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Aplicação do ensaio de sequenciamento genético "Nemabioma" como teste de diagnóstico para nematódeos parasitos de bovinos /

Bichuette, Murilo Abud. January 2017 (has links)
Orientador: Alvimar José da Costa / Banca: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca: Welber Daniel Zanetti Lopes / Banca: Gilson Pereira de Oliveira / Banca: Carlos Noriyuki Kaneto / Resumo: As perdas potenciais pelas infecções por nematódeos em bovinos no Brasil foram estimadas em $7,1 bilhões por ano. Indiscutivelmente, deve-se fazer o uso criterioso das drogas disponíveis, assim como o desenvolvimento de novas formulações, para enfrentar a problemática da resistência anti-helmíntica. O método atualmente empregado para o teste de medicamentos é invasivo e, portanto, enfrenta dificuldades em se adequar aos novos modelos em bem-estar animal. Outras técnicas utilizadas são as contagens de ovos de nematódeos por grama de fezes (OPGs) pré e pós-tratamento, que apresentam resultados não confiáveis para este propósito. Com fins científicos, emprega-se a PCR convencional ou a PCR em tempo real, técnicas quali e semi- quantitativa, respectivamente. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre a comunidade parasitária das larvas em terceiro estádio após coproculturas e a composição do bioma de nematódeos adultos presentes no trato gastrointestinal. As proporções das larvas foram avaliadas por meio da tradicional morfologia e o novo método de sequenciamento "Nemabioma", enquanto as contagens e classificações dos vermes adultos foram realizadas pelos clássicos métodos morfológicos. Neste experimento, utilizaram-se sete bovinos mestiços, naturalmente infectados, entre oito e 12 meses de idade. Contagens de OPG foram realizadas a cada dois dias, do 14 ao 28 dia do estudo. As culturas de larvas foram realizadas utilizando-se as amostras de fezes colhidas nos dias 14, 1... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The potential detrimental effects of cattle nematode infections in Brazil have been estimated at USD 7.1 billion a year. It is undeniable, the necessity of appropriate drug use and the development of new formulations, to face the problematic of anthelmintic drug resistance. The current method for testing new drugs is both invasive and represents threats against recent animal welfare models. Other approaches currently used are Fecal Egg Counts (FECs) pre and post treatment, which are not reliable. Occasionally, conventional and real-time PCR are employed, which are non-quantitative and semi-quantitative techniques respectively. The objective of this study was to evaluate the relationship between the parasite community present in cultured fecal samples, and the composition of adult worms present in the gastrointestinal tract. Species proportions in larvae were assessed with the traditional morphological analysis and a recently developed "Nemabiome" sequencing assay, while the adult species proportions were assessed with classical morphological approaches. To this end, an experiment using natural infected bovines was designed. Seven crossbred calves were selected from eight to 12 months of age. FECs were done every 2 days, from the 14th to the 28th day of the study. Cultures of larvae were performed using fecal samples extracted on days +14, +16, +20, +24 and +28. The L3's were always extracted after 10 days of culture. The animals were necropsied on day +28 for collection and s... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Polimorfismos nos genes MC4R, FABP3, DGAT1 e LEPR e suas associações com produtividade em matrizes suínas /

Gondim, Vanja de Souza. January 2015 (has links)
Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Robson Carlos Antunes / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Nedênia Bonvinos Staluzza / Banca: Leonardo Augusto Fonseca Pascoal / Banca: Ana Carolina Portella Silveira / Resumo: Os genes MC4R, FABP3, DGAT1 e LEPR são de grande importância no estudo das características reprodutivas de suínos, uma vez que, estão relacionados com ingestão alimentar, taxa de crescimento, redução da gordura subcutânea e lactação. Neste sentido, objetivou-se identificar geneticamente polimorfismos do tipo SNP nos genes MC4R (SNPg.1578C>T), FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) e LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) em suínos da raça Piau e em duas linhagens maternas comerciais industriais de suínos europeus e chineses. Para isso, foi extraído DNA a partir de sangue periférico de um grupo de 304 suínos. Mediante ARMS-PCR Multiplex, foram amplificados fragmentos específicos que, posteriormente, foram genotipados em sequenciador automático para a realização da eletroforese com corantes fluorescentes. Foram encontrados SNP no gene MC4R (SNPg.1578C>T) e FABP3 (SNPg.