Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-10-16T16:36:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 29196319 bytes, checksum: 6884bb9f5a2472d3848b481521f34322 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-16T16:36:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 29196319 bytes, checksum: 6884bb9f5a2472d3848b481521f34322 (MD5) Previous issue date: 1999-03-01 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico / Foram desenvolvidos três sistemas de genotipagem multilocos (sistemas Multiplex) semi-automatizados, baseados na amplificação e análise simultânea de locos microssatélites via florescência, para análise genética de espécies do gênero Eucalyptus. Tabelas de frequências alélicas e estimativas do conteúdo de informação genética foram geradas para seis espécies comercialmente importantes do gênero Eucalyptus (subgênero Symphyomyrtus). Inicialmente, microssatélites desenvolvidos a partir de genótipos de E. grandis e E. urophylla foram avaliados quanto à especificidade de amplificação. Dentre os locos que apresentaram boa qualidade de amplificação, 11 foram selecionados para o desenvolvimento de sistemas Multiplex. Três sistemas Multiplex, comportando cada um a análise simultânea de três locos, foram selecionados. Foi estudado o tamanho mínimo de amostra necessário para se obterem estimativas acuradas da heterozigosidade de cada loco. Para isso, foram genotipados 192 indivíduos de E. grandis provenientes de uma população de melhoramento. Com essa informação, avaliou-se o comportamento de estimadores para heterozigosidade esperada com vários tamanhos de amostra, analisando-se a sua variância por meio da sua fórmula exata e por reamostragem numérica. Concluiu-se que uma amostra de 64 indivíduos dessa população seria satisfatória para estimar a heterozigosidade esperada com boa precisão. Os três sistemas Multiplex foram utilizados para genotipar indivíduos provenientes de cinco procedências de E. grandis. Com os dados genotípicos, foram construídas tabelas de frequências alélicas para cada loco e procedência, além de serem registrados 0 número de alelos/loco e a amplitude alélica e estimados os parâmetros heterozigosidade esperada, conteúdo de informação de polimorfismo, probabilidade de identidade e poder de exclusão, os quais indicaram que os locos utilizados possuía alto conteúdo de informação genética. Foram ainda estimadas as distâncias genéticas de Nei entre as procedências; uma AMOVA realizada entre as procedências indicou variação significativa entre elas, embora a maior porção da variabilidade fosse encontrada dentro de procedências. Em seguida, os sistemas Multiplex foram otimizados e caracterizados para outras cinco espécies do gênero Eucalyptus: E. camaldulensis, E. dunnii, E. globulus, E. saligna e E. urophylla. As estimativas dos parâmetros de informação genética da maioria dos locos indicaram que eles são apropriados para genotipagem de indivíduos dessas espécies. Finalmente, os sistemas Multiplex foram utilizados na avaliação de uma população de melhoramento de E. urophylla e de uma coleção de clones-elite, em que foi possível a detecção de erros de identificação do material genético, além de uma avaliação da diversidade genética e da similaridade entre clones. / Three semi-automated multilocus genotyping systems, based on microsatellites, were developed for the analysis of Eucalyptus species. Allele frequency tables and estimates of the genetic information content of these loci were generated for six economically important species of Eucalyptus (subgenus Symphyomyrtus). A set of microsatellites, developed from E. grandis and E. urophylla genotypes. was evaluated based on their PCR amplilication quality and transferability across species. Eleven microsatellites and tifteen combinations of three Ioci were tested. Among these, three triplex systems were chosen. The minimum number of individuals necessary to obtain accurate estimates of He was evaluated. A population of 192 individuals of E. Grandis was typed with six microsatellites and the behavior of the estimate of He with increased sample sizes was analyzed using the gene diversity variance formula and numeric resampling. Congruent results using both approaches showed that a sample size of 64 individuals would be appropriate to estimate He with good accuracy. The multiplex systems were used to type individuals from live Eucalyptus provenances. Allele frequency tables were generated for every locus, and estimates of parameters of genetic information content were obtained (He, PIC, I and Q). AII loci showed to be highly informative with average values of He (0,85), PIC (0,84), combined Q (99,99%) and combined I (10-14). Nei's genetic distances estimated among provenances. An AMOVA showed that there is significant genetic variation among provenances. Although the majority of the variation was found within provenances. The multiplex systems were then optimized and evaluated for other tive species of Eucalyptus: E. camaldulensis, E. dunnii, E. globulus, E. saligna and E. urophylla. The estimates of genetic information content parameters showed once more that these Ioci are highly appropriate for genotyping Eucalyptus species. As a final step to evaluate the usefulness of these genotyping systems, a breeding population of E. urophylla and a collection of elite clones were analyzed. Several clonal identification errors were detected within this population. Based on the multilocus genotypes, an evaluation of the genetic variability and similarity among clones was also performed.

