Un requisito básico para cualquier programa de mejoramiento basado en la selección asistida por marcadores (MAS) es contar con un adecuado número de marcadores polimórficos. Entre toda la variedad de marcadores moleculares disponibles, los microsatélites, unidades cortas de entre 1 y 6 bp repetidas en tándem, ofrecen apreciables ventajas. Ser una técnica basada en el PCR, necesitar pequeñas cantidades de DNA y su naturaleza codominante, han hecho de ellos una herramienta muy popular en trabajos de investigación en animales y plantas. Pese a la importancia del camote (Ipomoea batatas L.) en el mundo, sólo un pequeño número de marcadores microsatélites están disponibles para este cultivo. Con el objetivo de generar mayor cantidad de microsatélites en el presente trabajo se construyeron dos librerías genómicas utilizando el DNA del cultivar africano “Tanzanía”. La búsqueda se basó en hallar microsatélites trinucleótidos, los cuales cuentan con la particularidad de reducir considerablemente la presencia de “bandas tartamudas” en comparación con los microsatélites dinucleótidos. El enriquecimiento de las librerías genómicas alcanzó el 1.59 % de un total de 2900 colonias evaluadas por diferentes métodos de selección, como White/blue, Colony lift y Southern blot. Quince pares de iniciadores fueron diseñados y ocho de ellos mostraron polimorfismo en un total de once accesiones de camote, provenientes de diversos lugares del mundo, mantenidas en el banco de germoplasma del Centro Internacional de la Papa (CIP). / --- A basic requisite for any breeding program based in marker-assisted selection (MAS) is counting with a suitable number of polymorphic markers. Among the large variety of molecular markers available, microsatellites, short tandem repeat units of between 1 and 6 bp in length, offer appreciable advantages. Being a PCR-based technique, requiring only small amounts of DNA and their co-dominant nature have made them a very popular tool in animal and plant studies. Despite the importance of sweetpotato (Ipomoea batatas L.) in the world, only a small set of microsatellite markers are available for this crop. Aiming to generate a large number of SSR markers in sweetpotato, two genomic libraries have been constructed using DNA of an african sweetpotato cultivar "Tanzania". In order to look for tri-nucleotide microsatellites, which frequently produce fewer “stutter bands” as compared to di-nucleotide microsatellites. The enrichment of genomic libraries achieved 1.59 % of a total number of 2900 clones evaluated by different screening methods as White/blue, Colony lift and Southern blot. Fifteen pair of primers were designed, and eight of them showed polymorphism in eleven sweetpotato accessions from different places of the world, which are kept in the germoplasm bank of the International Potato Center (CIP).

Un requisito básico para cualquier programa de mejoramiento basado en la selección asistida por marcadores (MAS) es contar con un adecuado número de marcadores polimórficos. Entre toda la variedad de marcadores moleculares disponibles, los microsatélites, unidades cortas de entre 1 y 6 bp repetidas en tándem, ofrecen apreciables ventajas. Ser una técnica basada en el PCR, necesitar pequeñas cantidades de DNA y su naturaleza codominante, han hecho de ellos una herramienta muy popular en trabajos de investigación en animales y plantas. Pese a la importancia del camote (Ipomoea batatas L.) en el mundo, sólo un pequeño número de marcadores microsatélites están disponibles para este cultivo. Con el objetivo de generar mayor cantidad de microsatélites en el presente trabajo se construyeron dos librerías genómicas utilizando el DNA del cultivar africano “Tanzanía”. La búsqueda se basó en hallar microsatélites trinucleótidos, los cuales cuentan con la particularidad de reducir considerablemente la presencia de “bandas tartamudas” en comparación con los microsatélites dinucleótidos. El enriquecimiento de las librerías genómicas alcanzó el 1.59 % de un total de 2900 colonias evaluadas por diferentes métodos de selección, como White/blue, Colony lift y Southern blot. Quince pares de iniciadores fueron diseñados y ocho de ellos mostraron polimorfismo en un total de once accesiones de camote, provenientes de diversos lugares del mundo, mantenidas en el banco de germoplasma del Centro Internacional de la Papa (CIP). / A basic requisite for any breeding program based in marker-assisted selection (MAS) is counting with a suitable number of polymorphic markers. Among the large variety of molecular markers available, microsatellites, short tandem repeat units of between 1 and 6 bp in length, offer appreciable advantages. Being a PCR-based technique, requiring only small amounts of DNA and their co-dominant nature have made them a very popular tool in animal and plant studies. Despite the importance of sweetpotato (Ipomoea batatas L.) in the world, only a small set of microsatellite markers are available for this crop. Aiming to generate a large number of SSR markers in sweetpotato, two genomic libraries have been constructed using DNA of an african sweetpotato cultivar "Tanzania". In order to look for tri-nucleotide microsatellites, which frequently produce fewer “stutter bands” as compared to di-nucleotide microsatellites. The enrichment of genomic libraries achieved 1.59 % of a total number of 2900 clones evaluated by different screening methods as White/blue, Colony lift and Southern blot. Fifteen pair of primers were designed, and eight of them showed polymorphism in eleven sweetpotato accessions from different places of the world, which are kept in the germoplasm bank of the International Potato Center (CIP).

