O gênero Partamona compreende 33 espécies, distribuídas do sul do México ao sul do Brasil. O gênero tem sido amplamente estudado em diferentes níveis: citogenético, etológico e morfológico. O presente trabalho teve como objetivo contribuir com dados moleculares para o conhecimento do grupo, realizando estudos populacionais por meio da caracterização do DNA mitocondrial por PCR+RFLP e da análise de regiões de microssatélites do DNA genômico de duas espécies: P. mulata de distribuição restrita ao sul de Mato Grosso e norte do Mato Grosso do Sul, e P. helleri de distribuição mais ampla, do sul da Bahia até Santa Catarina. Foram detectados apenas dois haplótipos em P. mulata, os quais diferiram entre si por apenas um sítio de restrição. As análises estatísticas demonstraram não haver estruturação entre as populações sugerindo que esta espécie possa ter passado por recente afunilamento populacional. Em P. helleri foram observados dez haplótipos sendo alguns exclusivos e outros compartilhados. Análises estatísticas apontaram alta estruturação entre as populações e a distribuição filogeográfica observada sugere um possível isolamento por fragmentação da Mata Atlântica durante o Pleistoceno. A análise dos locos microssatélites mostrou baixa variabilidade genética em ambas espécies e discreta estruturação entre as populações, não relacionada com a distribuição geográfica das mesmas. Isto pode ser conseqüência de migração de machos entre populações visto que as rainhas são filopátricas ou, fragmentação dos habitats pela rápida degradação do cerrado e da Mata Atlântica, ou por alelos nulos causados pelo uso de primers heteroespecíficos. A análise de parentesco entre abelhas de um mesmo ninho apontou a existência de apenas uma patrilínea em P. mulata sugerindo monoandria para esta espécie. Foram encontradas duas patrilíneas em algumas colônias de P. helleri, o que pode ser resultante de fecundação por mais de um macho ou substituição recente da rainha. A caracterização parcial do DNAmt de duas espécies de Partamona poderá contribuir em estudos filogenéticos tanto do gênero quanto de outras espécies de Meliponini. A análise populacional mostrou o status da variabilidade genética das espécies, suas possíveis histórias evolutivas e a possível relação desta com degradação dos ambientes onde estas estão distribuídas. / The Partamona genus comprises 33 species distributed from south Mexico to south Brazil. This genus has been studied at different levels: cytogenetical, ethological and morphological. This work aimed at to contribute with molecular data for the knowledge about the group performing a population study employing the PCR+RFLP of mtDNA, and analysis of microsatellite loci from nuclear DNA of two species, P. mulata which is distributed in south Mato Grosso and north Mato Grosso do Sul, and P. helleri which geographic distribution is wider, from Santa Catarina to southern Bahia. It was detected two haplotypes in 58 colonies of P. mulata, each one differing by one single restriction site. The statistical analyses indicated no differentiation among populations suggesting that the species could have passed through a recent populational bottleneck. It was observed ten haplotypes in 47 colonies of P. helleri, some exclusive and others shared among populations. Statistical analysis pointed high population differentiation and the observed phylogeography distribution suggested a possible recent isolation probably by Atlantic Forest fragmentation during the Pleistocene. The microsatellite analysis showed low genetic variability in both species and discrete population structuring, not related to the geographic distribution. This might be consequence of migration of males, since the queens are highly phylopatric, or habitat fragmentation by degradation of savanna and Atlantic forest areas, or null alleles caused by the use of heterospecific primers. The relatedness investigation revealed only one patriline in nest mates of P. mulata that suggests monoandry for this species. It was found two patrilines in P. helleri that can be resulted from more than one mating or recent queen replacement. The partial characterization of the mtDNA of two Partamona species can contribute to further phylogenetic studies among bees of this genus or among other Meliponini species. The populational analysis showed the genetic variability status of the species, their putative evolutionary histories and the possible relation between the results and the environmental degradation in their distribution areas.

