As variantes genéticas LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D1S200 (LEPR),D18S858 (MC4R) e D2S1788 (POMC)foram avaliadas em 100 indivíduos obesos (GE) e 110 não-obesos (GC) brancos. A genotipagem desses indivíduos foi realizada por PCR e RFLP. As freqüências dos alelos LEP -2548G e LEP 3\'HVR-Classe I no grupo GE foram maiores que no GC P<0,05). O haplótipo LEP G/I foi mais freqüente no grupo GE (P=0,018) e nos indivíduos com obesidade central (P=0,047). As freqüências dos alelos 41/42 da D18S858 e do alelo 17 da D1S200 foram maiores (P<0,05) no grupo GE. Os indivíduos com alelos LEP 3\'HVR-Classe I, 41/42 da D18S858 e 17 da D1S200 apresentaram valores mais altos de índice de massa corporal (IMC) e circunferência abdominal (P<0,05). Em conclusão, as variantes LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D18S858 e D1S200 estão associadas com a obesidade e com variações nos valores de IMC e circunferência abdominal em indivíduos brasileiros brancos. / The genetic variants LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D1S200 (LEPR), D18S858 (MC4R) D2S1788 (POMC) were studied in groups of 100 obese (GE) and 110 non-obese (GC) white individuals. Genotyping were carried out by PCR and RFLP techniques. Alleles frequencies from LEP -2548G and Class I alleles from LEP 3\'HVR were higher in GE group, when compared to GC group (P<0,05). The LEP G/I haplotype was more frequent in GE group (P=0,018) and in individuals with central obesity (P=0,047). Alleles 41/42 from D18S858 and allele 17 from D1S200 were more frequent (P<0,05) in GE group. Individuals carrying LEP 3\'HVR-Class I, alleles 41/42 from D18S858 and allele 17 from have shown elevated body mass index (BMI) and waist circumference values (P<0,05). In conclusion, the LEP G-2548A, LEP 3\' HVR, D1S200, and D18S858 genetic variants were found to be associated to obesity and variations in BMI and waist circumference in Brazilian white individuals.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-17Bitstream added on 2014-06-13T19:50:20Z : No. of bitstreams: 1 mori_nt_me_botfca.pdf: 988090 bytes, checksum: 61ea693b25f67c44cb9358042b0c2f9c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos, sinonímia Tabebuia heptaphylla ( Vell.) Toledo, popularmente conhecida por ipê-roxo, é uma espécie pertencente a família Bignoneaceae, muito apreciada pela sua beleza, madeira de excelente qualidade, além de algumas espécies dessa família possuírem substâncias as quais são usadas como produtos medicinais. A espécie é polinizada por abelhas, pássaros e outros visitantes que podem se alimentar das flores e dos frutos. Atualmente é utilizada em programas de reflorestamento de áreas degradadas, paisagismo e restauração. Ocorre em grande parte do Brasil, desde o Estado da Bahia até o Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Santa Catarina e São Paulo, compreendendo as latitudes de 13ºS (BA) a 30ºS (RS). O trabalho teve como objetivos estudar a variabilidade genética entre e dentro das subpopulações de H. heptaphyllus, por meio de marcadores microssatélites e conhecer sobre o seu sistema reprodutivo. Para tanto, foram colhidas sementes de 30 árvores, na região de Botucatu, S.P., sendo grande parte na Fazenda Experimental Lageado pertencente a UNESP - Campus de Botucatu. As sementes foram semeadas no viveiro da UNESP e as folhas das mudas produzidas foram coletadas para a extração de DNA e posteriormente analisadas em géis de poliacrilamida. No total, foram estudados oito locos microssatélites polimórficos, que apresentaram desde seis alelos por loco (loco TAU22) a 14 alelos (locos TAU12, TAU30 e TAU31). A média de heterozigosidade esperada ( e H ˆ ) para as seis subpopulações foi de 0,732, sendo que a heterozigosidade observada ( o H ˆ ) foi de 0,618. Os índices médios de fixação variaram de -0,082 (subpopulação 4) a 0,255 (subpopulação 3), com média de 0,152. Os resultados das subpopulações estudadas mostraram os índices de fixação em níveis aceitáveis, com média de 15,2%, no entanto... / Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos, sinonímia Tabebuia heptaphylla (Velloso) Toledo, known as ipê-roxo, belongs to the Family Bignoniaceae. It is a very important Brazilian forest tree species because of its beautiful flowers, excellent wood quality, and medicinal properties. Its flowers are usually visited by animals, like bees, birds, bats, etc, for feeding and for pollination purposes. The species has also been used in programs of reforestation of degraded areas, landscaping, and restoration. The ipê-roxo is widespread throughout Brazil, from Bahia State to Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Santa Catarina, and São Paulo States, from 13ºS (BA) to 30ºS (RS) latitudes. The research has as objectives to study the genetic diversity within and between subpopulations of H. heptaphyllus by microsatellite molecular markers and to understand its mating system. We collected seeds of 30 trees, through the Botucatu region, Brazil, mostly from the Lageado Experimental Station, São Paulo State University (UNESP) – Botucatu. The seeds were sown in a nursery and the leaves were collected, to extract the DNA, and analyzed through polyacrilamide gels. In a total of eight polymorphic microsatellite loci were analyzed that varied from six alleles (TAU22 locus) to 14 alleles (TAU12, TAU30, and TAU31 loci). The expected heterozygosity mean ( e H ˆ ) for the six subpopulations was 0.7318, the observed heterozygosity mean ( o H ˆ ) was 0.6183, and the average of fixation index (f) between pairs of the six population varied from -0,082 (subpopulation 4) to 0.255 (subpopulation 3), with an average of 0.152. The results of the studied subpopulations have shown acceptable levels of fixation index, presenting an average of 15.2%, therefore, the subpopulation 4 has shown a higher amount of heterozygous than expected. The total genetic diversity ( IT fˆ ) for the six subpopulations... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Coorientador: Marcos Guimarães de Andrade Landell / Banca: Ana Lilia Alzate Marin / Banca: Dilermando Perecin / Resumo: A cana-de-açúcar figura mundialmente como uma importante cultura econômica, com grande participação no suprimento da demanda global por energia e açúcar. Bancos ativos de germoplasma são repositórios in vivo de variabilidade genética para os programas de melhoramento, estando diretamente relacionados ao sucesso do programa. Para uma gestão adequada e eficiente do banco é necessário conhecer a magnitude e distribuição da variabilidade genética dentro e entre os grupos de acessos das respectivas espécies que o compõe bem como identificar os acessos duplicados ou erroneamente identificados. Marcadores moleculares microssatélites são adequados para tal finalidade. O presente trabalho teve como objetivo principal avaliar a estrutura genética de um grupo de 593 genótipos, constituído por germoplasma básico e melhorado, disponíveis no banco de germoplasma do Programa Cana - IAC. Além disso, a magnitude da diferenciação genética entre as principais cultivares brasileiras e o germoplasma básico de cana-de-açúcar também foi investigada. Para tanto, 12 pares de primers SSR de alto poder discriminatório foram utilizados. A análise da estrutura genética separou os genótipos em dois grupos principais, um constituído por germoplasma básico e o outro por genótipos melhorados. A partição da variabilidade genética mostrou que 14,44% (P<0,001) da variabilidade total detectada pelos marcadores encontra-se entre estes dois grupos. Resultados semelhantes foram observados entre as principais cultiv... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sugarcane is a crop with worldwide economic importance due to its large participation in supplying the global demand for energy and sugar. Active germplasm banks are in vivo repositories of genetic variability for breeding programs, being directly related to their success. For its adequate management, a constant routine of surveillance and control over the accessions is required. Microsatellite (SSRs) molecular markers are suitable for this purpose. The present work aims to evaluate the genetic structure of a group of 593 individuals, composed by basic germplasm accessions and breeding genotypes, available within the germplasm bank of the Campinas Agronomic Institute (IAC) Sugarcane Genetic Breeding Program, based on these markers, with a focus on the comparison between the genetic diversity of Brazilian clones and cultivars (IAC, CTC, SP and RB) with accessions of diverse species, genera and exotic hybrids. In addition, the magnitude of the genetic differentiation between the main Brazilian cultivars and the basic sugarcane germplasm was also investigated. For this purpose, 12 pairs of SSR primers with high discriminatory power were used. The genetic variability present in the group is structured in a way where breeding materials differ from wild accessions, constituting two groups of individuals. Genetic variability among them is 14.44%, while 85.56% is present within them (P<0.001). Similar results were observed between the main Brazilian cultivars and the basic germplasm,... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T17:39:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 314651 bytes, checksum: ae3da37c658a449808cf2f735e05c57c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T17:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 314651 bytes, checksum: ae3da37c658a449808cf2f735e05c57c (MD5) Previous issue date: 2004-01-26 / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária / O registro gene alógico confiável é fundamental para possibilitar a implantação de um programa de avaliação genética. Os marcadores de microssatélites constituem uma ferramenta amplamente utilizada atualmente para confirmação de paternidade. No Brasil, a caprinocultura possui um grande potencial para a pecuária, principalmente na agricultura familiar do semi-árido. As principais raças de caprinos especializadas para produção de leite no Brasil são a Alpina e a Saanen, ambas de origem européia. Na Região Nordeste, detentora do maior rebanho caprino do País, existem raças naturalizadas adaptadas às condições adversas do semi-árido, que possuem diversidade genética desconhecida. Estas raças têm sido cruzadas de forma indiscriminada com diversas raças importadas, pondo em risco o seu potencial genético. Os objetivos do trabalho foram estudar a utilização de um sistema de microssatélites para: 1) a verificação de paternidade, utilizando o método de exclusão e o método de inferência estatística da razão de verossimilhança, nos casos em que a mãe é ou não genotipada; e 2) o estudo de diversidade genética entre e dentro as raças/rebanhos estudados. Foram utilizados, em sistema de genotipagem semi- automático (ABI 310, Perkin Elmer), onze microssatélites anteriormente descritos em bovinos, ovinos ou caprinos. Foram genotipados 292 animais, pertencentes a três rebanhos, sendo que as raças leiteiras Alpina e Saanen foram amostradas em dois rebanhos (UFV e particular) e a raça naturalizada Moxotó foi proveniente do rebanho de conservação da Embrapa Caprinos, Ceará. As análises de frequências alélicas foram realizadas utilizando-se os programas SAS (1998) e CERVUS (Marshall et al ., 1998). O teste exato para equilíbrio de Hardy