Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-11-12T10:51:17Z No. of bitstreams: 1 2012_PedroItaloTannoSilva.pdf: 4395558 bytes, checksum: 0349f90349bbe21252b45be2ddf9d52a (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-11-20T12:34:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_PedroItaloTannoSilva.pdf: 4395558 bytes, checksum: 0349f90349bbe21252b45be2ddf9d52a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-20T12:34:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_PedroItaloTannoSilva.pdf: 4395558 bytes, checksum: 0349f90349bbe21252b45be2ddf9d52a (MD5) / Entre as recentes tecnologias que podem ser aplicadas na detecção e desenvolvimento de marcadores moleculares, destaque tem sido dado à tecnologia NGS (Next Generation Sequencing), que possibilita a detecção de polimorfismo de DNA através da comparação de milhões segmentos de leitura (reads) do genomas estruturais de diferentes cultivares de uma espécie. O polimorfismo de DNA mais abundante, revelado por esta estratégia, é o polimorfismo de base de DNA (substituição ou transição de base), conhecido como SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Neste trabalho foram utilizados resultados de sequenciamento do genoma estrutural de seis variedades de arroz japonica tropical para detectar, selecionar e desenhar painéis multiplex para genotipagem automatizada e simultânea de centenas de marcadores SNP em acessos de arroz de sequeiro. Foram desenvolvidos dois painéis multiplex (SNP1 e SNP2) com 768 SNPs distribuídos pelo genoma de arroz. Os painéis foram avaliados quanto à eficiência de clusterização de intensidade do sinal de fluorescência para a definição dos genótipos, à acurácia de genotipagem em testes de prova e contraprova, à capacidade de discriminação de acessos do Banco de Germoplasma e, finalmente, ao potencial emprego na construção de mapas genéticos de cruzamentos de interesse do programa de melhoramento genético. Os testes realizados comprovaram a eficiência da genotipagem e a elevada concordância de genótipos em testes de prova e contraprova. Observou-se que erros de genotipagem ocorrem a uma taxa muito baixa (0,33%). Cerca de 70% dos SNPs possuem o alelo mais comum com frequência entre 0,50 e 0,75, e são poucos os SNPs (<3%) com frequência do alelo mais comum acima de 0,95. O poder combinado dos painéis na confirmação de identidade genética ou na discriminação de genótipos é extremamente elevado. A segregação e a herança dos alelos dos SNPs que compõem os dois painéis foi testada em duas populações de linhagens puras recombinantes, possibilitando a construção de dois mapas genéticos (cruzamentos Chorinho x Puteca e Chorinho x Amaroo). O processo de genotipagem utilizando painéis SNP em genotipador automático é simples, rápido e eficiente. Os painéis SNP1 e SNP2, portanto, possuem ampla aplicação no melhoramento varietal e são recomendados para análise genética de acessos japonica tropical de arroz do Brasil. Foi testada ainda uma nova metodologia de genotipagem por sequenciamento (Genotyping by Sequencing – GBS) que emprega sequenciamento em escala do genoma estrutural após a redução de complexidade do genoma pelo do uso de enzimas de restrição. O emprego de GBS possibilita amostrar o polimorfismo de SNPs em regiões amplamente distribuídas ao longo do genoma utilizando, por exemplo, enzimas sensíveis a metilação, evitando dessa forma o sequenciamento massal de regiões repetitivas e complexas, que dificultam o processo de análise. Os experimentos de GBS foram realizados com acessos de arroz de sequeiro com alta diversidade genética, que compõem a Coleção Nuclear Temática de Tolerância a Seca de arroz da Embrapa. Os resultados obtidos neste trabalho comprovam que a metodologia de genotipagem por sequenciamento tem amplo potencial na detecção e seleção de um alto número de marcadores SNPs. Contudo, verificou-se nas condições testadas um aparente excesso de genótipos heterozigotos nas amostras avaliadas. Além disso, em testes de prova e contraprova, o erro de genotipagem estimado foi muito elevado em algumas comparações, independentemente da cobertura genômica mínima utilizada na detecção dos SNPs ou do valor de qualidade mínima do SNP detectado. Assim, verificou-se que o ensaio GBS proporciona um alto número de marcadores SNPs capazes de detectar polimorfismo de DNA em acessos de arroz, mas a acurácia da genotipagem foi considerada baixa nas comparações de prova e contraprova realizadas. Portanto, é necessário um aperfeiçoamento do ensaio GBS para a seleção de marcadores SNP fidedignos, passíveis de uso em escala na genotipagem de arroz. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Among the recent technologies that can be used to detect and develop molecular markers, Next Generation Sequencing (NGS) has received special attention. This technology allows the detection of DNA polymorphism by the comparison of millions of DNA fragments (reads) obtained from different individuals of a species. The most abundant DNA polymorphism revealed by this strategy is known as SNP (Single Nucleotide Polymorphism). In this work, the genome sequencing results of six different varieties of tropical japonica rice have been analyzed to detect, select and design hundreds of SNP markers to construct multiplex panels for automated simultaneous genotyping of rice germplasm accessions. Two multiplex panels (SNP1 and SNP2), composed of 768 SNPs evenly distributed across the genome, were developed and validated for rice genotyping. The panels were initially evaluated for clustering efficiency of fluorescence signal intensity for genotype calling and for genotype accuracy in test-retest reliability assays. Then, they were examined for the ability to discriminate accessions of the rice germplasm collection and for the potential use in genetic mapping. The results confirmed that the panels have a high genotyping efficiency and accuracy. Data was obtained in more than 96% of the SNPs evaluated and a very low genotyping error rate was observed (0.33%). Most SNPs (70%) presented a frequency between 50-75% for the most common allele, with only a few SNPs having frequency above 95%. The combined power of SNP panels to confirm genetic identity or to discriminate germplasm accessions was very high. Allelic segregation and inheritance of SNP markers was tested in different recombinant inbred line populations, allowing for the construction of two genetic maps, derived from the crossings between Chorinho x Puteca and Chorinho x Amaroo. Plant genotyping based on SNP panels in automated genotypers is a simple, fast and efficient method. Both SNP panels have a broad application in breeding and are recommended for use in genetic analyses of tropical japonica rice germplasm. A new genotyping by sequencing (GBS) methodology was also tested in the present study. This methodology is based on high scale genome sequencing, after total DNA is submitted to complexity reduction using enzymatic restriction digestion. GBS is used to detect polymorphism in regions distributed across the whole genome. GBS assays were conducted using tropical japonica rice varieties with high genetic diversity, which compose Embrapa’s Drought Tolerance Core Collection. The results indicated that the GBS methodology is useful for the detection and selection of a high number of SNP markers. However, a very high amount of heterozygous genotypes was detected in the analyzed samples. Also, genotype accuracy estimates indicated that the genotyping error rate of the GBS assay was too high, independently of the minimum genomic coverage used for SNP detection or the minimum quality value of the detected SNP. Therefore, the GBS assay can provide a high number of SNP markers capable of detecting DNA polymorphism in tropical japonica rice, but the accuracy was considered low in the test and re-test comparisons performed in the present study. Improvements in the GBS assay are necessary in order to obtain accurate genotypes in large scale that can be useful to japonica rice breeding.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-01-29T14:06:10Z No. of bitstreams: 1 2012_JulceiaCamillo.pdf: 3300380 bytes, checksum: 7dc51f06a3035f05fc343f2505db450b (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-01-31T14:26:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_JulceiaCamillo.pdf: 3300380 bytes, checksum: 7dc51f06a3035f05fc343f2505db450b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-31T14:26:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_JulceiaCamillo.pdf: 3300380 bytes, checksum: 7dc51f06a3035f05fc343f2505db450b (MD5) / A palma de óleo responde pela maior parte de todo óleo vegetal comercializado mundialmente. No Brasil, seu cultivo teve inicio na década de setenta, mas nos ultimo anos tem ganhado especial atenção do governo federal e das instituições de pesquisa, devido ao seu grande potencial como fonte de matéria-prima para a produção de biodiesel. No entanto, o conhecimento limitado sobre aspectos importantes como reação a doenças, diversidade genética e conservação de germoplasma dificultam o melhoramento genético da cultura e limitam a expansão dos cultivos no país. O objetivo deste trabalho foi estudar a variabilidade genética através de caracteres morfológicos em diásporos e amêndoas, desenvolver estratégias para a conservação e regeneração ex situ de germoplasma a curto e médio prazo e reestimar o tamanho do genoma de palma de óleo, mediante emprego de citometria de fluxo. Para o estudo de diversidade genética, foram considerados parâmetros morfológicos de diásporos e amêndoas de 18 acessos de E. oleifera, 11 de E. guineensis tipo tenera e 12 de E. guineensis tipo dura, mantidos no banco de germoplasma de palma de óleo da Embrapa Amazônia Ocidental, Manaus – AM. Destes, nove foram selecionados para testes de germinação e conservação de germoplasma in vitro sob regime de crescimento mínimo, em condições de baixa temperatura e presença de reguladores osmóticos. Para os estudos de determinação da quantidade de DNA nuclear foram selecionados outros 10 acessos do mesmo banco de germoplasma, sendo: três de Elaeis guineensis, cinco de E. oleifera e dois híbridos inter-específicos (OxG). Os resultados evidenciaram que existe variabilidade entre acessos da mesma origem e entre acesso de diferentes populações, mantidos no banco de germoplasma. A manutenção in vitro de plantas de palma de óleo, sob crescimento mínimo, pode ser realizada com sucesso sob temperatura de 20°C e, a sacarose foi o carboidrato mais eficiente para a manutenção da qualidade das plantas conservadas. Na quantificação do conteúdo de DNA em Elaeis, as estimativas indicam que, em média, o tamanho do genoma de E. guineensis é de 4,32 ± 0,173 pg, enquanto que em E. oleifera é de 4,43 ± 0,180 pg. Isso indica que ambos os genomas são semelhantes em tamanho e como esperado, o tamanho do genoma do híbrido é próximo da média dos genomas parentais, 4,40 ± 0,016 pg. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The oil palm is crop that currently accounts for the greatest part of all vegetable oil marketed worldwide. In Brazil, it’s cultivation began in the seventies and in recent years has gained special attention from the federal government and research institutions for its great potential in biodiesel production. However, the limited knowledge about important aspects such as disease resistance, genetic diversity and conservation of germplasm, limit the expansion of cultivation in the country. The objective of this work was to study the genetic variability using morphological characters in diaspores and kernels, develop strategies for ex situ conservation and regeneration of germplasm in the short and medium term and estimate the size of the genome of oil palm using cytometry flow. For the study of genetic diversity were considered morphological parameters of diaspores and kernels of eighteen accessions of the E. oleifera, eleven E. guineensis var. tenera and twelve E. guineensis var. dura, maintained in the oil palm germplasm bank of Embrapa Western Amazon, Manaus – AM – Brazil. Of these accessions, nine were selected for germination tests and in vitro germplasm conservation under minimal growth regime, at low temperature and in the presence of osmotic regulators. For determination of nuclear DNA content, other ten samples were selected from the materials in the germplasm bank: three of Elaeis guineensis, five E. oleifera and two interspecific hybrids (OXG). The results obtained after analysis of the biometric parameters of the diaspores and kernels, showed differences between accessions of the same origin and differences between accessions from diverse populations maintained in the germplasm bank. The in vitro maintenance of oil palm plants on minimum growth, can be successfully accomplished at a temperature of 20°C, and the sucrose is the most effective carbohydrate source for maintaining the quality of preserved plants. In the measurement of DNA content in Elaeis, estimates indicate that, on average, the size of the genome of E. guineensis is 4,32 ± 0,173 pg, where as in E. oleifera is 4,43 ± 0,180 pg. This indicates that both genomes are similar in size and as expected, the size of the hybrid genome is approximately the average of the parental genomes, 4,40 ± 0,016 pg.

Orientador : William Jose da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-15T17:46:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moura_CeresBittencourt_M.pdf: 913807 bytes, checksum: f6bbdf026310addb5330dbe771a1a93a (MD5) Previous issue date: 1978 / Resumo: Duas linhagens de milho S3' uma resistente, e outra susceptível ao Helminthospopium tupcicum, e suas gerações F1' F2' bem como os dois retrocruzamentos, foram esta dados em condições bastante favoráveis para o desenvolvimento do agente patogênico. As seis populações foram avaliadas em 1976/77, na ~rea Experimental da UNICAMP, em um ensaio com delineamento em faixa, com quatro repetições. As parceIas maiores corresponderam aos tratamentos com e sem o fungicida Dithane M-45 na concentração de 200 g P.A./100 I de .água, e as sUb-parcelas constituiram-se dos seis germoplasmas. A variabilidade genótica para resistência das plantas ao H. turcicum foi estudada em estreita associação com o potencial produtivo dos diferentes germoplasmas, com 8 sem fungicida. O objetivo desse trabalho foi o de criar um grêdiente de respostas ao fungo para estudar melhor a redução da produtividade das plantas causad~ pelo H. t~rcicum.' Os resultados indicam que a resistência das planplantas é parentemente do tipo poligênico, e condicionada por um pequeno número de genes de efeito principalmente do tipo não-aditivo...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: A resistant 53 maize line. a susceptible 53 l1ne to Northern corn leaf blight caused by HeZminthospopium tucicum and related crosses were studied. The parental lines ditions for the development of tha pathogen. The six populations were evaluated in the Experimental Area of the UNICAMP in 1976/77. in a split-plot design with four repl! cations. The plots corresponded to the treatments with or without Dithane M-45 at the concentration of 200 g A.P. / . 100 1 water. and the sub-units to the six germplasms. Genetic variability of the plant response to the pathogen was studied in close relationship with the yielr of the different germplasm. with and without fungicide treatment. The objetiva of this research was to create a plant gradiente of response to the fungus to study productivity reduction ceused by H. tupcicum...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Mestrado / Mestre em Biologia