O gênero Partamona compreende 33 espécies, distribuídas do sul do México ao sul do Brasil. O gênero tem sido amplamente estudado em diferentes níveis: citogenético, etológico e morfológico. O presente trabalho teve como objetivo contribuir com dados moleculares para o conhecimento do grupo, realizando estudos populacionais por meio da caracterização do DNA mitocondrial por PCR+RFLP e da análise de regiões de microssatélites do DNA genômico de duas espécies: P. mulata de distribuição restrita ao sul de Mato Grosso e norte do Mato Grosso do Sul, e P. helleri de distribuição mais ampla, do sul da Bahia até Santa Catarina. Foram detectados apenas dois haplótipos em P. mulata, os quais diferiram entre si por apenas um sítio de restrição. As análises estatísticas demonstraram não haver estruturação entre as populações sugerindo que esta espécie possa ter passado por recente afunilamento populacional. Em P. helleri foram observados dez haplótipos sendo alguns exclusivos e outros compartilhados. Análises estatísticas apontaram alta estruturação entre as populações e a distribuição filogeográfica observada sugere um possível isolamento por fragmentação da Mata Atlântica durante o Pleistoceno. A análise dos locos microssatélites mostrou baixa variabilidade genética em ambas espécies e discreta estruturação entre as populações, não relacionada com a distribuição geográfica das mesmas. Isto pode ser conseqüência de migração de machos entre populações visto que as rainhas são filopátricas ou, fragmentação dos habitats pela rápida degradação do cerrado e da Mata Atlântica, ou por alelos nulos causados pelo uso de primers heteroespecíficos. A análise de parentesco entre abelhas de um mesmo ninho apontou a existência de apenas uma patrilínea em P. mulata sugerindo monoandria para esta espécie. Foram encontradas duas patrilíneas em algumas colônias de P. helleri, o que pode ser resultante de fecundação por mais de um macho ou substituição recente da rainha. A caracterização parcial do DNAmt de duas espécies de Partamona poderá contribuir em estudos filogenéticos tanto do gênero quanto de outras espécies de Meliponini. A análise populacional mostrou o status da variabilidade genética das espécies, suas possíveis histórias evolutivas e a possível relação desta com degradação dos ambientes onde estas estão distribuídas. / The Partamona genus comprises 33 species distributed from south Mexico to south Brazil. This genus has been studied at different levels: cytogenetical, ethological and morphological. This work aimed at to contribute with molecular data for the knowledge about the group performing a population study employing the PCR+RFLP of mtDNA, and analysis of microsatellite loci from nuclear DNA of two species, P. mulata which is distributed in south Mato Grosso and north Mato Grosso do Sul, and P. helleri which geographic distribution is wider, from Santa Catarina to southern Bahia. It was detected two haplotypes in 58 colonies of P. mulata, each one differing by one single restriction site. The statistical analyses indicated no differentiation among populations suggesting that the species could have passed through a recent populational bottleneck. It was observed ten haplotypes in 47 colonies of P. helleri, some exclusive and others shared among populations. Statistical analysis pointed high population differentiation and the observed phylogeography distribution suggested a possible recent isolation probably by Atlantic Forest fragmentation during the Pleistocene. The microsatellite analysis showed low genetic variability in both species and discrete population structuring, not related to the geographic distribution. This might be consequence of migration of males, since the queens are highly phylopatric, or habitat fragmentation by degradation of savanna and Atlantic forest areas, or null alleles caused by the use of heterospecific primers. The relatedness investigation revealed only one patriline in nest mates of P. mulata that suggests monoandry for this species. It was found two patrilines in P. helleri that can be resulted from more than one mating or recent queen replacement. The partial characterization of the mtDNA of two Partamona species can contribute to further phylogenetic studies among bees of this genus or among other Meliponini species. The populational analysis showed the genetic variability status of the species, their putative evolutionary histories and the possible relation between the results and the environmental degradation in their distribution areas.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6297_1.pdf: 1280422 bytes, checksum: 6dbf4fac7abd5986311944cbb4ed97fd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Aedes aegypti e Aedes albopictus são espécies invasivas, considerada importante do ponto de vista médico, porque eles são vetores de arboviroses muitos. Uma pesquisa de doze meses de variação sazonal na freqüência de alelos em populações destas espécies foi realizado para verificar as possíveis alterações na estrutura genética e sua relação com as condições ambientais. Padrões de diversidade genética foram examinadas usando Random Amplified Polymorphic DNA e haplótipos de Citochrome c oxidase subunidade II do mtDNA. Amostras de Ae. aegypti e Ae. albopictus foram coletados entre dezembro de 2003 a novembro de 2004 em duas áreas do Recife. Evidência de diferenciação genética significativa foi detectada ao longo do ano para ambas as espécies, sem perdas de diversidade genética dentro das populações (heterozigosidade e polimorfismo). Amostras de Ae. albopictus em áreas silvestres e urbanas mostrou fluxo gênico intensiva (Nm = 4.2 e 22), durante dois momentos distintos. Os dados obtidos podem ser muito úteis para melhorar as estratégias de controle de vetores

