Los Onygenales son uno de los grupos de hongos más fascinantes que existen. Pertenecen a los ascomycetes y agrupan a una gran cantidad de especies. Muchos de ellos presentan la rara habilidad de degradar la queratina, característica poco común dentro de los hongos, lo que les hace indispensables para el ciclo biológico de estas sustancias y su descomposición en la naturaleza (escamas, pelos, uñas, cuernos, etc.). Pero también pueden atacar, algunos de estos hongos, al hombre causándole importantes infecciones superficiales, las dermatofitosis.La necesidad de este estudio, parte de las discrepancias existentes en la clasificación taxonómica de este orden, tradicionalmente las clasificaciones de los hongos se basaban en las características morfológicas, proponiéndose clasificaciones claramente artificiales y existía discrepancia entre los autores que las proponían. En la actualidad se dispone de herramientas mucho más objetivas como son las moleculares, concretamente la secuenciación del ADN ribosomal. Basándonos tanto en las características morfológicas como en las moleculares, se ha realizado un estudio de caracterización de este grupo de hongos, centrándonos en aquellos géneros y especies donde existía una mayor controversia.Para la realización de estos estudios se han utilizado cepas y cultivos procedentes de colecciones internacionales. También se han estudiado muestras de suelo de diferentes orígenes. En los aislamientos se ha utilizado la técnica del anzuelo de queratina descrita por Vanbreuseghem 1952. Como resultado de nuestros estudios se han podido reportar nuevos géneros y especies del orden Onygenales. Nuestros estudios nos han permitido proponer las siguientes nuevas combinaciones:- Auxarthron kuehnii (Arx) Solé, Cano y Guarro- Auxarthron pseudoreticulatum (Currah) Solé, Cano y Guarro- Amauroascus queeslandicus (Apinis y R.G.Rees) Solé, Cano y Guarro- Mallochia reticulata (Kuehn y Goos) Solé, Cano y Guarro- Gymnoascus hyalinosporus (Kuehn, Orr y Ghosh) Solé, Cano y Guarro- Gymnoascus japonicus (Uchiyama, Kamiya y Udagawa) Solé, Cano y GuarroAsí como las nuevas especies para la ciencia: - Auxarthron concentricum Solé, Cano y Guarro - Auxarthron chlamydosporum Solé, Cano y Guarro- Gymnoascus armeniacus Solé, Cano y Guarro También se han podido reportar los siguientes nuevos géneros y especies para la ciencia:- Testudomyces con T. verrucosus como especie tipo.- Castanedomyces con C. australiensis como especie tipo.- Pseudoamauroascus con P. australiensis como especie tipo.Tras el estudio exhaustivo del género Gymnoascus se propone la sinonimización de los géneros Arachniotus, Gymnascella, Gymnoascoideus y Narasimhella con Gymnoascus.La presente tesis ha generado los siguientes artículos publicados en dos importantes revistas internacionales especialistas en el estudio de la micología. Mycological Research con un índice de impacto de 1,306 y Studies in Mycology con un índice de impacto de 1,667.1. Molecular phylogeny of Amauroascus, Auxarthron and morphologically similar onygenalean fungi. Solé M., Cano J. & Guarro J. Mycological Research 106 (4): 388-396 (2002).2. Two new species of Auxarthron mophologically and genetically close to Auxarthron kuehnii. Solé M., Cano J., Stchigel A.M. & Guarro J. Studies in Mycology 47:97-102 (2002).3. Molecular phylogeny of Gymnoascus and related genera. Solé M., Cano J., Pitarch L.B., Stchigel A.M. & Guarro J. Studies in Mycology 47:141-152 (2002).4. Pseudoamauroascus a new genus of the Onygenales (Ascomycota) Cano J., Solé M., Pitarch L.B. & Guarro J. Studies in Mycology 47:173-180 (2002).5. Castanedomyces australiensis gen. nov., sp. nov. a