. Ninety-five RILs cultivated in two different environments, Viçosa - MG and São Gotardo - MG, were analyzed following the characteristics: total protein content, storage protein content 11S and 7S and their respective subunits and relation of total protein minus storage proteins (PT-(11S+7S)). Almost all these characteristics presented a distribution approximately normal (P<0,001), except total protein in Viçosa. The heritability values of the characteristics were high in both places, however in a combined analysis; the heritability values were lower due to the effect of genotype x environment interaction. DNA samples of the 118 RILs were amplified with microsatellite primers, RAPD and AFLP. Analysis of association of simple markers, multiple regression and composed interval mapping were used to detect and map the genomic regions associated with these traits. QTLs (quantitative trait loci) associated with total protein content were found in GL I, that explains 14,7 % of the variation of this characteristic, with content of the a subunit in GL G and GL C2, that together explain 28,83% of the variation of this characteristic, with content of the ß subunit in GLG and two in group K, that together explain 32,62 % of the variation of this characteristic, with PT-(11S+7S) in GL D1b, that explains 13,71 % of the variation of this characteristic, and with content of 7S in GL G and GL E that together explain 21,86 % of the variation of this characteristic in the experiment conducted in Viçosa. QTLs associated with total protein content were found in the experiment conducted in São Gotardo in GL 3 and GL I, that together explain 11,42% of the variation of this characteristic, with content of the a’ subunit in GL A2, that explain 10,64 % of the variation of this characteristic, with content of acid subunits in GL 2, that explain 12,06 % of the variation of this characteristic, with PT-(11S+7S) in GL I, that explain 11,34 % of the variation of this characteristic and with the 11S content two QLTs in different GLK fragments that explain 20,88 % of the variation of this characteristic. The markers associated with protein content varied in different environment, indicating genotype and environment interaction. The linkage group I was associated with QTLs to total protein in Viçosa and São Gotardo. This suggests that total protein content loci associated with this linkage group contain regions with genes that express in different environments. / Tese importada do Alexandria, autor sem CPF

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-08-13T04:12:34Z No. of bitstreams: 1 bianca_e_gama_ioc_bp_0042_2011.pdf: 1968573 bytes, checksum: 439595e4d28df18cd5a083cc9b3673ad (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-13T04:12:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 bianca_e_gama_ioc_bp_0042_2011.pdf: 1968573 bytes, checksum: 439595e4d28df18cd5a083cc9b3673ad (MD5) Previous issue date: 2011 / Instituto Nacional de Câncer. Centro de Transplantes de Medula Óssea. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A malária, doença infecciosa causada por parasitas do gênero Plasmodium, é um conhecido flagelo das populações humanas desde a antiguidade. Na falta de uma vacina, a política de controle baseia-se principalmente no diagnostico rápido e no tratamento dos casos. Devido ao impacto da quimiorresistência parasitária no controle, faz-se necessário o constante monitoramento da eficácia de drogas. Portanto, para contextualizar o Brasil no panorama mundial, nosso objetivo se constituiu em realizar um estudo descritivo sobre a ocorrência de mutações (SNPs) nos genes considerados marcadores moleculares associados à resistência como pfcrt, pfmdr1, pfdhfr, pfdhps e pvdhfr, assim como em genes potencialmente associados à quimiorresistência (pfatpase6 e pvmdr1) em isolados de P. falciparum e P. vivax coletados nas cidades Amazônicas de Porto Velho, Paragominas e Manaus. Para tal, utilizamos PCRs seguidas do sequenciamento de DNA. Ao investigarmos a ocorrência de mutações nos genes pfcrt, pfdhfr e pfdhps em amostras de P. falciparum provenientes de Porto Velho e Paragominas foi possível detectar 1 isolado apresentando um haplótipo ou perfil de sensibilidade CVMNK no gene pfcrt e ACNSVI no gene pfdhfr e, além disso, pudemos observar uma redução no numero de mutações no gene pfdhps, ao confrontarmos os nossos resultados com os de um estudo retrospectivo. Em relação ao P. vivax, a análise do gene pvdmr1 num conjunto de amostras provenientes de Paragominas revelou o predomínio de mutações no códon 976 do gene pvmdr1 (preliminarmente associado com a resistência à cloroquina) e a presença de haplótipos duplo-mutante FRTNI e triplo-mutante FRTNL para o gene pvdhfr. dando continuidade à caracterização de P. falciparum no Brasil, foi estabelecido um registro de base da ocorrência de mutações nos genes pfmdr1 e pfatpase6, em amostras procedentes de Porto Velho, Paragominas e Manaus. Tal análise permitiu a identificação de um haplótipo prevalente NEF/CDVY no pfmdr1, assim como identificação de mutantes em um único códon ou duplo-mutantes (630 e/ou 402) no caso do gene pfatpase6. também não foi encontrada a mutação 769N, associada com a diminuição da susceptibilidade ao arteméter. Concluímos que: (a) existem no Brasil popluações parasitárias de P. falcipoarum portando haplótipos sensíveis para o gene pfcrt e o pfdhfr; (b) a mutação no códon 976 no gene pfmdr1 pode não ser válida para o monitoramento da resistência à cloroquina em isolados brasileiros de P. vivax; (c) as populações de P. vivax avaliadas apresentaram mutações no gene pvdhfr, apesar de nunca ter sido instituído o tratamento com sulfadoxina-pirimetamina para malária vivax e; (d) as amostras de P. falciparum avaliadas não portavam todos os alelos do gene pfmdr1 