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Diversidade genética das raças naturalizadas de suínos no Brasil por meio de marcadores microssatélites / Genetic diversity of naturalized brazilian pig breeds using microsatellite markers

Sollero, Bruna Pena 11 1900 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2006. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-10-30T16:09:35Z No. of bitstreams: 1 2006_Bruna Pena Sollero.pdf: 791723 bytes, checksum: 4af188a0d506ca15c4595854696a1601 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-06-17T19:17:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Bruna Pena Sollero.pdf: 791723 bytes, checksum: 4af188a0d506ca15c4595854696a1601 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-06-17T19:17:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Bruna Pena Sollero.pdf: 791723 bytes, checksum: 4af188a0d506ca15c4595854696a1601 (MD5) Previous issue date: 2006-11 / Em uma primeira etapa, foi analisada a distribuição das freqüências alélicas, por meio de 24 marcadores microssatélites, em doze grupos genéticos representantes da espécie Sus scrofa, além de um animal da espécie Tayassu tajacu, totalizando 205 animais. Posteriormente, com os mesmos marcadores, estimou-se a diversidade genética intra e inter-racial em cinco dos doze grupos genéticos representados por três raças naturalizadas de suínos do Brasil (Moura, Piau e Monteiro), uma raça comercial (Landrace) e um composto comercial (MS60). Foi ainda testada a existência de estruturação genética dentro dos últimos cinco grupos mencionados, totalizando 182 indivíduos. Os resultados desta segunda análise mostraram que 15,73% da variação total (p<0,001) observada foi em razão das diferenças inter-raciais. Com base no dendrograma, obtido a partir da distância DA de Nei e o método de agrupamento UPGMA, foi possível diferenciar três grupos. O primeiro representado pela raça comercial Landrace e o composto MS60, o segundo por duas raças naturalizadas (Piau e Monteiro), e o terceiro pela raça naturalizada Moura. A análise da variabilidade intra-racial indicou que a raça Piau obteve o maior valor de heterozigosidade dentre as naturalizadas, enquanto que a raça Landrace apresentou os maiores valores dentre as comerciais. A partir de uma análise baeysiana, foi possível identificar uma sub-estruturação somente dentro das raças Monteiro e Piau. Desta forma, foram observados para estas duas raças os menores valores de probabilidade de certificação racial e uma diferenciação genética significativa entre as raças Moura, Landrace e o composto MS60. O painel de marcadores microssatélites utilizados apresentou alta precisão (99,99%) para ser utilizado na exclusão de paternidade, inclusive em raças naturalizadas de suínos e se mostrou efetivo para ser usado como ferramenta importante para o manejo e conservação das raças naturalizadas de suínos. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / On a first step, it was analyzed the allelic distribution with 24 microsatellites loci in twelve genetic groups representing the Sus scrofa species and one animal of the species Tayassu tajacu, come down to 205 animals. After that, with the same microsatellite loci, the genetic diversity was estimated within and between five of the twelve genetic groups, represented by three naturalized Brazilian pig breeds (Moura, Piau and Monteiro), one commercial breed (Landrace) and one composite (MS60). It was also tested the existence of a genetic structure within these five groups, with a total of 182 individuals. The results of this second analysis showed that 15.73% of the total variation (p<0,001) observed was due to differences between breeds. Based on the dendrogram obtained from the DA Nei’s distance and the clustering method UPGMA, it was possible to differentiate three groups. The first one was formed by the commercial breed Landrace and the composite MS60, the second by two of the naturalized breeds (Piau and Monteiro) and the third by Moura naturalized breed. The analysis of the within breed variability indicated that the Piau breed presented the highest value of heterozigosity among the naturalized breeds, whereas the Landrace presented the highest value between the commercial ones. Using a baeysian analysis, a substructure was identified only within the Monteiro and Piau breeds. In such a way, that the lower values for breed certification probability were observed for these two breeds and a significant genetic differentiation between the Moura and Landrace breeds and the composite MS60. The microsatellite marker panel showed used high precision (99.99%), also when used paternity exclusion in naturalized pig breeds and showed to be effective to be used as an important tool for the management and conservation of the naturalized pig breeds.