keratinophilic fungus from Australian soil. Cano J, Solé M., Pitarch L.B. & Guarro J. Studies in Mycology 47:165-172 (2002). / The order Onygenales is one of the most interesting fungal groups. These fungi are included in the Ascomycetes and contains a number of extremely important fungal pathogens as well as several opportunistic fungi. Onygenales can be frequently found on keratinous substrates. The ability for breakdown the keratin is unusually in there fungi. This ability is very important in the cycle of organic mater because keratin is an important natural material occurring in nature mainly in the form of hair, feather, nails, etc. These fungi therefore play a significant role in the decomposition of soil debris. Any fungus which can produce enzymes capable of decomposing keratinised structures must be regarded as keratinophilic. When the pathogenic strains find a suitable host in favourable conditions , they produce the symptoms of what is know as ringworm diseases. The heterogeneity of the traditional morphological taxonomy of the order make necessary a study for proposing a more natural classification. Currently there are molecular methods, which allow phylogenetic relationships among the different taxa grouped in this order. We performed sequence analysis based on the sequences of the ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region and the intervening 5.8S rDNA gene. We have performed a morphological and molecular characterization of these group of fungi based mainly in those genera and species with confused taxonomy.These studies were performed with strains from different international collections and others isolated from soil samples of different origins. For the isolation of fungi from soil samples we have used the hair habit technique described for Vanbreuseghem 1952.We have proposed the following new genera, species and new combinations: New combinations:- Auxarthron kuehnii (Arx) Solé, Cano y Guarro- Auxarthron pseudoreticulatum (Currah) Solé, Cano y Guarro- Amauroascus queeslandicus (Apinis y R.G.Rees) Solé, Cano y Guarro- Mallochia reticulata (Kuehn y Goos) Solé, Cano y Guarro- Gymnoascus hyalinosporus (Kuehn, Orr y Ghosh) Solé, Cano y Guarro- Gymnoascus japonicus (Uchiyama, Kamiya y Udagawa) Solé, Cano y GuarroNew species: - Auxarthron concentricum Solé, Cano y Guarro - Auxarthron chlamydosporum Solé, Cano y Guarro- Gymnoascus armeniacus Solé, Cano y Guarro New genera and species:- Testudomyces con T. verrucosus with type specie.- Castanedomyces con C. australiensis with type specie.- Pseudoamauroascus con P. australiensis with type specie.We have also synonymyzed the following genera with Gymnoascus: Arachniotus, Gymnascella, Gymnoascoideus and Narasimhella. As a result of the studies performed we have published the following papers.1. Molecular phylogeny of Amauroascus, Auxarthron and morphologically similar onygenalean fungi. Solé M., Cano J. & Guarro J. Mycological Research 106 (4): 388-396 (2002).2. Two new species of Auxarthron mophologically and genetically close to Auxarthron kuehnii. Solé M., Cano J., Stchigel A.M. & Guarro J. Studies in Mycology 47:97-102 (2002).3. Molecular phylogeny of Gymnoascus and related genera. Solé M., Cano J., Pitarch L.B., Stchigel A.M. & Guarro J. Studies in Mycology 47:141-152 (2002).4. Pseudoamauroascus a new genus of the Onygenales (Ascomycota) Cano J., Solé M., Pitarch L.B. & Guarro J. Studies in Mycology 47:173-180 (2002).5. Castanedomyces australiensis gen. nov., sp. nov. a keratinophilic fungus from Australian soil. Cano J, Solé M., Pitarch L.B. & Guarro J. Studies in Mycology 47:165-172 (2002).

