Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-15Bitstream added on 2014-06-13T20:13:35Z : No. of bitstreams: 1 lavagnini_tc_me_jabo.pdf: 549020 bytes, checksum: e38c026a1cc6fc8bb5122d61b6349138 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os crisopídeos são insetos com grande potencial para uso em programas de controle biológico de pragas agrícolas. Populações de Chrysoperla externa apresentam ampla distribuição geográfica, abrangendo desde o sul dos Estados Unidos até o sul da América do Sul, ocorrendo em diferentes ambientes. Contudo, há relativamente poucos estudos buscando compreender a estrutura genética de agentes de controle biológico, especialmente insetos predadores. Desta forma, os principais objetivos deste trabalho foram caracterizar geneticamente as populações de C. externa por meio de sequências do gene mitocondrial COI e compreender sua estrutura populacional nos municípios amostrados no Estado de São Paulo. Para tanto, indivíduos adultos foram coletados em pomares de citros, e da região torácica foi extraído o DNA total. O gene COI foi amplificado por meio da técnica de PCR e as amostras foram purificadas e sequenciadas. As populações de C. externa analisadas apresentaram elevada diversidade genética, bem distribuída entre os municípios amostrados. Esta homogeneização pode ser decorrência de fluxo gênico, ação antrópica, correntes de ar, proximidade das fazendas com matas nativas e elevado potencial reprodutivo de C. externa. A partir dos resultados obtidos é possível inferir que o agroecossistema, por ser um ambiente homogêneo, esteja contribuindo para a perda de estruturação que havia entre estas populações quando elas viviam em ecossistemas nativos, sendo assim, é fundamental que as populações de C. externa sejam estudas neste ambiente, para que possam ser compreendidas em seu habitat de origem e sem a influência da ação antrópica / The green lacewings are insects with great potential for use in programs of biological control of agricultural pests. Populations of Chrysoperla externa are widely distributed geographically, being found from the southern United States until the southern South America, occurring in different environments. However, there are relatively few studies trying to understand the genetic structure of biological control agents, especially predatory insects. Thus, the main objectives of this work were to characterize genetically the populations of C. externa through COI mitochondrial gene sequences and to understand its population structure in sampled municipalities in the State of São Paulo. For this purpose, adult individuals were collected in citrus orchards, and from its torax were extracted the total DNA. The COI gene was amplified by PCR and the samples were purified and sequenced. The populations showed high genetic diversity, well distributed among the municipalities. This homogenization may be due to gene flow, human action, action of winds, proximity of farms to native forests, and high reproductive potential of C. externa. From the results, is possible to infer that the agroecosystem, a homogeneous environment, may be contributing to the loss of structure that existed among the populations when they lived in native ecosystems, and therefore, the populations of C. externa must be studied in this environment, so they could be understood in its natural habitat and without the influence of the human action

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3426.pdf: 1264050 bytes, checksum: 96e1848885552d495b4d4685cb57fba6 (MD5) Previous issue date: 2011-01-24 / Universidade Federal de Sao Carlos / The white-faced ibis, Plegadis chihi (Vieillot, 1817) (Pelecaniformes, Threskiornithidae) is a migratory waterbird that breeds in colonies in the southern of Brazil. In point of view of genetics, this species was not studied. In this study we genetically characterized two populations from Rio Grande do Sul, and we classified nestlings sampled inside the same nests in one category of relatedness (full-siblings, half-siblings or unrelated). We extracted DNA from 247 nestlings (either from growing feathers or muscle tissue) and amplified it by PCR. We screened 44 microsatellite heterologous loci developed for species belonging to: Threskiornithidae, Ciconiidae and Ardeidae families. Individuals were genotyped at successfully amplified loci, and six loci proved to be polymorphic. The number of alleles per locus ranged from two (NnNF5) to 10 (Aaju3), and average expected and observed heterozygosities were 0.572 and 0.552, respectively. NnNF5 and Eru6 were excluded from the analysis of genetic structure since they are in linkage disequilibrium with Eru5 and Eru4, respectively. The AMOVA analysis showed that most of the genetic diversity is distributed within populations, and not between populations. The FST value, although small, was significant (0.009, p = 0.05), indicating that there is low differentiation between colonies studied. The results suggest that populations are structured and that little gene flow occurs between them. The ratio between males and females in our samples was not different from the expected 1:1. One hundred and six pairs of nestlings taken from the same nests, using Aaju3, Eru2, Eru4, Eru5 e Eru6 loci, were inspected for relatedness. Our analytical procedure allowed us to identify the kinship of 55% of the pairs. Among the classified pairs of nestlings we found: 62% of fullsiblings, 5% of half-siblings and 33% of unrelated nestlings. Relatedness categories found between pairs of nestlings are showing that genetic monogamy is not the only mating system, but extra-pair fertilization and brood