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El mejillón chileno (Mytilus chilensis), es una especie ampliamente distribuida a lo largo de las costas de Chile ubicándose desde Iquique hasta Tierra del Fuego. Esta especie es un recurso de gran relevancia económica, principalmente en el sur de Chile. En el presente trabajo se llevó a cabo la validación de un conjunto de microsatélites no focales, obtenidos in silico, a partir de información de secuencias expresadas (ESTs) de Mytilus edulis, previamente desarrollados en el laboratorio FAVET-INBIOGEN. Además de un conjunto de cinco marcadores microsatélites, ya publicados en la literatura. Adicionalmente se estudió el tipo de herencia considerando información familiar. El DNA se obtuvo de noventa mejillones pertenecientes a la especie Mytilus chilensis. Veinte microsatélites putativos fueron genotipados de los cuales solo ocho resultaron ser altamente polimórficos, con un promedio de 10,88 alelos por locus. El coeficiente de endogamia estimado para cada marcador varió de -0,26 a 0,69. Todos los loci mostraron diferencias significativas, en relación a lo esperado respecto del equilibrio de Hardy-Weinberg (Valor P <0,05). En su gran mayoría causado por una deficiencia en el número de heterocigotos. Se sugiere que este fenómeno podría ser consecuencia de una alta frecuencia de alelos nulos y de un proceso de subestructuración genética de la población, pero se requiere mayor información al respecto para confirmar ésta hipótesis. Considerando la actividad productiva intensiva en esta especie, los resultados obtenidos en este trabajo proporcionan información útil sobre aspectos importantes de la genética de Mytilus chilensis / Financiamiento Proyecto 07CN13PPD-240 Innova Chile

Con la finalidad de contribuir a los programas de mejoramiento genético para camélidos sudamericanos, se buscó determinar la variabilidad genética y el nivel de endogamia de dos rebaños de reproducción de alpacas (Vicugna pacos) huacayas blancas de reciente formación, pertenecientes al Centro Piloto de Mejoramiento Genético Munay Paqocha y el Fundo Itita, de la Sociedad Peruana de Criadores de Alpacas y Llamas (SPAR)-Puno; así como realizar su genotipificación e identificación de marcadores STR útiles para la determinación de pruebas de paternidad y parentesco. Se evaluaron 10 marcadores STR a partir de sangre y folículos pilosos de 183 individuos colectados al azar. El total de la población presentó un alto nivel de variabilidad alélica, y alelos exclusivos entre poblaciones con frecuencias menores al 1,5%, en los loci LCA37, LCA90, LCA5, VOLP92, YWLL36, YWLL44 y YWLL08. En este estudio se propone el uso de tres marcadores adicionales, VOLP92, LCA94, LCA90, para los análisis de variabilidad genética en alpacas. Los valores de FIS (0,016), y FST (0,003) reflejaron bajo niveles de endogamia. El rebaño del Fundo Itita presentó una mayor Ho (0,858) respecto a la He (0,848), mientras que por el contrario el rebaño del Centro Munay Paqocha presentó un menor valor de la Ho (0,815) respecto a la He (0,848), con una tendencia al déficit de heterocigotos. Los 10 marcadores presentaron una probabilidad de exclusión de parentesco adecuada, con un valor superior al 99,9%, cuando se conoce el genotipo de ambos padres, y un poder de discriminación mayor a 0,90. Además, se alcanzó un valor PEC de 0,999 considerando solo los marcadores YWLL08, YWLL44, LCA37, YWLL36, LCA8; siendo YWLL08 el de mayor valor (0,885). La prueba de filiación permitió detectar mayores errores de asignación de maternidad (13,04%) y paternidad (30,4%) en el rebaño del Fundo Itita, respecto al Munay Paqocha con errores de designación de maternidad de 7,69% y de paternidad de 17,95%, concluyendo que este centro posee un mejor registro de empadres. Palabras clave: STR, camélidos sudamericanos, heterocigosidad, coeficiente de endogamia, probabilidad de exclusión