Determinar la característica morfológica, diversidad genética y actividad invertasa de los aislamientos nativos de Aspergillus sp. de las zonas de La Libertad, Ica, Lima y Junín. Métodos: Investigación es descriptiva, de tipo básica y transversal. Se aislaron especies del género Aspergillus sp, que fueron descritos morfológica y molecularmente. Él estudió de diversidad genética se utilizó la técnica de RAPD-ISSR en 79 aislamientos de Aspergillus sp, donde se construyó dendogramas, utilizando el coeficiente de Jaccard y el algoritmo UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using Arithmetic Average). La estructura genética se estimó con el análisis molecular de variancia (AMOVA) y la diversidad mediante los índices de Shannon y Nei. Para la actividad invertasa se utilizó el método de 3,5-ácidodinitrosalicílico. Resultados: Se identificaron 11 especies del género Aspergillus sp. La diversidad genética del género Aspergillus sp, mostró 23 grupos genéticos y 15 para A.niger. Siendo La Libertad más diversa con un índice de Shannon (0.2745) y respecto al grupo de A. niger , Ica y Lima la zonas más diversa, con un índice de Shannon (0.2754). Estas zonas presentan alta variabilidad, y según el AMOVA realizado: 81% entre accesiones por zona y solo 19% entre zonas. Finalmente con el método de 3,5-ácidodinitrosalicilico, 10 especies fueron consideradas con alta actividad invertasa. Conclusión: Existe más de un grupo genético de especies de Aspergillus sp en la zonas estudiadas, siendo predominante A. niger y más diversa en la zonas de Ica y Lima, mostrando un alto potencial de uso, para la producción de invertasa. / Tesis

[EN] The main objective of this work focuses on the use of biotechnology to develop new varieties of sugarcane for increasing productivity as well as the genetic variability that is narrow in this crop. With this purpose we have evaluated the genetic diversity in a population of 204 varieties (putative use as parental), using three molecular markers (CV29, CV37 and CV38) which showed an average polymorphic information content (PIC) of 0.37 indicating that they were able to identify polymorphisms in the population. After calculating the genetic similarity between the varieties and based on it, they were organized into 20 groups. Moreover, the Bru1 marker associated with resistance of a fungal disease known as brown rust was used to analyze 303 varieties (including the 204 previously used). We obtained amplification in 77. The comparison with phenotypic data recorded during four years at two locations confirmed that these 77 varieties were resistant. However, those that did not amplify showed resistance and susceptibility (in 7%), indicating the putative presence of different alleles of resistance. With the above information we design and conduct 22 cross whose offspring F1 were evaluated for four consecutive years recording with the average of each family to features like Brix (%), plant height, stem diameter, number of stems per meter and incidence of major diseases. From 22 crosses, 18 families showed brix equal or higher than CP72-2086 (the control variety), indicating that could overcome their sugar yield as a result of higher sugar content in their stems, although did not exceed in mass of cane. Several varieties with high Brix and tolerance to different diseases have been selected. Another important problem in sugarcane is the propagation of materials from plants that were pathogen infected but do not manifest disease symptoms. In this work the DBIA (Dot Blot Immunoassay) methodology and the PCR was used for detect Xantomonas albilineans; RT-PCR was used for detect SCYLV (Sugar Cane Yellow Leaf Virus). We performed a Radom screening to evaluate the incidence of both pathogens confirming their presence in plants symptomless. Sequencing X. albilineans isolates we found that in Guatemala a minimum of two strains are present. We have compared termoterapy in combination or not with meristem culture for plant sanitation. Whereas meristem culture was more appropriated for rescue plants free of X. albilineans, thermotherapy is sufficient for obtaining virus (SCYLV) free plant. The achievement of pathogen free plants let us to use in vitro culture techniques for conservation and micropropagation. Sanitated plants are maintained in vitro