Made available in DSpace on 2014-06-12T23:00:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo431_1.pdf: 3912617 bytes, checksum: 311986b80a67cd7a25b6dd2af3f2fa04 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Apesar da extensiva literatura disponível sobre portunídeos, poucos estudos foram realizados sobre a ecologia deste grupo no litoral do estado de Pernambuco. O presente trabalho tem por objetivo descrever a ecologia populacional e reprodutiva do siri Callinectes danae Smith, 1869 (Crustacea: Decapoda: Portunidae) no complexo estuarino do Canal de Santa Cruz, Itamaracá, Pernambuco. Para tal, foram determinadas quatro estações de amostragem, onde foram realizadas coletas mensais de siris de Janeiro a Dezembro de 2009. Em laboratório, os siris foram identificados ao nível de espécie, sendo encontradas cinco espécies: C. danae (espécie dominante), C. exasperatus (Gerstaecker, 1856), C. marginatus (A. Milne-Edwards, 1861), C. bocourti A. Milne-Edwards, 1879 e Charybdis helleri (A. Milne Edwards, 1867), espécie exótica do Indo-Pacífico Oeste. Por ser a espécie mais abundante, C. danae foi escolhida como espécie alvo no presente estudo. Foram obtidos a largura da carapaça para ambos os sexos, a largura do abdômen para as fêmeas e o comprimento do quelípodo para os machos, bem como estimou-se a proporção sexual por mês. Foram considerados quatro estágios de maturação para os testículos (imaturo, rudimentar, em desenvolvimento e desenvolvido) e seis estágios de maturação para os ovários (imaturo, rudimentar, em desenvolvimento, maduro e esvaziado), e com base neles foi estimada a maturação gonadal e o período reprodutivo. A determinação da maturidade morfológica foi baseada na relação entre comprimento do quelípode x largura de carapaça para machos e largura de abdômen x largura de carapaça para as fêmeas. A proporção sexual, considerando todas as estações e meses de amostragem, foi de 1♂ : 0,98♀. Porém, foram encontradas diferenças na proporção sexual entre as áreas de coleta. Os machos e os juvenis residem preferencialmente nas áreas internas do estuário, e as fêmeas adultas e ovígeras habitam as áreas de maior influência marinha. Enquanto os juvenis se beneficiam da abundância de abrigos e comida no ambiente estuarino, as fêmeas ovígeras migram para áreas de maior profundidade e salinidade visando prover um ambiente mais favorável ao desenvolvimento embrionário e à exportação das larvas para fora do estuário. Os machos apresentaram largura de carapaça média superior à média das fêmeas (respectivamente, 60.07±15.68mm e 52.91±12.40mm), uma adaptação que confere maior proteção às fêmeas, especialmente em pós muda e logo após a cópula. A curva de maturidade gonadal indicou que 50% das fêmeas alcançaram a maturidade em 63.5mm LC, e na análise morfológica, 50% das fêmeas alcançaram a maturidade em 59.5mm LC. Já 50% dos machos alcançaram a maturidade morfológica em 70.5mm LC, e gonadal em 74.5mm LC. A presença de machos e fêmeas maduros em todos os meses do ano, e de fêmeas ovígeras em quase todos os meses, indica que a atividade reprodutiva provavelmente ocorre continuamente, porém foram encontrados picos de abundância de fêmeas ovígeras em fevereiro, março e setembro. Portanto, a reprodução de C. danae no CSC foi caracterizada como sazonal-contínua. Este trabalho consiste no primeiro relato sobre a maturação sexual dos machos de C. danae para o Nordeste brasileiro, bem como documenta a migração reprodutiva desta espécie nessa região

O curimbatá (Prochilodus lineatus) é uma espécie de importância comercial na pesca continental brasileira, especialmente na região da bacia do Rio Grande. Diversos estudos foram realizados com o curimbatá nesta região, incluindo os de delimitação populacional. Desde então, a região passou por alterações ambientais causadas pela construção de diversas barragens, impossibilitando migrações a montante, essenciais para a reprodução de P. lineatus. O presente estudo teve como objetivo verificar o impacto das barragens, sob o ponto de vista genético, na população de curimbatá da bacia do Rio Grande. Para tanto, foi utilizada a técnica de PCR-RFLP do fragmento entre os genes ND2 e CO1 e também da região controle, ambos do mtDNA, com 10 e 15 enzimas de restrição, respectivamente. Foram realizadas coletas em nove localidades entre barragens que não possuíam escadas para a migração de peixes. As localidades são: no Rio Grande - Cardoso, Colômbia, Conceição das Alagoas, Igarapava, Pedregulho e São João Batista do Glória; no Rio Mogi-Guaçu - Pirassununga e Espírito Santo do Pinhal; e no Rio Pardo - Jaborandi. Os resultados obtidos na análise do fragmento ND2-CO1 com três amostras, sendo uma de cada rio, não evidenciaram divergência significativa. Os índices de diversidade genética (haplotípica e nucleotídica) observados foram baixos, quando comparados com outras espécies de peixes. Estes resultados são condizentes com o esperado para seqüências conservadas, por isso, optou-se pela análise de uma região mais variável, como a região