Orientador: Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T23:02:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Goncalves_EdmilsonRicardo_M.pdf: 5158224 bytes, checksum: 2cf44d2fe907ed007785df44b1d64ccf (MD5) Previous issue date: 1996 / Mestrado / Ciencias Biologicas / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Yoko Bomura Rosato / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-26T00:37:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Goncalves_EdmilsonRicardo_D.pdf: 4945807 bytes, checksum: 544d58fa30e767d46b4b6b2ce24871d6 (MD5) Previous issue date: 2000 / Doutorado

Orientador: Yoko Bomura Rosato / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-26T21:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tahara_SandraToschico_D.pdf: 4759796 bytes, checksum: 62932593530f1e0128ffe64baa0276ce (MD5) Previous issue date: 2000 / Doutorado

Orientador: Yoko bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T01:28:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mehta_Angela_M.pdf: 3685163 bytes, checksum: 2bf34c4f678301082357bdbb51ae77dc (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: Xylella fastidiosa é uma bactéria Gram-negativa associada a doenças em culturas de grande importância econômica corno videira, citros, café e ameixa, entre outras. Neste estudo, as relações genéticas de linhagens de X fastidiosa isolada de citros de diferentes regiões geográficas no Brasil foram investigadas. Linhagens de café, videira, ameixa e pêra foram também incluídas para comparação. A diversidade genética foi determinada através de técnicas moleculares, incluindo amplificação de DNA utilizando os primers ERIC, REP e BOX (rep PCR), RFLP do gene RNAr 16S e da região espaçadora DNAr 16S-23S, RAPD e SDS-PAGE de proteínas. Na análise RFLP de DNAr 16S e região espaçadora DNAr 16S-23S, um baixo nível de polimorfismo foi observado. As técnicas de rep-PCR e RAPD revelaram um maior nível de polimorfismo e, além da relação com os hospedeiros, variação entre as linhagens de citros também foi encontrada. linhagens de citros isoladas da região sul, compreendendo os estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná formaram um grupo, enquanto que as linhagens isoladas de São Paulo e Sergipe formaram outro grupo. Na análise do perfil de proteínas obtido por SDS-P AGE, uma relação com os hospedeiros também foi revelada. A linhagem de pêra permaneceu distantemente relacionada às demais linhagens de XyleUa em todas as análises. A hibridização DNA:DNA revelou uma homologia acima de 80% para as linhagens de videira, ameixa, citros e café. indicando que essas linhagens pertencem a uma mesma espécie genômica. A linhagem de pêra apresentou uma homologia abaixo de 20%, indicando que esta linhagem não pertence à espécie X fastidiosa. As relações filogenéticas foram determinadas através do sequenciamento de DNAr 165 e região espaçadora DNAr 16S-23S de linhagens de diferentes hospedeiros. As árvores filogenéticas obtidas revelaram dois grupos principais, sendo que as linhagens de citros, café e ameixa formaram um grupo separado das linhagens de videira / Abstract: Xylella fastidiosa is a Gram-negative bacterium associated to diseases in many economically important crops such as grapevine, citrus, coffee and plum. In this study, the genetic relationships among X. fastidiosa strains isolated from citrus in different geographic regions of Brazil was investigated. Strains isolated from coffee, grapevine, plum and pear were also included for comparison. The genetic diversity was investigated using molecular techniques including amplification of DNA using the primers ERIC, REP and BOX (rep-PCR), RFLP of the 16S rDNA and 16S-235 intergenic spacer, RAPD and SDS-PAGE of proteins. RFLP of the 16S rDNA and 165-235 intergenic spacer revealed a low levei of polymorphism. The RAPD and rep PCR techniques showed a higher level of polymorphism, demonstrating the relationships of strains with the hosts and the variation among the citrus strains. Citrus strains isolated from the Southern States including Rio Grande do Sul, Santa Catarina and Paraná, formed one group, whereas strains isolated from the States of São Paulo and Sergipe formed another group. The analysis of the protein profiles obtained by SDS-P AGE also showed a relationship between strains and their hosts. The pear strain was distantly related to the other strains of X. fastidiosa in all the techniques used. DNA:DNA hybridization revealed a homology above 80% for the strains solated from grapevine, plum, citrus and coffee, showing that these strains belong to the same genomic species. The pear strain presented a homology