at a temperature of 18ºC. We evaluated several factors that may influence the adventitious regeneration from leaf explants (that may increase multiplication). These factors included genotype, explant position, combinations of growth regulators in the induction medium and auxin type for rooting. A great influence of genotype was manifested as well as the position of the explant and the concentration and type of some growth regulators were also influencing both the percentages of induction and subsequent development of the plants. In the best combination 32 plants per explant were regenerated. The protocols developed in this work are of interest to increase multiplication rates of sanitized materials and are a good base to use them in the future sugarcane improvement through genetic transformation. / [ES] El objetivo principal de este trabajo se centra en el aprovechamiento de técnicas biotecnológicas para el desarrollo de nuevas variedades de caña de azúcar en Guatemala que contribuyan a aumentar la productividad incrementando la variabilidad genética que no es elevada en este cultivo. Para ello se ha evaluado la diversidad genética en una población de 204 variedades de uso potencial como parentales, utilizando tres marcadores moleculares, CV29, CV37 y CV38 que mostraron un contenido de información polimórfica (PIC) medio de 0,37 lo cual indica que fueron capaces de identificar polimorfismos en la población. Tras calcular la similitud genética entre las variedades y en base a ella, se organizaron en 20 grupos. Por otra parte se utilizó el marcador Bru1 asociado a la resistencia de una enfermedad de origen fúngico conocida como Roya Marrón para analizar 303 variedades (incluidas las 204 anteriores), 77 de las cuales amplificaron el marcador. La comparación con datos fenotípicos registrados durante 4 años en dos localidades confirmó que estas 77 variedades eran resistentes. Sin embargo, de las variedades que no amplificaron el alelo de resistencia, solo un 7 % se mostraron susceptibles, lo que indica la posible presencia en estas variedades de otro alelo de resistencia distinto. Con la información anterior se diseñaron y realizaron 22 cruzas cuyas descendencias F1 fueron evaluadas durante dos años consecutivos registrando el promedio de cada familia para características como brix (%), altura de planta, diámetro de tallo, número de tallos por metro e incidencia de las principales enfermedades. Se obtuvieron 18 familias con brix igual o superior a la variedad control CP72-2086, lo que indica que podrían superar su rendimiento de azúcar como consecuencia del mayor contenido de azúcar en sus tallos, aunque no la superen en rendimiento de caña. De estos ensayos se han seleccionado cruzas en las que se ha obtenido tolerancia para distintas enfermedades y un buen brix (%) superior a la variedad control. En este trabajo también se ha comparado la metodología DBIA (Dot Blot Immunoassay) y PCR para diagnosticar la presencia de Xantomonas albilineans y la amplificación de cDNA del RNA vírico para determinar la presencia del virus de la hoja amarilla (SCYLV). Se ha llevado a cabo un muestreo aleatorio para detectar la incidencia de estos patógenos detectando plantas infectadas que no mostraban ninguna sintomatología y, tras la secuenciación de muestras de X. albilineans, se ha confirmado la presencia en Guatemala de al menos dos variantes. También se ha comparado distintos tratamientos térmicos combinados o no con cultivo de meristemos para el saneamiento de plantas infectadas siendo el cultivo de meristemos más adecuado para materiales infectados con la bacteria y la termoterapia suficiente para la obtención de plantas libres de SCYLV. Por último, la obtención de materiales saneados, nos condujo a plantear su conservación y micropropagación utilizando técnicas de cultivo in vitro. Las plantas saneadas y comprobadas como libres de virus se mantienen in vitro a una temperatura de 18oC. Se han evaluado también distintos factores que pueden influir en la regeneración adventicia a partir de explantes de hoja, entre ellos, el genotipo, posición del explante, combinaciones de reguladores de crecimiento en el medio de inducción y tipo de auxina para el enraizamiento de las plantas. Se ha visto un claro efecto del genotipo, de la posición del explante y de la concentración y tipo