Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-02T14:09:59Z No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-04T12:59:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-04T13:04:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T13:04:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) Previous issue date: 2015-06-11 / Não informada / The Amazon and Orinoco rivers have the greatest diversity of fish fauna of the planet, which is estimated between 1300 - 3000 species. Much of this diversity is shared between them, but to respect there are no solid studies to support the spatial boundaries, time nor the mode of interaction of the ichthyofauna between the two river systems, preventing lay the scientific justification for its correct use for fishing and prioritization of conservation areas. In order to know the evolutionary history and current and historical population relationship between the shared fish fauna for the basins, in addition to the spatial configuration of its conservation units, a phylogeographic and population genomic/genetic approach was performed using eight species of highly exploited fish as model: Five migratory species (Brachyplatystoma rousseauxii, Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Pseudoplatystoma metaense/P. tigrinum, Pseudoplatystoma orinocoense/P. punctifer) and three sedentary species (Nannostomus unifasciatus, Paracheirodon axelrodi, Pterophyllum altum). For that, the study was conducted in four stages, two for create some genomics tools for the analysis, and two in which was applied genetic and/or genomic tools to answer the initial population questions. First, it was standardized and characterized a methodology for genomic libraries construction for SNPs discovery and de novo genotyping in non-model species. Second, in order to verify the reproducibility and efficiency of the method in sequence tags discovery, genotyping, and utility for SNPs primer design, was used individuals of B. rousseauxii and C. macropomum as model. Third, mtDNA (Cytochrome oxidase I and Region control) and nuDNA (Glycosyltransferase and 6 alpha heavy chain of cardiac myosin) sequences were used to population genetic and phylogeographic analyzes in order to test the hypothesis of current and historical connectivity between basins. Fourth, the conservation units were defined (Evolutionary Significantly Units - ESUs, Adaptive Units - AUs and Management Units - MUs) including new evidence as multilocus analysis (Species trees), ecological data (pH and pluviosity) and genomic data. As a result, we obtained a compatible and efficient method for sequence reads production in IonTorrent PGM. The method was effective for tags discovery (18772-22476), de novo SNPs genotyping (268-398 SNPs) and for primer design in flanking regions of SNPs (23-39 SNPs). Population analysis showed a strong structure for all species between basins, but not within theme (except for sedentary fish). Of the eight species studied, only P. orinocoense/P. punctifer showed evidence of recent gene flow between basins, through the Casiquiare. Nevertheless, for all species, the nuDNA showed strong biological groups sharing between basins, suggesting that the divergence between these is recent. Coalescent analysis showed that only N. unifasciatus populations of Orinoco and Amazon diverged in the Pliocene, while the rest of the species diverged in the Pleistocene. In any case, there was not concordance with the vicariance hypothesis between basins generated by the Vaupés Arch in the Middle Miocene. The genetic, genomic and ecological evidence permitted to determine ESUs and MUs, but not AUs to any species. In most migratory fishes, the basins constituted a single ESU with independents MUs (C. macropomum, P. metaense/P. tigrinum, P. orinocoense/P. punctifer), but only to B. rousseauxii and P. brachypomus each basin were independents ESUs. For sedentary fish, was observed a greater number of ESUs compared with migratory fishes, wherein at least one of these units is shared between basins, while others were exclusives. This study demonstrates that the basins of the Orinoco and Amazon possessed a historical connectivity until the very recent past, and even today keeps this connection condition for part of their fish fauna. / Os rios Amazonas e Orinoco possuem a maior diversidade de ictiofauna do planeta, a qual é estimada entre 1300 - 3000 espécies de peixes. Grande parte desta diversidade é compartilhada entre elas, mas à respeito não existem estudos robustos que sustentem os limites espaciais, temporais e nem o modo de interação desta ictiofauna entre os dois sistemas fluviais, impedindo assim definir as bases científicas que permitam orientar políticas para seu correto uso pesqueiro e priorização de áreas de conservação. Com o objetivo de conhecer a história evolutiva e relações populacionais atuais e históricas entre a ictiofauna compartilhada para as