Larus dominicanus é uma espécie de ampla distribuição no Hemisfério Sul, que se reproduz em ilhas próximas ao continente. Esta espécie vem apresentando grande expansão populacional nas últimas décadas, devido ao seu hábito generalista e sua alta capacidade competitiva. O crescimento de sua população tem causado o deslocamento de diversas outras espécies de aves e mamíferos marinhos de seus sítios reprodutivos, devido ao constante impacto da predação e parasitismo. Todas essas características tem feito com que muitos pesquisadores considerem essa espécie como uma praga nos ambientes costeiros. Dessa forma, estudos que busquem compreender biologia e evolução são fundamentais para a criação de futuros planos de manejo e conservação da assembléia de aves marinhas na costa brasileira. O presente estudo teve como objetivo caracterizar a biologia reprodutiva de L. dominicanus, buscando determinar seu sucesso reprodutivo. Bem como avaliar a razão sexual de suas populações ao longo da costa brasileira e estimar a variabilidade genética de suas populações no litoral do Brasil. Para isto estudamos a biologia reprodutiva dessa espécie em uma colônia do estado de São Paulo. Observamos que L. dominicanus apresenta alto sucesso reprodutivo, cerca 70% dos ovos eclodiram e cerca de 50% dos filhotes sobreviveram até a fase de vôo. Os filhotes apresentaram um rápido crescimento, em 30 dias já estão grande o suficiente para voarem, o que os tornam aptos a escaparem os predadores. Os principais predadores dessa espécie no estado de São Paulo são os urubus, sendo a fase mais suceptível aos ataques foram a fase de ovo e os primeiros 15 dias de vida dos filhotes. Dessa forma, com uma sobrevivência de 50% dos filhotes e baixa predação após a fase de vôo, as populações de L. dominicanus potencialmente podem apresentar grandes incrementos populacionais a cada ano. A razão sexual secundária para todas as populações amostradas ao longo do litoral brasileiro não apresentaram desvio da proporção 1:1 . Isso indica que as populações de L. dominicanus devem estar estáveis, o que é esperado de populações que se reproduzem em sítos com boas condições ambientais. De forma que, os pais não precisam favorecer o sexo que apresenta menor custo reprodutivo, levando ao desvio da razão sexual. Dentro deste panorama de grande sucesso reprodutivo e proporção similar de machos e fêmeas em uma espécie de ampla distribuição geográfica, como L. dominicanus, esperávamos encontrar grande variabilidade genética dentro e entre suas 13 populações. Entretanto, os resultados do presente estudo relativos a marcadores do DNA mitocondrial revelaram um cenário oposto. Estudando dois genes mitocondriais (citb e ATPase 8 e 6) foi observado que ao longo de toda a costa brasileira a diversidade genética desse grupo foi praticamente nula. Encontramos um único haplótipo para o citocromo b e dois haplótipos para a ATPase 8 e 6 que se diferenciam por um único par de base. Essa baixa diferenciação se manteve quando ampliamos a amostragem ao longo da distribuição dessa espécie, com amostras da Península Antartica, ilhas Marion e de sequências disponíveis no Genbank provenimentes da Austrália e Ilhas Kerguelen. Para justificar essa baixa diversidade genética levantamos duas possíveis explicações, as populações de L. dominicanus teriam passado por um severo evento demográfico ou por eventos de seleção. Para distinguir entre esses dois cenários desenvolvemos 13 marcadores nucleares não ligados, buscando encontrar um padrão caso as populações de L. dominicanus tivessem passado por eventos demográficos. Eventos demográficos marcam o genoma da espécie como um todo (DNA mitocondrial e nuclear), por outro lado eventos seletivos marcam somente o loccus sob seleção e gene ligados a estes. Dessa forma, se a redução da variabilidade genética de Larus dominicanus for resultado de eventos seletivos é esperado que marcadores DNA nuclear apresentem variação, mas não apresentem sinal de expansão populacional. Nos 13 loci nucleares analisados no presente estudo foi observado grande diversidade genética e nenhum sinal de expansão populacional. Assim, concluímos que L. dominicanus é uma espécie adaptada às novas condições ambientais criadas pelas atividades antrópicas. Essa espécie apresenta grande suceso reprodutivo e nenhum desvio da razão sexual. A baixa diversidade genética observada no DNA mitocondrial comparada com a alta variabilidade encontrada em diferente loci nucleares, parece indicar que essa espécie tenha passado por um evento de seleção na molécula mitocodrial. Do ponto de vista da conservação a alta variabilidade genética encontrada no nuclear é condizente com a ampla distribuição da espécie. Aparentemente essa espécie não demonstra ter o baixo nível de diversidade a ponto de ser preocupante para a manutenção da espécie. Por outro lado, a baixa diversidade encontrada no DNA mitocondrial abre uma importante expectativa para se compreender como a evolução tem atuado nos organismos marinhos e quais os processos que tem levado à diversificacação desse grupo. / Larus dominicanus is a widely distributed species in the Southern Hemisphere, and it breeds on islands close to the continents. In the last few decades this species presented great population expansions, due to its generalist habits and its great competitive capacity. These populations expansions ended up leading to the displacement of other seabirds and marine mammals of the breeding sites. In this sense, studies that seek understanding the biology and evolution of L. dominucanus are fundamental to create management and conservation plans to the seabird assemblage on the Brazilian coast. The primary aim of this study was to characterize the reproductive biology of Larus dominicanus, in order to determine the species reproductive success. In addition we evaluated the sex ratio of the populations throughout the Brazilian coast. In order to accomplish this we studied the reproductive biology of the species in one breeding colony in São Paulo state. We observed that L. dominicanus presented high reproductive success with about 70% of the eggs hatching and 50% of the chicks surviving until the flight phase. The chicks present a fast growth and within 30 days were mature enough to fly, making them able to escape from the predators. We also observed that before the flight phase, during the egg phase and mainly the first 15 days of life, the eggs and the chicks were more susceptible to vulture attacks, the main predator of the species in São Paulo state. In this sense, with a 50% rate survival and low predation rates after the flight phase, we can infer that the populations of L. dominicanus must be going through high increments per year. The secondary sex ratio analyzed to all populations sampled through the Brazilian coast did not show deviation from the 1:1 proportion. This result indicated that the L. dominicanus populations are stable, a