de algunos reguladores de crecimiento tanto en los porcentajes de inducción como en el posterior desarrollo de las plantas. Se han obtenido en las mejores combinaciones hasta 32 plantas por explante. Los protocolos desarrollados son de gran interés para incrementar las tasas de multiplicación del material saneado o utilizarlos en un futuro para la mejora biotecnológica de la caña mediante transformación genética. / [CAT] L'objectiu principal d'aquest treball es centra a l'aprofitament d' la biotecnología per al desenvolupament de noves varietats de canya més productives i a l'hora amb més variabilitat genética que és escasa en aquest cultiu. En primer lloc, s'ha avaluat la diversitat genètica en una població de 204 varietats de potencial us com a parentals. S'han utilitzat tres marcadores moleculars, CV29, CV37 i CV38 que mostraren un contingut d'informació polimòrfica (PIC) de 0,37 en promedi, la cual cosa indica que es varen identificar polimorfismes a la población en estudi. Es va calcular la similitud genètica entre les varietats i en base a ella, s'obingueren 20 agrupaments. D'un altra banda va utilitzar-se el marcador Bru1 associat a la resistència d'una enfermetat d'origen fúngic coneguda com Roya Marró per a genotipar 303 varietats (que incloïen les 204 d'avans) i, en 77, es va amplificar el esmentat marcador. La comparació amb dades fenotípiques registrades durant 4 anys en dues localitats va confirmar que les 77 varietats eren resistents però no totes aquelles que en les que no s'havia observat amplificació eren susceptibles, de fet, tan sols un 7 % ho eren. Aquest resultat és indicatiu de la possible presencia d'un altre alel de resistència diferent a Bru1. Amb la informació obtesa es disenyaren i realitzaren 22 creuaments i les descendencies F1 es van analitzar en dues anualitats registrant dades relacionades amb el rendiment en sucre: brix (%), altura de planta, diàmetre de la tija, nombre de tiges per metre i l'incidencia de las principals enfermetats que afecten a aquest cultiu. S'obtingueren 18 families amb brix equivalent o superior a la varietat control CP72-2086, que podrien superar el rendiment en sucre, encara que no la superen en rendiment en canya. En aquest treball s'han sel.leccionat creuaments que han mostrat tolerancia a diferents enfermetats i un bon brix (%) superior a la varietat control. Un altre problema comú al cultiu de la canya és la propagació vegetativa a partir de plantes infectades amb patògens que s'hi troben en estat de latencia. En aquest treball s'ha comparat la DBIA (Dot Blot Immunoassay) i la PCR per a diagnosticar la presència de Xantomonas albilineans i s'ha utilitzat l'amplificació de cDNA del RNA víric per determinar la presencia del virus de la fulla groga (SCYLV). S'ha fet un anàlisi aleatori en diferents zones de cultiu per a determinar la incidencia d'aquestos patògens detectant-se plantes infectades que no mostraven síntomes. La sequenciació de mostres de X. albilineans, ha confirmat també la presència a Guatemala de al menys dues variants del bacteri. També s'han comparat diferents tractaments tèrmics en combinació o no de cultiu de meristems per obtenir plantes sanejades sent el cultiu de meristems més adecuat en el cas del bacteri i la termoterapia suficient per a la virosi. L'obtenció de materials sanejats ens va portar a plantejar la seua conservació en cultiu in vitro. Les plantes sanejades es mantenen a una temperatura de 18oC. També en aquest contexte, s'han avaluat diferents factors que poden influenciar amb la regeneració adventicia a partir de segments de fulla, entre ells: el genotip, la posició de l'explant a la planta, les combinacions de reguladors de creixement, i el tipus d'auxina per enrailar les plantes. S'ha vist un marcat efecte del genotip, de la posició de l'explant i de la contcentració d'alguns reguladors de creixement tant en els porcentajes d'inducció com en el posterior desenvolupament de les plantes. S' ha obtés en la millor combinació fins a 32 plantes per explant. Els protocols de regeneració adventicia que s'han desenvolupat són de gran interés per a incrementar la multiplicació del material sanejat aixi com per a utilitzarlos en un futur per a la millora biotecnològica de la canya mitjançant la transformació genètica. / Molina Monterroso, LG. (2016). Desarrollo y aplicación de técnicas biotecnológicas para la caracterización, selección y mejoramiento genético de la caña de azúcar en Guatemala [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/63252 / TESIS