Os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) por serem considerados os marcadores moleculares ideais, têm se tornado o suporte principal nas análises genômicas em diferentes organismos. Neste estudo, as freqüências alélicas de seis locos microssatélites desenvolvidos para Sus scrofa domestica (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 e TNFB) foram estimadas em duas espécies de Suiformes, Sus scrofa sp e Tayassu pecari. Foi utilizada uma amostra representativa de 99 indivíduos (85% de T. pecari e 15% de S. scrofa sp). Os marcadores foram altamente variáveis, mostrando entre 4 e 15 alelos. A heterozigose observada variou de 0,13 a 1,00 e o conteúdo de polimorfismo informativo de 0,18 a 0,84. Estes resultados indicaram a conservação entre as espécies de suínos e demonstraram a viabilidade da utilização de iniciadores desenvolvidos para S. s. domestica na análise de outras espécies de Suiformes. / Microsatellites have been considered a superior class of genetic markers over earlier ones and became the most useful for genomic population analysis in a great variety of organisms. In this paper we had estimated genetic frequencies of six STRs (ACTG2, ALOX12A, CGA, IGF1, SW444 and TNFB) developed for Sus scrofa domestica that were used to amplify markers in two natural populations of a neotropical feral Suidae (Sus scrofa sp) and a neotropical species of peccary (Tayassu pecari). High degree of polymorphisms was observed and the number of alleles varied from 4 to 15 for the six analyzed loci. The observed heterozygosity was between 0.13 to 1.00 and PIC values varied from 0.18 to 0.84. The study also showed that these markers are evolutionary conserved, allowing the possibility of heterologous amplification.

O comércio ilegal de fauna é hoje uma das principais ameaças aos animais silvestres brasileiros, junto com a perda e degradação de habitats. O grupo pelo qual existe maior demanda é o das aves, principalmente as canoras. Paralelamente, o número de apreensões de aves provenientes do comércio ilegal tem crescido a cada ano. Apesar de um grande número de indivíduos não sobreviver, dos que sobrevivem, muitos são recuperados e estão, em teoria, aptos a voltarem à vida livre. Contudo, esforços de repatriação devem ser vistos com extrema cautela, já que grandes prejuízos podem ser trazidos para as populações naturais se inseridos nelas indivíduos de grupos genéticos diferentes. Com isso, tornam-se extremamente necessários estudos demográficos e de estrutura genética de espécies com grande demanda no comércio ilegal. Além de auxiliar tomadas de decisões sobre possíveis esforços de repatriação, estes estudos contribuirão com o maior conhecimento das espécies. Este projeto teve como objetivo o estudo da genética de populações de quatro espécies de passeriformes sabidamente de grande interesse para o comércio ilegal, procurando abranger a maior área possível de suas distribuições: o azulão (Cyanoloxia brissonii), o trinca-ferro (Saltator similis), o galo-da-campina (Paroaria dominicana) e o pixoxó (Sporophila frontalis). Foram realizadas 19 viagens a campo, coletadas 522 amostras (entre amostras de apreensão e de populações naturais) e outras foram obtidas por colaboração com diversas instituições. Foram construídas quatro bibliotecas genômicas com o intuito de desenvolver oligonucleotídeos iniciadores (primers) de marcadores microssatélites espécie-específicos, que foram posteriormente testados para as outras três espécies. Partido de mais de 700 clones sequenciados, foram descritos oito locos informativos para P. dominicana, nove para S. similis, sete para C. brissonii e quatro para S. frontalis. Por conta de dificuldade de obtenção de amostragens representativas, as análises populacionais foram realizadas com P. dominicana e S. similis. As análises de estrutura genética populacional (com 74 amostras) indicaram estruturação populacional sutil, porém significativa (p<0.01) para P. dominicana, com a descrição de três clusters: (1) nordeste, que englobou as localidades de coleta Paraíba, Trindade e Petrolina, e apresentou heterozigose observada (Ho) média de 0.736 e heterozigose esperada (He) média de 0.753; (2) sudoeste, composto pelas localidades Parnaguá, Beira Rio e Vitória da Conquista, com Ho 0.624 e He 0.731; e (3) leste, composto por Canudos e Feira de Santana, Ho 0.750 e He 0.768. A presença de estrutura genética nos marcadores nucleares e ausência no DNA mitocondrial (observada em estudos anteriores) podem indicar que existe filopatria dos machos e dispersão diferencial em P. dominicana. O teste kg não identificou sinal de expansão populacional, portanto, a hipótese de expansão populacional recente da espécie com base na expansão da Caatinga datada de quinze mil anos não foi corroborada. Foram encontrados sinais significativos de gargalo populacional recente com dois testes diferentes (Bottleneck e M-ratio) condizentes com a ocupação e degradação da Caatinga e a super-exploração da espécie nos últimos 200 anos. Além disso, os resultados permitiram o surgimento de uma nova hipótese, interessante para ser tratada em trabalhos futuros: um possível corredor de fluxo gênico entre os clusters nordeste e sudoeste, ao longo do Rio São Francisco. Por fim, foram também realizados testes de atribuição com 49 amostras de indivíduos da espécie provenientes de apreensões de fauna comercializada ilegalmente em São Paulo e todas foram atribuídas com probabilidade que variou de a 0.554 e 0.713 ao cluster nordeste. Essa tendência é relevante, e deverá ser levada em conta tanto para esforços