characteristic expected to be found in populations that breed in sites with good environmental conditions. In a case like this, the parents do not need to favor the gender that needs less energy to survive, what would lead to a deviation in the sex ratio. In this scenario of high reproductive success and equal proportion of males and females in a widely distributed species, we expected to find high levels of genetic variability both among and in the populations. Nevertheless, our mitochondrial DNA (mtDNA) data revealed an opposite situation. We studied two mitochondrial genes (cytb, ATPase 8 and 6) and observed that throughout the whole Brazilian coast the 11 genetic diversity for the group was practically null. We found only one haplotype to the cytb and two haplotypes for the ATPase 8 and 6, these last two were different for one base pair. The low differentiation was maintained when we extended the sampling to the whole species\' distribution , with samples from the Antarctic Peninsula and the Marion Islands, and sequences from the Genbank from Australia and Kerguelen Islands. We proposed two scenarios that could explain this extremely low variability, either the populations of L. dominicanus went through a severe demographic event, or through selection events. In order to distinguish among this processes, we development 13 not linked nuclear markers, searching for a common pattern between the nuclear markers and the mtDNA genes. If the L. dominicanus populations had gone through demographic events, we expected to find the same expansion signal in the nuclear markers, once demographic events would be marked in the whole genome, both nuclear and mitochondrial. On the other hand, if the low genetic variability observed resulted from selective events, we expected to find variation in the nuclear DNA, and not to find an expansion signal. Our results showed exactly the last scenario, with high genetic diversity in all 13 nuclear not linked loci and no expansion signal. Even in more detailed analyses, with a higher number of individuals, the same pattern of neutrality, and not of population expansion, for the nuclear markers was found. Therefore, we concluded that L. dominicanus is an extremely well adapted species for the new environmental conditions generated by antropic activities. The species showed great reproductive success and no deviation of the 1.1 sex ratio. The low genetic diversity observed in mitochondrial DNA compared with the high variability found in different nuclear loci, indicate that this species has gone through selective processes on the mitochondrial molecule. To the conservation point of view, the high genetic variability found in nuclear markers is in agreement with the wide distribution of the species. Apparently, this species do not present diversity levels low enough to generate worries regarding its maintenance. In addition, the low levels of diversity found on the mitochondrial DNA open new frontiers to understand how evolution has acted on marine organisms and what are the processes that lead to the diversification of this group.

O cluster Drosophila buzzatii é formado por sete espécies endêmicas da América do Sul e que apresentam relação ecológica obrigatória com cactos. Dentre estas espécies, Drosophila serido possui ampla distribuição geográfica, na Caatinga e ao longo da costa Atlântica, e é considerada uma espécie politípica sendo dividida em dois grupos: populações do nordeste e do litoral. Com o objetivo de compreender os processos que moldaram a distribuição atual das populações de D. serido foram realizadas análises com sequências dos genes nucleares period e kl-5, ligados aos cromossomos sexuais X e Y, respectivamente, genes nucleares autossômicos GstD1 e E5, e gene mitocondrial COI. Dentre os resultados obtidos, a homogeneidade genética entre as populações do Nordeste e a divisão norte-sul entre as populações da costa Atlântica foram observadas em todos os marcadores. Três padrões quanto à estruturação populacional na costa Atlântica foram observados para os diferentes marcadores. A hipótese de que a Chapada Diamantina seja o centro de dispersão para a espécie foi confirmada pelo presente trabalho, no entanto, o TMRCA estimado para populações de Santa Catarina sugerem que estas sejam populações ancestrais de D. serido, sendo que o Nordeste teria sido colonizado a partir delas. Eventos de expansão de área e fragmentação alopátrica foram sugeridos como inferências filogeográficas para explicar o isolamento atual de populações de D. serido em Goiás e Minas Gerais. De acordo com as estimativas do TMRCA, é possível que os eventos causais dos processos históricos inferidos estejam relacionados à influencia das flutuações climáticas do Quaternário na distribuição geográfica da vegetação/cactos, afetando indiretamente as populações de moscas cactofílicas. É possível que eventos de seleção, associado aos fatores ecológicos quanto ao uso de cactos, também possam ter contribuído para o processo de diversificação populacional, uma vez que foi encontrada evidência de seleção positiva para os genes autossômicos. / Drosophila buzzatii cluster comprises seven species endemic of South America and that present a mandatory ecological association with cacti. Among these species, Drosophila serido has a wide geographical range, in Caatinga and along Atlantic coast, and is considered as a polytypic species, divided in two groups: northeast and coast populations. The purpose of this study was understand the process that shaped the current distribution of D. serido populations through genetic analysis using sequences of nuclear genes period and kl-5, X- and Y-linked, respectively, autosomal genes GstD1 e E5, and mitochondrial gene COI. The genetic homogeneity among Northeast populations and the north-south division among coast Atlantic populations were observed for all markers. Three patterns related to population structure in coast Atlantic were seen for the different markers. Hypothesis that Diamantina Plateau was the dispersion center for the species were confirmed at this study, although, TMRCA estimated for Santa Catarina populations suggested that these ones were ancestral, and that Northeast would be colonized from them. Expansion range and allopatric fragmentation were historical events suggested as phylogeographic inferences to explain the current isolation of D. serido populations in Goiás and Minas Gerais. According to TMRCA estimations, it is possible that causal events of historical process inferred were related to the influence of climatic fluctuations during Quaternary in the geographic distribution range of vegetation/cacti, indirectly affecting the populations of cactofilic flies. Furthermore, selection events, associated with ecological factors due to cacti use, as well as contributed to diversification process in populations, once it was found evidence of positive selection at autosomal genes.

