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Prevalência e valor prognóstico de marcadores moleculares em tumores colorretais esporádicos

Coura, Renata dos Santos January 2005 (has links)
O câncer colorretal (CCR) é o terceiro tumor em freqüência e o segundo em mortalidade nos países desenvolvidos. No Brasil, está entre as seis neoplasias malignas mais encontradas e é a terceira em mortalidade. Dentre todos os casos de CCR, cerca de 85% são esporádicos. A avaliação de prognóstico se baseia atualmente apenas em parâmetros clínico-patológicos e morfológicos, uma vez que o valor de marcadores moleculares para o prognóstico ainda precisa ser melhor esclarecido. Mutações em genes de reparo de malpareamento de DNA (MMR) estão associadas principalmente com CCR hereditário, em especial na Sìndrome do Câncer Colorretal Hereditário Não-Polipomatoso (HNPCC), podendo também ser observadas em alguns casos de CCR esporádico. Essas mutações em genes MMR (hMSH2 e hMLH1, principalmente) resultam em falha na correção dos erros de replicação, que como conseqüência geram instabilidade de microssatélites (IMS). A freqüência de IMS é maior que 90% no HNPCC e cerca de 15% em CCRs esporádicos. Tumores com IMS tendem a apresentar melhor prognóstico. Mutações no oncogene K-ras estão presentes em alta freqüência em CCRs e desempenham um papel importante na patogênese da doença, tendo também sido associadas ao prognóstico. Este trabalho avalia a prevalência e o valor prognóstico de um painel de cinco marcadores para análise de instabilidade de microssatélites e de mutações no códon 12 do gene K-ras em tumores de reto. Além disso, também faz uma análise populacional descritiva do perfil dos microssatélites BAT-25 e BAT-26 em duas amostras do Rio Grande do Sul: uma de indivíduos com ascendência africana e outra de doadores de sangue do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA). A freqüência de IMS-H nos tumores de reto foi de 7.3%, e a de IMS-L foi de 51.2%. A freqüência de mutação no códon 12 do gene K-ras foi de 26.8%. Estes resultados estão de acordo com o descrito na literatura para tumores colorretais esporádicos. Não houve correlação significativa entre os achados moleculares, e os dados clínicos e histopatológicos. Mutações no códon 12 do gene K-ras apresentaram associação com o aspecto da cromatina nuclear e com a circularidade do núcleo. Pacientes com tumores com alto grau de instabilidade (IMS-H) mostraram uma melhor sobrevida. Mutações no códon 12 do gene K-ras não apresentaram correlação significativa com o prognóstico. Os locos BAT-25 e BAT-26 são polimórficos na população do Rio Grande do Sul, o que torna necessária a análise comparativa entre tecido normal e tecido tumoral para detecção de IMS. Nossos resultados descrevem o perfil destes dois marcadores moleculares em carcinomas de reto na população do Rio Grande do Sul. Além de sugerirem tendências importantes do seu possível valor prognóstico. / Colorectal cancer is the third tumor in frequency and the second in mortality in developed countries. In Brazil, it is one of the six most common cancers and the third in mortality. Prognostic evaluation is currently based only on clinicopathological and morphological parameters, since the prognostic value of molecular markers requires further elucidation. Microsatellite instability (MSI), which is caused by mutations in mismatch repair genes, are found in more than 90% of tumors of HNPCC and in about 15% of sporadic CRC. Mutations in the oncogene K-ras are present in a high frequency in CRCs and play an important role in pathogenesis of the disease. In this study we evaluate the prevalence and prognostic value of mutations in codon 12 of K-ras gene and of a panel of five markers for MSI analysis in sporadic colorectal tumors. Besides we made a descriptive populational analysis of the BAT-25 and BAT-26 microsatellites profile in two samples from Rio Grande do Sul. We found a high-level instability (MSI-H) frequency of 7.3%. Low-level instability and stability were found in 51.2% and 41.5% of patients, respectively. MSI-H showed significant association with better overall survival. We found a frequency of K-ras codon 12 mutations of 26.8%. There was not significant association of K-ras mutation with clinicopathological variables. K-ras mutation showed significant association with two morphological features: aspect and roundness. BAT-25 and BAT-26 showed polymorphism in the studied samples, what requires the comparative analysis between normal and tumoral tissue to assess IMS status. Our results have described the profile of these two molecular markers in rectal carcinomas in our population. Furthermore, they suggest important tendencies of their possible prognostic value that need to be well elucidated in a larger sample.