de prevenção do tráfico da espécie, quanto o desenvolvimento de planos de repatriacão dos indivíduos apreendidos. Contudo, vale mencionar que, mesmo sempre sendo de suma importância que indivíduos apreendidos e reabilitados sejam soltos o mais próximo possível de sua real população de origem, dificilmente a mistura entre indivíduos de clusters diferentes levaria a uma depressão por exocruzamento. Não foi encontrada estrutura genética populacional significativa para S. similis (66 amostras) nem com a análise de diferenciação com populações definidas a priori, e nem através de duas análises de partição de amostras (análise discriminante de componentes principais e a realizada pelo Structure, baseada em algoritmo Bayesiano). Logo, não foi possível refutar a hipótese nula de pan-mixia. A espécie apresentou heterozigose média observada 0.643 enquanto que a esperada foi de 0.757. Os altos níveis de Hardy-Weinberg detectados sugerem que o cenário observado possa ser devido a efeitos demográficos. Os testes kg não identificaram sinal de expansão populacional recente. Entretanto, dois testes de gargalo populacional (Bottleneck e M-ratio) indicaram sinais de redução populacional recente, condizentes com a maior ocupação e degradação da Mata Atlântica e do Cerrado nos últimos 200 anos. A variação nos dialetos do canto observada para a espécie provavelmente está ligada à propagação do som nos diferentes ambientes e não a um isolamento genético entre populações. A ausência de estrutura genética permite afirmar que a probabilidade de ocorrência de depressão por exocruzamento causada por fluxo gênico entre indivíduos de origens diferentes é praticamente nula para S. similis / Wildlife trafficking is a major threat to Brazilian biodiversity, with millions of specimens withdrawn from nature every year to supply the consumer markets. In Brazil, the pet trade generates a major demand for birds. After seizure from the illegal trade, rehabilitation and release is one way of mitigating the negative impacts on wild bird populations, but those releases could create more problems for the natural populations. Knowledge of the species\' genetic structure is crucial to help avoid the possibility of outbreeding depression and to guide responsible releases. This project´s main goal was the study of the genetic structure of four passerine species, among the most trafficked birds in Brazil: ultramarine grosbeak (Cyanoloxia brissonii), green-winged saltator (Saltator similes), red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and buffy-fronted seedeater (Sporophila frontalis). We obtained 522 tissue/blood samples (from individuals with known orginin as well as those seized from the ilegal trade) both in field work trips and through collaboration with various institutions. We built four species-specific genomic libraries, all of which were cross-tested in the other three sepcies. From over 700 sequenced clones, we developed eight informative microsatellite loci for P. dominicana, nine for S. similes, seven for C. brissonii and four for S. frontalis. Genetic structure analyzes were performed only for P. dominicana and S. similis due to the difficulty of obtaining representative samples for the other two species. Data was analyzed both with and without a priori definition of populations using discriminant analysis of principal components, Bayesian clustering algorithms, and fixation indices. Genetic structure of P. dominicana was inferred using 71 samples with known origin and subtle but significant (p<0.01) genetic structure was found, with the description of three clusters: (1) northeast, which encompass the sampling localities of Paraíba, Trindade e Petrolina, with mean observed heterozigosity (Ho) of 0.736 and mean expected heterozigosity (He) of 0.753; (2) southwest, which encompass the localites Parnaguá, Beira Rio e Vitória da Conquista, with Ho 0.624 and He 0.731; and (3) east, which encompass Canudos and Feira de Santana, with Ho 0.750 and He 0.768. Occurrence of outbreeding depression for this species is unlikely due to high gene flow among clusters. The presence of genetic structure for nuclear markers not detected for mtDNA (previous studies) indicates male philopatry and different dispersion patterns between male and females. No population expansion signal was detected using kg tests, which precludes us from corroborating a previously proposed hypothesis of population expansion congruent with the Caating expansion 15 thousand years ago. Two tests (Bottleneck e M-ratio) indicated the occurrence of recent population bottlenecks for P. dominicana, which can be explained by the intense occupation, habitat degradation and over-exploitation of the Caatinga in the last 200 years. We also propose a new hypothesis, to be tested in future studies: the existence of a dispersion route along the Sao Francisco river, promoting gene flow between northeast and southwest clusters. Furthermore, we performed assignment tests in 49 samples from specimens seized from the illegal trade in Sao Paulo. All of them were assigned to the same \"northeast\" cluster with probability 0.554-0.713, showing a clear trend and a relevant result which corroborates police intelligence information. For S. similis, no significant genetic structure was detected (using 66 samples), so we could not refut the pan-mixia null hypothesis. Although this species\' range is a large, and now fragmented area, the possibility of outbreeding depression resulting from mixing populations is higly unlikely, which does not preclude consideration of other characteristics prior to release into the wild. The observed heterozigosity was 0.643 while the expected was 0.757. High levels of deviations from Hardy-Weinberg equilibrium may be due to population fluctuations. No population expansion signal was detected (kg test), but two tests (Bottleneck e M-ratio) indicate the occurrence of recent population bottlenecks, which could be related to the intense occupation, habitat degradation and over-exploitation of the Cerrado and Atlantic Forest in the last 200 years. Variation in song dialects observed in this species is probably related to characteristics of sound propagation in different environments, rather than to genetic isolation. Knowledge of genetic structure is one of the most important steps towards intelligent management of rehabilitated seized animals