O fator de transcrição mitocondrial A (TFAM) pertence ao grupo das proteínas de alta mobilidade, apresentando um importante papel para a replicação, transcrição e estrutura/organização do DNA mitocondrial (DNAmt). O DNAmt está organizado em um complexo nucleoprotéico, chamado de nucleóide, do qual TFAM é o principal componente protéico, empacotando o DNAmt de forma análoga às histonas no DNA nuclear. Em analogia ao DNA nuclear, foi sugerido que esse empacotamento pode proteger o DNAmt do ataque de espécies oxidantes, enquanto que, por outro lado, poderia também impedir o acesso das enzimas de reparo. Este trabalho visou esclarecer qual o papel de TFAM na proteção do DNAmt e entender como TFAM influencia o reparo do DNAmt. Nossos resultados indicaram que o empacotamento do DNAmt por TFAM pode proteger o DNA da formação de lesões em condições de estresse oxidativo. Células com redução na expressão de TFAM apresentaram taxas alteradas de proliferação e uma menor viabilidade celular após o tratamento com o fotossensibilizador azul de metileno, indicando que TFAM pode contribuir para a manutenção da integridade funcional da mitocondria. A velocidade do reparo do DNAmt, em células Kd-TFAM, foi aparentemente maior, o que indicou a importância da modulação da interação de TFAM com o DNAmt para um reparo rápido e eficiente das lesões oxidadas. Portanto, TFAM desempenha um papel importante para a estabilidade genômica mitocondrial, protegendo o DNAmt dos efeitos deletérios das lesões oxidadas no estresse oxidativo, e também modulando a velocidade do reparo do DNAmt, provavelmente através de modificações/interações que permitam que as enzimas de reparo acessem as lesões no DNAmt. / The mitochondrial transcription factor A (TFAM) belongs to the high mobility group box proteins, and is essencial for replication, transcription and structure/organization of the mitochondrial DNA (mtDNA).The mtDNA is organized in a nucleoproteic complex called the nucleoid, where TFAMis the main protein component,packaging mtDNA in a manner similar to histones in the nuclear DNA. In analogy to the histone role in nuclear DNA, it was suggested that mtDNA packaging by TFAM could protect the mtDNA against oxidized lesions. On the other hand, it could also prevent the access of repair enzymes. This study aimed to understand whether TFAM plays a role in mtDNA stability through these opposing effects of protecting from damage and preventing repair. Our results indicated that TFAM protects the mtDNA against lesion formation upon oxidative stress. Cells with reduced expression of TFAM showed altered proliferation and lower cellular viability after treatment with the photoactivated dye methylene blue, indicating an important role for TFAM in maintaining mitochondrial function and cell survival. MtDNA repair rate was apparently higherin Kd-TFAM cells, which indicated the importance of modulating the interaction of TFAM with mtDNA for a quick and efficient repair of oxidized lesions. Therefore, TFAM plays an important role in maintaining mitochondrial genomic stability by protecting the mtDNA of the deleterious effects of oxidized lesions in oxidative stress, also modulating mtDNA repair, likely through modifications/interactions that modulate its DNA binding activity and access to lesions in mtDNA by DNA repair enzymes.

O fator de transcrição mitocondrial A (TFAM) pertence ao grupo das proteínas de alta mobilidade, apresentando um importante papel para a replicação, transcrição e estrutura/organização do DNA mitocondrial (DNAmt). O DNAmt está organizado em um complexo nucleoprotéico, chamado de nucleóide, do qual TFAM é o principal componente protéico, empacotando o DNAmt de forma análoga às histonas no DNA nuclear. Em analogia ao DNA nuclear, foi sugerido que esse empacotamento pode proteger o DNAmt do ataque de espécies oxidantes, enquanto que, por outro lado, poderia também impedir o acesso das enzimas de reparo. Este trabalho visou esclarecer qual o papel de TFAM na proteção do DNAmt e entender como TFAM influencia o reparo do DNAmt. Nossos resultados indicaram que o empacotamento do DNAmt por TFAM pode proteger o DNA da formação de lesões em condições de estresse oxidativo. Células com redução na expressão de TFAM apresentaram taxas alteradas de proliferação e uma menor viabilidade celular após o tratamento com o fotossensibilizador azul de metileno, indicando que TFAM pode contribuir para a manutenção da integridade funcional da mitocondria. A velocidade do reparo do DNAmt, em células Kd-TFAM, foi aparentemente maior, o que indicou a importância da modulação da interação de TFAM com o DNAmt para um reparo rápido e eficiente das lesões oxidadas. Portanto, TFAM desempenha um papel importante para a estabilidade genômica mitocondrial, protegendo o DNAmt dos efeitos deletérios das lesões oxidadas no estresse oxidativo, e também modulando a velocidade do reparo do DNAmt, provavelmente através de modificações/interações que permitam que as enzimas de reparo acessem as lesões no DNAmt. / The mitochondrial transcription factor A (TFAM) belongs to the high mobility group box proteins, and is essencial for replication, transcription and structure/organization of the mitochondrial DNA (mtDNA).The mtDNA is organized in a nucleoproteic complex called the nucleoid, where TFAMis the main protein component,packaging mtDNA in a manner similar to histones in the nuclear DNA. In analogy to the histone role in nuclear DNA, it was suggested that mtDNA packaging by TFAM could protect the mtDNA against oxidized lesions. On the other hand, it could also prevent the access of repair enzymes. This study aimed to understand whether TFAM plays a role in mtDNA stability through these opposing effects of protecting from damage and preventing repair. Our results indicated that TFAM protects the mtDNA against lesion formation upon oxidative stress. Cells with reduced expression of TFAM showed altered proliferation and lower cellular viability after treatment with the photoactivated dye methylene blue, indicating an important role for TFAM in maintaining mitochondrial function and cell survival. MtDNA repair rate was apparently higherin Kd-TFAM cells, which indicated the importance of modulating the interaction of TFAM with mtDNA for a quick and efficient repair of oxidized lesions. Therefore, TFAM plays an important role in maintaining mitochondrial genomic stability by protecting the mtDNA of the deleterious effects of oxidized lesions in oxidative stress, also modulating mtDNA repair, likely through modifications/interactions that modulate its DNA binding activity and access to lesions in mtDNA by DNA repair enzymes.

