En los meses de febrero y marzo del 2012, se realizaron cruzamientos entre seis accesiones de yacón: Testigo, V4, V11, V18, V24 y V28, originarias del banco de germoplasma del Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA), mediante un diseño de cruzas dialélicas directas y recíprocas. A partir de estos cruzamientos se obtuvieron 162 semillas viables, de las cuales por medio de la técnica de mejoramiento genético de selección masal se escogieron 68, las cuales se germinaron y produjeron 834 plantas adultas. El objetivo del presente trabajo es caracterizar morfológicamente los parentales y las plantas obtenidas a partir de los cruzamientos dialélicos para identificar la diversidad obtenida y para confirmar la naturaleza híbrida de estas. Tres descriptores morfológicos de raíz fueron usados para caracterizar a los parentales y los 834 supuestos híbridos. Finalmente, se obtuvieron 44 híbridos, 8 plantas con hibridación no determinada al no identificar si existió cruza pero heredando solo los caracteres del progenitor femenino o son replicaciones de este, 9 plantas con un origen híbrido no específico al no poder determinarse si existió hibridación heredando caracteres compartidos por ambos progenitores o solo caracteres del progenitor femenino o no, 7 plantas cuyo progenitor masculino no es el correspondiente a la cruza, 2 replicaciones de 3 híbridos y 1 replicación de 1 de las 9 plantas con un origen híbrido no específico también presentan un progenitor masculino diferente al de su cruza. Se observó precocidad del parental V24, la pérdida del carácter de moteaduras irregulares púrpura rojizo (indicador de antocianinas) en las 44 plantas con parentales que presentaban este carácter y el bajo rendimiento de las plantas obtenidas a partir de los cruzamientos. Palabras clave: Hibrido, caracterización morfológica, germoplasma, diversidad genética, descriptor. / --- In the months of February and March 2012, crosses between six accessions of yacon germplasm were made: Testigo, V4, V11, V18, V24 and V28, originating from the National Institute of Agrarian Innovation (INIA), with a design of direct and reciprocal diallel crosses. From these crosses 162 viable seeds were obtained, which by means of the genetic improvement technique of mass selection were selected 68, which were germinated and grown producing 834 plants. The aim of this study is morphologically characterize parental and plants obtained from the diallel crosses to identify the variety obtained and to confirm the hybrid nature of these. Three root morphological descriptors were used to characterize the parental and 834 putative hybrids. Finally 44 hybrids were obtained, 8 plants with no specific hybridization to no identify if there was cross but inheriting only the characters of the female parent or are replications of this, 9 plants with a non-specific hybrid origin unable to determine whether there was hybridization inheriting shared characters by both parents or single characters of the female parent or not; 7 plants whose male parent is not corresponding to the cross, 2 replications of three hybrids and one replication 1 of 1 of 9 plants with a non-specific hybrid origin also presented a different male parent. The parental V24 showed precocity, the loss of irregular reddish purple specks (anthocyanins indicator) was observed in 44 plants with parental that has this character and the low yield of the plants obtained from crosses. Key words: Hybrid, morphological characterization, germplasm, genetic diversity, descriptor

195 native potato cultivars collected in Chahuaytire community and 246 native potatoes repatriated to Potato Park Communities Association (ACPDP) by the International Potato Center (CIP) were characterized using nine primer pairs that amplify the ten most polymorphic microsatellite loci from the potato genetic identification kit (STM0019, STPoAc58, STM0037, STM0030, STM1104, STM1052, STM1106, STM2013, STM2022), located in 9 of the 12 chromosomes of potato. The molecular characterization differentiated the 93.33% of the native potatoes from the Chahuaytire community and the 92.68% of repatriated native potatoes from CIP. 114 and 130 alleles and average diversity index between 0.762 and 0.776 were obtained in the Chahuaytire community and the repatriated potatoes, respectively. The clustering of potato cultivars was performed using the UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) method applied to similarity matrix obtained with Jaccard coefficient. Clustering analysis revealed that no differentiation according to origin was found. Similarly, Analysis of Molecular Variance (AMOVA) revealed that the molecular variation between evaluated groups was 0.73% (p- value=0.05), indicating a basically similar genetic constitution between both groups. The main source of molecular variation, 99.27% (p-value=0.05), was found within the native potatoes inside groups. However, the finding of 6 private alleles in the native potatoes from Chahuaytire suggests that some genetic diversity maintained in the Chahuaytire native potatoes is not represented in the 246 repatriated potatoes from CIP.

