A obtenção de genótipos superiores no melhoramento de plantas depende da existência de variabilidade genética. A existência de coleções de germoplasma representativas e a utilização de um tamanho adequado de amostra são fundamentais para a preservação das frequências alélicas e genotípicas, diminuindo a perda de variabilidade genética e postergando o aparecimento dos efeitos da deriva genética. Assim, teve-se como objetivo avaliar os efeitos da deriva genética em caracteres quantitativos em subpopulações de milho. Este estudo foi realizado a partir das populações originais BR-105 e BR-106, das quais 10 subpopulações foram obtidas em cada um dos cinco ciclos sucessivos de amostragem com tamanho efetivo reduzido, totalizando 50 subpopulações para cada população original, as quais foram posteriormente autofecundadas, gerando um nível a mais de endogamia. Os tratamentos foram constituídos de 10 amostras da população original sem autofecundação, 10 amostras com autofecundação, 50 subpopulações obtidas da população original e 50 subpopulações autofecundadas, totalizando 120 tratamentos para cada população, avaliados separadamente. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados no esquema de parcelas subdivididas em faixas hierárquico, em quatro ambientes com duas repetições por ambiente. Os caracteres avaliados foram produção de grãos (PG), prolificidade (PROL), comprimento e diâmetro de espigas (CE e DE), número de fileiras por espiga (NFE), número de grãos por fileira (NGF), altura de planta e espiga (AP e AE), florescimento masculino e feminino (FM e FF) e número de ramificações do pendão (NRP). Foram estimados os efeitos da deriva genética entre as médias das subpopulações nos dois níveis de endogamia e os efeitos da depressão por endogamia nas subpopulações dentro dos ciclos. Posteriormente, realizaram-se análises de regressão linear para as subpopulações nos dois níveis de endogamia, separadamente, e em conjunto. Foi verificada uma grande variação nas médias das subpopulações ao longo dos ciclos, indicando que a deriva genética causou diferenciação entre as mesmas e que estas se diferenciaram das populações originais. Detectaram-se efeitos significativos da deriva genética nas populações não autofecundadas para todos os caracteres avaliados, em maior número para PG, já que este caráter é mais sensível à deriva genética por possuir maior grau de dominância que os demais. Houve diminuição no número de estimativas de deriva significativas para as populações autofecundadas, incluindo mudanças na magnitude e no sinal das mesmas em relação às populações não autofecundadas. Para as estimativas de depressão por endogamia, os caracteres PG, NGF, FM e FF apresentaram maior quantidade de estimativas significativas que os demais. Para a maioria dos caracteres, a regressão linear explicou a maior parte da variação encontrada com o aumento dos coeficientes de endogamia. As populações BR-105 e BR-106, por terem estruturas genéticas distintas, apresentaram performances diferentes quanto aos efeitos da deriva genética. Enfim, como a deriva genética interfere na integridade genética das populações, torna-se importante considerar seus efeitos na coleta e manutenção dos bancos de germoplasma e nas populações utilizadas no melhoramento genético de plantas. / Obtaining superior genotypes in plant breeding depends on the existence of genetic variability. The existence of representative germplasm collections and the use of appropriate sample size are essential for preserving allelic and genotypic frequencies, reducing loss of genetic variability and delaying genetic drift effects. This study aimed to evaluate the effects of genetic drift in quantitative traits in subpopulations of maize. The original populations used were BR-105 and BR-106, of which 10 subpopulations were obtained in each five successive sample cycles with reduced effective size, accounting 50 subpopulations for each original population that were subsequently selfed to generate an additional level of inbreeding. The treatments consisted in 10 samples of the original population, 10 samples of the selfed original population, 50 non selfed subpopulations obtained from the original population and 50 selfed subpopulations, accounting 120 treatments for each population evaluated separately. It was used the randomized block strip-plot design, in four environments with two replications. The traits assessed were grain yield (GY), prolificacy (PROL), ear length and ear diameter (EL and ED), number of rows per ear (NRE), kernel-row number (KRN), plant and ear height (PH and EH), days to anthesis and silking (DA and DS), and number of tassel branches (NTB). It was estimated the effects of genetic drift between subpopulations means at both inbreeding levels, and the effect of the inbreeding depression in subpopulations within cycles. It was also performed linear regression analysis for subpopulations at both levels of inbreeding separately and together. A large variation was observed in the subpopulations means over cycles, indicating that genetic drift caused differentiation between them, and that they differed from the original populations. The effects of genetic drift were significant for all traits in the non selfed subpopulations, especially for GY, which is more sensitive to genetic drift effects by having a greater degree of dominance than the other traits. There was a decrease in the number of significant genetic drift estimates for selfed populations, including changes in magnitude and signs, compared to the non selfed populations. GY, KRN, DA and DS had higher number of significant inbreeding depression estimates than the other traits. Linear regression analysis explained most of the variation found with increasing homozygosity. As BR-105 and BR-106 populations have distinct genetic structures, they showed different performances regarding the effects of genetic drift. Therefore, genetic drift interferes in the genetic integrity of populations and it is important to consider its effect on the collection and maintenance of germplasm banks and populations used in plant breeding.