controle do mtDNA. Os resultados obtidos para a região controle (Fst, distribuição de Monte Carlo, teste exato e AMOVA) evidenciaram divergência significativa entre a amostra de Jaborandi e as demais, este fato pode ser devido a uma sub-estruturação populacional, ou a um erro de identificação da localidade de coleta. As outras amostras evidenciaram que, em geral, fazem parte de uma única população sob o ponto de vista genético. Não foi observada estruturação por distância, já que não houve correlação entre a distância genética e a distância geográfica. Os índices de diversidade (nucleotídica e haplotípica) são considerados de altos a moderados, sendo que os maiores foram obtidos para as amostras localizadas em trechos onde ainda há características naturais da bacia. A presença de poucos haplótipos amplamente distribuídos e internos na rede de haplótipos e de diversos haplótipos raros localizados perifericamente na rede, são um indício de expansão populacional recente. A expansão foi averiguada, também, com testes de neutralidade e gráficos de distribuição mismatch. O tempo de expansão foi calculado em 238 mil anos, que corresponde ao Pleistoceno Médio, época de grandes mudanças climáticas na América do Sul. Em conclusão, as alterações ambientais provocadas pelas barragens não geraram, a curto prazo, diferenças significativas entre as amostras estudadas, assim como parecem não estar diminuindo a variabilidade genética do curimbatá, quando comparada com a de populações naturais de outros rios. A divergência obtida para Jaborandi deve ser melhor estudada, mas parece refletir ausência de fluxo anterior à construção das barragens. O objetivo pretendido é o de apresentar um parâmetro de comparação para estudos futuros, especialmente aqueles que enfoquem o monitoramento da variabilidade genética do curimbatá. Estudos de longo prazo devem ser realizados no intuito de auxiliar o manejo pesqueiro do curimbatá, inclusive em programas de repovoamento. / Prochilodus lineatus has a commercial importance in the Brazilian freshwater fishing, especially in the Rio Grande basin. Several studies have been done with P. lineatus in this area, including those delimiting populations. Since then, the Rio Grande basin has been changed due to environmental impacts caused by construction of several dams. The most expressive impact for this population of P. lineatus was the impossibility of upstream migration, essential for its reproduction. The present study aimed at genetically verifying the impact of dams in the population of P. lineatus from Rio Grande basin. The PCR-RFLP method was used in mitochondrial DNA fragments ND2-CO1 and control region, with 10 and 15 restriction enzymes, respectively. Nine samples colected between dams with no fish ladders were analyzed: in Rio Grande - Cardoso, Colômbia, Conceição das Alagoas, Igarapava, Pedregulho e São João Batista do Glória; in Rio Mogi-Guaçu - Pirassununga e Espírito Santo do Pinhal; and in Rio Pardo – Jaborandi. Analysis results of the ND2-CO1 fragment with three samples, one from each river, did not show significant divergence. Values of haplotype and nucleotide diversity were low when compared to other fish species. These results are expected for conserved sequences, so analysis of a more variable region, such as the control region, was chosen. Results of the control region (Fst, Monte Carlo distribution, exact test and AMOVA) showed a significant divergence between Jaborandi sample and the others. This could be due to a population structure, or to an error in the locality identification. The other samples seem to be part of a single population. Isolation by distance was not verified since there is no correlation between genetic and geographic distances. Values of haplotype and nucleotide diversity ranged from high to moderate, with the highest values found in samples from localities where natural features of the basin still exist. Presence of few and widely distributed haplotypes internally in the haplotype net, and the occurrence of several other rare haplotypes distributed peripherically in the haplotype net, are typical of a recent population expansion. The expansion was also verified in neutrality tests and mismatch distribution. The calculated expansion time is 238 thousands of years that correspond to the Median Pleistocene, a period of great climatic changes in South America. In conclusion, the environmental changes caused by dams did not generate significant differences among the analyzed samples, in a short-term, and did not seem to be decreasing the genetic variability of P. lineatus, when compared to other natural populations. Divergence obtained for Jaborandi should be better studied, but seems to reflect the absence of gene flow prior to the construction of dams. These work intents to present a comparative parameter for future studies, especially those monitoring the genetic variability of P. lineatus. Longterm studies must be conducted to help fisheries management of P. lineatus, including restock programs.