Determinar la característica morfológica, diversidad genética y actividad invertasa de los aislamientos nativos de Aspergillus sp. de las zonas de La Libertad, Ica, Lima y Junín. Métodos: Investigación es descriptiva, de tipo básica y transversal. Se aislaron especies del género Aspergillus sp, que fueron descritos morfológica y molecularmente. Él estudió de diversidad genética se utilizó la técnica de RAPD-ISSR en 79 aislamientos de Aspergillus sp, donde se construyó dendogramas, utilizando el coeficiente de Jaccard y el algoritmo UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic Average). La estructura genética se estimó con el análisis molecular de variancia (AMOVA) y la diversidad mediante los índices de Shannon y Nei. Para la actividad invertasa se utilizó el método de 3,5-ácidodinitrosalicílico. Resultados: Se identificaron 11 especies del género Aspergillus sp. La diversidad genética del género Aspergillus sp, mostró 23 grupos genéticos y 15 para A.niger. Siendo La Libertad más diversa con un índice de Shannon (0.2745) y respecto al grupo de A. niger , Ica y Lima la zonas más diversa, con un índice de Shannon (0.2754). Estas zonas presentan alta variabilidad, y según el AMOVA realizado: 81% entre accesiones por zona y solo 19% entre zonas. Finalmente con el método de 3,5-ácidodinitrosalicilico, 10 especies fueron consideradas con alta actividad invertasa. Conclusión: Existe más de un grupo genético de especies de Aspergillus sp en la zonas estudiadas, siendo predominante A. niger y más diversa en la zonas de Ica y Lima, mostrando un alto potencial de uso, para la producción de invertasa. / Tesis

RESUMEN En el contexto del programa de mejora genética que se lleva a cabo en el IVIA, en esta tesis se han desarrollado una serie de herramientas que implementen el programa y permitan aumentar la eficacia del mismo. En primer lugar, se ha estudiado la diversidad genética de la colección de germoplasma del IVIA, por medio de marcadores moleculares tipo microsatélites, ya que los recursos fitogenéticos son la principal herramienta de la mejora. Combinando 3 tipos de análisis: Análisis Factorial de Correspondencia, método de agrupamiento Bayesiano y UPGMA se ha determinado la estructura poblacional de la colección. Se han obtenido 5 subpoblaciones relacionadas con los orígenes de las accesiones. Las distancias genéticas obtenidas y los análisis de agrupación sugieren que las accesiones introducidas en la cuenca mediterránea procederían de Asia. Por otra parte, se han obtenido 3 subpoblaciones formadas por accesiones de origen europeo que demuestran la alta diversificación varietal y la adaptación de la especie en los países mediterráneos a pesar de su tardía introducción en Europa. También el análisis de los alelos de compatibilidad ha aportado información sobre el movimiento de germoplasma y ha contribuido a conocer los grupos de intercompatibilidad dentro de la colección. La información genética generada complementa la fenotípica obtenida previamente por el IVIA y será de gran ayuda en la planificación de los futuros cruzamientos del programa. Otra herramienta biotecnológica para implementar el programa de mejora ha sido la puesta a punto de técnicas para aumentar la diversidad basada en genotipos con diferentes niveles de ploidía. Por una parte, se ha utilizado la mutagénesis química con colchicina y posterior selección in vitro con el objetivo de obtener poliploides, de gran interés en níspero, ya que puede dar lugar a variedades con frutos de mayor tamaño (tetraploides) o frutos sin semilla (triploides). Se obtuvieron poliploides estables sumergiendo las semillas sin germinar en una solución de colchicina, dos triploides (3x) posiblemente ya presentes en el lote de semilla híbrida de partida, y un tetraploide (4x). El nivel de ploidía se determinó primero mediante citometría de flujo, y los resultados se confirmaron posteriormente por conteo cromosómico en hoja, ápice radicular, y evaluación morfológica. Por otro lado, con la finalidad de obtener haploides y doble-haploides (DH), se ha estudiado la capacidad de inducción de embriogénesis gametofítica en ambos tipos de gametos, masculinos (cultivo de microsporas aisladas y anteras) y femeninos (partenogénesis in situ inducida por polen irradiado). La producción de líneas puras mediante técnicas biotecnológicas en una única generación, es especialmente útil en especies de largo periodo intergeneracional como el níspero. Los genotipos haploides permiten obtener individuos homocigotos en un solo paso, facilitan estudios genéticos, alineamiento de secuencias y explotar el vigor híbrido. En los experimentos de cultivo de microsporas aisladas se consiguió inducir callogénesis en diversas accesiones de la especie, siendo el primer paso hacia la respuesta morfogénica. El cultivo de anteras ha dado lugar a una plántula triploide (3x), posiblemente debido a una duplicación cromosómica espontánea durante el proceso de regeneración, y ha permitido demostrar que es posible la inducción de embriogénesis en níspero aunque hay muchos factores que influyen en la respuesta. Mediante partenogénesis in situ con polen irradiado con rayos gamma, y posterior rescate y cultivo de embriones in vitro ha sido posible obtener cuatro plantas haploides. El nivel de ploidía se determinó primero mediante citometría de flujo, los resultados se confirmaron posteriormente por conteo cromosómico en hoja. / Blasco Villarroya, M. (2014). Desarrollo de métodos biotecnológicos aplicados a la mejora genética del níspero japonés (Eriobotrya japonica (Thunb.) Lindl.) [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/48480 / TESIS