Made available in DSpace on 2015-03-03T14:00:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AllysonSS_DISSERT.pdf: 3119890 bytes, checksum: 5de05e8e42f3274421226e677a37e4ea (MD5) Previous issue date: 2011-04-26 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Brazil has about 8,500 km of coastline and on this scale, fishing is a historically important source of animal protein for human consumption. The national fishing background shows a growth of marine fishery production until 1985 and within this period it was recorded a steady decline. From the year 2003 fishing statistics aim to some "recovery" of the total fisheries production, which probably is related to a change in industry practice. The target of commercial fishing became smaller species with low commercial value, but very abundants. The coney, Cephalopholis fulva (Serranidae), is one of these species that have been suffering a greater fishing pressure in recent years. In order to provide data about the current situation of the genetic diversity of these populations, several molecular markers have been being used for this purpose. The prior knowledge of genetic variability is crucial for management and biodiversity conservation. To this end, the control region sequences (dloop) of mtDNA from Cephalopholis fulva (Serranidae) from five geographical points of the coast of Brazil (Cear?, Rio Grande do Norte, Bahia and Esp?rito Santo) and the Archipelago of Fernando de Noronha (FN) were sequenced and their genetic diversity analyzed. The FST values were very low (0.0246 to 0.000), indicating high gene flow between the sampled spots. The indices h and indicate a secondary contact between previously allopatric lineages differentiated or large and stable populations with long evolutionary history. Tests of Tajima and Fu showed expansion for all populations. In contrast, the mismatch distribution and SSD indicated expansion just for coastal populations. Unlike other species of the Atlantic which have been deeply affected by events on later Pleistocene, the population-genetic patterns of C. fulva may be related to recent events occurred approximately 130,000 years ago. Moreover, the data presented by geographical samples of the specie C. fulva showed high genetic diversity, also indicating the absence of deleterious effects of over-exploitation on this specie, as well as evidence of complete panmixia between all sampled populations / Brasil possui cerca de 8.500 km de litoral e diante desta dimens?o, a pesca historicamente constitui uma importante fonte de prote?na animal para consumo humano. O hist?rico nacional na pesca mostra um crescimento da produ??o pesqueira marinha at? 1985 e a partir deste per?odo registrou-se um cont?nuo decr?scimo. A partir do ano de 2003 as estat?sticas pesqueiras apontam para certa ?recupera??o? da produ??o pesqueira total, o que provavelmente esta relacionada a uma mudan?a nas pr?ticas do setor. O alvo da pesca comercial passou a ser esp?cies menores e de baixo valor comercial, por?m muito abundantes. A pira?na, Cephalopholis fulva (Serranidae) ? uma destas esp?cies alvo que vem sofrendo uma maior press?o pesqueira nos ?ltimos anos. A fim de fornecer dados sobre a real situa??o da diversidade gen?tica destas popula??es, diversos marcadores moleculares v?m sendo utilizados para esta finalidade. O pr?vio conhecimento da variabilidade gen?tica ? crucial para o manejo e conserva??o da biodiversidade. Neste intuito, sequ?ncias da regi?o controle (d-loop) do DNAmt de Cephalopholis fulva (Serranidae) de cinco pontos geogr?ficos da costa brasileira (Cear?, Rio Grande do Norte, Bahia e Esp?rito Santo) e o Arquip?lago de Fernando de Noronha (FN) foram sequenciadas e sua diversidade gen?tica analisada. Os valores de FST se revelaram muito baixos (0.0246 a 0.000), indicando intenso fluxo g?nico entre os pontos amostrados. Os ?ndices h e indicam um contato secund?rio entre linhagens alop?tricas previamente diferenciadas ou a grandes e est?veis popula??es com longa hist?ria evolutiva; Os testes de Fu e Tajima indicaram expans?o para todas as popula??es. J? as diferen?as par-a-par e o SSD indicaram expans?o apenas para as popula??es costeiras. Diferentemente de outras esp?cies do Atl?ntico que foram profundamente afetadas por eventos Pleistoc?nicos mais tardios, os padr?es gen?tico-populacionais presentes em C. fulva parecem estar relacionados a eventos mais recentes ocorridos a cerca de 130.000 anos. Al?m disso, os dados apresentados pelas amostras geogr?ficas da esp?cie C. fulva demonstram elevada diversidade gen?tica, indicando ainda a aus?ncia de efeitos delet?rios da sobrepesca da esp?cie, bem como evid?ncias de panmixia plena tanto entre as ?reas continentais, como entre estas e o regi?es insulares