As tartarugas marinhas são répteis existentes ao longo da costa brasileira, principalmente em áreas de alimentação e anidação. Por possuírem comportamento migratório, estudos ecológicos sobre esses animais são muito difíceis de realizar e muitas questões sobre sua biologia permanecem obscuras. A biologia molecular é uma importante ferramenta, que auxilia os pesquisadores na obtenção de informações valiosas a respeito de estrutura populacional, filogeografia e genealogia de populações naturais. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar populações de tartarugas verdes (Chelonia mydas) que freqüentam a região de Cananéia, SP, com base na variedade haplotípica das seqüências gênicas correspondentes ao tRNA-Pro+D-loop do DNA mitocondrial. A área de estudo foi descrita como uma área de alimentação para juvenis de tartarugas verdes, Chelonia mydas, sendo caracterizada pela presença de um estoque misto, composto por animais provenientes de pelo menos seis diferentes áreas de desova analisadas durante quatro anos. A variabilidade haplotípica e nucleotídica é intermediária em relação às demais áreas de alimentação estudadas no Oceano Atlântico, sendo a amostra composta principalmente por indivíduos dos haplótipos CM-08 (63%) e CM-05 (26%). Os demais haplótipos foram relativamente raros, apresentando-se em frequências menores que 5% (CM-01, CM-06, CM-09, CM-10, CM-24, CM-32, CM-36, CM-45). Foi detectada diferença significativa entre as amostras anuais (p < 0.05) e não houve diferença entre as amostras sazonais (p >0.05). Análises indicam que Cananéia encontra-se conectada com as demais áreas de desova e alimentação estudadas no Oceano Atlântico, dependendo destas para o equilíbrio de populações saudáveis e necessitando de atenção, visto o grau atual de ameaça que sofrem. A importância da incorporação de parâmetros ecológicos que contribuam para o entendimento da dinâmica populacional da região, às análises genéticas, é imprescindível para que esses dados sejam validados e tenham utilidade e aplicação direta na proteção das tartarugas marinhas. As informações obtidas através deste trabalho foram utilizadas na elaboração de um documento que será anexado ao plano de manejo do Parque Estadual Ilha do Cardoso e contribuirão para a elaboração do plano de manejo da Área de Proteção Ambiental de Ilha Comprida, de modo que a região de Cananéia seja considerada prioritária na preservação das tartarugas verdes. / The green turtle, Chelonia mydas, is an endangered marine reptile that nests and forages along the Brazilian coast and oceanic islands, among other tropical areas. Due to the highly migratory and oceanic nature of these animals, ecological studies are many times difficult to carry out, and many questions about their biology remain. Molecular genetic analysis is a powerful tool for bridging these gaps, providing valuable information about population structure, phylogeography, and genealogy. This study analyzes mitochondrial DNA sequences (tRNA-Pro + D-loop) from green sea turtles of the Cananéia regional juvenile feeding ground over a four-year period. Significant differences were found between annual samples (p<0.05), however no significant differences were found between seasons (p>0.05). The sample was composed primarily of individuals of haplotypes CM-08 (63%) and CM-05 (26%). All other haplotypes (n = 8) were relative rare, with frequencies lower than 5%. The analysis revealed the area to be a mixed stock, composed of animals drawn from at least six different nesting areas. Because Cananéia is connected to other nesting and feeding grounds throughout the Atlantic Ocean, the health of these populations is interdependent, and threats in one area will likely impact connected sites. This connectivity underscores the importance of understanding regional population dynamics using genetic analysis, with conservation applications. These data will be included in the management plans for the Ilha do Cardoso State Park and the Environmental Protection Area of Ilha Comprida, so that Cananéia will be considered a priority area for the preservation of green sea turtles in Brazil.

Dentre as diversas questões envolvendo a tecnologia duplo haploides (DH) em milho, uma que tem sido pouco discutida é a geração em que se deve induzir haploides, no caso, F1 ou F2. Destas, a F1 tem sido a mais utilizada. No entanto, o seu uso constante pode levar a perdas de ganhos genéticos, devido ao menor número de recombinações. Com isso, alguns autores aconselham o uso da F2 na indução, o que possibilitaria maiores ganhos em variabilidade genética. Desse modo, os objetivos foram verificar o efeito das gerações F1 e F2 na expressão do R1-navajo em germoplasma tropical, na eficiência relativa de cada uma das etapas da metodologia e na variabilidade genética das linhagens DH obtidas. Para isso, cinco fontes de germoplasma, em gerações F1 e F2, foram cruzadas com o indutor de haploidia tropicalizado LI-ESALQ. As sementes deste cruzamento foram agrupadas por meio do marcador R1-navajo em três classes: haploides putativos, diploides e inibidas. Após esta etapa, as sementes dos haploides putativos foram submetidas à duplicação cromossômica e as plantas duplicadas foram transplantadas a campo para a obtenção de linhagens DH. As unidades de sementes, plântulas e plantas em cada etapa da metodologia foram quantificadas para o estudo da eficiência relativa na obtenção de DH. Também foram coletadas amostras foliares das linhagens DH para genotipagem por meio de marcadores SNP (Single nucleotide polymorphism). As taxas de indução de haploides (HIR), sementes diploides (DSR) e inibidas (ISR) foram analisadas por meio de um modelo linear generalizado misto considerando distribuição logit multinomial. As eficiências relativas das fontes de germoplasma e gerações em cada etapa da metodologia DH foram estimadas por meio de porcentagem. Os marcadores SNP foram utilizados em estudos de diversidade genética, estrutura populacional e desequilíbrio de ligação. Os valores médios observados para as taxas de HIR, ISR e DSR foram, respectivamente, 1,23%, 23,4% e 75,2% para a geração F1 e 1,78%, 19,6% e 82,3% para a geração F2. O maior valor de HIR na F2 ocorreu devido à segregação dos genes que inibem o marcador R1-navajo durante a