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Prevalência e valor prognóstico de marcadores moleculares em tumores colorretais esporádicos

Coura, Renata dos Santos January 2005 (has links)
O câncer colorretal (CCR) é o terceiro tumor em freqüência e o segundo em mortalidade nos países desenvolvidos. No Brasil, está entre as seis neoplasias malignas mais encontradas e é a terceira em mortalidade. Dentre todos os casos de CCR, cerca de 85% são esporádicos. A avaliação de prognóstico se baseia atualmente apenas em parâmetros clínico-patológicos e morfológicos, uma vez que o valor de marcadores moleculares para o prognóstico ainda precisa ser melhor esclarecido. Mutações em genes de reparo de malpareamento de DNA (MMR) estão associadas principalmente com CCR hereditário, em especial na Sìndrome do Câncer Colorretal Hereditário Não-Polipomatoso (HNPCC), podendo também ser observadas em alguns casos de CCR esporádico. Essas mutações em genes MMR (hMSH2 e hMLH1, principalmente) resultam em falha na correção dos erros de replicação, que como conseqüência geram instabilidade de microssatélites (IMS). A freqüência de IMS é maior que 90% no HNPCC e cerca de 15% em CCRs esporádicos. Tumores com IMS tendem a apresentar melhor prognóstico. Mutações no oncogene K-ras estão presentes em alta freqüência em CCRs e desempenham um papel importante na patogênese da doença, tendo também sido associadas ao prognóstico. Este trabalho avalia a prevalência e o valor prognóstico de um painel de cinco marcadores para análise de instabilidade de microssatélites e de mutações no códon 12 do gene K-ras em tumores de reto. Além disso, também faz uma análise populacional descritiva do perfil dos microssatélites BAT-25 e BAT-26 em duas amostras do Rio Grande do Sul: uma de indivíduos com ascendência africana e outra de doadores de sangue do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA). A freqüência de IMS-H nos tumores de reto foi de 7.3%, e a de IMS-L foi de 51.2%. A freqüência de mutação no códon 12 do gene K-ras foi de 26.8%. Estes resultados estão de acordo com o descrito na literatura para tumores colorretais esporádicos. Não houve correlação significativa entre os achados moleculares, e os dados clínicos e histopatológicos. Mutações no códon 12 do gene K-ras apresentaram associação com o aspecto da cromatina nuclear e com a circularidade do núcleo. Pacientes com tumores com alto grau de instabilidade (IMS-H) mostraram uma melhor sobrevida. Mutações no códon 12 do gene K-ras não apresentaram correlação significativa com o prognóstico. Os locos BAT-25 e BAT-26 são polimórficos na população do Rio Grande do Sul, o que torna necessária a análise comparativa entre tecido normal e tecido tumoral para detecção de IMS. Nossos resultados descrevem o perfil destes dois marcadores moleculares em carcinomas de reto na população do Rio Grande do Sul. Além de sugerirem tendências importantes do seu possível valor prognóstico. / Colorectal cancer is the third tumor in frequency and the second in mortality in developed countries. In Brazil, it is one of the six most common cancers and the third in mortality. Prognostic evaluation is currently based only on clinicopathological and morphological parameters, since the prognostic value of molecular markers requires further elucidation. Microsatellite instability (MSI), which is caused by mutations in mismatch repair genes, are found in more than 90% of tumors of HNPCC and in about 15% of sporadic CRC. Mutations in the oncogene K-ras are present in a high frequency in CRCs and play an important role in pathogenesis of the disease. In this study we evaluate the prevalence and prognostic value of mutations in codon 12 of K-ras gene and of a panel of five markers for MSI analysis in sporadic colorectal tumors. Besides we made a descriptive populational analysis of the BAT-25 and BAT-26 microsatellites profile in two samples from Rio Grande do Sul. We found a high-level instability (MSI-H) frequency of 7.3%. Low-level instability and stability were found in 51.2% and 41.5% of patients, respectively. MSI-H showed significant association with better overall survival. We found a frequency of K-ras codon 12 mutations of 26.8%. There was not significant association of K-ras mutation with clinicopathological variables. K-ras mutation showed significant association with two morphological features: aspect and roundness. BAT-25 and BAT-26 showed polymorphism in the studied samples, what requires the comparative analysis between normal and tumoral tissue to assess IMS status. Our results have described the profile of these two molecular markers in rectal carcinomas in our population. Furthermore, they suggest important tendencies of their possible prognostic value that need to be well elucidated in a larger sample.
