Made available in DSpace on 2015-03-26T13:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 632168 bytes, checksum: 79a989552558520ee54824bc025744a4 (MD5) Previous issue date: 2010-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The peach tree, a predominantly autogamous plant with an outcrossing rate of less than 5%, is one of the most researched fruit species worldwide. The presence of genetic variability is crucial for progress in plant breeding. Molecular markers are useful for detecting variations in the genome, and microsatellite markers have been shown to be highly efficient in genetic analysis of species such as the peach, which has low genetic diversity. This study aimed to evaluate the informativeness of 22 Simple Sequence Repeats (SSR) loci and assess the genetic similarity between peach cultivars. The study was conducted at the Laboratório de Biotecnologia e Melhoramento Vegetal of the Departamento de Fitotecnia, Universidade Federal de Viçosa, in Viçosa, MG. We calculated the allele frequency, the expected and observed heterozygosities and the average polymorphic information content (PIC). The genetic similarity between two cultivars was calculated by the weighted index, based on the number of common alleles that they share. With these data, a dissimilarity matrix was generated that was used to perform a cluster analysis using the UPGMA hierarchical clustering method. All statistical analyses were performed using the GENES program. Of the 22 SSR primers, eight were polymorphic, and the others were not amplified. A total of 53 alleles were amplified, and the mean number of alleles per locus was 6.625, which ranged between 4 and 9. The allele frequency ranged from 0.0072 to 0.4928 when we used primers UDP98 411 and UDP98 022. The expected heterozygosity ranged from 0.5143 to 0.8579, averaging 0.7105, with the observation at 1.0. The most informative loci were UDP96 005, UDP98 021 and UDP98 407, with PIC of 0.8142, and 0.8258 0.8416, while the least informative were UDP98 022 and UDP98 411 with PIC 0.3963. The average of this parameter for all loci was 0.6553. Data analysis of 53 alleles resulting from the amplification of eight SSR primers did not distinguish all analyzed cultivars. The greatest dissimilarity found was 87.74%. The average dissimilarity was 49.97%, with those between half-siblings at 44.87% and between siblings, 11.85%. There were no differences in the Joia 3 of Joia 4 and Aldrigui of Gaúcho cultivars or of Campinas 1 of Olympia. Peach varieties that had different phenotypic characteristics could not be separated based on information from the primers. / O pessegueiro, planta predominantemente autógama e com taxa de cruzamento inferior a 5%, é uma das espécies frutíferas mais pesquisadas em todo o mundo. A presença de variabilidade genética é fundamental para progressos no melhoramento de plantas. Os marcadores moleculares são ferramentas úteis para detectar variações no genoma, e marcadores microssatélites têm demonstrado ser altamente eficientes na análise genética de espécies como o pessegueiro, que tem baixa diversidade genética. Este estudo objetivou avaliar a informatividade de 22 locos Simple Sequence Repeats (SSR) e avaliar a similaridade genética entre cultivares de pessegueiro. O trabalho foi desenvolvido no Laboratório de Biotecnologia e Melhoramento Vegetal do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Viçosa, em Viçosa, MG. Foram calculadas a frequência alélica, a heterozigosidade esperada e observada e o conteúdo médio de informação polimórfica (PIC). A similaridade genética entre dois cultivares foi calculada pelo índice ponderado, a partir do número de alelos comuns que eles compartilham. Com esses dados, gerou uma matriz de dissimilaridade, que foi utilizada para realizar a análise de agrupamento utilizando o método hierárquico aglomerativo UPGMA. Todas as análises estatísticas foram feitas utilizando-se o programa GENES. Dos 22 primers SSR, oito foram polimórficos, e os demais não amplificaram. Um total de 53 alelos foram amplificados, sendo o número médio de alelos por loco 6,625, que oscilou entre 4 e 9. A frequência alélica variou de 0,0072 a 0,4928 quando foram utilizados os primers UDP98 411 e UDP98 022. A heterozigosidade esperada variou de 0,5143 a 0,8579, com média de 0,7105, sendo a observada de 1,0. Os locos mais informativos foram UDP96 005, UDP98 021 e UDP98 407, com PIC de 0,8142, 0,8258 e 0,8416, enquanto os menos informativos foram UDP98 022 e UDP98 411, com PIC 0,3963. A média desse parâmetro em todos os locos foi 0,6553. A análise dos dados dos 53 alelos resultantes da amplificação de oito primers SSR não distinguiu todos os cultivares analisados. A maior dissimilaridade encontrada foi de 87,74%. A dissimilaridade média foi de 49,97%, entre meios-irmãos foi de 44,87% e entre irmãos completos, 11,85%. Não foram diferenciados os cultivares Joia 3 de Joia 4 e Aldrigui de Gaúcho nem Campinas 1 de Olímpia. Cultivares de pessegueiro que apresentavam características fenotípicas diferentes não puderam ser separados com base nas informações dos primers.