indução de haploides. Entretanto, apesar da geração F2 apresentar maior HIR, ela não deve substituir a F1, uma vez que se perde tempo com um ciclo adicional. A eficiência relativa na obtenção de linhagens DH apresentou o mesmo valor (0,4%) para as gerações F1 e F2, indicando que a escolha da geração não interfere na quantidade de DH produzidos. As estimativas dos parâmetros populacionais para as linhagens DH obtidas de geração F1 apresentaram valores para variância genética (VG) de 700,55, tamanho efetivo populacional (Ne) de 43,1, diversidade genética de Nei (GD) de 0,28 e conteúdo de informação polimórfica (PIC) de 0,23. Para a geração F2 as estimativas foram de VG=648,88, Ne=39,61, GD=0,26 e PIC=0,22. Os valores de desequilíbrio de ligação foram de 0,069 na geração F1 e de 0,067 na geração F2. Ou seja, as linhagens DH oriundas destas duas gerações apresentaram magnitudes semelhantes de diversidade genética e de desequilíbrio de ligação. O uso da geração F2 teoricamente permitiria obter maior variabilidade genética, devido à recombinação adicional. Entretanto, neste trabalho esta tendência não foi observada. Com isto, em milho tropical, recomenda-se o uso da geração F1 para a obtenção de DH, por apresentar o melhor balanço entre tempo e variabilidade genética. / Among the several questions involving doubled haploid technology (DH), one that has been little discussed is the generation in which one should induce haploids, in the F1 or F2. Overall, the F1 generation has been the most used. However, their constant use can lead to losses of genetic gains with the selection cycles due to the lower number of recombination. Thereby, some authors advise the use of F2 in inductions, which would allow greater gains in genetic variability. Thus, the objectives were to check the effect of the F1 and F2 generations on the expression of the R1-navajo in tropical germplasm, on the relative efficiency of each step of the methodology and the genetic variability of the DH lines obtained. For this purpose, five germplasm sources, in F1 and F2 generations, were crossed with the tropicalized haploid inducer LI-ESALQ. The seeds from this cross were grouped using the R1-navajo marker into three classes: putative haploids, diploid and inhibited. Then, putative haploid seeds were submitted to chromosome duplication, and the duplicate seedlings were transplanted to the field in order to obtain DH lines. Hence, seed, seedling, and plant at each stage of the methodology were quantified to study the relative efficiency in developing DH lines. Moreover, leaf samples from the D0 lines were collected for genotyping using SNP (Single nucleotide polymorphism) markers. Finally, the haploid inducer rate (HIR), diploid seed rate (DSR) and inhibited seed rate (ISR) were analyzed using a generalized linear mixed model considering multinomial logit distribution. The relative efficiency of germplasm sources and generation in each stage of the DH methodology was estimated by percentage. SNP markers were used in studies of genetic diversity, population structure, and linkage disequilibrium. The observed mean values of HIR, ISR and DSR were, respectively, 1.23%, 23.4% and 75.2% for the F1 generation and 1.78%, 19.6% and 82.3% for the F2 generation. The higher value of HIR in F2 occurred due to the segregation of genes, which inhibit the R1-navajo marker during haploid induction. However, in spite of the higher value of HIR for F2 generation, it should not replace F1 since time is lost with an additional cycle. The relative efficiency observed in the obtention of DH lines was the same value (0.4%) for generations F1 and F2, indicating that the choice between those generations does not interfere with the quantity of produced DH. Estimates of the population parameters for the DH lines obtained from F1 generation presented values for genetic variance (VG) of 700.55, effective population size (Ne) of 43.1, Nei\'s genetic diversity (DG) of 0.28 and polymorphic information content (PIC) of 0.23. For F2 generation the estimates were VG = 648.88, Ne = 39.61, GD = 0.26 and PIC = 0.22. Linkage disequilibrium values were 0.069 in the F1 generation and 0.067 in the F2 generation. Thus, DH lines from these two generations showed similar values of genetic diversity and linkage disequilibrium. Nonetheless, the use of the F2 generation theoretically would allow obtaining greater genetic variability, due to the additional cycle of crossing-overs. However, this trend was not observed in this study. Thus, in tropical maize, the use of the F1 generation to obtain DH lines is recommended, because it performs the best balance between time and genetic variability.

As tartarugas marinhas são répteis existentes ao longo da costa brasileira, principalmente em áreas de alimentação e anidação. Por possuírem comportamento migratório, estudos ecológicos sobre esses animais são muito difíceis de realizar e muitas questões sobre sua biologia permanecem obscuras. A biologia molecular é uma importante ferramenta, que auxilia os pesquisadores na obtenção de informações valiosas a respeito de estrutura populacional, filogeografia e genealogia de populações naturais. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar populações de tartarugas verdes (Chelonia mydas) que freqüentam a região de Cananéia, SP, com base na variedade haplotípica das seqüências gênicas correspondentes ao tRNA-Pro+D-loop do DNA mitocondrial. A área de estudo foi descrita como uma área de alimentação para juvenis de tartarugas verdes, Chelonia mydas, sendo caracterizada pela presença de um estoque misto, composto por animais provenientes de pelo menos seis diferentes áreas de desova analisadas durante quatro anos. A variabilidade haplotípica e nucleotídica é intermediária em relação às demais áreas de alimentação estudadas no Oceano Atlântico, sendo a amostra composta principalmente por indivíduos dos haplótipos CM-08 (63%) e CM-05 (26%). Os demais haplótipos foram relativamente raros, apresentando-se em frequências menores que 5% (CM-01, CM-06, CM-09, CM-10, CM-24, CM-32, CM-36, CM-45). Foi detectada diferença significativa entre as amostras anuais (p < 0.05) e não houve diferença entre as amostras sazonais (p >0.05). Análises indicam que Cananéia encontra-se conectada com as