bacias, bem como a configuração espacial das suas unidades de conservação, foi realizada uma abordagem filogeográfica e genômico/genético-populacional utilizando oito espécies de peixes altamente explorados como modelo: cinco migradores (Brachyplatystoma rousseauxii, Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Pseudoplatystoma metaense/P. tigrinum, Pseudoplatystoma orinocoense/P. punctifer) e três sedentários (Nannostomus unifasciatus, Paracheirodon axelrodi e Pterophyllum altum). Para tanto, o estudo foi realizado em quatro etapas, duas de criação de algumas ferramentas genômicas para as análises, e duas de aplicação de ferramentas genéticas e/ou genômicas para responder as perguntas iniciais. Primeiro, foi padronizada e caracterizada uma metodologia para o desenvolvimento de bibliotecas genômicas para a descoberta e genotipagem de novo de SNPs em espécies não-modelo. Segundo, para verificar a reprodutibilidade e eficiência do método na descoberta de tags de sequência, genotipagem de novo e desenho de primers em regiões flanqueadoras de SNPs, foi aplicado dito método utilizando como modelo às espécies B. rousseauxii e C. macropomum. Terceiro, foram utilizadas sequências de ADNmt (Citocromo oxidase I e Região controle) e ADNnu (Glycosiltransferase e Cadeia pesada 6 alfa da miosina do músculo cardíaco) para análises genético-populacionais e filogeográficos com o objetivo de testar a hipótese de conectividade atual e histórica entre bacias. Quarto, foram delimitadas as unidades de conservação (Unidades Evolutivas Significantes - ESUs, Unidades Adaptativas - AUs e Unidades de Manejo - MUs) incluindo novas evidências como análises multilocus (Species trees), dados ecológicos (pH e pluviosidade) e dados genômicos. Como resultado, obteve-se um método de desenvolvimento totalmente compatível e eficiente na produção de leituras em IonTorrent PGM. O método demonstrou eficácia na descoberta de tags de sequência (18772 – 22476), genotipagem de novo (268 – 398 SNPs) e desenho de primers em regiões flanqueadoras de SNPs (23 – 39 SNPs). As análises populacionais mostraram uma forte estrutura para todas as espécies entre bacias, mas não dentro destas (exceto para os peixes sedentários). Das oito espécies avaliadas, apenas P. orinocoense/P. punctifer apresentou evidências de fluxo gênico recente entre bacias, sendo através do Casiquiare. Apesar disso, para todas as espécies, o ADNnu mostrou um forte compartilhamento de grupos biológicos entre bacias, sugerindo que a divergência entre estas é recente. As análises de coalescência mostraram que apenas as populações de N. unifasciatus do Orinoco e Amazonas divergiram no Plioceno, enquanto que o resto das espécies divergiu no Pleistoceno. Em qualquer caso, não coincidindo com a hipótese de vicariância entre bacias, gerada pelo Arco do Vaupés no Médio Mioceno. As evidências genéticas, genômicas e ecológicas permitiram delimitar ESUs e MUs, mas não AUs para nenhuma espécie. Na maior parte dos migradores as bacias constituíram uma única ESU com MUs independentes (C. macropomum, P. metaense/P. tigrinum, P. orinocoense/P. punctifer), mas só para B. rousseauxii e P. brachypomus cada bacia constituiu uma ESU independente. Para os peixes sedentários foi observado um maior número de ESUs comparado com os migradores, sendo que pelo menos uma destas unidades foi compartilhada entre bacias, enquanto que outras foram exclusivas. Este estudo demonstra que as bacias do Orinoco e Amazonas possuíram uma conectividade histórica até um passado muito recente, ao ponto de hoje se manter esta condição de conexão para parte da sua ictiofauna.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2827.pdf: 904817 bytes, checksum: cbde040392a5d96f81eb30ab1ff1ce1c (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Atlantic forest is reduced to less than 8% of its original extent, but still has one of the greatest diversity and endemism rates observed in the Neotropical forests. Therefore, this biome can be internationally considered an hotspot for conservation priority. Several taxa are threatened by the intense habitat fragmentation, particularly, some understory species of birds have a reduced ability of permanence in degraded places. Studies on the species Dendrocincla turdina demonstrate that it possesses sensitivity to local intense edge effects and it could even disappear at depleted environments. This lowers tolerance may be due to its high ecological specialization. We can verify the impacts of environmental degradation on the species through analysis of genetic diversity, which is made using molecular markers. A quite useful molecular marker for population studies are the microsatellites, however, some species have none described, preventing such analysis to be performed. Our aim was to identify and to characterize microsatellite loci for D. turdina and to analyze the genetic variability of a population of this species from an