Apesar de causar um enorme impacto na história da evolução e prognóstico a partir da infecção pelo HIV, a terapia anti-retroviral altamente potente prolongada apresenta vários efeitos colaterais. Dentre esses, a síndrome da lipodistrofia (SL) caracterizada por alterações metabólicas e morfológicas. Embora tenha sido descrito que a adesão à terapia esteja associada, sua patogenia ainda permanece desconhecida. Um enfoque têm sido dado aos mediadores pró-inflamatórios, como o Fator de Necrose Tumoral (TNF), sugerindo que o aumento nos níveis dessa citocina esteja associado com o desenvolvimento da SL. Como os sítios polimórficos têm sido associados com a magnitude da produção de citocinas, no presente estudo avaliamos a freqüência de alguns sítios polimórficos na região do gene que codifica o TNF em portadores do HIV/aids apresentando ou não a SL. Para avaliar o polimorfismo genético dos microssatélites TNFa-e e da região promotora do TNF (TNF-308 e TNF-238) foram estudados 117 portadores do HIV-1 usando terapia anti-retroviral (67 com SL e 50 sem SL) e 131 controles saudáveis. Os microssatélites e região promotora do TNF foram tipificados usando DNA genômico hibridizado com iniciadores específicos. Os pacientes foram arrolados no Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP). A analise estatística foi realizada utilizando-se o teste exato de Fisher. Quando consideramos as comparações das freqüências dos alelos dos microssatélites da região do TNF podemos inferir que a presença do alelo TNFa5 pode conferir proteção aos indivíduos portadores do HIV/aids no desenvolvimento da SL. Já as comparações dos alelos da região promotora do TNF nos sugerem que a presença do alelo TNF-308G, assim como seu homozigoto TNF-308GG, podem conferir susceptibilidade para o desenvolvimento da SL. A presença do haplótipo TNFe3 d3 -238G -308A c1 a5 b7 sugere proteção para o desenvolvimento dessa síndrome. Esse é o primeiro estudo associando o polimorfismo dos microssatelites do TNF com a SL e aponta diversas associações entre alelos da região do gene que codifica o TNF com a SL. Embora os mecanismos relacionados com a participação do TNF no desenvolvimento da SL não estejam bem esclarecidos, este estudo sugere que fatores imunogenéticos associados com a magnitude de expressão do TNF e, provavelmente da expressão de outras citocinas pró-inflamatórias, estejam envolvidas no desenvolvimento da SL em portadores do HIV/aids. / Despite causing a significant impact in the history of evolution and prognosis after HIV infection, the highly potent antiretroviral therapy causes various side effects, which include lipodystrophy syndrome (LS), characterized by metabolic and morphologic changes. Although it has been reported that treatment compliance is associated, LS pathogenesis remains unknown. Special attention has been given to proinflammatory mediators, such as the Tumoral Necrosis Factor (TNF), suggesting that the increase in levels of this cytokine is associated with the development of LS. Since polymorphic sites have been associated with the magnitude of cytokine production, in the present study we evaluated the frequency of some polymorphic sites in the gene region that codes TNF in HIV/aids-infected patients presenting LS or not. In order to evaluate the genetic polymorphism of TNFa-e microsatellites and of the TNF promoter region (TNF-308 and TNF-238), 117 HIV-1 infected patients using antiretroviral therapy (67 with LS and 50 without LS) and 131 healthy controls were studied. Microsatellites and the TNF promoter region were typified using hybridized genomic DNA with specific initiators. Patients were selected at the Clinics Hospital of the University of São Paulo (HCFMRP-USP). Statistical analysis was performed using the Fisher\'s exact test. Comparisons of the frequencies of microsatellite alleles of the TNF region suggest that the presence of the TNFa5 allele could provide HIV/aids patients with protection against developing LS. In addition, comparisons of alleles of the TNF promoter region suggest that the presence of TNF-308G allele, as well as of its homozygote TNF-308GG could pose susceptibility to developing LS. The presence of the haplotype, TNFe3 d3 -238G -308A c1 a5 b7, suggests protection against developing that syndrome. The present study is the first to associate TNF microsatellite polymorphism with LS, indicating several associations among alleles of the gene region that codes TNF with LS. Although the mechanisms regarding the participation of TNF in the development of LS are not clear, this study suggests that immunogenetic factors associated with the TNF expression magnitude and probably the expression of other proinflammatory cytokines are involved in the development of LS in HIV/aids infected patients.