Xanthomonas arboricola pv. pruni is the causal agent of the bacterial spot disease of stone fruits, almond and ornamental species of Prunus. This pathogen constitutes one of the major threats to this group of species due to the economic losses it generates, and it is therefore considered as a quarantine organism in the European Union (EU). Recently, several outbreaks of the disease have been described in EU countries including Spain, where this pathogen has been detected in seven regions. Given the importance of this emerging disease and the lack of information about it, several aspects related to its diagnosis and epidemiology have been addressed in this work. Additionally, taxonomic characterization of three atypical Xanthomonas strains isolated from nectarines, causing similar symptoms to those produced by X. arboricola pv. pruni, have also been performed. First, a prototype of lateral flow immunoassay has been designed for the diagnosis of bacterial spot disease. It was developed by producing two polyclonal antibodies which were then combined with carbon nanoparticles and assembled on nitrocellulose strips. The specificity of the immunoassay was tested, obtaining a positive result with all the strains of X. arboricola pv. pruni analyzed. The limit of detection observed was 104 CFU/ml, which is sufficient for the detection of this pathogen in symptomatic samples. To demonstrate the accuracy and the reliability of the immunoassay, the prototype developed was used in the analysis of naturally infected field samples and healthy samples. Results were compared to those obtained by plate isolation and real time PCR, and a high correlation among techniques was observed. In a second step, as X. arboricola pv. pruni was first detected in Spain in 2002, and in subsequent years several outbreaks have occurred in 11 provinces, it was considered of interest to study the relationships between a collection of 239 Spanish strains of this pathogen originated from nurseries, orchards and interceptions with the technique of the Multilocus Variable Number of Tandem Repeat Analysis (MLVA). This method confirmed its high discriminatory power and the strains were grouped in 18 genetic clusters. The results obtained suggest multiple introductions of X. arboricola pv. pruni in Spain, and the leading role of the nurseries in the introduction and dissemination of this pathogen through the commercialization of contaminated plant propagation material. Finally, three strains isolated from nectarines in Murcia showing similar symptoms to those produced by X. arboricola pv. pruni, were analyzed using both phenotypic and molecular methods. The first results of biochemical tests and PCR were negative for this pathogen. Therefore, these isolates have been subjected to a taxonomic characterization through a polyphasic approach, comparing them with reference strains of other Xanthomonas species. Additionally, inoculations on peach plants demonstrated the pathogenicity of the three strains. The results obtained confirmed that these strains constitute a new species of the genus Xanthomonas, for which the name Xanthomonas prunicola has been proposed, and its main differential characteristics from the other species of this genus have been defined. Overall, the studies collected in this thesis provide a rapid method for on-site diagnosis of the bacterial spot disease, a deeper knowledge of the genetic diversity of the Spanish strains of X. arboricola pv. pruni and the development of a new methodology for its evaluation, as well as the description of a new Xanthomonas species that affects nectarine. / Xanthomonas arboricola pv. pruni es el agente causal de la mancha bacteriana de los frutales de hueso, el almendro y especies ornamentales del género Prunus. Este patógeno constituye una de las mayores amenazas para estas especies debido a las pérdidas económicas que genera, por lo que está considerado como un organismo de cuarentena en la Unión Europea (UE). Se han descrito numerosos brotes en países miembros de la UE en los últimos años y entre ellos en España, donde ha sido detectada la bacteria en siete Comunidades Autónomas. Ante la importancia de esta enfermedad emergente y la carencia de información sobre la misma, en este trabajo se han abordado aspectos relacionados con su diagnóstico y epidemiología que permitirán ampliar nuestro conocimiento sobre ella. Además, también se ha realizado la caracterización taxonómica de tres cepas atípicas de Xanthomonas aisladas de nectarino, que causan síntomas similares a los producidos por X. arboricola pv. pruni. En primer lugar, se ha desarrollado un prototipo de tiras inmunológicas de flujo lateral para el diagnóstico de la mancha bacteriana. Para su diseño, se partió de dos anticuerpos policlonales que se combinaron con nanopartículas de carbono y se ensamblaron en membranas de nitrocelulosa. Se analizó la especificidad de las tiras, obteniendo resultado positivo con todas las cepas de X. arboricola pv. pruni ensayadas. El límite de detección obtenido con las tiras de flujo lateral fue de 104 UFC/ml, que es suficiente para la detección de esta bacteria en muestras sintomáticas. Para comprobar su fiabilidad y precisión, el prototipo desarrollado se utilizó en el análisis de muestras de campo naturalmente infectadas y muestras sanas, y los resultados se compararon con los obtenidos en el