-240T>C) para os três grupos genéticos analisados com as três variações genotípicas (CC, TT, CT e TT, TC, CC, respectivamente). O SNP (SNPg.9422C>T) do gene DGAT1 apresentou as três variações genotípicas no grupo genético de suínos europeus (CC, CT e TT). Entretanto, para os grupos genéticos Piau e europeus com raças chinesas apresentaram apenas as duas variações genotípicas de homozigotos (CC e TT). Para o gene LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) os grupos genéticos europeus com raças chinesas e Piau apresentaram os genótipos GG, AA e o grupo genético com raças europeias apresentou as duas variações genotípicas de homozigoto (GG e AA) e apenas um animal apresentou o genótipo heterozigoto (AG e TA). Os polimorfismos dos genes FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) apresentaram frequências genotípicas altas para os alelos C em relação aos alelos T e no gene MC4R (SNPg.1578C>T) apresentou menor frequência. Para os polimorfismos do gene LEPR (SNPg.5396A>G e SNPg.5395T>A) apresentou-se fixado nas populações estudadas... / Abstract: The MC4R, FABP3, DGAT1 and LEPR genes are great importance in the study of traits of swine breeding, since they are related to feed intake, growth rate, reduction of subcutaneous fat and lactation. The aim of this study was to identify SNP in MC4R(SNPg.1578C> T), FABP3 (SNPg.-240T> C), DGAT1 (SNPg.9422C> T) and LEPR (SNPg.5396A> G; SNPg.5395T> A) genes in pigs of Piau breed and two commercial industrial maternal lineages of European and Chinese pigs. For this, DNA was extracted from peripheral blood of 304 pigs. By ARMS-PCR Multiplex, specific fragments were amplified and genotyped in automated sequencer to perform electrophoresis marked with fluorescent dyes. SNP were identified in the MC4R (SNPg.1578C>T) and FABP3 (SNPg.-240T> C) genes the three genotypic variations (CC, TT, CT and TT, TC, CC, respectively) were identified in all genetic groups analyzed. The SNP (SNPg.9422C> T) of DGAT1 gene presented the three genotypic variations (CC, CT and TT) in the European genetic group. However, for the Piau and Europeans with Chinese genetic groups showed only the two homozygous genotypic variations (CC and TT). For LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A), the European genetic group with Chinese and Piau breeds showed the GG, AA genotypes and the European breeds genetic group showed two genotyps, homozygous variations (GG, AA) and only one heterozygous animal (AG, TA). Polymorphisms of FABP3 (SNPg.-240T>C) and DGAT1 (SNPg.9422C>T) genes showed high genotypic frequency for the C allele when compared to T allele and the MC4R gene (SNPg.1578C>T) showed less frequently. For polymorphisms in the LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) had set up in the populations studied, showing low variability within the population. All polymorphisms evaluated by analysis of variance were associated (P <0.05) with the reproductive traits and only the DGAT1 gene was associated (P <0.05) with the production for average weight at weaning and the total litter ... / Doutor
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Physiological and molecular studies during acquisition of longevity in soybean (Glycine max (L.) Merrill) seeds /

Lima, Juliana Joice Pereira, 1987. January 2016 (has links)
Orientador: Edvaldo Aparecido Amaral da Silva / Coorientador: Olivier Leprince / Banca : Henk W.M Hilhorst / Banca: José Márcio Rocha Faria / Banca: Julia Buitink / Banca: Olivier H.L.Leprince / Resumo: Soja é uma das mais culturas oleaginosas usadas para alimentação animal e humana bem como para uma larga aplicação industrial. Dada a sua capacidade de fixar nitrogênio atmsférico, é fundamental para o desenvolvimento de uma agricultura sustentável. Produzir sementes altamente vigorosas é a chave para aumentar a eficiência da produção da cultura. Longevidade de semente é a capacidade de sobreviver no estado seco por períodos prolongados e representa uma importante característica de qualidade da semente. Nesta pesquisa o objetivo foi obter insights sobre processos moleculares que regulam a aquisição de longevidade em sementes de soja. Com o sequenciamento de nova geração da Illumina, o RNA foi sequenciado a partir de sete estágios diferentes durante