associados a um potencial desenvolvimento de resistência à combinação arteméter-lumefantrina / Acknowledged as a febrile syndrome of human populat ions since ancient times, malaria is an infectious disease caused by parasites of the Plasmodium genus. In the absence of a reliable vaccine, the c ontrol policy is based mainly on diagnosis and case management. Since para site chemoresistance is a major factor hampering th e disease control, there is a need for drug efficacy surveillance. Therefore, to place Brazil into the w orld scenario, our goal was to conduct a descriptive study on the occurrence of mutations (SNPs) in genes acknowledge d as molecular markers to chemoresistance as pfcrt , pfmdr1 , pfdhfr , pfdhps and pvdhfr , as well as in genes potentially associated with chemoresistance ( pfatpase6 and pvmdr1 ) in isolates of P. falciparum and P. vivax collected in Porto Velho, Manaus and Paragominas ci ties in Brazilian Amazon. With this aim, we used PC R technique followed by DNA sequencing. The analysis of mutations in pfcrt , pfdhfr and pfdhps genes in P. falciparum samples from Porto Velho and Paragominas allowed us to detect a single isolate presenting a sensitivity profile CVMNK in the pfcrt gene and ACNCSVI in the pfdhfr gene. Additionally, we could observe a decrease in the mutations number for the pfdhps gene, when comparing our results with those from a retrospective study. Concerning P. vivax , the analysis from Paragominas samples revealed th e full predominance of mutations at codon 976 in the pvmdr1 gene (preliminarily associated with chloroquine resistance), and the presence of double-and triple- mutant haplotypes (FRTNI and FRTNL) for the pvdhfr gene. Lastly, to establish a genotypic baseline for pfmdr1 and pfatpase6 genes, P. falciparum isolates from Porto Velho, Manaus and Paragominas were also evaluated. This analysis allowed us to identify a major haplot ype NEF/CDVY in pfmdr1 gene, as well as to detect a single-mutant (in 630 or 402 codons) and double-mutant (in 630 and 402 codons) when pfatpase6 gene was surveyed. The 769N mutation, associated w ith decreased susceptibility to artemether, was not detected. We conclude that: (a) there exist P. falciparum populations presenting sensitive alleles for the gene pfcrt and pfdhfr in Brazil; (b) the 976 mutation in the pvmdr1 gene may not be valuable for monitoring chloroquine resistan ce in Brazilian P. vivax isolates; (c) P. vivax populations herein investigated presented mutations in the pvdhfr gene, although sulphadoxine-pyrimethamine therapy has never been preconized for malaria vivax and; (d ) the P. falciparum samples analyzed did not carry all alleles in the pfmdr1 gene that were associated with a potential develop ment of resistance to artemether- lumefantrine

Made available in DSpace on 2014-12-05T18:41:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) mariana_boite_ioc_dout_2014.pdf: 6966313 bytes, checksum: b0fff886f9cae412d6b89bbb9cedb343 (MD5) Previous issue date: 2014-11-18 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / As leishmanioses englobam um largo espectro de doenças causadas pelo parasita do gênero Leishmania. É notável o número de espécies descritas, e, apesar de tratar-se de um gênero com alta variabilidade genética, a validade de algumas dessas espécies vêm sendo questionada. A associação entre Leishmania spp. e as diferentes formas clínicas sugere a participação do parasita na manifestação e no prognóstico da doença. Métodos moleculares estão sendo cada vez mais empregados para diagnóstico, estudos taxonômicos, filogenéticos e epidemiológicos envolvendo este parasita. Os métodos utilizados são, entretanto, diversos, comprometendo a reunião de dados e a comparação inter-laboratorial. Sendo assim, o desenvolvimento de um marcador único e robusto, que permita a troca de informações, enriquecerá o conhecimento sobre a diversidade fenotípica e molecular das leishmânias, atendendo tanto a demanda por uma revisão taxonômica do gênero, como para a elaboração de um sistema integrado de identificação e tipagem deste organismo, ponto essencial em estudos epidemiológicos. O principal objetivo deste trabalho foi desenvolver marcadores multilocus para Leishmania (Viannia) e avaliar sua aplicabilidade em estudos epidemiológicos Os objetivos específicos incluíram: i) o desenvolvimento de um painel multi locus sequence analisys (MLSA) para cepas de Leishmania (Viannia) que circulam no Brasil que permita, concomitantemente, a identificação de isolados e a realização de estudos filogenéticos; ii) o estudo da estrutura da população de cepas de Leishmania (Viannia) quanto à clonalidade e ocorrência de eventos de recombinação pela determinação de perfis de microssatélites; iii) avaliação da aplicabilidade do painel MLSA como ferramenta epidemiológica para as leishmanioses; iv) a descrição de eventos moleculares em leishmânia que podem interferir nos resultados obtidos a partir de marcadores moleculares empregados. Após construção do painel MLSA e determinação de perfis de microssatélites (MLMT) foi possível comparar os dois marcadores. Os resultados a partir de MLMT definiram duas populações principais, uma com cepas de L. (V.) guyanensis da região Amazônia e outra apresentando as cepas de L. (V.) braziliensis, oriundas da costa Atlântica brasileira. Um terceiro grupo, muito heterogêneo, pôde ser definido com cepas de L. (V.) braziliensis da região norte e com as cepas das espécies L. (V.) shawi, L. (V.) naiffi, e L. (V.) lainsoni. Sinais de recombinação foram detectados no grupo formado por cepas identificadas como L. (V.) guyanensis e também naquele composto por cepas de L. (V.) braziliensis da região costeira. A recombinação pode ser uma das justificativas tanto para a grande diversidade encontrada como para a ausência