Orientador: Lilian Madi-Ravazzi / Resumo: Drosophila prosaltans e Drosophila austrosaltans, do grupo saltans de Drosophila, são espécies neotropicais com distribuição em áreas florestais da América Central e do Sul e que podem ser encontradas em simpatria. A literatura sobre o grupo saltans de Drosophila é escassa e muitos trabalhos não são tão recentes. Assim, poucas são as informações disponíveis sobre os aspectos biológicos de ambas as espécies. Para D. prosaltans, existem trabalhos de isolamento reprodutivo, estrutura e polimorfismo cromossômico que apontam uma diferenciação de suas populações, entretanto, as informações em relação à diferenciação populacional de D. austrosaltans são praticamente inexistentes. Tal fato nos motivou a investigar os padrões de diversidade genética populacional dessas espécies provenientes de diferentes fitofisionomias de Mata Atlântica utilizando os microssatélites como marcador molecular. Foram desenvolvidos oligonucleotídeos de microssatélites específicos para D. prosaltans, cuja transferibilidade testada para D. austrosaltans mostrou resultados positivos. Identificamos na análise de 12 locos para D. prosaltans, uma alta heterozigosidade média (Ho = 0.45 ± 0.03) e uma diferenciação genética populacional moderada (Fst = 0.17 ± 0.02). Foi observada a formação de dois agrupamentos genéticos distintos nas populações de D. prosaltans, que não se correlacionam com a distribuição regional ou de fitofisionomia das populações, podendo esse padrão ser decorrente de características ecológica... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Drosophila prosaltans and Drosophila austrosaltans, from the Drosophila saltans group, are neotropical species with distribution in forest areas of Central and South America and that can be sympatric. The literature on the Drosophila saltans group is scarce and many works are not so recent. Thus, little information is available on the biological aspects of both species. For D. prosaltans, there are works of reproductive isolation, structure and chromosomal polymorphism that point to a differentiation of its populations, however, the information regarding the population differentiation of D. austrosaltans is practically nonexistent. This fact motivated us to investigate the patterns of population genetic diversity of these species from different Atlantic Forest phytophysiognomies using microsatellites as a molecular marker. Microsatellite oligonucleotides specific for D. prosaltans were developed, whose transferability tested for D. austrosaltans showed positive results. In the analysis of 12 loci for D. prosaltans, we identified a high mean heterozygosity (Ho = 0.45 ± 0.03) and a moderate population genetic differentiation (Fst = 0.17 ± 0.02). The formation of two distinct genetic groups was observed in D. prosaltans populations, which do not correlate with the regional or phytophysiognomic distribution of the populations, and this pattern may be due to ecological characteristics, shared ancestral polymorphism, recurrent mutation and genetic drift (founder effect). The succes... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-03-05T16:20:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 9 / Nenhuma / No presente trabalho foi estimado o tamanho populacional, a estrutura da população, a biomassa e a razão sexual (devido ao dimorfismo sexual dos indivíduos) da população de Trachemys dorbigni do lago urbano, “Lago dos Pedalinhos”, no Parque Farroupilha, Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Entre Maio e Dezembro de 2009 no mencionado lago, 113 espécimes de T. dorbigni foram capturados, pesados, sexados e marcados com um número de identificação. Além disso, foram realizadas nove medidas corporais nos espécimes capturados. Após o término dos procedimentos todos os espécimes foram liberados no mesmo local onde foram coletados. A partir dos resultados observados no presente estudo sugere-se a implementação de programas de conscientização voltados para os frequentadores do parque, a fim de promover o conhecimento das espécies que habitam o lago e evitar os maus tratos e o abandono dos espécimes. / This study presents data about abundance and population structure as well sexual dimorphism to the population of Trachemys dorbigni from “Lago dos Pedalinhos”, an urban lake from the city of Porto Alegre – Brazil. The captures and data collection were conduced weekly, between May and December 2009. All the captured specimens were weighed, sexed (whenever was possible) and marked with a number of identification. In order to evaluate the differences in size between sexes nine body measurements were taken from adult males and females. After completed the procedure, all individuals captured were released in the same place that they were caught. The sex ratio was calculated by the division between the total number of males and females.