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Análises molecular e morfométrica em populações naturais de Eupemphix nattereri, 1863 (Amphibia: Anura: Leptodactylidae) do Brasil Central

Silva, Daniela de Melo e January 2006 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2006. / Submitted by Priscilla Brito Oliveira (priscilla.b.oliveira@gmail.com) on 2009-11-06T02:04:20Z No. of bitstreams: 1 2006_Daniela de Melo e Silva.pdf: 5333572 bytes, checksum: f4b5ecc0dc199b9cc47634c789ce8a95 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-01-15T18:45:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Daniela de Melo e Silva.pdf: 5333572 bytes, checksum: f4b5ecc0dc199b9cc47634c789ce8a95 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-15T18:45:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Daniela de Melo e Silva.pdf: 5333572 bytes, checksum: f4b5ecc0dc199b9cc47634c789ce8a95 (MD5) Previous issue date: 2006 / A diversidade genética é necessária para a adaptação das populações a mudanças ambientais, podendo ser medida por métodos quantitativos e moleculares. O conhecimento da variabilidade de uma espécie é também fundamental para a conservação, sendo uma característica de destaque. Para determinar a diversidade genética de uma espécie, há a necessidade de avaliar a estrutura genética populacional, ou seja, a distribuição heterogênea e não aleatória dos alelos e genótipos no espaço e no tempo, resultante da ação de forças evolutivas tais como mutação, migração, seleção e deriva genética, que atuam diferentemente dentro do contexto de cada espécie e população. Desta forma, visando conhecer a estrutura genética da espécie Eupemphix nattereri, análises moleculares foram realizadas em 11 populações deste leiuperídeo, localizadas no Brasil Central (Goiás, São Paulo e Mato Grosso). Tais análises genéticas foram realizadas com marcadores domintantes do tipo RAPD. Além disto, foram feitas análises de 11 caracteres morfométricos dos espécimes de Eupemphix nattereri coletados somente em Goiás. Correlações entre as distâncias geográficas, morfométricas, genéticas e dados macro e microambientais foram analisadas com a utilização do teste de Mantel. Foram encontrados altos níveis de diversidade genética entre as onze populações, de acordo com três metodologias diferentes ( p, st e B), as quais estimaram coeficientes de divergência em torno de 0,30. O teste de Mantel não demonstrou uma correlação estatisticamente significativa entre as distâncias genéticas e geográficas, indicando que locais geograficamente próximos não seriam geneticamente similares, mesmo estando situados entre distâncias menores do que 50 km. A análise discrimante dos onze caracteres morfométricos demonstrou uma sobreposição espacial das variáveis analisadas nas nove populações, indicando, contudo, uma tendência para uma correlação estatisticamente significativa (p = 0, 08) entre as distâncias genética e morfométrica. Tal correlação não é casual entre o fenótipo e o genótipo, indicando estruturas espaciais comuns. Além disto, processos de isolamento por distância, apesar do baixo poder estatístico das análises, poderiam explicar a divergência populacional de Eupemphix nattereri. Assim, nossos resultados demonstraram que as populações de Eupemphix nattereri não estão estruturadas no espaco, apresentando uma distribuição aleatória e os dados genéticos indicaram ausência de isolamento por distância e de fluxo gênico conectando as populações. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genetic diversity is necessary to the adaptation of populations to environmental changes, and could be measured by quantitative and molecular methods. The knowledge of species variability is also fundamental for conservation, and is an important characteristic. To assess species genetic diversity, population genetic structure must be evaluated, which means, the knowledge of heterogeneous distribution of non random alleles and genotypes in space and time, as a result of evolutive process such as mutation, migration, natural selection and genetic drift, that act distinctly in the context of each species and population. To verify the genetic structure of Eupemphix nattereri, molecular analyses were conducted in 11 populations of this leiuperid, sampled in Central Brazil (Goias State, Rio Claro and Mato Grosso do Sul). Such analyses were estimated using dominant RAPD markers. Besides, 11 morphometric characters were evaluated only in populations of Goias State. Genetic and morphometric matrixes were analyzed as a function of geographical origin. Correlation among genetic, geographical, morphometric, micro and macroenviromental were analyzed by the Mantel test. Genetic data indicated high levels of genetic diversity (around 0.30), according to three different approaches ( ST, P and B), among the eleven populations. Mantel tests did not reveal a significant positive correlation between genetic variation and geographical distance, indicating that locally geographical populations are not genetically similar, even in distances smaller than 50 km. Discriminant analysis on 11 measurements showed considerable overlap between populations from different geographical areas, but there is a marginally significant correlation (p= 0.08) between genetic and morphometric distances. This correlation is not causal in terms of the relationship between phenotype and genotype, and indicates common spatial structures. Thus, isolation-by-distance processes, despite the low statistical power in the analyses, could explain population divergence in Eupemphix nattereri. So, our results indicated that Eupemphix nattereri populations were not structured in space, showing a random distribution. Besides, genetic data demonstrated lack of isolation-by-distance and lack of gene flow connecting populations.
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Variabilidade genética em genes do complexo principal de histocompatibilidade (DRB e DQA) em populações de Ctenomys flamarioni (Rodentia - Ctenomyidae), implicações em conservação

Fornel, Tatiane Noviski January 2013 (has links)
