Orientadores : Anete Pereira de Souza, Claudio Lopes de Souza Jr / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-01T04:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sibov_SergioTadeu_D.pdf: 3677346 bytes, checksum: 9419e05b7d844c998b7b8d45c0f683af (MD5) Previous issue date: 2002 / Doutorado

Orientador : Aecio Pereira Chagas / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-15T13:41:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jorge_RenatoAtilio_M.pdf: 3101376 bytes, checksum: 411facfcd4b5731581e7ef1ca8f8b807 (MD5) Previous issue date: 1976 / Mestrado

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2014. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-12-01T17:49:04Z No. of bitstreams: 1 2014_PedroHenriquePimentaRochaCarvalho.pdf: 3603250 bytes, checksum: d10addd162baedf66632b43ffe92e55b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-12-01T19:16:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_PedroHenriquePimentaRochaCarvalho.pdf: 3603250 bytes, checksum: d10addd162baedf66632b43ffe92e55b (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-01T19:16:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_PedroHenriquePimentaRochaCarvalho.pdf: 3603250 bytes, checksum: d10addd162baedf66632b43ffe92e55b (MD5) / O uso de sondas fluorescentes em citologia é fundamental para o acompanhamento e monitoramento de moléculas, biomoléculas e organelas durante os processos metabólicos relacionados a vida e a morte celular. Existem diversos marcadores comerciais voltados para essa finalidade, no entanto esses marcadores apresentam uma série de desvantagens específicas que dificultam o seu uso. Em busca de soluções para esses problemas, novos compostos são sintetizados e testados como potenciais marcadores celulares. O núcleo 2,1,3-benzotiadiazola (BTD) apresenta uma série de características desejáveis para a síntese de compostos fluorescentes com potencial atividade biológica. Neste trabalho, uma série de moléculas derivadas do núcleo BTD foram sintetizadas e testadas em experimentos de imageamento celular. As estruturas dessas moléculas foram planejadas de forma que a relação da arquitetura molecular de um composto e sua seletividade dentro da célula pudesse ser melhor compreendida. Os resultados obtidos com as primeiras moléculas testadas levou a conclusões que proporcionaram a formulação de uma última estrutura, (4-(4-metoxifenil)-7-(etinil-2-piridina)-2,1,3-benzotiadiazola), que apresentou elevada seletividade por mitocôndrias. Os compostos foram devidamente caracterizados e tiveram suas estruturas determinadas por difração de raios-X. Suas propriedades fotofísicas e comportamentos solvatocrômicos foram investigados. Cálculos teóricos foram realizados para que a distribuição de seus orbitais e densidade de carga fossem determinados. Cálculos de docking molecular foram realizados para a investigação do sítio de interação dessas moléculas com as biomoléculas presentes nas mitocôndrias. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Fluorescent probes possess a pivotal role in cytology as they are essential for tracking molecules, biomolecules and organelles during the cell-cycle. There are several commercial probes used for these tasks. However, these probes presents several drawbacks that makes their effectiveness laborious. A series of novel compounds has been synthesized and tested as potential probes to overcome these problems. The 2, 1, 3-benzothiadiazole core shows a plethora of desirable characteristics for the synthesis of fluorescent compounds that could be used as potential cell probes. In this work, a series of new BTD derivatives has been synthesized and tested in cell imaging experiments. The structure of these new compounds were planned to elucidate the relationship between the molecular architecture and the selectivity inside the cells. The first compounds tested brought interesting results that were used in order to rationalize a new structure, 4-(4-methoxyphenyl)-7-(pyridin-2-ylethynyl)-2,1,3-benzothiadiazole, that presented high selectivity for mitochondria. These new compounds were fully characterized and three of the four novel molecules had their structures determined by X-ray diffraction. Their photophysics properties and solvatochromic effects were also investigated. Theoretical calculations were performed to elucidate the orbital diagrams and maps of electron density. Molecular docking was also performed to localize the binding spots of these new compounds.

