Orientador: Yuji Takahata / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-19T13:42:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cirino_JoseJairVianna_M.pdf: 4385163 bytes, checksum: 54883fff59d9899a652944c0dc2de2ab (MD5) Previous issue date: 1994 / Mestrado

Tese de mestrado. Métodos Computacionais em Ciências e Engenharia. Faculdade de Engenharia, Faculdade de Ciências. Universidade do Porto. 2005

SOUZA, Iêda Pereira. Alterações hematológicas e funcionais causadas por venenos de subespécies brasileiras de Crotalus durissus e suas frações isoladas. 2006. 157 f. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2006. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-06-11T14:03:15Z No. of bitstreams: 1 2006_tese_ipsouza.pdf: 3598629 bytes, checksum: d2c825e9725328ccc51084a6e4a36355 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-06-11T15:30:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_tese_ipsouza.pdf: 3598629 bytes, checksum: d2c825e9725328ccc51084a6e4a36355 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-11T15:30:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_tese_ipsouza.pdf: 3598629 bytes, checksum: d2c825e9725328ccc51084a6e4a36355 (MD5) Previous issue date: 2006 / Venomous snake accidents represent a serious public health problem in tropical countries, as much as for their frequency of occurrence and/or morbidity and mortality that they caused. In Brazil, the genus Crotalus comprise only one species, termed Crotalus durissus, which is divided into six subspecies. The aim of our study was to evaluate the effects promoted by venoms of Crotalus durissus cascavella, originated from the States of Ceará (Cdcc) and Maranhão (Cdcm); C. durissus collilineatus (Cdcol); C. durissus ruruima (Cdru) and its isolated components, such as crotoxin (CTXru) and phospholipase A2 (PLA2ru), in the biological processes of cellular spreading, phagocytosis, hematological alterations and antifungal activity. Male Swiss mice were inoculated intraperitoneally with the venom doses of 120, 50, 27, 20, 10 and 10 µg/Kg, respectively to the snakes described above. After two hours of inoculation blood samples and exudate were collected from orbital plex and peritoneum, respectively. Statistical evaluation was performed using Student-T test with significance level set at 95%. We compared the treated animals with a control group, where animals were inoculated with saline 0.9%. Cdcm and CTXru caused the most severe alterations in the erythrogram. We noticed that 37.5% of the erythrocytes showed macrocytic and microcytic morphology; 25.5% were hipocromic; 25% showed anisocytosis and the presence of polycromasia. We also found Howell Jolly bodies in 16.8% of the examined erythocytes. The total counting of leukocytes was reduced statistically after administration of Cdcc (82.9%), Cdcm (70.1%) and Cdru (83.8%). Cellularity was altered after the inoculation of Cdcc, Cdru and CTXru for all evaluated cells. We noticed a statistic increase of peritoneum total cells caused by Cdcc, Cdcol, Cdru and CTXru. In addition, macrophage was the most predominant cell after peritoneum differential cell counting. However, only Cdcol showed a statistic increase of macrophages (62.3%). We found significant reduction of cellular spreading after administration of all venoms ranging from 52.7 to 65.7%. Phagocytosis was statistically reduced by Cdcc in the periods of 30, 60, 90 and 120 minutes. However, Cdru reduced phagocytosis only at 30, 60 and 90 minutes, Cdcm decreased phagocytosis at 30 and 90 minutes and CTXru in the periods of 60 and 120 minutes. Cdcol and CTXru showed significant fungicide activity against C. albicans in the periods of 30, 60, 90 and 120 minutes, but Cdcc showed similar results at 60, 90 and 120 minutes. We conclude that distinct venoms interfered differently in the intensity of each functional and hematological response. In addition, we postulate that macrophages maybe partially responsible for these alterations. Further studies should be evaluated for the use of venoms as fungicides. / Os acidentes ofídicos de serpentes representam um sério problema de Saúde Pública nos países tropicais, tanto pela freqüência com que ocorrem e/ou pela morbi-mortalidade que ocasionam. As serpentes do gênero Crotalus estão representadas no Brasil pela espécie Crotalus durissus, a qual se divide em seis subespécies. Nosso trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos dos venenos das serpentes Crotalus durissus cascavella originadas do estado do Ceará (Cdcc) e Maranhão (Cdcm); Crotalus durissus collilineatus (Cdcol); Crotalus durissus ruruima (Cdru) e suas frações, Crotoxina (CTXru) e Fosfolipase A2 (PLA2ru), nos processos biológicos de espraiamento celular, fagocitose, atividade fungicida e alterações hematológicas. Camundongos Swiss, machos, foram inoculados por via intraperitonial com os venenos descritos acima, nas doses de 120, 50, 27, 20 (venenos) e 10µg/Kg (frações), respectivamente. Duas horas após inoculação foram coletadas amostras de sangue do plexo orbital e o exsudato peritonial. A análise estatística utilizada foi o teste t de Student com significância de 95%. Os animais tratados foram comparados com o grupo controle (inoculados com salina 0,9%). Cdcm e a CTXru causaram as maiores alterações no eritrograma. 