parasitism can be occurring. / O tapicuru, Plegadis chihi (Vieillot, 1817) (Pelecaniformes, Threskiornithidae) é uma ave aquática migratória que se reproduz em colônias no sul do Brasil. Essa espécie tem sido pouco estudada do ponto de vista genético. Nesse trabalho, nós caracterizamos geneticamente duas populações do Rio Grande do Sul e classificamos filhotes coletados no mesmo ninho em uma categoria de parentesco (irmão-completos, meio-irmãos ou não-relacionados). O DNA foi extraído a partir de penas em crescimento e tecidos musculares de amostras de 247 ninhegos e amplificado via PCR. Foram testados 44 locos de microssatélites desenvolvidos para espécies pertencentes a três famílias de aves: Threskiornithidae, Ciconiidae e Ardeidae. Os locos que amplificaram após as reações de PCR foram genotipados e seis deles se apresentaram polimórficos. O número de alelos variou de dois (NnNF5) a 10 (Aaju3) e a heterozigosidade média esperada e observada foram 0,572 e 0,552, respectivamente. Os locos NnNF5 e Eru6 foram excluídos das análises de estruturação genética por se apresentarem em desequilíbrio de ligação com os locos Eru5 e Eru4, respectivamente. A análise de AMOVA mostrou que a maior parte da diversidade está presente dentro das populações e não entre elas. O Fst foi pequeno, mas significativo (0,009, p = 0,05), mostrando uma baixa diferenciação genética entre as duas colônias. Os resultados sugerem que as populações estão pouco estruturadas e que ocorre fluxo gênico entre elas. A sexagem molecular não detectou desvio da razão observada entre machos e fêmeas em relação à razão esperada (1:1). O grau de parentesco foi determinado para 106 pares de ninhegos retirados do mesmo ninho, com os dados dos locos Aaju3, Eru2, Eru4, Eru5 e Eru6, sendo possível a classificação de 55% dos pares numa categoria de parentesco. Dentre os pares de ninhegos que foram classificados: 62% são irmãos-completos, 5% meio-irmãos e 33% não-relacionados. Esses padrões de parentesco evidenciam que o sistema de acasalamento não é apenas monogâmico, mas que também pode estar ocorrendo fertilização extra-par e parasitismo de ninho, em menor escala.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3856.pdf: 2448632 bytes, checksum: 1a20c453c771b7c694d6da5ae1f87f86 (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Cerrado is one of the brazilian biomes with the highest concentration of species and endemism, and is considered a hotspot of global biodiversity. Only 20% of its original area remains intact in the country and has been permanently transformed by human actions, which makes this biome a priority area for conservation. Due to the great loss of habitat and biodiversity, it is necessary to increase knowledge of basic characteristics of the existing species. Conservation genetics makes use of the genetic variation to infer the taxonomic status and life history of a species, making possible the study of characteristics such as the pattern of social structure and dispersion. Thus, basic data from species to which we have difficult assess can be accessed and better conservation strategies can be adopted. Mitochondrial and nuclear markers are important tools for studies of genetic and social structure in animals. In this study we assessed the taxonomic status of Clyomys bishopi, a colonial and semi-fossorial rodent inhabiting the Cerrado of São Paulo, and also the social and spatial genetic structure of individuals collected in the Estação Ecológica de Itirapina- SP. To evaluate C. bishopi taxonomic status we analyzed the cytochrome b gene of 21 individuals belonging to the genus and from various localities of its distribution. Phylogenetic methods based on Bayesian Inference, Maximum Parsimony and Neighbor-Joining showed high values of branch support separating individuals from São Paulo with respect to the rest of the samples, and genetic distance of about 4% between these groups, suggesting a significant genetic separation between them. For population analysis, ten microsatellite loci were isolated and characterized within C. bishopi. Through the analysis of 40 individuals sampled at three areas within EE de Itirapina, we verified high levels of genetic diversity (NA = 10, average HO = 0,76 and averaged HE = 0,90). Nine microsatellite loci and the control region of the mitochondrial DNA were used to assess the spatial and social genetic structure of the EE de Itirapina population. The Bayesian clustering analysis indicated no genetic structure, suggesting the occurrence of gene flow between sampled areas. Relatedness analyses indicated, in general, low relatedness indices between analyzed individuals (0.05), with slightly larger values when only individuals in a small geographic scale are considered. The average relatedness by sex indicated no significant differences, suggesting similar dispersion between males and females. Results suggest that colonies of Clyomys bishopi are composed largely by unrelated individuals, and present genetic structure compatible to that showed by species with solitary habits. / O Cerrado é um dos biomas brasileiros com maior concentração de espécies e endemismo, sendo considerado um hotspot de biodiversidade mundial. Apenas 20% da sua área original continua intacta no país e tem sido continuamente transformada pelas ações humanas, o que faz deste bioma uma área prioritária para conservação. Devido à grande perda de habitat e biodiversidade, faz-se necessário a ampliação do conhecimento de características básicas das espécies existentes. A genética da conservação faz uso da variação genética para inferir sobre o status taxonômico e a história de vida de uma