Atlantic Forest area in the Sao Paulo State, in order to contribute to the conservation of this species. It were identified and characterized nineteen microsatellite loci, of which 11 showed polymorphism for the studied population. So far there was not any described loci for the species The number of alleles for polymorphic loci ranged from 2 to 16. Only one locus (Dft12) presented deviations of Hardy-Weinberg equilibrium, possibly due to the presence of null alleles. No pair of loci was in linkage disequilibrium. The genetic diversity varied from 0.08 to 0.91 and the observed heterozygosity from 0.07 to 0.80. The inbreeding coefficient for the population did not differ significantly from zero. The software Bottleneck indicated a possible occurrence of population bottleneck. The sex ratio was the expected 1:1. The described microsatellites amplified with success in other two species of the family Dendrocolaptidae (Xyphorhynchus fuscus and Sittasomus griseicapillus), indicating its potential use for population analysis of related taxa. The study produced valuable genetic tools for studies that seek to understand the diversity and genetic structure of the species D. turdina and possibly related groups. The analysis of the molecular biodiversity of species in habitats critically endangered, as the Atlantic forest, may be useful for conservation plans and management, aiding in the recognition and characterization of areas with larger genetic resources, in order to preserve the largest possible variability. / A Mata Atlântica está reduzida a menos de 8% de sua extensão original, ainda assim, possui uma das maiores diversidades e taxas de endemismos observadas em florestas neotropicais. Portanto, este bioma é considerado um local prioritário para conservação internacionalmente. Diversos táxons são ameaçados pela intensa fragmentação de hábitat, particularmente, algumas espécies de aves de sub-bosque têm uma capacidade reduzida de permanência em locais degradados. Estudos com a espécie Dendrocincla turdina demonstram que possui sensibilidade a locais com intenso efeito de borda, podendo até mesmo desaparecer de ambientes muito impactados. Esta baixa tolerância pode ocorrer devido à sua alta especialização ecológica. Podemos verificar os impactos da degradação ambiental sobre as espécies por meio de análises de sua diversidade genética, para isso é necessário fazer uso de marcadores moleculares. Um marcador molecular bastante útil para estudos populacionais são os microssatélites, no entanto, algumas espécies não possuem nenhum loco descrito, impedindo que tal análise seja realizada. Nosso objetivo foi identificar e caracterizar locos de microssatélites para a espécie D. turdina e analisar a variabilidade genética de uma população da espécie em uma área de Mata Atlântica do Estado de São Paulo, de modo a contribuir com a conservação dessa espécie. Foram identificados e caracterizados dezenove locos de microssatélites, dos quais 11 apresentaramse polimórficos para a população estudada. Até o momento não havia nenhum loco descrito para a espécie. O número de alelos para os locos polimórficos variou de 2 a 16. Apenas um loco (Dft12) apresentou desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg, possivelmente devido à presença de alelos nulos. Nenhum loco estava em desequilíbrio de ligação. A diversidade gênica variou de 0,08 a 0,91 e a heterozigosidade observada de 0,07 a 0,80. O coeficiente de endocruzamento para a população não diferiu significativamente de zero. O programa Bottleneck indicou uma possível ocorrência de gargalo populacional. A razão sexual foi a esperada de 1:1. Os microssatélites descritos amplificaram com sucesso em outras duas espécies da família Dendrocolaptidae (Xiphorhynchus fuscus e Sittasomus griseicapillus), indicando sua possível utilização para análises populacionais de grupos taxonômicos relacionados. O estudo produziu ferramentas genéticas importantes para trabalhos que visem compreender a diversidade e estrutura genética da espécie D. turdina e possivelmente de grupos próximos. A análise da biodiversidade molecular de espécies em hábitats criticamente ameaçados, como a Mata Atlântica, podem ser úteis para planos de conservação e manejo, auxiliando no reconhecimento e caracterização de áreas com maiores recursos genéticos, de modo a preservar a maior variabilidade possível.