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Desenvolvimento de sistemas de genotipagem multilocos semi- automatizados, baseados em microssatélites, e sua aplicação em espécies do gênero Eucalyptus / Development and application of semi-automated multilocus genotyping systems, based on microsatellites, for Eucalyptus species

Kirst, Matias 01 March 1999 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-10-16T16:36:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 29196319 bytes, checksum: 6884bb9f5a2472d3848b481521f34322 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-16T16:36:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 29196319 bytes, checksum: 6884bb9f5a2472d3848b481521f34322 (MD5) Previous issue date: 1999-03-01 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico / Foram desenvolvidos três sistemas de genotipagem multilocos (sistemas Multiplex) semi-automatizados, baseados na amplificação e análise simultânea de locos microssatélites via florescência, para análise genética de espécies do gênero Eucalyptus. Tabelas de frequências alélicas e estimativas do conteúdo de informação genética foram geradas para seis espécies comercialmente importantes do gênero Eucalyptus (subgênero Symphyomyrtus). Inicialmente, microssatélites desenvolvidos a partir de genótipos de E. grandis e E. urophylla foram avaliados quanto à especificidade de amplificação. Dentre os locos que apresentaram boa qualidade de amplificação, 11 foram selecionados para o desenvolvimento de sistemas Multiplex. Três sistemas Multiplex, comportando cada um a análise simultânea de três locos, foram selecionados. Foi estudado o tamanho mínimo de amostra necessário para se obterem estimativas acuradas da heterozigosidade de cada loco. Para isso, foram genotipados 192 indivíduos de E. grandis provenientes de uma população de melhoramento. Com essa informação, avaliou-se o comportamento de estimadores para heterozigosidade esperada com vários tamanhos de amostra, analisando-se a sua variância por meio da sua fórmula exata e por reamostragem numérica. Concluiu-se que uma amostra de 64 indivíduos dessa população seria satisfatória para estimar a heterozigosidade esperada com boa precisão. Os três sistemas Multiplex foram utilizados para genotipar indivíduos provenientes de cinco procedências de E. grandis. Com os dados genotípicos, foram construídas tabelas de frequências alélicas para cada loco e procedência, além de serem registrados 0 número de alelos/loco e a amplitude alélica e estimados os parâmetros heterozigosidade esperada, conteúdo de informação de polimorfismo, probabilidade de identidade e poder de exclusão, os quais indicaram que os locos utilizados possuía alto conteúdo de informação genética. Foram ainda estimadas as distâncias genéticas de Nei entre as procedências; uma AMOVA realizada entre as procedências indicou variação significativa entre elas, embora a maior porção da variabilidade fosse encontrada dentro de procedências. Em seguida, os sistemas Multiplex foram otimizados e caracterizados para outras cinco espécies do gênero Eucalyptus: E. camaldulensis, E. dunnii, E. globulus, E. saligna e E. urophylla. As estimativas dos parâmetros de informação genética da maioria dos locos indicaram que eles são apropriados para genotipagem de indivíduos dessas espécies. Finalmente, os sistemas Multiplex foram utilizados na avaliação de uma população de melhoramento de E. urophylla e de uma coleção de clones-elite, em que foi possível a detecção de erros de identificação do material genético, além de uma avaliação da diversidade genética e da similaridade entre clones. / Three semi-automated multilocus genotyping systems, based on microsatellites, were developed for the analysis of Eucalyptus species. Allele frequency tables and estimates of the genetic information content of these loci were generated for six economically important species of Eucalyptus (subgenus Symphyomyrtus). A set of microsatellites, developed from E. grandis and E. urophylla genotypes. was evaluated based on their PCR amplilication quality and transferability across species. Eleven microsatellites and tifteen combinations of three Ioci were tested. Among these, three triplex systems were chosen. The minimum number of individuals necessary to obtain accurate estimates of He was evaluated. A population of 192 individuals of E. Grandis was typed with six microsatellites and the behavior of the estimate of He with increased sample sizes was analyzed using the gene diversity variance formula and numeric resampling. Congruent results using both approaches showed that a sample size of 64 individuals would be appropriate to estimate He with good accuracy. The multiplex systems were used to type individuals from live Eucalyptus provenances. Allele frequency tables were generated for every locus, and estimates of parameters of genetic information content were obtained (He, PIC, I and Q). AII loci showed to be highly informative with average values of He (0,85), PIC (0,84), combined Q (99,99%) and combined I (10-14). Nei's genetic distances