aislamiento en medio de cultivo y los de PCR en tiempo real, observándose una elevada correlación entre las tres técnicas. En segundo lugar, como X. arboricola pv. pruni se detectó por primera vez en España en 2002, y desde entonces se han producido brotes de la enfermedad en 11 provincias, se consideró de interés estudiar las relaciones existentes entre una colección de 239 cepas españolas de esta bacteria procedentes de viveros, plantaciones e intercepciones, con la técnica del "Multilocus Variable Number of Tandem Repeat Analysis" (MLVA). Se demostró su gran poder de resolución ya que permitió clasificar las cepas en 18 grupos genéticos. Los resultados obtenidos sugieren que en España se han producido múltiples introducciones de la bacteria, y que los viveros han jugado un papel importante en la introducción y diseminación del patógeno a través de la comercialización de material vegetal contaminado. Por último, se analizaron fenotípica y molecularmente tres cepas aisladas en nectarinos de la provincia de Murcia, que mostraban síntomas similares a los causados por X. arboricola pv. pruni. Los primeros análisis basados en test bioquímicos y PCR resultaron negativos para este patógeno. Por tanto, se ha llevado a cabo la caracterización taxonómica de dichos aislados a través de un estudio polifásico, comparándolos con cepas de referencia de otras especies de Xanthomonas. Además, se realizaron inoculaciones que confirmaron la patogenicidad de las cepas. Los resultados obtenidos han permitido clasificar estas cepas como una nueva especie del género Xanthomonas, para la que se ha propuesto el nombre de Xanthomonas prunicola y para la que se han definido sus características diferenciales de las otras especies de este género. Los trabajos presentados en esta memoria han aportado un nuevo método rápido de diagnóstico in situ de la mancha bacteriana, el desarrollo una nueva metodología para la evaluación de la diversidad genética de una selección de cepas españolas de X. arboricola pv. pruni, así como la descripción de una nueva especie de Xanthomonas que afecta a nectarino. / Xanthomonas arboricola pv. pruni és l'agent causal de la taca bacteriana dels fruiters d'os, l'ametler i espècies ornamentals del gènere Prunus. Aquest patogen constitueix una de les majors amenaces per a aquestes espècies a causa de les pèrdues econòmiques que genera, per la qual cosa està considerat com un organisme de quarantena en la Unió Europea (UE). S'han descrit nombrosos brots en països membres de la UE en els últims anys i entre ells a Espanya, on ha sigut detectat el bacteri en set Comunitats Autònomes. Davant la importància d'aquesta malaltia emergent i la manca d'informació sobre aquest tema, en aquest treball s¿han abordat aspectos relacionats amb el seu diagnòstic i epidemiologia que permetran ampliar el nostre coneixement sobre ella. A més, també s'ha realitzat la caracterització taxonòmica de tres ceps atípics de Xanthomonas aïllats de nectariner, que causen símptomes similars als produïts per X. arboricola pv. pruni. En primer lloc, s'ha desenvolupat un prototip de tires immunològiques de flux lateral per al diagnòstic de la taca bacteriana. Per al seu disseny, es va partir de dos anticossos policlonals que es van combinar amb nanopartícules de carboni i es van assemblar en membranes de nitrocel¿lulosa. Es va analitzar l'especificitat de les tires obtenint resultat positiu amb tots els ceps de X. arboricola pv. pruni assajats. El límit de detecció obtingut amb les tires de flux lateral va ser de 104 UFC/ml, que és suficient per a la detecció d'aquest bacteri en mostres amb símptomes de la malaltia. Per a comprovar la seua fiabilitat i precisió, el prototip desenvolupat es va utilitzar en l'anàlisi de mostres de camp naturalment infectades i mostres sanes, i els resultats es van comparar amb els obtinguts en l'aïllament en medi de cultiu i els de PCR en temps real, observant-se una elevada correlació entre les tres tècniques. En segon lloc, com que X. arboricola pv. pruni es va detectar per primera vegada a Espanya en 2002, i des de llavors s¿han produït brots de la malaltia en 11 províncies, es va considerar d'interès estudiar les relacions existents entre una col¿lecció de 239 ceps espanyols d'aquest bacteri procedents de vivers, plantacions i intercepcions amb la tècnica del "Multilocus Variable Number of Tandem Repeat Analysis" (MLVA). Es va demostrar el seu gran poder de resolució ja que va permetre classificar els ceps en 18 grups genètics. Els resultats obtinguts suggereixen que a Espanya s'han produït múltiples introduccions del bacteri, i que els vivers han jugat un paper important en la introducció i disseminació del patogen a través de material vegetal contaminat. Finalment, es van analitzar fenotípicament i molecularment tres ceps aïllats en nectariners de la província de Múrcia, que mostraven símptomes similars als causats per X. arboricola pv. pruni. Les primeres anàlisis basades en test bioquímics i PCR van resultar negatius per a aquest patogen. Per tant, s'ha dut a terme la caracterització taxonòmica de dits aïllats a través d'un estudi polifàsic, comparant aquests amb ceps de referència d'altres espècies de Xanthomonas. A més, es van realitzar inoculacions que van confirmar la patogenicitat dels ceps. Els resultats obtinguts han permés classificar aquests ceps com una nova espècie del gènere Xanthomonas, per a la qual s'ha proposat el nom de Xanthomonas prunicola, i per a la que s'han definit les seues característiques diferencials de les altres espècies d'aquest génere. Els treballs presentats en aquesta memoria han aportat un nou mètode ràpid de diagnòstic in situ de la taca bacteriana, el desenvolupament d'una nova metodologia per a l'avaluació de la diversitat genètica d'una selecció de ceps espanyols de X. arboricola pv. pruni, així com la descripció d'una nova espècie de Xanthomonas que afecta al nectariner. / López Soriano, P. (2017). Especies de Xanthomonas causantes de enfermedades en frutales de hueso y almendro: diagnóstico, diversidad genética y taxonomía [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/86200 / TESIS