A filogeografia é o campo de estudo que pode revelar a história evolutiva das espécies, sua diversidade e a estrutura genética atual das populações. Neste estudo, foi avaliada a diversidade genética de 13 populações de Epidendrum orchidiflorum (Orchidaceae) utilizando uma abordagem filogeográfica, na tentativa de reconstruir a história evolutiva desta espécie ao longo da Chapada Diamantina e suas serras próximas, do litoral de Bahia e litoral do Rio de Janeiro.Foram usados como marcadores moleculares regiões de DNA de cloroplasto - cpDNA, as quais por serem de herança materna, natureza não recombinante e se encontrarem abundantemente nas plantas, são ideais para este tipo de estudos. Com os dados obtidos do seqüenciamento de duas regiões de cpDNA (rps16-trnK e rpl32-trnL), foram calculados os índices de diversidade para as 13 localidades amostradas, sendo que o número total de haplótipos foi 12. A diversidade haplotípica (Hd) variou de 0 para a população do Litoral da Bahia, Restinga (RE) a 0,889 para a população de Seabra (SE), próxima da Chapada Diamantina. O haplótipo mais freqüente foi o H2 apresentando-se em nove populações. A população RE só apresentou um haplótipo (H2), enquanto que a população de maior diversidade (SE) apresentou seis haplótipos. Além disso, em três populações (SE, Morro do Chapéu e Arraial do Cabo) foram encontrados haplótipos únicos. A análise de variância molecular (AMOVA) indicou que a diferenciação genética encontrada entre populações (FST = 47,5%) é elevada, mostrando que existem diferenças entre populações para esta espécie. No entanto, a proporção de variabilidade de haplótipos encontrados dentro das populações (52,5%, P<0,001) foi maior do que entre as populações.As análises geradas para diferentes agrupamentos testados nas AMOVAS e no programa Migrate-n, sugerem que o melhor modelo que explicaria a conectividade entre as populações seria o modelo de uma grande população panmítica que reúne as populações das serras (JA, PD, RU, MC, CD, SA, LE, CF, MU, PI e SE) com migração para as populações do litoral da Bahia (RE) e a população do Rio de Janeiro (AC). Estas análises são suportadas pelas análises geradas da Modelagem de Nicho Ecológico (EEM), indicando que as populações próximas a Chapada Diamantina se encontram conectadas desde a interglaciação e a última glaciação, porém a população do Rio de Janeiro foi separada durante a ultima glaciação, permanecendo isolada, divergindo ao longo do tempo devido à deriva genética e à mutação. / Phylogeography is the field of study that may reveal the evolutionary history of the species, their diversity and the current genetic structure of populations. In this study, we evaluated the genetic diversity of 13 populations of Epidendrum orchidiflorum (Orchidaceae ) using a phylogeographic approach in an attempt to reconstruct the evolutionary history of this species along the Chapada Diamantina and its nearby sierras, the Bahia coastline and the Rio de Janeiro coastline. We used as molecular markers chloroplast DNA regions - cpDNA, which are maternally inherited, non-recombinant and found abundantly in plants, and for these reasons are ideal for this type of studies. With the data obtained from the sequencing of two regions of cpDNA(rps16-trnK and rpl32-trnL), the diversity index for the 13 sampled locations were calculated, and the total number of haplotypes was 12.The haplotype diversity (Hd) ranged from 0.0 for the Coastal population of Bahia, Restinga (RE) to 0.889 for the population of Seabra (SE), near the Chapada Diamantina. The most common haplotype was the H2 found in nine populations. The RE population showed only one haplotype (H2), while the population of greater diversity (SE) showed six haplotypes. Moreover, in three populations (SE, Morro do Chapéu and Arraial do Cabo) unique haplotypes were found. The analysis of molecular variance (AMOVA) showed that the genetic difference found between populations (FST = 47.5%) is high, showing that there are differences between populations for this species. However, the proportion of haplotypes variability found within populations (52.5%, P <0.001) was higher than among populations. The analyses generated for different groups tested in AMOVAS and in the Migrate-n program suggest that the best model to explain the connectivity between populations would be the model of a large panmitic population that brings together the populations of the Sierras (JA, PD, RU, MC, CD, SA, LE, CF, MU, PI and SE) with migration towards the populations of the coast of Bahia (RE) and the population of Rio de Janeiro (AC). These analyses are supported by the analyses generated by the Ecological Niche Modeling (EEM), indicating that the populations near the Chapada Diamantina are connected since the interglacial and the last glaciation, but the population of Rio de Janeiro was separated during the last glaciation, remaining isolated and diverged over time due to genetic drift and mutations.