de estruturação clara da população. O MLSA separou as espécies de acordo com a classificação prévia, exceto para L. (V.) shawi e também apontou para ocorrência de recombinação pelo padrão reticulado das redes construídas Ao aplicar o MLSA em uma situação de surto em Santa Catarina, se detectou associação entre características epidemiológicas dos pacientes e os grupos MLSA, com separação de casos importados e autóctones, sinalizando para o potencial como marcador epidemiológico. A partir dos dados MLSA também foi possível realizar um estudo sobre a ocorrência de variação intra-cepa detectada em sequências de DNA de isolados clonados de Leishmania. Foi possível concluir que o painel MLSA construído e validado apresenta-se como boa alternativa para tipagem, estudos taxonômicos e epidemiológicos em L. (Viannia). Como tal pode representar tanto um substituto molecular para o multilocus enzyme electroforesis (MLEE), método-ouro para tipagem de Leishmania, quanto um marcador padrão a ser utilizado em revisão taxonômica do gênero. Mesmo com o advento do sequenciamento completo de genomas, a contribuição do MLSA ainda é relevante, e este se apresenta como potencial marcador epidemiológico, apesar da inclusão de novos genes ser necessária. O estudo com MLMT evidenciou que o mesmo é ferramenta de escolha para estudos de genética de populações em L. (Viannia), mas não para identificação e avaliação taxonômica do subgênero. Demonstrou-se ainda que a plasticidade genômica das leishmânias gera diversidade em tipos de sequencia de DNA e, portanto deve ser sempre considerada em estudos baseados em marcadores moleculares / Leishmaniasis represent a broad spectrum of diseases caused by parasite of the genus Leishmania . The number of species described is remarkably high and the status of some has been questioned, although there is indeed a notable genetic variability within this genus. The associati on of Leishmania spp. and the different clinical forms suggests the involvement of the parasite in the prognosis and clinical outcome of the disease. Molecular methods have been often applied for diagnosis, studies of taxonomy, phylogeny and epidemiology. However, the approaches used are distinct, hampering comparisons between laboratories and data assembly. The development of a standard marker which allows exchange of information would contribute to the knowledge over the phenotypic and molecular diversity of Leishmania . It would also enable a taxonomic review as well as the establishment of a standardized and integrated typing system - essential in epidemiological studies. The main objective of this study was to develop multi locus markers for Leishmania ( Viannia ) and to evaluate its applicability in epidemiological studies. The specific objectives were: i) to develop a multi locus sequence analyses (MLSA) panel with Leishmania ( Viannia ) strains from Brazil that allows the species identification and phylogenetic inferences to be performed; ii) to execute a population structure study through microsatellites profiles (MLMT); iii) to evaluate the MLSA panel as an epidemiological tool; iv) t o describe molecular events that may interfere in the results obtained by the molecular markers employed. After MLSA and MLMT, the results could be compared. MLMT defined two main populations, one comprising L. ( V. ) guyanensis and other L. ( V. ) braziliensi s strains from the Atlantic coast; recombination signs were detected for both. A third group, quite heterogeneous, included L. ( V. ) braziliensis strains from northern Brazil and the other species L. ( V .) shawi, L. ( V. ) naiffi, and L. ( V. ) lainson . Recombin ation may justify all the diversity observed and the lack of clear structuration. MLSA was able to differentiate species in agreement with previous classification, except for L. ( V. ) shawi . The reticulate pattern in the networks also pointed to recombinati on occurrence. After applying MLSA over strains isolated from an outbreak in Santa Catarina state, association between MLSA groups and epidemiological characteristics from the patients was detected, in a way that autochthonous and imported cases could be d ifferentiated. MLSA data also allowed the description of intra - strain variation among DNA sequences from cloned Leishmania cultures. The results lead to the following conclusions: the MLSA panel developed and validated represents a good option for typing, taxonomy and epidemiology studies for L . ( Viannia ). It can be chosen as the molecular substitute for multilocus enzyme electroforesis (MLEE), the gold standard for Leishmania typing, and as the standard marker for a taxonomic review as well. Even consideri ng the whole genome sequence approach, the contribution of MLSA is considered relevant, although more loci should be included. MLMT was revealed as the best approach for population genetics in L . ( Viannia ), but not for taxonomic inferences for this subgenu s. It was also demonstrated that genomic plasticity in Leishmania raises intra - strain DNA sequence diversity, and therefore this aspect should be addressed in studies based on molecular markers