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Relações filogenéticas entre grupos e espécies neotropicais do subgênero Drosophila inferidas por análise molecular do gene AMD (alfa metil-dopa)

Robe, Lizandra Jaqueline January 2004 (has links)
O gênero Drosophila é composto, tradicionalmente, por 15 subgêneros e mais de 1.400 espécies, perfazendo, sozinho, quase metade das espécies da família Drosophilidae. Esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo que fornece inúmeras oportunidades de investigação acerca de padrões evolutivos, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. De modo geral, pode-se dizer que a sistemática do gênero Drosophila ainda permanece, na maior parte dos casos, bastante controversa e incompleta, apesar de sua importância na elucidação da história evolutiva de inúmeros processos biológicos já evidenciados e caracterizados para o grupo. Este quadro é, ainda, agravado pela certa escassez de estudos moleculares direcionados à resolução filogenética de seus representantes Neotropicais, pertencentes, principalmente, ao subgênero Drosophila. Visando suprir algumas destas deficiências, realizou-se, neste trabalho, a análise filogenética de parte da região codificante do gene nuclear Amd (alfa metil-dopa) para um total de 49 espécies, representantes, em sua maioria, das radiações immigrans-tripunctata e virilis-repleta do subgênero Drosophila. Trata-se, portanto, da primeira abordagem molecular para muitas das espécies consideradas. Entre os resultados obtidos, destaca-se a corroboração de uma série de hipóteses de parafilia dentro da família Drosophilidae, entre as quais a do próprio gênero e do subgênero Drosophila. Novos estudos são, entretanto, necessários para o estabelecimento de um panorama mais concreto da filogenia destas espécies e, caso alguns dos resultados aqui apresentados se confirmem, uma revisão taxonômica tornar-se-á, possivelmente, indispensável. / The Drosophila genus is traditionaly composed of 15 subgenus and more than 1.400 species, performing, alone, about half of the Drosophilidae family species. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of investigation, concerning patterns of evolution for example, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Usually, we can say that the systematics of the Drosophila genus still remain fully controverse and incomplete, despite its importance on the elucidation of the evolutive history of numberless biological processes already known and characterized for the group. This picture is still worse given the scarcity of molecular studies seeking to resolve the phylogenetic relationships of the Neotropical members of the Drosophila subgenus. Aiming to supply some of these deficiencies we accomplished, in this work, the phylogenetic analysis of 513 base pairs of the codificant region of the Amd (alpha methildopa) nuclear gene, for a whole of 49 taxa, mainly of which, are representatives of immigrans-tripunctata and virilis-repleta radiations of the Drosophila subgenus. Hence, this is the first molecular approach for a lot of the species here considered. Among the obtained results, we emphasize the corroboration of a set of hypothesis concerning merophyly inside de Drosophilidae family, among which we point out the paraphyletic status presented by the Drosophila genus and subgenus. We also corroborated many of Throckmorton (1975) radiations, as is the case for the immigrans-Hirtodrosophila, tripunctata, virilis-repleta and repleta radiations. Nevertheless, new studies are necessary to definitively establish the Drosophila subgenus phylogeny, and if some of the results here presented will come to be confirmed, a taxonomic revision of Drosophilidae will, certainly, become indispensable.
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Prevalência e valor prognóstico de marcadores moleculares em tumores colorretais esporádicos

Coura, Renata dos Santos January 2005 (has links)
O câncer colorretal (CCR) é o terceiro tumor em freqüência e o segundo em mortalidade nos países desenvolvidos. No Brasil, está entre as seis neoplasias malignas mais encontradas e é a terceira em mortalidade. Dentre todos os casos de CCR, cerca de 85% são esporádicos. A avaliação de prognóstico se baseia atualmente apenas em parâmetros clínico-patológicos e morfológicos, uma vez que o valor de marcadores moleculares para o prognóstico ainda precisa ser melhor esclarecido. Mutações em genes de reparo de malpareamento de DNA (MMR) estão associadas principalmente com CCR hereditário, em especial na Sìndrome do Câncer Colorretal Hereditário Não-Polipomatoso (HNPCC), podendo também ser observadas em alguns casos de CCR esporádico. Essas mutações em genes MMR (hMSH2 e hMLH1, principalmente) resultam em falha na correção dos erros de replicação, que como conseqüência geram instabilidade de microssatélites (IMS). A freqüência de IMS é maior que 90% no HNPCC e cerca de 15% em CCRs esporádicos. Tumores com IMS tendem a apresentar melhor prognóstico. Mutações no oncogene K-ras estão presentes em alta freqüência em CCRs e desempenham um papel importante na patogênese da doença, tendo também sido associadas ao prognóstico. Este trabalho avalia a prevalência e o valor prognóstico de um painel de cinco marcadores para análise de instabilidade de microssatélites e de mutações no códon 12 do gene K-ras em tumores de reto. Além disso, também faz uma análise populacional descritiva do perfil dos microssatélites BAT-25 e BAT-26 em duas amostras do Rio Grande do Sul: uma de indivíduos com ascendência africana e outra de doadores de sangue do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA). A freqüência de IMS-H nos tumores de reto foi de 7.3%, e a de IMS-L foi de 51.2%. A freqüência de mutação no códon 12 do gene K-ras foi de 26.8%. Estes resultados estão de acordo com o descrito na literatura para tumores colorretais esporádicos. Não houve correlação significativa entre os achados moleculares, e os dados clínicos e histopatológicos. Mutações no códon 12 do gene K-ras apresentaram associação com o aspecto da cromatina nuclear e com a circularidade do núcleo. Pacientes com tumores com alto grau de instabilidade (IMS-H) mostraram uma melhor sobrevida. Mutações no códon 12 do gene K-ras não apresentaram correlação significativa com o prognóstico. Os locos BAT-25 e BAT-26 são polimórficos na população do Rio Grande do Sul, o que torna necessária a análise comparativa entre tecido normal e tecido tumoral para detecção de IMS. Nossos resultados descrevem o perfil destes dois marcadores moleculares em carcinomas de reto na população do Rio Grande do Sul. Além de sugerirem tendências importantes do seu possível valor prognóstico. / Colorectal cancer is the third tumor in frequency and the second in mortality in developed countries. In Brazil, it is one of the six most common cancers and the third in mortality. Prognostic evaluation is currently based only on clinicopathological and morphological parameters, since the prognostic value of molecular markers requires further elucidation. Microsatellite instability (MSI), which is caused by mutations in mismatch repair genes, are found in more than 90% of tumors of HNPCC and in about 15% of sporadic CRC. Mutations in the oncogene K-ras are present in a high frequency in CRCs and play an important role in pathogenesis of the disease. In this study we evaluate the prevalence and prognostic value of mutations in codon 12 of K-ras gene and of a panel of five markers for MSI analysis in sporadic colorectal tumors. Besides we made a descriptive populational analysis of the BAT-25 and BAT-26 microsatellites profile in two samples from Rio Grande do Sul. We found a high-level instability (MSI-H) frequency of 7.3%. Low-level instability and stability were found in 51.2% and 41.5% of patients, respectively. MSI-H showed significant association with better overall survival. We found a frequency of K-ras codon 12 mutations of 26.8%. There was not significant association of K-ras mutation with clinicopathological variables. K-ras mutation showed significant association with two morphological features: aspect and roundness. BAT-25 and BAT-26 showed polymorphism in the studied samples, what requires the comparative analysis between normal and tumoral tissue to assess IMS status. Our results have described the profile of these two molecular markers in rectal carcinomas in our population. Furthermore, they suggest important tendencies of their possible prognostic value that need to be well elucidated in a larger sample.
