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Distribuição da frequência alélica de STRs preconizados pelo sistema CODIS na capital e no Departamento Central do Paraguai / Distribution of the allelic frequency of STRs recommended by the CODIS system in the capital and in the Central Department of Paraguay

Recalde, Tamara Soledad Frontanilla 10 December 2018 (has links)
Um dos maiores desafios na área forense é, sem dúvida, a identificação humana. O DNA tem sido o responsável por uma verdadeira revolução das técnicas de identificação nas últimas décadas a partir do estudo e da identificação de polimorfismos entre determinados marcadores moleculares existentes nos indivíduos. Os marcadores recomendados para a obtenção de perfis genéticos são loci de regiões microssatélite do DNA, também designados de Short Tandem Repeats (STR). O número de repetições dos marcadores STR é variável entre os indivíduos, criando polimorfismo e tornando-os, desta forma, ótimos marcadores para identificação humana. O objetivo desse trabalho foi estabelecer a distribuição da frequência alélica de 16 STRs preconizados no sistema CODIS, na capital e no Departamento Central de Paraguai. Foram estudadas 300 amostras de saliva coletadas com NUCLEIC-CARD(TM) Collection Device System, de indivíduos paraguaios dentre 20 e 70 anos de idade, morando em uma das 20 cidades estudadas. Para o processamento foi utilizado o kit AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® seguindo as fases de genotipagem, amplificação e eletroforese capilar. Foi possível estabelecer o perfil genético de 259 amostras bem como os parâmetros forenses e, assim, calcular os loci mais polimórficos os quais foram FGA e D18S51 utilizando os softwares GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 e R 2.5. A distribuição das frequências alélicas de cada loci analisado permitiu estabelecer a caracterização genética da população estudada. Foi possível confirmar que a população do Paraguai se encontra em equilíbrio Hardy-Weinberg, com uma diversidade genética intrapopulacional de 0.794915 +/- 0.398307 e interpopulacional determinada pelo índice de fixação (FST) de 0.01112. A partir desse estudo, foi possível determinar as frequências alélicas de 15 STRs utilizados no sistema CODIS nacapital e no Departamento Central do Paraguai bem como a caracterização genética e os parâmetros forenses da população estudada. Todos os loci estudados na população paraguaia foram considerados muito informativos e úteis para a solução de problemas relacionados com identificação humana na amostra analisada / One of the biggest challenges in Forensic Sciences is undoubtedly human identification. DNA has been responsible for a true revolution in identification techniques in the last decades from the study and identification of polymorphisms between certain molecular markers in individuals. The recommended markers for obtaining genetic profiles are loci of DNA microsatellite regions, also called Short Tandem Repeats (STR). The number of repetitions of STR markers is variable among individuals, creating polymorphism and thus making them excellent markers for human identification. The aim of this study was to establish the distribution of the allelic frequency of 16 STRs recommended in the CODIS system, in the capital and in the Central Department of Paraguay. We studied 300 saliva samples collected from NUCLEIC-CARD (TM) Collection Device System of Paraguayan individuals between 20 and 70 years-old, living in one of the 20 cities studied. For the processing, the AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® kit was used following the phases of genotyping, amplification and capillary electrophoresis. It was possible to establish the genetic profile of 259 samples as well as the forensic parameters and thus to calculate the most polymorphic loci which were FGA and D18S51 using the software GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 and R 2.5. The distribution of the allelic frequencies of each analyzed loci allowed establishing the genetic characterization of the studied population. It was possible to confirm that the population of Paraguay is in Hardy-Weinberg equilibrium, with an intrapopulational genetic diversity of 0.8046 +/- 0.0120 and interpopulational determined by the fixation index (FST) of 0.01112. From this study, it was possible to determine the allelic frequencies of 15 STRs used in the CODIS system in the capital and in the Central Department of Paraguay, as well as the genetic characterization and forensic parameters of the studied population. All the loci studied in the Paraguayan population were considered veryinformative and useful for the solution of problems related to human identification in the analyzed sample
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Distribuição da frequência alélica de STRs preconizados pelo sistema CODIS na capital e no Departamento Central do Paraguai / Distribution of the allelic frequency of STRs recommended by the CODIS system in the capital and in the Central Department of Paraguay

Tamara Soledad Frontanilla Recalde 10 December 2018 (has links)
Um dos maiores desafios na área forense é, sem dúvida, a identificação humana. O DNA tem sido o responsável por uma verdadeira revolução das técnicas de identificação nas últimas décadas a partir do estudo e da identificação de polimorfismos entre determinados marcadores moleculares existentes nos indivíduos. Os marcadores recomendados para a obtenção de perfis genéticos são loci de regiões microssatélite do DNA, também designados de Short Tandem Repeats (STR). O número de repetições dos marcadores STR é variável entre os indivíduos, criando polimorfismo e tornando-os, desta forma, ótimos marcadores para identificação humana. O objetivo desse trabalho foi estabelecer a distribuição da frequência alélica de 16 STRs preconizados no sistema CODIS, na capital e no Departamento Central de Paraguai. Foram estudadas 300 amostras de saliva coletadas com NUCLEIC-CARD(TM) Collection Device System, de indivíduos paraguaios dentre 20 e 70 anos de idade, morando em uma das 20 cidades estudadas. Para o processamento foi utilizado o kit AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® seguindo as fases de genotipagem, amplificação e eletroforese capilar. Foi possível estabelecer o perfil genético de 259 amostras bem como os parâmetros forenses e, assim, calcular os loci mais polimórficos os quais foram FGA e D18S51 utilizando os softwares GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 e R 2.5. A distribuição das frequências alélicas de cada loci analisado permitiu estabelecer a caracterização genética da população estudada. Foi possível confirmar que a população do Paraguai se encontra em equilíbrio Hardy-Weinberg, com uma diversidade genética intrapopulacional de 0.794915 +/- 0.398307 e interpopulacional determinada pelo índice de fixação (FST) de 0.01112. A partir desse estudo, foi possível determinar as frequências alélicas de 15 STRs utilizados no sistema CODIS nacapital e no Departamento Central do Paraguai bem como a caracterização genética e os parâmetros forenses da população estudada. Todos os loci estudados na população paraguaia foram considerados muito informativos e úteis para a solução de problemas relacionados com identificação humana na amostra analisada / One of the biggest challenges in Forensic Sciences is undoubtedly human identification. DNA has been responsible for a true revolution in identification techniques in the last decades from the study and identification of