demais áreas de desova e alimentação estudadas no Oceano Atlântico, dependendo destas para o equilíbrio de populações saudáveis e necessitando de atenção, visto o grau atual de ameaça que sofrem. A importância da incorporação de parâmetros ecológicos que contribuam para o entendimento da dinâmica populacional da região, às análises genéticas, é imprescindível para que esses dados sejam validados e tenham utilidade e aplicação direta na proteção das tartarugas marinhas. As informações obtidas através deste trabalho foram utilizadas na elaboração de um documento que será anexado ao plano de manejo do Parque Estadual Ilha do Cardoso e contribuirão para a elaboração do plano de manejo da Área de Proteção Ambiental de Ilha Comprida, de modo que a região de Cananéia seja considerada prioritária na preservação das tartarugas verdes. / The green turtle, Chelonia mydas, is an endangered marine reptile that nests and forages along the Brazilian coast and oceanic islands, among other tropical areas. Due to the highly migratory and oceanic nature of these animals, ecological studies are many times difficult to carry out, and many questions about their biology remain. Molecular genetic analysis is a powerful tool for bridging these gaps, providing valuable information about population structure, phylogeography, and genealogy. This study analyzes mitochondrial DNA sequences (tRNA-Pro + D-loop) from green sea turtles of the Cananéia regional juvenile feeding ground over a four-year period. Significant differences were found between annual samples (p<0.05), however no significant differences were found between seasons (p>0.05). The sample was composed primarily of individuals of haplotypes CM-08 (63%) and CM-05 (26%). All other haplotypes (n = 8) were relative rare, with frequencies lower than 5%. The analysis revealed the area to be a mixed stock, composed of animals drawn from at least six different nesting areas. Because Cananéia is connected to other nesting and feeding grounds throughout the Atlantic Ocean, the health of these populations is interdependent, and threats in one area will likely impact connected sites. This connectivity underscores the importance of understanding regional population dynamics using genetic analysis, with conservation applications. These data will be included in the management plans for the Ilha do Cardoso State Park and the Environmental Protection Area of Ilha Comprida, so that Cananéia will be considered a priority area for the preservation of green sea turtles in Brazil.

Larus dominicanus é uma espécie de ampla distribuição no Hemisfério Sul, que se reproduz em ilhas próximas ao continente. Esta espécie vem apresentando grande expansão populacional nas últimas décadas, devido ao seu hábito generalista e sua alta capacidade competitiva. O crescimento de sua população tem causado o deslocamento de diversas outras espécies de aves e mamíferos marinhos de seus sítios reprodutivos, devido ao constante impacto da predação e parasitismo. Todas essas características tem feito com que muitos pesquisadores considerem essa espécie como uma praga nos ambientes costeiros. Dessa forma, estudos que busquem compreender biologia e evolução são fundamentais para a criação de futuros planos de manejo e conservação da assembléia de aves marinhas na costa brasileira. O presente estudo teve como objetivo caracterizar a biologia reprodutiva de L. dominicanus, buscando determinar seu sucesso reprodutivo. Bem como avaliar a razão sexual de suas populações ao longo da costa brasileira e estimar a variabilidade genética de suas populações no litoral do Brasil. Para isto estudamos a biologia reprodutiva dessa espécie em uma colônia do estado de São Paulo. Observamos que L. dominicanus apresenta alto sucesso reprodutivo, cerca 70% dos ovos eclodiram e cerca de 50% dos filhotes sobreviveram até a fase de vôo. Os filhotes apresentaram um rápido crescimento, em 30 dias já estão grande o suficiente para voarem, o que os tornam aptos a escaparem os predadores. Os principais predadores dessa espécie no estado de São Paulo são os urubus, sendo a fase mais suceptível aos ataques foram a fase de ovo e os primeiros 15 dias de vida dos filhotes. Dessa forma, com uma sobrevivência de 50% dos filhotes e baixa predação após a fase de vôo, as populações de L. dominicanus potencialmente podem apresentar grandes incrementos populacionais a cada ano. A razão sexual secundária para todas as populações amostradas ao longo do litoral brasileiro não apresentaram desvio da proporção 1:1 . Isso indica que as populações de L. dominicanus devem estar estáveis, o que é esperado de populações que se reproduzem em sítos com boas condições ambientais. De forma que, os pais não precisam favorecer o sexo que apresenta menor custo reprodutivo, levando ao desvio da razão sexual. Dentro deste panorama de grande sucesso reprodutivo e proporção similar de machos e fêmeas em uma espécie de ampla distribuição geográfica, como L. dominicanus, esperávamos encontrar grande variabilidade genética dentro e entre suas 13 populações. Entretanto, os resultados do presente estudo relativos a marcadores do DNA mitocondrial revelaram um cenário oposto. Estudando dois genes mitocondriais (citb e ATPase 8 e 6) foi observado que ao longo de toda a costa brasileira a diversidade genética desse grupo foi praticamente nula. Encontramos um único haplótipo para o citocromo b e dois haplótipos para a ATPase 8 e 6 que se diferenciam por um único par de base. Essa baixa diferenciação se manteve quando ampliamos a amostragem ao longo da distribuição dessa espécie, com amostras da Península Antartica, ilhas Marion e de sequências disponíveis no Genbank provenimentes da Austrália e Ilhas Kerguelen. Para justificar essa baixa diversidade genética levantamos duas possíveis explicações, as populações de L. dominicanus teriam passado por um severo evento demográfico ou por eventos de seleção. Para distinguir entre esses dois cenários desenvolvemos 13 marcadores nucleares não ligados, buscando encontrar um padrão caso as populações de L. dominicanus tivessem passado por eventos demográficos. Eventos demográficos marcam o genoma da espécie como um todo (DNA mitocondrial e nuclear), por outro lado eventos seletivos marcam somente o loccus sob seleção e gene