estimated among provenances. An AMOVA showed that there is significant genetic variation among provenances. Although the majority of the variation was found within provenances. The multiplex systems were then optimized and evaluated for other tive species of Eucalyptus: E. camaldulensis, E. dunnii, E. globulus, E. saligna and E. urophylla. The estimates of genetic information content parameters showed once more that these Ioci are highly appropriate for genotyping Eucalyptus species. As a final step to evaluate the usefulness of these genotyping systems, a breeding population of E. urophylla and a collection of elite clones were analyzed. Several clonal identification errors were detected within this population. Based on the multilocus genotypes, an evaluation of the genetic variability and similarity among clones was also performed.
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Qualidade da madeira, critérios de seleção e interação genótipos x ambientes de clones de Eucalyptus no Rio Grande do Sul / Wood quality, selection criteria and genotype by environment interaction of Eucalyptus clones in Rio Grande do Sul, Brazil

Nunes, Andrei Caíque Pires 28 July 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-02T09:20:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1577551 bytes, checksum: 961f648025b4056d30162a4ef5515c13 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-02T09:20:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1577551 bytes, checksum: 961f648025b4056d30162a4ef5515c13 (MD5) Previous issue date: 2015-07-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os ensaios foram conduzidos nas áreas da empresa CMPC Celulose Riograndense, em quatro diferentes ambientes. Em cada sítio, um experimento no delineamento de blocos ao acaso foi estabelecido, com parcela de arvore única e 30 repetições. Aos três anos de idade, foram mensurados o diâmetro a altura do peito (DAP), altura total das arvores (Ht) e a profundidade de penetração do Pilodyn (Db), para obtenção do volume (Vol) e estimação indireta da densidade básica da madeira, respectivamente. Para o estudo da interação G x A, dois índices de peso de madeira (DAPxDb e VolxDb) foram criados. Com os valores genotípicos de cada variável analisada, índices de pesos de madeira foram propostos utilizando-se como ponderadores as correlações genéticas entre as variáveis, acurácias de predição, herdabilidades, correlações parciais e os efeitos diretos da análise de trilha. O índice DAPxDb (hºg = 0,23) apresentou interação G x A significativa e, a partir da análise de interação dos ambientes par a par, duas “zonas de melhoramento” foram definidas para DAPxDb. Na análise de critérios de seleção, três índices foram os mais eficientes, em virtude de suas acurácias elevadas. O índice l2, baseado na correlação parcial do caráter objetivo peso de madeira e os caracteres auxiliares DAP e Db, l1 (conceito de blup multivariado) e o índice IVR DAPxDb baseado no conceito de variável relacional, com acurácias de 1,00, 0,97 e 0,96, respectivamente. Dessa forma, constatou-se que e possível efetuar a seleção multicaracterística para peso de madeira em Eucalyptus, com alta eficiência, sem a necessidade de estabelecer procedimentos complexos para modelos multivariados mistos. A medição precisa do DAP juntamente com a Db no índice DAPxDb foi fundamental na obtenção de apenas duas “zonas de melhoramento”. / The tests were conducted in the areas of CMPC Celulose Riograndense company in four different environments. At each site, an experiment in a randomized block design was established, with single-tree-plot and 30 repetitions. At three years old, the diameter at breast height (DBH), total height (Th) and the depth Pilodyn penetration were measured in each tree of the experiments, to obtain the volume (Vol) and the indirect estimation of the wood basic density (Bd), respectively. To study the G x E interaction, two wood weight index (DBHde and Voled) were created. With the genotypic values of each variable, wood weight indexes were proposed using as weights the genetic correlations between variables, heritability, prediction accuracies, partial correlations and the direct effects of path analysis. The DBHde index (hºg 0.23) showed significant G x E interaction and, from the interaction analysis of environments in pairs, two "improvement areas" have been set to DBHde. In the analysis of selection criteria, three indexes were the most effective, due to their high accuracies. The I2 index based on the partial correlation of the objective character wood weight and auxiliary characters DBH and Bd, the l1 index (concept of multivariate blup) and IVR DBHde index based on the concept of relational variable, with accuracies of 1.00, 0.97 and 0.96, respectively. Thus, it was found that it is possible to make the wood weight multi-trait selection in Eucalyptus, with high efficiency without the need for complex procedures of mixed multivariate models. The accurate measurement of the DBH with the Bd on the DHBde index was crucial to obtain only two improvement areas".