Submitted by Mariana Dornelles Vargas (marianadv) on 2015-03-17T19:15:15Z No. of bitstreams: 1 caracterizacao_demografica.pdf: 744506 bytes, checksum: 42673cbee87c239733082fd6c361167a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-17T19:15:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 caracterizacao_demografica.pdf: 744506 bytes, checksum: 42673cbee87c239733082fd6c361167a (MD5) Previous issue date: 2010 / Nenhuma / No presente estudo são apresentados os primeiros parâmetros populacionais para a população de Phrynops hilarii do Lago dos Pedalinhos no Parque Farroupilha (30º02'13"S; 51º13'03"W), Porto Alegre, Brasil. Esta população foi analisada quanto a sua estrutura, abundância, razão sexual e existência de dimorfismo sexual em tamanho. As capturas dos espécimes foram realizadas semanalmente entre 8:30h e 15:00h, em dois dias consecutivos, entre maio e dezembro de 2009. Todos os indivíduos capturados foram pesados, sexados (sempre que possível) e marcados com um número individual de identificação. Em adição, em cada espécime capturado foram realizadas nove medidas lineares externas. Após o fim do procedimento, todos os indivíduos capturados foram liberados no mesmo local onde foram coletados. A abundância da população foi estimada através do método para populações abertas de Jolly-Seber e a razão sexual foi obtida através da divisão do número total de machos pelo total de fêmeas. A existência de dimorfismo sexual nas medidas externas foi testada pelo teste-t, apenas para os indivíduos sabidamente adultos e de sexo conhecido. Como resultados foram capturados 53 espécimes de P. hilarii durante o período de estudo, dos quais 16 eram machos, 25 eram fêmeas e 12 indivíduos tiveram o sexo não determinado. Além disso, 77% eram adultos e 22% subadultos. A abundância populacional de P. hilarii no Lago dos Pedalinhos foi estimada em 282,67 indivíduos e a razão sexual foi significativamente diferente de 1:1 e inclinada a favor das fêmeas, com a existência de um macho para cada 1,56 fêmeas. O resultado do teste-t indicou a existência de um acentuado dimorfismo sexual no tamanho, sendo as fêmeas, de uma maneira geral, maiores que os machos, à exceção das medidas da distância máxima da base da cauda ao orifício cloacal e da distância máxima da base à ponta da cauda. Nos quelônios o dimorfismo sexual no tamanho é comum e isto poderia ser um dos fatores que influenciam na maturação e no crescimento diferencial entre os sexos de uma mesma espécie. Acredita-se que a população de P. hilarii do Lago dos Pedalinhos é resultante, principalmente, de indivíduos descartados pela comunidade local, após terem sido mantidos em cativeiro (como animais de estimação) por algum período. Os dados obtidos no presente estudo demonstram que apesar das populações de quelônios de parques urbanos estarem vivendo em áreas altamente antropizadas, elas ainda seriam capazes de manter parâmetros populacionais semelhantes aos das populações naturais de vida livre, sugerindo que estes animais seriam extremamente resistentes às pressões antrópicas. A maior causa de mortalidade dos quelônios em parques urbanos é em decorrência de maus-tratos, atropelamentos, predação e ataque de animais domésticos, bem como por poluição e competição com espécies afins que ocupam o mesmo ambiente (Trachemys dorbigni e T. scripta elegans). Por fim, as populações de P. hilarii de parques urbanos também poderiam servir de modelo na compreensão dos reais efeitos da atividade humana sob quelônios de vida livre em outras áreas impactadas. / In this study is presented the first population parameters to the population of Phrynops hilarii from “Lago dos Pedalinhos” (30º02'13"S; 51º13'03"W), an urban lake from the city of Porto Alegre – Brazil. The population structure, size, abundance, and sex ratio as well sexual dimorphism in size were analyzed. The captures and data collection were conduced weekly, between May and December 2009. All the captured specimens were weighed, sexed (whenever possible) and marked with a number of identification. In order to evaluate the differences in size between sexes nine body measurements were taken from adult males and females. After completed the procedure, all individuals captured were released in the same place that they were caught. The population abundance was estimated by Jolly-Seber method for open populations and the sex ratio was calculated by the division between the total number of males and females. The sexual dimorphism in body measurements were tested between sexes using t-test, just for adult individuals with known sex. As a result, 53 specimens of P. hilarii were captured, which 77% were adults and 22% subadults. From this total, 16 were males, 25 females and 12 were of unknown sex. The population abundance of P. hilarii in the study area was estimated in 282.67 specimens. The sex ratio was statistically different from the expected ratio 1:1 and was biased in favor of females (1 male to 1.56 females). The t-test results revealed pronounced sexual dimorphism in body size, with females being larger than males, with the exception of the tail’s measurements (CCD1 and CCD2). In chelonians the sexual dimorphism in size is common and it may be one of the factors that influence the maturation and differential growth between the sexes. It is believed that studied population is formed, mainly, by animals released by the local co mmunity, after being kept in captivity, like pets. The observed results suggest that the ch elonian populations that live in urban parks are able to keep the regular population parameters similar to the wild populations of the species, even living in highly impacted areas. In addition, it indicates that this population is extremely resistant to anthropogenic pressure. The mortality of chelonians in urban parks generally is due to direct human actions, such as maltreatment, running over, predation and by the attack of domestic animals, as well pollution and competition with related species that live in the same area (Trachemys dorbigni and T. scripta elegans). Finally, the study of chelonians from urban parks could be used as a model for under standing the real effects of the human activity on the wild populations of freshwater turtles