ligados a estes. Dessa forma, se a redução da variabilidade genética de Larus dominicanus for resultado de eventos seletivos é esperado que marcadores DNA nuclear apresentem variação, mas não apresentem sinal de expansão populacional. Nos 13 loci nucleares analisados no presente estudo foi observado grande diversidade genética e nenhum sinal de expansão populacional. Assim, concluímos que L. dominicanus é uma espécie adaptada às novas condições ambientais criadas pelas atividades antrópicas. Essa espécie apresenta grande suceso reprodutivo e nenhum desvio da razão sexual. A baixa diversidade genética observada no DNA mitocondrial comparada com a alta variabilidade encontrada em diferente loci nucleares, parece indicar que essa espécie tenha passado por um evento de seleção na molécula mitocodrial. Do ponto de vista da conservação a alta variabilidade genética encontrada no nuclear é condizente com a ampla distribuição da espécie. Aparentemente essa espécie não demonstra ter o baixo nível de diversidade a ponto de ser preocupante para a manutenção da espécie. Por outro lado, a baixa diversidade encontrada no DNA mitocondrial abre uma importante expectativa para se compreender como a evolução tem atuado nos organismos marinhos e quais os processos que tem levado à diversificacação desse grupo. / Larus dominicanus is a widely distributed species in the Southern Hemisphere, and it breeds on islands close to the continents. In the last few decades this species presented great population expansions, due to its generalist habits and its great competitive capacity. These populations expansions ended up leading to the displacement of other seabirds and marine mammals of the breeding sites. In this sense, studies that seek understanding the biology and evolution of L. dominucanus are fundamental to create management and conservation plans to the seabird assemblage on the Brazilian coast. The primary aim of this study was to characterize the reproductive biology of Larus dominicanus, in order to determine the species reproductive success. In addition we evaluated the sex ratio of the populations throughout the Brazilian coast. In order to accomplish this we studied the reproductive biology of the species in one breeding colony in São Paulo state. We observed that L. dominicanus presented high reproductive success with about 70% of the eggs hatching and 50% of the chicks surviving until the flight phase. The chicks present a fast growth and within 30 days were mature enough to fly, making them able to escape from the predators. We also observed that before the flight phase, during the egg phase and mainly the first 15 days of life, the eggs and the chicks were more susceptible to vulture attacks, the main predator of the species in São Paulo state. In this sense, with a 50% rate survival and low predation rates after the flight phase, we can infer that the populations of L. dominicanus must be going through high increments per year. The secondary sex ratio analyzed to all populations sampled through the Brazilian coast did not show deviation from the 1:1 proportion. This result indicated that the L. dominicanus populations are stable, a characteristic expected to be found in populations that breed in sites with good environmental conditions. In a case like this, the parents do not need to favor the gender that needs less energy to survive, what would lead to a deviation in the sex ratio. In this scenario of high reproductive success and equal proportion of males and females in a widely distributed species, we expected to find high levels of genetic variability both among and in the populations. Nevertheless, our mitochondrial DNA (mtDNA) data revealed an opposite situation. We studied two mitochondrial genes (cytb, ATPase 8 and 6) and observed that throughout the whole Brazilian coast the 11 genetic diversity for the group was practically null. We found only one haplotype to the cytb and two haplotypes for the ATPase 8 and 6, these last two were different for one base pair. The low differentiation was maintained when we extended the sampling to the whole species\' distribution , with samples from the Antarctic Peninsula and the Marion Islands, and sequences from the Genbank from Australia and Kerguelen Islands. We proposed two scenarios that could explain this extremely low variability, either the populations of L. dominicanus went through a severe demographic event, or through selection events. In order to distinguish among this processes, we development 13 not linked nuclear markers, searching for a common pattern between the nuclear markers and the mtDNA genes. If the L. dominicanus populations had gone through demographic events, we expected to find the same expansion signal in the nuclear markers, once demographic events would be marked in the whole genome, both nuclear and mitochondrial. On the other hand, if the low genetic variability observed resulted from selective events, we expected to find variation in the nuclear DNA, and not to find an expansion signal. Our results showed exactly the last scenario, with high genetic diversity in all 13 nuclear not linked loci and no expansion signal. Even in more detailed analyses, with a higher number of individuals, the same pattern of neutrality, and not of population expansion, for the nuclear markers was found. Therefore, we concluded that L. dominicanus is an extremely well adapted species for the new environmental conditions generated by antropic activities. The species showed great reproductive success and no deviation of the 1.1 sex ratio. The low genetic diversity observed in mitochondrial DNA compared with the high variability found in different nuclear loci, indicate that this species has gone through selective processes on the mitochondrial molecule. To the conservation point of view, the high genetic variability found in nuclear markers is in agreement with the wide distribution of the species. Apparently, this species do not present diversity levels low enough to generate worries regarding its maintenance. In addition, the low levels of diversity found on the mitochondrial DNA open new frontiers to understand how evolution has acted on marine organisms and what are the processes that lead to the diversification of this group.