Ctenomys flamarioni é um roedor subterrâneo endêmico do litoral do Estado do Rio Grande do Sul - Brasil. Devido à sua distribuição restrita ao ambiente costeiro, que está em constante mudança, e à fragmentação e destruição do habitat, devido à ação humana, essa espécie está nas listas de fauna ameaçadas de extinção. Estudos anteriores, com marcadores microssatélites e DNA mitocondrial, identificaram a baixa variabilidade genética na espécie, por outro lado, o estudo de loci que se esperam estar sob seleção seria uma ferramenta importante para identificar a relação dos indivíduos com o ambiente e os processos que moldaram a variabilidade genética da espécie ao longo da história. O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é composto por um grupo de genes estreitamente ligados que constituem o componente genético mais importante do sistema imunológico dos mamíferos. Dois principais mecanismos têm sido descritos como responsáveis pela manuntenção da diversidade do MHC e estão relacionados com o combate de parasitas e com mecanismos reprodutivos, que evitam o endocruzamento. Nesse estudo investigamos a variabilidade genética dos loci DRB e DQA do MHC e comparamos os índices de diversidades com os valores encontrados em estudos com outros ctenomídeos e com os encontrados para loci neutros da mesma espécie. A diversidade genética para o locus DRB de C. flamarioni foi menor do que a encontrada em estudos para o mesmo locus em outras espécies do gênero e também foi menor do que a encontrada em estudos para a mesma espécie, com marcadores neutros, inclusive para populações que passaram por reduções recentes (gargalos-de-garrafa). Os resultados indicam que a seleção balanceadora não foi suficiente para manter a diversidade genética nas populações estudadas e que as reduções populacionais, identificadas através dos loci neutros, devem ter sido bastante drásticas, por afetarem também a diversidade de um locus conhecidamente bastante variável (DRB de MHC). Não pudemos avaliar a diversidade do locus DQA devido a alta incidência de sequências muito divergentes encontradas, possivelmente pseudogenes. O estado de conservação de Ctenomys flamarioni é considerado crítico, por todos os fatores que afetam a espécie, como a instabilidade do ambiente em que ocorrem, a fragmentação e destruição do habitat pela ação humana e pela sua baixa diversidade genética, especialmente em um locus importante do sistema imunológico. A perda da diversidade no locus de MHC poderia estar relacionada à diminuição do número de indivíduos por população, que aumenta o risco de endogamia, que por sua vez pode levar à perda da aptidão reprodutiva, expressão de alelos recessivos deletérios e perda da flexibilidade adaptativa. Além disso, a perda da diversidade em um locus importante para a defesa do organismo contra parasitas aumenta a suscetibilidade dos indivíduos a doenças, e todos esses fatores elevam o risco de extinções locais, colocando em perigo o futuro da espécie. / Ctenomys flamarioni is a subterranean rodent, endemic to the coastline of the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Due to its strict distribution to the coastal environment, which is constantly changing, and to habitat fragmentation and destruction caused by human actions, this species appears in lists of threatened fauna. Previous studies, using microsatellite markers and mitochondrial DNA, identified the low genetic variability in this species. On the other hand, the study of loci that are expected to be under balancing selection would be an important tool to identify the relation between individuals and their environment and processes which have molded the genetic variability of this species throughout history. The Major Histocompatibility Complex (MHC) is comprised by a closely connected group of genes that constitute the most important genetic component of the immune system of mammals. Two main mechanisms have been described as responsible for maintaining MHC diversity and are associated with parasite combat and reproductive mechanisms for inbreeding avoidance. In this study we investigated the genetic variability of the DRB and DQA loci of the MHC and compared these diversity indices with values found in studies about other ctenomyids and with values found for neutral loci in this species. The genetic diversity for the DRB locus in C. flamarioni was lower than what is found for the same locus in other species of the same genus and it was also lower than what was found in studies with this species using neutral markers, especially in populations which have gone through recent size reductions (bottlenecks). The results indicate that the balancing selection was not sufficient to maintain the genetic diversity in the studied populations and that population size reductions, identified through neutral loci, must have been very drastic, since they also affected the diversity of a loci which is known to be highly variable (DRB of the MHC). We could not evaluate the diversity for the DQA loci due to high incidence of very divergent sequences, possibly pseudogenes. The status of conservation of this species is considered critical due to all the factors that affect the species, such as the instability of the environment on which it occurs, habitat fragmentation and destruction caused by human actions, and its low genetic diversity, especially in an important locus of the immune system. The loss of diversity in the MHC locus could be associated to the decrease in number of individuals per population, which increases the risk of endogamy which, in turn, can lead to the loss of reproductive fitness, expression of deleterious recessive alleles and loss of adaptive flexibility. Moreover, the loss of diversity in a locus which is important in the defense of the organism against parasites increases the susceptibility of the individuals to diseases, and all these factors raise the risk of local extinctions, endangering the future of the species.
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Variabilidade genética em genes do complexo principal de histocompatibilidade (DRB e DQA) em populações de Ctenomys flamarioni (Rodentia - Ctenomyidae), implicações em conservação

Fornel, Tatiane Noviski January 2013 (has links)
Ctenomys flamarioni é um roedor subterrâneo endêmico do litoral do Estado do Rio Grande do Sul - Brasil. Devido à sua distribuição restrita ao ambiente costeiro, que está em constante mudança, e à fragmentação e destruição do habitat, devido à ação humana, essa espécie está nas listas de fauna ameaçadas de extinção. Estudos anteriores, com marcadores microssatélites e DNA mitocondrial, identificaram a baixa variabilidade genética na espécie, por outro lado, o estudo de loci que se esperam estar sob seleção seria uma ferramenta importante para identificar a relação dos indivíduos com o ambiente e os processos que moldaram a variabilidade genética da espécie ao longo da história. O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é composto por um grupo de genes estreitamente ligados que constituem o componente genético mais importante do sistema imunológico dos mamíferos. Dois principais mecanismos têm sido descritos como responsáveis pela manuntenção da diversidade do MHC e estão relacionados com o combate de parasitas e com mecanismos reprodutivos, que evitam o endocruzamento. Nesse estudo investigamos a variabilidade genética dos loci DRB e DQA do MHC e comparamos os índices de diversidades com os valores encontrados em estudos com outros ctenomídeos e com os encontrados para loci neutros da mesma espécie. A diversidade genética para o locus DRB de C. flamarioni foi menor do que a encontrada em estudos para o mesmo locus em outras espécies do gênero e também foi menor do que a encontrada em estudos para a mesma espécie, com marcadores neutros, inclusive para populações que passaram por reduções recentes (gargalos-de-garrafa). Os resultados indicam que a seleção balanceadora não foi suficiente para manter a diversidade genética nas populações estudadas e que as reduções populacionais, identificadas através dos loci neutros, devem ter