Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-15Bitstream added on 2014-06-13T19:33:26Z : No. of bitstreams: 1 dallacqua_fc_me_jabo.pdf: 321125 bytes, checksum: 095ba41139dc507b26139c5c4897dd6c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As bactérias pertencentes ao gênero Xanthomonas constituem um dos grupos de fitopatógenos mais importantes na natureza, com capacidade de infectar aproximadamente 120 tipos diferentes de plantas monocotiledôneas e 270 dicotiledôneas. A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças dos citros. Restrita à Flórida, a mancha bacteriana dos citros, causada por Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), afeta principalmente o citrumelo ‘Swingle’. A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) é o agente causal das cancroses B e C, encontradas apenas na América do Sul. As técnicas mais utilizadas na diferenciação e caracterização dos patógenos bacterianos, hibridização DNA-DNA (DDH) e sequenciamento da região do DNA que codifica o RNA ribossomal 16S (rRNA 16S), são onerosas, trabalhosas, lentas e de resultados restritos, não permitindo a comparação dos resultados obtidos entre diferentes estudos laboratoriais. Por isso, a técnica de análise de sequências multilocus (MLSA), considerada rápida, barata e confiável, tem sido recomendada para a caracterização e delimitação de espécies de patógenos bacterianos, tais como as do gênero Xanthomonas, permitindo o estabelecimento das relações filogenéticas por meio de genes housekeeping. Portanto, o objetivo do trabalho foi caracterizar os isolados de Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C e Xacm) por meio da técnica MLSA. Foram utilizados 27 isolados de Xanthomonas patogênicas a citros, sendo quatro de X. citri subsp. citri (Xcc), três de X. fuscans subsp. aurantifolli B (Xfa-B), dezenove de X. fuscans subsp. aurantifolli C (Xfa-C) e um de X. alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm). Os genes atpD, dnaK e fusA foram utilizados como genes housekeeping e para a reação da PCR... / Bacteria belonging to the genus Xanthomonas are one of the main groups of phytopathogens in nature, capable to infecting about 120 different monocots and 270 dicots plants. Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of bacterial citrus canker, one of the major diseases of citrus. Restricted to Florida, citrus bacterial spot, caused by Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), affects mainly citrumelo 'Swingle'. Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) is the causal agent of canker B and C, found only in South America. The most widely used techniques for the differentiation and characterization of bacterial pathogens, DNA-DNA hybridization (DDH) and analysis of DNA sequences coding for small subunit ribosomal RNAs (16S rRNA), are costly, cumbersome, slow and give limited results, do not allowing the interlaboratorial comparisons of the results. Therefore, the technique of multilocus sequence analysis (MLSA), which is considered fast, cheap and reliable, has been recommended for characterization and delineation of species of bacterial pathogens, such as the genus Xanthomonas, allowing the establishment of phylogenetic relationships between them through housekeeping genes. Therefore, the objective of this study was to characterize strains of Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C and Xacm) using the MLSA technique. We used 27 strains of Xanthomonas pathogenic to citrus, being four Xcc, three Xfa-B, 19 Xfa- C and one Xacm. The PCR reaction was performed using the specific primers to amplify the atpD, dnaK and fusA genes. PCR products were purified, sequenced and the sequences were analyzed using the software CodenCode Aligner version 3.7.1. Phylogenetic analysis was performed using Maximum Likelihood based on the model of Tamura-Nei and using the software MEGA 5. Analyses ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-11Bitstream added on 2015-04-09T12:47:55Z : No. of bitstreams: 1 000819171.pdf: 838247 bytes, checksum: f1e561d853897a249f8e074228f1a112 (MD5) / O Cancro Cítrico é uma importante doença que afeta diversas espécies de citros. Tal doença resulta da infecção pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), transmitida pela água, contato ou propagação de folhas infectadas. Estudos comparativos têm mostrado que uma das características mais intrigantes do gênero Xanthomonas é a extraordinária plasticidade do genoma e sua arquitetura altamente mosaica. Isso se deve principalmente a rearranjos genômicos envolvendo diversas ilhas genômicas (GI), sequências de Inserção (IS), e alguns eventos de inserção de profagos. A anotação de