A subfamília Palaemoninae é um táxon bastante diverso, com alta variabilidade nas formas e estruturas de seus representantes. A grande diversidade de habitats e diferentes estratégias reprodutivas e comportamentais que esses crustáceos apresentam se reflete na sua elevada diversidade morfológica. O uso de ferramentas moleculares pode auxiliar em questões sobre a taxonomia, descendência e relações de parentesco para algumas espécies desse gênero, contribuindo pra a melhor compreensão de suas histórias evolutivas. Para a espécie Palaemon argentinus o uso de marcadores mitocondriais possibilitou a análise da homogeneidade genética da espécie, condizente com a hipótese de ocupação recente em ambientes dulcícolas. Complementarmente, foi demonstrada uma forte correspondência entre a estrutura populacional de P. argentinus e os eventos glaciais que moldaram a região de abrangência da espécie. Além disso, foram desenhados “primers” específicos para regiões microssatélites de P. argentinus que poderão ser utilizados em estudos futuros a respeito dos eventos que moldaram a história evolutiva recente desses camarões. A aplicação de ferramentas moleculares também resulta em importantes contribuições para o conhecimento sobre a evolução de Macrobrachium potiuna, para a qual foi verificado que a variação genética intraespecífica pode ser resultante de estruturação geográfica devido ao isolamento pela distância e às especializações de habitat, corroborando para a existência de espécies crípticas dentro de um grande “pool” de variação genética nesse grupo com taxonomia confusa.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8516_Dissertação Final Arícia Leone E. M. de Assis.pdf: 1254237 bytes, checksum: 107f8aed58dea6ffa06ae9116ca3294e (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Como consequência do processo de fragmentação da Floresta Atlântica e do corte seletivo a variabilidade genética das espécies arbóreas tem se tornado cada vez mais comprometida. Dentre estas espécies arbóreas, a Cabralea canjerana encontra-se ameaçada pela redução da variabilidade genética de suas populações naturais. Desta forma, torna-se necessário a existência de programas mais efetivos para a conservação dessa espécie. Diante disso, este estudo objetivou caracterizar a diversidade e estrutura genética de populações de C. canjerana em remanescentes florestais de duas regiões no estado do Espírito Santo por meio de marcadores moleculares Inter Single Sequence Repeats (ISSR) e paralelamente realizou-se análise da morfologia foliar, com intuito de obter as variáveis mais representativas para os indivíduos coletados. Na análise morfológica, após a retirada dos outliers, em relação ao eixo 1(59%) na ordenação as características de peso da massa seca do pecíolo (PMSP), comprimento do pecíolo (CP) e peso da massa seca do folíolo (PMSF) foram as variáveis mais representativas para os indivíduos da Reserva Natural Vale. Para os indivíduos do Caparaó as variáveis foram peso da massa seca da raque (PMSR) e área foliar (AF). Esses fatores podem ser explicados pelas interações genótipo ambientes. Na análise molecular foram utilizados 10 primers em 46 indivíduos de 3 populações distintas, obtendo-se 73 fragmentos polimórficos que serviram de bases para as análises de diversidade intrapopulacional e interpopulacional. Os resultados indicam altos níveis de diversidade genética de acordo com os valores do Índice de Shannon, os quais foram: Reserva Natural Vale - 0,31, Vale do Calçado - 0,44 e Vale do Santa Marta - 0,42. Na análise do índice global o valor foi de 0,475. A AMOVA mostrou que a maior parte da diversidade ocorre dentro das populações (73%). Na comparação das três populações, avaliadas por uma abordagem bayesiana, o número correto de grupos genéticos baseando na taxa de mudança no Ln(k), estatística ΔK, indicou uma convergência para três grupos (K=3). O fluxo gênico foi de 0,676, considerado um valor baixo, fato que sustenta a formação dos três / As a result of the fragmentation of the Atlantic Forest and the selective cutting process the genetic variability of tree species has become increasingly compromised. Among these tree species, the Cabralea canjerana species threatened by reduced genetic variability of their natural populations. It is necessary to the existence of more effective programs for the conservation of this species. Thus, this study aimed to characterize the genetic diversity and structure of species populations in forest remnants in two protected areas in the state of the Holy Spirit through molecular markers of type Inter Single Sequence Repeats (ISSR) and was held parallel analysis of leaf morphology, aiming to obtain the most representative variables for individuals collected in two different vegetation type. In the morphological analysis, after the removal of outliers in respect to the axis 1 (59%) in order to weight characteristics of the dry mass of the petiole (PMSF), petiole length (SL) and the weight of the dry mass of leaves (PMSF) were the most representative variables for individuals Reserve already worth for individuals Caparaó variables were weight of the dry mass of the rachis (PMSR) and leaf area (LA). These factors can be explained by genotype interactions environments. In the molecular analysis used primers 10 in 46 individuals of three different populations, yielding 73 polymorphic fragments that served as the basis for the analyzes and inter-intra-population diversity. The results indicate high levels of genetic diversity in accordance with the values of the Shannon Index, which were: Vale Reservation, 0.31, Footwear Valley, 0.44 and 0.42 Valley of Santa Marta. In the overall index analysis the value was 0.475. The AMOVA most diversity occurs within populations (73%). The correct number of groups, based on the rate of change in Ln (k), statistical ΔK, indicating a convergence to three Bayesian groups (K = 3). In comparing the populations of the three populations, gene flow was 0.676, considered a low value fact that supports the formation of the three Bayesian groups and structure of the population.