La papa, es el cultivo no cereal más importante del mundo con una producción mundial que ha alcanzado los 329 millones de toneladas anuales. A pesar de la enorme importancia de este cultivo, aún se desconocen aspectos sobre la genética de muchas de sus características cualitativas y cuantitativas. El mapa UHD (> 10 000 AFLPs) de Solanum tuberosum, ha sido una herramienta de gran utilidad para el proyecto de secuenciamiento del genoma de la papa, que se enfocó inicialmente en el individuo RH89-039-16. Sin embargo, debido a su heterocigocidad se optó por una línea doble monohaploide de la especie S. phureja (DM1-3516R44), para lo cual fue necesario la construcción de novo de un mapa genético. Con la finalidad de identificar cambios en la estructura genómica de estos dos individuos, se analizaron 74 marcadores microsatélites cartografiados previamente en DM1-3516R44, lográndose integrar 62 loci microsatélite en el mapa UHD de RH89-039-16. La comparación de los mapas genéticos de RH89-039-16 y DM1-3516R44 reveló la existencia de colinealidad en grandes fragmentos de los cromosomas II, V y VI, mientras que los cromosomas I, IV, X y XII presentan diferencias en cuanto al contenido de ciertos marcadores. Los cromosomas VII y IX muestran la presencia de rearreglos cromosómicos que podrían ser inversiones o translocaciones, además la presencia de loci duplicados en los cromosomas VIII, I y II, indicaría la ocurrencia de eventos de duplicación intra e intercromosómica. Sin embargo para verificar tales cambios es necesario cartografiar más microsatélites y saturar la zona cromosómica de interés. -- Palabras clave: Papa, marcador molecular, microsatélite, cartografía genética, mapa UHD, colinealidad. / -- Potato is the most important non-grain food crop in the world, with production in 2009 reaching 330 million tons. Despite the importance of the potato in the world, the genetics of many important qualitative and quantitative agronomic traits are poorly understood. The UHD map (>10 000 AFLP markers) of Solanum tuberosum, was a great tool for the Potato Genome Sequencing Project (clon RH89-039-16). However due to the high heterozygosity of RH89-039-16, it was decided to sequence the S.phureja doubled monoploid clone, DM1-3 516R44, for which it was necessary the de novo construction of a genetic map. Microsatellites markers mapped in DM was mapped in the UHD map, with two purposes, integrate microsatellites in the UHD map, and identify changes in the chromosomal organization of Solanum tuberosum (RH89-039-16) and Solanum phureja (DM1-3516R44), by comparison of their genetic maps. The aligment of microsatellites of RH89-039-16 and DM1-3516R44 maps along chromosomes has shown the existence of collinearity in the chromosomes II, V and VI, while the chromosomes I, IV, X and XII has shown differences in content of some markers. The chromosomes VII y IX has shown the presence of chromosomal rearrangements that could be inversions or translocations, further the presence of duplicated loci in chromosomes VIII, I and II might indicate that of intra- and interchromosomal duplications have occurred. However in order to verify these alterations would be necessary mapping more microsatellite markers and saturate the chromosomal region of interest. -- Key words: potato, molecular marker, microsatellite, genetic mapping, UHD map, collinearity

Diez microsatélites para alpacas y llamas fueron usados para evaluar parentesco en 47 alpacas registradas de la Estación Experimental IVITA - Maranganí, provenientes de la provincia de Canchis (Cusco - Perú). El análisis se llevo a cabo utilizando dos metodologías: secuenciador automático (ABI 377 DNA sequencersâ) y técnica de tinción con nitrato de plata. Los microsatélites fueron amplificados en tres reacciones de PCR múltiple y diez reacciones de PCR simple. Los 10 microsatélites fueron polimórficos para ambas metodologías. El número de alelos vario entre 4 y 20, las frecuencias alélicas y probabilidad de exclusión (PE) fueron calculadas utilizando el software Cervus 2.0. Todos los loci, a excepción de dos, se encontraron dentro de los rangos publicados por Lang et al. (1996) y Penedo et al. (1998). La probabilidad de exclusión acumulada para los 10 loci de 0.9999. La probabilidad de exclusión acumulada para cada reacción de PCR múltiple fue mayor a 0.90. Ambas metodologías obtuvieron los mismos resultados. Los resultados confirmaron la paternidad en 17 casos, sin embargo, en más de un 22% de los casos, padres alternativos fueron identificados como padres comparando con los registros. / Ten microsatellites for alpacas and llamas were used to evaluate paternity in 47 alpacas registered at IVITA Research Station Maranganí, Canchis Province (Cusco – Perú). Analysis was