37,5% dos eritrócitos apresentaram morfologia macrocítica e microcítica; 25,5% hipocrômia; 25% com anisocitose e presença de policromasia. Foram observados 16,8% de corpúsculos de Howell Jolly. A contagem global de leucócitos foi reduzida significantemente após administração do Cdcc (82,9%), Cdcm (70,1%) e Cdru (83,8%). A celularidade foi alterada depois da inoculação de Cdcc, Cdru e CTXru, em todos os tipos de células. A contagem global de células do peritônio aumentou após inoculação de Cdcc, Cdcol, Cdru e a CTXru. Em adição, o macrófago foi à célula predominante na contagem diferencial de células peritoniais, contudo, somente a Cdcol apresentou significância estatística para macrófago (62,3%). Foi encontrada redução significativa do espraiamento celular depois da administração de todos os venenos variando de 52,7 a 65,7%. A fagocitose foi estatisticamente reduzida pela Cdcc nos períodos de 30, 60, 90 e 120 minutos. Cdru reduziu a fagocitose apenas em 30, 60 e 120 minutos, Cdcm em 30 e 90 minutos e CTXru nos tempos de 60 e 120 minutos. A Cdcol, e a CTXru mostraram significância na atividade fungicida contra C. albicans nos períodos de 30, 60, 90 e 120 minutos, mas a Cdcc mostrou resultado similar em 60, 90 e 120 minutos. Conclui-se que o veneno interfere diferentemente na resposta hematológica e funcional. Em adição pode-se postular que os macrófagos foram responsáveis por estas alterações. Estudos futuros deverão ser realizados na perspectiva da identificação de provável ação fungicida de venenos ofídicos e suas frações.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, Programa de Pós-Graduação em Física, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-08-15T21:39:24Z No. of bitstreams: 1 2016_AntonioMarcosSilvaSantos.pdf: 7285121 bytes, checksum: 81a9a3649870d8b476aa2e4c7f764dd4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-09-02T21:25:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AntonioMarcosSilvaSantos.pdf: 7285121 bytes, checksum: 81a9a3649870d8b476aa2e4c7f764dd4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-02T21:25:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AntonioMarcosSilvaSantos.pdf: 7285121 bytes, checksum: 81a9a3649870d8b476aa2e4c7f764dd4 (MD5) / As ftalocianinas compõem uma fantástica classe de moléculas aromáticas que tem sido utilizadas principalmente como corantes ou pigmentos pela indústria química. Recentemente, fazendo-se uso da flexibilidade de síntese inerente das moléculas orgânicas, diferentes derivados foram sintetizados e tem sido utilizados com muito sucesso como materiais ativos em inúmeras aplicações da Eletrônica Orgânica. Dentre as formas de funcionalizar estas moléculas encontra-se a inserção de diferentes metais em sua região central. Neste trabalho, analisamos os efeitos deste átomo central sobre as propriedades eletrônicas e ópticas da ftalocianina resultante, tais como: i)a geometria da molécula ii) a energia dos orbitais de fronteira; e iii) a primeira energia de excitação. Neste estudo, utilizamos o pacote computacional Gaussian 09 com o funcional B3LYP e a base 6-31G** na realização dos cálculos teóricos. O ponto de partida do nosso estudo foi o banco de estruturas cristalográficas CCDC (do inglês, Cambridge Crystallographic Data Centre) de onde extraímos a geometria de diferentes ftalocianinas já sintetizadas e caracterizadas via difração de Raios-X. Realizamos cálculos TD-DFT (do inglês, Time DependentDensityFunctionalTheory) para obter as energias de excitações verticais , tanto utilizando a geometria experimental (Raios-X) quanto as geometrias otimizadas. Este estudo tem como objetivo entender o papel deste tipo de funcionalização das ftalocianinas a fim de possibilitar a síntese racional de novos derivados mais apropriados para aplicações específicas da Eletrônica Orgânica. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Phthalocyanines constitute an interesting class of aromatic molecules, which has been used widely as dyes or pigments by the chemical industry. Recently, taking advantage of the synthetic exibility that is inherent to the organic molecules, different derivatives have been synthesized and have been used with great success as active materials in several organic electronic devices. Among the ways to functionalize these molecules the addition of a central atom. Here we analize the effects of this central atom in the electronic and optical properties of the resulting phthalocyanine, such as the impact on: i) the molecular geometry; ii) the frontier orbitals; and iii) the first excitation energy. Calculations have been carried out using Gaussian 09 program suite together with the B3LYP functional and the 6-31G** basis set. The starting point was the Cambridge Crystallographic Data Centre from where we obtained the geometry of different phthalocyanines already synthesized and characterized by X-Rays diffraction. Using TD-DFT we computed vertical excitation energies (S0 -> S1) using both the experimental (X-Rays) geometry and the optimized geometries. The goal of this study is to understand the hole of this kind of functionalization on the phthalocianines in order to make possible the rational synthesis of new molecules more appropriate to specific applications of the Organic Electronics.