a aquisição de longevidade, gerando entre 14 e 38 milhões de reads. Estes reads foram alinhados com os modelos de genes de Glycine max Wm82.a2.v1 preditos no genoma de soja. Transcritos diferencialmente expressos (DET) foram correlacionados com o aumento da longevidade. Análise de enriquecimento da ontologia do gene daqueles DET revelaram uma siginificante sobre representação de termos associados com resposta a estresse e processamento e modificação de RNA. Processo biológico fotossíntese foi relacionado à baixa longevidade. Heat Shock Factors (HSF) e vários fatores de transcrição associados com resposta a estresse biótico (WRKY e NFXL1) são genes candidatos com possíveis papéis na longevidade de semente e merecem uma caracterizaçã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Soybean is one of the most important oil crop species used for food and feed as well as a range of industrial applications. However, producing highly vigorous seeds is a key lever to increase crop production efficiency. Low physiological seed quality, which is more prone to occur under tropical environment, leads to poor stand establishment and decreased in yields. Seed longevity is the ability to survive the dry state for prolonged periods of time and represents an important trait for seed quality. Here, the objective was to obtain insights into the mechanisms regulating the progressive acquisition of longevity. Using Illumina high-throughput sequencing, RNA was sequenced from seven different stages during the acquisition of longevity, generating between 14 and 38 million of reads. These reads were aligned to the Glycine max Wm82.a2.v1 gene model. Differentially expressed transcripts (DET) were correlated with the increase in seed longevity. Transcriptome and GO enrichment analyses of these DET revealed a significant over-representation of terms associated with response to stress and RNA processing and modification. Photosynthesis biological process was related to low seed longevity. HSF and several TF associated with biotic defense (WRKY3 and NLFX1) are candidate genes whose putative role in seed longevity deserve further characterization. We also performed the determination of the content of non-reducing soluble sugars, and we observed that the accumulation of non-reducin... (Complete abstract click electronic access below) / Résumé: Le soja est l'une des plus importantes espèces de cultures d'huile utilisée aussi bien en nourriture que dans diverses gammes d'applications industrielles. C'est pourquoi produire des graines vigoureuses est un levier essentiel pour augmenter efficacement de la production de la récolte. La qualité de graine physiologiquement faible, qui est plus à même de se produire sous un environnement tropical, mène à un pauvre établissement des plantes ainsi qu'à une diminution du rendement. La longévité d'une graine est la capacité de celle-ci à survivre à la sécheresse durant de longues périodes et représente une caractéristique importante sur la qualité d'une graine. Ici, l'objectif était d'obtenir une idée sur les mécanismes en régulant l'acquisition progressive de la longévité. En utilisant le séquençage à haut-débit, ARN a été séquencé en sept différentes étapes durant l'acquisition de longévité, générant entre 14 et 38 millions de reads. Ces reads ont été alignés sur les modeles de gene de Glycine max Wm82.a2.v1. Les transcripts différentiellement exprimés (DET) sont corrélée avec l'augmentation de la longévité de la graine. L'analise d'enrichissement via GO de ces DET ont révélé une importante surreprésentation des termes associés à la réponse au stress et traitement et modification de l'ARN. Le processu biologique Photosynthèse était liée à une faible longévité des semences. HSF (heat shock factor) et plusieurs facteurs de transcription associés à la défense biotique (WRKY 3 et ... (Résumé complet accès életronique ci-dessous) / Doutor
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Caracterização Biológica e Molecular do Lettuce mottle virus (LeMoV) em alface e Sequenciamento de Nova Geração de vírus em Jasmim estrelado /

Oliveira, Milena Leite de, 1985- January 2016 (has links)