Os aspectos da pesca do espada, Trichiurus lepturus (Linnaeus, 1758) (Trichiuridae), foram descritos e analisados para as artes de pesca artesanal de linha-de-mão em Arraial do Cabo (RJ) e cerco flutuante em Porto Belo (SC), e da pesca comercial de arrasto de fundo com parelhas na costa de São Paulo. Verificaram-se tendências crescentes na produção da espécie, principalmente na pesca artesanal. Foram utilizados marcadores moleculares tipo RAPD para analisar a estrutura genético-populacional da espécie com exemplares de Belém (PA), Natal (RN), Arraial do Cabo (RJ), Guarujá (SP), Porto Belo (SC) e Rio Grande (RS), evidenciando-se uma população distinta em Belém, enquanto as demais não apresentaram estruturação definida. A dinâmica de populações foi analisada para exemplares de Arraial do Cabo, São Paulo e Porto Belo, coletados mensalmente de janeiro/2002 a julho/2003. A desova da espécie é parcelada com período reprodutivo ocorrendo do verão ao início do inverno. As fêmeas maduras migram para a plataforma encontrando-se com os machos maduros que ali permanecem, retornando à costa após a desova. O comprimento médio de primeira maturação sexual variou de 647 a 670mm (Lt) para fêmeas, e de 526 a 650mm para machos. As estimativas dos parâmetros de crescimento foram as seguintes: para fêmeas Loo de 1740 a 2010mm; k de 0,12 a 0,15/ano e t0 de -1,642 a -2,517 anos; para machos Loo de 1373 a 1580mm; k de 0,17 a 0.25/ano e t0 de -1,662 a -1,866 anos. A longevidade foi cerca de 14 anos. As taxas de mortalidade natural variaram de 0,20 a 0,29/ano. O modelo de rendimento relativo por recruta indicou que as taxas de mortalidade por pesca do espada estão próximas ou já ultrapassam os limites do rendimento máximo sustentável. / The fishery aspects of the cutlassfish, Trichiurus lepturus (Linnaeus, 1758) (Trichiuridae), were analyzed for the artisanal fishery of line and hook of Arraial do Cabo (RJ) and floating encirclement of Porto Belo (SC), and of the commercial paired bottom trawlers in the coast of São Paulo. Tendencies in increasing yields were detected, mainly in the artisanal fishery. RAPD markers techniques were employed in order to analyze the genetic-population structure of the cutlassfish from Belém (PA), Natal (RN), Arraial do Cabo (RJ), Guarujá (SP), Porto Belo (SC) and Rio Grande (RS), showing a different population in Belém, while the others did not show a clearly defined structure. The population dynamics were analyzed for fishes of Arraial do Cabo, São Paulo and Porto Belo, collected monthly of January/2002 to July/2003. The cutlassfish spawning is parceled with reproductive period from the summer to the beginning of the winter. Ripe females migrate offshore to mate with ripe males that stay there, returning to the coast just after spawning. The length of first sexual maturity varied from 647 to 670mm (Lt) for females, and 526 to 650mm for males. The estimates of growth parameters were: for females Loo from 1740 to 2010mm; k from 0,12 to 0,15/year and t0 from -1,642 to -2,517 years, and for males Loo from 1373 to 1580mm; k from 0,171 0.255/year and t0 from -1,662 to -1,866 years. The longevity was about 14 years. The natural mortality rate varied from 0,20 to 0,29/year. The relative yield per recruit model showed that fishing mortality rates of the cutlassfish are close or just exceeding the limits of the maximum sustainable yield.

Com a disponibilidade de tecnologias de genotipagem robustas, fornecendo milhares de marcadores moleculares a um baixo custo por amostra, tornou-se mais acessível escanear o genoma todo. Logo, as abordagens de mapeamento associativo, baseado no cálculo do desequilíbrio de ligação, e a busca de regiões do genoma que apresentam sinais de seleção foram favorecidas. Essas ferramentas apresentam um grande potencial a ser explorado em programas de melhoramento de soja, auxiliando na obtenção de informações valiosas em relação à arquitetura genética dos caracteres de interesse agronômico e à dinâmica dos processos de seleção. Portanto, os objetivos deste estudo foram: (i) verificar os efeitos da relação genética entre genótipos no desequilíbrio de ligação; (ii) obter informações em relação a arquitetura genética para dez caracteres por meio da abordagem de mapeamento associativo; e (iii) identificar regiões sob seleção diferencial em uma população representada por cultivares brasileiras comparadas a de uma população de genótipos exóticos de diferentes origens geográficas. Para isto, 95 genótipos de soja foram genotipados utilizando a plataforma da Affymettrix (180 K Axiom® Soybean Genotyping Array). O efeito da estrutura populacional sobre DL foi investigado utilizando como correções as matrizes resultantes do software STRUCTURE, DAPC, PCA e a matriz de parentesco. Para o mapeamento associativo, os genótipos foram fenotipados para dez caracteres. Foram realizadasvárias abordagens para detecção de sinais de seleção: estimação da diferenciação populacional nas regiões do genoma por meio do índice de fixção (FST) e cross-population composite likelihood ratio test (XP-CLR); identificação de regiões do genoma com redução de diversidade nucleotídica (μ); e a presença de blocos de haplótipos. Ao utilizar medidas de correções para estimação do DL no genoma da soja observamos a influência da estrutura da população e do parentesco nos padrões de DL. Pelo mapeamento associativo, foram identificados 181 marcadores associados para dez caracteres avaliados em soja. Além disso, foi verificada a complexa interação entre regiões envolvidas no controle de caracteres quantitativos (QTL) e ambientes. Regiões diferencialmente selecionadas foram