El aislamiento genético debido a la fragmentación del hábitat y a la consecuente pérdida de conectividad del paisaje es considerado como la mayor amenaza para la conservación de los grandes carnívoros, como es el caso del puma (Puma concolor). Debido a sus características biológicas, los mamíferos carnívoros son particularmente vulnerables a la pérdida y fragmentación del hábitat, como también a la persecución humana. Los ecosistemas argentinos han sido fuertemente modificados en las últimas décadas por la expansión de las actividades humanas y, aunque en el país el puma está protegido por la Ley Nacional N° 22.421, la especie se encuentra sometida a una alta presión de caza debido al creciente conflicto con la ganadería. Enfocado en la conectividad funcional a nivel de paisaje, este estudio representa la primera evaluación de la genética de poblaciones de puma en Argentina. A partir del uso combinando de muestras invasivas y no invasivas, se propuso analizar la estructura poblacional y la distribución espacial de la diversidad de este felino a través el genotipado de marcadores microsatélites específicos. Además, la inclusión de provincias con diferente tipo de manejo permitió evaluar el efecto de la presión de la caza legal sobre la estructura genética de las poblaciones. Se analizó un total de 401 muestras (180 cueros, 117 huesos, 61 heces y 43 músculos) en total, correspondientes a un período entre 1925-2018. La amplificación de 25 loci de microsatélites permitió la obtención de 199 genotipos individuales, siendo los cueros y músculos las tipologías de muestra con el éxito de genotipado mayor (70 y 67 %, respectivamente) y los huesos con el menor (30,8 %). Todos los marcadores resultaron polimórficos con un número promedio de alelos por locus de 8,2 (min: 4, máx: 14). Los análisis de estructuración poblacional sugieren la presencia de 4 grupos (clusters) genéticamente distintos. La diversidad genética general resultó ser moderada (heterocigosidad esperada He= 0,722) y heterogéneamente distribuida a lo largo del área de estudio, identificándose los mayores valores en el centro-norte y los menores en el sur y el este del país. El flujo de genes entre clusters resultó ser limitado y variable (0,6-16,2 % por generación), soportando la agrupación definida anteriormente. En general las poblaciones de puma de Argentina resultaron genéticamente empobrecidas, evidenciando indicios de cuello de botella. El tamaño poblacional efectivo resultó, en la mayoría de los casos, inferior al valor mínimo para prevenir la pérdida de diversidad genética por endogamia. En efecto, todas las poblaciones resultaron moderadamente endogámicas (Fis= 0,10- 0,39). Debido a que la mayoría de los sitios de muestreo están conectados por un paisaje permeable a los movimientos de los pumas, la existencia de una estructuración espacial marcada para P. concolor pareciera estar fuertemente asociada con la persecución humana, evidenciándose una tendencia decreciente de flujo génico, al aumentar la presión de caza. Trabajos futuros deberían explorar aspectos demográficos de estas poblaciones, e identificar los factores que limitan su conectividad para que, de esta forma, se puedan generar estrategias que garanticen su viabilidad y la conservación de la especie. / Genetic isolation due to habitat fragmentation and the consequent loss of landscape connectivity represents the main threat to the conservation of large carnivores, such as puma (Puma concolor). Due to their biological traits, carnivores are particularly vulnerable to habitat loss and fragmentation, as well as human persecution. During the last decades, Argentine ecosystems have been highly modified by the expansion of human activities. Although the National Law N° 22.421 protects pumas in Argentina, the species is under high hunting pressure due to the increasing conflict with livestock. Focused on functional connectivity at landscape level, this study represents the first evaluation of puma population genetics in Argentina. The study, based on the combined use of invasive and non-invasive samples, aims to analyze the population structure and spatial distribution of its diversity genotyping specific microsatellite markers. Moreover, the involvement of many provinces with different kind of management for the species enabled the assessment of legal hunting pressure effect on population genetics. A total of 401 samples (180 skins, 117 bones, 61 scats and 43 muscles) were analyzed, corresponding to the period between years 1925-2018. The amplification of 25 microsatellite loci resulted in 199 individual genotypes, where skin and muscle samples showed the highest genotyping success (70 and 67 %, respectively), and bone samples the lowest (30.8 %). All markers were polymorphic with an average number of alleles per locus of 8.2 (min: 4, max: 14). Population structure analyses suggest the presence