Orientador: Renate-Krause Sakate / Banca: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Kelly Cristina Gonçalves Rocha / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Daiana Bampi / Resumo: A alface pode ser infectada por diferentes tipos de vírus. O Lettuce mosaic virus- LMV foi por muitos anos considerado um dos mais frequentes e amplamente distribuídos mundialmente, podendo ocorrer em infecções simples e/ou mistas com Lettuce mottle virus, LeMoV, um provável sequivirus. A falta de informações a respeito dos aspectos biológicos e moleculares relacionados à classificação taxonômica e à transmissão do LeMoV, motivou a testar sua transmissão com afídeos e por sementes, avançar no sequenciamento do genoma viral e avaliar a incidência do vírus em importantes áreas produtoras de alface no estado de São Paulo. Em 2014, dentre um total de 118 plantas sintomáticas analisadas, 63 (53%) foram positivas para a presença de tospovírus, 11 (9%) foram positivas para LMV e, apenas 6 amostras (5%) foram positivas para LeMoV. Em 2015, 40 plantas (80%) estavam infectadas com tospovírus, e o LMV e LeMoV não foram detectados, indicando que o LeMoV não está limitando a produção de alface, pelo menos não durante o ano de 2014 e 2015. A transmissão desse vírus por sementes não foi verificada nas 832 sementes provenientes de plantas de alface infectadas com LeMoV, o que indica que este vírus provavelmente não seja transmitido por semente. Myzus persicae e Aphis gossypii não foram capazes de transmitir o LeMoV de uma planta de alface para outra. Quase toda a sequencia completa do genoma do LeMoV foi obtida e a presença de domínios conservados verificados na região da capa proteica (CP),... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / eng / Doutor
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Estrutura cromossômica e caracterização cariotípica no complexo de espécies Synbranchus marmoratus (Teleostei, Synbranchiformes, Synbranchidae) /

Utsunomia, Ricardo. January 2013 (has links)
Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Teruo Hashimoto / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Resumo: Complexos de espécies crípticas são grupos de espécies estreitamente relacionadas, dificilmente distinguíveis por características morfológicas. Estes complexos são conhecidos em uma significativa variedade de organismos, principalmente plantas, insetos, fungos e peixes. Em peixes, complexos de espécies já foram identificados para representantes de diferentes ordens, como Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. No presente estudo, foram analisadas amostras de S. marmoratus coletadas em oito localidades brasileiras distintas com o uso de técnicas citogenéticas clássicas (coloração convencional com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo pela marcação com nitrato de Prata - AgNO3 e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S, DNAhis H3, elemento transponível Rex3 e sondas teloméricas). Além disso, análises moleculares foram realizadas utilizando dados de sequências de três genes mitocondriais (Citocromo B - CytB, Citocromo oxidase 1 - COI e DNAr 16S) de indivíduos com cariótipo conhecido. Considerando as amostras analisadas, números diploides distintos foram encontrados (42, 44 e 46 cromossomos) que, combinados com as fórmulas cariotípicas, resultam na distinção de cinco cariomorfos em S. marmoratus. A análise filogenética realizada confirma o status de complexo de espécies e revela que eventos múltiplos, possivelmente bidirecionais, seriam responsáveis pelo surgimento da variabilidade cariotípica neste grupo. O mapeamento físico do DNAr 5S revela que estes sítios se mantiveram conservados durante a história evolutiva de Synbranchus, enquanto que, de forma oposta, os sítios para DNAr 18S estão distribuídos de maneira polimórfica, com variações intrapopulacionais significativas, indicando que mecanismos evolutivos distintos estão agindo sobre a dispersão destas sequências. O mapeamento de ... / Abstract: Cryptic species complex are groups of species straightly related but hardly distinguished by morphological traits. These complexes are known to occur in a great variety of organisms, mainly plants, insects, yeasts and also fishes. Considering the fish group, species complex had already been identified in representatives from different orders, such as Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. In the present study, samples of S. marmoratus collected at eight different Brazilian sites were analyzed, using classical cytogenetic techniques (conventional staining with Giemsa, localization of nucleolar organizer regions with Silver nitrate staining - AgNO3 and C-banding) and molecular (Fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3 DNAhis, transposable element Rex3 and telomeric probes). Besides that, molecular analyses were carried out using sequence data from three mitochondrial genes (Cytochrome B - CytB, Cytochrome