O presente trabalho tem por foco o desenvolvimento e análise do controle térmico do primeiro micro satélite universitário brasileiro, ITASAT-1, de forma que atenda as necessidades impostas em nível de Preliminary Design Review - PDR (revisão de analíse preliminar) do projeto, para tanto foi analisado os casos críticos previstos para o satélite em seu vôo órbital. O presente satélite faz parte do programa ITASAT, que é uma ação conjunta do Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA), Instituto Nacional de Pesquisa Espacial (INPE) e a Agencia Espacial Brasileira (AEB). Para fazer frente a tal intento foi utilizado o pacote de softwares de análise térmica da C&RTECH que é constituído pelo THERMAL DESKTOP e pelo SINDA/FLUINT, baseado no software AutoCAD. Esse pacote é dedicado para análise de objetos que serão expostos às condições espaciais. O software foi alimentado com os dados da configuração mecânica do satélite, das condições órbitais tais como, a atitude e a altitude do satélite além das cargas térmicas externas e internas a que o satélite estará sujeito. Após gerar tais entradas foi realizado a analíse dos dados de forma a concluir a viabilidade do projeto. O modelo numérico é composto por um sistema de equações obtidas da Lei de Conservação de Energia. Uma malha constituída por aproximadamente 1455 nós foi desenvolvida. A distribuição de temperatura prevista para cada situação crítica foi obtida pela solução deste sistema sobre a malha desenvolvida.

Um dos maiores desafios na área forense é, sem dúvida, a identificação humana. O DNA tem sido o responsável por uma verdadeira revolução das técnicas de identificação nas últimas décadas a partir do estudo e da identificação de polimorfismos entre determinados marcadores moleculares existentes nos indivíduos. Os marcadores recomendados para a obtenção de perfis genéticos são loci de regiões microssatélite do DNA, também designados de Short Tandem Repeats (STR). O número de repetições dos marcadores STR é variável entre os indivíduos, criando polimorfismo e tornando-os, desta forma, ótimos marcadores para identificação humana. O objetivo desse trabalho foi estabelecer a distribuição da frequência alélica de 16 STRs preconizados no sistema CODIS, na capital e no Departamento Central de Paraguai. Foram estudadas 300 amostras de saliva coletadas com NUCLEIC-CARD(TM) Collection Device System, de indivíduos paraguaios dentre 20 e 70 anos de idade, morando em uma das 20 cidades estudadas. Para o processamento foi utilizado o kit AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® seguindo as fases de genotipagem, amplificação e eletroforese capilar. Foi possível estabelecer o perfil genético de 259 amostras bem como os parâmetros forenses e, assim, calcular os loci mais polimórficos os quais foram FGA e D18S51 utilizando os softwares GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 e R 2.5. A distribuição das frequências alélicas de cada loci analisado permitiu estabelecer a caracterização genética da população estudada. Foi possível confirmar que a população do Paraguai se encontra em equilíbrio Hardy-Weinberg, com uma diversidade genética intrapopulacional de 0.794915 +/- 0.398307 e interpopulacional determinada pelo índice de fixação (FST) de 0.01112. A partir desse estudo, foi possível determinar as frequências alélicas de 15 STRs utilizados no sistema CODIS nacapital e no Departamento Central do Paraguai bem como a caracterização genética e os parâmetros forenses da população estudada. Todos os loci estudados na população paraguaia foram considerados muito informativos e úteis para a solução de problemas relacionados com identificação humana na amostra analisada / One of the biggest challenges in Forensic Sciences is undoubtedly human identification. DNA has been responsible for a true revolution in identification techniques in the last decades from the study and identification of polymorphisms between certain molecular markers in individuals. The recommended markers for obtaining genetic profiles are loci of DNA microsatellite regions, also called Short Tandem Repeats (STR). The number of repetitions of STR markers is variable among individuals, creating polymorphism and thus making them excellent markers for human identification. The aim of this study was to establish the distribution of the allelic frequency of 16 STRs recommended in the CODIS system, in the capital and in the Central Department of Paraguay. We studied 300 saliva samples collected from NUCLEIC-CARD (TM) Collection Device System of Paraguayan individuals between 20 and 70 years-old, living in one of the 20 cities studied. For the processing, the AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® kit was used following the phases of genotyping, amplification and capillary electrophoresis. It was possible to establish the genetic profile of 259 samples as well as the forensic parameters and thus to calculate the most polymorphic loci which were FGA and D18S51 using the software GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 and R 2.5. The distribution of the allelic frequencies of each analyzed loci allowed establishing the genetic characterization of the studied population. It was possible to confirm that the population of Paraguay is in Hardy-Weinberg equilibrium, with an intrapopulational genetic diversity of 0.8046 +/- 0.0120 and interpopulational determined by the fixation index (FST) of 0.01112. From this study, it was possible to determine the allelic frequencies of 15 STRs used in the CODIS system in the capital and in the Central Department of Paraguay, as well as the genetic characterization and forensic parameters of the studied population. All the loci studied in the Paraguayan population were considered veryinformative and useful for the solution of problems related to human identification in the analyzed sample