of four genetically distinct groups (clusters). The overall genetic diversity is quite high (expected heterozygosity He= 0.722) and not evenly distributed across the study area, identifying the highest values in the center-north and the lowest in the south and east of the country. Gene flow estimations were low and variable between clusters (0.6-16.2 % per generation), supporting the grouping defined above. Puma populations in Argentina are genetically depauperated, expressing evidences of bottleneck events. The effective population size was in most of the cases less than the minimum value to prevent the loss of genetic diversity due to inbreeding. In fact, all populations were moderately inbred (Fis= 0.10-0.39). Since almost all sampling sites are connected through a landscape permeable to puma’s movements, the strong spatial structure of P. concolor in Argentina would appear to be highly related to human persecution, evidencing a gene flow pattern decreasing as hunting pressure increases. Future work should explore demographic aspects of these populations, and identify the factors that limit their connectivity, in order to generate plans that guarantee their viability and the conservation of the species. / TEXTO PARCIAL en período de teletrabajo

En este trabajo de Tesis se evalúo de manera extensiva la diversidad genética presente en los maíces nativos de Latinoamérica, combinando datos fenotípicos y genotípicos, con dos propósitos diferentes. El primero, un estudio donde la diversidad genética, las relaciones interpoblacionales y la estructura poblacional de los materiales nativos permitieron ligar aspectos históricos, antropológicos y arqueológicos del maíz para crear una historia consolidada de la migración del maíz desde su centro de origen en Mesoamérica hacia el Caribe y Sudamérica. El segundo, es explorado el potencial de las razas de maíz para proporcionar nuevos alelos favorables para mejoramiento. La evaluación fenotípica y genotípica conjunta de accesiones del Banco de Germoplasma con material mejorado por CIMMYT permitió identificar fuentes de variación alélica importante para algunos caracteres de interés como tolerancia a la sequía. La caracterización de la diversidad genética de los materiales nativos para la conservación y explotación con fines de mejoramiento es un enfoque muy prometedor en particular con el desarrollo constante de nuevas herramientas genéticas. / In this thesis work, the genetic diversity of Latin American maize landraces was evaluated extensively combining phenotypic and genotypic data, for two different purposes. First, to study the genetic diversity, relationships, and population structure of native materials allowing the linkage of historical, anthropological and archaeological data to create a consolidated history of maize migration from its origin center in Mesoamerica towards The Caribbean and South America. Second, to explore the potential of maize landraces to provide new elite alleles for breeding, the phenotypic and genotypic characterization of gene bank accessions compared to improved material from CIMMYT allowed the identification of important sources of allelic variation for traits of interest including drought tolerance. The characterization of native genetic diversity for conservation and exploitation towards breeding is a very promising approach, especially considering on going development of new genetic tools and methodologies

Las plantas acuáticas del género Ruppia habitan lagunas costeras, salinas, humedales y aguas salinas interiores, jugando un papel ecológico clave. Estos sistemas se caracterizan por variaciones extremas de las condiciones ambientales tales como salinidad, temperatura e inundación. La compleja historia evolutiva del género Ruppia ha dificultado la delimitación de especies en el género. Estas especies han desarrollado una gran diversidad de estrategias biológicas para sobrevivir en estos ambientes extremos, tales como ciclos de vida anuales y perennes, reproducción sexual y propagación vegetativa, estrategias de polinización epihidrófila e hidroautogámica, así como autofecundación y fecundación cruzada. Además, existen diferentes vectores que pueden facilitar el flujo de genes entre las poblaciones, incluyendo corrientes marinas, aves acuáticas y peces. Estas características biológicas de Ruppia tienen una influencia importante en sus patrones de especiación, diversidad genotípica y genética, y su estructura poblacional. Por lo tanto, los análisis genéticos proporcionan información importante para delimitar especies y taxones dentro de este género, evaluar la diversidad e identificar procesos y flujos que actúan a distintas escalas temporales y espaciales. Los objetivos principales de esta tesis son: inferir los procesos evolutivos y biológicos de especiación y diversificación, y evaluar la prevalencia y estructura poblacional de especies Europeas del género Ruppia. Esta tesis se centra principalmente en las zonas costeras de la Península Ibérica, debido a la alta diversidad de especies de Ruppia registradas en esta zona geográfica, y al hecho de que en muchas ocasiones es posible encontrar poblaciones de diferentes especies en simpatría. Para alcanzar estos objetivos, en el Capítulo I, se desarrollaron y validaron diez nuevos marcadores moleculares polimórficos (es decir, microsatélites) para Ruppia cirrhosa. Adicionalmente se obtuvo amplificación cruzada con otros dos microsatélites descritos anteriormente para R. maritima. Estas herramientas