espécie, tornando possível a investigação de características como o padrão de estruturação social e de dispersão. Assim, dados básicos de espécies de difícil avaliação direta podem ser acessados e melhores estratégias de conservação podem ser adotadas. Os marcadores moleculares dos tipos mitocondriais e nucleares são importantes ferramentas para estudos de estrutura genética populacional e social em animais. Neste estudo, avaliamos o status taxonômico de Clyomys bishopi, um roedor colonial e semi-fossorial que habita fisionomias do Cerrado do estado de São Paulo, e ainda a estrutura genética espacial e social de indivíduos coletados na Estação Ecológica de Itirapina-SP. Para a avaliação do status taxonômico, analisamos o gene citocromo b de 21 indivíduos do gênero provenientes de várias localidades distribuídas por quase toda a sua área de ocorrência. Métodos filogenéticos baseados em Inferência Bayesiana, Máxima Parcimônia e Neighbor-Joining mostraram altos valores de suporte de ramos na separação dos indivíduos de São Paulo em relação ao restante das amostras, e uma distância genética de aproximadamente 4% entre esses grupos, indicando separação genética significativa entre eles. Para a realização das análises populacionais, dez locos microssatélites foram isolados e caracterizados para Clyomys bishopi. Analisando-se 40 indivíduos coletados em três áreas no interior da EE de Itirapina, verificamos elevados índices de diversidade genética (NA = 10, HO média = 0,76 e HE média = 0,90). Nove desses locos, mais a região controle do DNA mitocondrial, foram utilizados para avaliar a estrutura genética espacial e a estrutura social na população analisada. A análise bayesiana de agrupamento não indicou estruturação genética espacial, sugerindo a ocorrência de fluxo gênico entre as áreas analisadas. As avaliações de parentesco indicaram, em geral, baixos coeficientes de parentesco entre os indivíduos analisados (0,05), com valores levemente maiores quando se considera indivíduos amostrados em uma pequena escala geográfica. O parentesco médio por sexo não indicou diferenças significativas, o que sugere a existência de dispersão similar entre machos e fêmeas. Os resultados obtidos sugerem que as colônias de Clyomys bishopi são formadas por indivíduos em sua maioria não aparentados, apresentando estrutura genética compatível com a de espécies que apresentam hábitos solitários.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4443.pdf: 2299347 bytes, checksum: c1bbf7b5ca822d7515252d8efba8e8d3 (MD5) Previous issue date: 2012-05-17 / Universidade Federal de Minas Gerais / Pilosocereus machrisii is a columnar cacti with natural fragmented distribution; restrict to campos rupestres vegetation patches or rocky outcrops on the Cerrado domain; in Central and eastern Brazil. These features makes P. machrisii an appropriate biological model for population genetic studies aiming to gather information on population structure; since small and isolated populations are often vulnerable to genetic drift and high levels of inbreeding. Genetic diversity and population structure were assessed for ten microsatellite loci in 12 P. machrisii populations; covering the majority of the species distribution. Genetic diversity levels were relatively similar on sampled populations; except for Brotas-SP samples; that showed lower levels than those observed for other locations. Significant Hardy Weinberg Equilibrium departures were detected in eight different populations; for one or two loci. High levels of genetic differentiation and private alleles with elevated frequencies were detected; with total FST value of 0.357. The genetic structure of P. machrisii was analyzed with STRUCTURE and SAMOVA softwares; and populations were grouped in four main clusters; with secondary structure on two of these clusters. Significative levels of correlation between genetic and geographic distances were observed for the whole dataset; however; when the genetic groups were analyzed separately; no correlation was verified. Furthermore; the genetic relationship between the populations was observed with a principal coordinate analysis (PCA) and an UPGMA dendrogram. The genetic structure observed in P. machrisii suggests that historical factors caused populations fragmentation; with subsequent geographic isolation and high genetic differentiation between them. / Pilosocereus machrisii é um cacto colunar com distribuição naturalmente fragmentada no centro e leste do Brasil; restrito aos enclaves de vegetação de campos rupestres ou de afloramentos rochosos no domínio Cerrado. Essas características tornam a espécie um modelo biológico apropriado para a realização de estudos de estrutura populacional; uma vez que suas populações pequenas e isoladas podem estar altamente vulneráveis a efeitos de deriva genética e endogamia. Foram estimados os níveis de diversidade genética e estruturação populacional a partir de dez locos marcadores microssatélite em doze populações de ocorrência natural de P. machrisii; cobrindo a maior parte de sua distribuição. Os níveis de diversidade genética dentro das populações apresentaram resultados relativamente similares nas localidades amostradas; exceto pelas amostras do município de Brotas-SP; com índices menores que os observados em outras populações. Desvios significativos em relação às proporções do Equilíbrio de Hardy-Weinberg foram detectados para um ou dois locos em oito populações diferentes. Alelos privados em alta frequência foram detectados; assim como altos níveis de diferenciação genética; com um valor de FST total de 0;357. A estrutura genética das populações; verificada a partir da análise com os programas STRUCTURE e SAMOVA apresentou uma estruturação mais provável em quatro grupos principais e níveis secundários de estruturação dentro desses grupos. Níveis significativos de correlação entre as distâncias genéticas e geográficas entre pares de populações foram detectados para o conjunto total de dados; no entanto não houve correlação quando os agrupamentos genéticos foram analisados separadamente. Além disso; foi possível verificar as relações genéticas entre as diferentes populações a partir de uma análise de coordenadas principais (PCA) e de um dendrograma construído a partir do método UPGMA. A estrutura genética observada em P. machrisii aponta para um importante efeito de eventos históricos que causaram a fragmentação das populações; com posterior isolamento geográfico e aquisição de elevada diferenciação genética.