Weinberg, estatística-F e distância genética foram obtidos no programa TFPGA (Miller, 1997). Os loci estudados apresentaram herdabilidade e informatividade de moderada à alta. A heterozigosidade esperada média para todos os loci foi de 0,717. O conteúdo de informação polimórfica (PIC1 e PIC2) e a probabilidade de exclusão combinada (PE1 e PE2) foram de 0,676 e 0,5420; e 0,999591 e 0,988375, respectivamente, quando se conhecia ou não o genótipo materno. Considerando erros de registros aqueles com mais de três incompatibilidades de genótipo, foram encontrados 27 registros errôneos. Pelo teste de inferência estatística, foram solucionados corretamente 210 dos 276 casos de paternidade (76%). Se fosse adotado apenas o método de exclusão, apenas 160 paternidades seriam assinaladas com certeza (sem incompatibilidades pai alegado-progênie). Desta forma, o método de inferência pode ajudar as verificações de paternidade em larga escala, diminuindo o custo para solucionar os erros de laboratório e as perdas parciais de genotipagem. Quando há conhecimento do genótipo materno, a probabilidade de exclusão foi superior e o programa CERVUS resolveu 95% dos casos. No estudo de diversidade, a heterozigosidade (H E ) foi alta nos rebanhos leiteiros, sendo 0,6952 e 0,7043 para a raça Alpina e Saanen, respectivamente. No Moxotó a H E obtida foi moderada de 0,4984, provavelmente em decorrência do pequeno número amostrado. O número de alelos variou de cinco (INRA005) a onze (BM3205), com média de 7,0 alelos/locus nas raças importadas e 3,5 na Moxotó. A média F ST (diferenciação entre populações) foi maior entre rebanhos (F ST s = 0,0768) do que entre raças (F ST p = 0,0263), indicando haver uma similaridade entre raças, dentro do rebanho. Tal similaridade pode ser devido ao fato de haver algum cruzamento entre raças, dentro do rebanho. A distância genética de Nei (D A ) foi maior entre o rebanho Moxotó e os demais (D A > 0,50). Os resultados obtidos estão em coerência com o histórico das raças, demonstrando que este sistema poderá ser adotado em estudos futuros de diversidade em caprinos no Brasil. / The reliable genealogical registration is fundamental to make possible the implantation of a program of genetic evaluation. The microsatellites markers is a tool thoroughly used now for confirmation of paternity. In Brazil, the goats possesses a great potential, mainly in the family agriculture of the semi-arid. The main specialized goat breeds for milk production in Brazil are Alpine and Saanen, both from European origin. In the Northeast area, holder of the largest goat flock of the country, exist naturalized breeds adapted to adverse conditions of the semi-arid, that possess unknown genetic diversity. These breeds have been crossed in an indiscriminate way with several imported animmals, endandering their genetic potential. The objectives of the work were to study the use of a microsatellites system for: 1) verification of paternity being used the exclusion method and the method of statistical inference of the likelihood ratio, in the cases where the mother is genotyped or not; and 2) study of genetic diversity among and inside the studied breeds/flocks. Eleven microsatellites were used in genotyping system semiautomatic (ABI 310, Perkin Elmer), previously described in bovine, ovine or goats. The 292 animals were genotyped. The milk breeds Alpine and Saanen were sampled in two flocks (UFV and prived) and the naturalized breed Moxotó from conservation flock of National Goat Research Center of Embrapa, Ceará. The analyses of allelic frequencies were done in SAS (1998) and CERVUS (Marshall et al., 1998) computational programs. The exact test for Hardy Weinberg equilibrium, statistics-F and genetic distance was accomplished in program TFPGA (Miller, 1997). The studied loci presented heterozigosity and informativity from moderate to high. The overall heterozygosity was of .717. The polimorfic information content (PIC1 and PIC2) and the probability of combined exclusion (PE1 and PE2) were .676 and .5420; and .999591 and .988375, respectively when the maternal genotype is or not known. Considering mistakes of registrations those with more than three genotype incompatibilities, 27 erroneous registrations were found. For the test of statistical inference, 210 of the 276 cases of paternity was solved correctly (76%). If just the exclusion method was adopted, only 160 paternities would be marked for save (without incompatibilities alleged father-progeny). By this way, the inference method can help the verifications of paternity in large scale, decreasing the cost to solve the laboratory mistakes and partial losses of genotype. When there is knowledge of the maternal genotype, the exclusion probability was superior and CERVUS solved 95% of the cases. In the diversity study, expected heterozigosity (H E ) was high in the milk imported flocks, being .6952 and .7043 for the Alpine and Saanen, respectively. Moxotó obtained a moderate H E of .4984, probably due to the small sampled number. The number of alleles ranged of five (INRA005) to eleven (BM3205), with average of 7.0 alleles/locus in the imported breeds and 3.5 in Moxotó. The average F ST (differentiation among populations) was larger among origin flocks (F ST s= .0768) than among breeds (F ST p = .0263), indicating a similarity among breeds, inside the flock. Such similarity can due to the fact being some crossing among breeds, inside of the flock. Nei's genetic distance (D A ) was larger among the flock Moxotó and the others (DA > 0.50). The obtained results are in coherence with the report of the breeds, demonstrating that this system can be adopted in future studies of diversity in goats in Brazil.