leveI below 20%, indicating that this strain does not belong to the genomic species X. fastidiosa. The phylogenetic relationships among strains from different hosts was assessed by sequence analysis of the 165 rDNA and 16S-23S intergenic spacer. The phylogenetic trees obtained revealed two major c1usters: the citrus, coffee and plum strains formed one cluster, distinct from that formed by the grapevine strains / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador : Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T07:16:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Destefano_SuzeteAparecidaLanza_M.pdf: 4200957 bytes, checksum: d8139299f2330031ae4745a3d7086b85 (MD5) Previous issue date: 1989 / Resumo: A bactéria xanthomonas campestris é uma bactéria fitopatogênica responsável pela podridão negra em crucíferas e produtora da goma xantana. Este trabalho foi realizado com o objetivo de se avaliar diversos mutantes quanto à auxotrofia, fitopatogenicidade e aumento de viscosidade após a introdução do transposon Tn5 em um mutante SmR de Xanthomonas campestris (NRLL B-1459). Os estudos revelaram que nenhum mutante auxotrófico foi detectado. Foram realizados testes de fitopatogenicidade ¿in vivo". Este método permitiu a seleção de mutantes não patogênicos num período de tempo bem menor que o teste ¿in vivo¿. Estes mutantes foram, posteriormente, testados "in vivo¿, para confirmação dos dados. De um total de 581 clones testados, foi detectada uma freqüência de aproximadamente 2% de mutantes não patogênicos. Para o teste de viscosidade, foram testados 90 recombinantes, selecionados apenas pela característica mucóide apresentada por suas colônias. Dentre estes, foram selecionados cinco recombinantes que apresentaram altos valores de viscosidade. Eles foram submetidos a testes de viscosidade. Eles foram submetidos a testes de viscosidade à várias rotações do viscosímetro, de temperatura e pH e comparados com a goma keltrol, utilizada comercialmente. Foi verificado que os recombinantes apresentaram comportamentos diferentes. No teste à várias rotações e em pH 6.5 os recombinantes 228, 526, 501 e o parental SmR não apresentaram diferenças em relação à goma padrão. Já os recombinantes 432 e 434 apresentaram diferenças significativas. No teste de temperatura todos os recombinantes e o parental SmR foram similares ao comportamento da goma Keltrol. No teste de viscosidade em pH 1.0 foi verificado que os valores de viscosidade da goma produzida pelos recombinantes pela SmR sofreram um decréscimo muito grande, em relação ao padrão. Em pH 11.0, os recombinantes 432, 526 e o parental SmR apresentaram comportamentos semelhantes ao padrão, sendo que o mesmo não foi verificado com os recombinantes 228, 434 e 501 / Abstract: Xanthomas campestris is phytopathogenic bacteria which causes the black rot in crucifers and produces the xanthan gum. The purpose of this study was obtain several different mutants in respect with three characteristics auxotrophy phytopathogenicity and viscosity after the introduction of transposon Tn5 in a mutant SmR OF Xanthomonas campestris (NRRL B-1459). No auxotrophic mutant could be detected. Phytopathogenicity tests performed ¿in vitro¿ enabled nonpathogenic mutants selection in a shorter period of time than the usual ¿in vivo¿ tests. These mutants were, then, tested "in vitro¿ to confirm the results obtained. Five hundred eighty-one (581) recombinants were tested and a frequency of 2% lost the phytopathogenicity characteristic was detected. Ninety (90) recombinants, selected by their mucoid characteristic, were tested for the viscosity broth culture. Among them, five recombinants showing the highest values of viscosity broth culture. Among them, five recombinants showing the highest values of viscosity were analysed in different rotation behaviour compared to the Keltrol gum, except for the strain 432 wich showed similarity in most characteristics / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Rahma Nelly Neder / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T01:14:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Foresti_Fausto_D.pdf: 4903020 bytes, checksum: 110ac2d6af5e47efbaf63fe89afcdd0c (MD5) Previous issue date: 1972 / Resumo: Mutantes auxotróficos de Xanthomonas compestris foram obtidos através de indução com luz ultravioleta, seguida pelo tratamento com penicilina. Três desses mutantes foram ensaiados ¿in vitro¿ e ¿in vivo¿ em relação a sua patogenicidade em plântulas de repolho. Dentre os resultados obtidos podemos tirar as seguintes conclusões: a) A freqüência de mutação foi de um mutante por 1,4 x ¿10 POT. 2¿ colônias testadas, ou seja 