identificadas entre a população de genótipos brasileiros e de materiais de origens diversas, demonstrando que essas passaram por processos de seleção divergente. / The availability of robust genotyping technologies providing thousands of markers with a low-cost per sample, whole-genome scans are becoming more accessible. Hence, associative mapping approaches, based on the calculation of linkage disequilibrium (LD), and the detection of signals of selection were favored. These tools have a great potential to be explored in soybean breeding programs, helping to obtain valuable information about the genetic architecture of the characters of agronomic interest and of the dynamics of selection processes. Therefore, the objectives of this study were: (i) to verify the effects of the genetic relationship among genotypes on soybean linkage disequilibrium; (ii) to obtain information about the genetic architecture in ten soybean traits with an association mapping approach; and (iii) to identify regions under differential selection between a population represented by Brazilian cultivars compared to a population of exotic genotypes from different geographic origins. For this, 95 soybean genotypes were genotyped using an Affymetrix (180 K Axiom® Soybean Genotyping Array) platform. The effect of the population structure on LD was investigated using as corrections the matrices resulting from the software STRUCTURE, DAPC, PCA and a kinship matrix. We phenotyped ten soybean traits in order to carry the association mapping. Several approaches were carried aiming to detect selection signals: estimation of population genetic differentiation in the genomic regions with fixation index (FST) and cross-population composite likelihood ratio test (XP-CLR); identification of genomic regions with reduced nucleotide diversity (μ); and the presence of haplotype blocks.Using the LD corrections, it was showed the influence of population structure and kinship on LD patterns in soybean. By the association mapping, we identified 181 markers associated with the ten traits evaluated in soybean. In addition, complex interactions between QTL and environments were verified. Differentially selected regions were identified between theBrazilian genotypes population and the population of materials from diverse origins, demonstrating that they underwent divergent selection processes.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-08T15:28:37Z No. of bitstreams: 1 Bruno Cesar Luz Macena Rocha.pdf: 2783358 bytes, checksum: 0c7cc3375d48be56cad1fcf79ba55824 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T15:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bruno Cesar Luz Macena Rocha.pdf: 2783358 bytes, checksum: 0c7cc3375d48be56cad1fcf79ba55824 (MD5) Previous issue date: 2010-06-17 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / In Saint Peter and Saint Paul archipelago (SPSPA), located at mid-Atlantic ridge, near to Equator line, population aspects of whale sharks was analized through in situ observation on distribution, seasonality, different behavior, and photo-identification. The movements of whale sharks was tracked using two models of satellite tag: SAT (Satellite Argos-linked transmitter) and PSAT (Pop up satellite archival transmitting tag) in one male (TB-01; 4.8 m) and one female (TB-02; 8.5 m),respectively. Whale shark occur in SPSP adjacencies yearround,although, are more abundant in the first semester, mainly, in February, March, and June. The annual record mean was 10.8 year-1 between 2000 and 2009. The size ranges from 1.8 to 14.0 m with mean± s.d. equal to 7.4± 2.4 m and the majority (62.9%) of whale sharks smaller than 9.0 m, under the estimated size at first maturation. Data received from Argos Satellite system indicate that the whale shark swam away from archipelago heading west. Both sharks spent the major of the time at surface, and the TB-02 dove into bathypelagic zone, attaining the maximum depth of 1,976 m. This was the first initiative to understand behavioral and population dynamics aspects of the whale sharks as well as the movement in Brazil and Equatorial Atlantic from SPSPA and will continue in the hope of building better conservation strategies. / No Arquipélago de São Pedro e São Paulo (ASPSP), localizado na dorsal meso-Atlântica, próximo à linha do Equador, foram analisados aspectos da população do tubarão baleia por meio de observação in situ. Informações sobre a distribuição e sazonalidade de ocorrência, diferentes comportamentos foram coletados e, quando possível, os espécimes foram fotografados para posterior individualização. Para elucidação do deslocamento do tubarão-baleia, a partir do ASPSP, foram utilizados dois modelos de transmissores via satélite, o SAT (Satellite Argos-linked tag) e o PSAT (Pop up satellite archival transmitting tag) em um macho (TB-01) e uma fêmea (TB-02) de 4,8 e 8,5 m, respectivamente. Os tubarões-baleia visitam o arquipélago durante o ano inteiro, entretanto, o primeiro semestre possui uma frequência mais elevada, principalmente nos meses de fevereiro, março e junho. A média anual de registros foi 10,8 ano-1 entre 2000 e 2009. Os comprimentos variaram entre 1,8 e 14,0 m com média± d.p. igual a 7,4± 2,4 m, com a maior parte (62,9%) dos tubarõesbaleia com comprimento abaixo do tamanho estimado para primeira maturação. Os dados dos transmissores recebidos pelo Sistema Argos de satélites indicaram que os tubarões se afastaram do ASPSP, logo após a marcação, em direção oeste. Ambos os tubarões permaneceram a maior parte do tempo na superfície e o TB-02 realizou mergulhos batipelágicos alcançando a profundidade máxima de 1.976 m. Esta foi a primeira iniciativa para se compreender aspectos populacionais e comportamentais, bem como da movimentação de tubarões-baleia no Brasil e no Atlântico Equatorial a partir do ASPSP e terá continuidade na expectativa de construir de estratégias espaciais de conservação.