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Heterose e capacidade de combinação em cruzamentos dialélicos de sorgo biomassa / Heterosis and combining ability in diallel crosses of biomass sorghum

Oliveira, Isadora Cristina Martins 14 July 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-26T08:36:35Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1547030 bytes, checksum: b3571388a59694abf306db71c4d23ed2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-26T08:36:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1547030 bytes, checksum: b3571388a59694abf306db71c4d23ed2 (MD5) Previous issue date: 2015-07-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O Brasil passa atualmente por grande demanda energética, devido o surgimento de indústrias de grande porte para Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Goiás, Minas Gerais, e estados do Nordeste, além da demanda do Estado de São Paulo, mais importante pólo industrial do País. Apesar de a matriz energética brasileira estar concentrada na geração de energia por hidrelétricas, muitas usinas termoelétricas estão sendo instaladas em todo o País, a fim de atender essas demandas energéticas crescentes. Contudo ainda há déficit de matéria prima para as termoelétricas, nesse contexto o sorgo biomassa entra como uma alternativa eficiente como fonte de energia através do vapor para industrialização ou cogeração de eletricidade. Outra vantagem do sorgo biomassa é o possível uso na produção de etanol de segunda geração ou etanol 2G, que vem ganhando espaço no setor dos biocombustíveis. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi estimar a capacidade combinatória de linhagens A e R de sorgo biomassa e estudar a expressão da heterose de híbridos de sorgo biomassa relativa a caracteres agronômicos e tecnológicos visando à cogeração de energia. O experimento foi conduzido em DBC, em Sete Lagoas e Nova Porteirinha, e foram avaliados 36 híbridos, resultantes do cruzamento dialélico parcial, seis linhagens R, seis linhagens A, e o híbrido comercial BRS716 como testemunha, totalizando 49 tratamentos. As características avaliadas foram: altura de plantas, massa de matéria verde (MMV), massa de matéria seca (MMS), porcentagem de massa seca (MS%), teor de fibra em detergente ácido (FDA), teor de fibra em detergente neutro (FDN), teor de lignina, teor de celulose e teor de hemicelulose. Foi realizado o desdobramento do efeito de linhagem/híbrido e da interação genótipos x ambiente de acordo com o dialelo parcial, a partir das médias fenotípicas. Para isso, adotou-se o modelo de Griffing (1965) adaptado a dialelos parciais para o cálculo da Heterose e o modelo proposto por Miranda Filho e Geraldi (1984), adaptado através do modelo de Gardner e Eberhart (1966), para o estudo da Capacidade de combinação em dialelos parciais envolvendo os genitores e F1 ́s. As análises estatísticas necessárias foram realizadas com auxílio do programa GENES (Cruz, 2013). Todas as características avaliadas neste trabalho apresentaram diferença significativa para tratamento nos dois locais e pela análise conjunta foi constatado presença de interação GxA em todos os caracteres, exceto para altura de plantas. Ainda constatou-se predomínio de efeito gênico não-aditivo para as características altura, MMV e MMS, e para as características MS%, FDA, FDN, lignina, celulose e hemicelulose houve predomínio de efeito não-aditivo em Sete Lagoas e efeito aditivo em Nova Porteirinha. Os efeitos de CGC, no geral, mostraram-se superiores nos progenitores do grupo II, evidenciando presença de maior variabilidade genética no mesmo. Pelo método de Griffing (1956) adaptado por Geraldi e Miranda Filho (1988) foram selecionados os híbridos H23 e H29 para