OLIVEIRA, F. I. C. Avaliação de genótipos de meloeiro quanto à resistência à mosca minadora. 2014. 53 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2015-01-26T21:07:32Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_ficoliveira.pdf: 1463836 bytes, checksum: d56adaf9db26cc3b14f72823c6a68cfa (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-11-27T22:22:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_ficoliveira.pdf: 1463836 bytes, checksum: d56adaf9db26cc3b14f72823c6a68cfa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-27T22:22:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_ficoliveira.pdf: 1463836 bytes, checksum: d56adaf9db26cc3b14f72823c6a68cfa (MD5) Previous issue date: 2014 / The melon (Cucumis melo L.) is one of the most important vegetables in the world. Given its peculiarities, as its short cycle and staggered planting, pest control culture is prejudiced, being spent every year large amounts of pesticides to control the miner fly (Liriomyza sativae Blanchard) in melon, which, since 2000, appears as the key pest. The genetic control among the control measures is the ideal medium to circumvent the damage caused by this insect alternative. Thus, the aim of this work to evaluate a collection of Cucumis melo L. germplasm for resistance to miner fly (Liriomyza sativae); resistant accessions to identify and correlate the variables within and between experiments and field cage in field and cage were tested 58 melon genotypes for resistance to leaf miner, 49 accesses the Active Germplasm Bank of melon Embrapa Vegetables, five accessions of the Germplasm Bank of Cucurbits for the Brazilian Northeast and four commercial hybrids. The work was divided into two experiments: field and cage. The field experiment was conducted at the Experimental Station of Pacajus – CE, of the Embrapa Tropical Agroindustry (CNPAT), from December 2012 to February 2013 in a completely randomized design with two replications and six plants per plot. The experiment was conducted in cages in the Laboratories of Entomology and of Plant Breeding and Genetic Resources, in Fortaleza, during the period March 2013 to ammonium in a completely randomized design with six replications, each plant, subjective score based on infestation and number of mines per leaf - in the field: a portion of the following characteristics were evaluated and cage - number of mines per leaf chlorophyll content of leaves and colorimetry. Data were submitted to Kruskal-Wallis test. To determine the degree of relationship between variables, we calculated the Pearson correlation coefficient. The results revealed statistically significant differences among accessions for all variables. Genotypes 16, 48 and 51 showed favorable results for resistance in both experiments, so are best suited for future research focusing on improving introgression of resistance in melon L. sativae. / O meloeiro (Cucumis melo L.) é uma das hortaliças de maior relevância no mundo. Dada suas peculiaridades, como seu ciclo curto e plantio escalonado, o controle fitossanitário da cultura é prejudicado, sendo gasto todos os anos grande volume de defensivos agrícolas para controlar a mosca minadora (Liriomyza sativae Blanchard) no meloeiro, que, desde 2000, aparece como a praga chave da cultura. O controle genético, dentre as medidas de controle, é a alternativa ideal para contornar os danos causados por esse inseto. Com isso, objetivou-se com esse trabalho: Avaliar uma coleção de germoplasma de Cucumis melo L. quanto à resistência à mosca minadora (Liriomyza sativae); identificar acessos resistentes e correlacionar as variáveis analisadas dentro e entre os experimentos de campo e de gaiola.. Foram testados, em campo e em gaiola, 58 genótipos de meloeiro quanto a resistência à mosca minadora, sendo 49 acessos do Banco Ativo de Germoplasma de Melão da Embrapa Hortaliças (Brasília-DF), cinco acessos do Banco de Germoplasma de Cucurbitáceas para o Nordeste Brasileiro e quatro híbridos comerciais. O trabalho foi dividido em dois experimentos: campo e gaiola. O experimento de campo foi realizado no Campo Experimental de Pacajus-CE da Embrapa Agroindústria Tropical (CNPAT), no período de dezembro de 2012 a fevereiro de 2013, em um delineamento inteiramente casualizado, com duas repetições e seis plantas por parcela. O experimento nas gaiolas foi realizado nos laboratórios de Entomologia e de Melhoramento e Recursos Genéticos Vegetais da Embrapa Agroindústria Tropical, em Fortaleza-CE, durante o período de março a maio de 2013, em um delineamento inteiramente casualizado, com seis repetições, sendo cada planta uma parcela Foram avaliadas as seguintes características: no campo - nota subjetiva com base na infestação e número de minas por folha; e, em gaiola - número de minas por folha, teor de clorofila e colorimetria das folhas. Os dados foram submetidos ao teste de Kruskal-Wallis. Para determinar o grau de relação entre as variáveis estudadas, calculou-se o coeficiente de correlação de Pearson. Os resultados revelaram diferença estatística entre os acessos para todas as variáveis estudadas. Os genótipos CNPH 11-282, CNPH 11-1072 e CNPH 11-1077 apresentaram resultados favoráveis para resistência em ambos os experimentos, portanto são os mais indicados para pesquisas futuras em melhoramento com enfoque na introgressão da resistência à L. sativae em meloeiro.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2012. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-06-26T18:41:45Z No. of bitstreams: 1 2012_VitorAntunesMonteiro.pdf: 1190256 bytes, checksum: f05e14ab2fa765ca1a26a3dbf36cceb7 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-27T12:56:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_VitorAntunesMonteiro.pdf: 1190256 bytes, checksum: f05e14ab2fa765ca1a26a3dbf36cceb7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-27T12:56:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_VitorAntunesMonteiro.pdf: 1190256 bytes, checksum: f05e14ab2fa765ca1a26a3dbf36cceb7 (MD5) / O início da produção comercial de cevada (Hordeum vulgare L.) no Brasil data da década de 1930, nos estados do Sul. Sua inserção no Cerrado do planalto central brasileiro ocorreu em 1976 graças à sua adaptabilidade às condições edafoclimáticas deste bioma e aos apoios governamentais, da EMBRAPA e de iniciativas privadas. O sucesso do cultivo, entretanto, depende do conhecimento e utilização da variabilidade genética existente em bancos de germoplasma. No Brasil, ainda que se disponha de ampla coleção de acessos, não se tem uma caracterização sistemática e nem informações sobre o valor dos mesmos em programas de melhoramento. O objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos, fenotípicos e ambientais de componentes de produção e caracteres morfoagronômicos por análise da diversidade entre acessos de cevada pré-selecionados, para formar coleção de trabalho, identificando genótipos a serem utilizados no melhoramento genético da cevada irrigada no Cerrado. Conduziu-se o experimento na Embrapa Cerrados, Planaltina, DF, situada a 15º35’30’’ de latitude Sul e 47º42’30’’ de longitude Oeste, numa altitude de 1.007 m, sob irrigação, entre 18 de junho e 17 de outubro de 2010, composto por 433 acessos, além de BRS 180 e BRS 195 (testemunhas), em delineamento de testemunhas intercalares. Para estimar os parâmetros genéticos foram utilizados 13 descritores morfoagronômicos quantitativos e, para a comparação entre acessos, onze quantitativos e quatro categóricos. Foram encontradas altas magnitudes de herdabilidade e coeficiente de variação genético para as características agronômicas avaliadas, além de forte correlação negativa para interação rendimento x dias para espigamento e teor de proteína. A dissimilaridade genética entre os pares de acessos foi estimada utilizando o coeficiente de Gower e, a partir disso, foram aplicados o método de otimização de Tocher e a dispersão gráfica das distâncias no plano. As distâncias genéticas variaram de 0,025 a 0,572, com média de 0,256. Os acessos foram distribuídos em 18 grupos pelo método de Tocher, de forma coerente ao observado na dispersão gráfica. A divergência genética existente na coleção pesquisada, aliada às altas herdabilidades e coeficientes de variação genética, permitem definir acessos para compor blocos de cruzamentos em programas de melhoramento genético de cevada em ambiente de Cerrado irrigado. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The commercial production of barley (Hordeum vulgare L.) in Brazil began in the 1930s, at first in the southern states. Its insertion into the Brazilian Savannah Highland occurred in 1976 thanks to its adaptability to the edafoclimatic conditions of this biome and to the government subsidies, EMBRAPA and private initiatives. The success of this crop relies, however, on the knowledge and use of genetic variability present in germplasm banks. In Brazil, even though large access collections are available, a systematic characterization of them, with information on genetic parameters estimates and statistics does not exist. The aim of this work was to estimate genetic, phenotypic and environmental parameters of yield components and morfoagronomic characters, by analyzing diversity among pre-selected accessions, to integrate a core collection for barley breeding at irrigated savannah conditon. The experiment was conducted in Embrapa Cerrados, Planaltina, DF, Brazil, located at 15º35'30'' south latitude and 47º42'30'' west longitude at an altitude of 1007 m, under irrigation, between 18 June and 17 October 2010, composed of 433 accesses, plus BRS180 and BRS 195 (checks), in an interpolated control design. To estimate the genetic parameters 13 quantitative morphological descriptors were used while the comparison between accesses were made by eleven quantitative and four discrete. High magnitudes of heritability and genetic variation coefficient were found for the agronomic traits evaluated, besides of strong negative correlation between yield x days to earing and protein content. The genetic dissimilarity between access pairs was estimated using Gower’s coefficient and, from this, the optimizing Tocher method and the graphic dispersion distance were applied. The genetic distances varied between 0.025 and 0.572, with mean of 0.256. The accessions were distributed in 18 groups by the Tocher method, which were directly related to the graphic dispersion. The existing genetic divergence in the collection under study, ally to high heritabilities and genetic variation coefficients, allows the identification of accessions to be used in crossing blocs from a breeding programme directed to savannah environment.