Os aspectos da pesca do espada, Trichiurus lepturus (Linnaeus, 1758) (Trichiuridae), foram descritos e analisados para as artes de pesca artesanal de linha-de-mão em Arraial do Cabo (RJ) e cerco flutuante em Porto Belo (SC), e da pesca comercial de arrasto de fundo com parelhas na costa de São Paulo. Verificaram-se tendências crescentes na produção da espécie, principalmente na pesca artesanal. Foram utilizados marcadores moleculares tipo RAPD para analisar a estrutura genético-populacional da espécie com exemplares de Belém (PA), Natal (RN), Arraial do Cabo (RJ), Guarujá (SP), Porto Belo (SC) e Rio Grande (RS), evidenciando-se uma população distinta em Belém, enquanto as demais não apresentaram estruturação definida. A dinâmica de populações foi analisada para exemplares de Arraial do Cabo, São Paulo e Porto Belo, coletados mensalmente de janeiro/2002 a julho/2003. A desova da espécie é parcelada com período reprodutivo ocorrendo do verão ao início do inverno. As fêmeas maduras migram para a plataforma encontrando-se com os machos maduros que ali permanecem, retornando à costa após a desova. O comprimento médio de primeira maturação sexual variou de 647 a 670mm (Lt) para fêmeas, e de 526 a 650mm para machos. As estimativas dos parâmetros de crescimento foram as seguintes: para fêmeas Loo de 1740 a 2010mm; k de 0,12 a 0,15/ano e t0 de -1,642 a -2,517 anos; para machos Loo de 1373 a 1580mm; k de 0,17 a 0.25/ano e t0 de -1,662 a -1,866 anos. A longevidade foi cerca de 14 anos. As taxas de mortalidade natural variaram de 0,20 a 0,29/ano. O modelo de rendimento relativo por recruta indicou que as taxas de mortalidade por pesca do espada estão próximas ou já ultrapassam os limites do rendimento máximo sustentável. / The fishery aspects of the cutlassfish, Trichiurus lepturus (Linnaeus, 1758) (Trichiuridae), were analyzed for the artisanal fishery of line and hook of Arraial do Cabo (RJ) and floating encirclement of Porto Belo (SC), and of the commercial paired bottom trawlers in the coast of São Paulo. Tendencies in increasing yields were detected, mainly in the artisanal fishery. RAPD markers techniques were employed in order to analyze the genetic-population structure of the cutlassfish from Belém (PA), Natal (RN), Arraial do Cabo (RJ), Guarujá (SP), Porto Belo (SC) and Rio Grande (RS), showing a different population in Belém, while the others did not show a clearly defined structure. The population dynamics were analyzed for fishes of Arraial do Cabo, São Paulo and Porto Belo, collected monthly of January/2002 to July/2003. The cutlassfish spawning is parceled with reproductive period from the summer to the beginning of the winter. Ripe females migrate offshore to mate with ripe males that stay there, returning to the coast just after spawning. The length of first sexual maturity varied from 647 to 670mm (Lt) for females, and 526 to 650mm for males. The estimates of growth parameters were: for females Loo from 1740 to 2010mm; k from 0,12 to 0,15/year and t0 from -1,642 to -2,517 years, and for males Loo from 1373 to 1580mm; k from 0,171 0.255/year and t0 from -1,662 to -1,866 years. The longevity was about 14 years. The natural mortality rate varied from 0,20 to 0,29/year. The relative yield per recruit model showed that fishing mortality rates of the cutlassfish are close or just exceeding the limits of the maximum sustainable yield.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-09-05T18:58:38Z No. of bitstreams: 1 TeseMCS.pdf: 1842426 bytes, checksum: 17216a1313f406228d0e6414935cf518 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-09-20T19:52:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMCS.pdf: 1842426 bytes, checksum: 17216a1313f406228d0e6414935cf518 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-09-20T19:53:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMCS.pdf: 1842426 bytes, checksum: 17216a1313f406228d0e6414935cf518 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-20T19:58:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMCS.pdf: 1842426 bytes, checksum: 17216a1313f406228d0e6414935cf518 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / This thesis describes the bio-ecology of Paralonchurus brasiliensis caught as bycatch for the shrimp trawling fishery targeting Xiphopenaeus kroyeri in Penha, Brazil. Series of 30 minute trawls were made between July/2013 and June/2014 at depths of 10, 20 and 30 meters during which 3040 specimens of P. brasiliensis were collected. All specimens were weighed(g) and measured total length (TL in cm) and from a subsample of 1219 specimens data was obtained for sex-ratio, gonad weight, gonadal maturity, stomach repletion and diet. Paralonchurus brasiliensis is abundant and very frequent, in the bycatch of X. kroyeri, with a ratio of approximately 1: 1 kg between its average biomass and that of the targeted shrimp. CPUE both in number and biomass/trawling did not suffer significant variations and there was no population stratification among the isobaths. In the captures, a large amplitude of Lt (2.7- 23.3cm) was obtained, with a higher number of juveniles and females, regardless of depth. Asymptotic length (L∞) was estimated for males at 33.6 cm, females (30.4 cm) and size of first gonadal maturation estimated for males (16.4cm) and females (15.8 cm). The closed period of shrimp trawling for X. kroyeri only protects the early stages of P. brasiliensis, a continuous yearlong breeding species with peaks between autumn (may) and spring (october). There were significant correlations between abundance versus sand and silt, biomass vs. bottom temperature and silt, as well as RGS-M vs. Silt. The positive allometric growth and relative condition factor close to 1.0 (kn=1), indicated a favorable physiological condition of the specie in the three isobaths. This species showed intense foraging activity, evidenced by the high percentage of stomachs with food (95.73%). The diet of P. brasiliensis is diversified, with greater consumption of polychaetes, crustaceans and ophiuroids, which enables us to classify it as a carnivorous species, predominantly invertivorous. Paralonchurus brasiliensis is a key benthic-demersal species and an opportunistic predator over a wide trophic range