Made available in DSpace on 2018-08-01T22:57:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8942_Tese Final Carolina de Oliveira Bernardes20170605-143247.pdf: 2679226 bytes, checksum: ed72499d73e1043290894b65f11b92dd (MD5) Previous issue date: 2017-04-25 / A família Myrtaceae está entre as mais importantes dos ecossistemas brasileiros apresentando a característica marcante das plantas serem ricas em óleo essencial. O gênero Psidium é um dos mais explorados da família com aproximadamente 100 espécies, com destaque para P. guajava, P. brownianum e P. guineense. Objetivou-se, com este trabalho estudar a diversidade genética de P. guajava, P. brownianum e P. guineense, identificar o perfil terpênico de óleos essenciais de espécies de Psidium e utilizar as propriedades dos óleos essenciais de P. guajava como uma alternativa no controle de Spodoptera frugiperda. Para os estudos de diversidade, um mesmo grupo de microssatélites foi utilizado em populações das três espécies. O maior número de alelos foi detectado para populações de P. guajava, bem como elevados valores de He e H, também detectados para as demais espécies. Entre 73 e 80% da variação ocorreu dentro de populações, refletindo em elevados valores de divergência genética (P. guajava, FST = 0,1996; P. brownianum, ØST: 0,2636; P. guineense, ØST: 0,2034). As populações das três espécies estudadas apresentaram-se moderadamente estruturadas, com a formação de dois grupos, representando a região sul e norte do Espírito Santo. Quanto a variabilidade de terpenos dos óleos essenciais de folhas, onze espécies foram analisadas por CG-DIC e CG-EM, bem como por análises de micromorfologia foliar e índice de herbivoria. Foram identificados 59 compostos, com predominância de sesquiterpenos. Dados da literatura foram obtidos e quatorze espécies foram incluídas no estudo. Observou-se grande diversidade de compostos e predominância de β-cariofileno e óxido de cariofileno. Adicionalmente, 1,8-cineol, α-pineno e (E)-nerolidol também foram responsáveis pela distinção de grupos de espécies em análise de agrupamento. O índice de herbivoria foi baixo para todas as espécies, sendo explicado pelo fato de que sesquiterpenos estão diretamente relacionados à defesa contra microrganismos e predadores. A presença de tricomas e folhas coriáceas, também contribuiu para a redução da herbivoria. Por fim o efeito de dois quimiotipos de óleo essencial de goiabeira foi estudado em lagartas de Spodoptera frugiperda. A composição química dos óleos essenciais mostrou a presença de treze compostos em ambos os genótipos. Os compostos majoritários encontrados em Paluma foram óxido de cariofileno (15,9%), β-cariofileno (12,1%) e selin-11-en-4-α-ol (10,3%) e em Cortibel VII, β-bisabolol (12,3%). Ambos os óleos essenciais apresentaram efeito de repelência, sob concentrações de 10 e 100 ppm às lagartas de S. frugiperda. Dessa forma, o conhecimento da diversidade genética se trata de importante ferramenta que pode mostrar a real situação das espécies em relação a sua conservação em determinados ambientes e além disso, com o conhecimento da composição dos óleos essenciais em espécies de Psidium spp. pode-se inferir a cerca dos quimiotipos presentes em determinadas espécies e assim, ser feita a indicação de seu uso.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-21T16:20:25Z No. of bitstreams: 1 Romero de Lima Sousa.pdf: 670144 bytes, checksum: d35f2bc03e9baddbb24bad3b4dfd477e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T16:20:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Romero de Lima Sousa.pdf: 670144 bytes, checksum: d35f2bc03e9baddbb24bad3b4dfd477e (MD5) Previous issue date: 2010-02-22 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Brazilian Northeast is the center of origin of cotton Gossypium mustelinum (Miers) Watt. This cotton has not been improved or exploited commercially, but there is evidence of their introgression into the genome of varieties of upland cotton G. hirsutum L. variety marie galante Hutch. When considering the loss of variability can be said that G. mustelinum, G. barbadense L. and G. hirsutum L. var. marie galante Hutch of extinction are very high, high and medium, respectively, requiring immediate efforts for their preservation. This study aims to determine whether there is competition between pollen G. mustelinum and herbaceous in relation to fertilization of wild species, as well as whether there are differences of competition in different proportions of pollen of these species. For both crossings were performed between the two species used the G. mustelinum mother as having been fertilized by pollen from: i) mixture of 50% G. mustelinum and 50% herbaceous ii) a mixture of 75% herbaceous and 25% G. mustelinum iii) a mixture of 25% herbaceous and 75% G. mustelinum iv) herbaceous v) G. mustelinum. The latter two were used as controls to determine the expression pattern of alleles in polyacrylamide gels and validate the crosses with mixed pollen. We obtained seeds from each cross. The molecular analysis determined the proportion of seeds from crosses inter-and intra-specific by genotyping with SSR markers of the type. The frequency of offspring in each proportion of pollen used in crosses were compared using statistical test, chi-square (x²), with expected frequencies of 50% of hybrid seeds and 50% of seeds derived from selfing, 75% of seeds hybrid and 25% of the seeds of self-fertilization, 25% seed and 75% hybrid seed selfing. Were pollinated between 10:42 Flowers in the crosses with mixed pollen. The average number of seeds obtained ranged between nine and 11. Comparing these values with the average number of seeds from the intersection with 100% of pollen of the respective species, it was found that there was little variation. There were no differences in fertility or crossability between the genotypes of G. mustelinum. The only male parent in crosses that did not get the seeds was C27, and this was possibly caused by physiological conditions unfavorable. Through the data can be seen that the higher the percentage of pollen from G. hirsutum, the greater tendency of hybrids between two species. Therefore the higher the percentage of pollen from G. mustelinum, the lower the amount of hybrids. After analyzing the results, the chi-square (x²), a 1% probability it was established that there was competition between pollen from wild species and cultivated at all levels studied. / O Nordeste brasileiro é o centro de origem do algodão Gossypium mustelinum (Miers) Watt. Esta espécie ainda não foi melhorado ou explorado comercialmente, entretanto há evidências de sua introgressão no genoma das variedades de algodoeiro herbáceo G. hirsutum L. variedade marie galante Hutch. Ao considerar a perda de variabilidade pode-se afirmar que G. mustelinum, G. barbadense L. e G. hirsutum L. variedade marie galante Hutch estão com risco de extinção muito alto, alto e médio, respectivamente, necessitando de esforços imediatos para sua preservação. Este trabalho tem por finalidade verificar se há competição de pólen entre G. mustelinum e herbáceo em relação à fertilização da espécie silvestre, bem como se há diferença de competição em diferentes proporções de polens das referidas espécies. Para tanto, foram realizados cruzamentos entre as duas espécies, utilizado o G. mustelinum como genitor feminino tendo sido fecundado por pólen de: i) mistura de 50% herbáceo e 50% de G. mustelinum; ii) mistura de 75% herbáceo e 25% de G. mustelinum; iii) mistura de 25% herbáceo e 75% de G. mustelinum; iv) herbáceo e v) G. mustelinum. Estes dois últimos foram utilizados como controle para saber o padrão da expressão dos alelos nos géis de poliacrilamida e validar os cruzamentos com misturas de pólen. Foram obtidas sementes provenientes de cada cruzamento. Na análise molecular foi determinada a proporção de sementes provenientes de cruzamentos inter e intraespecíficos por meio da genotipagem com marcadores do tipo SSR. A frequência de descendentes em cada proporção de pólen usada no cruzamento foi comparada por meio de teste estatístico do qui-quadrado (x²), com frequência esperada de: 50% de sementes híbridas e 50% de sementes oriundas de autofecundação; 75% de sementes hibridas e 25% de sementes de autofecundação; 25% de sementes hibridas e 75% de sementes de autofecundação. Foram polinizadas entre dez e 42 flores nos cruzamentos com mistura de pólen. O número médio de sementes obtidas variou entre nove e 11. Comparando-se tais valores com o número médio de sementes provenientes do cruzamento com 100% de pólen das respectivas espécies, verificou-se que houve pouca variação. Não foi verificada diferenças de fertilidade ou de cruzabilidade entre os genótipos de G. mustelinum. Os únicos genitores masculinos nos cruzamentos que não obtiveram sementes foram o C27 e Mac 01, fato este ocasionado possivelmente por condições fisiológicas desfavoráveis. Por intermédio dos dados pode-se constatar que quanto maior a porcentagem de pólen de G. hirsutum, maior tendência de híbridos entre as duas espécies. Consequentemente, quanto maior a porcentagem de pólen de G. mustelinum, menor a quantidade de híbridos. Após análise dos resultados obtidos pelo teste de qui-quadrado (x²), a 1% de probabilidade, foi possível constatar que houve competição entre pólen da espécie silvestre e cultivada em todos os níveis estudados.

Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: O objetivo principal do trabalho foi o de quantificar a variabilidade genética em progênies de seringueira fundamentando-se na avaliação de caracteres quantitativos e na caracterização molecular do tipo microssatélites (SSR). A primeira população do estudo é originária da floresta primária de Rio Branco- Acre (população selvagem-PS), e a outra, trata-se de uma população, originada de matrizes clonais (população melhorada-PM). Encontram-se instaladas na forma de teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira/UNESP (FEPE), localizada em Selvíria, MS. Para as duas populações foram avaliados os seguintes caracteres silviculturais de crescimento, altura (ALT), altura comercial (AC), diâmetro médio de copa (DMC), forma do fuste (FOR), perímetro do caule (PAP e P50) e produção de borracha seca (PBS), aos oito (PM) e 23 (PS) anos de idade. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, compostos por 31 famílias, quatro repetições e parcelas lineares de 10 plantas, no espaçamento de 3 x 3 m (PM). Para PS o delineamento experimental foi de blocos causalizados com 37 famílias distribuídas em três repetições, de forma desbalanceada com no máximo 10 plantas por progênies no espaçamento de 5 x 3 m (PS). As estimativas dos parâmetros genéticos foram feitas utilizando-se a metodologia de modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP e ganhos na seleção pelo método índice multiefeitos (IME). O DNA genômico foi e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The main objective of this work is to quantify the genetic variability in progenies of rubber tree, based on the quantitative characterization and the molecular characterization of the microsatellite type (SSR). The first population of the study originated in the primary forest of Rio Branco-Acre (wild population-PS), and the other population is a population originated from clonal matrices (improved population-PM). They are installed as progeny tests at the Teaching, Research and Extension Farm, That belongs to Engeneering College of the Julio Mesquita Filho State University of São Paulo, In Selvira, State of South Mato Grosso Brazil. For the two populations, the following silvicultural characteristics of growth, height (ALT), commercial height (AC), average crown diameter (DMC), stem shape (FOR), stem perimeter (PAP and P50) and dry rubber yield (PBS) at eight (PM) and 23 (PS) years old. The experimental design consisted of randomized blocks, composed of 31 families, four replications and linear plots of 10 plants, spaced 3 x 3 m (MP). For PS the experimental design was of causalized blocks with 37 families distributed in three replications, unbalanced with a maximum of 10 plants per progeny in the spacing of 5 x 3 m (PS). Estimates of the genetic parameters were made using the mixed linear univariate model (REML / BLUP) methodology and gains in selection by multi-effects index (MEI). Genomic DNA was extracted, quantified and genotyped for the two study populations. The anal... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Cecília Luzia Dourado (douradocl.cl@gmail.com) on 2017-05-23T14:32:39Z No. of bitstreams: 1 Cecília_Dourado_Tese_final.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-23T18:22:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dourado_cl_dr_ilha.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T18:22:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dourado_cl_dr_ilha.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) Previous issue date: 2016-11-10 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo principal do trabalho foi o de quantificar a variabilidade genética em progênies de seringueira fundamentando-se na avaliação de caracteres quantitativos e na caracterização molecular do tipo microssatélites (SSR). A primeira população do estudo é originária da floresta primária de Rio Branco- Acre (população selvagem-PS), e a outra, trata-se de uma população, originada de matrizes clonais (população melhorada-PM). Encontram-se instaladas na forma de teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira/UNESP (FEPE), localizada em Selvíria, MS. Para as duas populações foram avaliados os seguintes caracteres silviculturais de crescimento, altura (ALT), altura comercial (AC), diâmetro médio de copa (DMC), forma do fuste (FOR), perímetro do caule (PAP e P50) e produção de borracha seca (PBS), aos oito (PM) e 23 (PS) anos de idade. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, compostos por 31 famílias, quatro repetições e parcelas lineares de 10 plantas, no espaçamento de 3 x 3 m (PM). Para PS o delineamento experimental foi de blocos causalizados com 37 famílias distribuídas em três repetições, de forma desbalanceada com no máximo 10 plantas por progênies no espaçamento de 5 x 3 m (PS). As estimativas dos parâmetros genéticos foram feitas utilizando-se a metodologia de modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP e ganhos na seleção pelo método índice multiefeitos (IME). O DNA genômico foi extraído, quantificado e genotipado para as duas populações de estudo. As análises do sistema de reprodução e diversidade foram baseadas no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. Foram detectadas diferenças significativas pelo teste da razão de verossimilhança na análise de deviance das procedências para os caracteres, diâmetro médio de copa (DMC), perímetro a 50 cm do solo (P50), perímetro a 1,30m do solo (PAP) e produção de borracha seca (PBS), para PM. Para população selvagem foram significativos, os caracteres ALT, DMC, P50 e PAP. Os caracteres que apresentaram maior magnitude para as herdabilidades foram a PBS, para população melhorada e PAP, PBS para a população selvagem, com herdabilidades acima de 60%. As estratégias de seleção de 50%, 40% e 22% dos indivíduos para o caractere PBS e PAP utilizando o índice multiefeitos revelaram de altos e baixos ganhos na seleção as duas populações. Para PM foi mais indicado a estratégia de seleção entre e dentro e para PS a seleção individual. Os ganhos obtidos na seleção foram de 54% para o caráter PBS na população melhorada e de 0,46% para o caráter PAP para população selvagem. A heterozigosidade observada foi de 0,839 a 0,747 para adultos e de 0,425 a 0,399 para as progênies, para as duas populações estudas. A taxa de cruzamento multiloco ( ) variou de 0,726 (PM) a 0,798 (PS), indicando que grande parte das sementes foram originadas por cruzamentos, mas houve presença de autofecundação, caracterizado por um sistema de reprodução misto. A endogamia apresentada foi gerada por cruzamentos correlacionados e não por autofecundação. Devido ao ao tamanho efetivo (Ne) menor que 4, resultou na necessidade de coletar-se sementes para fins de conservação genética, recuperação ambiental e melhoramento florestal de pelo menos 94 e 89 árvores, para PM e PS respectivamente. / The main objective of this work is to quantify the genetic variability in progenies of rubber tree, based on the quantitative characterization and the molecular characterization of the microsatellite type (SSR). The first population of the study originated in the primary forest of Rio Branco-Acre (wild population-PS), and the other population is a population originated from clonal matrices (improved population-PM). They are installed as progeny tests at the Teaching, Research and Extension Farm, That belongs to Engeneering College of the Julio Mesquita Filho State University of São Paulo, In Selvira, State of South Mato Grosso Brazil. For the two populations, the following silvicultural characteristics of growth, height (ALT), commercial height (AC), average crown diameter (DMC), stem shape (FOR), stem perimeter (PAP and P50) and dry rubber yield (PBS) at eight (PM) and 23 (PS) years old. The experimental design consisted of randomized blocks, composed of 31 families, four replications and linear plots of 10 plants, spaced 3 x 3 m (MP). For PS the experimental design was of causalized blocks with 37 families distributed in three replications, unbalanced with a maximum of 10 plants per progeny in the spacing of 5 x 3 m (PS). Estimates of the genetic parameters were made using the mixed linear univariate model (REML / BLUP) methodology and gains in selection by multi-effects index (MEI). Genomic DNA was extracted, quantified and genotyped for the two study populations. The analyzes of the breeding and diversity system were based on the mixed breeding model and correlated crosses model. Significant differences were detected by the likelihood ratio test in the deviance analysis for the characters, mean crown diameter (DMC), stem perimeter at 50 cm from soil (P50), stem perimeter at 1,30m from soil (PAP) and dry rubber yield (PBS) for PM. For wild populations were significant, the characters ALT, DMC, P50 and PAP. The characters that presented the greatest magnitude for the heritabilities were PBS, for improved population and PAP, PBS for the wild population, with heritabilities above 60%. The selection strategies of 50%, 40% and 22% of individuals for the PBS and PAP using the multi-effects index revealed high and low gains in the selection of the two populations. For PM it was more indicated the strategy of selection between and within and for PS the individual selection. The gains obtained in the selection were 54% for the PBS character in the improved population and 0,46% for the PAP character for the wild population. The observed heterozygosity was 0,839 to 0,747 for adults and 0,425 to 0,399 for the progenies, for the two populations studied. The multilocus crossing rate ( ) varied from 0,726 (MP) to 0,798 (PS), indicating that most of the seeds originated by crosses, but there was a presence of self-fertilization, characterized by a mixed mating system.The presented inbreeding was generated by correlated crosses and not by self-fertilization. Due to the effective size (Ne) of less than 4, it resulted in the need to collect seeds for purposes of genetic conservation, environmental recovery and forest improvement of at least 94 and 89 trees, for PM and PS respectively. / FAPESP: 2013/03074-5

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MilenaFA.pdf: 1164866 bytes, checksum: 847b20831744976f00087ef23a650106 (MD5) Previous issue date: 2009-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Gossypium mustelinum Miers ex Watt is the only cotton species native from Brazil. It is endemic of the semi-arid region from North-east of the country, where it occur near from resilient water sources. The threats to the in situ conservation of the populations are caused by human interference in its habitat, mainly by excessive cattle graze and deforestation. Establish efficient strategies of in situ conservation depend on the accomplishment of a diagnosis of how the specie is found in its natural environment, and the knowledge about the genetic structure of the populations. The objectives of this work were i) to determine the in situ conditions of two populations present in rivers from basin of Rio Paragua?u at the Bahia State, ii) to evaluate the structure and genetic variability presented in both populations, iii) to establish in situ and ex situ conservation strategies. It were realized collection in november 2007, when was realized in situ characterization of G. mustelinum. SSR markers were used for analyze 218 genotypes deriving from two populations of the G. mustelinum, localized at Toc? river and the Capivara river. The allelic frequencies, the heterozigosity and the F statics were estimated. All the plants were classified as wild and natives, and there was no evidence of the use the plants or its parts. The populations showed different conservation conditions in situ. Few plantlets were found in sites with excessive cattle feed, an indication that the damages in young plants should be high enough to compromise the renovation of the populations. On the other hand, populations were well preserved when the anthropic damages was low or inexistent. The 14 SSR primer pairs amplified 17 loci with a medium number of 5 alleles per locus (a total of 85 alleles). The high level of endogamy estimated (FIS=0,808) and the low observed heterozygosity (H0=0,093) were indicatives that the populations reproduce mainly by selfing, geitonogamy and crosses between related individuals. The genetic diversity was high (HE=0,482) and the differentiation between the populations was very high (FST=0,328). At least two sites from both populations of G. mustelinum must be preserved to achieve suitable in situ conservation. Actions that preserve the gallery forest and keep the cattle away should implemented, and could be as simple as erecting a fence. It is not possible anticipated if the in situ preservation will be possible. Therefore collections and ex situ preservation of representative specimens are essential to conserve the genetic diversity of native G. mustelinum / Gossypium mustelinum Miers ex Watt ? a ?nica esp?cie de algod?o nativa do Brasil. ? uma esp?cie end?mica do semi-?rido nordestino do pa?s, ocorrendo pr?ximo a fontes de ?gua mais duradouras. Os riscos para conserva??o in situ das popula??es est?o associados a interfer?ncia humana em seu habitat, principalmente devido ao excessivo pastejo por bovinos e caprinos, al?m do desmatamento em matas ciliares. Estabelecer estrat?gias eficazes de conserva??o in situ depende da realiza??o de um diagn?stico da esp?cie em seu ambiente natural, e do conhecimento acerca da estrutura gen?tica das popula??es. Os objetivos deste trabalho foram: i) determinar as condi??es in situ de duas popula??es presentes em rios da bacia do Rio Paragua?u no estado da Bahia, ii) avaliar a estrutura e variabilidade gen?tica presente em ambas as popula??es, iii) e estabelecer estrat?gias de conserva??o in situ e ex situ. Foram realizadas coletas em novembro de 2007, quando foi realizada a caracteriza??o in situ de G. mustelinum. Marcadores SSR foram usados para analisar 218 gen?tipos de duas popula??es, localizadas nos rios Toc? e Capivara. As freq??ncias al?licas, a heterozigozidade e as estat?sticas F foram estimadas. Todas as plantas foram classificadas como selvagens e nativas, e nenhuma evidencia de explora??o antr?pica foi observada. As popula??es apresentavam diferentes condi??es de conserva??o in situ. Poucas plantas foram encontradas em locais onde havia pr?tica de pecu?ria extensiva, um ind?cio de que os danos causados a plantas jovens sejam maiores, comprometendo a renova??o das popula??es. Em contraste, popula??es foram encontradas em adequadas condi??es de preserva??o quando os danos causados pela a??o antr?pica eram pequenos ou inexistentes. Os 14 pares de primers SSR amplificaram 17 locos com n?mero m?dio de 5 alelos por loco (85 alelos no total). O alto ?ndice de endogamia estimado (FIS=0,808) e a baixa quantidade de heterozigotos (Ho=0,093) indicam que as popula??es propagam-se preferencialmente por autofecunda??o, geitonogamia e cruzamentos entre indiv?duos aparentados. A diversidade gen?tica total foi alta (HE=0,482) e a diferencia??o entre as popula??es foi muito elevada (FST=0,328). No m?nimo duas sub-popula??es devem ser preservadas em cada rio para uma adequada conserva??o in situ. A??es de preserva??o das matas ciliares e que impe?am o acesso do gado ?s popula??es devem ser implementadas, erguendo cercas pr?ximas as plantas. N?o ? poss?vel prever se as sugest?es propostas para preserva??o in situ ser?o implementadas. Coletas devem ser intensificadas e a??es para preserva??o ex situ devem ser realizadas para conserva??o da diversidade gen?tica presente nesta esp?cie nativa do Brasil

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto Franco Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T06:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marconi_ThiagoGibbin_D.pdf: 16468359 bytes, checksum: 01e191ac164eff1d269733328f5be31e (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A utilização dos marcadores moleculares em estudos de mapeamento genético e de QTLs (Quantitative Trait Loci) tem proporcionado um importante progresso no conhecimento da genética e da estrutura genômica da cana-de-açúcar. O projeto de sequenciamento de ESTs (Expressed Sequence Tags) do programa Genoma da FAPESP (SUCEST) identificou aproximadamente 43 mil clusters que representam os genes de cana-de-açúcar. Sabe-se que os ESTs apresentam grande potencial para serem utilizados no desenvolvimento de marcadores genético-moleculares. Tendo em vista os avanços possíveis no melhoramento genético da cana-de-açúcar com a construção de um mapa genético funcional a partir de ESTs de interesse, este trabalho teve como objetivos o mapeamento genético em uma população F1 de cana-de-açúcar utilizando marcadores moleculares do tipo EST-SSRs (Expressed Sequence Tags - Simple Sequence Repeats) e SNP (Single Nucleotide Polymorphism), desenvolvidos a partir de seqüências ESTs homólogas a genes de interesse. Os SNPs desenvolvidos e mapeados demonstraram novos tipos de segregações possíveis de serem incorporadas ao mapeamento genético em cana-de-açúcar, representando avanços para a análise genética de poliplóides e possibilitando a saturação do mapa genético com marcadores completamente informativos. Os marcadores moleculares EST-SSRs e SNPs desenvolvidos e integrados ao mapa genético da cana-de-açúcar aumentaram sua resolução e também as possibilidades de mapeamento dos QTLs com maior precisão / Abstract: The use of molecular markers in genetic mapping studies and QTL (Quantitative Trait Loci) has provided an important advance in knowledge of genetics and genomic structure of sugarcane. The sequencing project of ESTs (Expressed Sequence Tags) form FAPESP's Genome Program (SUCEST) identified approximately 43 000 clusters representing the sugarcane genes. It is known that the ESTs have great potential for use in the development of genetic molecular markers. Given the possible advances in genetic breeding of sugarcane with the construction of a functional genetic map from ESTs of interest, the aim of this study was the construction of a genetic map in a F1 population of sugarcane using molecular markers EST-SSR (Expressed Sequence Tags - Simple Sequence Repeats) and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) derived from ESTs sequences homologous to genes of interest. The developed and mapped SNPs demonstrated new types of segregation ratio that could be incorporated in the genetic mapping of sugarcane, representing advances for the genetic analysis of polyploid and allowing the saturation of the genetic map with fully informative markers. The EST-SSR markers and SNPs developed and integrated into the genetic map of sugarcane increased the resolution, coverage of the genome and also the possibilities of mapping QTLs with greater precision / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandoASA_TESE.pdf: 1416076 bytes, checksum: b1c98d86beac7a63692f0bd1fd27af60 (MD5) Previous issue date: 2010-04-29 / The Brazilian melon agribusiness is in expansion, reaching almost 500 thousand tons per year and making melon the main domestic fruit in both exported volume and value, with this activity being concentrated in the Brazilian Semiarid region. However, Brazil ranks only twelfth among the producing countries in area planted and production and the twentieth-third in productivity, demonstrating that there is still much to do on melon breeding and genetic resources of this crop. Thus, the objectives of this work were to estimate the genetic diversity of melon accessions collected from the traditional agricultural areas of the Brazilian Northeastern region by using descriptors for the fruit and microsatellite markers, and to study the nature of genotype vs. environment interaction and to estimate genetic parameters and gains by selection of melon families, in the Jaguaribe/Assú irrigation projects (Ceará and Rio Grande do Norte States, Brazil). The study of genetic diversity showed great variability among accessions, within and among the botanical groups, enabling advances in genetic improvement of fruit quality traits. Cluster analysis by fruit descriptors formed eight groups, without taxonomic criteria. The characters fruit longitudinal diameter, number of fruits per plant, cavity thickness and total soluble solids were descriptors that contributed most to the dissimilarity of the genotypes. The SSR markers amplified 41 alleles with average of 2.41 alleles and three genotypes per locus. A phylogenetic molecular analysis separated the accessions into 13 groups, also without taxonomic coherence in groups formed. The degree of association between genetic distance morpho-agronomic and molecular matrices was null. Then, there was no significant association between the descriptors and SSR markers, which was predictable due the number of distinct groups, the quantitative nature of the descriptors and the distribution of SSR markers in the genome. In the study of genotype vs. environment interaction, there was heterogeneity among the families for all traits. Heritability estimates in the combined analysis were consistently lower than those estimated for each environment. The simple part of G vs. E interaction was always above 99%, except for pulp firmness, with a predominance of the large complex part between the pairs of environments A1 and A3 and A2 and A3. The direct gains by selection were higher than the indirect gains for all traits in all environments evaluated. Gains were closer to the direct genetic gains when the selection was based on the average of the three environments. Estimates of genetic parameters associated with the simple nature of the family vs. environment interaction allowed genetic progress by simple breeding methods. As the genotype-environment interaction overestimates the coefficient of genetic variation and genetic variance among families in an environment, genotype assessments in more than one location are necessary since that selection is made considering the average of the families on the environments. Therefore, the potential of genetic improvement was demonstrated for the germplasm used in the study of genetic diversity as well as for the germplasm evaluated in the analysis of genotype-environment interaction. / O agronegócio do melão brasileiro tem se expandido bastante, alcançando quase 500 mil toneladas de frutos por ano e tornando o melão a principal fruta nacional, tanto em volume de exportação quanto em valor exportado, estando esta atividade concentrada no semiárido brasileiro. Contudo, o Brasil é apenas o décimo segundo país em produção e área plantada e vigésimo terceiro em produtividade, evidenciando que ainda existe muito por ser feito em termos do melhoramento e recursos genéticos desta cultura. Assim sendo, os objetivos deste trabalho foram estimar a divergência genética de acessos de meloeiro coletados em propriedades de agricultura tradicional do Nordeste brasileiro, tanto por descritores do fruto quanto por marcadores microssatélites e estudar a natureza da interação genótipo x ambiente (G x A) bem como estimar parâmetros genéticos e ganhos por seleção de famílias de melão, no polo Jaguaribe-CE/Assu-RN. O estudo de divergência genética mostrou grande variabilidade entre os acessos, entre e dentro dos grupos botânicos, possibilitando avanços no melhoramento genético dos caracteres de qualidade dos frutos. A análise de agrupamento por descritores do fruto formou oito grupos, sem critérios taxonômicos. Os caracteres diâmetro lateral, número de frutos por planta, espessura da cavidade e sólidos solúveis foram os descritores que mais contribuíram para a dissimilaridade dos genótipos. Os marcadores SSR amplificaram 41 alelos com média de 2,41 alelos e três genótipos por loco. A análise filogenética molecular separou os acessos em 13 grupos, também sem coerência taxonômica nos grupos formados. O grau de associação entre as matrizes de distâncias genéticas morfoagronômica e molecular foi nulo, não havendo associação entre os descritores e os marcadores SSR, o que era previsível devido ao número distinto de grupos, a natureza quantitativa dos descritores e a forma de distribuição dos marcadores SSR no genoma. No estudo de interação genótipo x ambiente, houve heterogeneidade entre as famílias para todas as características avaliadas. As herdabilidades estimadas nas análises conjuntas foram sempre inferiores àquelas estimadas em cada ambiente. A parte simples da interação G x A foi sempre superior a 99%, exceto para firmeza da polpa, com amplo predomínio da parte complexa entre pares de ambientes A1 e A3 e A2 e A3. Os ganhos diretos com seleção foram maiores do que os ganhos indiretos para todas as características, em todos os ambientes avaliados. Os ganhos foram mais próximos dos ganhos genéticos diretos quando se praticou a seleção pela média dos três ambientes. As estimativas de parâmetros genéticos associadas à natureza simples da interação família x ambiente permitem progresso genético por meio de métodos de melhoramento menos sofisticados. Como a interação genótipo x ambiente superestima o coeficiente de variação genético e a variância genética entre famílias em um ambiente, são necessárias avaliações dos genótipos em mais de um local, desde que a seleção seja praticada considerando a média das famílias nos ambientes. Portanto, ficou comprovado o potencial de melhoramento genético tanto no germoplasma utilizado no estudo de divergência genética quanto do germoplasma avaliado nas análises da interação genótipo x ambiente.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaCAD_TESE.pdf: 1798262 bytes, checksum: 234cf9c328c4c92a52de25fe960cac0a (MD5) Previous issue date: 2015-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The quality of the melon is one of the main objectives of breeding programs. An important aspect for the breeder is to know its inheritance as it assists in choosing the breeding strategy with time and resource savings. In addition, the use of biotechnological tools to assist in the knowledge of architecture of the characters and facilitate the selection process may be useful. The objectives of this study were: to identify SSR markers linked to QTLs of six characters related to the quality of melon and to study the genetic control of traits related to fruit quality of melon through classic study of generations involving mixed models. Based on this, we evaluated 100 F2: 3 families of crossing between the parents 'Hales Best Jumbo' (HBJ) and 'MR-1', momordica type, in the years 2013 and 2014. For the phenotypic evaluation of the families, two experiments were carried out in randomized block design with three replications. Each plot consisted of a line with five plants, spaced 2.0 m between rows and 0.3 m between plants. The traits evaluated were: fruit weight, shape index, flesh thickness, flesh firmness, soluble solids and percentage of fruit cracking. From the results, the identification of stable molecular markers linked to quality traits of melon fruit through multiple regression procedure was possible. Using multiple regression process were identified markers associated to the average fruit weight characters, shape index, flesh thickness, firmness, soluble solids and percentage of fruit cracking. The CMMS22-2, CMCTN4 and CMMS4-3 markers were the most stable in both evaluations. The CMGAN3 markers, CMAGN33, CMSTN4, CMMS4-3, CMMS22-2 were those who stood out as the most promising for assisted selection to improve the melon quality. For the inheritance study, the generations F1, F2 and backcross of crossings OL x A-16 and OL-PV were evaluated in two separate experiments carried out in randomized block design with three replications, in 2012. The traits evaluated were: average fruit weight, shape index, flesh thickness, flesh firmness and soluble solids. The analyses were performed using mixed models to estimate the parameters of the additive-dominant model and the variance components. The heritability in the narrow and broad sense and number of loci that control the character were estimated. Maximum likelihood hierarchical genetic models were used in tests of hypothesis in order to assess the presence of polygenes and major effect gene in the genetic control character. From the results, it is concluded that the inheritance of the studied characters is complex, with the presence of major gene and polygenes with additive and dominance effects / A qualidade dos frutos é um dos principais objetivos dos programas de melhoramento genético do meloeiro. Um aspecto importante para o melhorista é conhecer a herança do caráter, de vez que auxilia o pesquisador na escolha da estratégia de melhoramento com economia de tempo e recursos. Além disso, o uso de ferramentas biotecnológicas auxilia no conhecimento da arquitetura dos caracteres e facilita o processo seletivo. Os objetivos do presente trabalho foram: identificar marcadores SSR ligados aos locos gênicos (Quantitative Trait Loci - QTLs) controladores de seis caracteres relacionados à qualidade de frutos de meloeiro e estudar o controle genético de caracteres relacionados à qualidade de frutos de melão por meio de estudo clássico de gerações envolvendo modelos mistos. Foram avaliadas 100 famílias F2:3 do cruzamento entre os genitores Hales Best Jumbo (HBJ), tipo cantaloupensis e MR-1 , tipo momordica, nos anos de 2013 e 2014. Para a avaliação fenotípica das famílias, foram conduzidos dois experimentos, nos quais foi utilizado o delineamento em blocos casualizados com três repetições. Cada parcela foi constituída por uma linha com cinco plantas, com espaçamento de 2,0 m entre as linhas e 0,3 m entre plantas. Foram avaliadas as características peso médio do fruto, índice de formato, espessura da polpa, firmeza da polpa, sólidos solúveis e porcentagem de rachadura do fruto. Para genotipagem, foram utilizados os marcadores moleculares microssatélites ou SSR. Foi possível a identificação de marcadores moleculares estáveis ligados a caracteres de qualidade de frutos de melão pelo processo de regressão múltipla. Foram identificados marcadores associados aos caracteres peso médio do fruto, índice de formato, espessura da polpa, firmeza da polpa, sólidos solúveis e porcentagem de rachadura do fruto. Os marcadores CMMS22-2, CMCTN4 e CMMS4-3 foram os mais estáveis nas duas avaliações. Os marcadores CMGAN3, CMAGN33, CMSTN4, CMMS4-3, CMMS22-2 são os mais promissores para seleção assistida, visando ao melhoramento da qualidade de frutos do meloeiro. Para o estudo de herança, foram avaliadas os genitores: OL, tipo cantaloupensis; PV, tipo não definido; A-16, tipo acidulus; as gerações F1, F2 e os retrocruzamentos dos OL x A-16 e OL x PV em dois ensaios distintos conduzidos em blocos casualizados com três repetições no ano de 2012. Os caracteres avaliados foram: peso médio de fruto, índice de formato, espessura da polpa, firmeza da polpa e sólidos solúveis. As análises foram feitas utilizando modelos mistos para estimar os parâmetros do modelo aditivo-dominante e os componentes de variância. Foram estimados os parâmetros de herdabilidades nos sentidos amplo e restrito e número de locos que controlam o caráter. Utilizaram-se testes de hipóteses de máxima verossimilhança de modelos genéticos hierárquicos para avaliar a presença de poligenes e gene de efeito maior no controle genético do caráter. Pelos resultados, conclui-se que a herança dos caracteres estudados é complexa, com a presença de gene de efeito maior e poligenes com efeitos aditivos e de dominância

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 VanessaCA.pdf: 646559 bytes, checksum: c4d39e71466fdbb125afc0cc2a1a70d9 (MD5) Previous issue date: 2007-02-27 / Brazil has been considered one of the diversity centers of Gossypium barbadense species. It is believed that a relatively big erosion genetic process occurs with the species, due to economic, cultural and agricultural problems. A local diagnostic about species situation is the first step for reducing the diversity loss and establishing conservation strategies in situ. This research aimed the identification of the presence of Gossypium populations, characterization, determination of the main risks and collection of the accesses to store in germoplam banks, in Para and Amapa States. Expeditions were conducted in November 2004. An interview was carried out with the plant proprietor for characterizing in situ of G. barbadense species and of the environment where the plants were inserted. On hundred seventy nine plants in 22 municipal districts were collected in Para State and 117 plants in nine municipal districts in Amapa State. The majority of plants belong to G. barbadense species (98% in Amapa and 94% in Para). Plants occur in back yards, beside roads and spontaneously. That ones from back yards were more abundant (97% in Amapa and 95% in Para) and maintained as medicinal plants as the principal reason. Plants in natural environments in both states evaluated were not found, therefore, the creation of reserves and the application of others conventional methods of maintenance in situ are not applicable. The plant proprietors do not use to store or process seeds. Seed storage was reported as a practice by only 1% of the plant proprietors from Para and 11% from Amapa. The most plants collected were from two to three years of age (58% in Amapa and 93% in Para). As conclusions G. barbadense is the species most spread in the two studied states and are found in back yards. In Amapa State the botanical variety barbadense or Quebradinho is predominant, whereas in Para State the predominant variety is brasiliense or Rim-de-boi. Adequate conservation of thestudied species must be carried out in germoplasm collections maintained ex situ / O Brasil ? considerado um dos centros de diversidade da esp?cie Gossypium barbadense. Acredita-se que grande parte da variabilidade gen?tica de G. barbadense esteja sendo perdida, em virtude de problemas econ?micos, culturais e agr?colas. O primeiro passo para reduzir a perda de diversidade e estabelecer estrat?gias de conserva??o in situ ? realizar um diagn?stico de como a esp?cie se encontra nos locais em que ocorre. Os objetivos deste trabalho foram identificar popula??es de Gossypium presentes no estado do Par? e Amap?, caracteriz?