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5210.pdf: 2118261 bytes, checksum: 34186074c7b33cbccbdeb2e52494a041 (MD5) Previous issue date: 2013-03-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / The cattle egret (Bubulcus ibis [Ardeidae]) was first reported in the New World in the late nineteenth century and has been found scattered throughout the Americas since the 1950s. The aim of the present study was to analyze the distribution of genetic diversity in African and Brazilian populations of the cattle egret to understand the process of colonization of the non-native area in the Brazil. Genetic variation in the mitochondrial DNA (mtDNA) Control Region (CR) (n = 412 African and 177 Brazilian individuals), in ATPase 6 and 8 genes (n = 108 African and 49 Brazilian individuals) and in the intron 5 of the nuclear transforming growth factor beta-2 gene (n = 96 African and 50 Brazilian individuals) were evaluated. Genetic diversity across regions of Africa was similar, except for the lesser diversity found in South Africa. Neutrality tests, mismatch distributions and Bayesian skyline plots revealed demographic expansion in the overall African population, dated by the latter method as 15000 years before the present, occurred after the last glacial maximum. The findings were discussed hypothesizing that past climatic events have shaped the current distribution of genetic diversity. AMOVA and pairwise Fst tests revealed a lack of differentiation among nearly all African populations. The few cases of differentiation involved the South African and/or Nigerian populations. Brazilian populations exhibited no genetic structure or effective size deviations over time. Mitochondrial and nuclear DNA genetic variability demonstrated similar levels of genetic variation between the Brazilian and African populations, suggesting multiple introduction events. Based on historical and genetic data (differentiation levels and shared haplotypes), we propose a likely migration route between both continents departing from West Africa, passing through oceanic islands and archipelagos, such as Cape Verde, and finally arriving in the Americas on the northern and/or southern coast of Brazil. / Bubulcus ibis (garça-vaqueira) é um ardeídeo cuja presença na América do Sul foi reportada pela primeira vez no final do século XIX e já na década de 1950 encontravase espalhada por todo o continente. O presente estudo teve por objetivo analisar a distribuição da diversidade genética nas populações africanas e brasileiras de B. ibis visando compreender os processos que modelaram os padrões de colonização da área não-nativa no Brasil. Foi estudada a variação genética da região controladora (RC) do DNA mitocondrial (DNAmit) (N = 412 africanas e 177 brasileiras) e dos genes ATPases 6 e 8 do DNA mitocondrial (N = 108 africanas e 49 brasileiras) e do íntron 5 do gene nuclear Transforming growth factor beta-2 (TGFB2) (N = 96 africanas e 50 brasileiras). Níveis de diversidade genética encontrados foram semelhantes entre as regiões africanas, exceto pela menor diversidade encontrada na África do Sul. Os testes de neutralidade, as curvas de mismatch distribution e o Bayesian Skyline Plot evidenciaram uma expansão demográfica na população total africana, datada por essa última metodologia em 15 mil anos atrás, ocorrida após o último máximo glacial. Esses resultados foram discutidos supondo que eventos climáticos dessa época produziram os padrões encontrados no presente da distribuição da diversidade genética. Os testes de AMOVA e os FST par a par mostraram ausência de diferenciação entre quase todas as populações africanas e quando achada, envolveram as populações da África do Sul e/ou da Nigéria. As populações brasileiras não se diferenciaram geneticamente, nem apresentaram desvios do tamanho efetivo ao longo do tempo. A variabilidade genética avaliada pelos genes do DNAmit e do DNA nuclear foram semelhantes nas populações brasileiras e africanas, sugerindo a ocorrência de múltiplos eventos de introdução. Uma provável rota de migração entre os dois continentes foi suposta nesse estudo baseando-se nos registros históricos e nos dados genéticos (graus de diferenciação e compartilhamento de haplótipos): aves partiriam da costa oeste da África, passando por ilhas oceânicas e/ou arquipélagos como Cabo Verde e chegariam ao continente sul americano pelo norte e/ou sul do litoral brasileiro.