carried out using both methodologies: Automatic Sequencer (ABI 377 DNA sequencersâ) and silver staining techniques. Microsatellites were amplified in three multiplex reactions and ten single PCR reactions. They were polymorphic for all alpaca samples using both methodologies. The number of alleles varied between 4 and 20, the allelic frequencies and the exclusion probability were calculated using Cervus 2.0. All loci, except for two, were within the range published by Lang et al. (1996) and Penedo et al. (1998). The accumulated exclusion probability for the ten loci was 0.9999. For each multiplex reaction the accumulated exclusion probability was more than 0.90. Both methodologies yielded the same results. It was possible obtain the same results using both methodologies. The results confirmed paternity in 17 cases of parent-offspring pairs, however in a further 22% of cases alternative adults were identified as parents compared with the register.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El Terrier Chileno es una nueva raza de perros que recientemente ha sido reconocida por el Kennel Club Chile como la primera raza originada en Chile. En la actualidad hay más de cinco generaciones registradas en el pedigrí, pero no existe información sobre la estructura genética de la raza. En el presente trabajo se investigó la variabilidad genética y se estimaron los niveles de endogamia de esta nueva población. Adicionalmente, el objetivo fue validar un conjunto de marcadores del tipo microsatélites para análisis de paternidad. El ADN se obtuvo de cincuenta fundadores de la raza no emparentados, elegidos de acuerdo a datos de pedigrí. Diecisiete microsatélites fueron genotipados y todos resultaron ser altamente polimórficos, con un número de alelos que osciló entre 4 y 14. El coeficiente de endogamia estimado para cada marcador varió de -0,02 a 0,52. Nueve microsatélites mostraron desviaciones significativas del equilibrio Hardy-Weinberg, probablemente causada por deficiencia de heterocigosidad. Se sugiere que este fenómeno podría ser consecuencia de un aislamiento poblacional ocurrido durante el desarrollo de la raza, pero se requiere mayor investigación al respecto para confirmar esta hipótesis. La probabilidad de exclusión combinada para todos los marcadores fue 0,9999. La información generada en este trabajo representa una herramienta importante que puede ser usada para conducir mejoras en la crianza del Terrier Chileno durante los próximos años y contribuirá con el proyecto que busca que la Federación Cinológica Internacional reconozca al Terrier Chileno como una raza canina oficial / Laboratorio de Investigaciones en Biotecnología y Genómica Animal (FAVET-INBIOGEN

Con el objeto de caracterizar genéticamente a las poblaciones asnales españolas, que se encuentran en peligro de extinción, se llevo a cabo un estudio a partir del análisis de 15 loci microsatélites (AHT4, AHT5, ASB2, HMS1, HMS2, HMS3, HMS5, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, HTG15 y VHL20), en un total de 513 individuos, correspondiendo a: Andaluza (87), Catalana (140), Encartaciones (74), Mallorquina (104) y Zamorano-Leonesa (108). Adicionalmente se incluyeron 9 asnos de Marruecos, utilizados como población de referencia, y 24 caballos, utilizados como población "outgroup". Similarmente se evaluaron dos regiones parciales del mtDNA, específicamente del citocromo b y del D-loop, en 79 y 91 secuencias, respectivamente, de las razas antes mencionadas, así como, de 10 y 11 secuencias adicionales correspondientes a la raza Majorera y asno de Zimbabwe, respectivamente. Los análisis mostraron que los microsatélites amplificaron exitosamente, excepto ASB2, que no amplificó y HMS1 que resultó ser monomórfico con 165 pb. El HT promedio sobre todos los loci fue 0,683, sin diferencias significativas entre razas, mientras que el número medio de alelos osciló entre 3 (HMS5) y 15 (AHT4), con ligeras diferencias entre las razas. La PE global resultó ser del 99,99%, para todas las razas. El grado de diferenciación genética resultó ser del 4,1%, contribuyendo todos los loci a ella. El déficit promedio de heterocigotos por raza fue del 17,8%, mientras que en la población total ese déficit fue del 21,1%. A nivel jerárquico la diferencia entre razas fue del 6.4%; y las principales causas del