sido bastante drásticas, por afetarem também a diversidade de um locus conhecidamente bastante variável (DRB de MHC). Não pudemos avaliar a diversidade do locus DQA devido a alta incidência de sequências muito divergentes encontradas, possivelmente pseudogenes. O estado de conservação de Ctenomys flamarioni é considerado crítico, por todos os fatores que afetam a espécie, como a instabilidade do ambiente em que ocorrem, a fragmentação e destruição do habitat pela ação humana e pela sua baixa diversidade genética, especialmente em um locus importante do sistema imunológico. A perda da diversidade no locus de MHC poderia estar relacionada à diminuição do número de indivíduos por população, que aumenta o risco de endogamia, que por sua vez pode levar à perda da aptidão reprodutiva, expressão de alelos recessivos deletérios e perda da flexibilidade adaptativa. Além disso, a perda da diversidade em um locus importante para a defesa do organismo contra parasitas aumenta a suscetibilidade dos indivíduos a doenças, e todos esses fatores elevam o risco de extinções locais, colocando em perigo o futuro da espécie. / Ctenomys flamarioni is a subterranean rodent, endemic to the coastline of the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Due to its strict distribution to the coastal environment, which is constantly changing, and to habitat fragmentation and destruction caused by human actions, this species appears in lists of threatened fauna. Previous studies, using microsatellite markers and mitochondrial DNA, identified the low genetic variability in this species. On the other hand, the study of loci that are expected to be under balancing selection would be an important tool to identify the relation between individuals and their environment and processes which have molded the genetic variability of this species throughout history. The Major Histocompatibility Complex (MHC) is comprised by a closely connected group of genes that constitute the most important genetic component of the immune system of mammals. Two main mechanisms have been described as responsible for maintaining MHC diversity and are associated with parasite combat and reproductive mechanisms for inbreeding avoidance. In this study we investigated the genetic variability of the DRB and DQA loci of the MHC and compared these diversity indices with values found in studies about other ctenomyids and with values found for neutral loci in this species. The genetic diversity for the DRB locus in C. flamarioni was lower than what is found for the same locus in other species of the same genus and it was also lower than what was found in studies with this species using neutral markers, especially in populations which have gone through recent size reductions (bottlenecks). The results indicate that the balancing selection was not sufficient to maintain the genetic diversity in the studied populations and that population size reductions, identified through neutral loci, must have been very drastic, since they also affected the diversity of a loci which is known to be highly variable (DRB of the MHC). We could not evaluate the diversity for the DQA loci due to high incidence of very divergent sequences, possibly pseudogenes. The status of conservation of this species is considered critical due to all the factors that affect the species, such as the instability of the environment on which it occurs, habitat fragmentation and destruction caused by human actions, and its low genetic diversity, especially in an important locus of the immune system. The loss of diversity in the MHC locus could be associated to the decrease in number of individuals per population, which increases the risk of endogamy which, in turn, can lead to the loss of reproductive fitness, expression of deleterious recessive alleles and loss of adaptive flexibility. Moreover, the loss of diversity in a locus which is important in the defense of the organism against parasites increases the susceptibility of the individuals to diseases, and all these factors raise the risk of local extinctions, endangering the future of the species.
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Estrutura populacional do caranguejo Chama-Maré Uca Thayeri Rathbun, 1900 (Crustacea, Decapoda, Ocypodidae) no manguezal do Rio Formoso, PE, Brasil

FARIAS, Alexandra Carla de Almeida 31 January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T23:13:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo741_1.pdf: 1392118 bytes, checksum: f543e5bef70fbb2b16d81274ea145c8f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Este trabalho teve como objetivo caracterizar a estrutura populacional de Uca thayeri do estuário de rio Formoso, PE, e para isto foram investigados o tamanho corpóreo, o tamanho na maturidade sexual morfológica, a distribuição de freqüência total e mensal, a proporção sexual, o período reprodutivo, a fecundidade e o recrutamento. As amostragens dos exemplares foram realizadas mensalmente entre Abril de 2009 a Março de 2010 em três áreas distintas, por uma pessoa durante 20 minutos em cada área, pelo esforço de captura, em período de maré baixa. Em laboratório, os exemplares tiveram a largura da carapaça (LC), o comprimento do própodo do quelípodo maior (CPQ) e a largura do abdome (LA) mensurados e o sexo e a condição ovígera listados. Foram coletados 2.124 indivíduos, sendo 1.014 machos e 1.110 fêmeas, destas 207 estavam ovígeras. Os machos apresentaram um tamanho médio (15,3 ± 4,07 mm) similar ao das fêmeas (15,0 ± 3,52 mm). Machos e fêmeas (50% da população) atingiram a maturidade sexual morfológica aos 13,8 mm e 12,7 de LC, respectivamente. A distribuição total de frequência em classes de tamanho de largura da carapaça de machos e fêmeas de U. thayeri apresentou-se unimodal e na análise mensal foi observada bimodalidade ou polimodalidade na maioria dos meses. A razão sexual total foi desviada a favor das fêmeas (0,91: 1,0) e na análise sazonal os machos foram mais numerosos no outono e as fêmeas na primavera. A presença de fêmeas ovígeras foi constante durante o ano todo, mas com maior freqüência no verão. Já o recrutamento de U. thayeri ocorreu durante o ano todo, mas se mostrando mais abundante no inverno e no verão. A fecundidade média foi 8.859,2 ± 4.607,5 ovos, variando de 1.400 a 23.850 ovos. Os resultados obtidos refletem que a população de U. thayeri, está bem estabilizada no estuário do Rio Formoso, onde as condições ambientais parecem ser suficientes para a realização das suas funções vitais, como alimentação e reprodução. Entretanto, quando comparada a outras populações do sudeste do Brasil, observa-se que alguns aspectos populacionais são distintos, especialmente o período reprodutivo e a fecundidade, provavelmente em decorrência da variação latitudinal
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Diversidade Genética populacional nas espécies pioneiras cyperus ligularis l.,C.odoratus L.(cyperaceae) e micononia prasina (Sw.) DC.(melastomataceae) ocorrentes em Remanescentes da floresta Atlântica de Pernambuco detectadapelos marcadoes moleculares DAF e ISSR.