IS de alta qualidade em conjunto com a genômica comparativa revelaram um transposon completo da família TN3 no genoma de Xanthomonas citri (ISXax2), contendo diversos genes passageiros efetores do SSTT, incluindo a altamente conservada transglicosilase lítica de mureína (mlt), uma proteína auxiliar do SSTT. Inserção aleatória de transposons foi utilizada para gerar o mutante cromossomal XacΔmltB e mutação sítio-dirigida foi utilizada para gerar o mutante plasmidial XacΔmlt. Usando ISXax2 de Xac como exemplo demonstramos que a cópia plasmidial de mltB (mlt) era funcional e requerida para gerar sintomas in vivo. Ensaios de transposição demonstraram taxas para ISXax2 com uma frequência de cerca de 1.65 x 10-5. Neste estudo nós usamos uma mistura de abordagens experimentais e de bioinformática para elucidar o papel e comportamento desse potencial elemento transponível no plasmídeo de Xac. Demonstramos que a estrutura completa foi capaz de sofrer transposição e que Cassetes de Inserção Móveis (MICs) contendo efetores TAL também poderiam ser mobilizados. Estes resultados mostram forte evidência que em Xac e espécies relacionadas, genes de virulência e patogenicidade podem se espalhar através de um mecanismo de transposição do tipo TN3, usando para tanto plasmídeos conjugativos como vetores intercelulares. Propomos ... / Citrus canker (CC) is an important disease affecting many citrus species. It can result from infection by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) and can be transmitted by water, contact or propagation of infected leaves. Comparative studies have shown that one of the most intriguing features within the Xanthomonas genus is the extraordinary genome plasticity and highly mosaic architecture. This is largely the consequence of genomic rearrangements involving several genomic islands (GI), insertion sequences (IS), and few prophages insertion events. High quality IS annotation coupled with comparative genomics revealed a complete transposon of the Tn3 family in the Xanthomonas citri genome (ISXax2), with several T3SEs passenger genes, including a highly conserved lytic murein transglycosylase (mlt), a helper protein of the T3SS. Random transposon insertion was used to generate XacΔmltB and site directed mutagenesis was used to generate the XacΔmlt mutant. Using ISXax2 from Xac as an example we demonstrated that the plasmid copy of mltB (mlt) was indeed functional and required to generate symptoms in vivo. Transposition assays showed transposition rates for ISXax2 with a frequency of about 1.65 x 10-5. In this study we have used a mixture of bioinformatic and experimental approaches to address the role and behavior of such potentially transposable element. We showed that the entire structure was capable of transposition and that MICs (Mobile Insertion Cassettes) containing TAL effectors could also be mobilized. These results provide strong evidence that, in the case of Xac and closely related species, pathogenicity and virulence genes can be spread by a Tn3-like transposition mechanism, using conjugative plasmids as intercellular vectors. We propose that this process is a key agent to modulate the bacterial virulence and the host-specificity in this group of plant pathogens

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-03. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:26:03Z : No. of bitstreams: 1 000843406.pdf: 1189340 bytes, checksum: 7b3c890f6719ea226d3e0cc9593afda4 (MD5) / Huanglongbing (HLB) ou greening é uma doença que, no Brasil, está associada às bactérias Candidatus Liberibacter asiaticus e a Ca. L. americanus, ambas transmitidas pelo inseto Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Liviidae). O HLB uma doença altamente destrutiva e de difícil controle, sendo atualmente Ca. L. asiaticus a mais frequentemente encontrada nos pomares. Nenhuma variedade explorada comercialmente é resistente ao patógeno ou ao inseto vetor. Visando suprir as necessidades dos produtores por porta-enxertos mais produtivos e que promovam redução no volume da copa, diversos híbridos têm sido testados para uso comercial nos últimos anos. Sobre esses novos híbridos nada se sabe sobre seu potencial em limitar o desenvolvimento da bactéria do HLB ou do inseto vetor, características que poderiam ser úteis no manejo da doença. Em vista disso, o objetivo do presente trabalho foi avaliar taxas de multiplicação de Ca. L. asiaticus e de D. citri em cinco novos híbridos indicados para uso como porta-enxertos. Para fins de comparação foram também incluídos no estudo os porta-enxertos comerciais limoeiro 'Cravo', o citrumeleiro 'Swingle', Poncirus trifoliata, a tangerineira 'Sunki', variedade de