A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética. / The analysis of population structure of codistributed species allows the comparison of patterns of population structuring, providing information on the factors that influence the differentiation in species belonging to the same ecosystem. This project aimed to analyze the intraspecific variability of crabs inhabiting mangroves, codistributed along the western Atlantic Ocean, by means of molecular and morphological tools, in order to test the hypothesis of high populational structure in mangroves. The genetic variability of five species used as models (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri and Ucides cordatus) was assessed using the mitochondrial genes COI and 16S and the nuclear H3 and comparative morphological analysis and morphometry were performed. The molecular data revealed two patterns, indicating high population structure for the species A. pisonii and U. thayeri and absence of structure for G. cruentata, S. rectum and U. cordatus. The morphological data, however, do not follow these patterns, because there were no morphological or morphometric differences associated with the groups evidenced by the molecular analyzes. Possibly the absence of gene flow between regions for some species is due to factors not limited to isolation by distance, but also because of differences in the larval stage duration and in withstanding some abiotic factors, such as salinity. These factors associated with different characteristics of larval development can culminate in differences on population structure. In addition, the genetic differentiation patterns observed agree with biogeographical scenarios proposed for the western Atlantic, where geological, climate and oceanographic fluctuations, resulting from the Isthmus of Panama closure and cyclical glaciation in North America, promoted genetic divergence.

O cluster Drosophila buzzatii é formado por sete espécies endêmicas da América do Sul e que apresentam relação ecológica obrigatória com cactos. Dentre estas espécies, Drosophila serido possui ampla distribuição geográfica, na Caatinga e ao longo da costa Atlântica, e é considerada uma espécie politípica sendo dividida em dois grupos: populações do nordeste e do litoral. Com o objetivo de compreender os processos que moldaram a distribuição atual das populações de D. serido foram realizadas análises com sequências dos genes nucleares period e kl-5, ligados aos cromossomos sexuais X e Y, respectivamente, genes nucleares autossômicos GstD1 e E5, e gene mitocondrial COI. Dentre os resultados obtidos, a homogeneidade genética entre as populações do Nordeste e a divisão norte-sul entre as populações da costa Atlântica foram observadas em todos os marcadores. Três padrões quanto à estruturação populacional na costa Atlântica foram observados para os diferentes marcadores. A hipótese de que a Chapada Diamantina seja o centro de dispersão para a espécie foi confirmada pelo presente trabalho, no entanto, o TMRCA estimado para populações de Santa Catarina sugerem que estas sejam populações ancestrais de D. serido, sendo que o Nordeste teria sido colonizado a partir delas. Eventos de expansão de área e fragmentação alopátrica foram sugeridos como inferências filogeográficas para explicar o isolamento atual de populações de D. serido em Goiás e Minas Gerais. De acordo com as estimativas do TMRCA, é possível que os eventos causais dos processos históricos inferidos estejam relacionados à influencia das flutuações climáticas do Quaternário na distribuição geográfica da vegetação/cactos, afetando indiretamente as populações de moscas cactofílicas. É possível que eventos de seleção, associado aos fatores ecológicos quanto ao uso de cactos, também possam ter contribuído para o processo de diversificação populacional, uma vez que foi encontrada evidência de seleção positiva para os genes autossômicos. / Drosophila buzzatii cluster comprises seven species endemic of South America and that present a mandatory ecological association with cacti. Among these species, Drosophila serido has a wide geographical range, in Caatinga and along Atlantic coast, and is considered as a polytypic species, divided in two groups: northeast and coast populations. The purpose of this study was understand the process that shaped the current distribution of D. serido populations through genetic analysis using sequences of nuclear genes period and kl-5, X- and Y-linked, respectively, autosomal genes GstD1 e E5, and mitochondrial gene COI. The genetic homogeneity among Northeast populations and the north-south division among coast Atlantic populations were observed for all markers. Three patterns related to population structure in coast Atlantic were seen for the different markers. Hypothesis that Diamantina Plateau was the dispersion center for the species were confirmed at this study, although, TMRCA estimated for Santa Catarina populations suggested that these ones were ancestral, and that Northeast would be colonized from them. Expansion range and allopatric fragmentation were historical events suggested as phylogeographic inferences to explain the current isolation of D. serido populations in Goiás and Minas Gerais. According to TMRCA estimations, it is possible that causal events of historical process inferred were related to the influence of climatic fluctuations during Quaternary in the geographic distribution range of vegetation/cacti, indirectly affecting the populations of cactofilic flies. Furthermore, selection events, associated with ecological factors due to cacti use, as well as contributed to diversification process in populations, once it was found evidence of positive selection at autosomal genes.