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3186.pdf: 3703923 bytes, checksum: d87900ff0307615395d72a84051c1051 (MD5) Previous issue date: 2010-06-18 / Salminus brasiliensis is a migratory fish which is distributed in all parts of the rio de la Plata Basin. The Dourado is called the king of the river . It´s one of the most sought after fish by amateur and/or professional fishermen. However, in some regions it is considered to be a vulnerable species. Recent reports have shown the existence of some populations of migratory fish that are genetically structured in the same basin. Considering that the evaluation of variability and genetic structure in natural populations is of great importance for conservation of this species, this study has the objective of examining this question in the populations of S. brasilienses in the region of the Pantanal in Mato Grosso by verifying the existence or not of the genetic structure by means of markers of mitochondrial DNA. Later a phylogeographic approach was carried out to investigate the aspect of genetic evolution of this group of fish, its distribution in all the basin and its relation with the history of the formation of the basins- the relation between the Pantanal, the Parana and Uruguay Rivers Basins. The results shown high genetic diversity and absence of genetic structure, suggesting gene flow between populations of north and south of the Pantanal, probably facilitated by the migratory ability of the species and by the structural characteristics of the region. The presence of shared rare haplotypes evidences this pattern even though exclusive variants occur in each river studied. In relation to the phylogeographic aspects of the group in the limits of the basin of the Rio de la Plata, an old historical contact was verified between the sub-basin of the Parana and Upper Paraguay Rivers, probably occurring at the moment of the formation of the Pantanal. However, analyses has disclosed a current genetic distance between the populations of Dourado in these two areas. Genetic structure was only observed in the Parana River Basin. The Uruguay River Basin and the Pantanal demonstrate genetic similarity. However, it is important to continue evaluation and monitoring of genetic diversity of the natural populations of Dourado to confirm if with other molecular markers if the same pattern will occur as the on in the Pantanal and in the other regions that have been analyzed. / Salminus brasiliensis é um peixe migrador distribuído em toda bacia do Prata. Denominado rei do rio , o dourado está entre os mais almejados na pesca esportiva e/ou profissional. Porém, em algumas regiões está sendo considerada uma espécie vulnerável. Relatos recentes demonstraram a existência de algumas populações de peixes migradores geneticamente estruturadas dentro de uma mesma bacia. Considerando que a avaliação da variabilidade e estrutura genética em populações naturais é de grande importância para conservação dessa espécie, este estudo objetivou primeiramente abordar esta questão em populações de S. brasilienses na região do Pantanal Mato-grossense, verificando a existência de estruturação ou não nessa região, por meio de marcadores de DNA mitocondrial. Depois foi realizada uma abordagem filogeográfica para discutir aspectos referentes à genética evolutiva desse grupo de peixes, sua distribuição por toda bacia e sua relação com a história de formação das bacias; uma relação entre o pantanal e a bacia do Paraná e do Uruguai. Os resultados mostraram alta diversidade genética e ausência de estruturação, sugerindo fluxo gênico entre populações das localidades norte e sul do Pantanal, provavelmente facilitada pela habilidade migratória da espécie e pelas características ecológicas da região. A presença de haplótipos raros compartilhados evidencia esse padrão, embora variantes exclusivos ocorram em cada rio estudado. Quanto aos aspectos filogeográficos do grupo nas limitações da bacia do rio da Prata, foi verificado um contato histórico antigo entre a sub-bacia do Paraná e o Alto Paraguai, provavelmente ocorrido no momento da formação do Pantanal. No entanto, análises revelaram um distanciamento genético atual entre as populações de dourado nessas duas áreas. Estruturação genética só foi observada para o Paraná, sendo que Uruguai e Pantanal demonstraram similaridade genética. Entretanto, é importante continuar a avaliação e o monitoramento da diversidade genética das populações naturais do dourado para confirmar se com outros marcadores moleculares ocorrerá o mesmo padrão ora encontrado no Pantanal e nas demais regiões analisadas.