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-06T11:18:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 909512 bytes, checksum: 95d360795ba1a42ae10b3949c99caca0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T11:18:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 909512 bytes, checksum: 95d360795ba1a42ae10b3949c99caca0 (MD5) Previous issue date: 2005-12-14 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Os ovinos foram introduzidos no Brasil principalmente pelos portugueses e espanhóis durante o processo de colonização. Por motivos sócio-culturais, a criação desses animais foi considerada no Brasil uma atividade de categoria inferior, de modo que foram criados somente para subsistência. Esse descaso fez com que os produtos derivados de ovinos (lã, carne, pele) perdessem competitividade frente aos produtores de outros países. Para que ocorra uma mudança desse cenário, é necessária uma profunda modificação logística de todas as classes envolvidas na produção de ovinos, visto que os ovinos representam, principalmente nas regiões Sul e Nordeste, uma fonte de recursos importante do ponto de vista social, cultural e histórico. O objetivo desse trabalho foi realizar um conjunto de técnicas moleculares que permitam a caracterização genética das principais raças e/ou estoques de ovinos naturalizados do Brasil de modo a.oferecer subsídios para a elaboração de programas estratégicos de conservação e melhoramento desta espécie. Foram utilizadas quatro classes de marcadores moleculares (RAPD, microssatélites, sequenciamento do DNA mitocondrial e do cromossomo Y) em até 11 raças de ovinos naturalizadas e comerciais existentes no Brasil. Os resultados permitiram identificar padrões de estruturação genética existentes nessa espécie no Brasil, bem como demonstraram a viabilidade de aplicação de marcadores moleculares para: 1) monitoramento genético de rebanhos; 2) testes de exclusão de paternidade para controle de pedigrees; 3) origem geográfica de raças ou populações; 4) inferências filogenéticas intra- específicas. / In Brazil, sheep breeds were introduced during the colonization process by Spanish and Portuguese settlers. Social and cultural factors determined that sheep rearing was considered a low-status activity, and therefore, sheep were raised only to meet subsistence goals. The outcome of this is that products derived from sheep such as wool, meat and hides are non competitive in the international market. A change of this scenario requires a profound logistic alteration involving all sheep production-related groups, particularly in the northern and southern regions in the country, where sheep are of high cultural, social and historical relevance. The objective of this work was to characterize the main naturalized Brazilian sheep breeds using molecular markers. Our results will be a baseline for the development of management and conservation programs. Four kinds of molecular markers were used (RAPD, microsatellites, and sequences of mtDNA and Y chromosome) and were applied on 11 breeds of naturalized and commercial breeds. Results identified the genetic structure of the species in the Country and demonstrated the efficiency of molecular markers for 1) herd genetic monitoring, 2) paternity (exclusion) analyses, 3) for determining the geographic origin of breeds and populations, and 4) for investigating within-species phylogenies.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T21:11:57Z No. of bitstreams: 1 Kathleen Ribeiro SouzaAvaliação de parâmetros moleculares para....pdf: 2252523 bytes, checksum: 982a659125f51498b2c5188068c9718f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T21:11:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kathleen Ribeiro SouzaAvaliação de parâmetros moleculares para....pdf: 2252523 bytes, checksum: 982a659125f51498b2c5188068c9718f (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Apesar do combate recorrente ao mosquito vetor da dengue, o Aedes aegypti, mais de 80% dos estratos da cidade de Salvador-BA apresentam condição de alerta ou risco de surto de dengue. Visto que as abordagens tradicionais para controle do mosquito vetor da dengue não têm produzido os efeitos esperados, o presente estudo avaliou parâmetros moleculares para vigilância entomológica do A. aegypti utilizando ferramentas de geotecnologia e de genética de populações como forma de apoiar o trabalho de campo e ações integradas das instâncias responsáveis pelo controle da dengue. O desenho do estudo apresentou um componente transversal, descrevendo dados sobre a genética de população de larvas de A. aegypti coletadas em Salvador e amostras controle coletadas no ano de 2009 em Jacobina e Vitória da Conquista, além da cepa Rockfeller, e um longitudinal, sobre amostras de quatro áreas (Plataforma, Itapagipe, Tancredo Neves e Itapuã) durante quatro ciclos do LIRAa Salvador entre 2007 a 2009. O DNA de cada larva foi isolado pelo método DNAzol® e genotipado por 5 marcadores SSR através da técnica de PCR e eletroforese capilar. A distribuição espacial dos criadouros foi realizada utilizando-se ortofotos pelo programa Arcview v. 9.3. Para a análise da diferenciação populacional e teste de hipótese foram utilizados os programas GenePop, GenAlEx e Spade, e para inferência populacional utilizamos o programa structure. Os marcadores encontraram-se, em geral, em equilíbrio de H-W e comportaram-se como independentes. Quando utilizamos a estatística Φpt e RST foi possível discriminar significantemente (p<0,05) populações geneticamente diferenciadas de A. aegypti a nível de município, áreas do município de Salvador e estratos pertencentes