El virus de las manchas necróticas del melón (MNSV) es una de las principales entidades virales que afectan a los cultivos de cucurbitáceas a nivel mundial. No obstante, existe muy poca información sobre la epidemiología de la enfermedad causada por este virus, especialmente en lo que respecta a la transmisión por semilla, a la desinfección de éstas, a la presencia y distribución del virus y de su hongo vector Olpidium bornovanus en el mundo y a la diversidad genética de ambas entidades. En este sentido, conocer estos aspectos epidemiológicos así como la variabilidad en las poblaciones de dichos agentes infecciosos es un factor clave para el manejo de la enfermedad. Del mismo modo, hay aspectos relacionados con los métodos de diagnóstico del MNSV y O. bornovanus, así como de otras especies de Olpidium, entre ellas, O. brassicae y O. virulentus, claramente mejorables, especies estas últimas citadas como transmisoras de importantes virus en diversos cultivos hortícolas, que es necesario estudiar para comprender mejor las interacciones entre los virus y sus hongos vectores, así como también para determinar el rango de hospedantes de estas entidades. La transmisión por semilla del MNSV fue evaluada en plántulas procedentes de semilla comercial de melón. Dichas plántulas, en estado de cotiledón y posteriormente en estado adulto, fueron analizadas mediante DAS-ELISA y RT-PCR para la detección del citado virus. Ningún grupo de plántulas resultó positivo al MNSV mediante DAS-ELISA. En cambio, mediante RT-PCR, la proporción de plántulas infectadas fue de al menos 7-8%, con un índice de transmisión de semilla infectada a plántula de 11.3-14.8%. Diferentes tratamientos de desinfección de semilla fueron evaluados para prevenir la transmisión por semilla del MNSV. Así pues, los resultados obtenidos sugieren que el tratamiento de 144 h a 70°C podría ser usado para erradicar el virus de las semillas de melón, sin afectar la germinación de las mismas. / Herrera Vásquez, JÁ. (2009). Epidemiología, caracterización molecular y desarrollo de métodos de diagnóstico del virus de las manchas necróticas del melón (MNSV) y de su hongo vector Olpidium Bornovanus [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/6421 / Palancia

Los cítricos son huéspedes naturales de diferentes especies de viroides, todos pertenecientes a la familia Pospiviroidae. Estudios preliminares para detectar viroides en especies y variedades comerciales dieron resultados erráticos, excepto cuando se utilizaba la especie indicadora cidro Etrog como huésped bioamplificador. Para evitar el uso de este huésped en los ensayos de detección, se desarrolló un método basado en la hibridación northern. El protocolo desarrollado consistía en: (i) extracción de ácidos nucleicos de muestras de corteza recolectadas en diferentes épocas y/o almacenadas en distintas condiciones; (ii) separación de los RNAs en 5% PAGE o 1% agarosa y transferencia a membranas; (iii) hibridación con sondas de DNA marcadas con digoxigenina (DIG) específicas para cada viroide, detección con un anticuerpo anti-DIG conjugado con fosfatasa alcalina y revelado con un substrato quimioluminiscente (CSPD). Con este método se pueden detectar viroides en todas las especies de cítricos ensayadas. La técnica es extremadamente sensible, y acorta el tiempo necesario para la detección fiable de los viroides de cítricos conocidos hasta el momento. La aplicación de esta técnica ha permitido realizar prospecciones en árboles cultivados en distintas regiones citrícolas de Colombia, Perú y Brasil. En limas Tahití de Colombia se han identificado infecciones múltiples con HSVd y CDVd o con CEVd, HSVd y CDVd. Las muestras procedentes del Banco de Germoplasma de Palmira estaban libres de viroides, excepto una fuente de cidro Etrog que estaba infectada con CEVd y CDVd. / Murcia Riaño, N. (2009). DETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN AGRONÓMICA DE VIROIDES DE CÍTRICOS. IDENTIFICACIÓN Y CARACTERIZACIÓN MOLECULAR Y BIOLOGÍCA DE VARIANTES DEL VIROIDE DEL ENANISMO DE LOS CÍTRICOS CDVd [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/6343 / Palancia