polymorphisms between certain molecular markers in individuals. The recommended markers for obtaining genetic profiles are loci of DNA microsatellite regions, also called Short Tandem Repeats (STR). The number of repetitions of STR markers is variable among individuals, creating polymorphism and thus making them excellent markers for human identification. The aim of this study was to establish the distribution of the allelic frequency of 16 STRs recommended in the CODIS system, in the capital and in the Central Department of Paraguay. We studied 300 saliva samples collected from NUCLEIC-CARD (TM) Collection Device System of Paraguayan individuals between 20 and 70 years-old, living in one of the 20 cities studied. For the processing, the AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® kit was used following the phases of genotyping, amplification and capillary electrophoresis. It was possible to establish the genetic profile of 259 samples as well as the forensic parameters and thus to calculate the most polymorphic loci which were FGA and D18S51 using the software GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 and R 2.5. The distribution of the allelic frequencies of each analyzed loci allowed establishing the genetic characterization of the studied population. It was possible to confirm that the population of Paraguay is in Hardy-Weinberg equilibrium, with an intrapopulational genetic diversity of 0.8046 +/- 0.0120 and interpopulational determined by the fixation index (FST) of 0.01112. From this study, it was possible to determine the allelic frequencies of 15 STRs used in the CODIS system in the capital and in the Central Department of Paraguay, as well as the genetic characterization and forensic parameters of the studied population. All the loci studied in the Paraguayan population were considered veryinformative and useful for the solution of problems related to human identification in the analyzed sample
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Estudo da variabilidade de isolados de Plasmodium vivax de áreas endêmicas na Amazônia Brasileira

Rezende, Antônio Mauro de January 2009 (has links)
Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2013-01-25T14:50:53Z No. of bitstreams: 1 Antonio mauro Rezende.pdf: 690614 bytes, checksum: b6e63e721fa01db8344fd047db4db0fe (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-25T14:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Antonio mauro Rezende.pdf: 690614 bytes, checksum: b6e63e721fa01db8344fd047db4db0fe (MD5) Previous issue date: 2009 / A malária humana é causada por protozoários do gênero Plasmodium. Atualmente, mais de 2 bilhões de pessoas estão sob risco de contrair malária sobretudo em áreas tropicais e subtropicais. No Brasil, a malária está concentrada na região da Amazônia Legal, onde se registram mais de 99% dos casos, sendo cerca de 80% causados pelo Plasmodium vivax. Estratégias efetivas de combate ao parasito são essenciais para o controle da doença, e estas dependem do entendimento de diversos fatores como, por exemplo, a variabilidade genética e a estrutura populacional do P. vivax. Desta maneira, os marcadores moleculares são importantes ferramentas que podem auxiliar na elucidação destes aspectos biológicos do parasito. Contudo, poucos marcadores moleculares estão disponíveis para estudos populacionais de P. vivax, comparado ao P. falciparum, principalmente marcadores neutros ou quase neutros, ideais para esse tipo de estudo. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar novos microssatélites em P. vivax e realizar análises de genética de população em isolados de cinco áreas da Amazônia Brasileira utilizando esses microssatélites e os cinco marcadores do tipo TR mais polimórficos descritos na literatura. Deste modo, uma busca in silico foi realizada utilizando o rascunho do genoma do parasito, e foram selecionados microssatélites com unidades repetitivas variando de 2 a 4 pares de base. Cada locus foi amplificado utilizando iniciadores específicos, incluindo os TRs cujos iniciadores foram baseados na literatura. O DNA molde para a realização da amplificação foi extraído de pacientes com infecção aguda de P. vivax. Os produtos amplificados foram analisados em seqüenciadores automáticos de DNA utilizando programas de análise de tamanhos de fragmentos. As análises de genética de população foram realizadas utilizando vários pacotes computacionais. Ambos marcadores detectaram uma alta diversidade nas populações estudadas. Porém, algumas diferenças foram identificadas nas análises com cada tipo de marcador molecular, dentre elas: as populações geneticamentes próximas foram diferentes juntamente com o padrão de desequilíbrio de ligação em cada população e a taxa de multiplicidade de infecção também variou entre os tipos de marcadores. Além disso, foi possível, utilizando os microssatélites, estruturar as populações, o que não ocorreu utilizando os TRs. Por fim, foi possível perceber que os microssatélites se mostraram mais polimórficos, mais bem distribuídos pelo genoma do parasito e ainda assim, o seu mecanismo de manutenção de variabilidade é conhecido, logo, eles aparentam ser mais aptos na utilização de estudos de genética de população de P. vivax. / Human malaria is caused by a protozoan from genus Plasmodium. Currently, more than 2 billion people are under risk to contract malaria mainly in tropical and subtropical areas. In Brazil, malaria is concentrated in the Legal Amazon, where more than 99% of the cases are registered, being around 80% caused by Plasmodium vivax. Effective strategies of combating are essential to control the disease, and these ones depend on understanding of many factors such as the genetic variability and population structure of P. vivax. Hence, molecular markers are important tools that can help to elucidate these biological aspects of the parasite. However, few molecular markers are available for population studies of P. vivax, compared with P. falciparum, mainly neutral or near neutral markers, which are indicated for this kind of study. Thus, the aim of this work was to identify new polymorphic microsatellite loci in P. vivax and to perform population genetic analyses with isolates from five areas of Brazilian Amazon using these microsatellites and also the five most polymorphic tandem repeats markers described in literature. For this, an in silico search was performed using the genome draft of the parasite, and microsatellite with repeat units ranging from 2 to 4 base pairs were selected. Each locus was amplified using specific primers, including the TRs whose primers were previously described. The template DNA for amplification was obtained from patient’s blood with acute P. vivax infection. The amplified products were analyzed in automatic DNA sequencer using software to identify fragments size. The genetic population analyses were performed with several computational packages. Although, some differences were identified among the measured parameters with each kind of molecular marker: the populations genetically close, linkage disequilibrium pattern in each population and level of multiple infection were different. Besides, it was possible, using the microsatellites, to detect structuring of the populations, what did not happen using the TRs. In conclusion, it was possible to notice that the microsatellite are more polymorphic, more spread across parasite genome, and its variability maintenance mechanism is known; thus, they seem to be more useful in population genetic studies of P. vivax field isolates.