a estas áreas. O programa structure indicou K igual a 2 populações como ideal para representar os dados, considerando a população de Salvador uma miscigenação de populações de A. aegypti de outras regiões do estado. Os resultados do estudo longitudinal mostraram uma diferenciação entre os ciclos de 2008.3 e 2009.4. As medidas de Ne variaram consideravelmente por área e ciclo evidenciando o efeito de gargalo de garrafa em diferentes períodos em cada área, apesar de não haver correlação com o IIP. A partir dos resultados obtidos, concluímos que o controle vetorial produz alterações sobre a estrutura populacional do A. aegypti, mas que não são efetivas. O uso do georreferenciamento e de informações genéticas do vetor poderiam contribuir para a definição das áreas de abrangência das populações do A. aegypti e para a tomada de decisões a respeito do manejo do tratamento. / Despite the recurring attempts to combat the mosquito vector of dengue, Aedes aegypti, more than 80% of the strata of the city of Salvador-BA show alert condition or risk of an outbreak of dengue. Since traditional approaches to control the mosquito vector of dengue have not produced the expected results, this study evaluated molecular parameters for entomological surveillance of A. aegypti using tools of geotechnology and population genetics as a way of supporting the fieldwork and integrating the actions of the authorities responsible for integrated dengue control. The design of the study had a transverse component, describing data on the population genetics of larvae of A. aegypti collected in Salvador and control samples collected in 2009 in Jacobina and Vitoria da Conquista, in addition to the Rockefeller strain, and a longitudinal samples from four areas (Plataforma, Itapagipe, Tancredo Neves and Itapuã) for four cycles LIRAa of Salvador between 2007 to 2009. The DNA of each larva was isolated by the DNAzol ® method and genotyped with five STR (short tandem repeat) markers by PCR and capillary electrophoresis. The spatial distribution of breeding sites was performed using ortophotos by the program ArcView v.9.3. For the analysis of population differentiation and hypothesis testing the programs GenePop, GenAlEx Spade were used, and for population inference the program structure was used. The markers were usually found to be in H-W equilibrium and behaved as independent. When we use the statistics Φpt and RST it was possible to discriminate (p <0.05) genetically differentiated populations of A. aegypti at the municipal level, between areas of Salvador and strata within these areas. The program structure indicated K equal to 2 populations as ideal to represent the data, considering the population of Salvador is a mixture of populations of A. aegypti in other regions of the state. The results of the longitudinal study showed a difference between the cycles of 2008.3 and 2009.4 Ne measures varied considerably by area and cycle showing the effect of bottleneck in different periods in each area, although no correlation with the IIP. Given these results we conclude that the vector control produces changes on the population structure of A. aegypti, but are not effective. Tthe use of georeferencing and vector’s genetic information could help define the catchment areas of populations of A. aegypti and for making decisions about the management of treatment.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-30T18:02:27Z No. of bitstreams: 1 Marcelo Magalhaes Silva Estudo de alterações genéticas....pdf: 2168493 bytes, checksum: 48c50f165408a4314aa5ad8de3c72ca0 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-30T18:02:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcelo Magalhaes Silva Estudo de alterações genéticas....pdf: 2168493 bytes, checksum: 48c50f165408a4314aa5ad8de3c72ca0 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A leucemia/linfoma de células T do adulto (ATL) é uma severa doença linfoproliferativa de células T CD4+ associada ao HTLV-1. Por apresentar diferentes manifestações clínicas, essa neoplasia pode ser classificada em cinco formas: aguda, crônica, smoldering, linfomatosa e tumoral primária de pele. Embora alguns trabalhos venham estudando o processo oncogênico mediado pelo HTLV-1, diversos fatores responsáveis pelo desenvolvimento da ATL ainda permanecem desconhecidos. Este estudo teve como objetivo a investigação de alterações genéticas em células ATL (mutações pontuais em genes supressores de tumor e alterações microssatélites) e sua associação com a evolução clínica da doença e sobrevida dos pacientes. A presença de mutações pontuais nos supressores de tumor TP53, p15INK4B e p16INK4A foram avaliadas em 31 pacientes com diferentes formas da ATL (16 agudos, dez crônicos e cinco smoldering) por análise de seqüenciamento de DNA. Cinco pacientes (16%) apresentaram mutações pontuais no gene TP53, sendo que quatro dentre os mesmos foram classificados com a forma aguda. A presença de mutações nos genes avaliados foi associada com pior prognóstico em pacientes com a forma aguda. Em um dos pacientes incluídos neste trabalho (forma aguda) foi verificada a presença de alteração no éxon 2 do gene p16INK4A. Mutações pontuais não foram detectadas no gene p15INK4B em nenhum dos pacientes incluídos. Os marcadores D10S190, D10S191, D11S1391 e D18S21 foram utilizados para a análise de alterações microssatélites por metodologia semi-automatizada. Dentre os 25 pacientes ATL avaliados (seis agudos, oito crônicos, dez smoldering e um linfomatoso), sete apresentaram alterações microssatélites. Três desses pacientes apresentaram instabilidade (MSI), três pacientes apresentaram perda de heterozigosidade (LOH) e