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 409832 bytes, checksum: ad0a607cdb6347db88136cb73c5389f8 (MD5) Previous issue date: 2011-02-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This is the first genetic study on Atta robusta to investigate the genetic variability and structure in populations from Espírito Santo and Rio de Janeiro in which microsatellites specific primers were used. Twenty microsatellite primers for A. robusta were designed and eleven (55%) were polymorphic. When analyzing 80 colonies of A. robusta, the number of alleles/locus ranged from 7 to 24. The observed heterozigosity ranged from 0,27 a 0,80 in the loci analyzed, meanwhile the expected heterozigosity ranged from 0,30 to 0,83. When grouping the colonies within the two targeted populations (Espírito Santo and Rio de Janeiro), it was confirmed that they are genetically similar. In the population from Espírito Santo, the number of alleles/locus ranged from 6 to 22. The observed heterozigosity ranged from 0,22 to 0,70, while the expected heterozygosity ranged from 0,30 to 0,85. In the population from Rio de Janeiro, the number of alleles/locus ranged from 4 to 17. The observed heterozigosity ranged from 0,32 to 0,97, while the expected ranged from 0,29 to 0,81. However, when considering the colonies sampled in each of the 16 localities as a subpopulation, it was confirmed that they are highly structured. However, the UPGMA analysis did not provide accurate evidence that the formation of clades containing only colonies are geographically nearby. When considering the 80 colonies sampled, they weren’t structured and did not group colonies geographically adjacent. These results indicate that the colonies of A. robusta sampled either in Rio de Janeiro or Espírito Santo have high genetic variability and that they aren’t structured. Although, considering the endemism and the threaten to extinction of A. robusta, in order to conserve this species will be necessary the maintenance of all possible colonies in the Restinga’s region. / Este é o primeiro estudo genético realizado com Atta robusta e investigou a variabilidade genética e o nível de estruturação nas populações do Espírito Santo e Rio de Janeiro com o uso de primers microssatélites espécie-específicos. Assim, vinte primers microssatélites específicos para A. robusta foram desenhados, sendo que onze (55%) foram polimórficos. Ao se analisar 80 colônias de A. robusta, o número de alelos/loco variou de 7 a 24. A heterozigosidade observada variou de 0,27 a 0,80 nos locos analisados, enquanto a esperada variou de 0,30 a 0,83. Agrupando-se as colônias em duas populações (Espírito Santo e Rio de Janeiro), verificou-se que elas são geneticamente similares. Na população do Espírito Santo, o número de alelos/loco variou de 6 a 22. A heterozigosidade observada variou de 0,22 a 0,70 nos locos analisados, enquanto a esperada variou de 0,30 a 0,85. Na população do Rio de Janeiro, o número de alelos/loco variou de 4 a 17. A heterozigosidade observada variou de 0,32 a 0,97 nos locos analisados, enquanto a esperada variou de 0,29 a 0,81. Por outro lado, considerando-se as colônias amostradas em cada uma das 16 localidades amostradas, como uma subpopulação, verificou-se que elas estão altamente estruturadas. Apesar disto, a análise de agrupamento não evidenciou a formação de clados contendo apenas colônias de localidades geograficamente próximas. Por outro lado, quando se considerou as 80 colônias amostradas, não se verificou estruturação e nem agrupamento de colônias de acordo com a localidade de origem das mesmas. Em conclusão, os resultados obtidos indicam que as colônias amostradas, tanto no Rio de Janeiro como no Espírito Santo, apresentam alta variabilidade genética e que as mesmas não estão estruturadas. Entretanto, considerando-se o endemismo e a ameaça à extinção de A. robusta, para conservá-la será necessário a manutenção do maior número possível de colônias nas regiões de restinga destes dois Estados.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 640697 bytes, checksum: d31b0368a1a2b34e484521158593590b (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The growing worldwide search for renewable energy sources has directed several studies with oleaginous species, aiming biodiesel production. Among the many native species with potential for oil production, the macaw palm (Areceaceae: Acrocomia aculeate (Jacq.) Lood. Ex Mart.)) stands out for its great yield potential and lower demand for water, and the perspective for generating for employment and income. This study aimed to investigate the genetic structure and the phylogeography patterns of Acrocomia aculeata populations on Minas Gerais and São Paulo states. The studies were performed from 64 palm trees sampling distributed in natural occurrence sites of the species, and eight individuals of a Active Germplasm Bank from palm trees sampled in different states. The 64 palm trees were genotyped through five microsatellites markers (SSR) and 11 ISSR markers, and we performed the sequencing of the ITS region of the RNA ribossomal nuclear genes, and the trnT-trnL cpDNA spacer of all individuals. The