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Relações filogenéticas entre grupos e espécies neotropicais do subgênero Drosophila inferidas por análise molecular do gene AMD (alfa metil-dopa)

Robe, Lizandra Jaqueline January 2004 (has links)
O gênero Drosophila é composto, tradicionalmente, por 15 subgêneros e mais de 1.400 espécies, perfazendo, sozinho, quase metade das espécies da família Drosophilidae. Esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo que fornece inúmeras oportunidades de investigação acerca de padrões evolutivos, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. De modo geral, pode-se dizer que a sistemática do gênero Drosophila ainda permanece, na maior parte dos casos, bastante controversa e incompleta, apesar de sua importância na elucidação da história evolutiva de inúmeros processos biológicos já evidenciados e caracterizados para o grupo. Este quadro é, ainda, agravado pela certa escassez de estudos moleculares direcionados à resolução filogenética de seus representantes Neotropicais, pertencentes, principalmente, ao subgênero Drosophila. Visando suprir algumas destas deficiências, realizou-se, neste trabalho, a análise filogenética de parte da região codificante do gene nuclear Amd (alfa metil-dopa) para um total de 49 espécies, representantes, em sua maioria, das radiações immigrans-tripunctata e virilis-repleta do subgênero Drosophila. Trata-se, portanto, da primeira abordagem molecular para muitas das espécies consideradas. Entre os resultados obtidos, destaca-se a corroboração de uma série de hipóteses de parafilia dentro da família Drosophilidae, entre as quais a do próprio gênero e do subgênero Drosophila. Novos estudos são, entretanto, necessários para o estabelecimento de um panorama mais concreto da filogenia destas espécies e, caso alguns dos resultados aqui apresentados se confirmem, uma revisão taxonômica tornar-se-á, possivelmente, indispensável. / The Drosophila genus is traditionaly composed of 15 subgenus and more than 1.400 species, performing, alone, about half of the Drosophilidae family species. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of investigation, concerning patterns of evolution for example, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Usually, we can say that the systematics of the Drosophila genus still remain fully controverse and incomplete, despite its importance on the elucidation of the evolutive history of numberless biological processes already known and characterized for the group. This picture is still worse given the scarcity of molecular studies seeking to resolve the phylogenetic relationships of the Neotropical members of the Drosophila subgenus. Aiming to supply some of these deficiencies we accomplished, in this work, the phylogenetic analysis of 513 base pairs of the codificant region of the Amd (alpha methildopa) nuclear gene, for a whole of 49 taxa, mainly of which, are representatives of immigrans-tripunctata and virilis-repleta radiations of the Drosophila subgenus. Hence, this is the first molecular approach for a lot of the species here considered. Among the obtained results, we emphasize the corroboration of a set of hypothesis concerning merophyly inside de Drosophilidae family, among which we point out the paraphyletic status presented by the Drosophila genus and subgenus. We also corroborated many of Throckmorton (1975) radiations, as is the case for the immigrans-Hirtodrosophila, tripunctata, virilis-repleta and repleta radiations. Nevertheless, new studies are necessary to definitively establish the Drosophila subgenus phylogeny, and if some of the results here presented will come to be confirmed, a taxonomic revision of Drosophilidae will, certainly, become indispensable.