em um paciente foi verificado ambas as alterações. Na Bahia, mutações pontuais em TP53 foram detectadas principalmente na forma aguda da ATL e parece estar associada com pior prognóstico. Além disso, de acordo com nossos conhecimentos, este é o primeiro estudo a descrever tanto MSI com LOH em pacientes portando formas crônica e smoldering da ATL. / Adult T-cell leukemia/lymphoma (ATL) is a severe CD4+ lymphoproliferative disease associated to human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). ATL has different clinical manifestations and is classified in five clinical forms: acute, chronic, smoldering, lymphoma and primary cutaneous tumoral. Although the mechanisms of oncogenesis of the HTLV-1 have been investigated, the factors related to ATL development are still unknown. The goal of this study was to investigate genetic alterations in ATL cells (point mutations in tumor suppressor genes and microsatellite alterations) and their association with the clinical evolution of the disease and survival. The presence of point mutations in TP53, p15INK4B e p16INK4A were evaluated in 31 ATL patients (16 acute, ten chronic and five smoldering) by direct sequencing. Five of them (16%) had TP53 point mutations, four of them with the acute form of ATL. The presence of point mutations in this gene was associated to poor prognosis in acute patients. Only one case (acute form) has an alteration in the exon 2 of the p16INK4A gene. No point mutations of the p15INK4B were found in the patients included. The markers D10S190, D10S191, D11S1391 and D18S21 were considered for the microsatellite analysis using a semiautomated technique. From the twenty-five ATL cases included (six acute, eight chronic, ten smoldering and one lymphoma), seven showed microsatellite alteration. Among them, three patients had microsatellite instability (MSI), three had loss of heterozygosity and one patient presented both alterations. In Bahia, point mutations in TP53 were detected mainly in acute form of ATL and were associated to poor prognosis. The presence of MSI and LOH in the smoldering and chronic forms of ATL were demonstrated for the first time in this study.

Submitted by Naira Barbosa (nairacsb@gmail.com) on 2016-04-06T19:43:23Z No. of bitstreams: 1 Anatomia foliar e diversidade genética (Dissertação) 2016.pdf: 1843568 bytes, checksum: 913521d732501d52121efcc41937185f (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva (sivalda@ufba.br) on 2016-04-06T21:17:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Anatomia foliar e diversidade genética (Dissertação) 2016.pdf: 1843568 bytes, checksum: 913521d732501d52121efcc41937185f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-06T21:17:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anatomia foliar e diversidade genética (Dissertação) 2016.pdf: 1843568 bytes, checksum: 913521d732501d52121efcc41937185f (MD5) / CAPES, Fapesb, Embrapa Mandioca e Fruticultura. / O maracujá, Passiflora sp., possui grande importância econômica no Brasil, sendo o país o principal produtor mundial da fruta e importante centro de diversidade do gênero. As pragas são os principais problemas que afetam a cultura, e dentre estas destaca-se o endurecimento do fruto, causada, principalmente, pelo Cowpea aphid-borne mosaic virus, CABMV. Ainda não se conhece uma medida de controle efetiva para esta doença, de forma que são imprescindíveis técnicas alternativas para seu controle e manejo. Neste contexto, o melhoramento genético do maracujazeiro pode ser realizado a partir de espécies silvestres resistentes a pragas. Este trabalho teve como objetivos: a) avaliar as alterações anatômicas decorrentes da infecção com o CABMV em cinco espécies de Passiflora (P. edulis f. flavicarpa, P cincinnata, P. gibertii, P. maliformis e P. setacea) e b) avaliar a diversidade genética em populações da espécie com menores alterações anatômicas decorrentes da infecção. Para a avaliação anatômica foi estabelecido um ensaio biológico, constituído de seis plantas de cada espécie, das quais a metade foi inoculada mecanicamente com um isolado do CABMV e a outra metade inoculada somente com tampão de inoculação. Após 60 dias da inoculação, foram coletadas, como amostras, a quinta folha, do ápice para a base, de cada planta. As amostras foram fixadas em FAA e posteriormente conservadas em etanol 70%, posteriormente foram realizadas seções paradérmicas e transversais, à mão livre e em micrótomo rotativo. Para cada espécie foram realizadas comparações das plantas infectadas com as sadias através de análises qualitativas e quantitativas. As alterações anatômicas observadas nas plantas infectadas foram a hiperplasia e hipertrofia de células parenquimáticas, depressões no limbo e desorganização do sistema vascular. P. setacea foi a espécie que, quando infectada com o vírus, apresentou menos alterações anatômicas, sendo selecionada para o estudo de diversidade genética. Para tanto, foram coletadas folhas jovens de 18 populações no estado da Bahia, nas regiões do Centro-Sul e Chapada Diamantina, totalizando 147 indivíduos, e testados 55 loci de SSR, dos quais seis foram selecionados para as análises. Os resultados das análises bayesiana de estruturação genética e da análise fenética indicaram a existência de dois grupos genéticos no estado, que não apresentaram correlação significativa com as distâncias geográficas. A AMOVA mostrou grande diversidade interpopulacional (45%), apesar do maior percentual de variação intrapopulacional (55%). Foi encontrado um Gst médio de 0,221 indicando um alto nível de estruturação genética entre as populações. As populações de maior diversidade foram as de Licínio de Almeida e