CRUZ, Geyner Alves dos Santos 31 January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3644_1.pdf: 1299232 bytes, checksum: 800d780020fc914526cf602568277157 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A Floresta Atlântica tem sofrido contínuas retrações resultando em urgente demanda por novas estratégias para sua preservação e para o entendimento das conseqüências da fragmentação, especialmente visando à sua conservação. Considerando este cenário, as famílias Cyperaceae e Melastomataceae representam importante papel, devido à sua função como pioneiras e regeneradoras florestais. O presente trabalho objetivou estudar a diversidade genética e o fluxo gênico entre populações das espécies pioneiras Cyperus ligularis e C. odoratus (Cyperaceae) ocorrentes em um fragmento urbano de Floresta Atlântica da Reserva de Dois Irmãos Recife (PE) e em seus arredores, bem como de Miconia prasina (Melastomataceae) ocorrente em três fragmentos periurbanos de Floresta Atlântica na Usina São José (USJ) em Igarassu (PE), mediante marcadores moleculares DAF (DNA Amplification Fingerprinting) e ISSR (Inter Simple Sequence Repeats). O fenograma gerado através do DAF para as populações de C. ligularis e C. odoratus demonstrou total separação genética entre estas espécies, sustentado por 165 marcas polimórficas interespecíficas. Adicionalmente, as populações apresentaram alta diversidade genética entre si de acordo com o índice Gst de Nei (Gst- 0,3632), correlacionada a uma baixa taxa de fluxo gênico a partir do índice de número de migrantes observado Nm- 0,8766. Os indivíduos da espécie C. odoratus foram coletados apenas nas proximidades de dois açudes da Reserva de Dois Irmãos constituída por um fragmento de Floresta Atlântica, apresentando maior diversificação genética entre eles do que os de C. ligularis, ocorrentes também na Reserva de Dois Irmãos bem como em populações adjacentes sob forte influência antrópica, havendo distância de até 3 km entre os plots amostrados. Estes resultados sugerem a existência de maior variação intraespecífica e intrapopulacional para C. odoratus. Em contrapartida a menor variabilidade observada em C. ligularis sugere a influência de um possível efeito fundador na capacidade em ocupar áreas urbanas mais secas ou úmidas e poluídas, limitada a uma combinação específica de fatores genéticos, a despeito da diversidade de locais e áreas amostradas, desta forma agruparam-se aleatoriamente sugerindo a formação de uma metapopulação. Foram obtidos para as populações de M. prasina 237 loci polimórficos a partir do DAF e ISSR onde a estimativa global de diversidade genética (Dg%) foi de 91 e 85,5% para DAF e ISSR, respectivamente, tendo o fragmento de Floresta Atlântica Macacos (Mac) como a maior contribuinte e os fragmentos Açude do Prata (Apr) e Pezinho (Pez) como os menores, sugerindo que Mac se apresenta com maior potencial de adaptabilidade. Os dados de Dg% intrapopulacional apontam Mac com o maior índice, provavelmente devido à polinização e dispersão neste, e Apr e Pez, com os menores sugerindo maior atenção no sentido de conservação destes. A partir dos agrupamentos foram observados indícios de estruturação genética da população Apr em relação às demais, fato também indicado por as análises populacionais (Gst e Nm). A partir dos Gst e Nm globais por DAF e DAF/ISSR foi observada uma divergência genética entre os fragmentos de Floresta Atlântica analisados, sugerindo-se que tal fenômeno seria conseqüência das expansões e retrações da Floresta Atlântica ocorridas durante o Quaternário, bem como da pressão antrópica. A associação destes dados com observações de campo e de biologia reprodutiva devem auxiliar no entendimento da dinâmica das populações analisadas e do papel destas plantas nos processos sucessionais
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Variabilidade genética em genes do complexo principal de histocompatibilidade (DRB e DQA) em populações de Ctenomys flamarioni (Rodentia - Ctenomyidae), implicações em conservação

Fornel, Tatiane Noviski January 2013 (has links)
Ctenomys flamarioni é um roedor subterrâneo endêmico do litoral do Estado do Rio Grande do Sul - Brasil. Devido à sua distribuição restrita ao ambiente costeiro, que está em constante mudança, e à fragmentação e destruição do habitat, devido à ação humana, essa espécie está nas listas de fauna ameaçadas de extinção. Estudos anteriores, com marcadores microssatélites e DNA mitocondrial, identificaram a baixa variabilidade genética na espécie, por outro lado, o estudo de loci que se esperam estar sob seleção seria uma ferramenta importante para identificar a relação dos indivíduos com o ambiente e os processos que moldaram a variabilidade genética da espécie ao longo da história. O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é composto por um grupo de genes estreitamente ligados que constituem o componente genético mais importante do sistema imunológico dos mamíferos. Dois principais mecanismos têm sido descritos como responsáveis pela