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DNA humano extraído a partir de larvas de dípteros coletadas em cadáveres no instituto médico legal de Pernambuco

OLIVEIRA, Tatiana Costa de 01 December 2015 (has links)
Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-07-19T13:40:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese final.pdf: 4052323 bytes, checksum: 74297c119131b87a26908be1d213027a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-19T13:40:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese final.pdf: 4052323 bytes, checksum: 74297c119131b87a26908be1d213027a (MD5) Previous issue date: 2015-12-01 / CAPEs / O uso de insetos visando responder aos quesitos levantados em investigações criminais ganhou espaço nas últimas décadas entre os pesquisadores e profissionais desta área, assim como a combinação de técnicas de genética forense para a obtenção de DNA humano a partir destes organismos, em especial dos dípteros necrófagos. Desse modo, neste estudo objetivou-se obter e testar um protocolo de identificação de DNA humano extraído a partir de larvas de dípteros coletadas em cadáveres no Instituto de Medicina Legal de Pernambuco Antonio Persivo Cunha (IMLAPC/PE). Inicialmente, espécimes imaturos foram coletados no IMLAPC/PE e criados em dieta a base de carne moída bovina para possibilitar a identificação da espécie mais abundante e frequente que se cria neste substrato. A espécie Chrysomya albiceps (Diptera: Calliphoridae) foi selecionada como modelo experimental. Grupos de larvas dessa espécie foram submetidos a uma dieta baseada em carne moída e sangue humano por 48 horas, dissecadas e submetidas a extração de DNA, utilizandose duas metodologias comumente adotadas pelos laboratórios de genética forense: Kit DNA IQ™ e Método Fenol-Clorofórmio. O DNA extraído foi quantificado através de Nanodrop® e Real-Time PCR 7500 com uso do Quantifiler® Duo DNA Quantification. Para amplificação do DNA foram usados os kits para STR (short tandem repeats): AmpFℓSTR® Identifiler® Plus PCR Kit, Argus X-12® Kit e PowerPlex® Fusion System kit. As amostras amplificadas foram analisadas por eletroforese capilar em ABI PRISM 3500, permitindo observar que, para os kits utilizados houve perfis íntegros e compatíveis com a amostra referência, a partir da extração com kit DNA IQ™ e/ou método Fenol- Clorofórmio. Além disso, foram testados quatro meios de armazenagem comumente utilizados em zoologia: etanol 70%, etanol 95%, formol 4% e via seca. Após 24 horas de armazenagem, as amostras foram submetidas aos processos de análise de DNA e o formol 4% apresentou os melhores perfis de DNA. O fato de haver perfis passíveis de comparação confirma a utilidade das larvas de dípteros usadas para este fim, as quais podem futuramente ser usadas para correlacionar perfis genéticos com uma cena criminal. O aprimoramento destas técnicas é necessário para que o uso das larvas de dípteros muscóides com emprego para a entomogenética tenha mais difusão entre os meios acadêmico e forense. / The use of insects for investigations has gained ground in recent decades among researchers and criminal professionals. Recently, the use of these animals has been combined with forensic genetics techniques for obtaining human DNA from these. Among the main focus groups for this technique are the carrion flies that have the host DNA extracted from intestinal contents. Because the visibility of this branch of forensic biology, this study aimed to obtain and test a protocol for identifying human DNA extracted from larvae of Diptera at the Instituto de Medicina Legal de Pernambuco Antonio Persivo Cunha (IMLAPC/PE). The species Chrysomya albiceps (Diptera: Calliphoridae) was selected as an experimental model. Groups of larvae of this species were subjected to diet ground meat and human blood for 48 hours, dissected and subjected to DNA extraction using two methods commonly used by forensic genetics laboratories: DNA IQ™ Kit and Method phenol-chloroform. The extracted DNA was quantified by Nanodrop® and Real-Time PCR 7500 with use of Quantifiler® Duo DNA Quantification. For DNA amplification kits for STR (short tandem repeats) were used: AmpFℓSTR® Identifiler® Plus PCR Kit, Argus X-12® Kit and PowerPlex® Fusion System kit. The amplified samples were analyzed by capillary electrophoresis in ABI PRISM 3500, allowing to observe for kits used there have upright profiles and compatible with the reference sample, from the IQ™ DNA extraction kit and/or phenol-chloroform method. In addition, four storage means commonly used in zoology were tested: 70% ethanol, 95% ethanol, 4% formaldehyde and dry. After 24 hours of storage, the samples were submitted to DNA analysis processes and the 4% formaldehyde DNA showed the best profile. The fact that there be comparable profiles confirms the usefulness of dipteran larvae used for this purpose, which can further be used to correlate genetic profiles and a criminal scene. The improvement of these techniques is required for the use of larvae dipterae with employment for the entomogenetics have more diffusion among academic and forensic means.
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Estudos genético-moleculares no gênero Paspalum L. (Poaceae: Panicoideae: Paniceae) / Genetic and molecular studies in the genus Paspalum L. (Poaceae: Panicoideae: Paniceae)

Cidade, Fernanda Witt 18 August 2018 (has links)
Orientador: Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T10:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cidade_FernandaWitt_D.pdf: 4497924 bytes, checksum: 742a35a26e2eea5a11249f8fc87abb2b (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: No Brasil, a pecuária bovina é baseada principalmente na utilização de pastagens para alimentação animal, sendo a maioria destas cultivadas. O lançamento de novas cultivares de forrageira e os avanços no manejo das pastagens permitiram que o Brasil se tornasse, atualmente, um dos maiores produtores mundiais de bovinos e o maior exportador de carne bovina do mundo. Contudo, poucas opções de forrageiras estão disponíveis para o cultivo de pastagens no Brasil, principalmente para as regiões tropicais, sendo que a maioria dessas é constituída de poucas cultivares de gramíneas africanas do gênero Urochloa (Syn. Brachiaria). Há uma necessidade eminente de diversificação das pastagens e, o gênero Paspalum se destaca dentre as gramíneas nativas com potencial forrageiro a contribuir para a diversificação de espécies em pastagens tropicais. Paspalum inclui aproximadamente 400 espécies distribuídas, principalmente, em regiões tropicais e subtropicais das Américas. O Brasil é o maior centro de origem e diversidade deste gênero, com ocorrência de espécies de grande potencial forrageiro, havendo vários acessos disponíveis em bancos de germoplasma. Para que os programas de melhoramento possam utilizar de forma adequada os bancos de germoplasma existentes, é necessário um conhecimento da quantidade e da distribuição da diversidade genética dessas coleções. Nesse sentido, no presente trabalho, marcadores microssatélites foram isolados e caracterizados em duas espécies de Paspalum (P. atratum e P. notatum) para o estudo de diversidade genética de acessos de bancos de germoplasma de Paspalum. Um total de 21 microssatélites foi desenvolvido para P. atratum e 26 para P. notatum. A transferibilidade desses marcadores foi avaliada para 35 espécies de Paspalum, sendo que doze microssatélites foram utilizados na caracterização de 214 acessos de Paspalum de diferentes espécies. Os microssatélites foram úteis na identificação das espécies de Paspalum, auxiliando de forma efetiva na organização dos acessos mantidos nos bancos de germoplama, fornecendo também subsídios para programas de melhoramento genético do gênero. Adicionalmente, 57 acessos de P. notatum foram avaliados com o uso de 30 microssatélites, em conjunto com caracterísitcas fenotípicas e citogenéticas. A maioria desses locos apresentou grande potencialidade para uso na discriminação de cultivares e acessos. As avaliações conjuntas indicaram que os microssatélites foram eficientes e robustos na separação dos acessos de P. notatum em três variedades botânicas (var. notatum, var. saurae e var. latiflorum), os quais agruparam-se em sete grupos geneticamente distintos. Os microssatélites desenvolvidos, assim como os dados de diversidade genética gerados nesse trabalho, são um passo em direção a um melhor entendimento do gênero e uma ferramenta para que novos trabalhos possam ser realizados / Abstract: In Brazil, the production of cattle is based primarily on the use of pastures for animal feed, most of these cultivated. The release of new cultivars of forage and advances in pasture management has enabled Brazil to become currently one of the largest producers of cattle and the largest exporter of beef in the world. However, few options are available for fodder cultivation of pastures in Brazil, mainly in tropical regions, where most of these consists of a few varieties of African grasses of the genus Urochloa (Syn. Brachiaria). There is a clear need to diversify pastures and the genus Paspalum stands out among the native grasses with forage potential to contribute to the diversification of species in tropical pastures. Paspalum includes about 400 species distributed mainly in tropical and subtropical regions of the Americas. Brazil is the largest center of origin and diversity of this genus, with the occurrence of species of high forage yield potential, and several accessions available in germplasm banks. In order to make good use of the existing germplasm collections for breeding purposes it is necessary to know the quantity and distribution of genetic diversity of these collections. In that sense, in the present work, microsatellite markers were isolated and characterized in two species of Paspalum (P. notatum and P. atratum). These markers were used as a tool to study genetic diversity of germplasm banks of Paspalum. A total of 21 microsatellites was developed for P. atratum and 26 for P. notatum. The transferability of these markers was evaluated for 35 species of Paspalum, in which twelve microsatellites were used to characterize 214 accessions of different species of Paspalum. The microsatellites were useful in identifying the species of Paspalum, effectively assisting in the organization of accessions maintained in germplasm banks, as well as providing subsidies to breeding programs of the genus. Additionally, 57 accessions of P. notatum were evaluated using 30 microsatellites, together with phenotypic and cytogenetic characteristic. Most of these loci showed a great potential for cultivar and accessions discrimination. Joint evaluations indicated that the microsatellites were efficient and robust in the separation of the accessions evaluated in to seven genetically distinct groups, which corresponded to the three botanical varidades described for the species (var.notatum, var. sourae, and var. latiflorum). Microsatellites developed, as well as data of genetic diversity generated in this work are a step toward a better understanding of the genus and a tool for further work / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular
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Ecology and evolution of Croton floribundus Spreng = how are the genetic diversity and structure of a pioneer tree species affected by natural and human disturbances? = Ecologia e evolução de Croton floribundus Spreng: como a diversidade e estrutura genética de uma espécie arbórea pioneira são afetadas por distúrbios naturais e antrópicos? / Ecologia e evolução de Croton floribundus Spreng : como a diversidade e estrutura genética de uma espécie arbórea pioneira são afetadas por distúrbios naturais e antrópicos?

Silvestrini, Milene, 1972- 25 August 2018 (has links)
Orientadores: Flavio Antonio Maës dos Santos, Maria Imaculada Zucchi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T23:19:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silvestrini_Milene_D.pdf: 3891912 bytes, checksum: 6bb6bd65f788f261b8387e6c9daf17f8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A estrutura genética espacial de populações de plantas pode variar ao longo dos estádios ontogenéticos, através das gerações e entre diferentes condições ambientais. Estas mudanças são direcionadas por fatores ecológicos e evolutivos. As espécies pioneiras apresentam histórias de vida e estruturas populacionais características que são afetadas principalmente pelas mudanças ambientais geradas por distúrbios naturais ou antrópicos. O objetivo deste trabalho foi investigar como as características do ciclo de vida, os processos ecológicos e fatores genéticos associados aos distúrbios afetam a diversidade e estrutura genética de populações de uma espécie arbórea pioneira. Nós estudamos Croton floribundus Spreng. (Euphorbiaceae), uma espécie arbórea pioneira abundante em clareiras e em áreas secundárias da Floresta Estacional Semidecidual, em duas áreas com níveis contrastantes de distúrbios antrópicos: uma floresta primária e uma floresta secundária em estádio inicial de sucessão. A fim de abordar a principal questão deste estudo, nós avaliamos o padrão de distribuição da espécie sob as diferentes condições ambientais geradas por distúrbios naturais e antrópicos (Capítulo I); testamos e caracterizamos iniciadores universais cloroplastidiais (cpSSR) para C. floribundus (Capítulo II); desenvolvemos e caracterizamos marcadores microssatélites nucleares (SSR) para C. floribundus bem como examinamos algumas características citogenéticas da espécie com o objetivo de testar a ocorrência de poliploidia e avaliar sua implicação para o uso dos marcadores SSR (Capítulo III); avaliamos a diversidade e estrutura genética de C. floribundus entre duas classes de tamanho e entre populações em uma floresta primária e uma floresta secundária em estádio inicial de sucessão (Capítulo IV). C. floribundus foi frequente e igualmente distribuído em clareiras de todos os tamanhos na floresta primária, mas sua estrutura populacional variou entre áreas com níveis contrastantes de distúrbio antrópico. Seis locos cpSSR foram otimizados e caracterizados em C. floribundus. O estudo citogenético permitiu a caracterização mais precisa dos locos SSR, bem como forneceu novos dados sobre a origem e a evolução da espécie. O número de bivalentes observados na meiose, n = 56 (2n = 8x = 112), mostrou a ocorrência de poliploidia em todas as populações estudadas. Altos níveis de diversidade genética foram encontrados para C. floribundus. A dispersão de sementes e as colonizações (e extinções) foram determinantes para a estrutura genética em fina escala encontrada nas populações de C. floribundus em ambos os tipos de florestas. Além disso, os efeitos destes processos associados aos distúrbios antrópicos parecem aumentar fortemente a diferenciação genética entre as populações na floresta em estádio inicial de sucessão. As análises de marcadores moleculares nucleares e cloroplastidias sugeriram que o fluxo gênico por pólen é responsável por manter a diversidade genética dentro das populações de C. floribundus tanto na floresta primária quanto na floresta secundária em estádio inicial de sucessão. Nesta última, o fluxo gênico por sementes parece ser igualmente importante. Os resultados obtidos mostraram que a dinâmica de clareiras, o processo de colonização e a dispersão de pólen e sementes afetam a diversidade e estrutura genética da espécie arbórea pioneira, aumentando-os ou diminuindo-os conforme o número de colonizadores, número de populações-fonte, as taxas de fluxo gênico e o nível de perturbação antrópica da área / Abstract: The spatial genetic structure of plant populations may vary across life stages, across generations and among different environmental conditions. These changes are driven by evolutionary and ecological forces. Pioneer tree species exhibit particular life histories and population structures that are mainly affected by environmental changes generated by natural or human disturbances. Our aim was to investigate how the life-history traits, ecological processes, and the genetic factors associated to natural and human disturbances can affect the genetic diversity and structure of populations of a pioneer tree species. We studied Croton floribundus Spreng. (Euphorbiaceae), a pioneer tree species abundant in gaps and secondary areas of the semi-deciduous tropical forest, in two areas with contrasting levels of human disturbance: a primary forest and an early successional forest. In order to address the main question of this study, we examined the pattern of distribution of the species under the different environmental conditions generated by natural and human disturbances (Chapter I); tested and characterized universal chloroplast microsatellite (cpSSR) primers for C. floribundus (Chapter II); developed and characterized nuclear microsatellite (SSR) markers for C. floribundus as well as examined some cytogenetic traits of the species in order to test for polyploidy and to evaluate its implications for the appropriate use of the SSR markers (Chapter III); and evaluated the genetic diversity and structure of C. floribundus between two size classes and among populations in the primary forest and in the early successional forest (Chapter IV). C. floribundus was widespread and equally distributed along the gap size range in the primary forest, but its population structure varied between areas with contrasting levels of human disturbance. Six universal cpSSR loci were optimized and characterized for C. floribundus. The cytogenetic study allowed the accurate characterization of SSR loci as well as provided new data on the origin and evolution of the species. The number of bivalents observed in meiosis n=56 (2n=8x=112) showed the occurrence of polyploidy in all populations studied. High genetic diversity levels were found for C. floribundus. Seed dispersal and colonizations (and extinctions) were determinants of the fine-scale genetic structure of C. floribundus in both forest types. Also, their effects associated to the human disturbances seem to strongly increase the genetic differentiation among populations in the early successional forest. Analysis of nuclear and chloroplast markers suggested that gene flow by pollen is responsible for maintaining the genetic diversity within populations of C. floribundus in both primary and early successional forests. In the latter, gene flow by seeds seem to be equally important. The results showed that gap dynamics, colonization process, and pollen and seed dispersal affect the genetic diversity and structure of the pioneer tree species by increasing or decreasing them depending mainly on the number of colonizers, the number of source populations, the gene flow rates, and the level of human disturbance of the area / Doutorado / Ecologia / Doutora em Ecologia
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"Estudo das alterações dos microssatélites D6S251 e D6S252 no carcinoma basocelular esporádico" / Study of alterations in microsatellites D6S251 and D6S252 in sporadic basal cell carcinoma

Martinez, Marcos Antonio Rodrigues 29 March 2006 (has links)
Existe grande interesse na determinação das bases genéticas do carcinoma basocelular (CBC) que expliquem seu fenótipo pouco agressivo e comportamento metastático infreqüente. Investigamos a instabilidade de microssatélites (MSI) e perda de heterozigosidade (LOH) nos microssatélites D6S251 (6q14) e D6S252 (6q16) de CBCs esporádicos de alto e baixo risco histológico através da análise de bandas obtidas pelo gel de poliacrilamida após PCR em comparação com o tecido normal. Não houve alteração do microssatélite D6S252 nas 15 amostras estudadas. Para o microssatélite D6S251, houve alterações em 6 das 26 amostras estudadas (23,07%). MSI e LOH ocorreram em 46,15% das amostras de alto risco (respectivamente 15,38% e 30,76), o que sugere o provável envolvimento da região 6q14 na diferenciação histológica do CBC / A lot of interest lies in determining the genetic basis of basal cell carcinoma (BCC) to explain the lack of aggressive phenotype and infrequent metastatic behavior. We have analyzed the microsatellite instability (MSI) and loss of instability (LOH) in the D6S251 (6q14) and D6S252 (6q16) microsatellites patterns of histological low- high-risk sporadic BCC tumor samples using PCR-based assay in comparison with normal tissue. We have not found any alteration in D6S252 microsatellite 15 samples studied. We have encountered D6S251 alterations in 6 of 26 BCC samples (23.07%).MSI and LOH occurred in 46.15% of high-risk samples (15.38% and 30.76%), These results probably suggests participation of 6q14 region in histological differentiation of BCC
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Identificação de deleções do gene SHOX: comparação das técnicas de FISH, análise de microssatélites e MLPA / Identification of SHOX gene deletions: comparison of FISH technique, microsatellites analysis and MLPA

Funari, Mariana Ferreira de Assis 02 October 2009 (has links)
O gene SHOX (short stature homeobox containing gene), expresso em altos níveis nas células osteogênicas, é fundamental para o desenvolvimento ósseo e para a determinação da altura. Haploinsuficiência do SHOX é responsável por vários fenótipos que envolvem a baixa estatura, como a síndrome de Turner, a discondrosteose de Léri-Weill e a baixa estatura idiopática. Cerca de dois terços das haploinsuficiências são causados por deleções. Neste trabalho, foi realizada uma comparação entre três técnicas para detecção de deleções do SHOX: a hibridação in situ com fluorescência (FISH), o estudo de microssatélites e o multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA). Nos pacientes sem deleção do SHOX, foi realizado um rastreamento para identificação de mutações de ponto no gene que levassem à sua haploinsuficiência. Foram analisados seis pacientes com discondrosteose de Léri-Weill (DLW) e 20 com baixa estatura desproporcionada (BED). Na técnica de FISH, os cromossomos metafásicos obtidos a partir de cultura de linfócitos foram hibridados com o cosmídio LLNOYCO3M34F5. DNA genômico extraído a partir de leucócitos de sangue periférico foi submetido à análise de microssatélites e MLPA. Foram amplificados seis marcadores de microssatélites (repetições CA, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 e DXYS234) e o MLPA foi realizado de acordo com as instruções dos kits SALSA MLPA P018-C1 e P018-D1 SHOX. Estes kits contêm oito sondas específicas para o gene SHOX e 13 para a área do SHOX, localizada a jusante do gene. O seqüenciamento direto da região codificadora do gene foi realizado nos pacientes sem deleção. Todos os pacientes com DLW apresentaram deleções envolvendo todo o gene. Entre os pacientes com BED, apenas um (5,0%) apresentou uma deleção intragênica envolvendo os exons 4, 5 e 6a. Os resultados das três metodologias foram concordantes na maioria dos casos, exceto em dois casos. No primeiro caso, inicialmente o FISH não identificou uma deleção envolvendo todos os éxons em um paciente com DLW. No segundo, uma deleção envolvendo os exons 4, 5 e 6a, identificada em uma paciente com BED, foi detectada apenas pelo MLPA. Ainda entre os pacientes com BED, três (15%) apresentaram deleção da região do marcador DXYS10096, a 3 do gene. Outros três (15%) pacientes apresentaram mutações de ponto identificadas pelo seqüenciamento direto: a mutação p.Tyr35X, que resulta na substituição de uma tirosina por um códon de parada prematuro; a p.Arg147His localizada na região do homeodomínio e a NM_000451:c.1236 -10T>C que se encontra a 10 nucleotídeos antes do início do éxon 5. Em uma comparação das três metodologias, o FISH foi considerado a técnica mais trabalhosa e com menor sensibilidade, levando até oito dias para sua realização. A análise por microssatélites requer o estudo dos progenitores, além de um grande número de marcadores para a análise de regiões extensas. O MLPA detectou todas as deleções, sendo considerada a metodologia mais sensível. Ele apresentou também menor custo e tempo de execução, além de possibilitar a estimativa do tamanho da deleção. Desta forma, o MLPA foi considerado a melhor metodologia para investigação inicial dos pacientes com DLW e BED. / The SHOX gene (short stature homeobox containing gene), expressed at high levels in osteogenic cells, is essential for bone development and growth process. SHOX haploinsufficiency is responsible for several phenotypes involving short stature, such as Turner syndrome, Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and idiopathic short stature. Deletions are responsible for 2/3 of SHOX haploinsufficiency. In this study, a comparison among three techniques for detection of SHOX deletions: fluorescence in situ hybridization (FISH), microsatellites analysis and multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA) was performed. A screening for point mutations that could lead to haploinsufficiency was performed in patients without SHOX deletion. Six patients with Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and 20 with disproportionate short stature (DSS) were analyzed. FISH analysis was performed using the cosmid LLNOYCO3\"M\"34F5 and metaphase spreads obtained from lymphocytes culture. Genomic DNA extracted from peripheral blood leukocytes was used to microsatellite and MLPA analysis. Six microsatellite markers (CA repeats, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 and DXYS234) were amplified by PCR and MLPA was performed according to the manufacturers instructions for SALSA MLPA P018 and P018-C1-D1 SHOX kits. These kits contain 8 specific probes for SHOX gene and 13 for \"SHOX area, which is located downstream of the gene. The direct sequencing of entire encoding region was performed in patients with no SHOX deletions. All patients with LWD presented deletions involving the entire gene. One (5.0%) patient with DSS, presented an intragenic deletion involving exons 4, 5 and 6a. The results of the three methods were concordant in most cases, except in two cases. In the first case, a patient with DLW, the FISH did not identify a deletion involving all SHOX exons. In the second case, a deletion of exons 4, 5 and 6a in a patient with BED was identified only by MLPA. Other 3 (15%) DSS patients had deletion in SHOX area, in the DXYS10096 marker. Other three (15%) patients presented a point mutation identified by direct sequencing: p.Tyr35X, which replaces a tyrosine for a premature stop codon, p.Arg147His located in the homeodomain region and NM_000451: c.1236-10T> C which is 10 nucleotides before the exon 5. In a comparison of three methods, the FISH technique was considered the more laborious and less sensitive, taking until eight days to obtain the results. The microsatellite analysis requires the parents DNA study. In addition, several markers are essential for the analysis of extensive regions. The MLPA was considered the most sensitive methodology since it detected all deletions. It also presented lower cost and execution time, and allowed the estimation of the size of the deletion. Thus, the MLPA was considered the best approach for initial investigation of LWD and DSS patients.
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Avaliação da diversidade genética de uma população de Culex quinquefasciatus proveniente de área sob intervenção para controle vetorial / Genetic diversity evaluation of a Culex quinquefasciatus population from an under vector control area

Cartaxo, Marina Falcão de Souza January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-23T12:13:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 811.pdf: 3335097 bytes, checksum: 1e0ff860185019e7337aefd1db19cb05 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Made available in DSpace on 2016-07-05T22:00:08Z (GMT). No. of bitstreams: 3 811.pdf.txt: 201518 bytes, checksum: 5c6a06ebfc70a1c9165e7d65ca4a2ac9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 811.pdf: 3335097 bytes, checksum: 1e0ff860185019e7337aefd1db19cb05 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Devido a suas características epidemiológicas a filariose linfática é uma das doenças potencialmente erradicáveis. Por esse aspecto, a Organização Mundial de Saúde propôs em 1997 sua eliminação mundial prevista para 2020. O principal objetivo do Programa de eliminação da Filariose Linfática é reduzir o reservatório humano com microfilárias circulantes, para menos de 1 por cento, somado a redução para o índice 0.1 por cento nas crianças nascidas após o início do tratamento em massa, ambos diagnosticados pelas técnicas de gota espessa e pesquisa de antígeno circulante filarial (cartão ICT e Og4C3) resultando na interrupção da transmissão. Entre os objetivos do Plano de Controle e Eliminação da filariose linfática está à utilização da pesquisa de antígeno circulante como indicador da monitorização da eficácia do tratamento específico realizado nas comunidades endêmicas. Pesquisas demonstram resultados inconsistente nos padrões de clareamento da circulação sangüínea do antígeno da W.bancrofti após o tratamento, pois ainda não se pode assegurar a cura parasitológica e correlacionar esse fato concreto com a cronologia do desaparecimento do antígeno circulante filarial. O presente estudo comparou o efeito do tratamento seletivo com dietilcarbamazina (dose única e tradicional) e a intervenção cirúrgica sobre a microfilaremia e o marcador sorológico de infecção ativa (antigenemia), diagnosticados pelas técnicas parasitológicas da filtração (microfilaremia), utrason (vermes adultos filarias) e a pesquisa de antígeno circulante filarial (cartão ICT e Og4C3) frente aos 31 indivíduos de ambos os sexos, micro e amicrofilarêmicos, no período pré, 1, 6, 12, 96 e 120 meses. Observou-se uma correlação positiva (r=0,3118, P0,0001) crescente da densidade de MF/mL com o antígeno circulante filarial diagnosticado de forma quantitativa pela ferramenta diagnostica do Og4C3. O tratamento que observamos um menor número de indivíduos positivos foi através da medicação dietilcarbamazinna dose tradicional seguido de cirurgia e dose única. No presente estudo observamos que o tempo eleito pela OMS de 48 a 82 meses é insuficiente para assegurar a cura da infecção, visto quem em 96 meses ainda encontra-se vestígios de antígeno circulante. Sugere-se que exames paralelos sejam realizados para confirmar e assegurar a cura do indivíduo
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Identificação de deleções do gene SHOX: comparação das técnicas de FISH, análise de microssatélites e MLPA / Identification of SHOX gene deletions: comparison of FISH technique, microsatellites analysis and MLPA

Mariana Ferreira de Assis Funari 02 October 2009 (has links)
O gene SHOX (short stature homeobox containing gene), expresso em altos níveis nas células osteogênicas, é fundamental para o desenvolvimento ósseo e para a determinação da altura. Haploinsuficiência do SHOX é responsável por vários fenótipos que envolvem a baixa estatura, como a síndrome de Turner, a discondrosteose de Léri-Weill e a baixa estatura idiopática. Cerca de dois terços das haploinsuficiências são causados por deleções. Neste trabalho, foi realizada uma comparação entre três técnicas para detecção de deleções do SHOX: a hibridação in situ com fluorescência (FISH), o estudo de microssatélites e o multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA). Nos pacientes sem deleção do SHOX, foi realizado um rastreamento para identificação de mutações de ponto no gene que levassem à sua haploinsuficiência. Foram analisados seis pacientes com discondrosteose de Léri-Weill (DLW) e 20 com baixa estatura desproporcionada (BED). Na técnica de FISH, os cromossomos metafásicos obtidos a partir de cultura de linfócitos foram hibridados com o cosmídio LLNOYCO3M34F5. DNA genômico extraído a partir de leucócitos de sangue periférico foi submetido à análise de microssatélites e MLPA. Foram amplificados seis marcadores de microssatélites (repetições CA, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 e DXYS234) e o MLPA foi realizado de acordo com as instruções dos kits SALSA MLPA P018-C1 e P018-D1 SHOX. Estes kits contêm oito sondas específicas para o gene SHOX e 13 para a área do SHOX, localizada a jusante do gene. O seqüenciamento direto da região codificadora do gene foi realizado nos pacientes sem deleção. Todos os pacientes com DLW apresentaram deleções envolvendo todo o gene. Entre os pacientes com BED, apenas um (5,0%) apresentou uma deleção intragênica envolvendo os exons 4, 5 e 6a. Os resultados das três metodologias foram concordantes na maioria dos casos, exceto em dois casos. No primeiro caso, inicialmente o FISH não identificou uma deleção envolvendo todos os éxons em um paciente com DLW. No segundo, uma deleção envolvendo os exons 4, 5 e 6a, identificada em uma paciente com BED, foi detectada apenas pelo MLPA. Ainda entre os pacientes com BED, três (15%) apresentaram deleção da região do marcador DXYS10096, a 3 do gene. Outros três (15%) pacientes apresentaram mutações de ponto identificadas pelo seqüenciamento direto: a mutação p.Tyr35X, que resulta na substituição de uma tirosina por um códon de parada prematuro; a p.Arg147His localizada na região do homeodomínio e a NM_000451:c.1236 -10T>C que se encontra a 10 nucleotídeos antes do início do éxon 5. Em uma comparação das três metodologias, o FISH foi considerado a técnica mais trabalhosa e com menor sensibilidade, levando até oito dias para sua realização. A análise por microssatélites requer o estudo dos progenitores, além de um grande número de marcadores para a análise de regiões extensas. O MLPA detectou todas as deleções, sendo considerada a metodologia mais sensível. Ele apresentou também menor custo e tempo de execução, além de possibilitar a estimativa do tamanho da deleção. Desta forma, o MLPA foi considerado a melhor metodologia para investigação inicial dos pacientes com DLW e BED. / The SHOX gene (short stature homeobox containing gene), expressed at high levels in osteogenic cells, is essential for bone development and growth process. SHOX haploinsufficiency is responsible for several phenotypes involving short stature, such as Turner syndrome, Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and idiopathic short stature. Deletions are responsible for 2/3 of SHOX haploinsufficiency. In this study, a comparison among three techniques for detection of SHOX deletions: fluorescence in situ hybridization (FISH), microsatellites analysis and multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA) was performed. A screening for point mutations that could lead to haploinsufficiency was performed in patients without SHOX deletion. Six patients with Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and 20 with disproportionate short stature (DSS) were analyzed. FISH analysis was performed using the cosmid LLNOYCO3\"M\"34F5 and metaphase spreads obtained from lymphocytes culture. Genomic DNA extracted from peripheral blood leukocytes was used to microsatellite and MLPA analysis. Six microsatellite markers (CA repeats, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 and DXYS234) were amplified by PCR and MLPA was performed according to the manufacturers instructions for SALSA MLPA P018 and P018-C1-D1 SHOX kits. These kits contain 8 specific probes for SHOX gene and 13 for \"SHOX area, which is located downstream of the gene. The direct sequencing of entire encoding region was performed in patients with no SHOX deletions. All patients with LWD presented deletions involving the entire gene. One (5.0%) patient with DSS, presented an intragenic deletion involving exons 4, 5 and 6a. The results of the three methods were concordant in most cases, except in two cases. In the first case, a patient with DLW, the FISH did not identify a deletion involving all SHOX exons. In the second case, a deletion of exons 4, 5 and 6a in a patient with BED was identified only by MLPA. Other 3 (15%) DSS patients had deletion in SHOX area, in the DXYS10096 marker. Other three (15%) patients presented a point mutation identified by direct sequencing: p.Tyr35X, which replaces a tyrosine for a premature stop codon, p.Arg147His located in the homeodomain region and NM_000451: c.1236-10T> C which is 10 nucleotides before the exon 5. In a comparison of three methods, the FISH technique was considered the more laborious and less sensitive, taking until eight days to obtain the results. The microsatellite analysis requires the parents DNA study. In addition, several markers are essential for the analysis of extensive regions. The MLPA was considered the most sensitive methodology since it detected all deletions. It also presented lower cost and execution time, and allowed the estimation of the size of the deletion. Thus, the MLPA was considered the best approach for initial investigation of LWD and DSS patients.

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