Le plateado ou dorado - Brachyplatystoma rousseauxii (Pimelodidae, Siluriformes) est un grand poisson-chat Amazonien d’intérêt commercial, qui présente un des cycles de vie les plus surprenants et énigmatiques, avec la plus grande migration connue en eaux douces, entre l’estuaire de l'Amazone et les têtes de fleuves en Amazonie occidentale. Le but de ce travail était de déterminer, au niveau moléculaire, la position phylogénétique du plateado dans la famille Pimelodidae ainsi que sa structure génétique dans le Haut Madera (Villa Bella–VB, Cachuella Esperanza–CE, Puerto Maldonado–PM, Rurrenabaque–RU, Puerto Villarroel–PV) et ouest de l'Amazonie (Iquitos–IQ) bassins (Bolivie et Pérou). Les relations phylogénétiques ont été définies par une analyse du maximum de vraisemblance (ML) des séquences nucléotidiques de deux gènes mitochondriaux (Région de Contrôle–RC, ~ 900 pb, 32 taxons; Cytochrome Oxydase 1-CO1, ~ 650 pb, 61 taxons), et d’un gène nucléaire (F-reticulon4–RTN4, ~ 1700 pb, 38 taxons). La structure génétique des populations a été évaluée par le polymorphisme de longueur de neuf microsatellites (284 inds) et par les variations de séquence de la RC (461 inds + 45 en provenance du Brésil, disponibles dans GenBank). Les variations de fréquences des microsatellites ont été utilisées pour identifier les unités panmictiques (clusters) les plus probables dans l'ensemble des données, à travers une approche bayésienne (BAPS), après avoir démontré une déviation significative à l'équilibre de Hardy-Weinberg (HWE) quand l’ensemble des données étaient analysé comme faisant partie d’une seule unité.L’analyse phylogénétique concaténée (ML) a montré que la famille Pimelodidae était un groupe monophylétique. Les résultats les plus notables de la phylogénie sont la monophylie peu soutenue (77%) de la tribu Brachyplatystomatini et la non-monophylie des Brachyplatystoma. Seul le sous-genre Malacobagrus (B. rousseauxii + (B. filamentosum + B. capapretum)), défini morphologiquement, s’est avéré monophylétique. Ces résultats suggèrent que le genre Brachyplatystoma pourrait contenir Platynematichthys ou pourrait être limité au sous-genre Malacobagrus.L'analyse des microsatellites sur l'ensemble des échantillons (ouest Amazone + haut Madera) a montré un écart significatif á la panmixia, ainsi que sur l'ensemble des échantillons du haut Madera. A la lumière de ces résultats, l’approche bayésienne a été développée, montrant qu'au moins trois clusters (1, 2, 3) sont présents dans les bassins du haut Madera et de l'ouest de l'Amazone, avec des répartitions qui se chevauchent partiellement. En parallèle á l'identification des clusters, il a été mis en évidence une différence significative au sein de B. rousseauxii entre l’ouest de l'Amazonie et le haut Madera bassin.L'analyse généalogique (ML) des séquences de la RC a montré une topologie en peigne, sans groupe d'haplotypes montrant une histoire commune. En revanche, l'analyse des fréquences haplotypiques a révélé l’existence de 4 haplogroupes, liés à la géographie. Un haplogroupe a été identifié le long de l'axe principal de l’Amazonas-Solimões (Belem-Brésil et Iquitos-Pérou) et 3 autres dans le haut Madera (VB; CE+MD; RU+PV), organisés selon une tendance aval - amont. Ainsi, nous observons d’un coté 3 populations (clusters) avec une distribution géographique partiellement chevauchante, et de l’autre quatre haplogroupes positionnés selon une logique géographique. Le scenario le plus probable implique un comportement de homing des individus du cluster 1 (homing à l’échelle des grands sous-bassins), qui préfèrent ou tendent à retourner dans le sous-bassin du Madera. Les 3 populations coexisteraient alors dans le haut Madera en se reproduisant à des périodes (phénologie) ou à des endroits différents (ségrégation spatiale). Enfin, les résultats sont discutés à la lumière des résultats précédemment publiés dans le bassin de l'Amazone et des menaces qui pèsent sur l'espèce dans le bassin du Madera. / The Plateado or Dorado - Brachyplatystoma rousseauxii (Pimelodidae, Siluriformes) is a commercial migratory catfish species with one of the most surprising and enigmatic life histories in the Amazon basin, involving the largest migration known for a freshwater species, between the estuary and the head waters in the Andean piedmont. The aim of the present work was to determine the molecular phylogenetic position of the Plateado in the Pimelodidae family and its population genetic structure in the Upper Madera (Villa Bella – VB, Cachuella Esperanza – CE, Puerto Maldonado – PM, Rurrenabaque – RU, Puerto Villarroel - PV) and Western Amazon (Iquitos - IQ) basins (Bolivia and Peru). The phylogenetic relationships were defined through a Maximum Likelihood (ML) analysis of nucleotide sequences of two mitochondrial (Control Region – CR, ~ 900 pb, 32 taxa; Cytochrome Oxidase 1 – CO1, ~ 650 bp, 61 taxa), and a nuclear fragment (F-reticulon4 - RTN4, ~1700 bp, 38 taxa). The population genetic structure was evaluated through the length polymorphism of nine microsatellites (284 inds) and CR sequence variations (461 inds + 45 from Brazil available in GenBank). Microsatellites frequencies variations were used to identify through a Bayesian approach (BAPS) the most probable panmictic units (clusters) in the whole data, after previous demonstration of a deviation to Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE). The ML phylogenetic concatenated analysis showed the Pimelodidae family as a monophyletic group, with the genera Phractocephalus and Leiarius as basal lineages. The most notable results in the phylogeny were the not well-supported monophyly (77%) of the tribe Brachyplatystomatini and the non-monophyly of Brachyplatystoma. Only the morfologically defined subgenus Malacobagrus (B. rousseauxii + (B. filamentosum + B. capapretum)) was recovered as monophyletic. These results suggest that Brachyplatystoma could contain Platynematichthys or be restricted to the subgenus Malacobagrus, and the other species be related to distinct (earliest) genera, in agreement with another study carried out in parallel