Desde Hamlet hasta los ladrones comunes, la escopolamina es una molécula ampliamente usada en la ficción y en la realidad para fines más que dudosos. / From Hamlet to common thieves, Scopolamine is a molecule used highly both in fiction and in the real world with dubious intentions.

Submitted by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-04-26T21:58:16Z No. of bitstreams: 1 TESE Klaus Ribeiro Cavalcante.pdf: 8515084 bytes, checksum: 046c89bc4a3bd6f90060767c0f09004c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-26T21:58:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Klaus Ribeiro Cavalcante.pdf: 8515084 bytes, checksum: 046c89bc4a3bd6f90060767c0f09004c (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Metodologias computacionais vêm sendo cada vez mais empregadas com o objetivo de estudar sistemas moleculares, no que diz respeito à sua representação estrutural e explicação do seu comportamento, além da predição de suas propriedades físico-químicas. Desta forma, métodos “in silico” vêm se tornando mais utilizados, sobretudo, no âmbito da inovação terapêutica, devido principalmente a grande disponibilidade de programas gratuitos e equipamentos dedicados, com capacidades computacionais cada vez maiores, voltados para aplicações em modelagem molecular. Vale ressaltar que o uso de metodologias computacionais pode reduzir os custos envolvidos na pesquisa e desenvolvimento de novos fármacos numa indústria farmacêutica em até 50%. Neste contexto, portais científicos fornecem meios para gerenciar dados e executar aplicações científicas em ambientes de computação de alto desempenho (clusters, grids ou nuvens públicas/privadas), através de interfaces amigáveis baseadas na Web. Este presente trabalho apresenta o desenvolvimento de um portal científico, denominado MODiMOL Workbench, cujo objetivo é fornecer acesso a diferentes metodologias e abordagens de modelagem molecular, em ambientes de computação de alto desempenho, assim como suporte para dispositivos móveis (smartphones e tablets), através de interfaces de usuário responsivas, projetadas especialmente para estes tipos de dispositivos, por demonstrarem possuir um enorme potencial como ferramentas de pesquisa a favor da inovação terapêutica. / Computational methodologies have been increasingly employed in order to study molecular systems, their structural representation and elucidation of the behavior, besides prediction of their physicochemical properties. Thus, in silico methods are becoming widely used, especially in the context of therapeutic innovation, mainly due to the huge availability of free softwares and hardware with increasing computational capabilities, focused on applications in molecular modeling. It is worth mentioning that "in silico" methodologies may reduce up to 50% the time spent and costs involved with research and development (R&D) of new drugs in a pharmaceutical industry. In this context, science gateways provide ways to manage data and execute scientific applications in high-performance computing environments (clusters, grids, or private/public clouds) through web-based friendly interfaces. The current work presents the development of a science gateway, named Modimol Workbench, whose goal is to provide access to different methodologies and molecular modeling approaches, in high-performance computing environments, as well as support for mobile devices (smartphones and tablets) through Web responsive user interfaces designed especially for these devices, by demonstrating enormous potential as new research tools for molecular modeling, particularly in therapeutic innovation.

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:29:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6441_.pdf: 585111 bytes, checksum: 5edb4cf64fe4158e2466d9a68844a0e5 (MD5) Previous issue date: 2013-04-15 / Neste trabalho foram gerados conjuntos de bases gaussianas Universal, não contraído e com contração segmentada, para os átomos de Rb até Xe. Tais conjuntos foram construídos a partir de uma sequência única contendo 26 expoentes, obtidos a partir do conjunto de bases DZP (Barros e colaboradores, 2010). A partir desta sequência única foram obtidas todas as funções gaussianas necessárias para construção da base de cada átomo, obedecendo-se o critério de menor energia total HF. Também foi proposto um esquema de contração segmentada para cada átomo estudado e foram adicionados funções de polarização e difusas ao conjunto. Aplicação de nossos conjuntos de bases universal não contraído e contraído foi feita em cálculos teóricos de geometrias de equilíbrio, momentos de dipolo elétrico e polarizabilidades para alguns sistemas moleculares e comparações foram feitas com resultados teóricos obtidos a partir de conjuntos de bases adaptados de tamanho semelhante e com resultados experimentais, de onde constatamos que o conjunto Universal contraído é apropriado para o cálculo de propriedades moleculares.