manuntenção da diversidade do MHC e estão relacionados com o combate de parasitas e com mecanismos reprodutivos, que evitam o endocruzamento. Nesse estudo investigamos a variabilidade genética dos loci DRB e DQA do MHC e comparamos os índices de diversidades com os valores encontrados em estudos com outros ctenomídeos e com os encontrados para loci neutros da mesma espécie. A diversidade genética para o locus DRB de C. flamarioni foi menor do que a encontrada em estudos para o mesmo locus em outras espécies do gênero e também foi menor do que a encontrada em estudos para a mesma espécie, com marcadores neutros, inclusive para populações que passaram por reduções recentes (gargalos-de-garrafa). Os resultados indicam que a seleção balanceadora não foi suficiente para manter a diversidade genética nas populações estudadas e que as reduções populacionais, identificadas através dos loci neutros, devem ter sido bastante drásticas, por afetarem também a diversidade de um locus conhecidamente bastante variável (DRB de MHC). Não pudemos avaliar a diversidade do locus DQA devido a alta incidência de sequências muito divergentes encontradas, possivelmente pseudogenes. O estado de conservação de Ctenomys flamarioni é considerado crítico, por todos os fatores que afetam a espécie, como a instabilidade do ambiente em que ocorrem, a fragmentação e destruição do habitat pela ação humana e pela sua baixa diversidade genética, especialmente em um locus importante do sistema imunológico. A perda da diversidade no locus de MHC poderia estar relacionada à diminuição do número de indivíduos por população, que aumenta o risco de endogamia, que por sua vez pode levar à perda da aptidão reprodutiva, expressão de alelos recessivos deletérios e perda da flexibilidade adaptativa. Além disso, a perda da diversidade em um locus importante para a defesa do organismo contra parasitas aumenta a suscetibilidade dos indivíduos a doenças, e todos esses fatores elevam o risco de extinções locais, colocando em perigo o futuro da espécie. / Ctenomys flamarioni is a subterranean rodent, endemic to the coastline of the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Due to its strict distribution to the coastal environment, which is constantly changing, and to habitat fragmentation and destruction caused by human actions, this species appears in lists of threatened fauna. Previous studies, using microsatellite markers and mitochondrial DNA, identified the low genetic variability in this species. On the other hand, the study of loci that are expected to be under balancing selection would be an important tool to identify the relation between individuals and their environment and processes which have molded the genetic variability of this species throughout history. The Major Histocompatibility Complex (MHC) is comprised by a closely connected group of genes that constitute the most important genetic component of the immune system of mammals. Two main mechanisms have been described as responsible for maintaining MHC diversity and are associated with parasite combat and reproductive mechanisms for inbreeding avoidance. In this study we investigated the genetic variability of the DRB and DQA loci of the MHC and compared these diversity indices with values found in studies about other ctenomyids and with values found for neutral loci in this species. The genetic diversity for the DRB locus in C. flamarioni was lower than what is found for the same locus in other species of the same genus and it was also lower than what was found in studies with this species using neutral markers, especially in populations which have gone through recent size reductions (bottlenecks). The results indicate that the balancing selection was not sufficient to maintain the genetic diversity in the studied populations and that population size reductions, identified through neutral loci, must have been very drastic, since they also affected the diversity of a loci which is known to be highly variable (DRB of the MHC). We could not evaluate the diversity for the DQA loci due to high incidence of very divergent sequences, possibly pseudogenes. The status of conservation of this species is considered critical due to all the factors that affect the species, such as the instability of the environment on which it occurs, habitat fragmentation and destruction caused by human actions, and its low genetic diversity, especially in an important locus of the immune system. The loss of diversity in the MHC locus could be associated to the decrease in number of individuals per population, which increases the risk of endogamy which, in turn, can lead to the loss of reproductive fitness, expression of deleterious recessive alleles and loss of adaptive flexibility. Moreover, the loss of diversity in a locus which is important in the defense of the organism against parasites increases the susceptibility of the individuals to diseases, and all these factors raise the risk of local extinctions, endangering the future of the species.