with other markers.Microsatellite analysis of the whole data (Western Amazon + Upper Madera) showed a significant departure of the HWE expectations, as well as the analysis of the whole data from the Upper Madera region. In the light of these results, the Bayesian approach has been implemented, showing that at least three clusters (1, 2, 3) are present in the Upper Madera and Western Amazon basins with partial overlapping distribution.To the margin of the cluster identification, it was evident the significant difference between Western Amazon (Iquitos region) and the Upper Madera basin.The genealogical analysis (ML) of the CR sequences showed a generalized comb-like topology without group of haplotypes with common ancestry. On the other hand, CR frequency analysis showed the conformation of four haplogroups associated to geography. One haplogroup was identified along the main axis of the Amazonas-Solimões, from Belem (Brazil) to Iquitos (Peru), and three other haplogroups were observed in the Upper Madera basin (VB; CE+PM; RU+PV), positioned in a downstream - upstream pattern.Hence, we observed on the one hand three genetic populations (clusters), distributed in partially overlapping geographical areas, and on the other hand four haplogroups, positioned according to a geographical pattern. The most probable scenario involves a homing behavior of individuals from cluster 1 (homing at the scale of large watersheds), which prefer or tend to return to the Madera basin, with the three populations coexisting within the upper Madera because they reproduce at different moments (phenology) or different places (spatial segregation). Finally, the results are discussed in the light of previous results in the Amazon basin and the threats to the species in the Madera basin (p.e. fragmentation by dams, overfishing, climate variability, among other).

A seqüência completa do genoma mitocondrial de uma espécie pode ajudar no mapeamento de restrição e desenho de primers para PCR. Estes poderão servir para amplificação e posterior seqüenciamento de regiões específicas de outras espécies e populações relacionadas, para estudos filogenéticos e de dinâmica populacional. Até o momento, temos na literatura a seqüência completa do DNA mitocondrial (DNAmt) de um único himenóptero, Apis mellifera, espécie que é endêmica do Velho Mundo. Nenhum genoma mitocondrial de uma espécie de abelha nativa do Brasil foi até o momento descrito. Com a devastação crescente dos ecossistemas, há a perda de espécies de abelhas ainda pouco estudadas, e talvez até outras ainda não conhecidas. Entre os meliponíneos, há espécies-chave de diversos ecossistemas brasileiros, tendo portanto uma enorme importância ecológica. No decorrer deste projeto, foram amplificados via PCR e seqüenciados 77% do genoma mitocondrial da abelha sem ferrão Melipona bicolor (Apidae, Meliponini), contendo todos os 13 genes mitocondriais codificadores para proteínas, 18 dos 22 genes para RNAt e os dois genes para RNAr (sendo um integral e o outro parcialmente seqüenciado). Além do seqüenciamento, foram realizados neste trabalho: análise da organização do genoma (conteúdo e ordem gênica); análise da tradução dos genes para proteínas e código genético; análise de outras características moleculares (freqüência das bases, códons utilizados, iniciação e terminação de genes, freqüência de aminoácidos etc); e comparação das características acima mencionadas com o genoma mitocondrial de A. mellifera e também com outros insetos. O viés para o uso de bases A+T, bastante evidente em A. mellifera, mostrou-se ainda mais acentuado em M. bicolor. Foram encontradas diferenças no tamanho e composição dos genes. Pelo menos nove rearranjos na ordem gênica mitocondrial foram observados entre as duas espécies de abelhas, um fenômeno raro entre organismos tão próximos. Considerando que essas espécies compartilham um comportamento intrigante, a eussocialidade, esses rearranjos podem servir como um excelente marcador para estudar a origem e a evolução desse comportamento no grupo. / The complete sequence of the mitochondrial genome of a species may help on restriction mapping and to design PCR primers. These can be useful to amplify and sequence specific regions from other species and analyze populations, in phylogenetic and demographic studies. So far, there was reported on literature the mtDNA complete sequence for only one hymenopteran, Apis mellifera, endemic from the Old World. No mitocondrial genome of a Brazilian native bee was ever described. With the increasing devastation of natural environments, several bee species can be led to extinction, including those poorly studied and maybe some unknown species. The meliponines (stingless bees) include key species to several Brazilian ecosystems, so they play an important ecological role. In this project, we have PCR amplified and sequenced 77% of the mitochondrial genome of the stingless bee Melipona bicolor (Apidae, Meliponini). The sequenced region contains all of the 13 mitochondrial protein-coding genes, 18 of 22 tRNA genes, and both rRNA genes (one of them was only partially sequenced). Besides sequencing, this work consisted of: analysis of genome organization (gene content and order); analysis of gene translation and genetic code; analysis of other molecular features (base frequencies, codon usage, gene initiation and termination, amino acid frequencies etc.); and comparison of the characteristics mentioned above with A. mellifera mitocondrial genome and also other insects. The highly biased A+T content is a typical characteristic of A. mellifera mitochondrial genome, and it is even more extreme on M. bicolor mtDNA. There are length and compositional differences on genes between M. bicolor and A. mellifera. At least nine gene order rearrangements were observed by comparing the mtDNA of these species, what is a rare event on closely related organisms. Considering that both species share an intriguing behavior, eusociality, these gene rearrangements may be used as an excellent marker to study the origin and evolution of that behavior on bees.