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Arquitetura molecular de derivados Benzotiadiazolas para a marcação de mitocôndrias

Carvalho, Pedro Henrique Pimenta Rocha 25 July 2014 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2014. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-12-01T17:49:04Z No. of bitstreams: 1 2014_PedroHenriquePimentaRochaCarvalho.pdf: 3603250 bytes, checksum: d10addd162baedf66632b43ffe92e55b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-12-01T19:16:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_PedroHenriquePimentaRochaCarvalho.pdf: 3603250 bytes, checksum: d10addd162baedf66632b43ffe92e55b (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-01T19:16:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_PedroHenriquePimentaRochaCarvalho.pdf: 3603250 bytes, checksum: d10addd162baedf66632b43ffe92e55b (MD5) / O uso de sondas fluorescentes em citologia é fundamental para o acompanhamento e monitoramento de moléculas, biomoléculas e organelas durante os processos metabólicos relacionados a vida e a morte celular. Existem diversos marcadores comerciais voltados para essa finalidade, no entanto esses marcadores apresentam uma série de desvantagens específicas que dificultam o seu uso. Em busca de soluções para esses problemas, novos compostos são sintetizados e testados como potenciais marcadores celulares. O núcleo 2,1,3-benzotiadiazola (BTD) apresenta uma série de características desejáveis para a síntese de compostos fluorescentes com potencial atividade biológica. Neste trabalho, uma série de moléculas derivadas do núcleo BTD foram sintetizadas e testadas em experimentos de imageamento celular. As estruturas dessas moléculas foram planejadas de forma que a relação da arquitetura molecular de um composto e sua seletividade dentro da célula pudesse ser melhor compreendida. Os resultados obtidos com as primeiras moléculas testadas levou a conclusões que proporcionaram a formulação de uma última estrutura, (4-(4-metoxifenil)-7-(etinil-2-piridina)-2,1,3-benzotiadiazola), que apresentou elevada seletividade por mitocôndrias. Os compostos foram devidamente caracterizados e tiveram suas estruturas determinadas por difração de raios-X. Suas propriedades fotofísicas e comportamentos solvatocrômicos foram investigados. Cálculos teóricos foram realizados para que a distribuição de seus orbitais e densidade de carga fossem determinados. Cálculos de docking molecular foram realizados para a investigação do sítio de interação dessas moléculas com as biomoléculas presentes nas mitocôndrias. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Fluorescent probes possess a pivotal role in cytology as they are essential for tracking molecules, biomolecules and organelles during the cell-cycle. There are several commercial probes used for these tasks. However, these probes presents several drawbacks that makes their effectiveness laborious. A series of novel compounds has been synthesized and tested as potential probes to overcome these problems. The 2, 1, 3-benzothiadiazole core shows a plethora of desirable characteristics for the synthesis of fluorescent compounds that could be used as potential cell probes. In this work, a series of new BTD derivatives has been synthesized and tested in cell imaging experiments. The structure of these new compounds were planned to elucidate the relationship between the molecular architecture and the selectivity inside the cells. The first compounds tested brought interesting results that were used in order to rationalize a new structure, 4-(4-methoxyphenyl)-7-(pyridin-2-ylethynyl)-2,1,3-benzothiadiazole, that presented high selectivity for mitochondria. These new compounds were fully characterized and three of the four novel molecules had their structures determined by X-ray diffraction. Their photophysics properties and solvatochromic effects were also investigated. Theoretical calculations were performed to elucidate the orbital diagrams and maps of electron density. Molecular docking was also performed to localize the binding spots of these new compounds.
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Relações filogenéticas entre grupos e espécies neotropicais do subgênero Drosophila inferidas por análise molecular do gene AMD (alfa metil-dopa)

Robe, Lizandra Jaqueline January 2004 (has links)
O gênero Drosophila é composto, tradicionalmente, por 15 subgêneros e mais de 1.400 espécies, perfazendo, sozinho, quase metade das espécies da família Drosophilidae. Esta diversidade, entretanto, ao mesmo tempo que fornece inúmeras oportunidades de investigação acerca de padrões evolutivos, impõe uma série de desafios taxonômicos e filogenéticos. De modo geral, pode-se dizer que a sistemática do gênero Drosophila ainda permanece, na maior parte dos casos, bastante controversa e incompleta, apesar de sua importância na elucidação da história evolutiva de inúmeros processos biológicos já evidenciados e caracterizados para o grupo. Este quadro é, ainda, agravado pela certa escassez de estudos moleculares direcionados à resolução filogenética de seus representantes Neotropicais, pertencentes, principalmente, ao subgênero Drosophila. Visando suprir algumas destas deficiências, realizou-se, neste trabalho, a análise filogenética de parte da região codificante do gene nuclear Amd (alfa metil-dopa) para um total de 49 espécies, representantes, em sua maioria, das radiações immigrans-tripunctata e virilis-repleta do subgênero Drosophila. Trata-se, portanto, da primeira abordagem molecular para muitas das espécies consideradas. Entre os resultados obtidos, destaca-se a corroboração de uma série de hipóteses de parafilia dentro da família Drosophilidae, entre as quais a do próprio gênero e do subgênero Drosophila. Novos estudos são, entretanto, necessários para o estabelecimento de um panorama mais concreto da filogenia destas espécies e, caso alguns dos resultados aqui apresentados se confirmem, uma revisão taxonômica tornar-se-á, possivelmente, indispensável. / The Drosophila genus is traditionaly composed of 15 subgenus and more than 1.400 species, performing, alone, about half of the Drosophilidae family species. However, at the same time that this diversity provides numberless opportunities of investigation, concerning patterns of evolution for example, it imposes a set of taxonomic and phylogenetic challenges. Usually, we can say that the systematics of the Drosophila genus still remain fully controverse and incomplete, despite its importance on the elucidation of the evolutive history of numberless biological processes already known and characterized for the group. This picture is still worse given the scarcity of molecular studies seeking to resolve the phylogenetic relationships of the Neotropical members of the Drosophila subgenus. Aiming to supply some of these deficiencies we accomplished, in this work, the phylogenetic analysis of 513 base pairs of the codificant region of the Amd (alpha methildopa) nuclear gene, for a whole of 49 taxa, mainly of which, are representatives of immigrans-tripunctata and virilis-repleta radiations of the Drosophila subgenus. Hence, this is the first molecular approach for a lot of the species here considered. Among the obtained results, we emphasize the corroboration of a set of hypothesis concerning merophyly inside de Drosophilidae family, among which we point out the paraphyletic status presented by the Drosophila genus and subgenus. We also corroborated many of Throckmorton (1975) radiations, as is the case for the immigrans-Hirtodrosophila, tripunctata, virilis-repleta and repleta radiations. Nevertheless, new studies are necessary to definitively establish the Drosophila subgenus phylogeny, and if some of the results here presented will come to be confirmed, a taxonomic revision of Drosophilidae will, certainly, become indispensable.
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Abordagens filogenéticas, filogeográficas e populacionais em canídeos sul-americanos

Tchaicka, Ligia January 2006 (has links)
O presente estudo foi realizado para investigar os padrões filogeográficos de sete espécies de canídeos sul-americanos. Um fragmento de 588pb da região controladora do DNA mitocondrial foi obtido para seis espécies do gênero Lycalopex, e usado para inferir as relações evolutivas entre estas espécies. A análise indicou L. vetulus como espécie basal, L. fulvipes como taxa monofilético, L. culpaeus e L. griseus como espécies muito próximas. Padrões intraespecificos da variação genética foram também abordados para o gênero Lycalopex e intensivamente investigados em Cerdocyon thous, neste através de um fragmento de 512pb da região controladora do DNA mitocondrial, três íntrons nucleares e dez loci de microssatélites. L. fulvipes, L. gymnocercus e Cerdocyon thous mostraram partição geográfica entre a distribuição de seus haplótipos, indicando que barreiras históricas influenciaram a variabilidade genética atual. Os processos que geraram estes padrões e causaram a especiação do gênero Lycalopex provavelmente ocorreram no Pleistoceno, determinados pelas modificações na distribuição da vegetação e pelas oscilações nos níveis do mar. Os três diferentes marcadores utilizados para a abordagem de Cerdocyon thous mostraram-se informativos e sua análise conjunta indicou que a maior parte do fluxo gênico é determinado pelos machos nesta espécie. Os marcadores nucleares inferiram alta variabilidade e ausência de isolamento entre as populações do cachorro-do-mato. / The present study was performed to investigate phylogeographic patterns of seven South American canid species. A 588bp fragment of mitochondrial DNA control region was obtained for the six species of Lycalopex genera, and used to infer evolutionary relationships between them. These analysis indicates L. vetulus as a basal species, L. fulvipes as a monophyletic taxa, and that L. culpaeus and L. griseus are closer species. Intraspecific patterns of genetic variation were also investigated for Lycalopex genera and were intensively investigated on Cerdocyon thous, in this latter by 512bp fragment of mitochondrial DNA control region, three nuclear introns and ten microsatellite loci. L. gymnocercus, L. fulvipes and Cerdocyon thous shown geographic partition between haplotype distributions, inferring that historical barriers had influenced the actual genetic variability. The processes that generate these patterns and caused the Lycalopex speciation probably took place on Pleistocene, caused by the modifications on vegetation distribution and variation on sea levels. Three different markers used for Cerdocyon thous approach were informative and their conjunct analysis indicates that gene flow can be male biased in this species. Nuclear markers inferred high variability and no geographic isolation between crab-eating fox populations.