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Octopus, are marine organisms belonging to the Filo Mollusca and are distributed around the world and are important to the marine ecosystem acting as opportunists and predators of great economic importance because it is part of several fishing. Although not yet know the extent to which these animals are able to withstand fishing pressure. In regard reproduction these organisms are dioecious with only playback (semelpareous), with high fertility with copulations. The paralavaes of O. insularis are planktonic, giving the species a high dispersal capacity. However, reproductive biology studies of O. insularis are still scarce, being restricted primarily to females and reproductive tract structures and size that these animals reach maturity. There is an absence of any information about the complex structure responsible for the fertilization of the oocytes in the case, the spermatophores. This work aims to analyze the influence of environmental variables in the population structure and reproductive biology focused on the spermatophores octopus, Octopus insularis. For this, we need to analyze the parameters of population biology, describe the spermatophore and describe the spermatophoric reaction. This thesis is divided in three chapters that discuss: 1) Population structure of Octopus insularis caught using longline pots related with environmental variables that had a significant body size variations in the rainy season, possibly related to the breeding period and was observed synchronism between the environmental variables and the life cycle of these animals. 2) Morphological description and functional anatomy from spermatophore of the Octopus insularis, which is divided into two structures sperm mass on aboral region being covered by the outer and middle layer and the ejaculatory apparatus that is separated by the granular liquid and the apparatus is covered by domestic and inner membrane coat, protecting the spiral filament. 3) Spermatophoric reaction in vitro octopus, Octopus insularis which lasts about 15 minutes starts with the outgrowth of ejaculatory apparatus and consequent release of sperm mass in the middle. / Polvos, sÃo organismos marinhos pertencentes ao Filo Mollusca e estÃo distribuÃdos ao redor do mundo, sendo importantes para o ecossistema marinho atuando como predadores oportunistas e de grande importÃncia econÃmica, pois faz parte de diversas pescaria. Embora, ainda nÃo se saiba atà que ponto estes animais consigam resistir à pressÃo da pesca. Com relaÃÃo a reproduÃÃo esses organismos sÃo diÃicos com reproduÃÃo Ãnica (semelparidade), apresentando alta fecundidade com cÃpulas. As paralarvas de Octopus insularis sÃo planctÃnicas, dando ao O. insularis uma alta capacidade de dispersÃo. PorÃm, estudos de biologia reprodutiva do O. insularis ainda sÃo escassos, sendo restrito basicamente a fÃmeas e as estruturas do aparelho reprodutivo e ao tamanho que esses animais atingem a maturaÃÃo e nÃo existindo nenhuma informaÃÃo sobre a complexa estrutura responsÃvel pela fertilizaÃÃo dos ovÃcitos, no caso, os espermatÃforos Esse trabalho tem como objetivo analisar a influÃncia de variÃveis ambientais na estrutura populacional e a biologia reprodutiva focada nos espermatÃforos do polvo, Octopus insularis. Para isto, serà necessÃrio analisar os parÃmetros da biologia populacional, descrever o espermatÃforo e descrever a reaÃÃo espermatofÃrica. Esta tese està dividida em trÃs capÃtulos que abordam a 1) A estrutura populacional do polvo, Octopus insularis capturado com espinhel de potes relacionado com variÃveis ambientais, que apresentou variaÃÃes de tamanho corporal significativa no perÃodo chuvoso, possivelmente relacionada ao perÃodo de reproduÃÃo e foi observado um sincronismo entre a variÃveis ambientais e o ciclo de vida destes animais. 2) A descriÃÃo morfolÃgica e anatomia funcional do espermatÃforo do polvo, Octopus insularis, que à dividido em duas estruturas a massa espermÃtica na regiÃo aboral sendo coberta pela tÃnica externa e mÃdia e o aparato ejaculatÃrio que à separado pelo liquido granular e o aparato à recoberto pela tÃnica interna e membrana interna, protegendo o filamento espiral. 3) A reaÃÃo espermatofÃrica in vitro do polvo, Octopus insularis que dura cerca de 15 minutos à iniciada com a evaginaÃÃo do aparato ejaculatÃrio e consequente lanÃamento da massa espermÃtica no meio.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_liane_thurow.pdf: 690839 bytes, checksum: 6d23772ac7732bb0c45028fd46e4bcf0 (MD5) Previous issue date: 2013-10-18 / Based on the advanced knowledge in genomic, marker-assisted selection shows up as a promising strategy especially to accelerate the development of new cultivars in perennial species, such as peach. In this context, this dissertation addressed the current situation and the prospects of using marker-assisted selection in peach breeding programs as well as to characterize the genetic variability and population structure of an association panel representative of peach germplasm available in Brazil through SSR analysis. Based on a literature review, it was seen that a high number of QTL (Quantitative Trait Loci) is identified in genetic maps of peach, but, despite the importance of the characters studied, the use of markerassisted selection has been incipient by breeding programs. By the other side, with the recent completion of the sequencing of the peach genome, the perspective is that the low use of molecular tools by peach breeding program will change in the coming years. In this trend, the genetic variability present in the association panel representative of peach germplasm in Brazil is quite relevant. On the other hand, this germplasm is structured into two subpopulations according to the fruit flesh type, melting or non-melting, with some genotypes being a mixture of both types of fruit flesh. Greater variability is available in the melting flesh group. These results show that the association panel is suitable for association studies given