oxidase 1 - COI and 16S) obtained for each individual with known karyotype. Considering the analyzed samples, distinct diploid numbers were found (42, 44 and 46 chromosomes) and, associated with karyotype formulae, resulted in the distinction of five karyomorphs in S. marmoratus. The phylogenetic analyses confirmed the status of a species complex and revealed that multiple and, possibly bidirectional events were responsible the karyotypic variability found in this group. The physical mapping of 5S rDNA reveals that these sites kept conserved during the evolutionary history of Synbranchus, contrary to 18S rDNA sites which are distributed in a polymorphic way, with sigficant intrapopulational variability, indicating that distinct evolutionary mechanisms may be acting upon the dispersion of these sequences. The mapping of H3 hisDNA revealed a dispersed pattern of distribution of these sites on the genome of all karyomorphs, frequently found as little clusters accumulated ... / Mestre
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Explorando uma comunidade bacteriana isolada de uma pilha de bagaço de cana-de-açúcar e seu potencial funcional na degradação de biomassa lignocelulósica /

Funnicelli, Michelli Inácio Gonçalves January 2018 (has links)
Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Coorientador: Luciano Takeshi Kish / Banca: Mariana Carina Frigieri Salaro / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Resumo: RESUMO- Os biocombustíveis são uma alternativa atraente para a substituição de combustíveis fósseis que impulsionaram o interesse global na conversão de biomassa lignocelulósica. Diversos trabalhos são realizados para otimização das etapas para produção de etanol de segunda geração em termos de custo global para o processo. A demanda pela busca de enzimas específicas utilizadas em processos industriais tem impulsionado a prospecção de novas enzimas microbianas com capacidade de desconstruir biomassa vegetal. Dentre elas, as enzimas do grupo das carboidrases são as principais atuantes envolvidas no processo de conversão de biomassa. Diante disso, foi realizada a caracterização de uma comunidade microbiana denominada CB10b, que tem potencialidade em degradar a biomassa. Os estudos foram realizados a partir do sequenciamento total do DNA obtido da comunidade e da prospecção de genes úteis nos processos de conversão de biomassa vegetal. Foram isoladas 6 bactérias pertencentes aos respectivos gêneros: Chitinophaga (que apresentou atividade enzimática em carboximetilcelulose), Pandoraea e Labrys, identificado pelas análises do gene 16S rRNA e da região espaçadora intergênica (ITS) entre os genes 16S-23S rRNA. Por meio das análises dos genes foi possível identificar 16.340 ORFs, sendo anotadas 624 ORFs associadas ao banco de dados do CAZy, distribuídas entre as classes glicosil hidrolases (GHs) com 37,98% (237 ORFs); glicosil transferases (GTs) com 21,63% (135 ORFs); polissacarídeo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: ABSTRACT- Biofuels are an attractive alternative for replacing fossil fuels, bringing the world's attention to the conversion processes of lignocellulosic biomass. Multiple works are currently being done with to optimize the steps in second-generation ethanol production, seeking to reduce the global costs in this process. Demand for specific microbial enzymes is driving the prospection of novel ones able to degrade plant biomass. Among those, carbohydrases are the protagonists in these processes. In this context, we characterized a microbial community called CB10b and tested it's potential to degrade biomass. We performed studies on this community by total DNA sequencing followed by prospecting genes related to conversion of plant biomass. Six bacteria were isolated, belonging to the genera: Chitinophaga, who presented enzymatic activity on for carboxymethyl cellulose; Pandoraea and Labrys, identified through 16S rRNA and 16S-23S rRNA internal transcribed spacer (ITS) gene analysis. Some 16,340 ORFs were identified, of which 624 were associated with CAZy database, 37.98% (237 ORFs) classified as glycosyl hydrolases (GHs); 21.63% (135 ORFs) as glycosyltransferases (GTs); 17.00% (106 ORFs) were carbohydrate esterases (CEs); 15.38% (96 ORFs) as carbohydrate-binding modules; 4.81% (30 ORFs) as auxiliary activities (AAs) and 3.18% (20 ORFs) as polysaccharide lyase. In addition, it was possible to recover by metagenome analysis the partial genome of a bacterium of the genus Pandora... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Compilação e análise crítica sobre a utilização do DNA mitocondrial em casos forenses na população brasileira em comparação com outros países da América Latina e do mundo /