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Estudos filogenéticos dos morcegos filostomídeos da região neotropical

Freygang, Cristina Claumann January 2006 (has links)
A ordem Quiroptera pode ser considerada um componente importante das comunidades neotropicais. Seus membros são de particular interesse para a biologia evolutiva, pois, devido a sua capacidade de voar a longas distâncias, podem apresentar, potencialmente, padrões de dispersão distintos daqueles exibidos por outros pequenos mamíferos que não voam. Além disso, são excelentes ilustrações de radiação adaptativa, ótimo forrageamento, altruísmo recíproco e coevolução, entre outros atributos. A família Phyllostomidae é a mais diversificada dos morcegos neotropicais e apresenta grande diversidade morfológica, relacionada aos variados hábitos alimentares. Esta variedade de hábitos dificulta a reconstrução da história filogenética do grupo. Os diversos estudos feitos não têm alcançado um consenso quanto às relações de parentesco em vários níveis (desde o subfamiliar ao genérico) com conseqüente variação nos arranjos classificatórios e a monofilia de algumas dessas subfamílias, bem como a monofilia de muitos gêneros. O único consenso parece ser com relação ao monofiletismo da família em si, consensualmente evidenciado por vários estudos. Utilizando seqüências dos genes mitocondrial citocromo b e nuclear RAG2 analisou-se espécies de morcegos da família Phyllostomidae coletadas ao sul do paralelo 07°S em território brasileiro e comparamos com outras seqüências obtidas no GenBank visando verificar se a inclusão de espécimes do sul da região Neotropical altera ou não as relações já descritas para esta família, basicamente com representantes da América Central e Norte da América do Sul. Além disso, testaram-se as diferentes hipóteses de agrupamento dentro dos Stenodermatinae tendo por base representantes dos biomas brasileiros Mata Atlântica e Cerrado, regiões sub-amostradas em outras análises filogenéticas e, mais especificamente, investigou-se as relações filogenéticas das espécies de grandes Artibeus com ênfase àquelas provenientes do território brasileiro. Estudou-se, também, a variação genética e possível estruturação geográfica de duas espécies deste gênero, A, fimbriatus e A. lituratus. Com relação à análise filogenética, na base da árvore gerada situou-se o gênero Macrotus. A seguir, encontrou-se o clado formado por Diphylla e Desmodus.O próximo clado une duas espécies - TonatiasilvIcola e Trachops cirrhosus, e, logo a seguir, no próximo nodo colocou-se a espécie Glossophaga soricina, que, na análise realizada apenas com o gene RAG2 agrupou-se ainda com Anoura geoffroyi. Rhinophyla pumilio situou-se no ramo seguinte e, na seqüência, observou-se um clado formado pelos representantes da subfamília Stenodermatinae. Dentro dos Stenodermatinae, as espécies do gênero Sturnira representam a linhagem mais basal. O segundo clado inclui os gêneros Chiroderma, Vampyressa, Uroderma, Vampyrodes e Platyrrhinus. O último clado apresenta um ramo representado por Enchisthenes hartii e, então, se divide em dois grupos-irmãos, o primeiro incluindo os gêneros Ametrida, Pygoderma, Sphaeronycteris, Stenoderma e Phyllops. No outro grupo irmão (o grupo dos Artibeus), as relações encontradas estão de acordo com a maioria dos trabalhos que discutem a filogenia deste gênero. Especificamente na árvore dos Artibeus encontrou-se que A. obscurus é o grupo irmão de Artibeus sp., localizando-se na posição mais basal, seguida por A. fimbriatus. A jamaicensis ocupa uma posição intermediária, seguida por um clado formado por A. hirsutus, A. inopinatus e A. fraterculus. Já A. lituratus, A. amplus e A. planirostris estão entre as espécies mais derivadas. Vale a pena destacar na filogenia dos Artibeus, no entanto, que a posição basal observada para A. obscurus diverge da encontrada em outras análises filogenéticas. Além disso, os resultados aqui obtidos reforçam a idéia de que A. planirostris é uma espécie plena e não uma subespécie de A. jamaicensis e indicam que Artibeus sp. possa ser uma nova espécie. Quanto aos marcadores moleculares utilizados neste trabalho observa-se que o gene mitocondrial citocromo b foi bastante eficiente para detectar relações filogenéticas no nível intragenérico, mas foi limitado em termos de resolução para estudos de níveis taxonômicos superiores. Já o gene nuclear RAG2 apresentou uma boa resolução para o estudo dos Phyllostomidae, mas demonstrou-se ineficaz na tentativa de desvendar as relações genéticas entre as espécies de morcegos do gênero Artibeus. / The order Chiroptera may be considered a very important component of Neotropical communities. Its members are particularly interesting to evolutionary biology, as, due to its ability to long distances fly, they could present, potentially, dispersal patterns distinct from those depicted by other small mammals that do not fly. Besides these, they constitute excellent examples of adaptive radiation, optimal feed habits, reciprocal altruism, and co-evolution, among other attributes. The Phyllostomidae family is the most diversified of Neotropical bats, presenting significant morphologic diversity that is linked to the varied food habits they show. This variety in food habits makes it difficult to reconstruct the phylogenetic history of the group. The numerous studies that have been carried out did not reach a consensus about the multi-level kinship relationships (from sub-family to genus). Consequently, taxonomic arrangements vary considerably, side by side with the monophyly of some of these sub-families, and also the monophyly of several genera.The only consensus may lie in the monophyly of the family itself, reached after the conduction of several studies. This study analyzed sequences of the cytochrome b mitochondrial gene and RAG2 nuclear gene of bats of the Phyllostomidae family collected south of parallel 07° S in the Brazilian territory, which were compared to other sequences deposited in GenBank, aiming to ascertain whether the inclusion of specimens collected south of the