O objetivo deste estudo foi descrever aspectos biológicos das espécies de cienídeos na baía de Santos. As coletas foram realizadas mensalmente, entre dezembro de 2004 e dezembro de 2005. Foram estudadas a composição específica; a estrutura populacional de dez espécies, incluindo idade e crescimento; a biologia reprodutiva de quatro espécies; e o tipo de fecundidade de Stellifer rastrifer. Foram capturados 29.306 exemplares pertencentes a 13 gêneros e 21 espécies, com S. rastrifer representando 70,4 % da composição total, seguido por Isopisthus parvipinnis e Stellifer brasiliensis, perfazendo 85%. A baía de Santos é caracterizada principalmente por indivíduos jovens, com a entrada de indivíduos para as populações ocorrendo em diversas épocas do ano. As análises reprodutivas e a confirmação histológica da maturação indicaram que as quatro principais espécies estudadas completam ciclo reprodutivo na região. As análises histológicas indicaram erros na identificação dos estádios macroscópicos dos ovários: fêmeas classificadas como \"em maturação\" (estádio B) foram reclassificadas como \"em reorganização\" após as análises microscópicas. Isopisthus parvipinnis e Stellifer brasiliensis apresentaram fêmeas desovantes nos meses de verão e Paralonchurus brasiliensis no inverno. A espécie Stellifer rastrifer apresentou distribuição de diâmetro dos ovócitos de maneira contínua, indicando que a espécie apresenta desenvolvimento assincrônico e fecundidade indeterminada. / The goal of this study was to describe the biological aspects of Sciaenid species in Santos bay. Samplings were performed monthly, between November/2004 to December/2005. The specific composition; the population structures of ten species, including the age and growth; the reproductive biology of four species and the type of fecundity of Stellifer rastrifer were studied. In the present study 29,306 individuals were caught, belonging to 13 genus and 21 species, with the specie Stellifer rastrifer represented 70.4%, followed by Isopisthus parvipinnis and S. brasiliensis, resulting in 85% of the total Sciaenid composition. The Santos bay is mainly characterized by juveniles, with the recruitment of new individuals to the population occurring in several periods of the year. The reproductive analysis and the histological confirmation of the maturation stages indicated which the four main species studied complete their reproductive cycle in this region. The histological analysis indicated some errors in the identification of the macroscopic ovary stages, i.e., females classified as \"in maturation\" (stage B) were reclassified as \"in reorganization\" after the microscopic analysis. Hydrated females of Isopisthus parvipinnis and Stellifer brasiliensis occurred during the summer months while the hydrated females of Paralonchurus brasiliensis in the winter. The specie Stellifer rastrifer showed the oocytes diameter distribution in continuous pattern, indicating that the species has asynchronous development and indeterminate fecundity.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-23T13:49:46Z No. of bitstreams: 1 Ilka Siqueira Lima Branco Nunes.pdf: 2141818 bytes, checksum: 9aa7bf11d864f1e1ce580f338251fe3c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-23T13:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ilka Siqueira Lima Branco Nunes.pdf: 2141818 bytes, checksum: 9aa7bf11d864f1e1ce580f338251fe3c (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / The south stingray is commonly captured as by-catch in different fisheries, not only in Brazil but also in some parts of South America, and due to the deficiency of available data, there is now a considerable deficit of information to evaluate the population status of the specie. In this context, the main goal of this study was to investigate aspects related to the ecology of the D. americana along the coast of the metropolitan area of Recife, from capture data and acoustic monitoring, and in the Biological Reserve of Atol das Rocas, from observation and movement analysis. On the coast of Recife CPUE´south stingray was higher in Boa Viagem / Piedade (0.33) than in Paiva (0.26). The average monthly CPUE on the beach of Boa Viagem / Piedade was higher in May, while on the beach of Paiva the highest value occurred in June. The annual CPUEs, to the beaches in combination, were higher at the research beginning in 2004 and 2005. Of the 85 specimens, it was possible to identify the sex in 17 animals, of which 16 were females, with DW ranging between 79.00 and 152.00 cm (124.63 ± 20.86), DL between 94.00 and 142.00 cm (113.08 ± 14.14), and TL between 97.00 and 255.00 cm (188.31 ± 54.97); and only one was male, with DW 87.00 cm. Throughout the research was also recorded the occurrence of a food item (Dasyatis marianae) unusual, never described before for D. american diet. The evaluation of the detection from the acoustic monitoring on the reef coastline, in relation to the 24 hour cycle indicated that the majority of the detections occurred over night (96.4%) (X² = 144.857; P <0.0001). The TAH values were higher in the years 2003 (0.76 ± 1.51) and 2008 (1.55 ± 1.76), observing, between 2009 (0.15 ± 0.42) and 2013 ( 0.21 ± 0.57), values consistently lower. The significant decrease of species sightings within the Rocas Atoll raised the possibility of there being a natural population decline in the region. The vertical habitat use pattern for the D. americana showed a strong preference for both tagged stingrays (91.4% and 86.3%, respectively) by hot water (above 28 ° C) and shallow (depths up to 5m) of Rocas Atoll over the monitoring period. The results showed that low depth areas as one of the essential habitats for specie inside to Rocas Atoll. Finally, it is essential that greater efforts are seeking in employees the continuation of an adequate monitoring of their populations in coastal and island waters. / A raia prego é comumente capturada como fauna acompanhante em diferentes pescarias, não apenas no Brasil mas também em grande parte da America do Sul, e devido à deficiência dos dados disponíveis, existe hoje um considerável déficit de informações que permitam avaliar o status populacional da espécie. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivo investigar aspectos relacionados à ecologia da D. americana, ao longo do litoral da região metropolitana do Recife, a partir de dados de captura e monitoramento acústico, e na Reserva Biológica do Atol das Rocas a partir de análises de avistagem e movimentação. No litoral de Recife a CPUE das raias prego foi maior em Boa viagem/Piedade (0,33) do que no Paiva (0,26). A CPUE média mensal na praia de Boa Viagem/Piedade foi maior no mês de maio, enquanto que na praia do Paiva o maior valor ocorreu em junho. As CPUEs anuais para as praias de forma combinada foram maiores no início da pesquisa, nos anos de 2004 e 2005. Dos 85 exemplares, foi possível a identificação do sexo em 17 animais, dos quais 16 eram fêmeas, com LD variando entre 79,00 e 152,00 cm (124,63 ± 20,86), CD entre 94,00 e 142,00 cm (113,08 ± 14,14), e CT entre 97,00 e 255,00 cm (188,31 ± 54,97); e apenas um era macho, com LD de 87,00 cm. Ao longo da pesquisa foi registrada ainda a ocorrência de um item alimentar (Dasyatis marianae) não usual, jamais antes descrito para dieta da D. americana. A avaliação das detecções do monitoramento acústico no litoral de Recife, em relação ao ciclo de 24 horas indicou que a maior parte das detecções ocorreram ao longo do período noturno (96,4%) (X²= 144,857; P< 0,0001). Os valores de TAH foram maiores entre os anos de 2003 (0,76 ± 1,51) e 2008 (1,55 ± 1,76), observando-se, entre 2009 (0,15 ± 0,42) e 2013 (0,21 ± 0,57), valores consistentemente mais baixos. A diminuição significativa das avistagens da espécie no interior do Atol das Rocas suscita a possibilidade de estar existindo um declínio natural da população na região. O padrão de uso do habitat vertical para a D. americana mostrou uma forte preferência, para ambas as raias marcadas (91,4% e 86,3%, respectivamente), pelas águas quentes (acima dos 28°C) e rasas (profundidades de até 5m) do Atol das Rocas, ao longo do período do monitoramento. Os resultados evidenciaram que as áreas de baixa profundidade como um dos habitas essenciais para espécie no Atol das Rocas. Por fim, é imprescindível que maiores esforços sejam empregados em busca da continuação de um adequado monitoramento de suas populações em águas costeiras e insulares.

Submitted by MICHAEL JOSÉ HEREMAN null (mhereman@gmail.com) on 2017-02-17T17:54:09Z No. of bitstreams: 1 UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA- Dissertação MSC Hereman com MAAP e PH final corrigido.pdf: 2015217 bytes, checksum: 72153cdccdd31531f005b82e9415e10c (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-22T17:08:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 hereman_mj_me_svic.pdf: 2015217 bytes, checksum: 72153cdccdd31531f005b82e9415e10c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T17:08:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 hereman_mj_me_svic.pdf: 2015217 bytes, checksum: 72153cdccdd31531f005b82e9415e10c (MD5) Previous issue date: 2017-01-17 / As praias de Santos (SP) apresentam legislação municipal de proibição de captura das espécies de Callianassidae, p ex. Callichirus major (Lei Municipal nº 1.293/93), fato este não verificado em municípios limítrofes, como São Vicente. Esta legislação foi decorrente de um amplo estudo de 10 anos (1983 a 1993), desde então não existindo outros mais aprofundados sobre a biologia populacional desta espécie. Portanto, a presente dissertação tem como objetivos realizar uma avaliação comparativa da biologia populacional de Callichirus major entre a praia do Gonzaga, localizada no Município de Santos (protegida) e a praia do Itararé, no Município de São Vicente (sem legislação pertinente à captura da espécie). O primeiro objetivo foi efetuar um teste de tamanho do quadrado ideal para as amostragens, através do método de Wigert (W), assim como o número de réplicas por subárea amostral, determinada pela estabilização das variâncias (V), indicando um mínimo ideal de 50 réplicas (V=24,6). O possível efeito da declividade e distância do mar sobre os parâmetros populacionais da espécie foi também testado em duas transecções de quadrados amostrais contíguos (vertical e paralela à linha de costa). Com base nos resultados obtidos, foi estabelecido o número de subáreas amostrais em cada praia, levando-se em conta sua extensão (Praia do Itararé: 2,3 km; e Praia de Santos: 4,7 km). A densidade foi maior nas transecções próximas aos canais (5,0 ± 1,6 e 4,5 ± 2,0 ind./m2) do que aquela mais equidistante (F = 13,20; p = 0,000), indicando para evitar áreas de canal próximas para minimizar o viés amostral durante as análises espaciais. Nas duas praias foram contabilizadas as galerias da espécie por quadrado amostral, a fim de comparar as condições de distribuição destes organismos de maneira particular nestas praias, e seus dados inseridos em planilhas eletrônicas, perfazendo o segundo objetivo do estudo. Em outra subárea, em ambas as áreas de estudo (Gonzaga e Itararé), exemplares de C. major foram coletatos a utilização com uma bomba sugadora em PVC, para cumprir o terceiro objetivo, o qual consistiu de registrar informações biométricas e reprodutivas, para caracterizar a população diante da pressão de pesca, ou diante de condições de proibição da captura. A densidade da espécie foi registrada pelo número de indivíduos/m2 e comparadas entre as praias através de um teste de GLM (modelos lineares generalizados), usando como variáveis explicativas o local, mês e o estirâncio. Os resultados indicaram que a densidade anual no município de Santos (STS = 6,8±3,3 galerias/m2) foi 2,5 vezes superior àquela registrada em São Vicente (SAV = 2,7±2,5 galerias/m2). A estrutura populacional foi avaliada pela distribuição dos exemplares de cada sexo em classes de tamanho (CC) de 1 mm e a razão sexual pela proporção macho:fêmea. Para isto, comparou-se a média do CC de machos e fêmeas usando um t-test ou U de Mann-Whitney, dependendo se a distribuição dos dados foi normal ou não. Durante o referido período de amostragens, um total de 546 espécimes de Callichirus major (204 machos, 342 fêmeas) na praia do Gonzaga e 404 (217 machos, 187 fêmeas) em Itararé, respectivamente. Em relação ao tamanho de CC, as fêmeas foram significativamente maiores em ambas as praias, 17,1 ± 1,92 mm (Gonzaga) e 16,5 ± 2,07 mm (Itararé), em relação aos machos 15,0 ± 2,83 e 15,0 ± 2,66, respectivamente. Contudo, este estudo provou a eficiência da legislação de proteção de C. major no Município de Santos, para as praias de São Vicente e outros municípios do estado de São Paulo, e demais locais do Brasil, com fins de contribuir com o manejo e conservação desta espécie, e ainda, ressaltou a importância de outros estudos aliados à exploração sustentável deste recurso. / The C. major from Santos (SP) are protected by law (municipal law number 1.293/93) so, it´s prohibited to capture this