high value of fixation index found indicate that species has a mixed mating system. Cluster analyses and AMOVA revealed that there is a degree of genetic structure, in relation of the collection points, but the most of genetic variability is inside the groups formed a priori. Despite appearing to harbor polymorphic sites, was not possible to perform the full alignment of the trnT-trnL spacer sequences. The sequencing of the ITS region generated a 667 bp fragment, harboring 4 polymorphic sites that differed 4 haplotypes. The low level of polymorphism found suggests that occupation of the area by A. aculeata were recent. Two individuals located on Northeast region and two individuals located on southwestern of the Mato Grosso do Sul state harboring half of the haplotypic variability found. Although AMOVA to indicate that sampling within groups is more appropriated for the sampled area, the generated data by ITS sequences indicate the sampling in other regions, such as Mato Grosso do Sul state and Northeast region, may reveal significant levels of genetic variability. / A crescente procura mundial por fontes de energia renovável têm direcionado vários estudos com espécies oleaginosas, visando à produção de biodiesel. Dentre as várias espécies nativas com potencial para a produção de óleo, a macaúba (Arecaceae: Acrocomia aculeata (Jacq.) Lood. ex Mart.)) se destaca por seu grande potencial produtivo e menor demanda por água, além da perspectiva por geração de emprego e renda. Este trabalho teve por objetivo investigar a estrutura genética e os padrões filogeográficos de populações de Acrocomia aculeata, distribuídas nos Estados de Minas Gerais e São Paulo. Os estudos foram realizados a partir da amostragem de 64 palmeiras distribuídas em sítios naturais de ocorrência da espécie, e por oito indivíduos de um Banco Ativo de Germoplasma, provenientes de palmeiras amostradas em diferentes estados. As 64 palmeiras foram genotipadas através de cinco marcas microssatélites (SSR) e 11 marcas ISSR, e foi realizado o sequenciamento da região ITS dos genes nucleares de RNA ribossomal, e do espaçador trnT-trnL de cpDNA de todos indivíduos. Os altos valores de índice de fixação encontrados indicam que a espécie possui sistema reprodutivo misto. Análises de agrupamento e AMOVA revelaram que existe um certo nível de estruturação genética, com relação aos locais de coleta, mas que a maior parte da variabilidade genética está dentro de grupos formados a priori. Apesar de aparentar abrigar sítios polimórficos, não foi possível realizar o completo alinhamento das sequências do espaçador trnT-trnL. O sequenciamento da região ITS gerou um fragmento de 667 bp, abrigando 4 sítios polimórficos, que diferenciaram 4 haplótipos. O baixo nível de polimorfismo encontrado sugere que a ocupação da área por A. aculeata foi recente. Dois indivíduos localizados na região Nordeste e dois indivíduos localizados no sudoeste do Mato Grosso do Sul abrigaram metade da variabilidade haplotípica encontrada. Apesar de AMOVA indicar que a amostragem dentro de grupos é a mais indicada para a região amostrada, os dados gerados pelas sequencias ITS indicam que a amostragem em outras regiões, como Mato Grosso do Sul e região Nordeste, podem revelar níveis significativos de variabilidade genética.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 556442 bytes, checksum: 83f1236169675934d178ce9bc6f855fb (MD5) Previous issue date: 2007-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genetic variability of 66 colonies of Partamona helleri collected in five locations of Minas Gerais state was estimated using ten microsatellites loci. Low levels of polymorphism were detected, getting 40% of polymorphic loci and 1,5 alleles/Iocus. The expected average heterozygosity for all the analyzed colonies was 0.180 and the observed average heterozygosity was 0.107. The analyzed subpopulations were well structured, with significant genetic variation (FST = 0.552). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 81.23% of the total genetic variability is explained by variation among populations, what confirms the structure observed. The grouping analysis of the colonies, did not reveal the formation of groups corresponding to their geographic origin. However, when grouping colonies according to localities, it was verified that the population of Viçosa was more genetically different from the others, and that populations of São Miguel do Anta, Teixeiras and Porto Firme were closer to that collected in Rio Vermelho, than to population of Viçosa, although Rio Vermelho was geographically more distant. More detailed studies, analyzing a larger number of colonies and using microsatellites primers specific for P. helleri, must be carried out in order to supply more conclusive information about the genetic variability of these bees. / A variabilidade genética de 66 colônias de Partamona helleri coletadas em cinco localidades do Estado de Minas Gerais foi estimada utilizando dez locos microssatélites. Baixos níveis de polimorfismos foram detectados, obtendo-se 40% de locos polimórficos e 1,5 alelos/loco. A