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Estratégias de povoamento e despesca no cultivo do camarão-da-amazônia Macrobrachium amazonicum: efeitos na estrutura populacional e na produção

Preto, Bruno de Lima [UNESP] 03 August 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-08-03Bitstream added on 2014-06-13T20:48:49Z : No. of bitstreams: 1 preto_bl_me_jabo.pdf: 265627 bytes, checksum: 8fa1737e43e168a6e9afaf6b0685c04e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O objetivo deste trabalho foi verificar a influência do gradeamento e das despescas seletivas na estrutura populacional do Macrobrachium amazonicum. Doze viveiros de aproximadamente 0,01 ha foram estocados com 40 juvenis/m². O delineamento experimental foi em blocos casualizados com quatro tratamentos e três repetições. Os tratamentos foram: fração “upper” de juvenis gradeados, fração “lower” de juvenis gradeados, juvenis não gradeados mais uso de despescas seletivas e juvenis não gradeados (tradicional). As principais variáveis físicas e químicas da água foram monitoradas. Os camarões foram alimentados com dieta comercial peletizada (35% de proteína bruta). A biomassa dos camarões foi estimada por meio de biometrias realizadas a cada três semanas. Nestas, os camarões eram pesados e diagnosticados quanto ao sexo. Os machos foram classificados em “Translucent Claw”, “Cinnamon Claw”, “Green Claw 1” e “Green Claw 2”. As fêmeas foram classificadas em ovígeras, adultas não ovígeras e virgens. Estes parâmetros também foram estudados nas amostras dos camarões retirados nas despescas seletivas. Após 3,5 meses de cultivo foi realizada a despesca total. Os animais foram contados e uma amostra de 10 % de cada viveiro foi analisada quanto aos mesmos parâmetros das biometrias. O gradeamento dos juvenis e o uso das despescas seletivas alteram a estrutura populacional do M. amazonicum. A estrutura populacional no tratamento “lower” foi menos desenvolvida que no tratamento “upper”. Já a estrutura populacional no tratamento despesca seletiva foi alterada com a retirada dos animais dominantes ao longo do cultivo. / This work aimed to evaluate size-grading and selective harvesting effects on population structure of Macrobrachium amazonicum. Twelve 0.01 ha ponds were stocked with 40 juveniles/m². A randomized-complete-blocks design with 4 treatments and 3 replicates was used. The treatments were: upper size-graded juveniles, lower size14 graded juveniles, non-graded juveniles with selective harvesting and non-graded juveniles (traditional). The important water parameters for aquaculture were monitored. The animals were feed with a commercial pellet diet (35% crude protein). The prawn biomass was estimated throughout sample weighting every three week. After sex separation, the males were classified as “Translucent Claw”, “Cinnamon Claw”, “Green Claw 1” and “Green Claw 2”; and the females as barried, opened and virgins. That was also applied with the selective harvesting. After 3.5 months the ponds were completely harvested. The animals were counted and a 10% sample of each pond was weighted, sexed and classified. The size-grading juveniles and culled harvest changed the population structure of this specie. It was less developed in the lower size-graded compared to the upper size-graded treatment. The population structure in selective harvesting treatment was changed by the harvest of the dominant animals over the experimental period.
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Relações genéticas em espécies de camarões peneídeos (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) de ocorrência no litoral brasileiro

Marques, Carla Guinart 21 August 2015 (has links)
Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-05-12T19:07:01Z No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T18:08:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Penaeidae family occurs in all oceans, particularly in tropical regions and represents an important global fishing resource. In Brazil, penaeid species have been shown decline, of their populations, which are considered overexploited. Therefore, a greater knowledge about these species is required for the developing of appropriate conservation actions. However, genetic studies of penaeids, including phylogeography, geographic distribution and phylogeny, are still scarce. In the present work, genetic structure and genetic relationships were characterized for different marine shrimp species belonging to the Penaeidae family, with special emphasis on those of occurrence in the Brazilian coast (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Mitochondrial and nuclear markers were used in order to clarify aspects related to the geographic distribution and genetic relationships among the studied penaeid species and the implications for conservationist approaches. Specific oligonucleotides were designed to amplify four mtDNA regions (COI, 16S, Cytb and DLoop). The results showed efficient patterns for 16 native species of Brazilian and Mozambican coasts. Numts presence and its implication for penaeid genetics were investigated using specific and universal primers for COI gene. Pseudogenes were detected for some penaeid species. Cytb pseudogene for the Penaeidae family was reported by the first time. DNA barcoding approach was tested in several species from Brazilian coast. The barcoding analysis evidenced a high range of intraspecific distance, suggesting the necessity of taxonomic review into Penaeidae. The existence of species complex was investigated for both X. kroyeri and F. subtilis. Phylogeographical signs and population structure were no observed for F. subtilis along the Brazilian coast. F. paulensis populations, collected in Lagoa dos Patos (RS) and Cananéia (SP), showed genetic structuring by analyzing of COI gene. That data can be reflecting the existence of differentiated-genetically adult stocks or ancient structure. Two recent population expansions, one of them before and the other one after the last period of the maximum glacial, were observed for F. paulensis. mtDNA and RAD-seq data were using to study the species X. kroyeri populations. The mtDNA analysis suggested that the upwelling from Cabo Frio (RJ) consists in a semipermeable barrier to X. kroyeri species, limiting the genetic flow between populations from North and South of Cabo Frio for. The analysis of approximately three thousand SNPs revealed three different genetic stocks, possibly related to the hydrodynamic characteristics of the sampled geographic regions, which may be holding different larvae pools. The study herein brings important information about genetic relationships and population structure for Penaeidae species, mainly those species occurring in Brazil. Such data can be help to foment future actions aiming the conservation of penaeid species, which present ecological and socioeconomic relevance. / A família Penaeidae ocorre em todos os oceanos, principalmente nas regiões tropicais e presenta grande importância econômica mundial. No Brasil, os peneídeos têm mostrado declínio nas populações, as quais são consideradas sobreexplotadas. Dessa forma, melhor conhecimento dessas espécies