crustacean from the beaches, this fact isn´t verified at boundaries counties, just like São Vicente, for example. This legislation was due a great study during 10 years (1983 to 1993), since then, doesn´t exist other importants studies about this specie. Therefore, this present dissertation aims to realize a comparative avaliation of the populational biology of Callichirus major between Gonzaga beach (Santos, SP), a protected area, and Itararé beach (São Vicente, SP). The first objective was realize a test to obtain a optimiun quadrat size for the sampling, using the Wigert (W) method, as well as the number of replicates per sample areas, determinate by the stabilization of variances (V), indicating a minimum of 50 replicas (V=24,6). The possible effect of declivity and sea´s distance were evaluated too, using for this, two transections of contiguous sample quadrat (vertical and parallel to the coast line), the one with less variance of sazonal and temporal analyzes was chosen. Based in the obtained results, a number of sample areas were established, taking into account the beaches´s extension (Itararé´s beach: 2,3km; Santos´s beach: 4,7 km). The density was bigger at the transections near the channels (5,0 ± 1,6 e 4,5 ± 2,0 ind./m2) then the equidistant one (F = 13,20; p = 0,000), indicating to avoid nearby channels areas to minimize the sampling bias during the spatial analyzes. In both beaches the species´s galleries per sample quadrat were calculated, in order to compare the distribution conditions of this animal particularly at these beaches, and the respective data inserted in eletronics spreadsheets, reaching the second objective os this study. In other subarea, at both beaches (Gonzaga e Itararé), specimens of C. major were collected, using for this a manual pump made by PVC, to fulfill the third objective, that consisted in register the biometrical and breeding cycle informations, to characterize the population in front of the fishing pressure, or in front of prohibition capture conditions. The species density were registered by the number of individuals/ m2 and compared between the two beaches through a GLM test (Generalized Linear Model), using as explanatory variables the place, month and the foreshore. The results indicated that the annual density of Santos city (STS = 6,8±3,3 galleries/m2) was 2,5 times superior than the records from São Vicente (SAV = 2,7±2,5 galleries/m2). The population structure was evaluated by the specimens distribution of each sex in size classes of 1mm and the sex ratio by the proportion male: female. For this, the cephalothoracic length (CL) between males and females were compared, using a t-test or U of Mann-Whitney, being the data distribution normal or not. During the sampling period, a total of 546 specimens of Callichirus major (204 males, 342 females) were collected in Gonzaga beach and 404 (217 males, 187 females) in Itararé. Related to the CL size, the females were significantly higher on both beaches, 17,1 ± 1,92 mm (Gonzaga) and 16,5 ± 2,07 mm (Itararé), in relation to males 15,0 ± 2,83 e 15,0 ± 2,66, respectively. However, this study proved the efficiency of the C. major protection legislation in the city of Santos, of population control to the beaches of São Vicente and other cities from São Paulo state, and to other places in Brazil, in order to contribute with the management and conservation of the specie, emphasizing the importance of other allied studies to the sustainable exploitation of this resource.

O objetivo deste estudo foi descrever aspectos biológicos das espécies de cienídeos na baía de Santos. As coletas foram realizadas mensalmente, entre dezembro de 2004 e dezembro de 2005. Foram estudadas a composição específica; a estrutura populacional de dez espécies, incluindo idade e crescimento; a biologia reprodutiva de quatro espécies; e o tipo de fecundidade de Stellifer rastrifer. Foram capturados 29.306 exemplares pertencentes a 13 gêneros e 21 espécies, com S. rastrifer representando 70,4 % da composição total, seguido por Isopisthus parvipinnis e Stellifer brasiliensis, perfazendo 85%. A baía de Santos é caracterizada principalmente por indivíduos jovens, com a entrada de indivíduos para as populações ocorrendo em diversas épocas do ano. As análises reprodutivas e a confirmação histológica da maturação indicaram que as quatro principais espécies estudadas completam ciclo reprodutivo na região. As análises histológicas indicaram erros na identificação dos estádios macroscópicos dos ovários: fêmeas classificadas como \"em maturação\" (estádio B) foram reclassificadas como \"em reorganização\" após as análises microscópicas. Isopisthus parvipinnis e Stellifer brasiliensis apresentaram fêmeas desovantes nos meses de verão e Paralonchurus brasiliensis no inverno. A espécie Stellifer rastrifer apresentou distribuição de diâmetro dos ovócitos de maneira contínua, indicando que a espécie apresenta desenvolvimento assincrônico e fecundidade indeterminada. / The goal of this study was to describe the biological aspects of Sciaenid species in Santos bay. Samplings were performed monthly, between November/2004 to December/2005. The specific composition; the population structures of ten species, including the age and growth; the reproductive biology of four species and the type of fecundity of Stellifer rastrifer were studied. In the present study 29,306 individuals were caught, belonging to 13 genus and 21 species, with the specie Stellifer rastrifer represented 70.4%, followed by Isopisthus parvipinnis and S. brasiliensis, resulting in 85% of the total Sciaenid composition. The Santos bay is mainly characterized by juveniles, with the recruitment of new individuals to the population occurring in several periods of the year. The reproductive analysis and the histological confirmation of the maturation stages indicated which the four main species studied complete their reproductive cycle in this region. The histological analysis indicated some errors in the identification of the macroscopic ovary stages, i.e., females classified as \"in maturation\" (stage B) were reclassified as \"in reorganization\" after the microscopic analysis. Hydrated females of Isopisthus parvipinnis and Stellifer brasiliensis occurred during the summer months while the hydrated females of Paralonchurus brasiliensis in the winter. The specie Stellifer rastrifer showed the oocytes diameter distribution in continuous pattern, indicating that the species has asynchronous development and indeterminate fecundity.