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-05-05T20:04:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Khétrin Silva Maciel.pdf: 1332177 bytes, checksum: 3bfa6da182643aaf82937438c1ae4e48 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-08-17T19:11:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Khétrin Silva Maciel.pdf: 1332177 bytes, checksum: 3bfa6da182643aaf82937438c1ae4e48 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-17T19:11:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Khétrin Silva Maciel.pdf: 1332177 bytes, checksum: 3bfa6da182643aaf82937438c1ae4e48 (MD5) Previous issue date: 2015-02 / O maracujazeiro pertence à família Passifloraceae e ao gênero Passiflora que é o mais importante economicamente. Altitudes entre 100 a 900 m são indicadas para o plantio do maracujazeiro e estudos sobre localizações geográficas distintas possibilitam expressões do genótipo, influenciadas pelas condições ambientais. O gradiente altitudinal influencia a distribuição da variação genética dentro e entre populações de plantas e a diversidade genética muda com a altitude. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade fisiológica de sementes e a diversidade genética de maracujazeiros cultivados em diferentes altitudes do Espírito Santo. Para avaliação da qualidade fisiológica das sementes, os frutos de Passiflora spp. maduros foram colhidos em pomares localizados em altitudes baixa (0-100 m), média (>100 até 600 m) e alta (>600 m) de diferentes municípios do Espírito Santo. Os tratamentos pré-germinativos nas sementes foram: T1- escarificação física, feita manualmente com lixa d´água nº 120; T2- tratamento com ácido giberélico (GA3) na concentração de 500 mg L-1 com embebição por 24 horas e T3- sementes sem escarificação realizados nas sementes em laboratório e em casa de vegetação. Foi avaliado o envelhecimento acelerado tradicional, envelhecimento acelerado com saturação salina e deterioração controlada em sementes de maracujá amarelo sem escarificação localizado em alta altitude e as condições que apresentaram menor deterioração das sementes para aplicação às demais espécies e altitudes com os respectivos tratamentos pré-germinativos que apresentaram maiores valores de germinação e vigor em laboratório e em casa de vegetação. Assim, para as sementes do maracujá amarelo utilizou-se o tratamento sem escarificação, para sementes de maracujá roxo, a escarificação física e para as sementes de maracujá doce, o tratamento com ácido giberélico. O teste de envelhecimento acelerado com saturação salina a 43 ºC por 72 horas e deterioração controlada a 25% de umidade expostas por 24 horas diferencia as espécies nas diferentes altitudes. Sementes de maracujá amarelo e sementes localizadas em alta altitude apresentam qualidade fisiológica superior. Para a avaliação da diversidade genética foram utilizadas folhas jovens de cinco plantas matrizes de Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Degener, P. edulis Sims e P. alata Curtis cultivadas em três altitudes (baixa, média e alta) do Espírito Santo. Para SSR foi encontrado baixo número de alelos, alta heterozigosidade esperada e altos valores de PIC e para a análise ISSR detectou um elevado número de bandas por primer e alto polimorfismo. Há maior similaridade genética entre P. edulis f. flavicarpa Deg. e P. edulis. Passiflora alata apresenta maior distância genética em relação às espécies. As populações de baixa altitude se diferenciam das demais independente da espécie e do marcador utilizado. / The passion fruit belongs to the Passifloraceae family and genus Passiflora that is the most important economically. Altitudes between 100-900 m are recommended for planting the passion and studies on different geographical locations allow expressions of genotype influenced by environmental conditions. The altitudinal gradient influences the distribution of genetic variation within and between populations of plants and genetic diversity changes with altitude. This study aimed to evaluate the physiological quality of seeds and genetic diversity of passion fruit grown at different altitudes of the Espírito Santo. To evaluate the physiological quality of seeds, Passiflora spp fruit mature were harvested from orchards located in low altitudes (0-100 m), medium (> 100 to 600 m) and high (> 600 m) of different municipalities of the Espírito Santo. The pre-germination treatments were: T1-physical scarification done manually with water sandpaper nº 120; T2- treatment with gibberellic acid (GA3) at a concentration of 500 mg L-1 with soaking for 24 hours and T3- seeds without scarification performed in seeds in the laboratory and greenhouse. We evaluated the traditional accelerated aging, accelerated aging with salt saturation and controlled deterioration in yellow passion fruit seeds without scarification located at high altitude and conditions showed less deterioration of seed for application to other species and altitudes with their pre-germination treatments had higher germination and vigor values in laboratory and greenhouse. Thus, to the seeds of passion fruit was used treatment without scarifying to purple passion fruit seeds, physical scraping and the fresh passion fruit seed treatment with gibberellic acid. The accelerated aging test with saline saturation at 43 °C for 72 hours and controlled deterioration to 25% humidity for 24 hours exposed different species at different altitudes. Passion fruit seeds and high altitude located seeds have higher physiological quality. For the assessment of genetic diversity young leaves were used five mother plants of Passiflora edulis Sims f. flavicarpa, P. edulis Sims and P. alata grown in three heights (low, medium and high) of the Espírito Santo. SSR was found low number of alleles, heterozygosity was high and high PIC values and the ISSR analysis revealed a large number of bands per primer and high polymorphism. There is greater genetic similarity between P. edulis f. flavicarpa and P. edulis. Passiflora alata has greater genetic distance for the species. The lowland populations differ from other independent of the species and the marker used.