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DAVANCO_Paulo_2012.pdf: 1315421 bytes, checksum: b9501419ba5f53d1c535c92de53c64e1 (MD5) Previous issue date: 2012-03-01 / Universidade Federal de Minas Gerais / Cracidae é uma família de aves presentes na região Neotropical e por vários fatores, como a caça e a destruição de seu habitat, é o grupo mais ameaçado dessa região. O Mutum-de-Alagoas, Pauxi mitu, é o cracídeo mais ameaçado, pois é um táxon já extinto na natureza. A população passou por um severo gargalo populacional: apenas um trio (2 fêmeas e 1 macho) resgatado da natureza e teve sucesso reprodutivo, dando origem aos 121 indivíduos cativos atuais. Destes, apenas pouco mais da metade é considerada pura por caracteres morfológicos, uma vez que em 1990 alguns machos foram hibridados com fêmeas de Pauxi tuberosa, Mutum-Cavalo. A técnica de microssatélites ganhou grande destaque nos últimos anos, se tornando uma importante ferramenta em estudos de genética populacional e na avaliação dos níveis de parentesco entre os indivíduos. Através do uso dessa técnica este trabalho teve o objetivo de identificar os híbridos e realizar o monitoramento e manejo genético da população de P. mitu, possibilitando o desenvolvimento de recomendações e ações para a conservação desta espécie ameaçada da fauna brasileira. A análise com o Software STRUCTURE 2.1 identificou 55 indivíduos puros, ou seja, menos da metade do plantel atual da espécie. Sendo que esses representam um NE de apenas 3,8 indivíduos (CI 95%: 2,6 ? 8,5) e com diversidade alélica (2,32 ± 0,6: 1,68 ? 3,91) e heterozigosidade esperada (0,36); reduzidas quando comparadas com P. tuberosa e Crax globulosa. Estas informações poderão auxiliar no manejo em cativeiro e em tentativas futuras de reintrodução dessa espécie já extinta na natureza. / Cracidae é uma família de aves presentes na região Neotropical e por vários fatores, como a caça e a destruição de seu habitat, é o grupo mais ameaçado dessa região. O Mutum-de-Alagoas, Pauxi mitu, é o cracídeo mais ameaçado, pois é um táxon já extinto na natureza. A população passou por um severo gargalo populacional: apenas um trio (2 fêmeas e 1 macho) resgatado da natureza e teve sucesso reprodutivo, dando origem aos 121 indivíduos cativos atuais. Destes, apenas pouco mais da metade é considerada pura por caracteres morfológicos, uma vez que em 1990 alguns machos foram hibridados com fêmeas de Pauxi tuberosa, Mutum-Cavalo. A técnica de microssatélites ganhou grande destaque nos últimos anos, se tornando uma importante ferramenta em estudos de genética populacional e na avaliação dos níveis de parentesco entre os indivíduos.

Orientador: Fausto Foresti / Resumo: Populações de elasmobrânquios têm sofrido declínios severos nas últimas décadas devido à massiva pressão pesqueira. Com características de vida que tornam a espécie mais suscetível à pesca, o tubarão-raposa Alopias superciliosus está classificado atualmente como vulnerável na lista vermelha de espécies ameaçadas da IUCN. A espécie apresenta maturação sexual tardia e somente dois (raramente quatro) filhotes a cada gestação, que dura aproximadamente 12 meses. Estas características evidenciam a necessidade de sistemas de manejo pesqueiro adequados à estruturação populacional da espécie, que se apresenta como um instrumento fundamental para sua conservação. Com o advento de novas tecnologias atualmente é viável utilizar ferramentas moleculares para elucidar questões evolutivas e genético-populacionais em organismos não modelos, gerando informações que podem auxiliar na elaboração de planos de manejo. Tendo em vista à escassez de informações sobre a dinâmica populacional do tubarão-raposa, o presente estudo teve como objetivo o desenvolvimento e aplicação de marcadores moleculares em amostras de A. superciliosus provenientes de diferentes localidades dos oceanos Atlântico e Índico. Um total de 12 marcadores moleculares do tipo microssatélite, sendo 11 polimórficos e 1 monomórfico, foram identificados e, a partir desta identificação, primers espécie-específicos foram desenvolvidos e padronizados. Para acessar a diversidade genética e populacional de A. superciliosus foram genotipad... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Orientador: Fernando Fernandes Mendonça / Resumo: Tubarões são organismos amplamente reconhecidos como predadores de topo de cadeia e sua distribuição geográfica associada à capacidade migratória em diversas espécies, principalmente pelágicas, tornam as avaliações e monitorias de suas populações uma tarefa complexa. O tubarão-azul, Prionace glauca, é uma espécie globalmente distribuída e altamente migradora, classificado como “Quase Ameaçado” na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da IUCN. No entanto, ao longo de sua história, P. glauca vem sendo frequentemente associado a capturas da pesca industrial e, seus registros recentes, apontam declínios relevantes em suas populações em algumas localidades. Dentre o conhecimento necessário para a gestão adequada e conservação de espécies amplamente exploradas, podemos ressaltar que as informações sobre a variabilidade genética e dinâmica populacional são de grande valia, principalmente quando se trata de uma espécie de elevada capacidade de dispersão. Assim, este estudo é o primeiro a caracterizar a biodiversidade molecular e a estrutura populacional desta espécie globalmente, a partir de 534 indivíduos provenientes de diferentes localidades nos oceanos Atlântico, Índico e Pacífico. Utilizando a região controle de DNA mitocondrial (CR), encontramos 43 haplótipos com diversidade Hd=0,778, diversidade de nucleotídeos de π=0,005 e índice de estrutura populacional global de ΦST=0,054 (P=0,0001). Estes resultados indicam que P. glauca está entre as espécies de tubarões com os maiores ín... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sharks are organisms widely recognised as top-chain predators and their geographic distribution associated with migratory capacity in several species, mainly pelagic, make evaluations and monitoring of their populations a complex task. The blue shark (Prionace glauca) is a globally distributed and highly migratory species, classified as "Near Threatened" on the IUCN Red List of Threatened Species. However, throughout its history, P. glauca has been frequently associated with industrial fisheries catches, and its recent records indicate relative declines in their populations in some localities. Among the knowledge necessary for the proper management and conservation of widely exploited species, we can highlight the information about genetic variability and population dynamics are of great value, especially when it is a species of high dispersion capacity. Thus, this study is the first to characterise the molecular biodiversity and population structure of this species globally, from 534 individuals from different locations in the Atlantic, Indian and Pacific Oceans. Using the mitochondrial DNA control region (CR), we found 43 haplotypes with diversity Hd = 0.778, nucleotide diversity of π = 0.005 and a global population structure index of ΦST = 0.054 (P = 0.0001). These results indicate that P. glauca is among the species of sharks with the highest indexes of genetic variability and high gene flow among the oceans, with low geographic delimitation and moderate population struct... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2329.pdf: 1318463 bytes, checksum: 91365257065327c5dbaf7e6100a4e5b1 (MD5) Previous issue date: 2009-02-18 / Universidade Federal de Minas Gerais / Farfantepenaeus paulensis, also known as pink shrimp, is a shrimp species usually found from Ilhéus (Bahia, Brazil) to Mar Del Plata (Argentina) and represents an important employment source for many Brazilian fisher s families. The study of its population structure using morphometrical parameters and microsatellites markers may provide basis for conservation programs. The purpose of this study is to analyze the population structure of pink shrimp F. paulensis at the Brazilian coast, in the south and southeast regions, using microsatellite markers and its morphometrical parameters. The shrimps were sampled in Patos Lagoon (RS), St. Antônio Lagoon (SC), Itajaí-Açu River (SC), Babitonga Bay (SC) and Cananéia City (SP). Although univariate and multivariate morphometric analyses had shown different population structure degrees between the studied places, the results of both microsatellites markers and multivariate morphometric analyses showed the possibility of the occurrence of four F. paulensis populations. The results of this study are of great value to the development of future programs for the conservation of this species, so that this resource is not depleted by over-fishing, fishing activity guaranteed to the current generation and future generations. / Farfantepenaeus paulensis, popularmente conhecida como camarãorosa, é uma espécie que se distribui naturalmente desde Ilhéus (BA) até Mar Del Plata, na Argentina, e representa uma fonte de renda para muitas famílias de pescadores brasileiros. O estudo de sua estrutura populacional, com o uso de análises morfométricas e marcadores microssatélites, pode dar subsídios para o desenvolvimento de programas de manejo e conservação. Este trabalho teve como objetivo estudar a estrutura populacional de F. paulensis nas regiões sudeste e sul da costa brasileira, por meio do uso de marcadores microssatélites e da análise de seus padrões morfométricos. As coletas foram realizadas Na Lagoa dos Patos (RS), Lagoa de Santo Antônio (SC), Rio Itajaí-Açu (SC), Baía de Babitonga (SC) e no município de Cananéia (SP). Embora as análises morfométricas univariada e multivariada tenham exibido diferentes graus de diferenciação entre os locais estudados, os resultados das análises dos marcadores microssatélites e da análise morfométrica multivariada mostraram a possível ocorrência de quatro populações de F. paulensis. Os resultados obtidos neste estudo são de grande valia para o desenvolvimento de futuros programas de conservação desta espécie, de forma que este recurso não seja esgotado pela sobre-pesca, garantido a atividade pesqueira da geração atual e das gerações futuras.