Embora já existam estudos anteriores a respeito da estrutura de população em cana-deaçúcar, até o momento nenhum estudo foi feito usando marcadores SNPs gerados a partir de plataformas de genotipagem de larga escala, como por exemplo, Sequenom iPLEX MassARRAY. No presente trabalho, foi investigada a estrutura populacional no painel brasileiro de variedades de cana-de-açúcar. Esse painel é formado por materiais elites, ancestrais importantes e cultivares utilizados em programa de melhoramento. Um total de 1033 marcadores SNPs foram utilizados para genotipar os acessos do painel. A classificação dos dados feita usando o software SuperMASSA. A estrutura de população foi analisada por meio de análise de componentes principais (ACP), análise de agrupamentos e usando o software STRUCTURE. Devido ao fato que no software STRUCTURE não é possível dados de marcadores moleculares provenientes de espécies poliploides com aneuplodia frequente, o conjunto de dados foi separado e analisado de acordo com nível de ploidias dos SNPs. Com a finalidade de comparar os resultados, foi feita uma análise de coordenadas principais na matriz de distância, com os elementos definidos por 1 - coeficiente de parentesco. A análise de componentes principais revelou presença de estrutura de população. O primeiro componente separou o acesso IN84-58 (S. spontaneum) dos outros acessos que por sua vez estão separados em três grupos: o primeiro grupo formado pelos acessos que são S. sinense, o segundo grupo formado pelos cultivares modernos de cana-de-açúcar e o terceiro grupo formado por acessos que são espécies S. officinarum. Resultados da análise de agrupamento usando distância de alelos compartilhados são condizentes com resultados da ACP. Por outro lado, análise de coordenadas principais e método de agrupamento UPGMA usando o coeficiente de parentesco mostraram uma maior dissimilaridade genética entre os acessos separando as progênies do cultivar RB72454 do grupo formado pelos genitores e ou progenies do cultivar NA56-79. A diferença entre os resultados da análise de componentes principais e de coordenadas principais é devido principalmente a pressuposições nas estimativas do coeficiente de parentesco que são irrealísticas. Com relação a análise feita com o software STRUCTURE, o número de subpopulações e a matriz Q estimada variou de acordo com nível de ploidia dos marcadores. De um modo geral, as análises de estrutura de população mostrou que há evidências de estreitamento da base genética dos acessos devido a cruzamentos recorrentes de indivíduos aparentados. Espera-se que estas informações sejam importantes para o mapeamento associativo e melhoramento genético da espécie. / Although there are several studies inferring population structure in sugarcane, none of them have yet used SNP markers generated from high-throughput platforms, such as, Sequenom iPLEX MassARRAY platform. In this study, it was investigated the population structure in a Brazilian panel of sugarcane varieties. This panel is comprised by elite breeding materials, important ancestors, and cultivars mostly used by breeding programs. 1,033 SNP markers were scored. SNP genotype calling was made using software SuperMASSA. The population structure was analyzed via principal components analysis (PCA), cluster analysis and using the software STRUCTURE. Due to the fact that STRUCTURE is not possible to analyze molecular markers data scored on species withmixed ploidy level, the dataset was separated and analyzed according to SNPs level ploidy estimates. With purpose of comparing the results, it was made a principal coordinate analysis (PCO) of distance matrix, with elements defined by 1 - kinship coefficient. The principal components analysis revealed some structure. The first component separated out IN84-58 (Saccharum spontaneum) from the others acessions, whereby these others acessions were allocated in three groups, comprised by S. sinense species, sugarcane modern cultivars and S. officinarum species. Results from cluster analysis using allele shared distance are in agreement with PCA results. On the other hand, principal coordinates analysis and UPGMA hierarchical clustering method based on kinship coefficient showed a broader genetic dissimilarity between acessions, allocating RB72454 progenies apart from its parents and/or progenies of NA56-79. The difference of results between PCA and PCO are mainly due to irrealistics assumptions in the calculation of kinship. Regarding analysis from the STRUCTURE, the number of subpopulations and Q matrix estimated varied with level ploidy. In general, the study of population structure showed some evidence of narrow genetic distances between accessions, due to recurrent crosses between related individuals. The information presented hereby could be important for association mapping and sugarcane breeding program.