moleculares son importantes para el estudio de plantas clonales y se han utilizado junto con secuencias nucleares y del cloroplasto en los siguientes capítulos. En el Capítulo II, se estudió la sistemática del género Ruppia en Iberia considerando criterios morfológicos, marcadores nucleares altamente variables (microsatélites) y secuencias nucleares (ITS) y del cloroplasto (psbA-trnH). Al realizar la filogenia utilizando marcadores con diferentes tiempos de mutación y mecanismos hereditarios, pudo identificarse el importante papel de la hibridación y la introgresión en la historia evolutiva de este género. De las tres especies tradicionalmente descritas en la Península Ibérica, se observó que R. drepanensis y R. cirrhosa se situaron en el mismo clado filogenético tanto para los marcadores nucleares como para los cloroplastos, por lo que pueden considerarse especies hermanas. R. maritima está incluida en un clado más distante filogenéticamente, apoyado por ambos marcadores. Además, dos nuevas entidades genéticas fueron identificadas, R. cf. maritima y "R. híbrido", las cuales mostraron algunas incongruencias entre los árboles filogenéticos del núcleo y del cloroplasto, así como una combinación de alelos de microsatélites que sugieren la existencia de efectos de hibridación y/o introgresión. En el Capítulo III, mediante el estudio de microsatélites en diferentes poblaciones de R. cirrhosa de la Península Ibérica y Sicilia, se detectó una fuerte estructura genética poblacional. En términos generales, se registró un bajo nivel de flujo génico, el cual fue más importante entre poblaciones geográficamente cercanas o ubicadas en el mismo cuerpo hidrológico. Además, se evaluaron diferentes hipótesis para explicar la conectividad entre las poblaciones a través de correlaciones entre distancias geográficas y genéticas, sugiriendo que el vector de dispersión más probable entre las poblaciones de R. cirrhosa en la Península Ibérica son las aves acuáticas. Al compilar los resultados del Capítulo II y el Capítulo III, se evaluaron los efectos de diferentes estrategias reproductivas sobre la diversidad genotípica y genética de Ruppia. Todas las entidades genéticas mostraron elevadas tasas de reproducción sexual. En R. cirrhosa, los mayores índices de reproducción sexual se detectaron en los hábitats más inestables hidrológicamente. Estas perturbaciones podrían promover la germinación y el establecimiento de semillas por una baja competencia interespecífica por el espacio, la luz y otros recursos existentes en praderas menos densas. Los mayores valores de diversidad genética detectados en los epihidrófilos R. drepanensis, R. cirrhosa y probablemente en “R. híbrido” (ésto no se ha confirmado) que en la hidroautogámica Ruppia cf. maritima, sugieren una fuerte influencia del modelo de polinización sobre los patrones de diversidad genética. En el Capítulo IV, R. maritima fue identificada por primera vez en Cabo Verde (Isla de Santiago) a partir de análisis morfológicos y filogenéticos. Esta información amplía la distribución geográfica de esta especie al África Occidental.

Las variedades tradicionales de tomate son apreciadas por los consumidores, que están dispuestos a pagar mayores precios por recuperar el sabor del tomate. Este interés ha propiciado que los estudios referentes a estos materiales se hayan multiplicado durante los últimos años, aunque normalmente se ciñen a pocas variedades, pocas poblaciones por variedad, o a aspectos muy concretos de sus características. El presente trabajo aborda una caracterización de variedades tradicionales del levante español que permita reunir e integrar los resultados de caracterización morfo-agronómica, organoléptica, funcional y molecular, en un intento de poner en valor estos importantes recursos fitogenéticos. Dentro de las poblaciones de las variedades tradicionales evaluadas se han observado niveles elevados de variación en características morfo-agronómicas y funcionales. Dicha variación puede deberse a factores micro-ambientales o diferencias genotípicas, puesto que se trata de variedades población. No obstante, las diferencias observadas en los niveles de variación respecto a híbridos F1 empleados como control, sugiere que las diferencias genotípicas entre individuos no serían tan importantes como cabría pensar. La variación detectada entre poblaciones de la misma variedad es, en general, mayor en todos los niveles (morfo-agronómico, organoléptico, funcional y molecular). Aunque parece existir una cierta tendencia en el perfil organoléptico, funcional y morfológico para cada variedad, lo cierto es que los rangos de variación de estos perfiles entre distintas variedades se solapan. La selección diferencial realizada por cada agricultor dentro de variedad podría ser una de las principales causas de la elevada variabilidad detectada. A ésta se añade los efectos de la mezcla de semillas y los cruzamientos espontáneos que se han evidenciado en la evaluación de los materiales (tanto por segregación morfo-agronómica como por los niveles de heterocigosidad observada en algunas poblaciones). De esta forma, tras estos sucesos el agricultor aplicaría una elevada presión de selección para recuperar las características básicas externas de la variedad, pero la variación se mantendría, especialmente, en los caracteres internos. La elevada variabilidad entre las poblaciones de una misma variedad presenta varios problemas a la hora de abordar la promoción de su cultivo y su conservación in situ. Por un lado, la