its relevant genetic variability. However, it should be taken into account in the association studies the genetic structure intrinsic to this germplasm to avoid the identification of false markertrait associations. / Com base no avanço do conhecimento de genômica a seleção assistida por marcadores mostra-se como uma estratégia bastante promissora especialmente para acelerar o desenvolvimento de novas cultivares em espécies perenes, como o pessegueiro. Nesse contexto, esta dissertação aborda a situação atual e as perspectivas do uso de seleção assistida por marcadores moleculares no melhoramento genético de pessegueiro, assim como caracteriza a variabilidade genética e a estrutura de população do painel associativo de pessegueiro representativo do germoplasma disponível no Brasil por meio da análise de 10 loci SSR (Simple Sequence Repeats). Com base na literatura, um elevado número de QTLs (Quantitative Trait Loci) está identificado em mapas genéticos de pessegueiro, mas, apesar da importância dos caracteres envolvidos, até o momento o uso de seleção assistida por marcadores tem sido incipiente pelos programas de melhoramento. Por outro lado, com a conclusão recente do sequenciamento do genoma do pessegueiro, a perspectiva é de que essa realidade mude nos próximos anos. Corroborando com essa tendência, o primeiro passo para a seleção assistida por marcadores moleculares é conhecer a variabilidade genética presente no germoplasma de pessegueiro disponível no Brasil. Nesse sentido, os resultados desse trabalho mostram grande variabilidade genética no germoplasma avaliado. Porém, esse germoplasma está estruturado em duas subpopulações bem definidas e agrupadas de acordo com o tipo de polpa, fundente e não-fundente, com alguns acessos apresentando mistura de ambos, entre os quais a maior variabilidade está disponível dentro do subgrupo fundente. Com base nos resultados infere-se que o germoplasma avaliado é adequado para estudos de mapeamento associativo, dada a sua expressiva variabilidade genética, mas deve ser levada em consideração a estrutura genética desse germplasma a fim de evitar a identificação de associações falso-positivas entre marcadores e fenótipos de interesse.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Fabio Cavalcanti.pdf: 851218 bytes, checksum: ca9230177f979bdceb15fc9f7340133c (MD5) Previous issue date: 2010-09-30 / Ecological and evolutionary factors may explain the patterns of intrapopulation variability across the geographic distribution of a species. More suitable habitats, in ecological terms, allow the survival of greater number of individuals, which increases the genetic variability in the population, while in less suitable habitats, because of smaller population size, individuals have lower reproductive rate and higher mortality rate, these populations may lead to loss of genetic variability and extinction. In this context, the goal of this study was to use meta-analysis techniques to relate the genetic variables (observed and expected heterozygosity and inbreeding) with the models of potential geographical distribution of nine species of Cerrado plants. In addition, genetic variables were correlated with human occupation at sites where plant species occurred. For this work were used 11 studies, in which genetic data were obtained from literature and the points of occurrence in databases and also the literature. Five species distribution models (Maxent, Mahalanobis, Euclidian, Domain and Bioclim) were used and then superimposed on a combined basis (i.e Ensemble forecasting). Were performed Pearson correlations between genetic variables and environmental and human occupation. The coefficients of these correlations were matched using a meta-analysis to find a general correlation studies. The correlations between genetic variables with the ecological variable (i.e environmental suitability) and human occupation tended to zero. Although significant values have been obtained with studies of isozymes for the human index (r = 0.57 P = 0.01) related, independent, with the observed heterozygosity. A positive relationship exists between the human and the expected heterozygosity index (r = 0.27, P = 0.01) was found in the relationship between all the studies together. We also found significant values for studies with isoenzymes in ecological indices (r = 0.39, P = 0.04) and human (r = 0.50, P = 0.01) and the distance from the center of the potential distribution species (r = -0.44, P = 0.05) between the expected heterozygosity. The results of the mean effect between heterozygosity and occupation indices suggest that the plants were evaluated in studies with isozymes show a high heterozygosity in places with high human occupation. Due to the occupation of the Cerrado be intense, but recent, and due to plant species have long life cycles of species populations may not yet be genetically structured in this new landscape of the Cerrado. The results of studies with isozymes, correlation between heterozygosity and distance from the center of potential distribution of species have confirmed our predictions. Plants tend to lose more distant genetic variability by having a lower population density. The relationship between habitat suitability and distance from the center indicated a relationship is also negative (r = -0.35, P <0.05), suggesting that adequacy is also lower in peripheral regions. In general, the methodology used to conduct preliminary assessments of the distribution of the population structure of Cerrado plants related to genetic variables proven very useful and practical. / Fatores ecológicos e evolutivos podem explicar os padrões de