Orientador: Adriane Pinto Wasko / Resumo: Amazona vinacea (Kuhl, 1820) (papagaio-de-peito-roxo) é uma espécie de psitacídeo considerada ameaçada de extinção em consequência, principalmente, da perda de seu habitat e do intenso tráfico ilegal. Sua população original era distribuída desde a região do sul da Bahia ao Rio Grande do Sul no Brasil, incluindo ainda o sudeste do Paraguai e a província de Misiones na Argentina. Atualmente, sua distribuição encontra-se fragmentada e estima-se que o número de indivíduos em vida livre no Brasil esteja entre 1.000 a 2.500 animais. Diante do exposto, com o objetivo de estimar os níveis de diversidade genética de A. vinacea e o grau de parentesco, foram analisados indivíduos reintroduzidos no Parque Nacional das Araucárias no Estado de Santa Catarina e também de animais cativos de diferentes regiões do Brasil, por meio de marcadores moleculares microssatélites e da região controle D-loop do DNA mitocondrial. Foram genotipadas 160 amostras de A. vinacea para 7 locos microssatélites e 103 amostras foram sequenciadas para caracterização do DNA mitocondrial. Os resultados obtidos detectaram uma alta variabilidade genética em A. vinacea, quando comparada com outros psitacídeos. Uma maior variabilidade foi observada nos locos de microssatélites quando comparados com a região controle do DNA mitocondrial. As análises de diferenciação genética apontaram uma baixa estruturação entre os grupos amostrados, o que pode sugerir fluxo gênico ou expansão populacional / colonização recente. Nas com... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Amazona vinacea (Kuhl, 1820) (purple-breasted parrot) is a parrot species that is considered endangered, especially as a result of habitat loss and intense illegal traffic. Its original population was found from the south region of Bahia to Rio Grande do Sul in Brazil, and also included the southeastern Paraguay and the province of Misiones in Argentina. Its current distribution is fragmented and it is estimated that the number of free-living individuals in Brazil is around 1,000 to 2,500 animals. Due to this scenario, in order to estimate the levels of genetic diversity of A. vinacea and the kinship degree, animals that were reintroduced at the National Park of Araucárias at Santa Catarina State and also captive individuals from different regions of Brazil were analyzed throughout microsatellite molecular markers and the D-loop control region of the mitochondrial DNA. A total of 160 samples of A. vinacea were genotyped for 7 microsatellite locos and 103 samples were sequenced in order to characterize the mitochondrial DNA. The results indicated a high genetic variability in A. vinacea, when compared to other Psittacidae species. A higher variability was observed in microsatellite locos when compared to the mitochondrial DNA control region. Genetic differentiation analyzes indicated low structuring among the sampled groups, which could suggest gene flow or population expansion / recent colonization. In pairwise comparisons between the individuals, kinship analyzes indicated t... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Rogério Caetano Costa / Resumo: O caranguejo Hepatus pudibundus possui ampla distribuição no litoral brasileiro, é intensamente capturado como fauna acompanhante (bycatch) na pesca dos camarões peneídeos, mas não apresenta valor comercial. No entanto, está sujeito aos mesmos impactos causados à espécie alvo. Em vista disso, a dinâmica populacional foi investigada no presente estudo, com enfoque nos seguintes aspectos: proporção sexual, maturidade sexual morfológica e gonadal, período reprodutivo, recrutamento juvenil, crescimento e longevidade dos indivíduos. Foram realizadas coletas mensais na região de Cananéia/SP entre julho/2012 e junho/2014 em sete estações de coleta, por meio de um barco camaroeiro equipado com duas redes de arrasto do tipo “otter trawl”. Temperatura e salinidade da água de fundo, o teor de matéria orgânica, granulometria do sedimento e a pluviosidade foram averiguados. Foram amostrados 1.650 espécimes. Os machos apresentaram-se maiores que as fêmeas. A proporção sexual foi desviada em favor das fêmeas. O tamanho estimado para a maturidade sexual morfológica e gonadal, respectivamente (LC50) foram 42,26 mm e 48,97 mm para machos e 43,09 mm e 47,15 mm para as fêmeas. As fêmeas reprodutivas ocorreram em todo o período e os juvenis foram amostrados na maioria dos meses. Ambas as categorias demográficas correlacionaram-se positivamente com a temperatura. Os parâmetros de crescimento apresentaram diferenças entre os sexos sendo: LC∞ = 78,91 mm, k = 0,0066/dia, t0 = 0,0965 para os machos e ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The crab Hepatus pudibundus is wide distributed in the Brazilian coast. The species has no commercial value but is intensely captured as bycatch of penaeid shrimp fishery, so it suffers the same impacts of the target species. In this view, the present study investigates the population dynamics, focusing on the following aspects: sex ratio, morphological sexual maturity and gonads, reproductive period, juvenile recruitment, growth and longevity of individuals. Sampling was performed monthly in the region of Cananéia/SP, from July/2012 to June/2014 in seven stations, with a shrimping boat equipped with otter trawl nets. Temperature and salinity of the bottom water, the organic matter content, sediment granulometry and rainfall were investigated. A total of 1,650 specimens were captured. Males were larger than females. The sex ratio skewed towards females. The estimated sizes for morphological and gonadal sexual maturity (CW50) were 42.26 mm and 48.97 mm for males, and 43.09 mm and 47.15 mm for females, respectively. Reproductive females occurred throughout the studied period and juveniles were captured in most months. Such demographic categories were positively correlated with temperature. Growth parameters showed differences between sexes: CW∞ = 78.91 mm, k = 0.0066/day, t0 = 0.0965 for males and CW∞ = 67.68 mm, k = 0.0064/day, t0 = 0.0032 for females. Longevity was estimated at 1.91 years and 1.98 years for males and females, respectively. The sexual dimorphism found in this ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre