En los meses de febrero y marzo del 2012, se realizaron cruzamientos entre seis accesiones de yacón: Testigo, V4, V11, V18, V24 y V28, originarias del banco de germoplasma del Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA), mediante un diseño de cruzas dialélicas directas y recíprocas. A partir de estos cruzamientos se obtuvieron 162 semillas viables, de las cuales por medio de la técnica de mejoramiento genético de selección masal se escogieron 68, las cuales se germinaron y produjeron 834 plantas adultas. El objetivo del presente trabajo es caracterizar morfológicamente los parentales y las plantas obtenidas a partir de los cruzamientos dialélicos para identificar la diversidad obtenida y para confirmar la naturaleza híbrida de estas. Tres descriptores morfológicos de raíz fueron usados para caracterizar a los parentales y los 834 supuestos híbridos. Finalmente, se obtuvieron 44 híbridos, 8 plantas con hibridación no determinada al no identificar si existió cruza pero heredando solo los caracteres del progenitor femenino o son replicaciones de este, 9 plantas con un origen híbrido no específico al no poder determinarse si existió hibridación heredando caracteres compartidos por ambos progenitores o solo caracteres del progenitor femenino o no, 7 plantas cuyo progenitor masculino no es el correspondiente a la cruza, 2 replicaciones de 3 híbridos y 1 replicación de 1 de las 9 plantas con un origen híbrido no específico también presentan un progenitor masculino diferente al de su cruza. Se observó precocidad del parental V24, la pérdida del carácter de moteaduras irregulares púrpura rojizo (indicador de antocianinas) en las 44 plantas con parentales que presentaban este carácter y el bajo rendimiento de las plantas obtenidas a partir de los cruzamientos. Palabras clave: Hibrido, caracterización morfológica, germoplasma, diversidad genética, descriptor. / --- In the months of February and March 2012, crosses between six accessions of yacon germplasm were made: Testigo, V4, V11, V18, V24 and V28, originating from the National Institute of Agrarian Innovation (INIA), with a design of direct and reciprocal diallel crosses. From these crosses 162 viable seeds were obtained, which by means of the genetic improvement technique of mass selection were selected 68, which were germinated and grown producing 834 plants. The aim of this study is morphologically characterize parental and plants obtained from the diallel crosses to identify the variety obtained and to confirm the hybrid nature of these. Three root morphological descriptors were used to characterize the parental and 834 putative hybrids. Finally 44 hybrids were obtained, 8 plants with no specific hybridization to no identify if there was cross but inheriting only the characters of the female parent or are replications of this, 9 plants with a non-specific hybrid origin unable to determine whether there was hybridization inheriting shared characters by both parents or single characters of the female parent or not; 7 plants whose male parent is not corresponding to the cross, 2 replications of three hybrids and one replication 1 of 1 of 9 plants with a non-specific hybrid origin also presented a different male parent. The parental V24 showed precocity, the loss of irregular reddish purple specks (anthocyanins indicator) was observed in 44 plants with parental that has this character and the low yield of the plants obtained from crosses. Key words: Hybrid, morphological characterization, germplasm, genetic diversity, descriptor

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-11-12T10:51:17Z No. of bitstreams: 1 2012_PedroItaloTannoSilva.pdf: 4395558 bytes, checksum: 0349f90349bbe21252b45be2ddf9d52a (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-11-20T12:34:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_PedroItaloTannoSilva.pdf: 4395558 bytes, checksum: 0349f90349bbe21252b45be2ddf9d52a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-20T12:34:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_PedroItaloTannoSilva.pdf: 4395558 bytes, checksum: 0349f90349bbe21252b45be2ddf9d52a (MD5) / Entre as recentes tecnologias que podem ser aplicadas na detecção e desenvolvimento de marcadores moleculares, destaque tem sido dado à tecnologia NGS (Next Generation Sequencing), que possibilita a detecção de polimorfismo de DNA através da comparação de milhões segmentos de leitura (reads) do genomas estruturais de diferentes cultivares de uma espécie. O polimorfismo de DNA mais abundante, revelado por esta estratégia, é o polimorfismo de base de DNA (substituição ou transição de base), conhecido como SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Neste trabalho foram utilizados resultados de sequenciamento do genoma estrutural de seis variedades de arroz japonica tropical para detectar, selecionar e desenhar painéis multiplex para genotipagem automatizada e simultânea de centenas de marcadores SNP em acessos de arroz de sequeiro. Foram desenvolvidos dois painéis multiplex (SNP1 e SNP2) com 768 SNPs distribuídos pelo genoma de arroz. Os painéis foram avaliados quanto à eficiência de clusterização de intensidade do sinal de fluorescência para a definição dos genótipos, à acurácia de genotipagem em testes de prova e contraprova, à capacidade de discriminação de acessos do Banco de Germoplasma e, finalmente, ao potencial emprego na construção de mapas genéticos de cruzamentos de interesse do programa de melhoramento genético. Os testes realizados comprovaram a eficiência da genotipagem e a elevada concordância de genótipos em testes de prova e contraprova. Observou-se que erros de genotipagem ocorrem a uma taxa muito baixa (0,33%). Cerca de 70% dos SNPs possuem o alelo mais comum com frequência entre 0,50 e 0,75, e são poucos os SNPs (<3%) com frequência do alelo mais comum acima de 0,95. O poder combinado dos painéis na confirmação de identidade genética ou na discriminação de genótipos é extremamente elevado. A segregação e a herança dos alelos dos SNPs que compõem os dois painéis foi testada em duas populações de linhagens puras recombinantes, possibilitando a construção de dois mapas genéticos (cruzamentos Chorinho x Puteca e Chorinho x Amaroo). O processo de genotipagem utilizando painéis SNP em genotipador automático é simples, rápido e eficiente. Os painéis SNP1 e SNP2, portanto, possuem ampla aplicação no melhoramento varietal e são recomendados para análise genética de acessos japonica tropical de arroz do Brasil. Foi testada ainda uma nova metodologia de genotipagem por sequenciamento (Genotyping by Sequencing – GBS) que emprega sequenciamento em escala do genoma estrutural após a redução de complexidade do genoma pelo do uso de enzimas de restrição. O emprego de GBS possibilita amostrar o polimorfismo de SNPs em regiões amplamente distribuídas ao longo do genoma utilizando, por exemplo, enzimas sensíveis a metilação, evitando dessa forma o sequenciamento massal de regiões repetitivas e complexas, que dificultam o processo de análise. Os experimentos de GBS foram realizados com acessos de arroz de sequeiro com alta diversidade genética, que compõem a Coleção Nuclear Temática de Tolerância a Seca de arroz da Embrapa. Os resultados obtidos neste trabalho comprovam que a metodologia de genotipagem por sequenciamento tem amplo potencial na detecção e seleção de um alto número de marcadores SNPs. Contudo, verificou-se nas condições testadas um aparente excesso de genótipos heterozigotos nas amostras avaliadas. Além disso, em testes de prova e contraprova, o erro de genotipagem estimado foi muito elevado em algumas comparações, independentemente da cobertura genômica mínima utilizada na detecção dos SNPs ou do valor de qualidade mínima do SNP detectado. Assim, verificou-se que o ensaio GBS proporciona um alto número de marcadores SNPs capazes de detectar polimorfismo de DNA em acessos de arroz, mas a acurácia da genotipagem foi considerada baixa nas comparações de prova e contraprova realizadas. Portanto, é necessário um aperfeiçoamento do ensaio GBS para a seleção de marcadores SNP fidedignos, passíveis de uso em escala na genotipagem de arroz. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Among the recent technologies that can be used to detect and develop molecular markers, Next Generation Sequencing (NGS) has received special attention. This technology allows the detection of DNA polymorphism by the comparison of millions of DNA fragments (reads) obtained from different individuals of a species. The most abundant DNA polymorphism revealed by this strategy is known as SNP (Single Nucleotide Polymorphism). In this work, the genome sequencing results of six different varieties of tropical japonica rice have been analyzed to detect, select and design hundreds of SNP markers to construct multiplex panels for automated simultaneous genotyping of rice germplasm accessions. Two multiplex panels (SNP1 and SNP2), composed of 768 SNPs evenly distributed across the genome, were developed and validated for rice genotyping. The panels were initially evaluated for clustering efficiency of fluorescence signal intensity for genotype calling and for genotype accuracy in test-retest reliability assays. Then, they were examined for the ability to discriminate accessions of the rice germplasm collection and for the potential use in genetic mapping. The results confirmed that the panels have a high genotyping efficiency and accuracy. Data was obtained in more than 96% of the SNPs evaluated and a very low genotyping error rate was observed (0.33%). Most SNPs (70%) presented a frequency between 50-75% for the most common allele, with only a few SNPs having frequency above 95%. The combined power of SNP panels to confirm genetic identity or to discriminate germplasm accessions was very high. Allelic segregation and inheritance of SNP markers was tested in different recombinant inbred line populations, allowing for the construction of two genetic maps, derived from the crossings between Chorinho x Puteca and Chorinho x Amaroo. Plant genotyping based on SNP panels in automated genotypers is a simple, fast and efficient method. Both SNP panels have a broad application in breeding and are recommended for use in genetic analyses of tropical japonica rice germplasm. A new genotyping by sequencing (GBS) methodology was also tested in the present study. This methodology is based on high scale genome sequencing, after total DNA is submitted to complexity reduction using enzymatic restriction digestion. GBS is used to detect polymorphism in regions distributed across the whole genome. GBS assays were conducted using tropical japonica rice varieties with high genetic diversity, which compose Embrapa’s Drought Tolerance Core Collection. The results indicated that the GBS methodology is useful for the detection and selection of a high number of SNP markers. However, a very high amount of heterozygous genotypes was detected in the analyzed samples. Also, genotype accuracy estimates indicated that the genotyping error rate of the GBS assay was too high, independently of the minimum genomic coverage used for SNP detection or the minimum quality value of the detected SNP. Therefore, the GBS assay can provide a high number of SNP markers capable of detecting DNA polymorphism in tropical japonica rice, but the accuracy was considered low in the test and re-test comparisons performed in the present study. Improvements in the GBS assay are necessary in order to obtain accurate genotypes in large scale that can be useful to japonica rice breeding.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:56:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8212_ANTONIO DELUNARDO PANDOLFI FILHO.pdf: 483286 bytes, checksum: 3bee31585b595bafa64acd4dff7071fd (MD5) Previous issue date: 2014-08-18 / Atualmente o Brasil é o maior produtor e exportador de sementes forrageiras tropicais da América Latina em que as demandas por qualidade e quantidade de sementes vêm impulsionando toda a cadeia produtiva. Com este trabalho objetivou-se avaliar populações híbridas interespecíficas sexuais visando a selecionar genitoras para colaborar na diversificação de pastagens tropicais cultivadas do gênero Brachiaria. O experimento foi realizado na Embrapa Gado de Corte em Campo Grande-MS, no período de janeiro a agosto de 2013. Foi realizado teste de progênies de meio irmãos, visando à seleção entre e dentro de famílias, sendo selecionados os melhores genitores com base na progênie e, também, os melhores indivíduos dentro das progênies.O delineamento experimental foi em blocos ao acaso, com dez repetições e parcelas com cinco plantas, avaliadas individualmente para produção de massa seca total e foliar, porcentagem de lâminas foliares, relação lâmina foliar:pseudocolmo e capacidade de rebrota. Adotando-se a intensidade de seleção de 1% dos híbridos selecionados, 100% são produtos do cruzamento das melhores progenitoras, com ganhos de seleção variando de 11,07% a 30,39%. Estes resultados permitem afirmar que é possível fazer a seleção dos melhores indivíduos com ganhos expressivos ao programa de melhoramento.

The Genebank of the Institute for the Conservation and Improvement of the Agrodiversity (COMAV) has in its collection 198 accessions of cucumber (Cucumis sativus L.) of Spanish origin, taking charge of preserving and providing their seeds. All the accessions were registered as traditional varieties or landraces, thus the collection of the COMAV represents 5% of the cucumber traditional varieties included in GENESYS. The purpose of the germplasm collections is the preservation of the genetic diversity to make it available for breeders, researchers and other users. Rationalization, that is, reduction of the size collection, is an alternative to cut costs of maintenance. With rationalization the efficiency in management and use of the collection increases; as a consequence, a correct preservation is guaranteed and at least part of the plant materials are available to users. This thesis is included in a project with the objective of the rationalization of the cucumber Spanish collection of the COMAV's Genebank. To achieve this objective, a morphological characterization of the cucumber collection, using fruit and plant descriptors, was carried out. Subsequently, a subset of the accessions were selected to be analyzed with molecular markers, concretely with SSRs (Simple sequence repeats). The morphological characterization was carried out for 206 cucumber accessions, 195 from Spain (178 held at the COMAV, 17 provided by the 'Vegetable Genebank of Zaragoza', BGHZ). Five plants per accession were characterized, with 17 qualitative and 9 quantitative descriptors, eight of them referred to plant traits and 18 related to the fruit. Fruit descriptors were evaluated in at least 25 fruits per accession. The accessions were classified in five groups: 'White', 'Short', 'French', 'Long' and 'Very long'. Principal component analysis showed that, with few exceptions, the accessions were grouped according to their phenotypic similarity. Variability found within each of the groups displayed the potential of these plant materials in breeding programmes for different traits. Maintenance of this collection is of great interest, since variability held by these accessions is not conserved in other European collections, and constitutes a source of genes for cucumber breeding. A representative subset of the accessions evaluated by morphological traits was selected for the molecular characterization. Concretely, molecular diversity of 131 Spanish accessions was evaluated with 23 SSRs. Eighteen of these SSRs were polymorphic; the mean number of alleles, mean observed heterozygosity and mean polymorphic information content were 3.2, 0.065 and 0.229, respectively. Around 60% of the alleles showed a frequency higher than 0.05, and only one allele in the SSR31399 showed a frequency lower than 0.01. In addition, three accession-specific alleles were found. A cluster analysis did not show any relation with morphological types or geographical area. Therefore, these results demonstrated that molecular diversity of the cucumber did not resemble its phenotypic variability. Finally, this study provides information for the rationalization of germplasm. Results from both studies allowed the rationalization of the cucumber Spanish collection of the COMAV. Selection of the accessions was carried out with a combined strategy, considering phenotypic traits, origin and molecular data. The selection included 47 accessions, six of the 'French' type, 15 of the 'Long' type and 24 of the 'Short' type. Moreover, the unique accessions molecularly analyzed belonging to 'Very long' and 'White' types were also selected. The analysis of the set of selected accessions confirmed that it conserved the morphological and molecular variability found in the complete collection. / El Banco de Germoplasma del Instituto de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana (COMAV) mantiene en su colección 198 entradas de variedades tradicionales de pepino (Cucumis sativus L.) de origen español, haciéndose cargo de la conservación y cesión de sus semillas. La colección de pepino del COMAV representa el 5% de las variedades tradicionales de pepino que figuran en GENESYS. El objeto de las colecciones de germoplasma es conservar la diversidad genética y permitir el acceso a esta a mejoradores, investigadores y otros usuarios. Como alternativa para reducir los costes de mantenimiento se plantea su racionalización, es decir, la reducción del tamaño. De esta forma, se incrementa la eficiencia en el manejo y uso de las mismas, se garantiza una correcta conservación y al menos parte de los materiales se hacen accesibles a los usuarios. Esta tesis se enmarca en un proyecto cuyo objetivo es la racionalización de la colección de pepino español del Banco de Germoplasma del COMAV. Para ello se planteó en primer lugar una caracterización por caracteres de planta y fruto de la colección de entradas de pepino español, para a continuación seleccionar un subconjunto de las mismas para su análisis con marcadores moleculares de tipo microsatélite (Simple sequence repeats, SSR). La caracterización morfológica se llevó a cabo empleando 206 entradas de pepino, 195 de ellas de origen español (178 mantenidas en el COMAV y 17 proporcionadas por el Banco de Germoplasma de Hortícolas de Zaragoza, BGHZ). Se caracterizaron 5 plantas por entrada, empleando 17 descriptores cualitativos y nueve cuantitativos, ocho de ellos de planta y 18 de fruto. Los caracteres de fruto se evaluaron en al menos 25 frutos por entrada. Las entradas analizadas se clasificaron en cinco tipos según las características de fruto: "Blanco", "Corto", "Francés", "Largo" y "Muy largo". El análisis de componentes principales permitió comprobar que, con pocas excepciones, las entradas se agrupaban según su similitud fenotípica. En cualquier caso, la variabilidad observada dentro de cada uno de los grupos puso de manifiesto el potencial de los materiales evaluados para la mejora de distintos atributos. El mantenimiento de la colección resulta de especial interés, dado que la variabilidad que contiene no se encuentra conservada en otras colecciones europeas y constituye una fuente de genes de interés para la mejora del pepino. Un subconjunto representativo de las entradas evaluadas por características morfológicas se seleccionó para la caracterización molecular. En concreto, se evaluó la diversidad genética de 131 entradas españolas, empleando 23 marcadores SSRs. Dieciocho de los SSRs fueron polimórficos en la colección: los valores medios para el número de alelos, la heterocigosidad observada y el contenido en información polimórfica fueron de 3,2, 0,065 y 0,229, respectivamente. Aproximadamente el 60% de los alelos mostraron una frecuencia superior a 0,05, mientras que solo uno de los alelos para el marcador SSR31399 mostró una frecuencia inferior a 0,01. Se identificaron tres alelos específicos de entradas. En el análisis de agrupamientos las entradas no se agruparon según el tipo ni según el área geográfica. Estos resultados demostraron que la diversidad molecular de la colección de pepino no refleja la variabilidad fenotípica. Los resultados de ambas caracterizaciones han permitido llevar a cabo la racionalización de la colección de pepino español del COMAV. Para la selección de las entradas se ha llevado a cabo una estrategia combinada, considerando caracteres fenotípicos, origen y datos moleculares. La selección incluyó 47 entradas, seis de tipo "Francés", 15 del tipo "Largo" y 24 del tipo "Corto". Además, se seleccionaron las únicas entradas de tipo "Muy largo" y "Blanco" caracterizadas molecularmente. Se confirmó que el conjunto de entradas seleccionadas conservaban la variabilidad m / El Banc de Germoplasma de l'Institut de Conservació i Millora de l'Agrodiversitat Valenciana (COMAV) manté en la seua col·lecció 198 entrades de varietats de cogombre (Cucumis sativus L.) d'origen espanyol, fent-se càrrec de la conservació i cessió de les seues llavors. La col·lecció del COMAV representa el 5% de les varietats de cogombre que figuren en GENESYS. L'objectiu de les col·leccions de germoplasma és conservar la diversitat genètica i permetre l'accés a aquesta a milloradors, investigadors i altres usuaris. Com a alternativa per a reduir els costos de manteniment, es planteja la seua racionalització, és a dir, la reducció de la grandària. D'aquesta forma, augmenta l'eficiència en el maneig i ús de les mateixes, es garantix una correcta conservació i al menys part dels materials es fan accessibles als usuaris. Aquesta tesi s'emmarca en un projecte que té com a objectiu la racionalització de la col·lecció de cogombre espanyol del Banc de Germoplasma del COMAV. Per a aconseguir aquest objectiu, es va plantejar en primer lloc una caracterització per caràcters de planta i fruit de la col·lecció d'entrades de cogombre espanyol, per a continuació seleccionar un subconjunt de les mateixes per al seu anàlisi mitjançant marcadors moleculars de tipus microsatèl·lit (Simple sequence repeats, SSR). La caracterització morfològica es va dur a terme utilitzant 206 entrades de cogombre, 195 d'elles d'origen espanyol (178 mantingudes al COMAV, 17 proporcionades pel Banc de Germoplasma d'Hortícoles de Saragossa, BGHZ). Es van caracteritzar 5 plantes per entrada, emprant 17 descriptors qualitatius i nou quantitatius, huit d'ells de planta i 18 de fruit. Els caràcters de fruit s'avaluaren en al menys 25 fruits per entrada. Les entrades analitzades es classificaren en cinc tipus segons les característiques de fruit: "Blanc", "Curt", "Francés", "Llarg" i "Molt llarg". L'anàlisi de components principals va permetre comprovar que, amb poques excepcions, les entrades s'agrupaven segons la seua similitud fenotípica. En tot cas, la variabilitat observada dins de cadascun dels grups va posar de manifest el potencial dels materials avaluats per a la millora de diversos atributs. El manteniment de la col·lecció resulta d'especial interés, atés que la variabilitat que conté no es troba conservada en altres col·leccions europees i constitueix una font de gens d'interés per a la millora del cogombre. Un subconjunt representatiu de les entrades avaluades per característiques morfològiques es va seleccionar per a la caracterització molecular. En concret, es va avaluar la diversitat genètica de 131 entrades espanyoles, emprant 23 marcadors SSRs. Díhuit dels SSRs van ser polimòrfics en la col·lecció: els valors mitjans per al nombre d'al·lels, la heterocigositat observada i el contingut en informació polimòrfica van ser 3,2, 0,065 i 0,229, respectivament. Aproximadament el 60% dels al·lels van mostrar una freqüència superior a 0,05, mentre que sols un dels al·lels per al marcador SSR31399 va mostrar una freqüència inferior a 0,01. Es van identificar tres al·lels específics d'entrades. En l'anàlisi d'agrupaments les entrades no s'agruparen segons el tipus ni segons l'àrea geogràfica. Aquests resultats demostraren que la diversitat molecular de la col·lecció de cogombre no reflectix la variabilitat fenotípica. Els resultats d'ambdues caracteritzacions han permés dur a terme la racionalització de la col·lecció de cogombre espanyol del COMAV. Per a la sel·lecció de les entrades s'ha emprat una estratègia combinada, considerant caràcters fenotípics, d'origen i dades moleculars. La selecció va incloure 47 entrades, sis de tipus "Francés", 15 del tipus "Llarg" i 24 del tipus "Curt". A més, es van seleccionar les úniques entrades del tipus "Molt llarg" i "Blanc" caracteritzades molecularment. Es va confirmar que el conjunt d'entrades seleccionades conservaven la variabilitat / Valcárcel Germes, JV. (2017). Racionalización de la colección de pepino (Cucumis sativus L.) del banco de germoplasma del COMAV [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/86216 / TESIS

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_3373_José Arcanjo Nunes.pdf: 413974 bytes, checksum: c27ea45b6a2f30a2c007a8b0536347d7 (MD5) Previous issue date: 2006-02-23 / O presente trabalho teve como objetivo avaliar a eficiência de variedades locais, melhoradas e melhoradas de forma participativa de milho quanto ao uso do nitrogênio (N) em três experimentos, nos sistemas de cultivo orgânico, convencional com baixo N e convencional com alto N, para subsidiar programas de melhoramento genético, que pretendem obter variedades que sejam produtivas em solos com baixa disponibilidade de nitrogênio, ou em sistema de cultivo orgânico. No primeiro experimento, instalado na comunidade de Fortaleza, no município de Muqui-ES, foi usado composto orgânico constituído de palha de café e esterco de gado. No segundo e terceiro experimento, conduzidos em Planaltina-DF, usou-se N na forma de uréia, sendo que a dose de N em um deles foi de 40 kg.ha-1 e no outro 120 kg.ha-1. Nos três experimentos, foram avaliadas doze variedades de milho, sendo cinco locais, cinco melhoradas e duas melhoradas de forma participativa. Foram determinadas as características florescimento feminino e masculino, altura de planta e de espiga, produção e acumulação de N nos grãos, bem como índices de eficiência de utilização e de uso para determinar a eficiência de resposta ao uso do N. Foram identificadas variedades locais de milho que possuem alto potencial produtivo e características interessantes que podem ser usadas em programas de melhoramento genético, como alturas de planta e espiga e conteúdo de nitrogênio nos grãos. Verificou-se, ainda, que o trabalho de seleção do milho Fortaleza realizado por agricultores de Muqui-ES demonstra a eficiência da participação dos agricultores no processo de melhoramento de plantas. Comprovou-se a eficiência do melhoramento participativo para a variedade Eldorado, selecionada para sistema orgânico.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-07-04T11:51:23Z No. of bitstreams: 1 2016_GiulianoCarvalhoFrugeri.pdf: 1571028 bytes, checksum: da0a23f1f6500bf20dab8f97e96b5ea2 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2016-07-26T10:59:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_GiulianoCarvalhoFrugeri.pdf: 1571028 bytes, checksum: da0a23f1f6500bf20dab8f97e96b5ea2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-26T10:59:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_GiulianoCarvalhoFrugeri.pdf: 1571028 bytes, checksum: da0a23f1f6500bf20dab8f97e96b5ea2 (MD5) / Popularmente conhecida como butiá ou cabeçudo o coquinho-azedo (Butia capitata) é uma espécie de palmeira endêmica do Bioma Cerrado, na região próxima a divisa dos estados de Goiás, Minas Gerais e Bahia. Esta espécie destaca-se pela utilização como alimento e pelo comércio de produtos derivados de frutos, sementes e folhas. Esse estudo teve por objetivo caracterizar diásporos de três populações de coquinho-azedo (Arinos, Mirabela e Serranópolis), além de desenvolver estratégias de conservação ex situ da espécie, por meio do armazenamento de sementes e embriões zigóticos a médio-longo prazo em várias temperaturas, incluindo subzero. Inicialmente, frutos, sementes e embriões foram caracterizados quanto suas características morfológicas. Para a conservação, sementes das três populações foram armazenadas nas temperaturas de 25 °C, 6 °C, -20 °C e -196 °C por até 360 dias. Em outro experimento, embriões zigóticos foram criopreservados com diferentes teores de umidade. Como resultado, observou-se que a população de Arinos apresentou resultados mais expressivos para a maioria dos caracteres avaliados, como por exemplo comprimento e largura dos frutos e sementes. A conservação de sementes das três populações mostrou-se viável em temperaturas ultrabaixas (-20 e 196 °C), quando armazenadas em períodos de até 360 dias e com umidade próxima a 5%. A criopreservação de embriões zigóticos mostrou-se eficiente com na conservação da espécie atingindo taxas de germinação entre 70 e 86%, quando a umidade dos embriões mergulhados em nitrogênio líquido estavam entre 10 e 14%. Na fase de aclimatização as plantas que chegaram até a etapa da casa de vegetação apresentaram 90% de sobrevivência. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Popularly known as butiá or jelly palm, the “coquinho-azedo” (small coconut-sour), Butia capitata is an endemic palm species from the Cerrado biome, especially from the region near the border of the states of Goiás, Minas Gerais and Bahia. This specie stands out by the use as food and by the trade of products derived from fruits, seeds and leaves. This study aimed to characterize diaspores from three populations of “coquinho-azedo” (Arinos, Mirabela and Serranópolis) and to develop strategies for the ex situ conservation of the specie. These strategies included the mid and long-term storage of seed and zygotic embryos under many temperatures, including subzero. Initially, fruits, seeds and embryos were morphologically characterized. For the preservation of the three populations, seeds were stored at temperatures of 25 ° C, 6 ° C, -20 ° C and -196 ° C for up to 360 days. In another experiment, zygotic embryos were cryopreserved with different moisture contents. As a result, it was observed that the population of Arinos presented better results for most characters, such as length and width of fruits and seeds. The seed conservation of the three populations showed to be feasible in ultralow temperatures (-20 to 196 ° C) when stored for periods up to 360 days and moisture content around 5%. Cryopreservation of zygotic embryos was efficient allowing the conservation of the specie, whose germination rates reached from 70 to 86% when the humidity of embryos conserved in liquid nitrogen were from 10 to 14%, respectively. In the acclimatization phase, the plants that have reached the appropriate stage to the greenhouse had 90% survival.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-01-29T14:06:10Z No. of bitstreams: 1 2012_JulceiaCamillo.pdf: 3300380 bytes, checksum: 7dc51f06a3035f05fc343f2505db450b (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-01-31T14:26:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_JulceiaCamillo.pdf: 3300380 bytes, checksum: 7dc51f06a3035f05fc343f2505db450b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-31T14:26:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_JulceiaCamillo.pdf: 3300380 bytes, checksum: 7dc51f06a3035f05fc343f2505db450b (MD5) / A palma de óleo responde pela maior parte de todo óleo vegetal comercializado mundialmente. No Brasil, seu cultivo teve inicio na década de setenta, mas nos ultimo anos tem ganhado especial atenção do governo federal e das instituições de pesquisa, devido ao seu grande potencial como fonte de matéria-prima para a produção de biodiesel. No entanto, o conhecimento limitado sobre aspectos importantes como reação a doenças, diversidade genética e conservação de germoplasma dificultam o melhoramento genético da cultura e limitam a expansão dos cultivos no país. O objetivo deste trabalho foi estudar a variabilidade genética através de caracteres morfológicos em diásporos e amêndoas, desenvolver estratégias para a conservação e regeneração ex situ de germoplasma a curto e médio prazo e reestimar o tamanho do genoma de palma de óleo, mediante emprego de citometria de fluxo. Para o estudo de diversidade genética, foram considerados parâmetros morfológicos de diásporos e amêndoas de 18 acessos de E. oleifera, 11 de E. guineensis tipo tenera e 12 de E. guineensis tipo dura, mantidos no banco de germoplasma de palma de óleo da Embrapa Amazônia Ocidental, Manaus – AM. Destes, nove foram selecionados para testes de germinação e conservação de germoplasma in vitro sob regime de crescimento mínimo, em condições de baixa temperatura e presença de reguladores osmóticos. Para os estudos de determinação da quantidade de DNA nuclear foram selecionados outros 10 acessos do mesmo banco de germoplasma, sendo: três de Elaeis guineensis, cinco de E. oleifera e dois híbridos inter-específicos (OxG). Os resultados evidenciaram que existe variabilidade entre acessos da mesma origem e entre acesso de diferentes populações, mantidos no banco de germoplasma. A manutenção in vitro de plantas de palma de óleo, sob crescimento mínimo, pode ser realizada com sucesso sob temperatura de 20°C e, a sacarose foi o carboidrato mais eficiente para a manutenção da qualidade das plantas conservadas. Na quantificação do conteúdo de DNA em Elaeis, as estimativas indicam que, em média, o tamanho do genoma de E. guineensis é de 4,32 ± 0,173 pg, enquanto que em E. oleifera é de 4,43 ± 0,180 pg. Isso indica que ambos os genomas são semelhantes em tamanho e como esperado, o tamanho do genoma do híbrido é próximo da média dos genomas parentais, 4,40 ± 0,016 pg. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The oil palm is crop that currently accounts for the greatest part of all vegetable oil marketed worldwide. In Brazil, it’s cultivation began in the seventies and in recent years has gained special attention from the federal government and research institutions for its great potential in biodiesel production. However, the limited knowledge about important aspects such as disease resistance, genetic diversity and conservation of germplasm, limit the expansion of cultivation in the country. The objective of this work was to study the genetic variability using morphological characters in diaspores and kernels, develop strategies for ex situ conservation and regeneration of germplasm in the short and medium term and estimate the size of the genome of oil palm using cytometry flow. For the study of genetic diversity were considered morphological parameters of diaspores and kernels of eighteen accessions of the E. oleifera, eleven E. guineensis var. tenera and twelve E. guineensis var. dura, maintained in the oil palm germplasm bank of Embrapa Western Amazon, Manaus – AM – Brazil. Of these accessions, nine were selected for germination tests and in vitro germplasm conservation under minimal growth regime, at low temperature and in the presence of osmotic regulators. For determination of nuclear DNA content, other ten samples were selected from the materials in the germplasm bank: three of Elaeis guineensis, five E. oleifera and two interspecific hybrids (OXG). The results obtained after analysis of the biometric parameters of the diaspores and kernels, showed differences between accessions of the same origin and differences between accessions from diverse populations maintained in the germplasm bank. The in vitro maintenance of oil palm plants on minimum growth, can be successfully accomplished at a temperature of 20°C, and the sucrose is the most effective carbohydrate source for maintaining the quality of preserved plants. In the measurement of DNA content in Elaeis, estimates indicate that, on average, the size of the genome of E. guineensis is 4,32 ± 0,173 pg, where as in E. oleifera is 4,43 ± 0,180 pg. This indicates that both genomes are similar in size and as expected, the size of the hybrid genome is approximately the average of the parental genomes, 4,40 ± 0,016 pg.

Com o objetivo de caracterizar novas variedades de citros existentes no banco ativo de Germoplasma (BAG-Citro) do Centro de Citricultura Sylvio Moreira - Cordeirópolis SP, foi verificado características dos frutos de três tangores e três tangelosa saber: tangor da India, tangor Santa Maria Madalena e tangor Ortanique e os tangelos Minneola, tangelo Samfison e o tangelo Seminoole. Os tangores foram comparados com o tangor Murcott que para o trabalho desenvolvido, é a variedade padrão, jáos tangelos foram comparados com o tangelo Orlando, como variedade padrão. De acordo com o experimento, os tangores e os tangelos não apresentaram características favoráveis para serem usados como copa no período de dois anos de estudo / Three types of tangors and three of tangelos, with potential commercial value, were analysed in regard to their fruit characteristics, under the climatic conditions of the Centro of Citriculture Sylvio Moreira (CCSM) – Instituto Agronômico, Campinas, (IAC) located in Cordeirópolis country, São Paulo State, Brazil. The analysed types (materiaIs) from nucellar origin, were: Índia, Santa Maria Madalena and Ortanique tangors and Minneola, Sampson and Seminole tangelos, selected among those existing in the active germoplasm bank of the CCSM. The plants were grafted on 'Cleopatra' mandarine and were 10 years old at the beginning of the evaIuation. The study was carried out during two years in a row, starting from July through September 1996 and from June through September 1997, being the analyses carried out approximately, bi-monthly. Studied, were the following characteristics of the fruits: height, diameter, height/diameter, weight, rind colour, morphology, soluble solids (brix), acidity, soluble solids relation: acidity (ratio), juice yield, technological index, seed number and pulp colour. This work made the, description of the fruit's characteristics from each type, possible. From the results obtained, the following conclusions could be drawn: The varieties that presented the highest medium values in fruit's size were the Sampson, Seminole and the Minneola tangelos. The highest medium values for fruti's weight were obtained with the Minneola and Sampson tangelo. Most of the varieties presented high juice's yie1d, above 50%, being the highest values of Minneola, Sampson, Seminole tangelos and for the Ortanique tango r. AlI the varieties presented high rate of seeds per fruit. The tangores and tangeIos studied, in a general way, were not suitable to be used as canopies in the period in which they studied