se faz necessário para que medidas conservacionistas mais adequadas sejam tomadas. Estudos genéticos em peneídeos, fincluindo filogeografia, distribuição geográfica e filogenia ainda são escassos. No presente estudo, a estrutura genética e as relações genéticas foram caracterizarizadas para distintas espécies de camarões marinhos pertencentes à família Penaeidae, com ênfase especial nas de ocorrência no litoral brasileiro (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Marcadores mitocondriais e nucleares, foram usados com o intuito de esclarecer aspectos relacionados à distribuição geográfica e relações genéticas entre as espécies estudadas e suas implicações conservacionistas. Oligonucleotideos específicos foram desenvolvidos para amplificação de quatro regiões mtDNA (COI, 16S, Cytb e DLoop), os quais foram eficientes para 16 espécies nativas da costa brasileira e moçambicana. A presença de numts e suas implicações para a genética de peneideos foi investigada utilizando primers específicos e universais para o gene COI, sendo observada a presença pseudogene em algumas espécies. Foi evidenciada pela primeira vez em Penaeidae a presença de pseudogene Cytb. A eficiência do DNA Barcode foi testada em diversas espécies coletadas no litoral brasileiro. Foi observada uma alta variação da distancia intraespecífica, indicando a necessidade de uma revisão nesta família. A existência de um complexo de espécies foi verificada nas espécies X. kroyeri e F. subtilis. Sinais filogeográficos ou estruturação populacional não foram observadas ao longo da costa brasileira para F. subtilis. Uma leve estruturação populacional foi encontrada para Farfantepenaeus paulensis entre populações da Lagoa dos Patos-RS e Cananéia-SP, utilizando-se o gene COI. Este dado pode estar refletindo a existência de estoques de adultos geneticamente diferentes ou uma estruturação antiga. Duas expansões populacionais recentes foram observadas para esta espécie, sendo uma antes e outra após o período da última glaciação máxima. Dados de mtDNA e RAD-seq foram tilizados para estudar as populações de X. kroyeri. A análise mitocondrial sugeriu que ressurgência em Cabo Frio-RJ apresenta-se como uma barreira semipermeável para esta espécie, limitando o fluxo gênico entre populações situadas ao norte e ao sul de Cabo Frio. A análise de aproximadamente 3mil SNPs revelou três possíveis estoques genéticos, possivelmente relacionado a características hidrodinâmicas das regiões amostradas, as quais podem estar retendo larvas. O presente estudo trás importantes informações sobre as relações genéticas, estrutura de populações e filogeografia de espécies da família Penaeidae, principalmente as de ocorrência no litoral brasileiro. Essas informações podem ajudar futuras tomadas de decisão que visem a conservação dessas espécies, as quais apresentam relevância ecológica e/ou socioeconomica, representando um importante recurso pesqueiro.
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Estrutura genética das populações de abelhas africanizadas (Apis mellifera L.) e suas relações com as raças parentais determinadas por meio da análise de microssatélites

Collet, Thaís 04 August 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2754.pdf: 1596501 bytes, checksum: 942c46cb613e5d89c8ba3fa8cd1a6111 (MD5) Previous issue date: 2009-08-04 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Africanization process through the Americas started in 1956 with the introduction in Rio Claro (SP) of Apis mellifera scutellata queens from South Africa. The resultant alterations of this process in the characteristics of the preexisting honeybee populations have been measured through several methods, including morphometry, allozymes, mitochondrial DNA patterns and in a lower degree the microsatellite loci. The aim of this study was to determine the genetic structure of the A. mellifera Africanized populations from seven countries of South and Central Americas, employing 12 microsatellite loci. Parental populations from Europe and Africa were used as control. The results obtained from 2034 colonies analyzed indicated that the American Africanized populations presented a high variability and have essentially an African genetic constitution. The South region of Argentina is an exception since those samples keep the variation patterns of the European populations, with a lower degree of polymorphism. However, the presence of Africanized honeybees in high altitudes and low temperatures observed in Colombia indicate that the restrictions for the colonization of temperate regions by the Africanized swarms are not only due to the temperature. Concerning to the low frequencies of the European patterns in the Africanized populations, the contribution of genes characteristics of subspecies from the M lineage (A. m. iberiensis) is higher, with a very low proportion of C lineage genes (A. m. ligustica). Results of population structure indicate that the Africanized populations are genetically low differentiated. Even though a low fraction of European genes exists in the Africanized populations, we can affirm that the genetic constitution of the honeybees of Americas is a straight result of the introduction of A. m. scutellata in Brazil. / O processo de africanização da abelha melífera pelas Américas teve início em 1956 com a introdução em Rio Claro (SP) de rainhas de Apis mellifera scutellata oriundas da África do Sul. As alterações resultantes deste processo nas características das populações preexistentes têm sido mensuradas por métodos distintos, dentre os quais se destacam a análise morfométrica, alozímica, padrões do DNA mitocondrial e, em menor grau, os locos microssatélites. Este trabalho objetivou determinar a estrutura genética de populações africanizadas de A. mellifera provenientes de sete países das Américas do Sul e Central a partir da análise de 12 locos microssatélites. Populações parentais da Europa e África foram utilizadas como controle. Os resultados obtidos após análise de 2.034 colônias indicam que as populações africanizadas das Américas apresentam elevada variabilidade e uma constituição genética essencialmente africana. Exceção a esta observação ocorre na região sul da Argentina, cujas amostras analisadas mantêm o padrão de variação das populações de origem européia, com menor grau de variação. No entanto, a presença das abelhas africanizadas em elevadas altitudes e baixas temperaturas na Colômbia sugere que as restrições à colonização de regiões temperadas pelos enxames africanizados não se devem somente à temperatura. Em meio à baixa freqüência de padrões europeus nas populações africanizadas analisadas, destaca-se a contribuição de genes característicos de subespécies da linhagem M (A. m. iberiensis) e uma proporção muito baixa de genes da linhagem C (A. m. ligustica). Os resultados de estruturação populacional indicam que as populações africanizadas são pouco diferenciadas geneticamente e, embora a pequena fração de genes europeus, pode-se afirmar que a constituição genética das abelhas melíferas hoje nas Américas é resultado direto da referia introdução de A. m. scutellata no Brasil.

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