0,7%. b) O requerimento nutricional, determinado por auxonografia, foi específico para cada mutante. c) Foram obtidos 4 mutantes para cisteína, 2 para histidina, 2 para arginina, 1 para fenilalanina e 1 para treonina. d) Na determinação das curvas de crescimento dos mutantes glicina, histidina e arginina, nenhum deles mostrou traços de crescimento em meio mínimo não suplementado; apresentaram, pois, deficiência completa para as substâncias que requeriam. e) Os mutantes entre si, quando suplementados com os respectivos aminoácidos, mostraram uma diferença na rapidez de crescimento, mas de modo geral o crescimento total foi o mesmo, sendo um pouco menor para o mutante histidina. f) Com suplementação de 100,0 mcg/ml do aminoácido requerido, os três mutantes apresentaram crescimento menor que o da linhagem selvagem desenvolvida em meio mínimo com igual suplementação, porém um crescimento maior que a linhagem selvagem desenvolvida sem suplementação... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Auxotrophic mutants of Xanthomonas campestris were induced by ultraviolet irradiation, followed by penicillin treatment. The mutant yield was approximately one mutant per 1,4 x ¿10 POT. 2¿ tested colonies. The nutritional requirements of these mutants were determined auxonographically and were specific in that no other growth factor would support growth. Twelve amino acid requiring mutants were obtained. Three of these mutants were tested for their pathogenicity on cabbage plants in laboratory and green-house experiments. The auxotrophic mutations seemed to have effects on pathogenicity. Mutants showed to be avirulent ¿in vitro¿ even whem their required substances were furnished from a external source to the host. When exogenous required nutrient were supplied ¿in vivo¿, the pathogenicity of glycine requiring mutant was restored; however, the mutant requiring histidine and arginine remained avirulent. No reversion was observed in any of the auxotrophic mutant studied. / Doutorado / Doutor em Ciências Biológicas

Orientador: Yoko Bomura Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-20T04:41:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Baldini_ReginaLucia_M.pdf: 3634244 bytes, checksum: 6fe847493ab49dd47b9c6167f3e5cc3b (MD5) Previous issue date: 1995 / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Nelson Arno Wulff / Banca: Priscila Alves da Silva / Banca: Andrea Soares da Costa Fuentes / Resumo: O Huanglongbing (HLB) é a doença mais devastadora dos citros. No Brasil, o HLB está associado a presença de "Candidatus" Liberibacter asiaticus (Las) e Ca. L. americanus (Lam), ambas transmitidas pelo psilídeo Diaphorina citri. O sequenciamento e anotação dos profagos SC1 e SC2 no genoma de Las, identificou uma possível bacteriocina do tipo colicina Ia em SC1, e uma possível proteína de imunidade a colicina em SC2. Lam apresenta profagos similares no seu genoma, porém SP2 é degenerado, sem proteína de imunidade. Como houve uma inversão notável na ocorrência de Las em relação à Lam no Brasil, com o predomínio atual de Las, a presença de ambos os profagos pode conferir uma vantagem adaptativa a Las pela atividade da bacteriocina. Adicionalmente, Las tem lisozimas cromossômicas e de profago, que também podem estar envolvidas em competição bacteriana. A incapacidade de cultivo axênico de Las e Lam requer o uso de sistemas heterólogos para estudos funcionais. Genes com potencial envolvimento na biologia do profago e na competição bacteriana, como as colicinas e lisozimas foram avaliados. As lisozimas CLIBASIA_04790 e ED07_RS0204515, obtidas dos isolados de Las 3PA e Las 4PA, e as colicinas SC1_gp060 e lam_678 obtidas de isolados de Las 2PA, Las Poona e Lam São Paulo foram clonadas em vetor de expressão pET28a e superexpressas em E. coli BL21 (DE3). O crescimento destas bactérias, mensurado pelas médias dos valores de absorbância (OD600), mostraram efeito tóxico das construções com... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Huanglongbing (HLB) is the most devastating disease of citrus. In Brazil, HLB is associated with the presence of "Candidatus" Liberibacter asiaticus (Las) and Ca. L. americanus (Lam), both transmitted by psyllid Diaphorina citri. Sequencing and annotation of prophages SC1 and SC2 in the genome of Las, reveals the presence of a putative bacteriocin, colicin Ia in SC1, while in SC2 a possible colicin immunity-protein was found. Lam has similar prophages in the genome, though SP2 is degenerated, without immunity gene. As there was a striking inversion in the prevalence of Las in detriment of Lam, the presence of both prophages may confer an adaptative advantage