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T14:23:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Danielle de Jesus Gama Maia.pdf: 3984574 bytes, checksum: 2df3a13ad3914f0ccfb6ebaee0951f3a (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T14:23:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Danielle de Jesus Gama Maia.pdf: 3984574 bytes, checksum: 2df3a13ad3914f0ccfb6ebaee0951f3a (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / FACEPE / Cardisoma guanhumi é um caranguejo terrestre intensamente explorado como alimento e considerado um importante recurso econômico no Brasil. A espécie tem experimentado um acentuado declínio populacional, influenciado pela sobrepesca aliada à perda e/ou degradação do habitat natural. A definição de “stocks” ou unidades de manejo são essenciais para a conservação destes recursos. Objetivou-se investigar a variação genética e a conectividade de C. guanhumi a partir de 154 exemplares amostrados em cinco estuários com diferentes níveis de conservação. Nove primers ISSRs foram utilizados para acessar a constituição genética da espécie. A diversidade genética observada em C. guanhumi foi alta, corroborando a condição de resiliente designado para a espécie, e atestam para um bom estado de conservação deste recurso no litoral de Pernambuco. A hipótese de panmixia foi rejeitada em favor de uma distribuição heterogênea dos genótipos ao longo da região estudada (ФST=0,19) apesar do alto fluxo gênico observado. Tal diferenciação é atribuída a loci candidatos a estarem sob seleção positiva e distribuídos diferencialmente entre as regiões geográficas, evidenciando uma estruturação genética em fina escala geográfica, compatível com padrões de clina geográfica mediada por seleção. Análises de agrupamento e loci candidatos a estarem sob seleção positiva apontam que as populações de C. guanhumi do litoral Norte e Sul de Pernambuco comportam-se como diferentes Unidades de Manejo, e devem ser gerenciadas de forma independente, uma vez que, a sua pesca é totalmente dependente dos estoques naturais, que se exauridos, implicarão em graves impactos ecológicos e socioculturais.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:55:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nicole Cristina Lopes Dutra.pdf: 1587085 bytes, checksum: 7c8f39f69da6456b027da52bf00a0794 (MD5) Previous issue date: 2006-11-29 / Studies that concern Cerrado (Brazilian s Savannah) fauna are important as we consider the elevated rate of destruction of its landscapes in the last decades. Bothrops moojeni is one of the species of vipers that occur on the Cerrado area and its venom has shown great applicability in health. In the last years, molecular markers have helped in researches that aim to assess the genetic variability. In the present work, we perform the characterization of 5 populations of Caiçaca (Bothrops moojeni) using RAPD (Random Amplified Polimorphyc DNA) markers and also used a scienciometric approach to highlight the importance of this species in health in the site Institute for Scientific Information (ISI), using the method General Search with the key words: serpente , Bothrops and Bothrops moojeni . The obtained Data were used to estimate the magnitude and distribution of variability within and among the groups using AMOVA. Aiming to analyze the patterns of spatial variation patterns, Pearson relation coefficient (r) was estimated between the matrixes of genetic distances and geographic among the populations. With the 5 primers were obtained 59 loci, from which 81 porcent (48) were polymorphic, ranging between 35% and 69% in the groups. The value of f ST obtained with AMOVA was equal to 0,13 (P smaller 0,0001 - 10000 permutations). Thus, it was possible to observe that Caiçaca populations studied presented a low level of genetic variability (He = 0,19) and most of the genetic variation is within the populations, what might indicate that is already occurring a reduction of the rate of gene flow between the populations. Considering the geographic area studied (lager distance was equal to 851,83 km), populations that are geographically near presented a high level of genetic diversity and the genetic variability is not spatially structured. The populations of Bothrops moojeni studied presented low levels of Genetic diversity for the RAPD loci evaluated. Genetic variability is not spatially structured. Concerning scienciometry analyses, the following key-words: serpente , Bothrops and Bothrops moojeni most of the studies concerning zoology (51 porcent), Pharmacology and Pharmacy (32 porcent) and Biochemistry and Molecular Biology (23 porcent), there was no paper published till the present date, that aimed to evaluate genetic variability in this species, as well as in the genus Bothrops. We recommend a wide-ranging study to evaluate genetic variability in this species due to its importance to conservation of the ecosystem from which it belong as well due to the great interest in health. / Estudos sobre a fauna do Cerrado são importantes considerando a alta taxa de destruição das suas paisagens naturais durante as últimas décadas. Estudos com