variabilidade genética intrapopulacional ao longo da distribuição geográfica de uma espécie. Habitats mais adequados, em termos ecológicos, permitem a sobrevivência de uma quantidade maior de indivíduos, o que aumenta a variabilidade genética na população, enquanto que em habitats menos adequados os indivíduos, por possuírem um tamanho populacional menor, apresentam uma menor taxa de reprodução e uma maior taxa de mortalidade, podendo levar estas populações à perda de variabilidade genética e extinção. Neste contexto, o objetivo desse trabalho foi utilizar técnicas de meta-análise para relacionar as variáveis genéticas (heterozigosidade esperada e observada e endogamia) com os modelos de distribuição geográfica potencial de nove espécies de plantas do Cerrado. Além disso, esse trabalho teve como objetivo relacionar as variáveis genéticas com a ocupação humana nos locais de ocorrência das espécies de plantas. Foram utilizados 11 estudos, cujos dados genéticos foram obtidos da literatura e os pontos de ocorrência em bases de dados e também da literatura. Cinco técnicas de modelagem (Maxent, Mahalanobis, Euclidiana, Bioclim e Domain) foram utilizadas e em seguida, de forma combinada foram sobrepostas (i.e Ensamble forecasting). Foram feitas correlações de Pearson entre variáveis genéticas e os índices ecológicos e de ocupação humana. Os coeficientes destas correlações foram combinados usando uma meta-análise para encontrar uma correlação geral dos estudos. A espécie que apresentou a maior distribuição geográfica potencial foi a Solanum lycocarpum com aproximadamente 4.088.960Km2 e a menor foi a Vellozia epidendroides com aproximadamente 69.104 Km2. As correlações entre as variáveis genéticas com a variável ecológica (i.e. adequabilidade ambiental) e a ocupação humana tenderam a zero. Embora valores significativos tenham sido obtidos, com estudos de marcadores isoenzimáticos, para o índice humano (r = 0,57 P = 0,01) relacionados, independentes, com a heterozigosidade observada. Um efeito positivo entre o índice humano e a heterozigosidade esperada (r = 0,27; P = 0,01) foi encontrado na relação entre todos os estudos reunidos. Também foram encontrados valores significativos para os estudos com isoenzimas nos índices ecológico (r = 0,39; P = 0,04) e humano (r = 0,50; P = 0,01) e na distância do centro da distribuição potencial da espécie (r = -0,44; P = 0,05) entre a heterozigosidade esperada. Os resultados do efeito médio entre as heterozigosidades e os índices de ocupação sugerem que as plantas avaliadas nos estudos com marcadores isoenzimáticos apresentam uma alta heterozigosidade em lugares com alto índice de ocupação humana. Devido à ocupação do Cerrado ser intensa, porém recente, e devido às espécies de plantas possuírem ciclos longos de vida as populações das espécies podem ainda não estar estruturadas geneticamente nesta nova paisagem do Cerrado. Os resultados dos estudos, com marcadores isoenzimáticos, de correlação entre as heterozigosidades e a distância do centro de distribuição potencial da espécie corroboraram com as nossas predições. Plantas mais afastada tendem perder a variabilidade genética por possuírem uma menor densidade populacional. A relação entre a adequabilidade de habitat e a distância do centro indicou uma relação também negativa (r = -0,35; P < 0,05), sugerindo que a adequabilidade é também menor nas regiões periféricas. De maneira geral, a metodologia utilizada neste trabalho para a realização de avaliações preliminares da distribuição da estrutura populacional de plantas do Cerrado relacionada às variáveis genéticas demonstrou ser bastante útil e prática.

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Small population sizes and severe loss of genetic diversity in livestock breeds are of great concern regarding the scenario of global warming, emphasis on the sustainability of farming activities, the need of alternatives to attend market trends and promote rural development in a local perspective. This study was undertaken to explore patterns of genetic diversity in Pantaneiro e Curraleiro Pé-Duro cattle, aiming to identify differences between groups reared in several regions of Central-West, Central, North and Northeast of Brazil. Animals were genotyped using a SNP (single nucleotide polymorphism) chip containing over fifty thousand markers. Different analytical procedures were carried out using differentiation index, estimates of common ancestry, simple and multivariate clustering, inbreeding coefficients, genetic and also geographical distances. Spatial analysis was developed to allow the identification of patterns of genetic variation, specific geographical regions and herds of greater genetic differentiation. The results furnish insights in order to develop strategies to preserve genetic variability in Pantaneiro and Curraleiro Pé-Duro cattle. / Os bovinos são tradicionalmente utilizados como fonte de proteína animal na alimentação humana em diversas regiões do mundo. Na América do Sul esta espécie foi introduzida por colonizadores espanhóis e portugueses e há mais de 500 anos tem sido disseminada no Brasil com importância alimentar e socioeconômica. Bovinos Pantaneiros e Curraleiro Pé-Duro são remanescentes de bovinos trazidos da região ibero-americana por meio de navios. Atualmente são considerados patrimônios históricos e culturais do país, com destaque à pecuária extensiva e tradicional que é praticada em diversos biomas do interior do Brasil, como o Pantanal, o Cerrado e a Caatinga. O baixo número de indivíduos existente, a demanda por uma produção animal mais competitiva e economicamente viável, com potencial de agregação de valor