O objetivo principal deste trabalho foi a caracterização e quantificação da variabilidade isoenzimática observada no germoplasma de mandioca (M. esculenta) na agricultura autóctone do sul do estado de São Paulo. A técnica utilizada foi a de eletroforese de isoenzimas em gel de penetrose 30 à 13%. Foram determinados e estudados 12 locos isoenzimáticos, sendo 9 polimórficos, pertencentes a cinco sistemas: malato desidrogenase (MDH - E.C. 1.1.1.37), leucina aminopeptidase (LAP - E.C. 3.4.11.1), xiquimato desidrogenase (SKDH - E.C. 1.1.1.25), alfa-esterase (Alfa-EST - E.C. 3.1.1.1) e aspartato aminotransferase (AAT - E.C. 2.6.1.1). O sistema da peroxidase (PER - E. C. 1. 1 1 .1.7) foi descartado por não apresentar polimorfismo de bandas. O polimorfismo isoenzimático observado nas populações estudadas é função da distribuição geográfica, uma vez que as populações do Litoral sul de São Paulo apresentam maior variabilidade que as populações do Vale do Ribeira. Nas análises dos dados foram estimados os parâmetros de variabilidade entre e dentro de populações, índice de similaridade genética pelos métodos de"Simple Matching"e"Jaccard", obtendo feno gramas pelo método de agrupamento U.P.G.M.A. (Unweighted pair-group method average), entre outros. O sistema de agricultura autóctone praticado pelos agricultores das comunidades negras e caiçaras matem e amplifica o nível de variabilidade intraespecífica, através de processos de hibridação introgressiva, troca de material entre agricultores, fluxo gênico, recombinação, introdução de variedades novas e mutação. Entre as principais conclusões destacam-se as seguintes: Os parâmetros de heterozigosidade média estimados demostraram altos níveis de variação genética para as roças de mandioca (Ho=O,242), sendo superiores à média de dados observados na literatura (Ho=O,225). Os resultados mostraram maior grau de variabilidade dentro das roças, sendo a roça 1 (roça Pedrinhas-1) a mais polimórfica (75,0% de variabilidade ). A diversidade intraespecífica está diretamente relacionada com a estrutura sócio-cultural do local. As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos, sendo que a de número 27 (Gema de ovo) formou um único grupo. As etnovariedades pertencentes às populações do litoral apresentaram maior variabilidade do que as populações do vale. Nas análises dos dados foram estimados os parâmetros de variabilidade entre e dentro de populações, índice de similaridade genética pelos métodos de"Simple Matching"e"Jaccard", obtendo fonogramas pelo método de agrupamento U.P.G.M.A., entre outros. As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos. O sistema AAT mostrou-se um bom marcador bioquímico para a identificação das etnovariedades. Parâmetros heterozigosidade média estimados demonstraram altos níveis de variação genética para as roças de mandioca (Ho=0,242), sendo superiores ao da literatura (Ho=0,225). A diversidade intraespecífica está diretamente relacionada com a estrutura sócio-cultural-local . As etnovariedades foram agrupadas em quatro grupos fenéticos, sendo que a de número 27 (Gema de ovo) formou um único grupo. Dados de isoenzimas servem para auxiliar os melhoristas nas estratégias de melhoramento genético da mandioca nas roças de agricultura autóctone, no sentido de detectar a distribuição da variabilidade genética presente nas populações. / not available

Visando caracterizar e aglomerar variedades em grupos de diversidade, foram avaliadas as variações quantitativas nas proteínas de grão, separadas por SDS-PAGE entre 67 germoplasmas de arroz (Oryza sativa L.) (59 brasileiros e 8 japoneses). A avaliação quantitativa foi desenvolvida através de análise densitométrica dos padrões eletroforéticos. Os dados obtidos permitiram determinação de distância genética entre pares de variedades, utilizando-se a distância euclidiana média e a formação de 10 grupos de diversidade (método de Tocher) e um dendograma (método do vizinho mais próximo). Foi observado, que em termos gerais, o gradiente de diferenciação está relacionado com a procedência dos materiais e com o nível de melhoramento das variedades. A análise de função discriminante confirmou que é possível uma clara discriminação entre variedades brasileiras e japonesas. Entretanto, a diferenciação entre variedades melhoradas e não melhoradas não foi tão manifesta. As técnicas estatísticas aplicadas aos componentes proteicos mencionados indicam que o conhecimento das proteínas de semente permite a avaliação da afinidade genética entre variedades e facilita a formação de grupos de diversidade e a diferenciação entre variedades de backgrounds genéticos similares / Variation among 67 rice cultivars (Oryza sativa L.) was evaluted comparing their soluble grain proteins profiles on SDS-PAGE gels. The protein fractions were quantitatively analysed by densitometric scanning of the gels. Utilizations of this methodology allowed an evaluation of genetic distances among pairs of cultivars by estimation of the mean distances. Ten groups of diversity were formed by the Tocher's method of conglomeration analysis, which were confirmed by the dendrogram of afinity relations (single linkage method). In general, the results showed that differentiation grades were related to the origin of the materials and their level of improvement. Graphic analysis of discriminant function showed a clear discrimination between brazilian and japonese cultivars. However, differenciation between improved (M) and non improved (O) cultivars was not so clear, showing a transition range between them. Statistical techniques applied to protein components indicate that knowledge of seed proteins allows to evaluate the genetic affinity among varieties and enables to from diversity groups and to discriminate them with similar genetic backgroung