existencia de tanta variación complica que los consumidores asocien un morfotipo muy definido con un elevado estándar de calidad. Además, la falta de un ideotipo claro y relativamente uniforme, dificulta el registro de los materiales como variedades de conservación. Por otro lado, no todas las poblaciones de una variedad aglutinan una morfología y estructura del fruto adecuada, representativa de la variedad y que además manifieste el mejor sabor posible. Por ello, es conveniente llevar a cabo programas de depuración varietal en los que se realicen selecciones de las mejores poblaciones que reúnan las mejores características. Por otro lado, también sería recomendable realizar selecciones dentro de población en los casos en los que la variación intra-poblacional sea excesiva. En ocasiones, y de forma complementaria, podría contemplarse la introgresión de genes de resistencia a virosis en variedades tradicionales, como medida necesaria en aquellas zonas especialmente afectadas por determinadas enfermedades. De forma adicional, considerando el creciente interés por los alimentos saludables, la detección de variedades o poblaciones dentro de variedad que destaquen por un elevado valor funcional, puede contribuir a identificar un valor añadido que permita valorizar estas variedades tradicionales. En este contexto, se han encontrado poblaciones con niveles de vitamina C próximos a los mostrados por cultivares “Double Rich”, de licopeno dentro del rango de variación mostrado por cultivares “high pigment” y de β-caroteno comparables a los mejores resultados obtenidos en cultivares “high pigment”. Estos materiales resultan potencialmente útiles como fuentes de variación o pueden ser directamente aprovechables para ser reintroducidos en el mercado con un valor añadido contrastado. Aunque se ha encontrado variación para el contenido en polifenoles totales, éstos han sido intermedios. Finalmente, a la hora de realizar una adecuada identificación del ideotipo varietal, de depurar una variedad descartando poblaciones, de acelerar programas de introgresión de genes o simplemente para defender los mercados de calidad frente a fraudes que pretendan aprovechar los diferenciales de precio de las variedades tradicionales, es necesario contar con herramientas de caracterización molecular eficientes. En este trabajo se ha seleccionado y comprobado la efectividad de una colección de marcadores SNP para caracterizar variedades tradicionales de tomate y se han obtenido huellas moleculares para las variedades: “Centenares”, “Cuarenteno”, “De la pera”, “De pera”, “Flor de baladre”, “Gordo rojo”, “Moruno”, “Muchamiel”, “Negre”, “Pimiento”, “Valenciano” y “Tomaca gallega”. La tipificación varietal, la identificación de un valor añadido en las características organolépticas y funcionales de estos materiales, y la detección de perfiles moleculares que permitan autentificarlos, son elementos clave y necesarios para asegurar la protección de estos recursos genéticos. Estas actividades contribuirán a consolidar los mercados de calidad, satisfaciendo las demandas de los consumidores, y ofreciendo una alternativa de cultivo rentable a agricultores en sistemas minifundistas. / Cortés Olmos, C. (2015). Puesta en valor de variedades tradicionales de tomate [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/48532 / TESIS

En este trabajo de Tesis se evalúo de manera extensiva la diversidad genética presente en los maíces nativos de Latinoamérica, combinando datos fenotípicos y genotípicos, con dos propósitos diferentes. El primero, un estudio donde la diversidad genética, las relaciones interpoblacionales y la estructura poblacional de los materiales nativos permitieron ligar aspectos históricos, antropológicos y arqueológicos del maíz para crear una historia consolidada de la migración del maíz desde su centro de origen en Mesoamérica hacia el Caribe y Sudamérica. El segundo, es explorado el potencial de las razas de maíz para proporcionar nuevos alelos favorables para mejoramiento. La evaluación fenotípica y genotípica conjunta de accesiones del Banco de Germoplasma con material mejorado por CIMMYT permitió identificar fuentes de variación alélica importante para algunos caracteres de interés como tolerancia a la sequía. La caracterización de la diversidad genética de los materiales nativos para la conservación y explotación con fines de mejoramiento es un enfoque muy prometedor en particular con el desarrollo constante de nuevas herramientas genéticas. / In this thesis work, the genetic diversity of Latin American maize landraces was evaluated extensively combining phenotypic and genotypic data, for two different purposes. First, to study the genetic diversity, relationships, and population structure of native materials allowing the linkage of historical, anthropological and archaeological data to create a consolidated history of maize migration from its origin center in Mesoamerica towards The Caribbean and South America. Second, to explore the potential of maize landraces to provide new elite alleles for breeding, the phenotypic and genotypic characterization of gene bank accessions compared to improved material from CIMMYT allowed the identification of important sources of allelic variation for traits of interest including drought tolerance. The characterization of native genetic diversity for conservation and exploitation towards breeding is a very promising approach, especially considering on going development of new genetic tools and methodologies