intersecting with a vast number of macro-benthic species on marine coastal food webs along the South Brazilian shorelines. Besides the characterization important bioecological aspects of P. brasiliensis, this work contributes to the discussion and understanding of the impact of trawling at the local and world level using the case of P. brasiliensis as a study model. / Esta tese descreve a bioecologia de Paralonchurus brasiliensis capturados na pesca de arrasto de camarão sete-barbas (Xiphopenaeus kroyeri), em Penha, Brasil. Foram realizados arrastos mensais, de 30 min cada, nas isóbatas de 10, 20 e 30m, entre julho/2013 e junho/2014. Dos 3040 exemplares capturados obtiveram-se peso (g) e comprimento total (Lt, em cm) e de 1219 exemplares subamostrados, registraram-se sexo, estádios de maturação e peso (Wt, em g) gonadal, repleção estomacal e a dieta. Paralonchurus brasiliensis é muito frequente, abundante no “bycatch” de X. kroyeri, com proporção aproximada de 1:1kg entre as biomassas anuais das duas espécies. As CPUEs em número e biomassa/arrasto não sofreram variações significativas e não se constatou estratificação populacional entre as isóbatas. Nas capturas obteve-se grande amplitude de Lt (2,7-23,3cm), com maior número de juvenis e fêmeas, independentemente da profundidade. O comprimento assintótico (L∞) foi estimado para machos em 33,6 cm, fêmeas (30,4cm) e o tamanho de primeira maturação gonadal estimados para machos (16,4 cm) e fêmeas (15,8 cm). O defeso de X. kroyeri protege apenas o início do ciclo reprodutivo de P. brasiliensis que se reproduz o ano inteiro, porém, com maiores picos entre outono (maio) e primavera (outubro). Ocorreram correlações significativas entre abundância versus areia e silte, biomassa vs. temperatura de fundo e silte, bem como RGS-M vs. silte. O crescimento alométrico positivo e fator de condição relativo próximo a 1,0 (kn=1), indicaram uma condição fisiológica favorável da espécie nas três isóbatas. Essa espécie demonstrou intensa atividade forrageadora, comprovada pelo elevado percentual de estômagos com alimentos (95,73%). A dieta de P. brasiliensis é diversificada, com maior consumo de poliquetas, crustáceos e ofiuróides, destacando-se como uma espécie carnívora, predominantemente invertívora. Paralonchurus brasiliensis é uma espécie-chave demersal bentônica, predadora, oportunista de amplo espectro trófico e que atua no controle de um grande número de espécies macrobênticas das teias tróficas marinhas costeiras, no sul do Brasil. Além de caracterizar aspectos bioecológicos importantes de P. brasiliensis, este trabalho contribui para a discussão e entendimento do impacto da pesca de arrasto em nível local e mundial utilizando-se o caso de P. brasiliensis como modelo de estudo.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-09-21Bitstream added on 2014-06-13T20:24:20Z : No. of bitstreams: 1 thuler_amg_dr_jabo.pdf: 1407432 bytes, checksum: d7e6ed286b2d4a2ad8e9b2120b24b7ca (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O trabalho foi desenvolvido no Laboratório de Genética de Bactérias e Biotecnologia Aplicada (LGBBA) da FCAV-UNESP. Foram caracterizados geneticamente, por PCR, isolados de Bacillus thuringiensis, provenientes de três coleções brasileiras, quanto aos tipos de genes cry1, avaliando-se o efeito dos mesmos sobre uma população de Plutella xylostella caracterizando-se também os isolados de B. thuringiensis quanto à presença de enterotoxinas HBL, NHE e o regulador pleitrópico PLC, por verificação biomolecular, avaliando a variabilidade, bem como a estruturação genética de populações de B. thuringiensis, por PCR-RFLP. Verificou-se que existe uma distribuição homogênea das subclasses cry1 dentro do banco de isolados de B. thuringiensis, com maior porcentagem de isolados portadores dos genes cry1Ab (42,12%) e com menor porcentagem de representantes da subclasse cry1Db (0,6%). Nos bioensaios observou-se 100% de mortalidade para lagartas de P. xylostella com os isolados utilizados, indicando que combinações de tipos diferentes de genes cry1 apresentam ação tóxica para larvas de P. xylostella. Analisando a estrutura populacional de B. thuringiensis foram obtidos 78 haplótipos, definidos para as populações das diferentes coleções, e 76 haplótipos, definidos para as populações de diferentes regiões brasileiras, retratando a variabilidade genética para os loci hblA, plcR, nheBC e cry1 analisados. Segundo valores FSTs, de comparação duas a duas, diferenças significativas entre coleções e populações de B. thuringiensis provenientes das regiões brasileiras foram verificadas. Mesmo assim, alguns grupos formados são constituídos por uma população clonal de isolados da bactéria. / The work was developed in the Laboratory of Bacterias’ Genetics and Applied Biotechnology (LGBBA) at UNESP/ Jaboticabal Campus. There were genetically characterized, by PCR, isolates of B. thuringiensis, belonging to three Brazilian collections basead on cry1 gene content, evaluating their effects on Plutella xylostella. They were also characterized concerning their enterotoxins production such as HBL, NHE and the PLC virulence factor, using molecular techniques, so as to evaluate their gene diversities, as well as their population genetic, using the PCR-RFLP approach. It was observed a homogeneous distribution of the cry1 subclasses within B. thuringiensis strain collections studied, with bigger percentage of isolates showing the cry1Ab genes (42.12%) and with lower percentage of isolates for subclass cry1Db (0.6%). The bioassays have revealed 100% mortality to P. xylostella larvae meaning that the effectiveness of B. thuringiensis as a biological control agent does not depend at the cry genes content. When the B. thuringiensis population structure was considered, 78 haplotypes were defined for the strains contents of different collections and 76 haplotypes were defined for strains of different Brazilian regions, exhibiting the great genetic variability for hblA, plcR, nheBC and cry1 loci. According to the FSTs values for establish pair comparisons, significant differences among the B. thuringiensis collections and populations, were observed. Nevertheless some of the formed groups were considered as bacterial clonal population.