marcadores moleculares se fazem importantes, pois auxiliam nas pesquisas que pretendem acessar a variabilidade genética para fins de conservação. Entre as espécies do Cerrado, Bothrops moojeni é uma serpente que vem demonstrando grande aplicabilidade na saúde. Neste sentido, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética de cinco populações de Caiçaca (Bothrops moojeni Hoge, 1966) a partir de marcadores RAPD (Random Amplified Polimorphyc DNA), bem como realizar um levantamento cienciométrico da importância da espécie para a área da saúde no sítio Institute for Scientific Information (ISI), utilizando o método GeneralSearch com a palavras chaves: serpentes, Bothrops e Bothrops moojeni. Os dados gerados com marcadores RAPD foram utilizados para avaliar a magnitude e a distribuição da variabilidade entre e dentro das populações por meio da Análise de Variância Molecular (AMOVA). A fim de se avaliar os padrões de variação espacial, foi estimado o coeficiente de correlação de Pearson (r) entre a matriz de distâncias genéticas e geográficas entre as populações. Com base nos cinco primers foram obtidos 59 locos, dos quais 81 por cento (48) foram polimórficos, variando entre 35 por cento e 69 por cento nas populações. O valor do Fí ST obtido pela AMOVA foi igual a 0,13 (P menor 0,0001 - 10000 permutações). Foi possível observar que as populações de Caiçaca estudadas apresentam baixos níveis de variabilidade genética (He = 0,19) para os locos RAPD estudados, sendo que a maior parte da variação encontra-se dentro das populações, o que poderia indicar que já está ocorrendo uma redução na taxa de fluxo gênico entre as populações. Considerando a escala geográfica em estudo (maior distância igual a 851,83 km), populações que estão próximas geograficamente apresentam uma considerável divergência genética e a variabilidade genética não se encontra estruturada espacialmente. No que diz respeito a cienciometria, nas palavras-chave serpente , Bothrops e Bothrops moojeni a maioria dos estudos foi sobre zoologia (51 por cento), Farmacologia e Farmácia (32 por cento) e Bioquímica e Biologia Molecular (23 por cento), não existindo nenhum trabalho publicado, até a presente data, que avalie a variabilidade genética desta espécie. Deve-se proceder com uma análise mais sistemática e de maior magnitude para avaliar a variabilidade genética desta espécie que além de sua importância para a conservação é uma espécie de muito interesse para a área de saúde.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3627.pdf: 2008232 bytes, checksum: bc522ebd1f078e56d7c127dd1057d56b (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Maned Wolf (Chrysocyon brachyurus) is listed among the threatened extinction species in Brazil due to loss of its natural habitat to agriculture and frequent roadkill. Aiming to determinate the population size of C. brachyurus into a Ecological Station in the northeast of Sao Paulo State (Estação Ecológica do Jataí EEJ), a non invasive method genetic analysis of feces was employed to confirm the specie findings which deposit the feces, in accordance of morphological characteristics and specific scent of the C. brachyurus specie. Through a panel of five loci microsatellite was possible to identify each collected sample. Among the 41 stool samples, we identified 13 specimens of C. brachyurus in the EEJ. The probability of identity (PID) was 0.8 x 10 -6 and the probability of not detecting allelic (allelic dropout) was 16.2%. There was no imbalance linkage between the analyzed loci. Values for C. brachyurus internal heterozygosity were rated low. The observed heterozygosity (Ho) average was 0.52 and expected heterozygosity (He) average was 0.72. The number of alleles per locus was found to be 5.4. In the analysis of Hardy-Weinberg were found three loci that showed some deviations, after Bonferroni correction: loci 2018, 2054 and 2140. Fis values were highly significant for all into the situ population. The degree of relatedness of individuals, or varied of 0.000 (not relative) to 0.5253 (father and son), indicating that there are related animals in the area. Tests conducted to determine the gender of the samples of C. brachyurus were not found satisfactory results, once the expected fragments were not amplified in any of the tests and in none of the samples. The estimation of the population size of the C. brachyurus in the area of EEJ may be used as reference of management action plans of species conservation. / O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus) está listado entre as espécies ameaçadas de extinção no Brasil devido à perda de seu hábitat natural para agropecuária e aos freqüentes atropelamentos. Com o objetivo de determinar o número populacional mínimo de C. brachyurus em uma Unidade de Conservação na região nordeste do estado de São Paulo (Estação Ecológica do Jataí EEJ), um método não invasivo de estudo a análise genética de