As abelhas da tribo Meliponini (abelhas sem ferrão) estão amplamente distribuídas pelas regiões tropicais do planeta, tendo um importante papel na polinização, sendo o gênero Melipona o que contém o maior número de espécies. A espécie Melipona marginata é uma das menores e mais ancestrais do grupo, e a exemplo de outras espécies nidifica em ocos de árvore. M. marginata, assim como outras espécies do gênero Melipona, vêm sofrendo com a destruição do seu ambiente natural, pelo desmatamento, sendo, aparentemente mais exigente que outras espécies quanto ao tamanho do fragmento florestal para se manter, devido a isso é encontrada apenas em fragmentos maiores, mais antigos e menos perturbados. Tendo em vista a perda de hábitat e o pouco conhecimento da biologia dessa espécie, este trabalho pretende analisar populações de M. marginata, através da técnica PCR+RFLP do DNA mitocondrial e marcadores microssatélites, visando contribuir para entendimento da estrutura populacional de M. marginata. Foram analisados 54 ninhos, provenientes dos estados de MG, SP, PR, SC e RS. Oito regiões do DNA mitocondrial foram amplificadas, e posteriormente digeridas com 12 enzimas de restrição. Foram detectados 14 haplótipos, sendo apenas um compartilhado. A população de SP apresentou o maior número de haplótipos. Os testes estatísticos demonstraram que as populações estão estruturadas e isoladas, não havendo fluxo gênico entre as populações. Já nas análises dos microssatélites foram analisados 4 locos, apresentando alta variabilidade genética, onde também foi verificado que as populações se encontram estruturadas. Os resultados obtidos podem ser explicados principalmente pela redução da área de floresta, mas, podem se dever a eventos antigos em conseqüência de mudanças climáticas ocorridas durante as últimas glaciações. / The tribe Meliponini (stingless bees) is present in all tropical regions of the world and has an important role in pollination. The genus Melipona has the highest number of species in the tribe. The specie Melipona marginata is considered the most ancestral within the genus, and like other species builds the nests in hollow of trees. Unfortunately several bee species have suffered with the devastation of their natural environment. M. marginata seems to be very dependent on the size of the forest fragment, being found only in the biggest, oldest and consequently more preserved ones. In view of the habitat loss and few biological knowledge about this specie, this research intended to analyse M. marginata populations molecularly, through mitochondrial DNA PCR-RFLP and microsatellite data., Fifty four colonies were analyzed, from MG, SP, PR, SC and RS states. Eight mitochondrial DNA regions were amplified and screened with 12 restriction enzymes. Fourteen haplotypes were verified and among them just one was shared. SP population showed the highest number of haplotypes. Statistic tests showed that the 5 populations were genetic structured and isolated, therefore not presenting gene flow. The 4 microsatellites loci analyzed showed high genetic variability. The statistics analysis indicated that the 5 populations are structure and isolated. These results can be explained mainly because the decrease of forest leading to population isolation, however we can not discard the hypothesis that this current scenario is a consequence of climatic changes occurred during the last glaciations.

Um dos maiores desafios na área forense é, sem dúvida, a identificação humana. O DNA tem sido o responsável por uma verdadeira revolução das técnicas de identificação nas últimas décadas a partir do estudo e da identificação de polimorfismos entre determinados marcadores moleculares existentes nos indivíduos. Os marcadores recomendados para a obtenção de perfis genéticos são loci de regiões microssatélite do DNA, também designados de Short Tandem Repeats (STR). O número de repetições dos marcadores STR é variável entre os indivíduos, criando polimorfismo e tornando-os, desta forma, ótimos marcadores para identificação humana. O objetivo desse trabalho foi estabelecer a distribuição da frequência alélica de 16 STRs preconizados no sistema CODIS, na capital e no Departamento Central de Paraguai. Foram estudadas 300 amostras de saliva coletadas com NUCLEIC-CARD(TM) Collection Device System, de indivíduos paraguaios dentre 20 e 70 anos de idade, morando em uma das 20 cidades estudadas. Para o processamento foi utilizado o kit AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® seguindo as fases de genotipagem, amplificação e eletroforese capilar. Foi possível estabelecer o perfil genético de 259 amostras bem como os parâmetros forenses e, assim, calcular os loci mais polimórficos os quais foram FGA e D18S51 utilizando os softwares GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 e R 2.5. A distribuição das frequências alélicas de cada loci analisado permitiu estabelecer a caracterização genética da população estudada. Foi possível confirmar que a população do Paraguai se encontra em equilíbrio Hardy-Weinberg, com uma diversidade genética intrapopulacional de 0.794915 +/- 0.398307 e interpopulacional determinada pelo índice de fixação (FST) de 0.01112. A partir desse estudo, foi possível determinar as frequências alélicas de 15 STRs utilizados no sistema CODIS nacapital e no Departamento Central do Paraguai bem como a caracterização genética e os parâmetros forenses da população estudada. Todos os loci estudados na população paraguaia foram considerados muito informativos e úteis para a solução de problemas relacionados com identificação humana na amostra analisada / One of the biggest challenges in Forensic Sciences is undoubtedly human identification. DNA has been responsible for a true revolution in identification techniques in the last decades from the study and identification of polymorphisms between certain molecular markers in individuals. The recommended markers for obtaining genetic profiles are loci of DNA microsatellite regions, also called Short Tandem Repeats (STR). The number of repetitions of STR markers is variable among individuals, creating polymorphism and thus making them excellent markers for human identification. The aim of this study was to establish