Orientador: Fernando Ferreira Costa, Nicola Conran Zorzetto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T23:23:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Canalli_AndreiaAverci_M.pdf: 2541856 bytes, checksum: 4a5f854727702c9e74f05f113fe6ac82 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: A hemoglobina S (HbS) é decorrente de uma mutação de ponto que ocasiona a troca do ácido glutâmico pela valina na cadeia polipeptídica da globina beta. Em homozigose, esta alteração genética acarreta a anemia falciforme, que se caracteriza por anemia hemolítica não imune e fenômenos vaso-oclusivos, seguidos de lesões a órgãos alvos, responsáveis pela morbi-mortalidade associada a esta doença. O fenômeno vasooclusivo é associado ao processo inflamatório desencadeado pela polimerização da HbS desoxigenada, favorecendo a impactação das hemácias na microcirculação e subsequente obstrução da luz do endotélio. As integrinas, complexos glicoprotéicos localizadas nas superncies dos leucócitos e células endoteliais, modulam, em parte, as interações moleculares e intercelulares desencadeadas pela reação inflamatória, e são responsáveis pela adesão dos elementos figurados do sangue ao endotélio. Neste estudo nós investigamos o papel dos eosinófilos na anemia falciforme. Análises de amostras de sangue periférico de pacientes com anemia falciforme (AF) demonstraram que o valor absoluto do número de eosinófilos estava três vezes maior no sangue periférico destes pacientes comparados aos indivíduos normais. Adicionalmente, eosinófilos isolados do sangue periférico de pacientes com AF demonstrou significativamentemaior adesão (aproximadamente 70%) para fibronectina (FN) que os eosinófilos de indivíduos normais em ensaios "in vitro" de adesão estática. Co-incubacão de eosinófilos com anticorpos monoclonais específicos para bloqueio da adesão mostrou que as integrinas VLA-4, LFA-I e Mac-l estão envolvidas na adesão de eosinófilos normais e de pacientes falciformes pela fibronectina . A expressão destas integrinas, foi inalterada na supercífie dos eosinófilos dos pacientes falciformes, sugerindo que o aumento da adesão nos pacientes com AF é preferencialmente consequência de aumento da afinidade ou avidez das integrinas do que da expressão. A adesão pela fibronectina nos eosinófilos de pacientes com AF foi aumentada pela citocina GM-CSF, indicando que alguma alteração nos níveis de GM-CSF durante o processo de inflamação pode preferivelmente estimular a adesão dos eosinófilos nestes pacientes. Em contraste, o GMCSF não alterou a adesão dos eosinófilos normais à fibronectina. Em conclusão, nós apresentamos a primeira evidência experimental para demonstrar que os eosinófilos podem participar no processo de vaso-oclusão de pacientes com anemia falciforme. Estudos adicionais poderão ser necessários para determinar a extensa contribuição destas células neste fenômeno / Abstract: A role for leukocytes in vasoocclusion is becoming increasingly recognized. Here we investigate a possible role for the eosinophil in sicklecell anemia (SCA). Analysis of whole blood samples of 59 steady-state SCA patients demonstrated that absolute eosinophil numbers were significantly elevated in these individuaIs. Furthermore, eosinophils isolated from a random selection of these SCA patients demonstrated a significantlygreater adhesion (~70 % increased) to fibronectin (FN) than normal eosinophils in static adhesion assays. Co-incubation of eosinophils with integrin-blocking monoclonal antibodies in adhesion assays showed that an association of the VLA-4, LFA-I and Mac-I integrins mediate the adhesion of SCA eosinophils to FN. Flow cytometry demonstrated that the expression of these integrins, however, was unaltered on the surface of SCA eosinophils, suggesting that the increased SCA eosinophil adhesion is a consequence of increased integrin affinity or avidity. SCA eosinophil adhesion to FN was further increased by the cytokine, GM-CSF, indicating that inflammation processes may further stimulate eosinophil adhesion in these patients. In conc1usion,we report that eosinophil numbers may be significantly increased in SCA individuaIs and that these cells appear to exist in an activated state. Such alterations may indicate a role for the eosinophil in the vasooclusive process / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientador : Rogerio Custodio / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-14T04:09:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Morgon_NelsonHenrique_M.pdf: 3774993 bytes, checksum: 85b1d0ee1252bd77f50bdcfc4607b6ce (MD5) Previous issue date: 1989 / Mestrado

Orientador : Yuji Takahata / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-14T09:42:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Custodio_Rogerio_M.pdf: 3751010 bytes, checksum: 8caac29d4c2349b6e2f934ffb5b57095 (MD5) Previous issue date: 1982 / Mestrado