fezes foi utilizado, procurando-se confirmar os achados da espécie que originalmente depositou as fezes de acordo com as características morfológicas e odores característicos e distintivos para a espécie C. brachyurus. Por meio de um painel de 5 locos de microssatélites, foi possível individualizar cada uma das amostras coletadas em campo. Dentre as 41 fezes coletadas, diagnosticamos 13indivíduos de C. brachyurus na EEJ. A probabilidade de identidade (PID) foi de 0,8 x 10 -6 e a probabilidade de não detecção alélica (allelic dropout) de 16,2%. Observou-se ausência de desequilíbrio de ligação entre os locos analisados. Foram encontrados valores baixos de heterozigosidade para C. brachyurus. A heterozigosidade observada (Ho) média foi de 0,52 e a heterozigosidade esperada (He) média foi de 0,72. A média de alelos por loco encontrada foi de 5,4. Nas análises do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram encontrados três locos que apresentaram desvios, após a correção de Bonferroni: locos 2018, 2054 e 2140. Os valores de Fis foram significativos para todos os loco na população. Com relação ao grau de parentesco dos indivíduos, o r variou de 0,000 (não parente) até 0,5253 (pai e filho), indicando que há animais relacionados na área. Foram realizados testes para a determinação do sexo das amostras de C. brachyurus, que não demonstraram resultados satisfatórios, uma vez que os fragmentos esperados não foram amplificados em nenhum dos testes realizados e para nenhuma das amostras. A determinação da estimativa do tamanho populacional de C. brachyurus na área da EEJ pode ser utilizada para implantação de planos de manejo e conservação da espécie.

Submitted by Daniele Amaral (daniee_ni@hotmail.com) on 2016-09-23T19:47:17Z No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-26T18:36:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-26T18:36:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-26T18:36:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissAPS.pdf: 2015917 bytes, checksum: 31bf5daab82e3945d6aa1df3e4b5854b (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / This study describes the genetic diversity of a population of Hoary foxes (Lycalopex vetulus), animal whose habitat is in the physiognomy of Cerrado, one of the most fragmented and disturbed areas of Brazil. To this end, 33 individuals were captured in a region of cattle ranches in northern Minas Gerais and southeast of Goiás. We amplified 10 microsatellite loci. Our data reveal that these loci are useful in the study of genetic conservation. The genetic diversity present in individuals captured in this study, can be considered high, despite the high degree of fragmentation in the area. The effective population size calculated in this study shows that the genetic diversity supported by the animals studied is representative of a population of approximately 1,300 individuals. We conducted kinship estimates using three methods, one by reading the genotype by software, another through information obtained by field observation studies and a final one, used only when the first two were at odds, based on par visual analysis to analyze all alleles of all loci. With the aid of GPS, the distance between related individuals, paying attention to possible gender’s variation. We conclude that the fox is able to move long distances (over thirty kilometers) and that apparently there is no difference in the male and female dispersal capacity. / Neste estudo descrevemos a diversidade genética de uma população de raposas do campo (Lycalopex vetulus), animal cujo habitat se encontra na fitofisionomia de Cerrado, uma das mais fragmentadas e antropizadas do Brasil. Para tanto, foram capturados 33 indivíduos em uma região de fazendas de gado no norte de Minas Gerais e no sudeste de Goiás. Foram amplificados 10 loci de microssatélites. Os dados revelam que tais loci são úteis no estudo de genética da conservação. A diversidade genética, presente nos indivíduos capturados neste estudo, pode ser considerada alta, apesar do alto grau de fragmentação da área. O tamanho efetivo populacional calculado neste trabalho demonstra que a diversidade genética sustentada pelos animais estudados é representativa de uma população de aproximadamente 1.300 indivíduos. Realizamos estimativas de parentesco utilizando três métodos, um através da leitura dos genótipos por um software, outro através de informações obtidas por estudos de observação de campo e um último, utilizado somente quando os dois primeiros estavam em dissonância, baseado na análise visual par a par de todos os alelos dos loci. Com auxílio de georeferenciamento calculamos a distância entre indivíduos aparentados, atentando para possíveis variações de gênero. Concluímos que a raposa é capaz de se movimentar por grandes distâncias (superiores a trinta quilômetros) e que, aparentemente, não há diferença na capacidade de dispersão de machos e fêmeas.