Submitted by Maykon Nascimento (maykon.albani@hotmail.com) on 2015-07-13T20:57:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Prospeccção de toxicidade de fungicidas por análises macroscópicas, microscópicas e moleculares em Allium cepa.pdf: 1168740 bytes, checksum: c286fcdd595f8bb76c47200ba99602b9 (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barros (patricia.barros@ufes.br) on 2015-08-12T16:13:50Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Prospeccção de toxicidade de fungicidas por análises macroscópicas, microscópicas e moleculares em Allium cepa.pdf: 1168740 bytes, checksum: c286fcdd595f8bb76c47200ba99602b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-12T16:15:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Prospeccção de toxicidade de fungicidas por análises macroscópicas, microscópicas e moleculares em Allium cepa.pdf: 1168740 bytes, checksum: c286fcdd595f8bb76c47200ba99602b9 (MD5) Previous issue date: 2014 / Capes / Apesar dos benefícios econômicos dos agrotóxicos para a agricultura, os efeitos negativos à saúde humana e ao meio ambiente são questionados. Dentre os agroquímicos que são usados na agricultura, destacam-se os fungicidas, que são utilizados em grande quantidade nas lavouras para controle de doenças. Com intuito de verificar os danos ocasionados por esses compostos, diversos métodos de avaliação têm sido utilizados na análise de toxicidade e mutagenicidade dos agrotóxicos. As análises macroscópicas (germinação e crescimento radicular) e microscópicas (índice mitótico, aberrações cromossômicas e nucleares) são importantes na determinação da toxicidade de compostos lançados ao meio ambiente, porque permite averiguar danos na germinação, no desenvolvimento da plântula e no ciclo celular. No entanto, para melhor compreensão dos mecanismos moleculares da mutação e de seus efeitos sobre a população exposta à contaminação ambiental, os marcadores moleculares oferecem perspectivas, por medir o efeito direto da exposição sobre o DNA. O objetivo do trabalho foi avaliar o potencial tóxico dos fungicidas por análises macroscópicas, microscópicas e moleculares em Allium cepa. Os resultados indicam redução nos parâmetros de germinação, crescimento radicular e índice mitótico nas maiores concentrações para os princípios ativos difenoconazol, tebuconazol, procimidona e iprodiona, quando comparados ao controle negativo, mostrando que os princípios apresentaram efeito genotóxico, citotóxico, fitotóxico para as raízes de Allium cepa pela alta frequência de aberrações cromossômicas, nucleares e redução do índice mitótico. Os resultados moleculares indicaram mudança no perfil de amplificação dos primers SSR (Sequência Simples Repetitiva) e o ISSR (Inter Sequência Simples Repetitiva), após a exposição do Allium cepa aos princípios ativos, incluindo alterações na perda, ganho e mudança na intensidade de banda. A perda e o ganho de bandas aconteceram à medida que aumentou a concentração dos princípios ativos. O método de agrupamento e as distâncias e dissimilaridades mostraram relação de dose-dependência, pois conseguiu separar as maiores concentrações do controle negativo para os princípios ativos no ISSR e SSR, com exceção dos princípios procimidona e iprodiona no SSR. Esses dados indicam que possui relação entre as análises utilizadas, sendo indicadores confiáveis para detectar alterações por substâncias químicas. Os marcadores moleculares ISSR e SSR são ferramentas eficientes em avaliar alterações ocasionadas no DNA por fungicidas podendo ser utilizada em estudos de toxicidade. / Despite the economic benefits of agrotoxics to agriculture, the negative effects to human health and to the environment are questioned. Among the agrochemicals that are used in agriculture, the fungicides, which are used in elevated quantity in the fields to control diseases, are detached. Aiming to verify the damage caused by these compounds, several evaluation methods have been used on agrotoxics toxicity and mutagenicity analyses. The macroscopic (germination and radicular growing) and microscopic analyses (mitotic index, chromosome and nuclear aberrations) are important on toxicity determination of the compounds which are threw into the environment, because it allows to investigate damage on germination, on plantlets development and on nuclear cycle. However, for better understanding of the molecular mechanisms of mutation and of their effects upon the population exposed to environment contamination, the molecular markers offer perspectives, for measuring the direct effect of exposition upon DNA. The objective of the work was to evaluate fungicides toxic potential by macroscopic, microscopic and molecular analyses in Allium cepa. The results indicate reduction on germination parameters, radicular growing and mitotic index on higher concentrations for the active principles difeconazole, tebuconazole, procimidone and iprodione, when compared to negative control, showing that the principles presented genotoxic, cytotoxic, fitotoxic effects for Allium cepa roots by the high frequency of chromosome, nuclear aberrations and mitotic index reduction. The molecular results indicated change on the profile of the SSR (Single Simple Repeat) and the ISSR (Inter Simple Sequence Repeats) primers amplification after Allium cepa exposition to the active principles, including alteration in loss, gain and band intensity change. The loss and gain of bands happened as the active principles concentration raised. The cluster method and the dissimilarity distances showed relation of dose dependence, because it separated the higher concentrations of negative control for the active principles on ISSR and SSR, with exception of the principles procimidone and iprodione on SSR. These data indicate relation among the used analyses, and are reliable indicators to detect alterations by chemical substances. The molecular markers ISSR and SSR are efficient tools on evaluating alterations caused on DNA by fungicides and may be used in toxicity studies.