a característica altura de plantas, H1 e H10 para MMV, H1 e H5 para MMS e H2 para teor de lignina. E pelo método de Gardner e Eberhart (1966) adaptado por Miranda Filho e Geraldi (1984), as combinações híbridas que mostraram superiores para Altura foram H2, H8, H10, H14, H20 e H28, e para MMV e MMS foram os híbridos H4, H8, H9, H10, H16, H22 e H34. Dessa forma, os híbridos H1, H5 e H10 foram os que apresentaram maior potencial para uso na cogeração de energia. / The Brazil is currently undergoing large energy demand due to large industries rise to Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Goiás, Minas Gerais and Northeastern states, in addition to the demand of the State of São Paulo, the most important industrial center in the country. Although the Brazilian energy matrix is concentrated in power generation by hydroelectric, many thermoeletric plants are being installed across the country in order to meet these growing energy demands. However there is still deficit of raw materials for thermoelectric, in this context the sorghum biomass comes as an efficient alternative for energy generation through steam to industrialization or cogeneration of electricity. Another sorghum biomass advantage is the possible use in producing ethanol from second generation or 2G ethanol, which has been gaining ground in the sector of biofuels. The aim of this study was to estimate the combining ability of lines A and R of sorghum biomass and to study the expression of heterosis of sorghum biomass hybrids on agronomic and technological properties in order to cogeneration. The experiment was carried out in randomized blocks, in the cities Sete Lagoas and Nova Porteirinha, and were evaluated 36 hybrids resulting from partial diallel cross six strains R, six strains A, and the commercial hybrid BRS716 as a witness, totaling 49 treatments. The characteristics evaluated were: plant height, mass of green matter (MMG), dry matter (MMD), percentage of dry matter (DM%), acid detergent fiber (ADF), neutral detergent fiber (NDF), lignin, cellulose and hemicellulose. We performed the unfolding of the lineage effect / hydrid and genotype x environment according to the partial diallel, from the average phenotypic. For this, we adopted the model of Griffing (1965) adapted the partial diallels to calculate the heterosis and the model proposed by Miranda Filho and Geraldi (1984), adapted by Gardner and Eberhart model (1966), for the study combining capacity in diallels partial involving parents and F1's. The statistics analysis were performed using the GENES program (Cruz, 2013). All features evaluated in this study showed a significant difference to treatment in both locations and the joint analysis it was found the presence of GxE interaction for all characters, except for plant height. Also it was found a predominance of non-additive gene effect for MMV and MMS features, and the characteristic lignin content, no-additive effect of dominance in Sete Lagoas and additive effect in Nova Porteirinha. The CGC effects, overall, proved superior in group II parents, indicating the presence of greater genetic variability in the same. By the method of Griffing (1956) adapted by Geraldi and Miranda Filho (1988) the hybrid H23 and H29 were selected for the trait plant height, H1 and H10 for MMV, H1, H5 and H2 for MMS to lignin content. And the method of Gardner and Eberhart (1966) adapted by Miranda Filho and Geraldi (1984), the hybrids that showed higher for height were H2, H8, H10, H14, H20 and H28, and MMV and MMS were the H4 Hybrid , H8, H9, H10, H16, H22 and H34. Thus, the hybrid H1, H5 and H10 showed the greatest potential for use in energy cogeneration.

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