Caetité, com maior percentual de polimorfismo, além de pertencerem a grupos genéticos distintos, sendo, portanto, consideradas as mais promissoras para enriquecimento de bancos de germoplasma de P. setacea e utilização em programas de melhoramento genético do maracujá. / The passion fruit, Passiflora sp., has great economic importance in Brazil, the country the world's leading producer of fruit and important gender diversity center. Pests are the main problems affecting the culture, and among them stands out the passion fruit woodiness disease, caused mainly by the Cowpea aphid-borne mosaic virus, CABMV. An effective control measure for this disease has not yet known, so that they are indispensable alternative techniques for its control and management. In this context, the genetic improvement of passion fruit can be held from wild species that are resistant to diseases and pests. This work aimed: a) to evaluate the anatomical changes resulting from infection with CABMV in five species of Passiflora (P. edulis f. flavicarpa, P cincinnata, P. gibertii, P. maliformis and P. setacea) and b) to evaluate the genetic diversity in populations of species with smaller anatomical changes resulting from infection. For anatomical assessment was established a bioassay, consisting of six plants of each species, of which half were mechanically inoculated with an isolated characterized the CABMV and the other half only inoculated with inoculation buffer. After 60 days of inoculation, they were collected as samples, the fifth leaf from the apex to the base of each plant. Samples were fixed in FAA and later preserved in 70% ethanol, were subsequently held paradermic and cross sections, freehand and rotary microtome. For each species comparisons were made of plants infected with sound through qualitative and quantitative analysis. The anatomical changes observed in infected plants were hyperplasia and hypertrophy of parenchyma cells, depressions in limbo and disorganization of the vascular system. P. setacea was the kind that when infected with the virus, had fewer anatomical changes, being selected for the study of genetic diversity. To this end, young leaves of 18 populations were collected in the state of Bahia, in the regions of South-Central and Chapada Diamantina, totaling 147 individuals, and 55 tested loci SSR, of which six were selected for analysis. The results of bayesian analysis of genetic structure and phenetics analysis indicated the existence of two genetic groups in the state, which showed no significant correlation with the geographical distances. The AMOVA showed great inter-population diversity (45%), despite the higher percentage of intra-population variation (55%). An average Gst was found of 0.221 indicating a high level of genetic structure among populations. The populations of most diversity were Licinio de Almeida and Caetité, with the highest percentage of polymorphism, in addition to belonging to different genetic groups and they are therefore considered the most promising for enrichment of P. setacea genebanks and use in breeding programs of passion fruit.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8342_Dissertação Final José Dias de Souza Neto.pdf: 1396230 bytes, checksum: 701b1997aab5b8ff0ee100b5b072e158 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / A soja é uma das culturas de maior importância mundial devido ao óleo e proteína extraídos de suas sementes. Devido a esta importância, tivemos como objetivo a avaliação de linhagens do programa de Melhoramento Genético da Qualidade da soja na UFV no estado de Minas Gerais, quanto aos caracteres conteúdos de óleo e proteína, assim como para adaptabilidade e estabilidade das linhagens em três ambientes, sendo as últimas avaliadas pelas metodologias de Eberhart e Russell e Centróides. Juntamente a este, também se objetivou selecionar marcadores microssatélites associados à QTLs para conteúdo de óleo e proteína nestas linhagens. Para tal, um total de 56 locus de marcadores SSR, associados a conteúdo de óleo e proteína, foram utilizados. Assim, com relação as análises de adaptabilidade e estabilidade, foram selecionadas as linhagens 13, 18, 90, 148, 152, 172, 204, 206, 174 e 120 , para o caráter conteúdos de óleo, e as linhagens 124, 158 e 143, para proteína. Assim, na análise de agrupamento formou-se 21 grupos das 208 linhagens, com as 92, 184, Msoy 6101 e 192 apresentando maior dissimilaridade genotípica. Já para as análises de associação, não foi verificada associação a 1 e 5% de significância por meio da correção de Bonferroni. Todavia, foram selecionados os alelos 3 do marcador Satt 239 e 1 e 2 do Satt 539, para conteúdo de óleo, enquanto o alelo 1 do Satt 263, e o 3 do Satt 463, para conteúdo de proteína. / Soy is one of the most important crops worldwide due to the oil and extracted protein from its seeds. Due to this importance, our objective was the evaluation of strains of soybean, from Quality Breeding program at UFV in the state of Minas Gerais, from oil and protein content as well as adaptability and stability of the lines in three environments, the latter being evaluated by the methods of Eberhart and Russell and Centróides. Also, we aimed to select SSR markers associated with QTLs for oil content and protein in these strains. A total of 56 locus of SSR markers, were used. Regarding the analysis of adaptability and stability, the strains 13, 18, 90, 148, 152, 172, 204, 206, 174 and 120. We selected for oil content, and the lines 124, 158 and 143, for protein. The grouping analysisformed 21 groups of 208 limhagens, with 92, 184, 6101 and 192 Msoy showing greater dissimilarity genotype. The association analyzes did not reveal any association at 1 and 5% significance level using the Bonferroni correction. However, allele 3 was selected alleles in marker 239, and alleles 1 and 2 at Satt 539, for oil, while allele 1 at Satt 263, and allele 3 at Satt 463 for protein content.