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:14Z : No. of bitstreams: 1 000858227.pdf: 2229250 bytes, checksum: 18f759cccd6aa5b7d7f729d06fcc14ec (MD5) / A espécie Baccharis dracunculifolia, popularmente conhecida como vassoura ou alecrim-do-campo, é amplamente utilizada na medicina caseira. A infusão de suas folhas é empregada para problemas hepáticos, disfunções estomacais e como anti-inflamatória. Estudos de literatura relatam o uso medicinal e religioso do alecrim-do-campo comercializado em mercados e feiras livres no Rio de Janeiro, assim como a utilização das folhas para feridas e o uso dos ramos, em decocto, como antifebril. Este trabalho objetivou a caracterização da composição química do óleo essencial e diversidade genética da Baccharis dracunculifolia D.C. (Asteraceae) nativa do bioma Cerrado. Foram coletados, em media, 30 indivíduos em quatro populações naturais, sendo uma em Botucatu, estado de São Paulo, uma em Delfinópolis, no estado de Minas Gerais e duas em Dourados e Itahum, estado de Mato Grosso do Sul. A composição química do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, foi analisada por meio de cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas. As substâncias majoritárias dos acessos coletados foram trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacreno-D, trans-cariofileno, limoneno, α-pineno, β-mirceno, delta-cadineno, β-pineno e espatulenol. Esses componentes perfizeram uma média geral de 80,97% da composição química dos óleos essenciais nas quatro localidades. De acordo com a análise dos resultados a substância trans-nerolidol foi a que mais se destacou dentre os compostos presentes no óleo essencial da B. dracunculifolia em todas as populações. Entretanto, os acessos coletados em Itahum tiveram como componente principal o espatulenol seguido do trans-nerolidol. O estudo da diversidade ... / The species Baccharis dracunculifolia, popularly known as rosemary-of-field, is widely used in folk medicine. The form of infusion of its leaves is used for liver problems, stomach disorders and as anti-inflammatory. Studies have reported the use of medical and religious rosemary-of-field sold in markets and fairs in Rio de Janeiro, as well as the use of leaves for wounds and the use of branches as decoction as antipyretic. This study aimed to characterize the chemical composition of essential oils and genetic diversity of native species B. dracunculifolia DC (Asteraceae) in the Cerrado biome. Were collected, on average, 30 individuals from four natural populations, one in Botucatu, in the state of São Paulo, a city of Delfinópolis in the state of Minas Gerais and two in Dourados and Itahum, state of Mato Grosso do Sul. The chemical composition of essential oil extracted by hydrodistillation, was analyzed by gas chromatography coupled with mass spectrometer. The majority of accessions collected substances were trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacrene-D, trans-caryophyllene, limonene, α-pinene, β-myrcene, delta-cadinene, β-pinene and spathulenol. These components amounted to an overall average of 80.97% of the chemical composition of essential oils in four locations. According to the analysis results of the substance trans-nerolidol was the most outstanding among which the present compounds in the essential oil of the species B. dracunculifolia in all populations. However, the accessions were collected in Itahum spathulenol as major components followed by the trans-nerolidol. The study of genetic diversity was performed by analyzing the DNA polymorphism using microsatellite markers. Five microsatellite loci were tested for the species revealed 48 alleles for the four populations ...

Submitted by RONALD RIBEIRO ALVES null (ronald.ribeiro@yahoo.com.br) on 2018-03-12T13:16:31Z No. of bitstreams: 1 tese ronald final.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-03-14T13:23:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 alves_rr_dr_bot.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-14T13:23:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alves_rr_dr_bot.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os processos migratórios realizados por diferentes espécies animais com finalidades tróficas ou reprodutivas tem despertado grande interesse por parte dos pesquisadores há várias décadas. Entre as espécies de grande importância nestes ambientes, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) se caracteriza como um peixe migrador de ampla distribuição em território brasileiro, principalmente na bacia do Prata, constituída pelos rios Paraná, Paraguai e Uruguai, onde pode atingir grande tamanho. Assim, estudos que visam proporcionar melhores condições de manejo e sua conservação são muito importantes. Neste contexto, as alterações antropogênicas que afetam a espécie S. brasiliensis e a falta de informação que dificultam estratégias eficazes de manejo e conservação, o presente estudo teve como objetivo investigar a variabilidade genética e a estrutura genética das populações migratórias e residentes de S. brasiliensis da bacia do Rio Mogi Guaçu, a partir de amostragem realizada no período de 2008, 2009, 2010 e 2015, tendo como ferramenta a aplicação de técnicas de genética molecular. Os resultados obtidos indicaram altos níveis de variabilidade genética em todos os grupos amostrados, sendo que a heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,59 a 0,67 e a heterozigosidade esperada (He) variou de 0,70 a 0,74. A Análise da Variância Molecular (AMOVA) revelou baixa estruturação genética em todos os grupos (FST = 0,0072), nas quais a maior fonte de variabilidade genética foi verificada entre os indivíduos (85,98%). No entanto, a análise de FST em pares mostrou diferenças sutis na variabilidade genética, uma vez que foi verificada uma variação de FST = 0,025; p <0,05 entre os grupos residentes (2008/2015) e de FST = 0,026; p <0,05 entre os grupos migratórios (2009/2010) e o grupo residente (2015). Embora os estoques analisados desta espécie apresentem altos níveis de variabilidade genética, por conta do número de alelos, não pode ser descartada a possibilidade de que mudanças ambientais possam afetar essa variabilidade genética existente. Assim, a possibilidade de uma redução populacional não pode ser excluída