déficit de heterocigotos intrarracial resultaron ser la consanguinidad, en las razas AND, CAT y ZAM, y la subestructuración reproductiva en ENC y MALL; no obstante no podemos obviar la posible presencia de alelos nulos en la población, pero debido a la carencia de registros genealógicos no se pudo corroborar. Las relaciones genéticas mostraron que las razas más próximas siempre fueron la Catalana y Mallorquina, estando la Andaluza siempre más alejada de las razas del norte de España. Por otro lado, el análisis de las secuencias del mtDNA, nos permitió detectar entre 6 y 7 haplotipos, para el citocromo b y el D-loop, respectivamente, con este número reducido los valores de diversidad nucleotídica correspondieron a 0,001 y 0,007, para ambas regiones, respectivamente. Los resultados del mtDNA nos permiten indicar que el estado actual de las razas asnales españolas parecen corresponder al producto de una mezcla de líneas maternas debido a un elevado flujo de genes entre ellas, o bien qué, su origen, se corresponde con la de un ancestro único y común con las razas africanas. Los análisis con marcadores moleculares del tipo microsatélite resultan muy útiles y valiosos para la caracterización genética de las poblaciones asnales, y de esta manera ayudan y contribuyen a una mejor gestión de los planes o programas de conservación de esta especie. / In order to characterize genetically the Spanish donkey breeds, which are in danger of extinction, was carried out a study from the analysis of 15 loci microsatellites (AHT4, AHT5, ASB2, HMS1, HMS2, HMS3, HMS5, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, HTG15 and VHL20), in a total of 513 individuals, corresponding to: Andaluza (87), Catalana (140), Encartaciones (74), Mallorquina (104) and Zamorano-Leonesa populations (108). Additionally, 9 asses of Morocco were used like population of reference, and 24 horses, used like population included themselves outgroup. Similarly, two partial regions of mtDNA were evaluated, specifically of Citocromo b and the D-loop, in 79 and 91 sequences, respectively, of the breeds before mentioned, as well as, of 10 and 11 additional sequences corresponding to the Majorera breed and ass of Zimbabwe, respectively. The analysis showed that all the microsatellites amplified successfully, except ASB2, that did not amplify and HMS1 that turned out to be monomorphyc with 165 pb. The HT average on all loci was 0.683, without significant differences between breeds, whereas the average allele number oscillated between 3 (HMS5) and 15 (AHT4), with slight differences between the breeds. The cumulative exclusion probability (PE) was 99.99%, for all the breeds. The degree of genetic differentiation turned out to be from the 4.1%, contributing all loci to her. The deficit average of heterozygotes by race was of the 17.8%, whereas in the total population that deficit was of the 21.1%. At hierarchical level the difference between breeds was of the 6.4%; and main the causes of the intraracial deficit of heterozygotes turned out to be the consanguinity, in the breeds AND, CAT and ZAM, and the reproductive structure in ENC and MALL; despite we cannot avoid the possible presence of null alleles in the population, but due to the deficiency of genealogical registries it was not possible to be corroborated. The genetics relationship showed that the next breeds always were Catalana and the Mallorquina, being the Andaluza always remoter of the breeds of the north of Spain. On the other hand, the analysis of the sequences of mtDNA, allowed detecting between 6 and 7 haplotipos, for citocromo b and the D-loop, respectively, with this reduced number the values of nucleotide diversity corresponded to 0.001 and 0.007, for both regions, respectively. The results of mtDNA allow us to indicate that the present state of the Spanish donkey breeds seems to correspond to the product of a mixture of maternal lines due to a high flow of genes among them, or what, its origin, corresponds with the one of ancestral only and common with the African breeds. The analyses with molecular markers of the type microsatellites are very useful and valuable for the genetic characterization of the donkey populations, and this way they help and they contribute to one better management of the plans or programs of conservation of this species.