heterozigosidade média esperada para todas as colônias analisadas foi 0,180 e a heterozigosidade média observada foi de 0,107. As subpopulações analisadas apresentaram forte estruturação, com significativa diferenciação genética (FST = 0,552). A análise de variância molecular (AMOVA) revelou que 81,23% da variabilidade genética total é explicada pela variação existente entre as populações, o que confirma a forte estruturação detectada. A análise de agrupamento de todas as colônias em conjunto, não revelou a formação de grupos correspondentes à origem geográfica das mesmas. Porém, ao agrupar as colônias por localidade, verificou-se que a população de Viçosa mostrou-se mais geneticamente diferente das demais, e que as populações de São Miguel do Anta, Teixeiras e Porto Firme mostraram-se geneticamente mais próximas daquela coletada em Rio Vermelho, do que da população de Viçosa, apesar de ser geograficamente mais distante. Estudos mais detalhados, analisando um maior número de colônias e utilizando primers microssatélites específicos para P. helleri, devem ser realizados a fim de fornecerem dados mais conclusivos sobre a variabilidade genética destas abelhas.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_angela_rohr.pdf: 1097467 bytes, checksum: 6a58273c690b74d83e088521e72f61ff (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / The potato is the third major food crop in the world and is one of the most sensitive species to water deficit. Given the climate change scenario, the cultivation of potatoe is highly threatened, and it is urgent the need to develop varieties adapted to this demand. This work was developed aiming to characterize the genetic structure of the potato germplasm from Embrapa breeding program and to evaluate the response of potato genotypes to water deficit in two growing seasons. To evaluate the genetic structure from potato germplasm, 131 genotypes were characterized with seven SSR loci. The results showed that although the evaluated germplasm has shown a wide and unstructured genetic variability, there is a trend of narrowing the genetic base that is actually being used by the breeding program. To evaluate the response of potato genotypes to drought stress, 12 genotypes were evaluated in two seasons, spring and fall, in hydroponic culture using polyethyleneglycol to simulate a water deficit of -0.129 MPa. The genotypes were evaluated with respect to various morphological and agronomic characters, such as root and shoot dry weight as well as number of tubers produced per plant. Based on the results of this work can be seen that the potato genotypes respond differently to drought stress depending on the growing season that it is cultivated, if spring or fall. It was also found that the negative effect of drought stress in tuber development and yield is more pronounced in spring season than in autumn. / A batata é o terceiro principal alimento no mundo e é um dos cultivos mais sensíveis ao déficit hídrico. Diante do cenário de mudanças climáticas o cultivo de batata está fortemente ameaçado, sendo urgente a necessidade de desenvolver variedades adaptadas a essa demanda. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de caracterizar a estrutura genética do germoplasma usado pelo programa de melhoramento da Embrapa e avaliar a resposta de genótipos de batata submetidos ao déficit hídrico em duas épocas de cultivo. O primeiro trabalho, para caracterizar a estrutura genética do germoplasma do programa de melhoramento de batata da Embrapa foi caracterizado 131 genótipos com sete loci SSR. Como resultado, embora o germoplasma avaliado tenha mostrado uma ampla variabilidade genética e não estruturada, há uma tendência de estreitamento da base genética que está efetivamente sendo utilizada pelo programa. No segundo trabalho, com o objetivo de verificar a resposta de genótipos de batata ao estresse hídrico foram avaliados doze genótipos, em duas épocas, primavera e outono, em cultivo hidropônico com o uso de polietilenoglicol simulando um déficit hídrico -0,129 Megapascal (MPa). Durante o experimento foram mensurados vários caracteres morfo-agronômicos, como a massa seca de raiz e de parte aérea e o número e massa seca de tubérculos produzidos por planta. Com base nos resultados obtidos foi constatado que os genótipos de batata respondem diferencialmente ao estresse hídrico dependendo da época de cultivo, se primavera ou outono. Também foi observado que o estresse hídrico provoca um efeito negativo no desenvolvimento e produção de tubérculos sendo que esse efeito é mais pronunciado no cultivo de primavera do que no outono.

Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-09T20:11:53Z No. of bitstreams: 1 Tese_Rauvolfia_fevereiro.docx: 18767443 bytes, checksum: fc0f2b02da8b3988cbb195215ad93e3c (MD5) / Rejected by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Problema 1: Seu arquivo está em Word. O arquivo deve estar obrigatoriamente em formato PDF para submissão no Repositório. Assim que efetuar essa correção, submeta o arquivo em PDF novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-05-11T17:00:35Z (GMT) / Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-11T18:26:13Z No. of bitstreams: 1 Tese_JVidal.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) / Approved for entry into archive by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br) on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Neste estudo, nós desenvolvemos marcadores moleculares e aplicamos abordagens integrativas em filogeografia e ecologia para investigar e descrever a história biogeográfica das chapadas da região oeste do Cerrado brasileiro. Utilizando como modelo duas espécies do gênero Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. e Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., típicas destes ambientes, nós desenvolvemos um conjunto de marcadores nucleares microssatélites e sequenciamos espaçadores de cloroplasto, com os quais estimamos métricas de diversidade genética e estruturação populacional. A partir destes dados, nós reconstruímos relações filogenéticas entre as linhagens, estimamos tempos de divergência e realizamos simulações demográficas e modelos de distribuição, com o intuito de testar possíveis cenários biogeográficos. Em sequência, nós desenvolvemos modelos de distribuição potencial em escala de comunidade e análises espaciais, para estimar o impacto relativo das flutuações climáticas do Pleistoceno sobre o endemismo no Cerrado, quando comparadas a outros processos. Os resultados estão apresentados em três capítulos. No primeiro, intitulado “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, nós descrevemos o desenvolvimento de uma biblioteca de microssatélites específica para R. weddelliana e testamos sua transferabilidade para a espécie R. gracilis. Nós isolamos dez marcadores transferíveis, com alto conteúdo de polimorfismos que podem agora ser aplicados em estudos genéticos para o grupo, e também demonstramos a diploidia das espécies através do padrão de bandas de cada lócus. No segundo capítulo, intitulado “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, nós aplicamos estes marcadores em conjunto com espaçadores de cloroplasto para testar, através de análises demográficas e modelos de nicho, os impactos das flutuações climáticas nas populações de R. weddelliana e R. gracilis. Nossas análises recuperaram duas linhagens com origem anterior ao Pleistoceno, coincidindo com o soerguimento do Planalto Central Brasileiro, que sofreram retração interglacial durante o Pleistoceno. Apesar de nossos modelos de distribuição terem apresentado resultado contrário a retração interglacial, eles recuperaram a mesma divergência norte-sul, também anterior ao último eventos de glaciação. Estes resultados sugerem que as savanas dos planaltos do oeste do Cerrado provavelmente configuram refúgios interglaciais. No terceiro capítulo, nós testamos este padrão, descrevendo a estabilidade relativa de chapadas e vales e modelando as distribuições potenciais de espécies típicas destes ambientes. Este trabalho contribui para a discussão sobre os impactos do clima do Pleistoceno e dos processos geológicos do Mioceno na diversificação do complexo domínio dos Cerrados. / In this study, we developed molecular markers and applied integrative approaches in phylogeography and ecology to investigate and describe the biogeographic history of the plateaus of the west region of the Cerrado in Brazil. Using as models two species of the genus Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., typical from these habits, we developed a set of nuclear microsatellite markers and sequenced chloroplast spacers, which we used to estimate metrics of genetic diversity and population structure. From this data, we reconstructed phylogenetic relationships between lineages, estimated divergence times and conducted demographic simulations and distribution models, intending to test possible biogeographic scenarios. In sequence, we also developed community wise models of potential distribution and conducted spatial analysis to estimate the relative impact of climatic shifts of the Pleistocene on the endemism of the Cerrado, when compared to other processes. Our results are presented in three chapters. In the first, entitled “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, we describe the development of a specific microsatellite library to R. weddelliana and tested its transferability to the species R. gracilis . We isolated ten transferable markers with high polymorphism content that may now be applied to genetics studies on the group, and also demonstrated the diploidy for these species though the patterns of bands for each locus. In the second chapter, entitled “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, we applied these markers, along with sequences of chloroplast spacers to test, with demographic analysis and niche models, the impacts of the climatic fluctuations on the populations of R. weddelliana and R. gracilis . Our analysis recovered two lineages with origin prior to Pleistocene, coinciding with the Brazilian Central Plateau uplift. These lineages underwent interglacial retractions along the Pleistocene. Despite distribution models presented results that are contrary to the interglacial retraction, they recovered the same north-south divergence, also predating the Last Glacial Maximum. These results suggest that the savannas in the plateaus of the western Cerrado are potentially configuring interglacial refugia. In the third chapter, we tested this pattern, by describing the relative stability of plateaus and valleys and modelling the potential distributions of species typical from these environments. This study contributes to the discussions about the impacts of the Pleistocene climate and the geological processes of the Miocene on the diversification the complex Cerrado domain.