to Las, due to the activity of the bacteriocin. Additionally, Las encodes both a chromosomal and phage lysozyme that may also be involved in bacterial competition. The inability of axenic cultivation of Las and Lam requires the use of heterologous systems for functional studies. Genes with potential involvement in prophage biology and bacterial competition, such as colicins and lysozymes, were evaluated. The lysozymes ORFs CLIBASIA_04790 and ED07_RS0204515, from Las isolates 3PA and Las 4PA, and the colicins SC1_gp060 and lam_678 obtained from isolates Las 2PA, Las Poona and Lam São Paulo were cloned into expression vector pET28a and superexpressed in E. coli BL21 (DE3) cells. The growth rate of these bacteria, measured by means of absorbance values (OD600), showed toxic effect of transformants expressing lysozymes, where... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2014-08-13T18:01:03Z : No. of bitstreams: 1 000747755_20150228.pdf: 1109024 bytes, checksum: 06c7c1198100258efa09641d5260b3b6 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-03T12:45:20Z: 000747755_20150228.pdf,Bitstream added on 2015-03-03T12:45:57Z : No. of bitstreams: 1 000747755.pdf: 3571665 bytes, checksum: f979331ca4c187b62a431c61c0a3ef61 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico asiático, uma severa doença que afeta todos os cultivares das principais áreas produtores ao redor do mundo. Até o momento não há nenhum tratamento capaz de combater o cancro cítrico. Dessa forma, a erradicação de plantas infectadas constitui a única medida de controle efetivo para evitar a disseminação da doença. Com o programa de erradicação sob ameaça e um claro risco de que Xac torne-se endêmica na principal área produtora de laranja no mundo, há uma necessidade urgente para o desenvolvimento de novas estratégias para o combate do cancro. Neste trabalho foi avaliada a atividade de galatos de alquila para a prevenção do crescimento de Xac. Estes ésteres desempenham um potencial de atividade anti-Xac similar ao da kanamicina (controle positivo), como observado pelo teste Resazurin Microtiter Assay (REMA). O tratamento de Xac com estas substâncias induziram alteração na morfologia celular, e a investigação de possíveis alvos intracelulares usando linhagens de Xac com o septo e centrômero marcados, apontaram para um alvo comum envolvido com a segregação cromossômica/divisão. Além disso, a inoculação artificial de citros com Xac pré-tratada com galatos de alquila demonstraram que a bactéria perde a habilidade de colonizar o hospedeiro, o que é uma evidência a favor do potencial destes ésteres em proteger plantas contra a infecção de Xac. No intuito de determinar o mecanismo de ação, alguns experimentos foram realizados em Bacillus subtillis. Os galatos de alquila também mostraram-se ativos contra B. subtillis. A localização de FtsZ foi rapidamente perturbada após o tratamento, o que sugere que as substâncias possam ter a maquinaria de divisão celular como alvo. Quando estudados in vitro, as substâncias afetaram FtsZ formando estruturas que podiam ser facilmente sedimentadas em alta velocidade, ... / The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of asiatic citrus canker, a severe disease that affects all the cultivars of citrus in the main citrus producing areas worldwide. There is no curative treatment for citrus canker. Thus, the eradication of infected plants constitutes the only effective control for the spread of disease. Since the eradication program is under threat, and with a clear risk of Xac becoming endemic in the main orange producing area worldwide, there is an urgent need for the development of new strategies to fight citrus canker. In this work, were evaluated the potential use of alkyl galates to prevent Xac growth. These esters displayed a potent anti-Xac activity similar to kanamycin (positive control) as observed by the Resazurin Microtiter Assay (REMA). Treatment of Xac with these compounds induced altered cell morphology, and investigation of the possible intracellular targets using Xac strains labeled for septum and centromere pointed to a common target involved with chromosome segregation and cell division. Furthermore, artificial inoculation of citrus with Xac pre-treated with alkyl galates showed that the bacterium loses the ability to colonize its host, which argued in favor of the potential of these esters to protect citrus plants against Xac infection. In attempt to determine their mechanism of action some experiments were performed in Bacillus subtillis. Alkyl gallates were also active against B. subtilis and the FtsZ localization is rapidly perturbed after the treatment, which suggested that the compounds may target the cell division machinery. When studied in vitro, the alkyl gallates affected FtsZ by forming structures that could easily be spun down at high velocity, independent of the presence of nucleotide. These structures seem to be specific since the BSA (bovine serum albumin) protein did not sediment in the presence of the alkyl gallates. Also, GTP hydrolysis, an indicator ... / FAPESP: 10/02667-4 / CNPq: 201196/2012-3