Submitted by MARCELA APARECIDA DE MORAES null (ma_apmoraes@yahoo.com.br) on 2016-03-14T18:12:59Z No. of bitstreams: 1 Tese_MarcelaMoraes_11-03-2016.pdf: 3817894 bytes, checksum: dc95b3a70da2ac90d7bed012881cfc8b (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-15T12:31:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 moraes_ma_dr_ilha.pdf: 3817894 bytes, checksum: dc95b3a70da2ac90d7bed012881cfc8b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-15T12:31:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 moraes_ma_dr_ilha.pdf: 3817894 bytes, checksum: dc95b3a70da2ac90d7bed012881cfc8b (MD5) Previous issue date: 2016-02-05 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os objetivos deste trabalho foram verificar o sistema de reprodução entre e dentro de frutos, a distância e padrões de fluxo de pólen, os níveis de endogamia e diversidade genética, a depressão por endogamia e a distribuição espacial de genótipos em duas populações de Hymenaea stigonocarpa: a primeira está presente em um fragmento e a segunda em árvores isoladas na pastagem. Para tanto, foram mapeadas e medidas todas as árvores adultas reprodutivas existentes nos dois locais. Foram coletadas sementes de 15 árvores matrizes no fragmento florestal e em 20 árvores matrizes isoladas na pastagem, sendo 30 sementes por árvore. Esta coleta propiciou a instalação de um teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da FEIS/UNESP. Foram feitas a genotipagem de todas as árvores adultas de ambas as populações e de todas as progênies. Adicionalmente, dentro do fragmento foram também amostrados, mapeados e medida a altura de juvenis. As análises genéticas permitiram avaliar os efeitos da depressão por endogamia para altura e sobrevivência, e as análises dos genótipos foram feitas para seis locos microssatélites, já transferidos para a espécie. O estudo do sistema de reprodução foi baseado no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. A análise de paternidade das sementes permitiu determinar a distância e o padrão de fluxo efetivo de pólen dentro das populações, bem como o fluxo gênico externo das áreas amostradas. A análise da distribuição espacial dos genótipos foi realizada para árvores adultas localizadas dentro dos fragmentos, utilizando-se estimativas do coeficiente de coancestria entre pares de indivíduos dentro de diferentes classes de distância, tornando-se possível estimar o tamanho efetivo de variância e, assim, estabelecer estratégias para a coleta de sementes. Os resultados permitiram entender o processo de reprodução que indica a presença marcante de progênies de irmãos-completos, formação da estrutura genética espacial, vizinhança genética reprodutiva e depressão por endogamia na geração descendente proveniente de ambas as populações de H. stigonocarpa. A coleta de sementes deve ser feita em árvores espaçadas de pelo menos 350 m de distância em 78 árvores com 30 sementes cada árvore para reter o tamanho efetivo de referência de 150 nas amostras para garantir o estabelecimento destas gerações futuras em longo prazo na conservação “ex situ” e/ou reflorestamento em áreas degradadas. / The aim of this work were to study the mating system within and among fruits, distance and pollen flow patterns, inbreeding levels and genetic diversity, inbreeding depression and the spatial distribution of genotypes in two populations of Hymenaea stigonocarpa: first is present in a fragment and the second in isolated trees in the pasture. Therefore, were mapped and measures all existing reproductive adult trees in both sites. It was collected seed of 15 seed trees in the forest fragment and in 20 isolated trees in the pasture, with 30 seeds per tree. This collection allowed the installation of a progeny test in Farm of Teaching, Research and Extension from FEIS/UNESP. It was made genotyping of all adult trees of both populations and all progenies. Additionally, within the fragment were also sampled, mapped and measured the height of juveniles. Genetic analysis allowed to evaluate the effects of inbreeding depression for height and survival, and analysis of genotypes were made for six microsatellite loci, already transferred for the species. The mating system study was based on the mixed mating model and correlated mating model. The paternity analysis of the seeds allowed to determine the distance and the pattern of effective flow of pollen within the fragments, as well as the outside gene flow of the sampled areas. The spatial distribution analysis of genotypes was done for adult trees located within of the fragments, using estimates coancestry coefficient between pairs of individuals within different distances classes, making it possible to estimate the variance effective size and thereby establish strategies for seed collection. The results allowed understanding the process of mating that indicates the strong presence of progeny full-sibs, formation of spatial genetic structure, reproductive genetic neighborhood and inbreeding depression in the descending generation from both populations of H. stigonocarpa. Seed collection should be done in trees spaced of at least 350 m away in 78 trees with 30 seeds each tree to retain the effective size of the reference 150 in the samples to ensure the establishment of these future generations in the long-term conservation "ex situ "and / or reforestation in degraded areas. / CNPq: 141028/2012-2