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram verificar o sistema de reprodução entre e dentro de frutos, a distância e padrões de fluxo de pólen, os níveis de endogamia e diversidade genética, a depressão por endogamia e a distribuição espacial de genótipos em duas populações de Hymenaea stigonocarpa: a primeira está presente em um fragmento e a segunda em árvores isoladas na pastagem. Para tanto, foram mapeadas e medidas todas as árvores adultas reprodutivas existentes nos dois locais. Foram coletadas sementes de 15 árvores matrizes no fragmento florestal e em 20 árvores matrizes isoladas na pastagem, sendo 30 sementes por árvore. Esta coleta propiciou a instalação de um teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da FEIS/UNESP. Foram feitas a genotipagem de todas as árvores adultas de ambas as populações e de todas as progênies. Adicionalmente, dentro do fragmento foram também amostrados, mapeados e medida a altura de juvenis. As análises genéticas permitiram avaliar os efeitos da depressão por endogamia para altura e sobrevivência, e as análises dos genótipos foram feitas para seis locos microssatélites, já transferidos para a espécie. O estudo do sistema de reprodução foi baseado no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. A análise de paternidade das sementes permitiu determinar a distância e o padrão de fluxo efetivo de pólen dentro das populações, bem como o fluxo gênico externo das áreas amostradas. A análise da distribuição espacial d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this work were to study the mating system within and among fruits, distance and pollen flow patterns, inbreeding levels and genetic diversity, inbreeding depression and the spatial distribution of genotypes in two populations of Hymenaea stigonocarpa: first is present in a fragment and the second in isolated trees in the pasture. Therefore, were mapped and measures all existing reproductive adult trees in both sites. It was collected seed of 15 seed trees in the forest fragment and in 20 isolated trees in the pasture, with 30 seeds per tree. This collection allowed the installation of a progeny test in Farm of Teaching, Research and Extension from FEIS/UNESP. It was made genotyping of all adult trees of both populations and all progenies. Additionally, within the fragment were also sampled, mapped and measured the height of juveniles. Genetic analysis allowed to evaluate the effects of inbreeding depression for height and survival, and analysis of genotypes were made for six microsatellite loci, already transferred for the species. The mating system study was based on the mixed mating model and correlated mating model. The paternity analysis of the seeds allowed to determine the distance and the pattern of effective flow of pollen within the fragments, as well as the outside gene flow of the sampled areas. The spatial distribution analysis of genotypes was done for adult trees located within of the fragments, using estimates coancestry coefficient between pairs of ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Luciana Rossini Pinto / Coorientador: Renato Vicentini dos Santos / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Gustavo Vitti Môro / Banca: Fernanda Raquel Camilo dos Santos / Banca: Michael dos Santos Brito / Resumo: O genoma do sorgo tem sido utilizado como referência em estudos de genômica funcional e comparativa em cana-de-açúcar. A utilização do genoma do sorgo, em estudos de mapeamento comparativo, tem contribuído para auxiliar a detecção de QTL (locus de caracteres quantitativos) em cana-de-açúcar. Marcadores microssatélites de sorgo podem ser empregados no mapeamento comparativo com a cana-de-açúcar, assim como, o desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir de sequências ortólogas conservadas (COS - Conserved Orthologous Sequences) podem servir de "marcadores âncoras" entre estas duas espécies. No presente trabalho, marcadores microssatélites de sorgo foram incorporados em um mapa prévio de ligação derivado do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046, ambos do Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico de Campinas (IAC). Paralelamente, um conjunto de marcadores microssatélites obtidos a partir da identificação de sequências expressas ortólogas conservadas (COS) entre cana-de-açúcar e sorgo foram desenvolvidos e avaliados quanto ao seu potencial de polimorfismo e mapeamento em cana-de-açúcar. Os marcadores obtidos também foram utilizados para identificar associações putativas aos parâmetros de qualidade (Fibra% e Pol%Cana). Um total de 41 pares de microssatélites COS-EST-SSRs foi desenhado, dos quais 34 produziram amplicons em um grupo de 24 genótipos de Saccharum e Sorghum. O número de alelos variou de 2 a 15 com va... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sorghum genome has been used as a reference in functional and comparative genomics studies of sugarcane. The sorghum genome has aided to colocalize QTL (quantitative trait locus) in sugarcane through comparative mapping approach. Sorghum microsatellite markers, as well as, the development of microsatellite markers derived from orthologous conserved sequences (COS) can serve as "anchors markers" in comparative mapping between these two species. In the present study, sorghum microsatellite markers were included in a previous map derived from a bi-parental cross between a clone (IACSP95-3018) and a sugarcane cultivar (IACSP93-3046) from the Instituto Agronômico de Campinas (IAC) sugarcane breeding program. A set of microsatellite markers derived from conserved orthologous (COS-EST-SSRs) sequences between sugarcane and sorghum was developed and evaluated for their polymorphism and mapping potential in sugarcane. These markers were also used to identify putative associations for sugarcane quality parameters (fiber% and Pol% Cane). A total of 41 COS-EST-SSRs primer pairs was designed, of which 34 produced amplicons in a group of 24 genotypes of Saccharum and Sorghum. The number of alleles ranged from 2 to 15 with an PIC (polymorphism information content) average value of 0.71. The 29 sorghum SSR primer pairs along with the 41 COS-EST-SSR primer pairs was genotyped in the mapping population and produced a total of 120 polymorphic markers, of which 92 were single dose markers. Of the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Resumo: O gênero Genlisea forma parte da maior família de plantas carnívoras, as Lentibulariaceae. Das aproximadamente 30 espécies conhecidas do gênero, 17 encontram-se no Brasil e delas 10 são endêmicas. O gênero tem sido pouco estudado, sendo ainda escassos os estudos sobre aspectos genéticos e praticamente se desconhecem seu estado de conservação ou a fragilidade das populações naturais. Genlisea violacea A.St.-Hil. e G. aurea A.St.-Hil. são endêmicas e estão distribuídas nas formações de Cerrado e de Mata Atlântica, que são biomas muito frágeis. Neste trabalho foram estudadas a biologia reprodutiva e a polinização de G. violacea em duas populações naturais. Além disso, foram analisadas a estrutura genética e a dinâmica de populações de G. violacea e G. aurea. Para isso se desenvolveram microssatélites a partir de dados genômicos de G. aurea, transferíveis nas espécies congenéricas, incluindo G. violacea. Adicionalmente foi estudada a estrutura genética de algumas populações de G. violacea e G. aurea. Segundo as observações e análises realizadas, G. violacea é espécie alógama e autocompatível que oferece néctar aos visitantes, facilitando a autopolinização durante a antese e polinização cruzada durante todo o tempo de vida da flor, por meio de pelo menos duas espécies de abelhas. Mesmo assim, existem diferencias fenotípicas entre populações e incluso apresenta vario morfotipos dentro da mesma população. Ademais, foram desenvolvidos 12 marcadores microssatélites em G. aurea, que sã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Genlisea genus is part of the larger family of carnivorous plants, Lentibulariaceae. They are approximately 30 known species of the genus, 17 in Brazil and 10 of them are endemic. The genus has been understudied, yet there are few studies on genetic aspects and practically its conservation status and the fragility of the natural populations are unknown. Genlisea violacea A.St.Hil. and G. aurea A.St.Hil. are endemic and are distributed in the formations of the Cerrado and Atlantic Forest, which are very fragile biomes. In this study we analyzed the reproductive biology and pollination of G. violacea in two natural populations. In addition, we also analyzed the genetic structure and dynamics of G. violacea and G. aurea populations. For this we developed microsatellite from genomic data of G. aurea, and did cross-amplification in congeneric species including G. violacea. According to the observations and analyses, G. violacea is self-compatible and allogamous that offers nectar to visitors, facilitating self-pollination during anthesis and cross-pollination throughout the flower lifetime through at least two species of bees. Also, there are differences between populations and phenotypic features included morphotypes within the same population. In addition, 12 microsatellite markers were developed in G. aurea, which are transferable to congeneric species. The populations of both species have low variability and average, respectively for G. violacea and G. aurea, with high var... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Crassostrea (Sacco, 1897) é o gênero mais importante do mundo de ostras de cultivo e consiste de 34 espécies distribuídas pelas regiões tropicais e temperadas do globo. C. gasar e C. rhizophorae são as duas espécies nativas que estão distribuídas ao longo de toda a costa do Brasil até o Caribe. C. gasar também ocorre na costa da Africa. Ainda que sua distribuição seja extensa e com disponibilidade abundante, o cultivo de ostras nativas no Brasil ainda é incipiente e a delimitação correta dos estoques mantém-se incerta. O sucesso do desenvolvimento da malacocultura, que é recomendada internacionalmente como forma sustentável de aquicultura, depende da resolução desses problemas. Assim, com o objetivo de determinar geneticamente seus estoques no Atlântico como também estimar sua história demográfica, dois diferentes marcadores moleculares foram empregados: sequências de DNA da região controle mitocondrial e loci de microssatélites espécie-especifícos, desenvolvidos no presente estudo. Foram sequenciados fragmentos da região controle de um total de 930 indivíduos de C. gasar e C. rhizophorae coletados em 32 localidades que incluíram o Caribe, a Guiana Francesa, a costa brasileira e a África. Também foram realizadas genotipagens de 1178 indivíduos, e ambas as espécies, com 9 e 11 loci de microssatélites para C. gasar e C. rhizophorae, respectivamente. Os dados genéticos foram analisados através de diferentes abordagens (índices de estruturação (FST) e de (Jost D), análise molecular de variância (AMOVA), análise espacial molecular de variância (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), análise fatorial de correspondência (AFC) e análise de atribuição Bayesiana (STRUCTURE)). Os resultados indicaram um padrão geral de estruturação, onde dois diferentes estoques foram detectados para ambas as espécies: grupos do norte e do sul, onde o Rio de Janeiro seria a região limitante entre os dois estoques. Os maiores valores dos índices de estruturação foram encontrados para C. gasar, indicando que esta espécie estaria mais estruturada do que C. rhizophorae. As análises demográficas indicaram uma provável expansão das populações durante o ultimo período glacial e uma possível origem americana das populações africanas. Todos os resultados sugeriram a existência de uma barreira geográfica próxima ao Rio de Janeiro, que poderia ser a cadeia de Vitória-Trindade e o fenômeno de ressurgência que ocorre em Cabo Frio (RJ). Esses resultados serão de grande utilidade para estabelecer critérios para seleção de sementes para cultivo ao longo da costa do Brasil que permitirá o manejo adequado dos estoques ostreícolas, prevenindo seu desaparecimento como já ocorrido em outros recifes no mundo. / Crassostrea (Sacco, 1897) is the most important genus of cultivated oysters in the world and consisting of 34 species distributed by tropical and temperate regions of the globe. C. gasar and C. rhizophorae are the two native species which have wide distribution along the entire Brazilian coast up to the Caribbean. C. gasar also occurs on coast of Africa. Despite its extensive distribution and abundant availability, cultivation of those oysters in Brazil is incipient, and the correct delimitation of the existing stocks is still uncertain. The successful development of malacoculture which is recommended internationally as an environmentally sustainable form of aquaculture depends on the resolution of these issues. Thus, in order to genetically determinate their stocks in the Atlantic and to estimate their demographic history, two different molecular markers were employed: sequences of the mitochondrial DNA control region and species-specific microsatellite loci, developed in the present study. We have sequenced a fragment of the mitochondrial control region from a total of 930 individuals of C. gasar and C. rhizophorae collected in 32 localities including the Caribbean, French Guyana, Brazilian coast and Africa. We have also genotyped 1178 individuals of both species with 9 and 11 loci of microsatellites for C. gasar and C. rhizophorae, respectively. Genetic data were analyzed with different approaches (fixation (FST) and differentiation (Jost D) indices, analysis of molecular variance (AMOVA), spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), factorial correspondence analysis (AFC) and Bayesian attribution analysis (STRUCTURE)). The results indicated a general structure pattern, where two different stocks were detected for both species: north and south groups, where Rio de Janeiro would be the limited region between them. Higher values of fixation indices were found for C. gasar, indicating that this species would be more structured than C. rhizophorae. Demographic analyses showed a probable expansion of populations during the last glacial period and a probable American origin of African populations. All results suggested the existence of a barrier next to Rio de Janeiro, which could be Vitoria-Trindade chain and the upwelling in the region of Cabo Frio (RJ). These results will be useful to establish criteria for the selection of seeds for cultivation along the Brazilian coast which will allow proper management of stocks of oysters preventing its disappearance as in other reefs around the world.