O DNA é um alvo constante de modificações químicas, as quais resultam na ativação dos programas de reparo de danos no DNA. O DNA mitocondrial (DNAmt), uma molécula circular contendo aproximadamente 16,6 kb de extensão, é constantemente exposto às espécies reativas de oxigênio (EROs) devido a sua proximidade da cadeia transportadora de elétrons, presente na membrana mitocondrial interna. Quase todas as vias de reparo de DNA presentes no núcleo atuam também na mitocôndria, entretanto, a regulação das vias mitocondriais não é bem compreendida. As proteínas p53, ATM, mTOR e PGC1α participam, dentre outros papéis, do controle do metabolismo energético e das respostas a lesões no DNA nuclear. Dessa forma, decidimos gerar linhagens celulares com níveis reduzidos dessas proteínas como uma ferramenta para o estudo dos seus papéis na manutenção do DNAmt. Para isso, foram geradas linhagens celulares de HEK293 expressando constitutivamente shRNAs alvo-específicos, cuja diminuição da expressão das proteínas alvo foi confirmada através de western blotting. Neste trabalho, também foi estudado o papel de p53 na resposta ao estresse oxidativo mitocondrial provocado por azul de metileno (AM). O AM é um corante fotoativo capaz de atravessar membranas biológicas e, em células de mamíferos, se acumula em organelas, tais como a mitocôndria. Uma vez que p53 participa de diversas funções celulares e transloca para a mitocôndria sob condições de estresse, onde pode induzir apoptose ou modular o reparo de DNAmt, nós investigamos se p53 está envolvido na indução de morte celular após tratamento com AM fotoativado. Para isso, foram utilizados 2 clones com níveis reduzidos de p53 obtidos na primeira etapa deste trabalho. Sob condições normais, foi demonstrado que o silenciamento de p53 induziu uma forte redução do número de cópias de DNAmt e estimulou a proliferação celular quando fornecemos glicose ou galactose como substratos energéticos. A depleção de p53, ou a sua inibição farmacológica, resultaram em uma ligeira proteção quando as células foram submetidas ao tratamento com AM. Também foi demonstrado que AM provoca morte celular apoptótica de uma maneira dependente de p53, uma vez que a depleção dessa proteína protegeu a população do acúmulo de células em sub-G1. Portanto, nossos resultados sugerem que AM induz morte celular apoptótica em células HEK293, de uma maneira dependente de p53. Esse efeito pode ser mediado diretamente por p53, ou ainda, pelo seu papel na manutenção do número de cópias do DNAmt. / DNA is constantly being chemically modified, which results in activation of the DNA damage response program. The mitochondrial DNA (mtDNA), a circular molecule of 16.6 kb in length, is primary target of reactive oxygen species (ROS) due its proximity to the electron transport chain, in the mitochondrial inner membrane. Almost all known DNA damage repair pathways operating in the nucleus were also found in the mitochondrion; however, their regulation remains not well understood. The proteins p53, ATM, mTOR e PGC1α have many cellular functions, including control of energy metabolism and cell fate after stress. Thus, we hypothesized that those proteins could participate in maintaining of mtDNA, through direct or indirect roles. To test this hypothesis, we generated isogenic knockdown cell lines to further use them to study their role in the mtDNA damage response. For that, were generated HEK293 knockdown cell lines that stably express target-specific shRNAs. Efficient knockdown was checked using western blotting. Here, we also studied the role of p53 in the cellular response to mitochondrial oxidative stress induced by methylene blue (MB). MB is a photoactive dye that crosses biological membranes due to its lypophylic character and, in mammalian cells, accumulates in organelles such as mitochondria; however, its cytotoxic mechanism is not well understood. As the p53 protein participates in several cellular functions and translocates to mitochondria under stress conditions, where it can induce apoptosis or modulate mtDNA repair, we investigated whether p53 was involved in MB + light-induced cell death using p53 knockdown clones selected from the cell lines generated in the first phase of this work. Under normal conditions, p53 knockdown caused a decrease in mtDNA copy number and stimulated cellular growth supported by either glucose or galactose. After MB treatment, p53-kd cells showed a slight decrease in cell death compared to scrambled shRNA controls. Evaluation of cell death after MB treatment, using flow cytometry analysis, indicated that MB was able to induce significant levels of apoptotic cell death, which was dependent on p53 levels. Taken together, our results suggest that MB induces cell death, probably via apoptosis, in a p53 dependent manner. This effect may be mediated by p53 directly or by its role in mtDNA copy number maintenance.