devido à perda de alelos e ao aumento da pressão seletiva, em decorrência da instalação de novos projetos nestes ambientes e caso venham a interferir negativamente na dinâmica reprodutiva da espécie, poderá ocorrer a perda do fluxo gênico, com consequente aumento da endogamia, fatores que são prejudiciais ao equilíbrio genético populacional. Neste sentido, considera-se que estudos aprofundados e continuados sobre a estrutura e a dinâmica das populações desta espécie são necessários neste ambiente, visando adicionar informações que possam estimar e prever condições para sua sustentação, podendo, do mesmo modo, contribuir, assim, para a conservação de outras espécies de peixes deste ecossistema. / The migratory processes carried out by different animal species for trophic or reproductive purposes have aroused great interest on the part of researchers for several decades. Among the species of great importance in these environments, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) is characterized as a migratory fish of wide distribution in Brazilian territory, mainly in the Prata basin, constituted by the rivers Paraná, Paraguay and Uruguay, where it can reach large size. Thus, studies aimed at providing better management conditions and its conservation is important and well received. In this context, considering the anthropogenic changes that affect the S. brasiliensis species and the lack of information that allow effective management and conservation strategies, this study aimed to investigate the genetic variability and genetic structure of the migratory and resident populations of S. brasiliensis from the Mogi Guaçu River basin, based on sampling carried out from 2008 to 2015 using as a tool the application of molecular genetic techniques. The results indicated high levels of genetic variability in all the sampled groups and the observed heterozygosity (Ho) varied from 0.59 to 0.67 while the expected heterozygosity (He) ranged from 0.70 to 0.74. Molecular Variance Analysis (AMOVA) revealed low genetic structure in all groups analyzed (FST = 0.0072), in which the greatest source of genetic variability was observed in comparisons among individuals (85.98%). However, the analysis of FST in pairs showed subtle differences in genetic variability, since it was found a variation of FST = 0.025; P <0.05 between the resident groups (2008/2015), and of FST = 0.026; P <0.05 between the migratory groups (2009/2010) and the resident group (2015). Although the analyzed stocks of this species showed high levels of genetic variability, the possibility that environmental changes can affect this genetic variability cannot be ruled out. Thus, the possibility of a population reduction cannot be excluded due to loss of alleles and selective pressure increase, due to the installation of new projects in these environments. These facts certainly will negatively interfere in the reproductive dynamics of the species, gene flow, with a consequent increase in inbreeding, factors that are detrimental to the population genetic balance. In this sense, it is considered that in-depth and continuous studies on the structure and dynamics of the populations of this species are necessary in this environment, aiming at adding information that can estimate and predict conditions for being able its sustentation, and in the same way contributing to the conservation of other species in the ecosystem.

Submitted by Lucas Bassi Costa null (lucasbassi_costa@hotmail.com) on 2018-03-28T13:48:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Lucas Bassi.pdf: 2136145 bytes, checksum: 43df64ca19daca39fe3b36e18c78b20b (MD5) / Approved for entry into archive by Laura Akie Saito Inafuko (linafuko@assis.unesp.br) on 2018-03-28T14:20:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_lb_me_assis.pdf: 2136145 bytes, checksum: 43df64ca19daca39fe3b36e18c78b20b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-28T14:20:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_lb_me_assis.pdf: 2136145 bytes, checksum: 43df64ca19daca39fe3b36e18c78b20b (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O filo Cnidaria pode ser considerado um dos mais distintos do reino animal. Dentre suas subclasses, encontra-se Ceriantharia, constituída pelas anêmonas de tubo. Esses animais são até o momento um desafio para a sistemática, uma vez que após diversas propostas, nenhuma se fez unânime até o momento. Grande parte da divergência encontrada em classificar o grupo, deve-se aos métodos/materiais utilizados para análise. Sendo assim, o presente trabalho buscou, através de dados moleculares, estudar as relações de Ceriantharia dentre os Anthozoa e os demais Cnidaria e comparar os resultados obtidos pelos diferentes métodos de reconstruções filogenéticas. Para tal, foram utilizados marcadores ribossomais completos (28S e 18S). Por meio de softwares específicos, as sequências genéticas foram analisadas e as reconstruções foram realizadas seguindo dois dos métodos mais utilizados atualmente (máxima verossimilhança e inferência bayesiana). Tendo em mãos inúmeras ferramentas, o presente trabalho é uma oportunidade de gerar conhecimento e buscar conceitos mais precisos dentro da sistemática do grupo. / The Cnidaria phylum can be considered one of the most distinguished of the animal kingdom. Among them, there is the subclass Ceriantharia, constituted by the tube anemones. These animals are so far a challenge to systematics, since after several proposals, none has been considered as unanimous yet. Much of the divergence found in classifying the group is due to the methods / materials used for analysis. Thus, the present work sough trough molecular data, to study the relationships of Ceriantharia among the Anthozoa and the other Cnidaria and to compare the results obtained by the different methods of phylogenetic reconstruction. For this, complete ribosomal markers (28S and 18S), were used. By means of specific softwares, the genetic sequences were analyzed and the reconstruction were performed following two of the most commonly used methods (maximum likelihood and Bayesian inference). Having in hand numerous tools, the present work was a very important opportunity to generate knowledge and to search for more precise concepts within the systematics of the group.