laranja doce 'Valência', e a planta ornamental murta (Murraya exotica). A multiplicação de D. citri foi determinada em brotos jovens sadios pela contagem diária do número de ovos, ninfas e adultos gerados do acasalamento de dois casais confinados por 72 horas ou até que ovos fossem visualizados. A multiplicação de Ca. L. asiaticus foi avaliada por meio de PCR quantitativo em raízes e na parte aérea das plantas seis meses após a inoculação do caule por enxertia de ramos doentes, Influência dos genótipos foi detectada tanto na multiplicação do inseto como na multiplicação da bactéria. Maior número de ovos foi encontrado no híbrido 81G513 e na laranjeira 'Valência', e menor número em... / Huanglongbing (HLB), or greening, is a disease that in Brazil is associated to the Candidatus Liberibacter asiaticus and Ca. Liberibacter americanus, both transmitted by the insect Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Liviidae). HLB is a disease highly destructive and of difficult control. Nowadays Ca. L. asiaticus ismost frequently found in citrus orchards. No commercial variety is resistant to the pathogen or insect vector. In order to satisfy grower necessity for more productive rootstocks and that promote smaller canopies to facilitate harvesting, several new hybrids have been tested for planting in the last years, For these hibrids no information exist on their potential in limiting the multiplication of the HLB bacteria or the vector, which could be used in disease management. In view of this, the objective of the present work was to evaluate multiplication rates of Ca. L. asiaticus and D. citri on five new hybrids suitable for use as rootstocks. For comparison purposes, the commercial rootstocks 'Cravo' Rangpur lime, 'Swingle' citrumelo, Poncirus trifoliata, and 'Sunki' mandarin, the sweet orange variety 'Valencia', and the ornamental orange jasmine Murraya exotica also were included in the study. D. citri multiplication was determined in healthy young shoots by daily counting of the number of eggs, nymphs and adults generated from two adult mating pairs, after confining them for 72 hours on the shoots or until eggs were observed. Ca. L. asiaticus multiplication was evaluated by quantitative PCR on the aerial part and roots of the plants, six months after stem graft inoculation. Influence of genotypes was observed on the multiplication of the insect as well as on the multiplication of the bacteria. The higher number of eggs was found on the hybrid 81G513 and on the orange 'Valencia', and the lower number of eggs on P. trifoliata. Nymph viability was higher on orange jasmine and P. trifoliata and lower on the ...

Orientador: Silvio Aparecido Lopes / Banca: Nelson Arno Wulff / Banca: Rita de Cássia Panizzi / Resumo: Huanglongbing (HLB) ou greening é uma doença que, no Brasil, está associada às bactérias Candidatus Liberibacter asiaticus e a Ca. L. americanus, ambas transmitidas pelo inseto Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Liviidae). O HLB uma doença altamente destrutiva e de difícil controle, sendo atualmente Ca. L. asiaticus a mais frequentemente encontrada nos pomares. Nenhuma variedade explorada comercialmente é resistente ao patógeno ou ao inseto vetor. Visando suprir as necessidades dos produtores por porta-enxertos mais produtivos e que promovam redução no volume da copa, diversos híbridos têm sido testados para uso comercial nos últimos anos. Sobre esses novos híbridos nada se sabe sobre seu potencial em limitar o desenvolvimento da bactéria do HLB ou do inseto vetor, características que poderiam ser úteis no manejo da doença. Em vista disso, o objetivo do presente trabalho foi avaliar taxas de multiplicação de Ca. L. asiaticus e de D. citri em cinco novos híbridos indicados para uso como porta-enxertos. Para fins de comparação foram também incluídos no estudo os porta-enxertos comerciais limoeiro 'Cravo', o citrumeleiro 'Swingle', Poncirus trifoliata, a tangerineira 'Sunki', variedade de laranja doce 'Valência', e a planta ornamental murta (Murraya exotica). A multiplicação de D. citri foi determinada em brotos jovens sadios pela contagem diária do número de ovos, ninfas e adultos gerados do acasalamento de dois casais confinados por 72 horas ou até que ovos fossem visualizados. A multiplicação de Ca. L. asiaticus foi avaliada por meio de PCR quantitativo em raízes e na parte aérea das plantas seis meses após a inoculação do caule por enxertia de ramos doentes, Influência dos genótipos foi detectada tanto na multiplicação do inseto como na multiplicação da bactéria. Maior número de ovos foi encontrado no híbrido 81G513 e na laranjeira 'Valência', e menor número em... / Abstract: Huanglongbing (HLB), or greening, is a disease that in Brazil is associated to the Candidatus Liberibacter asiaticus and Ca. Liberibacter americanus, both transmitted by the insect Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Liviidae). HLB is a disease highly destructive and of difficult control. Nowadays Ca. L. asiaticus ismost frequently found in citrus orchards. No commercial variety is resistant to the pathogen or insect vector. In order to satisfy grower necessity for more productive rootstocks and that promote smaller canopies to facilitate harvesting, several new hybrids have been tested for planting in the last years, For these hibrids no information exist on their potential in limiting the multiplication of the HLB bacteria or the vector, which could be used in disease management. In view of this, the objective of the present work was to evaluate multiplication rates of Ca. L. asiaticus and D. citri on five new hybrids suitable for use as rootstocks. For comparison purposes, the commercial rootstocks 'Cravo' Rangpur lime, 'Swingle' citrumelo, Poncirus trifoliata, and 'Sunki' mandarin, the sweet orange variety 'Valencia', and the ornamental orange jasmine Murraya exotica also were included in the study. D. citri multiplication was determined in healthy young shoots by daily counting of the number of eggs, nymphs and adults generated from two adult mating pairs, after confining them for 72 hours on the shoots or until eggs were observed. Ca. L. asiaticus multiplication was evaluated by quantitative PCR on the aerial part and roots of the plants, six months after stem graft inoculation. Influence of genotypes was observed on the multiplication of the insect as well as on the multiplication of the bacteria. The higher number of eggs was found on the hybrid 81G513 and on the orange 'Valencia', and the lower number of eggs on P. trifoliata. Nymph viability was higher on orange jasmine and P. trifoliata and lower on the ... / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Rui Leite Pereira / Banca: Poliana Fernanda Gachetto / Resumo: A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro, porém o aumento de doenças na última década tem causado grandes prejuízos a toda a cadeia produtiva. A doença cancro cítrico, causada pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é um grave problema para o setor, não havendo até o momento método eficaz para o seu controle. Nesse estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de dois genótipos hospedeiros contrastantes à doença: laranja doce Pêra-Rio (PR) moderadamente resistente, e Lima Ácida Galego (LG), altamente suscetível, 24, 48 e 72 horas após a infecção com Xac, no intuito de identificar genes das plantas envolvidos na interação patógeno-hospedeiro. Foram encontrados 6.330, 3.478 e 6.795 genes diferencialmente expressos (GDEs) na espécie moderadamente resistente PR, 24, 48 e 72 horas após a inoculação com Xac, respectivamente, quando comparados com seus controles. Na espécie altamente suscetível Limão Galego foram identificados 1.491, 5.621 e 2.145 GDEs após 24, 48 e 72 horas da inoculação com Xac, respectivamente. Através do programa Blast2GO, genes e vias metabólicas de fotossíntese, sinalização celular, síntese hormonais, fatores de transcrição, entre outros, foram encontrados. Esse estudo revelou diferenças associadas à resistência e desenvolvimento a nível molecular em PR e LG em resposta ao cancro cítrico, demonstrando que na espécie moderadamente resistente há uma maior ativação dos mecanismos de defesa. Tais estudos podem ser utilizados para o desenvolvimento de plantas de citros com adequado nível de resistência ao cancro cítrico / Abstract: The citrus agribusiness is very important to the Brazilian economy, but the increase of diseases in the last decade has caused great economic losses to the sector. The citrus canker, caused by the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a serious disease that attacks all citrus species economically important worldwide and there is not an effective method for its control. In this study, RNASeq was used to analyze the transcriptional profiles of two contrasting citrus genotypes regarding citrus canker susceptibility: sweet orange Pêra Rio (PR), moderately resistant, and Mexican lime 'Galego' (ML), highly susceptible. Gene expression were performed in a HiScanSQ System (Illumina) using total RNA isolated from leaves collected 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, with leaves inoculated with water been used as control. It were found 6,330, 3,478 and 6,795 differentially expressed genes (DGEs) in moderately resistant PR specie at 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively, when