Hyppolito, Caroline da Silva. January 2017 (has links)
Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Joyce Aparecida Martins Lopes Ferraz / Resumo: O DNA mitocondrial é uma molécula circular, dupla fita, que se encontra na mitocôndria, uma organela responsável pela respiração e produção de energia da célula. Este DNA é herdado exclusivamente por via materna e possui polimorfismos que permitem diferenciar indivíduos, auxiliando nas investigações forenses e corroborando com outros exames de identificação humana. Devido à possibilidade de compatibilidade deste DNA entre indivíduos não relacionados por via materna, é necessário estimar as frequências haplotípicas utilizando bancos de dados populacionais. Com a finalidade de se compilar e avaliar a utilização do DNA mitocondrial no Brasil realizou-se um estudo sobre os haplótipos depositados no banco de dados do European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP) e acessando artigos científicos sobre dados de populações brasileiras, observando os países participantes e seus respectivos dados depositados. Na avaliação dos dados do EMPOP, a América do Norte foi o continente com maior número de haplótipos depositados no banco, principalmente pela participação dos Estados Unidos. A América do Sul contém 3172 haplótipos, sendo 782 desse total correspondentes ao Brasil. Esses números parecem insuficientes para representar a população grande e miscigenada do país. Na literatura, encontrou-se um total de 2367 haplótipos, os quais foram organizados por haplogrupos e as regiões brasileiras correspondentes: Sudeste e Nordeste apresentaram-se similares, com predomínio de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mitochondrial DNA is a circular and double-stranded molecule found in the mitochondria, an organelle responsible for breathing and energy production of the cell. This DNA is exclusively inherited through maternal and has polymorphisms that allow differentiating individuals, it assists in forensic investigations and corroborates with other tests of human identification. Due to the possibility of compatibility of this DNA between unrelated individuals, it is necessary to estimate the haplotype frequencies through population databases. In order to compile and evaluate the use of mitochondrial DNA in Brazil, a study was carried out about the haplotypes deposited in the European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP), and acessing scientific articles with data from Brazilian populations, verifying participating countries and their respective deposited data. In the evaluation of EMPOP data, North America was the continent with the highest number of data deposited in the bank, mainly by the participation of the United States. South America contains 3172 haplotypes, 782 of which correspond to Brazil. These numbers seem insufficient to represent the large and mixed population of this country. In the literature, a total of 2367 haplotypes were found, which were organized by haplogroups and the corresponding Brazilian regions: the Southeast and Northeast were similar, with predominance of African ancestry (44%), while the South had a predominantly European origin (6... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Identificação de genes-alvos na patogenicidade de Xanthomonas citri subsp. citri com enfoque no sistema de secreção tipo III /

Mendoza, Elkin Fernando Rodas January 2016 (has links)
Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Flávia Maria de Souza Carvalho / Coorientador: Roberto Hirochi Herai / Banca: Henrique Ferreira / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Alessandro de Mello Varani / Resumo: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial. Atualmente não há uma maneira eficiente de controle do cancro, e novos métodos devem ser desenvolvidos para o tratamento desta doença. Assim, o estudo dos mecanismos utilizados pela Xac durante o processo infeccioso pode revelar novos alvos para o desenvolvimento de compostos farmacológicos que possam eliminar ou controlar o patógeno. Neste estudo, a técnica de RNA-Seq foi utilizada para a identificação de genes diferencialmente expressos (GDE) na Xac em condições in vivo e in vitro. Para isso, cinco variedades de citros com níveis diferentes de suscetibilidade ao cancro cítrico, e meios de cultura indutores de fatores de virulência foram utilizados. Muitos dos