-Ias, determinar os principais riscos e coletar acessos para armazenamento em bancos de germoplasma. Foram realizadas expedi??es em Novembro de 2004, e a caracteriza??o in situ de G. barbadense foi realizada por entrevista do propriet?rio da planta e da an?lise do ambiente em que as plantas estavam inseridas. Foram coletadas 179 plantas em 22 munic?pios no estado do Par? e 117 plantas em nove munic?pios no estado do Amap?. A maioria das plantas pertence ? esp?cie G. barbadense (98% no Amap? e 94% no Par?). As plantas ocorrem em fundo de quintal, beira de estrada e de modo espont?neo, sendo as de fundo de quintal bem mais abundantes (97% no Amap? e 95% no Par?) e mantidas com a finalidade principal de serem usadas como plantas medicinais. Os moradores n?o possuem o h?bito de armazenar e beneficiar as sementes, no Par? apenas 1 % dos propriet?rios relatou armazenar as sementes e no Amap? esse ?ndice foi de 11 %. A maioria das plantas coletadas tinha de dois a tr?s anos de idade (58% no Amap? e 93% no Par?). Conclui-se ent?o que G. barbadense ? a esp?cie mais difundida nos dois estados e que s?o encontradas em fundo de quintal. No estado do Amap? predomina a variedade bot?nica barbadense ou Quebradinho, enquanto que no Par? predomina a variedade brasiliense ou Rim-de-boi. N?o foram encontradas plantas em ambientes naturais nos dois estados, portanto a cria??o de reservase o emprego de outros m?todos convencionais de manuten??o in situ n?o parecem ser aplic?veis a G. barbadense em ambos os estados. A adequada conserva??o dessas esp?cies deve ser realizada em cole??es de germoplasma mantidas ex situ

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_liane_thurow.pdf: 690839 bytes, checksum: 6d23772ac7732bb0c45028fd46e4bcf0 (MD5) Previous issue date: 2013-10-18 / Based on the advanced knowledge in genomic, marker-assisted selection shows up as a promising strategy especially to accelerate the development of new cultivars in perennial species, such as peach. In this context, this dissertation addressed the current situation and the prospects of using marker-assisted selection in peach breeding programs as well as to characterize the genetic variability and population structure of an association panel representative of peach germplasm available in Brazil through SSR analysis. Based on a literature review, it was seen that a high number of QTL (Quantitative Trait Loci) is identified in genetic maps of peach, but, despite the importance of the characters studied, the use of markerassisted selection has been incipient by breeding programs. By the other side, with the recent completion of the sequencing of the peach genome, the perspective is that the low use of molecular tools by peach breeding program will change in the coming years. In this trend, the genetic variability present in the association panel representative of peach germplasm in Brazil is quite relevant. On the other hand, this germplasm is structured into two subpopulations according to the fruit flesh type, melting or non-melting, with some genotypes being a mixture of both types of fruit flesh. Greater variability is available in the melting flesh group. These results show that the association panel is suitable for association studies given its relevant genetic variability. However, it should be taken into account in the association studies the genetic structure intrinsic to this germplasm to avoid the identification of false markertrait associations. / Com base no avanço do conhecimento de genômica a seleção assistida por marcadores mostra-se como uma estratégia bastante promissora especialmente para acelerar o desenvolvimento de novas cultivares em espécies perenes, como o pessegueiro. Nesse contexto, esta dissertação aborda a situação atual e as perspectivas do uso de seleção assistida por marcadores moleculares no melhoramento genético de pessegueiro, assim como caracteriza a variabilidade genética e a estrutura de população do painel associativo de pessegueiro representativo do germoplasma disponível no Brasil por meio da análise de 10 loci SSR (Simple Sequence Repeats). Com base na literatura, um elevado número de QTLs (Quantitative Trait Loci) está identificado em mapas genéticos de pessegueiro, mas, apesar da importância dos caracteres envolvidos, até o momento o uso de seleção assistida por marcadores tem sido incipiente pelos programas de melhoramento. Por outro lado, com a conclusão recente do sequenciamento do genoma do pessegueiro, a perspectiva é de que essa realidade mude nos próximos anos. Corroborando com essa tendência, o primeiro passo para a seleção assistida por marcadores moleculares é conhecer a variabilidade genética presente no germoplasma de pessegueiro disponível no Brasil. Nesse sentido, os resultados desse trabalho mostram grande variabilidade genética no germoplasma avaliado. Porém, esse germoplasma está estruturado em duas subpopulações bem definidas e agrupadas de acordo com o tipo de polpa, fundente e não-fundente, com alguns acessos apresentando mistura de ambos, entre os quais a maior variabilidade está disponível dentro do subgrupo fundente. Com base nos resultados infere-se que o germoplasma avaliado é adequado para estudos de mapeamento associativo, dada a sua expressiva variabilidade genética, mas deve ser levada em consideração a estrutura genética desse germplasma a fim de evitar a identificação de associações falso-positivas entre marcadores e fenótipos de interesse.