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2014-08-13T18:01:02Z : No. of bitstreams: 1 000748011_20150228.pdf: 573819 bytes, checksum: 3344da0365a81a0bf0b11e133955fde8 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-03T12:45:21Z: 000748011_20150228.pdf,Bitstream added on 2015-03-03T12:45:57Z : No. of bitstreams: 1 000748011.pdf: 3605502 bytes, checksum: f4aa4b916761c5c5f0617ddd061382d8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença severa que afeta plantas de citros em todo o mundo e para a qual não há uma forma eficaz de controle. A obtenção do genoma de Xac sem dúvida representou um marco nos estudos deste microrganismo, porém, muito pouco ainda se sabe sobre alguns de seus processos essenciais como replicação e segregação do material genético, septação, divisão e crescimento celular. A segregação cromossômica é um processo essencial em todas as células vivas. Esse processo envolve uma precisa replicação e particionamento do cromossomo para garantir uma fiel transmissão da informação genética para as células filhas. Esses mecanismos veem sendo extensivamente caracterizados em eucariotos, porém ainda não são muito bem compreendidos em procariotos. Contudo, relatos recentes mostraram que bactérias possuem um sistema tipo mitótico no qual a sequência parS é ligada a ParB e puxada por ParA durante a segregação cromossômica. Nesse trabalho foi identificado e caracterizado um ativo sistema tipo ParAB/parS no fitopatógeno Xac. Várias evidências moleculares e citológicas indicam que ParAB/parS está envolvido no particionamento cromossômico de Xac: i) ParB-GFP localiza-se em um único cluster nas bordas do nucleoide; ii) ParB pode interagir com sequências de ligação parS in vitro e in vivo e realizar spreading lateral, sugerindo a formação de um complexo centromérico ParB/parS; iii) a dinâmica de ParB/parS sugere um modelo assimétrico de segregação cromossômica em Xac; iv) enquanto a super expressão de ParA e ParB não alteram a morfologia celular, mutações em parB acarretam na filamentação celular, formação de células em cadeias e sem nucleoide, prejudicando a segregação cromossômica e/ou divisão celular; v) a localização subcelular de ParBGFP e ZapA-mCherry evidenciam o envolvimento entre segregação ... / The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a severe disease that affects citrus plants worldwide. An effective control for the citrus canker is not available yet, and the elimination of infected plants continues to be the recommended practice to control the disease. Although the genome sequence of Xac has been available for almost a decade, its biology is not well known and there is a lack in the literature of studies concerning chromosome segregation and cell division of this plant pathogen. Chromosome segregation is an essential process to all living cells. This process involves a precise replication and partitioning of the chromosome in order to obtain a faithful transmission of hereditary information to the daughter cells. These mechanisms have been extensively characterized in eukaryotes but are still not well understood in prokaryotes. However, recent reports have shown that bacteria have a mitotic-like system in which the parS sequence is bound by ParB and pulled by ParA during chromosome segregation. In this work it was identified and characterized an active ParAB/parS system in the Xac plant pathogen. Several molecular and cytological evidence indicate that ParAB/parS is involved in chromosome partitioning in Xac: i) ParB-GFP localizes into a single cluster at the edges of the nucleoid, as shown for other ParB-like factors; ii) ParB can interact with parS binding sites in vitro and in vivo through a nucleation mechanism followed by lateral spreading, suggesting the formation of a ParB/parS centromerelike complex; iii) ParB/parS dymanic suggests an asymmetric model of chromosome segregation; iv) whereas the overexpression of both ParA and ParB does not cause any cell morphology defect, a parB mutation renders cells filamentous and often anucleate, which suggests impaired chromosome segregation and/or cell division; v) ParB-GFP and ZapA-mCherry (marker for the Z-ring) localization ...