195 native potato cultivars collected in Chahuaytire community and 246 native potatoes repatriated to Potato Park Communities Association (ACPDP) by the International Potato Center (CIP) were characterized using nine primer pairs that amplify the ten most polymorphic microsatellite loci from the potato genetic identification kit (STM0019, STPoAc58, STM0037, STM0030, STM1104, STM1052, STM1106, STM2013, STM2022), located in 9 of the 12 chromosomes of potato. The molecular characterization differentiated the 93.33% of the native potatoes from the Chahuaytire community and the 92.68% of repatriated native potatoes from CIP. 114 and 130 alleles and average diversity index between 0.762 and 0.776 were obtained in the Chahuaytire community and the repatriated potatoes, respectively. The clustering of potato cultivars was performed using the UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean) method applied to similarity matrix obtained with Jaccard coefficient. Clustering analysis revealed that no differentiation according to origin was found. Similarly, Analysis of Molecular Variance (AMOVA) revealed that the molecular variation between evaluated groups was 0.73% (p- value=0.05), indicating a basically similar genetic constitution between both groups. The main source of molecular variation, 99.27% (p-value=0.05), was found within the native potatoes inside groups. However, the finding of 6 private alleles in the native potatoes from Chahuaytire suggests that some genetic diversity maintained in the Chahuaytire native potatoes is not represented in the 246 repatriated potatoes from CIP.

Diez microsatélites para alpacas y llamas fueron usados para evaluar parentesco en 47 alpacas registradas de la Estación Experimental IVITA - Maranganí, provenientes de la provincia de Canchis (Cusco - Perú). El análisis se llevo a cabo utilizando dos metodologías: secuenciador automático (ABI 377 DNA sequencersâ) y técnica de tinción con nitrato de plata. Los microsatélites fueron amplificados en tres reacciones de PCR múltiple y diez reacciones de PCR simple. Los 10 microsatélites fueron polimórficos para ambas metodologías. El número de alelos vario entre 4 y 20, las frecuencias alélicas y probabilidad de exclusión (PE) fueron calculadas utilizando el software Cervus 2.0. Todos los loci, a excepción de dos, se encontraron dentro de los rangos publicados por Lang et al. (1996) y Penedo et al. (1998). La probabilidad de exclusión acumulada para los 10 loci de 0.9999. La probabilidad de exclusión acumulada para cada reacción de PCR múltiple fue mayor a 0.90. Ambas metodologías obtuvieron los mismos resultados. Los resultados confirmaron la paternidad en 17 casos, sin embargo, en más de un 22% de los casos, padres alternativos fueron identificados como padres comparando con los registros. / Ten microsatellites for alpacas and llamas were used to evaluate paternity in 47 alpacas registered at IVITA Research Station Maranganí, Canchis Province (Cusco – Perú). Analysis was carried out using both methodologies: Automatic Sequencer (ABI 377 DNA sequencersâ) and silver staining techniques. Microsatellites were amplified in three multiplex reactions and ten single PCR reactions. They were polymorphic for all alpaca samples using both methodologies. The number of alleles varied between 4 and 20, the allelic frequencies and the exclusion probability were calculated using Cervus 2.0. All loci, except for two, were within the range published by Lang et al. (1996) and Penedo et al. (1998). The accumulated exclusion probability for the ten loci was 0.9999. For each multiplex reaction the accumulated exclusion probability was more than 0.90. Both methodologies yielded the same results. It was possible obtain the same results using both methodologies. The results confirmed paternity in 17 cases of parent-offspring pairs, however in a further 22% of cases alternative adults were identified as parents compared with the register.