compared with their controls. In the specie highly susceptible ML, it was identified 1,491, 5,621 and 2,145 DGEs after 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively. Through the program Blast2GO, genes and metabolic pathways related to photosynthesis, cell signaling, hormone synthesis, transcription factors, among others, were found as involved in plant defense. This study revealed differences at the molecular level between PR and ML in response to citrus canker, showing that in the specie moderately resistant there is a greater activation of host defense mechanisms. Such informations can be used for the development of citrus plants with an adequate level of resistance to citrus canker / Mestre

Orientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Marcelo Luiz de Laia / Banca: Haroldo Alves Pereira Júnior / Banca: Luciana Rossini Pinto / Banca: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Cristina Lacerda Soares Petrarolha Silva / Resumo: A escaldadura da folha se destaca dentre as principais doenças que acometem a cultura da cana-de-açúcar no Brasil, provocando prejuízos em função da diminuição da produtividade e necessidade de troca precoce dos canaviais, principalmente nas variedades suscetíveis. A doença é causada pela bactéria Xanthomonas albilineans que coloniza o xilema da planta. O principal sintoma da doença é caracterizado por uma faixa clorótica que acompanha a nervura central da folha resultante da ação da fitotoxina albicidina que inibe a replicação de DNA dos cloroplastos. Os métodos de controle se baseiam no uso de variedades resistentes por meio de melhoramento genético. Diante deste fato, o objetivo do trabalho foi estudar os mecanismos moleculares envolvidos no processo de defesa de duas variedades de cana-de-açúcar, uma resistente (SP82-1176) e outra suscetível (SP78-4467), contra a infecção por X. albilineans. Para esta finalidade foi realizado um ensaio experimental seguindo uma cinética de infecção com intervalos de coleta de 6, 48 e 120 horas após a infecção com a fitobactéria. O perfil de expressão gênica foi avaliado por meio da utilização de um macroarranjo contendo 3.575 cDNAs de duas bibliotecas de folha (LV e LR) provenientes do projeto SUCEST. Os dados gerados pelas análises estatísticas evidenciaram que 473 genes foram diferencialmente expressos (induzidos ou reprimidos) na interação entre as variedade, 472 genes durante o tratamento e 994 genes foram diferencialmente expressos ao longo da cinética de infecção. Foi possível identificar genes pertencentes a famílias de fatores de transcrição como WRKY e Myb assim como proteínas envolvidas com processos de detoxificação de espécies reativas de oxigênio como as peroxidaes e outras proteínas relacionadas com mecanismos de defesa. Os dados mostram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The leaf scald disease is one of the most devastating sugarcane diseases in Brazil, causing losses in terms of decreased productivity and the need for early replacement of sugarcane, especially in susceptible varieties. The disease is caused by the xylem-invading pathogen Xanthomonas albilineans. The main symptom of the disease is characterized by a chlorotic band that accompanies the midrib of the lea,f resulting from the action of albicidin phytotoxin, that inhibits the replication of chloroplast DNA. Leaf scald control methods are based on use of resistant varieties obtained through genetic improvement. The objective of this work was to study the molecular mecanisms involved in defense process against X. albilineans infection, in two sugarcane varieties, resistant (SP82-1176) and susceptible (SP78-4467). For this purpose, a test was conducted following a kinetics of experimental infection with collection intervals of 6, 48 and 120 hours after phytobacteria infection. The gene expression profile was evaluated by using a macroarray containing 3,575 cDNAs from two leaf libraries (LV and LR) from SUCEST. Statistical analysis showed 473 genes differentially expressed (induced or repressed) in the interaction between variety, 472 between treatments and 994 over the kinetics. It was possible to identify genes belonging to families of transcription factor, as well as Myb and WRKY, proteins involved in detoxification processes of reactive oxygen species, such as peroxidase, and other proteins related to defense mechanisms. The data also show that there was induction of genes related to signal transduction along de kinetics of... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Silvio Aparecido Lopes / Coorientador: Antonio de Goes / Banca: Luis Otávio Saggion Beriam / Banca: Viviani Vieira Marques / Resumo: Huanglongbing (HLB) ou greening é uma doença de difícil controle e altamente destrutiva que, no Brasil, está associada as bactérias Candidatus Liberibacter asiaticus e Ca. L. americanus, transmitidas pelo inseto Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Psyllidae). Ca. L. asiaticus é atualmente a mais frequentemente encontrada no campo. Este trabalho objetivou o aprimoramento de metodologia que envolve o uso de folhas jovens destacadas de laranja doce (Citrus sinensis L.) para estudos sobre a transmissão de Ca. L. asiaticus por D. citri. Os experimentos envolveram diferentes números de insetos adultos (1, 4 ou 8 indivíduos), diferentes períodos de acesso à inoculação (PAI) da bactéria (1, 24, 48 ou 72 horas) e diferentes períodos de incubação (PI) da bactéria nas folhas (1, 7, e 15 dias) após o PAI e comparação com a inoculação em mudas. Insetos e folhas foram avaliados por qPCR para detecção e quantificação de Ca. L. asiaticus. Com PAI de 1 dia Ca. L. asiaticus foi detectada, no total dos 3 PIs, em 19, 29 e 36% das folhas expostas, respectivamente, a 1, 4 ou 8 insetos. Este aparente efeito de dose (aumento da taxa de inoculação bem sucedida com o aumento no número de indivíduos) foi ainda maior quanto maiores foram os PAIs e PIs. O método se mostrou útil para estudos da transmissão de Ca. L. asiaticus por D. citri com as seguintes vantagens em relação ao uso de plantas inteiras: menor tempo necessário para obtenção dos resultados, maior economia de material, drástica redução da área necessária para a condução dos experimentos / Abstract: Huanglongbing (HLB) or greening disease is difficult-to-control citrus disease that, in Brazil, is associated bacteria Candidatus Liberibacter asiaticus and Ca. L. americanus, transmitted by insect Diaphorina citri Kuwayama (Hemiptera: Psyllidae). Ca L. asiaticus is currently the most frequently encountered in the field. This study aimed to the upgrading of methodology that involves the use of detached young leaves of sweet orange (Citrus sinensis L.) for studies on the transmission of Ca. L. asiaticus by D. citri. The experiments involved different numbers of adult insects (1, 4 or 8 individuals), different inoculation access periods (IAP) of bacteria (1, 24, 48 or 72 hours) and different incubation periods (IP) of the bacteria on leaves (1, 7, and 15 days) after PAI and comparison with inoculation seedlings. Insects and leaves were assessed by qPCR for the detection and quantification of Ca L. asiaticus. With PAI 1 day Ca. L. asiaticus was detected in all of the three IPs, 19, 29 and 36% of the exposed leaves, respectively, at 1, 4 or 8 insects. This apparent dose effect (increased rate of successful inoculation with the increase in the number of individuals) was greater the higher were the PAIs and PIs. The method proved useful for studies of transmission of Ca L. asiaticus by D. citri with the following advantages over the use of whole plants: less time needed to obtain the results, the largest economy of material, drastically reducing the area required for conducting experiments / Mestre

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-12-07. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:10Z : No. of bitstreams: 1 000867476_20200307.pdf: 393558 bytes, checksum: a80584113ea061224d04a97f59685ffd (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) / A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C (XauC) é o agente causal da cancrose C, que afeta apenas lima ácida 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). A principal característica fenotípica desta doença é a hiperplasia e hipertrofia do tecido afetado, que leva à formação de lesões erupescentes características, sendo que o responsável pela proliferação celular desordenada é um efetor tipo TAL da família AvrBs3/PthA, que é injetado na planta pelo sistema de secreção tipo III (SST3) da bactéria e é translocado até o núcleo, onde interage com regiões UPA-box (up-regulated by AvrBs3) e funciona como um ativador transcricional. As variedades de laranja doce são resistentes à cancrose C e, quando inoculadas com XauC apresentam forte reação de hipersensibilidade (HR), causando morte celular programada local (apoptose) e abscisão das folhas afetadas. O(s) mecanismo(s) que confer(em) à lima ácida 'Galego' susceptibilidade à XauC não é(são) conhecido(s). Este estudo teve como objetivo identificar, através de sequenciamento de nova geração (NGS), transcritos de plantas diferencialmente expressos envolvidos na interação patógeno-hospedeiro nos patossistemas XauC-laranja 'Hamlin' (espécie resistente) e XauC-lima ácida 'Galego' (espécie susceptível). Para isso, folhas de laranja 'Hamlin' e