genes que codificam para proteínas relacionadas ao sistema de secreção tipo 3 (T3SS), enzimas extracelulares, resposta ao estresse oxidativo, transportadores de ferro e fósforo foram induzidos pela Xac nas condições in vivo. No entanto, in vitro, os perfis de expressão para estes mesmos genes foram diferentes. Estes dados permitiram compreender melhor o ambiente intracelular do hospedeiro, e como este se relaciona com os mecanismos de ativação dos fatores de virulência e patogenicidade de Xac. Neste sentido, os dados apresentados neste estudo mostraram que o T3SS é o principal fator de virulência expresso por esta bactéria em condições in vivo. Além disso, nossos resultados sugerem t... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a major disease affecting citrus worldwide. Currently there is no effective way of cancer control, and new methods must be developed for the treatment of this disease. Thus, the study of the mechanisms used by Xac during the infectious process can reveal new targets for the development of pharmacologic compounds that can eliminate or control the pathogen. In this study, RNA-Seq technique was used to identify Xac differentially expressed genes (DEG) in vivo and in vitro conditions. For this purpose, five citrus varieties with different levels of susceptibility to citrus canker and culture mediums inducing virulence factors were used. Many of the genes encoding proteins of the type 3 protein secretion system (T3SS), extracellular enzymes, oxidative stress response, iron and phosphorus transport were induced in Xac in vivo conditions. However, the expression profiles for these same genes were different than observed in vitro conditions. These data allowed us to better understand the intracellular environment of the host, and how this relates to the activation mechanisms of pathogenicity and virulence factors in Xac. In this context, the data presented in this study show the T3SS as the main virulence factor expressed by the bacteria in vivo conditions. Furthermore, our results also suggest that low concentrations of inorganic phosphorus (Pi) and nitrogen, that bacteria sense in the plant apoplast, are ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Fungos negros presentes no integumento de formigas-cortadeiras (Tribo Attini) /

Toledo, Ana Paula Miranda Duarte. January 2016 (has links)
Orientador: Fernando Carlos Pagnocca / Banca: Luiz Carlos Forti / Banca: Simone Possedente de Lira / Banca: Odair Correa Bueno / Banca: Andre Rodrigues / Resumo: As relações das formigas da tribo Attini com seu fungo mutualista e outros micro-organismos são estudadas há mais de 120 anos, porém o vínculo com fungos negros foi recentemente descoberto e até o momento pouco explorado. O grande incentivo para a pesquisa nessa área ocorreu em 2007 a partir da constatação que fungos negros relacionados ao gênero Phialophora poderiam ser parte ativa da simbiose dessas formigas. Assim, este trabalho teve como objetivo explorar a diversidade de fungos negros no integumento de formigas cortadeiras de folhas (tribo Attini), fomentando a literatura com novas espécies descritas, e melhor esclarecer sua relação ecológica com outros micro-organismos simbiontes. De maneira geral, as principais conclusões da tese são: i) a comunidade de fungos negros no integumento de formigas cortadeiras de folhas é muito diversa. Os isolamentos realizados em dois anos de coleta mostraram espécies desconhecidas e outras reportadas pela primeira vez neste microambiente; ii) o método de pirosequenciamento revelou a presença de diversos fungos não cultiváveis e a predominância marcante do gênero Cladosporium no integumento de formigas cortadeiras de folhas aladas; iii) utilizando análises filogenéticas e morfológicas, seis espécies de Xenopenidiella, uma espécie de Penidiellopsis e um gênero da família Teratosphaeriaceae associados às formigas são descritos; iv) actinobactérias, como Amycolatopsis, Pseudonocardia e Streptomyces, encontradas no integumento de formigas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The relationship of Attini ants with their mutualistic fungi and other microorganisms are studied for over 120 years, but the connection with black fungi was recently discovered and so far poorly explored. Major incentive for research in this area took place in 2007 when it was reported that black fungi related to the genus Phialophora could be an active part of the ants symbiosis. Thus, this study aimed to explore the diversity of black fungi on the integument of leaf-cutting ants (Attini