MARQUES, Douglas Ferreira. Avaliação do Estoque de Caranguejo-uça, Ucides cordatus (LINNAEUS, 1763) na Zona Estuarina do Rio Pacoti, Estado do Ceará. 2008. 61 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2008 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-12T14:02:04Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_dfmarques.pdf: 990841 bytes, checksum: 24a0b10c6f0bfd72432f65da6fa87d85 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-12T14:02:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_dfmarques.pdf: 990841 bytes, checksum: 24a0b10c6f0bfd72432f65da6fa87d85 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-12T14:02:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_dfmarques.pdf: 990841 bytes, checksum: 24a0b10c6f0bfd72432f65da6fa87d85 (MD5) Previous issue date: 2008 / The mangrove crab Ucides cordatus is the main fishing resource explored in North and Northeast mangrove areas in Brazil. The mangrove crab capture provide the main income form many families living along the estuaries in these areas. The U. cordatus populations have suffered intense predatory capture, coupled with high mortality rates during transport and distribution. The demand for crabs in the city of Fortaleza are steadily increasing in the last three decades, and natural populations of crabs in Ceará state’s mangroves have diminished considerably, forcing the importation of crabs from other producing centers, such as Piauí and Maranhão. This work presents information on the population structure and reproductive dynamics of U. cordatus population from the Pacoti river estuary, in the metropolitan region of Fortaleza, Ceará. Data was gathered monthly from May 2006 until July 2007, through random sampling the mangrove area. The size structure analysis showed that the largest portion of individuals were in the 35,4 --| 38,4mm and 42,1 --| 45,0mm class intervals of carapace length (CC). Males were significantly larger than females regarding carapace length and width. The CC/LC ratio of males and females, on the other hand, were not different. The determination coefficients of allometric growth (b) were tested and showed a negative allometric growth for both sexes (b<1). The reproductive period started in December and ended in May, with highest intensity in January. The smallest ovigerous females measured 30,3 mm in carapace length. The molt period began in June, ending in December with a maximum and minimum in July and September respectively, for the males, and two maximum peaks and a minimum in October, December and July, respectively, for the females. The analyses of the sex ratio by trimester showed predominance of males in the 4th trimester of 2006, whereas the females were more numerous in the 1st trimester of 2007. The mean density of mangrove crab was estimated in 2,2 crabs/m2 / O caranguejo-uçá, Ucides cordatus, é o principal recurso pesqueiro estuarino explorado nas áreas de manguezal das regiões Norte e Nordeste do Brasil tendo um grande valor sócio-econômico devido à geração de emprego e renda que o mesmo promove para as comunidades ribeirinhas. A captura predatória e alta taxa de mortalidade que os estoques regionais vêem sofrendo diminuem drasticamente as populações de U. cordatus nos principais centros produtores. O estado do Ceará há muito tempo não possui um estoque que atenda a demanda local, e a manutenção do comércio em Fortaleza só é possível devido à importação de caranguejo de grandes centros produtores, mais notadamente do Piauí e Maranhão. Este trabalho apresenta informações sobre a estrutura populacional e dinâmica reprodutiva do caranguejo-uçá que habita a região estuarina do rio Pacoti no estado do Ceará. Para a estrutura populacional observou-se que a maior concentração de indivíduos encontrava-se nos intervalos de classes de comprimento de cefalotórax de 35,4 --| 38,4 mm e 42,1 --| 45,0 mm com os machos sendo mais compridos e mais largos que as fêmeas. As análises das relações CC/LC de machos e fêmeas não mostraram diferenças significativamente estatísticas, tendo dessa forma sido comprovado que essa relação não exibiu padrões de dimorfometria sexual para essa espécie. Os coeficientes angulares de crescimento alométrico (b) foram testados e exibiram uma taxa de crescimento alométrico negativo para ambos os sexos (b<1). Em relação à determinação do período reprodutivo observou-se que o mesmo ocorre no período compreendido entre dezembro e maio com maior intensidade em janeiro e com a presença de fêmeas ovígeras a partir de 30,3 mm de comprimento de cefalotórax. O período de muda teve sua ocorrência determinada nos meses de junho a dezembro com um máximo e um mínimo em julho e setembro para os machos, respectivamente, e com dois picos máximos e um mínimo em outubro e dezembro e em julho para as fêmeas, respectivamente. As análises da proporção sexual trimestral no estuário do rio Pacoti (CE) revelaram haver predomínio dos machos no 4º trimestre de 2006 e no total de 2006, enquanto que as fêmeas prevaleceram no 1º trimestre de 2007 e no total de 2007, assim como para todo o período do estudo. A densidade média de caranguejos-uçá foi estimada em 2,2 caranguejos/m2 com uma abundância de 3,16 x 106 caranguejos

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-29T21:44:32Z No. of bitstreams: 1 Taisa Manuela Bonfim Machado. Migração estrutura populacional Tese 2012.pdf: 1095441 bytes, checksum: 16e3cea3a6b286c226470a459e5720fb (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-29T21:44:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Taisa Manuela Bonfim Machado. Migração estrutura populacional Tese 2012.pdf: 1095441 bytes, checksum: 16e3cea3a6b286c226470a459e5720fb (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A migração é o fator evolutivo capaz de dispersar a diversidade genética entre populações, inserindo novas características fenotípicas e genotípicas. A dinâmica matrimonial, juntamente como a estrutura da população são fatores que podem alterar a frequência destas características. Exemplo dessas características são as doenças genéticas, onde a frequência e distribuição destas auxilia na compreensão da influência de fatores evolutivos em uma população. No município