Submitted by Ramon Santana (ramon.souza@ufpe.br) on 2015-03-11T17:10:41Z No. of bitstreams: 2 TESE Edna de Farias Santiago.pdf: 5225532 bytes, checksum: 66903919783c60cd16530ea55bc46aa6 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-11T17:10:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Edna de Farias Santiago.pdf: 5225532 bytes, checksum: 66903919783c60cd16530ea55bc46aa6 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / CNPq (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico) / A esquistossomose mansônica é considerada um grave problema de saúde pública, afetando não só o bem estar social do indivíduo como a economia do país. Acredita-se que existam no Brasil no mínimo 2,5 milhões de portadores de esquistossomose mansoni e cerca de 25 milhões de indivíduos expostos aos riscos de contraí-la. O tratamento da esquistossomose é realizado basicamente com uma única droga, o praziquantel, e atualmente, a diminuição da susceptibilidade a este medicamento tem sido relatado em vários estudos. Diante desse novo panorama e da gravidade da doença, faz-se necessário estudo de novas moléculas com atividade esquistossomicida. Dentro deste contexto, o grupo de pesquisa do Laboratório de Planejameto em Química Medicial (LPQM/UFPE) tem sintetizado novas moléculas candidatas a agentes esquistossomicidas, obtidas apartir da ligação de grupos farmacofóricos como as ftalimidas, tiossemicarbazonas e seus bioisósteros cíclicos tiazois e tiazolidinonas, que apresentam um amplo espectro de atividades biológicas. Este estudo tem como objetivo a avaliação da atividade esquistossomicida de uma série de derivados das tiossemicarbazonas: fenoxi-tiossemicarbazonas (LPQM -01, LPQM-02 e LPQM-03), fenil-tiazóis (LPQM-14 e LPQM-17), ftalil-tiossemicarbazona (LPQM-38), ftalil-tiazóis (LPQM-43, LPQM-45 e LPQM-47) e ftalil-tiazolidinona (LPQM-40). Como controle utilizou-se o praziquantel (PZQ), o qual foi avaliado nas mesmas condições que as amostras. Os resultados revelaram que as séries derivadas dos compostos heterocíclos tiazoís apresentaram uma melhor atividade em relação às tiossemicarbazonas, demonstrando potencial terapêutico para o tratamento da esquistossomose mansônica. Dentre os tiazóis, a molécula LPQM-45 se destacou, levando a uma maior taxa de mortalidade em menor tempo e ocasionando alterações como descamação e formação de bolhas no tegumento do verme. Diante destes resultados compostos derivados do LPQM-45 (LPQM-39, LPQM-48, LPQM-37 e LPQM-PM02) foram testados revelando uma atividade esquistossomicida mais acentuada e evidenciando que os compostos heterocíclicos tiazóis podem atuar como protótipo a um novo fármaco esquistossomicida.

Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-12T16:25:54Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Everaldo Ferreira dos SantosFilho.pdf: 3167704 bytes, checksum: 259a7a07e0e958e04a93dbad2d0dfb86 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-12T16:25:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Everaldo Ferreira dos SantosFilho.pdf: 3167704 bytes, checksum: 259a7a07e0e958e04a93dbad2d0dfb86 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / CAPES / O Capítulo 1 descreve a síntese do composto racêmico 2-hidroxi-5-metilhexan- 3-ona, (R/S)-1, que foi obtido em 4 etapas sintéticas, e em um rendimento global de 27% a partir do aminoácido 9. Essa aciloína (R/S)-1 é um componente volátil emitido pelas espécies de plantas P. acutatum e T. ulei, apresentando atividade atrativa aos besouros da tribo Cyclocephalini para o processo de polinização. Além disso, esse composto têm sido objeto de estudos tanto na indústria farmacêutica quanto na indústria alimentícia (Esquema I). Esquema I No Capítulo 2, é descrito um estudo visando a síntese do composto 4-(2-(3- hidroxiprop-1-inil)-1,3-dioxolan-2-il)-butan-2-ol (44). O mesmo foi obtido em 3 etapas sintéticas e 41% de rendimento. A síntese desta substância foi realizada, a partir do alcool propargílico 39 e a lactona 42, ambos comerciais. Como etapa chave dessa síntese está a adição 1,2- do sal de trifluoroborato 41B à lactona 42 levando a formação da -hidroxicetona 43 (Esquema II).