Neotropical region alters the relationships previously described for the family, basically done with representatives from Central America and northern South America. Apart from this, different cluster hypothesis were tested within Stenodermatinae, based on specimens of the Brazilian biomes Atlantic Forest and Cerrado, regions that have been but under-sampled in other phylogenetic analyses. More specifically, the phylogenetic relationships of the large Artibeus species were investigated, with emphasis on species inhabiting the Brazilian territory. Also, the genetic diversity and the possibility that two species ranked under the genus, namely A. fimbriatus and A. lituratus, were geographically structured were investigated. Concerning the phylogenetic analysis, the Macrotus genus took the base of the generated tree. Next, the clade formed by Diphylla and Desmodus was found. A clade that jointtwo species, Tonatia silvicola and Trachops cirrhosus, followed and then, in the forthcoming node is located the species Glossophaga soricina. This specie, in the analysis of the RAG2 gene alone clustered also with Anoura geoffroyi. Rhinophyla pumilio was found at the same branch, followed by a clade formed by the representatives of the Stenodermatinae sub-family. Among the Stenodermatinae, the species of the Sturnira genus represented the most basal lineage. The second clade included the genera Chiroderma, Vampyressa, Uroderma, Vampyrodes, and Platyrrhinus. The last clade presented a branch formed by Enchistenes hartii, which branches out into two sister-groups, the first including the genera Ametrida, Pygoderma, Sphaeronycteris, Stenoderma and Phyllops. In the other sister-group (the Artibeus group), the relationships observed are in accordance with what has been reported in most studies that address the phylogeny of the genus. Concerning the Artibeus tree, A. obscurus is a sister-group of Artibeus sp., lying at a more basal position, followed by A. fimbriatus. A. jamaicensis takes an intermediary position, followed by a clade formed by A. hirsutus, A. inopinatus, and A. fraterculus. As for A. lituratus, A. amplus, and A. planirostris, these species are among the most derived It is worth mentioning that the basal position observed for A. obscurus in the Artibeus phylogeny. Nevertheless this place differs from that observed in other phylogenetic studies. Moreover, the results obtained in the present study underline the notion that A. planirostris is a species itself, and not a sub-species of A. jamaicensis, and also suggest that Artibeus sp. may be a new species As regards the molecular markers employed in the present study, the mitochondrial gene cytochrome b was found to be more efficient in the detection of phylogenetic relationships at intra-genus level, but failed to afford an enhanced resolution for higher taxonomic levels. In turn, the RAG2 gene showed good resolution in the study of Phyllostomidae, but was incapable to shed more light on the genetic relationships between the species of the Artibeus genus.
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Abordagens filogenéticas, filogeográficas e populacionais em canídeos sul-americanos

Tchaicka, Ligia January 2006 (has links)
O presente estudo foi realizado para investigar os padrões filogeográficos de sete espécies de canídeos sul-americanos. Um fragmento de 588pb da região controladora do DNA mitocondrial foi obtido para seis espécies do gênero Lycalopex, e usado para inferir as relações evolutivas entre estas espécies. A análise indicou L. vetulus como espécie basal, L. fulvipes como taxa monofilético, L. culpaeus e L. griseus como espécies muito próximas. Padrões intraespecificos da variação genética foram também abordados para o gênero Lycalopex e intensivamente investigados em Cerdocyon thous, neste através de um fragmento de 512pb da região controladora do DNA mitocondrial, três íntrons nucleares e dez loci de microssatélites. L. fulvipes, L. gymnocercus e Cerdocyon thous mostraram partição geográfica entre a distribuição de seus haplótipos, indicando que barreiras históricas influenciaram a variabilidade genética atual. Os processos que geraram estes padrões e causaram a especiação do gênero Lycalopex provavelmente ocorreram no Pleistoceno, determinados pelas modificações na distribuição da vegetação e pelas oscilações nos níveis do mar. Os três diferentes marcadores utilizados para a abordagem de Cerdocyon thous mostraram-se informativos e sua análise conjunta indicou que a maior parte do fluxo gênico é determinado pelos machos nesta espécie. Os marcadores nucleares inferiram alta variabilidade e ausência de isolamento entre as populações do cachorro-do-mato. / The present study was performed to investigate phylogeographic patterns of seven South American canid species. A 588bp fragment of mitochondrial DNA control region was obtained for the six species of Lycalopex genera, and used to infer evolutionary relationships between them. These analysis indicates L. vetulus as a basal species, L. fulvipes as a monophyletic taxa, and that L. culpaeus and L. griseus are closer species. Intraspecific patterns of genetic variation were also investigated for Lycalopex genera and were intensively investigated on Cerdocyon thous, in this latter by 512bp fragment of mitochondrial DNA control region, three nuclear introns and ten microsatellite loci. L. gymnocercus, L. fulvipes and Cerdocyon thous shown geographic partition between haplotype distributions, inferring that historical barriers had influenced the actual genetic variability. The processes that generate these patterns and caused the Lycalopex speciation probably took place on Pleistocene, caused by the modifications on vegetation distribution and variation on sea levels. Three different markers used for Cerdocyon thous approach were informative and their conjunct analysis indicates that gene flow can be male biased in this species. Nuclear markers inferred high variability and no geographic isolation between crab-eating fox populations.

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