lima ácida 'Galego' foram inoculadas com suspensão de XauC a uma concentração de 106 ufc/mL, sendo que o controle foram folhas inoculadas com água estéril. Essas folhas foram coletadas nos tempos de 5 e 7 dias após inoculação (dai) e o RNA total foi extraído e utilizado para a análise dos transcrissomas por RNA-seq. Os transcritos obtidos do sequenciamento foram normalizados e as redundâncias foram removidas. Foi montado um banco único de dados genômicos e de transcritos de citros... / The bacterium Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii type C (XAC) is the causative agent of cancrose C, which affects only acid lime 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). The main phenotypic characteristic of this disease is the hyperplasia and hypertrophy of the affected tissue, leading to the formation of erupescentes characteristic lesions, and responsible for the abnormal cell growth is a transcription activator-like (TAL) effector family (also called the avrBs3/pthA family), which is injected into the plant by the type type III secretion system (T3SS) and is translocated to the nucleus, where it interacts with UPA-box regions (up-regulated by AvrBs3) and acts as a transcriptional activator. The sweet orange varieties are resistant, and when inoculated with XauC show strong hypersensitive response (HR), causing local programmed cell death (apoptosis) and abscission of affected leaves. The mechanisms that give the acid lime 'Galego' susceptibility to XauC is not known. This study aimed to identify, through next-generation sequencing (NGS), plant differentially expressed transcripts involved in host-pathogen interaction in pathosystems XauC-orange 'Hamlin' (species resistant) and XauC-acid lime 'Galego' (species susceptible). Leaves from 'Hamlin' and acid lime 'Galego' were inoculated with XauC suspension at a concentration of 106 cfu/mL (experimental) or sterile water (control) and collected at 5 and 7 days after inoculation (dai). Total RNA was extracted and used for transcriptome analysis by RNA-seq. The transcripts obtained from sequencing were normalized and redundancies removed. A single bank of genomic data and citrus transcripts was assembled, which was called CitSeqDB and is the junction of 6 public banks: AFFYM, NCBI Unigene, USDA, CITRUSGDB and PHYTOZOME. Transcripts that proved to be differentially expressed relative to controls were confronted with the bank and functional annotation was performed using ...

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Helen Alves Penha / Banca: Fabrício José Jaciani / Banca: Flávia Maria de Souza Carvalho / Resumo: O cancro cítrico tem como agente causal a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), que afeta diferentes espécies de citros economicamente importantes. É uma doença ainda sem método curativo, e pela sua relevância e dano econômico, faz-se necessário o entendimento em termos moleculares da interação Xac-citros para o desenvolvimento de estratégias que controlem a doença. O objetivo do presente trabalho foi investigar os efeitos da deleção da ORF XAC0024 presente no genoma da Xac isolado 306, que codifica uma proteína hipotética conservada e que apresenta vários domínios putativos, entre eles o domínio peptidase M23. A hipótese é que esta proteína pode estar envolvida com a patogenicidade e/ou virulência da bactéria. Para obter o mutante ΔXAC0024 foi utilizada a técnica de mutagênese sítio-dirigida, seguida de recombinação homóloga com o vetor suicida pOK1. O mutante ΔXAC0024 foi analisado em relação às características de patogenicidade, crescimento in vivo e in vitro, capacidade de autoagregação, produção de biofilme e produção de goma xantana. O teste de patogenicidade e a curva de crescimento in vivo foram realizados em limão cravo utilizando o método de infiltração por seringa para a inoculação da bactéria. Os sintomas do desenvolvimento da doença foram registrados por fotografia digital até o 25º dia após a inoculação (dai) e a curva de crescimento in vivo também foi determinada até o 25º dai. A curva de crescimento in vitro e a agregação célula-a-célula foram analisa... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The bacteria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a disease that affects different species of economically important citrus. There is no a curative method for this disease, and do to its relevance and economic damage, it is necessary to understand at molecular level the Xac-citrus interaction in order to develop strategies to control the disease. The objective of this study was to investigate the effects of the deletion of the ORF XAC0024 present in the genome of Xac strain 306, which encodes a conserved hypothetical protein and has several putative domains, including peptidase M23 domain. It is hypothesized that this protein may be involved in the pathogenicity and / or virulence of the bacterium. For the ΔXAC0024 mutant was used for site-directed mutagenesis technique, followed by homologous recombination with the suicide vector pOK1. The ΔXAC0024 mutant was analyzed in relation to pathogenicity characteristics, growth in vivo and in vitro, self-aggregation capacity, biofilm production and production of xanthan gum. The pathogenicity test and in vivo growth curves were performed on Rangpur lime using syringe-infiltration method for the inoculation of bacteria. Symptoms of the disease development were recorded by digital photography to the 25° day after inoculation (dai) and in vivo growth curve was also determined to give the 25°. The growth curve in vitro and cell-to-cell aggregation were analyzed in liquid culture medium NB. Biofilm p... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: José Raimundo de Souza Passos / Coorientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Magali Ribeiro da Silva / Banca: Lidia Raque de Carvalho / Resumo: A avaliação da severidade - porcentagem da área lesionada em relação à área total - pode ser feita com auxílio de escalas diagramáticas, que são elaboradas com base na Lei WeberFechner e utilizam regressão linear simples em seu processo de validação, porém apresentam erros na metodologia estatística. O objetivo desta pesquisa foi propor um método de elaboração e validação de escalas de bacteriose em um híbrido Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis, avaliar a da influência de concentrações de diferentes espécies de bactérias na validação de escalas, verificar a possibilidade de avaliações utilizando tons de cinza, e a influência da dispersão de lesões nas estimativas dos avaliadores no uso desta ferramenta. Foram conduzidos quatro experimentos com amostras das cidades de Bofete-SP e Botucatu-SP. No primeiro experimento, foram utilizadas 100 folhas de três clones (H13, I144 e AEC 1528) de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis infectadas naturalmente com bacteriose, que tiveram sua severidade medida para elaboração, por quartis e Weber-Fechner, e validação das seis escalas diagramáticas. No segundo, mudas de eucalipto com três concentrações diferentes (105, 107 e 109 indivíduos/mL) de inóculo de três bactérias (Pseudomonas sp., Xanthomonas sp. e mix) tiveram folhas coletadas para construção de três escalas diagramáticas. No terceiro, imagens digitais das amostras de folhas dos três clones de eucalipto infectados com bacteriose foram analisadas em tons de cinza. Houve ... / Abstract: The severity evaluation - percentage of the injured leaf area relative to its total - could be done with the assistance of diagrammatic scales, which are elaborated based on the WeberFechner law and uses simple linear regression for its validation process. However, errors can be found in statistical methodology. The objective of this research was to propose methods of elaboration and validation for diagrammatic scales of bacterial leaf blight on the hybrid Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis, evaluate the influence of concentrations and different species of bacteria on scales validation, verify the possibilities of evaluations using gray scale, and the influence of leaf injuries dispersion on the estimates done by evaluators using this tool. Four experiments were conducted with samples from Bofete-SP and Botucatu-SP. In the first experiment, 100 leaves were used from three different clones (H13, I144 e AEC 1528) of Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis naturally infected with bacterial leaf blight, which had the severity measured for the elaboration, by quartiles and Weber-Fechner law, and the validation of the six resultant diagrammatic scales. In the second one, eucalypt leaves with three different concentrations (105, 107 e 109 individuals/mL) of three bacterial inoculums (Pseudomonas sp., Xanthomonas sp. and mix), had their leaves collected for the construction of three diagrammatic scales. In the third, the digital images of the sampled leaves of the three eucalypt clones were analyzed using gray scale values. There was made a correlation among the variables considering the three clones as one single group and separately. In the fourth, the diagrammatic scale built for the clone AEC 1528 was replicated into different levels of dispersion with the same severity of the levels present in the scale, followed by evaluation. In the first experiment, the quartiles method presented reading ... / Mestre