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-06-21T19:25:56Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Luiz Felipe Gomes Rebello Ferreira.pdf: 10574681 bytes, checksum: 88fb46b2af0638e486a62e4ca28fdd89 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-21T19:25:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Luiz Felipe Gomes Rebello Ferreira.pdf: 10574681 bytes, checksum: 88fb46b2af0638e486a62e4ca28fdd89 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / FACEPE / Estima-se que o uso de métodos in silico pode reduzir os custos associados ao desenvolvimento de um novo fármaco em até 50%. Esta redução ocorre porque o número de moléculas que precisam ser testadas e sintetizadas experimentalmente passa a ser drasticamente reduzido devido a alta confiabilidade dos métodos computacionais. Porém, estes métodos podem apresentar uma alta demanda computacional quando o número de moléculas a ser testados é alto e quando se busca maior precisão nos resultados numéricos. Sendo assim, este trabalho apresenta o desenvolvimento do programa GriDoMol, uma plataforma unificada para realizar cálculos de docking molecular em um sistema distribuído, através de um grid computacional, com foco em alto desempenho e precisão. Utilizando o GriDoMol e configurações avançadas de docking, foi possível realizar o docking molecular de um conjunto de 213 complexos em um tempo até 9,91 vezes mais rápido e encontrando soluções de docking mais estáveis, com reduções de até 1,3 Kcal/mol, quando comparado com a execução sequencial deste mesmo conjunto em um único computador, utilizando apenas um núcleo de processamento e a configuração padrão de docking. O GriDoMol também oferece a opção de realizar estudos de vacinologia reversa permitindo cálculos de docking molecular entre candidatos a epítopos e alelos de MHCs de Classe I e II humanos com o intuito de encontrar epítopos que possuam uma boa afinidade por estes alelos, aumentando as chances de apresentar uma resposta imunológica significativa. / It is estimated that the use of in silico methods can reduce the costs spent at the development stage of a new drug by up to 50%. This happens because the number of molecules that need to be experimentally synthesized and tested becomes drastically reduced due to the high predictability and reliability of the computational methods. Nevertheless, these methods may present a high computational demand when the number of molecules to be tested is high and when it’s seeking for a higher precision in the numerical results. Therefore, this work presents the development of the program GriDoMol, a unified platform for performing molecular docking calculations in a distributed system, through a computational grid environment, with focus in high performance and precision. By using GriDoMol and higher docking settings values, it was possible to execute the molecular docking of a set containing 213 complexes in a time up to 9.91 times faster and finding more stable complexes, with energy reduction by up to 1.3 Kcal/mol, when compared with the sequential execution of this same set on a single computer, using a single processor core and the default docking settings values. The program GriDoMol also offers a reverse vaccinology option, allowing the molecular docking of candidate epitopes on selected human MHC’s Class I and II alleles, in order to find the most promising epitopes which have a good binding affinity on a large set of alleles and, thus, better chances of having a significant immunogenic response.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:29:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_9351_Dissertação - Amanda Ziviani - Versão Online.pdf: 1022586 bytes, checksum: bc18fd6998d5d180d68abf053dac588c (MD5) Previous issue date: 2015-10-30 / Uma sequência hierárquica de conjuntos de bases juntamente com um funcional corrigido de longo alcance (CAM-B3LYP) foram usados para calcular rotações óticas eletrônicas em três comprimentos de onda (355,0, 589,3 e 633,0 nm) de quatorze moléculas quirais rígidas cujos valores experimentais estão disponíveis na literatura. Como os resultados mostraram ser sensíveis à qualidade do conjunto de bases, limites de conjuntos de bases completo foram estimados. Atenção especial foi dada a cinco compostos particularmente difíceis. Nestes casos, verifica-se que correções vibracionais devem ser adicionadas às rotações óticas de equilíbrio CAM-B3LYP para corrigir os sinais. Em geral, os limites dos conjuntos de bases completo relatados neste trabalho estão em boa concordância com os dados experimentais e com aqueles obtidos a um nível de teoria mais alto. Para alguns compostos, os efeitos de solvente foram considerados.

Orientadores: Arnaldo Naves de Brito, Antonio Rubens Britto de Castro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica "Gleb Wataghin" / Made available in DSpace on 2018-07-28T08:16:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cardoso_EmersonSousa_M.pdf: 2377721 bytes, checksum: 8d9cc47a356a0c7b5cc20fe2dfe3f67e (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: No presente trabalho nós apresentamos as medidas de espectro de elétron-íon coincidência após fotoexcitação das moléculas SO2 e CS2 em tomo da borda S1s do enxofre. Um procedimento para determinação completa de todos conjuntos de íons formados é descrito. Os canais de dissociação destas moléculas são determinados e os comportamentos com a energia dos fótons são apresentados em comparação com a produção total de íons (TIY). Nós observamos uma distribuição de carga com mais alta carga no átomo excitado da molécula SO2. Na molécula CS2, similar efeito foi observado com distribuição da carga preferencialmente na forma assimétrica. Após a criação do buraco no caroço 1s, o decaimento Auger em cascata leva, em geral, à criação do estado com duplo buraco no 2p. Este último precisa ser levado em consideração para explicar os efeitos de distribuição seletiva de carga observados. Estas medidas foram realizadas na linha de luz "Soft X-Ray Spectroscopy"-SXS no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron-LNLS, em Campinas-Brasil / Abstract: We present the measured electron-ion coincidence spectra after photoexcitation of the SO2 and CS2 molecules around the S1s edge. A procedure for complete determination of all set of ions formed is described. The dissociation channels were determined and their behaviors with the photon energy to these molecules are presented in comparison with the Total Ion Yield (TIY). We observed a charge distribution with higher charge localized in the excitation atom for SO2 molecule. In CS2, similar effect was observed with charge distribution preferentially of asymmetric form. Auger cascade after the ls core hole creation leading to 2p double hole states need to be taken in to account to explain the observed selective charge distribution. This measurement were performed at the Soft X-Ray Spectroscopy-SXS beamline in the "Laboratório Nacional de Luz Síncrotron"-LNLS, in Campinas - Brasil / Mestrado / Física / Mestre em Física

Orientador : Yuji Takahata / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-14T15:10:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Livotto_PaoloRoberto_M.pdf: 2807337 bytes, checksum: 62f406aeb541f4e9b60f73c5bcfa13d5 (MD5) Previous issue date: 1986 / Mestrado

Orientadores : Claudio Lopes de Souza Jr., Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-01T00:04:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mangolim_ClaudeteAparecida_D.pdf: 6199340 bytes, checksum: 52437fb73a759e07bbef593d7408eff1 (MD5) Previous issue date: 2002 / Doutorado