the distribution of the allelic frequency of 16 STRs recommended in the CODIS system, in the capital and in the Central Department of Paraguay. We studied 300 saliva samples collected from NUCLEIC-CARD (TM) Collection Device System of Paraguayan individuals between 20 and 70 years-old, living in one of the 20 cities studied. For the processing, the AmpFLSTR Identifiler Direct PCR Amplification® kit was used following the phases of genotyping, amplification and capillary electrophoresis. It was possible to establish the genetic profile of 259 samples as well as the forensic parameters and thus to calculate the most polymorphic loci which were FGA and D18S51 using the software GenAlEx 6.5, Arlequin 3.5 and R 2.5. The distribution of the allelic frequencies of each analyzed loci allowed establishing the genetic characterization of the studied population. It was possible to confirm that the population of Paraguay is in Hardy-Weinberg equilibrium, with an intrapopulational genetic diversity of 0.8046 +/- 0.0120 and interpopulational determined by the fixation index (FST) of 0.01112. From this study, it was possible to determine the allelic frequencies of 15 STRs used in the CODIS system in the capital and in the Central Department of Paraguay, as well as the genetic characterization and forensic parameters of the studied population. All the loci studied in the Paraguayan population were considered veryinformative and useful for the solution of problems related to human identification in the analyzed sample

O gênero Partamona compreende 33 espécies, distribuídas do sul do México ao sul do Brasil. O gênero tem sido amplamente estudado em diferentes níveis: citogenético, etológico e morfológico. O presente trabalho teve como objetivo contribuir com dados moleculares para o conhecimento do grupo, realizando estudos populacionais por meio da caracterização do DNA mitocondrial por PCR+RFLP e da análise de regiões de microssatélites do DNA genômico de duas espécies: P. mulata de distribuição restrita ao sul de Mato Grosso e norte do Mato Grosso do Sul, e P. helleri de distribuição mais ampla, do sul da Bahia até Santa Catarina. Foram detectados apenas dois haplótipos em P. mulata, os quais diferiram entre si por apenas um sítio de restrição. As análises estatísticas demonstraram não haver estruturação entre as populações sugerindo que esta espécie possa ter passado por recente afunilamento populacional. Em P. helleri foram observados dez haplótipos sendo alguns exclusivos e outros compartilhados. Análises estatísticas apontaram alta estruturação entre as populações e a distribuição filogeográfica observada sugere um possível isolamento por fragmentação da Mata Atlântica durante o Pleistoceno. A análise dos locos microssatélites mostrou baixa variabilidade genética em ambas espécies e discreta estruturação entre as populações, não relacionada com a distribuição geográfica das mesmas. Isto pode ser conseqüência de migração de machos entre populações visto que as rainhas são filopátricas ou, fragmentação dos habitats pela rápida degradação do cerrado e da Mata Atlântica, ou por alelos nulos causados pelo uso de primers heteroespecíficos. A análise de parentesco entre abelhas de um mesmo ninho apontou a existência de apenas uma patrilínea em P. mulata sugerindo monoandria para esta espécie. Foram encontradas duas patrilíneas em algumas colônias de P. helleri, o que pode ser resultante de fecundação por mais de um macho ou substituição recente da rainha. A caracterização parcial do DNAmt de duas espécies de Partamona poderá contribuir em estudos filogenéticos tanto do gênero quanto de outras espécies de Meliponini. A análise populacional mostrou o status da variabilidade genética das espécies, suas possíveis histórias evolutivas e a possível relação desta com degradação dos ambientes onde estas estão distribuídas. / The Partamona genus comprises 33 species distributed from south Mexico to south Brazil. This genus has been studied at different levels: cytogenetical, ethological and morphological. This work aimed at to contribute with molecular data for the knowledge about the group performing a population study employing the PCR+RFLP of mtDNA, and analysis of microsatellite loci from nuclear DNA of two species, P. mulata which is distributed in south Mato Grosso and north Mato Grosso do Sul, and P. helleri which geographic distribution is wider, from Santa Catarina to southern Bahia. It was detected two haplotypes in 58 colonies of P. mulata, each one differing by one single restriction site. The statistical analyses indicated no differentiation among populations suggesting that the species could have passed through a recent populational bottleneck. It was observed ten haplotypes in 47 colonies of P. helleri, some exclusive and others shared among populations. Statistical analysis pointed high population differentiation and the observed phylogeography distribution suggested a possible recent isolation probably by Atlantic Forest fragmentation during the Pleistocene. The microsatellite analysis showed low genetic variability in both species and discrete population structuring, not related to the geographic distribution. This might be consequence of migration of males, since the queens are highly phylopatric, or habitat fragmentation by degradation of savanna and Atlantic forest areas, or null alleles caused by the use of heterospecific primers. The relatedness investigation revealed only one patriline in nest mates of P. mulata that suggests monoandry for this species. It was found two patrilines in P. helleri that can be resulted from more than one mating or recent queen replacement. The partial characterization of the mtDNA of two Partamona species can contribute to further phylogenetic studies among bees of this genus or among other Meliponini species. The populational analysis showed the genetic variability status of the species, their putative evolutionary histories and the possible relation between the results and the environmental degradation in their distribution areas.