de Monte Santo, localizado no interior da Bahia, foram encontradas doenças genéticas com elevada frequência, como mucopolissacaridose do tipo VI e fenilcetonúria. Existem evidências que algumas doenças mostram associação entre a raça e o risco de sua ocorrência. Dados moleculares mostraram que na Bahia a contribuição africana é de 47,2%, entretanto, dados baseados em classificação fenotípica apontam para o aumento da contribuição europeia com o afastamento do litoral. Para inferir a origem de algumas doenças genéticas em Monte Santo foram analisados marcadores informativos de ancestralidade autossômicos (AT3-I/D, APO, PV92 e SB19.3 genotipados por PCR; GC*1F e GC*1S por PCR/RFLP; e os marcadores FYnull, CKMM e LPL por PCR em tempo real) e marcadores uniparentais do mtDNA (sequenciamento da região HVS-I) e do cromossomo Y (marcador YAP por PCR; DYS 199, 92R7 e M207 por PCR/RFLP; e M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 por sequenciamento). Assim, através da identificação da origem desses marcadores foi possível inferir a contribuição das populações que formaram a população de Monte Santo, e a origem de algumas das alterações gênicas responsáveis pelas doenças genéticas aqui estudadas (síndrome de Treacher Collins, hipotireoidismo congênito, fenilcetonúria, mucopolissacaridose tipo VI, surdez hereditária não sindrômica e osteogênese imperfeita). Os dados do cromossomo Y e dos autossômicos apontam para maior contribuição europeia, e os resultados dos marcadores mitocondriais para elevada contribuição africana e ameríndia. A elevada contribuição europeia tanto paterna quanto autossômica sugere origem europeia para as mutações c.35delG e R252W, responsáveis por aproximadamente 24% dos casos de surdez hereditária não sindrômica e por todos os casos de fenilcetonúria, respectivamente. A mucopolissacaridose do tipo VI tem como causa a mutação p.H178L, a presença desta alteração apenas em pacientes brasileiros, que compartilham o mesmo haplótipo intragênico sugere origem autóctone. Além de marcadores moleculares também foram analisados os tipos de casamentos (endogâmicos, exogâmicos e entre imigrantes) e sua frequência no município. Foi observada elevada frequência de casamentos endogâmicos e baixa taxa de migração, sugerindo crescimento populacional interno. Além disso, a maioria da população reside em povoados, cujo tamanho varia de 113 a 582 pessoas por povoado. Nesta cidade 80% da população tem renda mensal equivalente a meio salário mínimo, o que explica a baixa taxa de migração por ausência de atrativos econômicos. Avaliando os casamentos dentro das genealogias dos afetados é possível observar que a maioria deles é filho de pais consanguíneos. Estes resultados mostram que o elevado grau de endogamia e endocruzamento assim como possível efeito fundador e deriva genética estão associados ao aumento da frequência e manutenção das doenças genéticas neste município. / Migration is the evolutionary factor able to disperse the genetic diversity among populations, inserting new phenotypic and genotypic characteristics. The dynamic of marriage and population structure are factors that may maintain or eliminate these characteristics. Examples of these traits are genetic diseases, where the frequency of these helps in understanding the evolutionary factors influence in a population. In Monte Santo city, situated in county of Bahia, were found genetic diseases with high frequency such as mucopolysaccharidosis type VI and phenylketonuria. It has been shown that some diseases have an important racial factor in determining risk of its occurrence. Molecular results show that in Bahia the African contribution is 47.2%. However, phenotypic classification data show an increase of European contribution with the distance from the coast. To infer the origin of some genetic disease in Monte Santo were analyzed autosomal ancestry informative markers (AT3-I/D, APO, PV92 and SB19.3 genotyped by PCR, GC*1F and GC*1S by PCR/RFLP and FYnull, CKMM and LPL genotyped by real time PCR) and uniparental markers of mtDNA (sequencing of the HVS-I region) and the Y chromosome (YAP marker by PCR; DYS199, 92R7 and M207 by PCR/RFLP, and M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 by sequencing). Thus, by identifying the origin of these markers was possible to infer the contribution of the populations that formed Monte Santo, and the origin of some genetic mutations responsible for genetic diseases studied here (Treacher-Collins syndrome, congenital hypothyroidism, phenylketonuria, mucopolysaccharidosis type VI, hereditary non-syndromic deafness and osteogenesis imperfecta). The Y chromosome and autosomal results indicate greater European contribution, and the results from mtDNA show high contribution of African and Amerindian contribution. The high European contribution both paternal and autosomal suggests European origin for the c.35delG and R252W mutations, responsible for approximately 24% of cases of hereditary non-syndromic deafness and all phenylketonuria cases, respectively. The mucopolysaccharidosis type VI is caused by p.H178L mutation, the presence of this mutation only in Brazilian patients, who share the same intragenic haplotype suggest an autochthonous origin. In addition to molecular markers were also analyzed the types of marriages (endogamic, exogamous and between immigrant) and how often they occur in the city. We observed a high frequency of endogamic marriages and low migration rates, suggesting internal population growth. The population of Monte Santo is characterized by division into villages, where the majority of the population, the number of inhabitants varies from 113 to 582 people per village. In this city 80% of the population has income equivalent to half the minimum wage, which reinforces the absence of compelling economic and low migration rate. Evaluating the marriages inside the genetic diseases pedigree families can be observed that most of those affected are children of consanguineous parents. These results suggest that the high degree of inbreeding as well as the occurrence of founder effect and genetic drift were associated with increased frequency and maintenance of genetic diseases in the city.