Orientador: José Roberto Môro / Banca: João Carlos de Oliveira / Banca: Antonio Sérgio Ferraudo / Banca: José Antonio Alberto da Silva / Banca: Jair Costa Nachtigal / Resumo: A pupunheira tem um potencial econômico e social muito grande, sendo a palmeira mais importante na América pré-colombiana, constituindo junto com o milho e a mandioca, a base da alimentação dos povos primitivos. Os principais produtos extraídos são o palmito e os frutos para o consumo humano direto, alimento animal, farinhas para consumo humano e óleo vegetal. Os objetivos do presente trabalho foram de utilizar uma lista de descritores morfológicos recomendada, para discriminar primeiramente as raças Pará e Putumayo e após sua validação estatística, verificar também a existência da raça Solimões, que até hoje tem sido negada. Foram aplicadas técnicas estatísticas univariadas e multivariadas na tentativa de discriminar as raças. Dos 42 descritores iniciais, 25 apresentaram diferenças significativas entre as raças e 15 tiveram aproximação normal. A análise discriminante mostrou que a raça Pará possuía 15% das plantas mal classificadas e Putumayo 14%, já com a seleção de desenvolmer para componentes principais, as percentagens foram 9 e 19%, respectivamente, para as duas raças. A população de Manacapuru, não formou grupo nas duas primeiras análises de agrupamento e nem com componentes principais. As três análises em conjunto, conseguiram discriminar as raças Pará, Putumayo e Solimões, sendo os descritores mais importantes nesta discriminação e classificação das raças: número de espigas por cacho, comprimento da ráquis, peso dos frutos, espessura das cascas, facilidade para descascar os frutos, peso das cascas, sabor dos frutos, espessura da polpa, distância morfológica dos frutos e peso das sementes. / Abstract: The peach palm has a economic and social potential very great being the palm most important in the América pre-Colombian, contribuiting together with the maize and the cassava in the indenous feeds. The target of the present work was: to use a morphological descriptor list recommended, to discriminate between two landraces and descriptors validation , to verify the existence of solimoes landraces. Univariated and multivariated statistical techniques were used to attemp discriminate the landraces. Form fort yone initial descriptors, twenty five had presented significant difference between the landraces and fifteen had presented normal approach. The discriminant analysis have showed that Pará landrace possessed fifteen percent of the plant badly c1assified and Putumayo about fourteen percent to it. In the analysis of principal component, the percentages were nine and nineteen percent, respectively, for the two landraces. Manacapuru population did not form c1usterin in the two first one analysis of and nor with principal components. Three joint analysis in the set had obtained to discriminate the Pará, Putumayo and Solimoes landraces and the discrimnant analysis with three landraces, c1assified Manacapuru of the Putumayo landrace inside. The most important descriptors in the discrimination between landraces were: numbers of ears per raceme, raquis length, fruit weight, thickness of fruits bark, facility to peel fruits, weight of fruit bark, fruit flavor, pulp thickness, morphological distance between fruits and seed weight. / Doutor

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Coorientador: Marcos Guimarães de Andrade Landell / Banca: Ana Lilia Alzate Marin / Banca: Dilermando Perecin / Resumo: A cana-de-açúcar figura mundialmente como uma importante cultura econômica, com grande participação no suprimento da demanda global por energia e açúcar. Bancos ativos de germoplasma são repositórios in vivo de variabilidade genética para os programas de melhoramento, estando diretamente relacionados ao sucesso do programa. Para uma gestão adequada e eficiente do banco é necessário conhecer a magnitude e distribuição da variabilidade genética dentro e entre os grupos de acessos das respectivas espécies que o compõe bem como identificar os acessos duplicados ou erroneamente identificados. Marcadores moleculares microssatélites são adequados para tal finalidade. O presente trabalho teve como objetivo principal avaliar a estrutura genética de um grupo de 593 genótipos, constituído por germoplasma básico e melhorado, disponíveis no banco de germoplasma do Programa Cana - IAC. Além disso, a magnitude da diferenciação genética entre as principais cultivares brasileiras e o germoplasma básico de cana-de-açúcar também foi investigada. Para tanto, 12 pares de primers SSR de alto poder discriminatório foram utilizados. A análise da estrutura genética separou os genótipos em dois grupos principais, um constituído por germoplasma básico e o outro por genótipos melhorados. A partição da variabilidade genética mostrou que 14,44% (P<0,001) da variabilidade total detectada pelos marcadores encontra-se entre estes dois grupos. Resultados semelhantes foram observados entre as principais cultiv... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sugarcane is a crop with worldwide economic importance due to its large participation in supplying the global demand for energy and sugar. Active germplasm banks are in vivo repositories of genetic variability for breeding programs, being directly related to their success. For its adequate management, a constant routine of surveillance and control over the accessions is required. Microsatellite (SSRs) molecular markers are suitable for this purpose. The present work aims to evaluate the genetic structure of a group of 593 individuals, composed by basic germplasm accessions and breeding genotypes, available within the germplasm bank of the Campinas Agronomic Institute (IAC) Sugarcane Genetic Breeding Program, based on these markers, with a focus on the comparison between the genetic diversity of Brazilian clones and cultivars (IAC, CTC, SP and RB) with accessions of diverse species, genera and exotic hybrids. In addition, the magnitude of the genetic differentiation between the main Brazilian cultivars and the basic sugarcane germplasm was also investigated. For this purpose, 12 pairs of SSR primers with high discriminatory power were used. The genetic variability present in the group is structured in a way where breeding materials differ from wild accessions, constituting two groups of individuals. Genetic variability among them is 14.44%, while 85.56% is present within them (P<0.001). Similar results were observed between the main Brazilian cultivars and the basic germplasm,... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-31Bitstream added on 2014-06-13T18:54:58Z : No. of bitstreams: 1 isobe_mtc_me_botfca.pdf: 987112 bytes, checksum: 67b1de5e7f11df70311b90461e76ad6f (MD5) / A espécie Lychnophora pinaster, espécie microendemica do Cerrado brasileiro, encontra-se na categoria vulnerável da lista vermelha das espécies ameaçadas de extinção da flora de Minas Gerais. Amplamente utilizada na medicina popular, esta espécie sofre o impacto do constante extrativismo desordenado e a degradação do seu ambiente natural. O objetivo deste tabalho foi avaliar a influência de duas épocas de colheita (verão e inverno) no rendimento e na composição química dos óleos essenciais de populações nativas de Lychnophora pinaster Mart e caracterizar morfologicamente as folhas e os tricomas glandulares, gerando informações relevantes para potencial uso da espécie. Foram amostradas três populações nativas de L. pinaster, oriundas dos municípios de Carrancas, Lavras e Itumirim no Estado de Minas Gerais. O óleo essencial das folhas de cada indivíduo foi extraído por hidrodestilação e analisados em cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas (CG-EM, Shimadzu, QP-5000). Para a caracterização da anatomia foliar foram selecionadas folhas jovens e adultas de um indivíduo proveniente do banco de germoplasma localizado em Campinas-SP. Foram analisadas lâminas permanentes e semi-permanentes e realizados testes histoquímicos para identificar e localizar as principais classes químicas dos metabólitos presentes nas folhas. Todo o laminário obtido foi analisado em microscópio Olympus BX41 equipado com câmera digital Olympus C7070. As análises da morfologia do indumento foliar foram... / Lychnophora pinaster Mart is one of the microendemical species of the Brazilian Cerrado and it is in the vulnerable category of the Red List of endangered species of the Minas Gerais flora. Widely used in folk medicine, this species suffers the impact of constant non-organized extractivism and degradation of its natural environment. The objective of this research was to evaluate the influence of two harvest seasons (summer and winter) on the yield and chemical composition of the essential oil from native populations of L. pinaster and the morphological characterization of the leaves and glandular trichomes, generating relevant information about the potential use of the species. Was sampled three native populations of L. pinaster, at Carrancas, Lavras and Itumirim localities in the State of Minas Gerais (Brazil). The essential oil from the leaves of each individual was extracted by hydrodistillation and analyzed by gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS, Shimadzu QP-5000). To characterize the leaf anatomy, old and young leaves were selected 4 from a single plant of the Campinas-SP germoplasm bank. We analyzed permanent and semipermanent slides and histochemical tests were performed to identify and locate the main chemical classes of metabolites present in the leaves. The entire slide collection obtained was analyzed in Olympus BX41 microscope equipped with Olympus C7070 digital camera. The morphological analysis of the leaf indumentum was performed in scanning electron microscope (SEM), FEI Quanta 200 (Philips). The results of seasonality showed no significant difference in the average yield of the essential oil production within populations, but we observed a lower average yield of essential oil in the population from Carrancas. Trans-methyl cinnamate and trans-caryophyllene were... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-03-24Bitstream added on 2014-06-13T19:21:42Z : No. of bitstreams: 1 batistini_ap_dr_jabo.pdf: 647626 bytes, checksum: 4539039c5222292b6b064ca5d3f95e8a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Unaerp / Anemopaegma arvense é uma planta medicinal endêmica do cerrado com princípios ativos contra o câncer, a malária e a AIDS. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade morfológica, genética e química de sete populações naturais coletadas no cerrado remanescente do estado de São Paulo nos municípios de Itatinga, Bauru, Brotas, Iaras, Pedregulho, Estação Experimental de Paraguaçú Paulista e Reserva Biológica de Moji-Guaçú. As metodologias realizadas foram: a identificação taxonômica com uma chave de identificação; análise genética, com a técnica de Polimorfismo de DNA Amplificado ao Acaso (RAPD) e análise química com os marcadores triterpenos betulina, ácido betulínico, ácido oleanólico e ácido ursólico. Na identificação taxonômica foram registradas as quatro variedades: arvense, pubera, latifolia e petiolata, sendo que as variedades pubera e arvense predominaram nos locais de coleta à leste do estado, a variedade latifolia predominou no oeste, e no centro do estado há uma ocorrência de todas as variedades indistintamente. Na análise genética, a maior parte da variação foi encontrada dentro de populações, e a alta estruturação populacional encontrada segue o modelo de ilhas. Os indivíduos coletados apresentaram quimiotipos distintos que foram separados em 4 grupos. Trinta e sete dos 106 indivíduos coletados (cerca de 1/3 do total) foram selecionados para serem conservados em banco de germoplasma in vitro. Assim, a conservação da diversidade genética de A. arvense pode ser garantida e disponibilizada como matéria-prima na indústria farmacêutica brasileira. / Anemopaegma arvense is an endemic species native to Brazilian cerrado regions with bioactive agents effective on the treatment of cancer, malaria and HIV. The objective of this work was to evaluate to morphologic, genetic and chemical diversity of seven natural populations of A. arvense collected in remaining areas of cerrado in the state of São Paulo more specifically in the localities of Itatinga, Bauru, Brotas, Iaras, Pedregulho, Experimental Station of Paraguaçú Paulista and Biological Reserve of Moji-Guaçú. Taxonomic identification was developed using an identification key; RAPD genetic analysis and chemical analysis using the triterpenoid markers betulin, betulinic acid, oleanolic acid and ursolic acid. Based on the taxonomic identification four varieties were recorded: arvense, pubera, latifolia and petiolata. The varieties pubera and arvense occur mainly in the East of the state, the variety latifolia happens in the West and the four varieties were found indistinctly in the interior of the state. Genetic analysis demonstrated great variability inside populations and that the populational structure found follows the model of islands. The accessions collected, presented different chemotypes and were divided in 4 groups. Among the 106 individuals collected, 37 were selected (about 1/3 of the total) and were introduced in the in vitro germplasm bank to assure the genetic diversity preservation of A. arvense and permit supplying pharmaceutical industry with crude material.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002-08-20Bitstream added on 2014-06-13T20:03:34Z : No. of bitstreams: 1 martel_jhi_dr_jabo.pdf: 1142341 bytes, checksum: d5876bdaae6caa03d42f9ab8eff903df (MD5) / A pupunheira tem um potencial econômico e social muito grande, sendo a palmeira mais importante na América pré-colombiana, constituindo junto com o milho e a mandioca, a base da alimentação dos povos primitivos. Os principais produtos extraídos são o palmito e os frutos para o consumo humano direto, alimento animal, farinhas para consumo humano e óleo vegetal. Os objetivos do presente trabalho foram de utilizar uma lista de descritores morfológicos recomendada, para discriminar primeiramente as raças Pará e Putumayo e após sua validação estatística, verificar também a existência da raça Solimões, que até hoje tem sido negada. Foram aplicadas técnicas estatísticas univariadas e multivariadas na tentativa de discriminar as raças. Dos 42 descritores iniciais, 25 apresentaram diferenças significativas entre as raças e 15 tiveram aproximação normal. A análise discriminante mostrou que a raça Pará possuía 15% das plantas mal classificadas e Putumayo 14%, já com a seleção de desenvolmer para componentes principais, as percentagens foram 9 e 19%, respectivamente, para as duas raças. A população de Manacapuru, não formou grupo nas duas primeiras análises de agrupamento e nem com componentes principais. As três análises em conjunto, conseguiram discriminar as raças Pará, Putumayo e Solimões, sendo os descritores mais importantes nesta discriminação e classificação das raças: número de espigas por cacho, comprimento da ráquis, peso dos frutos, espessura das cascas, facilidade para descascar os frutos, peso das cascas, sabor dos frutos, espessura da polpa, distância morfológica dos frutos e peso das sementes. / The peach palm has a economic and social potential very great being the palm most important in the América pre-Colombian, contribuiting together with the maize and the cassava in the indenous feeds. The target of the present work was: to use a morphological descriptor list recommended, to discriminate between two landraces and descriptors validation , to verify the existence of solimoes landraces. Univariated and multivariated statistical techniques were used to attemp discriminate the landraces. Form fort yone initial descriptors, twenty five had presented significant difference between the landraces and fifteen had presented normal approach. The discriminant analysis have showed that Pará landrace possessed fifteen percent of the plant badly c1assified and Putumayo about fourteen percent to it. In the analysis of principal component, the percentages were nine and nineteen percent, respectively, for the two landraces. Manacapuru population did not form c1usterin in the two first one analysis of and nor with principal components. Three joint analysis in the set had obtained to discriminate the Pará, Putumayo and Solimoes landraces and the discrimnant analysis with three landraces, c1assified Manacapuru of the Putumayo landrace inside. The most important descriptors in the discrimination between landraces were: numbers of ears per raceme, raquis length, fruit weight, thickness of fruits bark, facility to peel fruits, weight of fruit bark, fruit flavor, pulp thickness, morphological distance between fruits and seed weight.