Submitted by Thaisa Yuriko Kuboyama Kubota null (thaisayuriko@yahoo.com.br) on 2017-03-28T17:23:06Z No. of bitstreams: 1 Thaisa Yuriko Kuboyama Kubota final.pdf: 3306542 bytes, checksum: 181c1290e3cfe55497289015bf4453c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-03-29T20:58:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 kubota_tyk_dr_ilha.pdf: 3306542 bytes, checksum: 181c1290e3cfe55497289015bf4453c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-29T20:58:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 kubota_tyk_dr_ilha.pdf: 3306542 bytes, checksum: 181c1290e3cfe55497289015bf4453c0 (MD5) Previous issue date: 2017-02-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cariniana estrellensis (Raddi) Kuntze (Lecythidaceae), popularmente conhecida como jequitibá-branco, é uma espécie arbórea tropical típica de estágios sucessionais avançados, característica de florestas clímax. Apesar da sua importância ecológica, a espécie encontra-se ameaçada de extinção, principalmente devido à intensa exploração e degradação de seu ambiente natural. O objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de cruzamento e o fluxo gênico contemporâneo de uma população de C. estrellensis, localizada em um fragmento florestal (448,2 ha) na cidade de Bataguassu (Estado do Mato Grosso do Sul, Brasil), utilizando marcadores microssatélites. Foram mapeadas, medidas (altura e diâmetro a altura do peito) e genotipadas todas as 285 árvores adultas encontradas na área e coletadas sementes de 20 árvores matrizes, 32 sementes por árvore para as análises de forma hierárquica dentro e entre frutos. Utilizando os genótipos de adultos e progênies foram investigadas a herança Mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de nove locos de C. estrellensis, os quais exibiram herança Mendeliana, não estão ligados e segregam de forma independente. Embora a riqueza alélica ( ), heterozigozidade observada ( ) e esperada ( ) foram similares entre adultos ( = 8,3, = 0,648, = 0,686) e sementes ( = 7,8, = 0,640, = 0,682), estes índices foram significativamente menores nas sementes. O índice fixação médio ( ) não foi significativamente maior do que zero, sugerindo ausência de endogamia nos adultos e nas sementes. A taxa de cruzamento multilocos ( ) foi significativamente menor que a unidade (1,0), sugerindo autofecundações. A taxa de cruzamento entre indivíduos parentes ( ) foi significativamente maior do que zero (0,062) e a correlação de paternidade foi maior dentro ( = 0,835) do que entre frutos ( = 0,062). O coeficiente médio de coancestria ( ) foi maior e o tamanho efetivo ( ) foi menor do que o esperado para progênies de populações panmíticas. O número estimado de árvores matrizes para a coleta de sementes para obter um tamanho efetivo de 150 foi de 52. A taxa de imigração de pólen foi de 9,4%. O raio efetivo de dispersão de pólen ( ) foi de 974 m. A análise de modelagem de dispersão de pólen de Kernel indicou o modelo de dispersão exponencial como o que melhor explica a dispersão de pólen, com média de dispersão de pólen de 610,9 m. Portanto, a população de C. estrellensis não está reprodutivamente isolada devido à dispersão de pólen a longas distâncias e apresenta grande potencial para fins de conservação genética in situ e ex situ. / Cariniana estrellensis (Raddi) Kuntze (Lecythidaceae), popularly known as jequitibá-branco, is a tropical tree species typical of advanced successional stages, characteristic of climax forests. Although it ecological importance, the species is threatened with extinction, mainly due to the intense exploitation and degradation of its natural environment. The objective of this study was to investigate the genetic diversity, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), the mating system and contemporary gene flow of a population of C. estrellensis, located in a forest fragment (448.2 ha) in the city of Bataguassu (State of Mato Grosso do Sul, Brazil), using microsatellite markers. Were mapped, measured (height and diameter at breast height) and genotyped all 285 adult trees found in the area and collected seeds from 20 matrices trees, 32 seeds per tree for the hierarchical analyses within and among fruits. Using the genotypes of adults and progenies were investigated Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of nine loci of C. estrellensis, which exhibited Mendelian inheritance, are not linkaged and segregate independently. Although the allelic richness ( R ), observed heterozygosity ( Ho ) and expected ( He ) were similar among adults ( R = 8.3, Ho = 0.648, He = 0.686) and seeds ( R = 7.8, Ho = 0.640, He = 0.682), these indexes were significantly lower in the seeds. The average fixation index ( F ) was not significantly greater than zero, suggesting absence of inbreeding in adults and seeds. The rate of multilocus outcrossing ( m t ) was significantly less than unit (1.0), suggesting selfing. The outcrossing rate between related individuals ( m s t  t ) was significantly greater than zero (0.062) and the paternity correlation was higher within ( p(w) r = 0.835) than that among fruits ( p(a) r = 0,062). The average coefficient of coancestry (  ) was higher and the effective size ( Ne ) lower than expected for progenies of panmitic populations. The estimated number of matrices trees to collect seeds to obtain the effective size of 150 was of 52. The immigration rate of pollen was 9.4%. The effective radius of pollen dispersal ( ep r ) was of 974 m. The analysis of Kernel pollen dispersion modeling indicated the exponential dispersion model as the best explanation for pollen dispersion, with a pollen dispersion average of 610.9 m. Therefore, the population of C. estrellensis is not reproductively isolated due to the dispersion of pollen over long distances and presents great potential for in situ and ex situ genetic conservation purposes. / FAPESP: 2014/02675-8