tribe), improving the literature with new species, and to clarify its ecological relationship with other attine symbiotic microorganisms. Overall, the main conclusions of the thesis are: i) the community of black fungi in leaf-cutting ants' integument is diverse. Isolations performed in two collection years revealed unknown species and others first reported in this microenvironment; ii) the pyrosequencing method showed the presence of several uncultured fungi and the remarkable prevalence of Cladosporium on the integument of winged ants; iii) using phylogenetic and morphological analysis, six Xenopenidiella species, one Penidiellopsis species and one genus in the Teratosphaeriaceae family related to the ants are described; iv) actinomycetes, as Amycolatopsis, Pseudonocardia and Streptomyces, associated with the integument of Attini ants are able to inhibit the growth of a broad range of black fungi, including Phialophora species. Therefore, the integument of leaf-cutting ants proved to be ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Avaliação da eficiência de diferentes desinfetantes sobre biofilmes de Bacillus cereus em superfícies de aço inoxidável /

Silva, Higor Oliveira. January 2017 (has links)
Orientador: Ana Maria Centola Vidal / Banca: Heidge Fukumasu / Banca: Vera Letticie de Azevedo Ruiz / Banca: Naia Carla Marchi de Rezende Lago / Banca: Rachel Zoccal Saba / Resumo: As espécies do grupo do Bacillus cereus são comumente ocorrentes na cadeia produtiva de leite e derivados e frequentemente estão envolvidas em doenças transmitidas por alimentos. Constituem uma preocupação constante à indústria de lácteos, por conta de sua capacidade de formar biofilmes em superfícies sólidas, ocasionando a contaminação persistente dos produtos processados e representando risco à saúde pública. Objetivou-se neste estudo verificar a distribuição e ocorrência de linhagens e genes específicos relacionados à formação de biofilmes de Bacillus cereus isolados dos diversos estágios da cadeia produtiva de leite e produtos lácteos, classifica-los quanto à potencialcialidade em formar biofilmes, e ainda, avaliar a atuação e eficiência do ácido peracético e do hipoclorito de sódio junto ao sistema "clean in place", simulado em escala piloto, sobre biofilmes formados em superfícies de aço inoxidável em contato com o leite. Para tanto, foram isolados microrganismos do grupo do Bacillus cereus de propriedades leiteiras, industrias e produtos lácteos, identificados genes específicos (sipW, tasA, Spo0A e PlcR) por sequenciamento genômico e avaliada a capacidade de formar biofilmes em microplacas de poliestireno. Selecionou-se um isolado sabidamente produtor de biofilmes, e por meio de contaminação experimental, induziu-se a adesão em superfícies de cupóns de aço inoxidável, em três circunstâncias distintas, incluindo contaminação por esporos, células vegetativas, e contamina... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Species included in B. cereus group are widely distributed in dairy environment and were frequently involved in foodborne diseases. They are considered as a concern for dairy industries despite they pose a risk for public health, also despite the able to biofilm formation on stainless steel surfaces, causing the persistent contamination of processed dairy products. This study aimed to investigate if specific strains and genes for biofilm formation are significantly distributed and overpresented in distinct stages of dairy production chain, classifies the potential for biofilm formation, and evaluate the performance and efficiency of peracetic acid and sodium hypochlorite, on a pilot scale simulated clean in place, on biofilms in the stainless steel surfaces in contact with milk. Bacillus cereus microorganisms from dairy farms, industries and dairy products were identified, specific genes (sipW, tasA, Spo0A and PlcR) were identified by genomic sequencing and to form biofilms was performed using polystyrene microplates. Was selected one isolate known to produce biofilms, and by means of experimental contamination, adhesion was induced on stainless steel coupon surfaces, in three different circumstances, including spore contamination, vegetative cells, and contamination followed by pasteurization. In the sequence, the coupons were subjected to the action of peracetic acid and sodium hypochlorite, applying them to the clean in place system, performed on a pilot scale. Among 69 is... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

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