ou diferencial em termos de rusticidade, tem sido favoráveis para a discussão da conservação e maior utilização de raças localmente adaptadas. Isso tem tido maior destaque também em função do advento do aquecimento global e maior valorização de especificidades que caracterizam circunstâncias sociais, ecológicas e produtivas em escala local. Assim, este estudo foi desenvolvido a fim de explorar e compreender padrões de diversidade genética em populações de bovinos Pantaneiros e Curraleiro Pé-Duro, investigando-se diferenças e semelhanças genéticas entre indivíduos e rebanhos amostradas em diferentes biomas das regiões centro oeste, norte e nordeste do Brasil. Bovinos foram amostrados e genotipados com uso de um chip contendo mais de 50 mil marcadores polimórficos de base única (single nucleotide polymorphism, SNP). Diferentes técnicas de análise genética foram realizadas como o uso de distância genéticas, índices de diferenciação genética, estimativas de ancestralidade comum, endogamia e análises de dispersão e agrupamento uni e multivariados. Foram utilizados métodos de estatística espacial, que possibilitaram a identificação de padrões de variabilidade genética em função de distâncias geográficas e a identificação de descontinuidades genéticas, revelando uma compreensão inédita acerca da diferenciação entre grupos formados com base em um critério geopolítico ou com base em similaridade genética. Os resultados obtidos fornecem subsídios para a formação de grupos experimentais, a troca de material genético entre criadores, planejamentos participativos para a preservação e gestão sustentável desses bovinos junto às associações de criadores, entidades de pesquisa e demais atores envolvidos.

Os eglídeos são endêmicos da região Neotropical da América do Sul. São animais exclusivos de água doce, ocorrendo principalmente sob rochas, no folhiço ou mesmo enterrados na areia (Burns, 1972; Rodrigues & Hebling, 1978; Swiech-Ayoub & Masunari, 2001a) em lagos, rios de correnteza, arroios e até mesmo rios de caverna. Os eglídeos são considerados importantes elos na cadeia alimentar de ambientes límnicos agindo como predadores de larvas aquáticas (Magni & Py-Daniel, 1989) e como presas de peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos (Arenas, 1976; Melo, 1990; Pardini, 1998). Os objetivos dessa dissertação foram realizar um amplo estudo sobre a biologia de Aegla perobae com ênfase na estrutura e dinâmica populacional, crescimento alométrico, biologia reprodutiva e, finalmente, avaliação do grau do risco de extinção com base em estimativas do tamanho populacional e locais de ocorrência. No capítulo 1 são caracterizados aspectos populacionais relacionados a variáveis ambientais e determinadas curvas de crescimento somático de machos e fêmeas. No capítulo 2 foram realizadas análises de regressão linear para determinação do estado de alometria e maturidade morfométrica de machos e fêmeas. Foram identificados quatro morfotipos após a muda da puberdade dos machos adultos e ficou evidente que apenas dois desses morfotipos participam ativamente da reprodução. No capítulo 3 são avaliadas características reprodutivas das fêmeas de A. perobae com base no período reprodutivo, fecundidade e relação com fatores abióticos. No capítulo 4 é estimado o tamanho populacional e examinados os locais de ocorrência de eglídeos próximos à região da cuesta de São Pedro para determinação do grau do risco de extinção. Segundo avaliação baseada em critérios da IUCN (2001) somada a dados biológicos analisados nessa dissertação, conclui-se que a população de A. perobae do município de São Pedro e região encontra-se na categoria de criticamente em perigo de extinção e necessita de especial atenção para sua preservação. / Aeglids are endemic to the neotropical South America. They are restricted to freshwaters, mainly occurring under rocks and fragmented leaves or buried in the sand (Burns, 1972; Rodrigues & Hebling, 1978; Swiech-Ayoub & Masunari 2001a) in lakes, rivers, streams and even rivers running into caves. The aeglids are important links in the food chain of freshwater environments acting as predators of aquatic larvae (Magni & Py-Daniel, 1989) and as prey by fish, amphibians, reptiles, birds and mammals (Arenas, 1976; Melo, 1990; Pardini, 1998). The aim of this study was to investigate the biology of Aegla perobae with emphasis on structure and population dynamics, allometric growth and reproductive biology to finally classify the risk of extinction this specie based on estimative of population size and your occurrence locations. In chapter 1 we discuss aspects related to population and environmental variables, and it is determined the somatic growth of males and females. In chapter 2 were performed linear regression analysis to determine the state of allometry and morphometric maturity of male and female. We identified four morphotypes after the puberty molt in adults males and it was evident that only two of these morphotypes participate actively of reproduction. In Chapter 3 we evaluated the reproductive traits of A. perobae females based on the reproductive period, fecundity and the relationship of reproductive females abundance with environmental factors. In chapter 4 the population size is estimated and the sites of occurrence of aeglids near the region of São Pedro are examined to determine the degree of risk of extinction of A. perobae. According to evaluation based on IUCN criteria (2001), added to biological data analyzed in this study, we concluded that the population of A. perobae of the county of São Pedro is critically endangered and requires special attention for its preservation.