Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-07Bitstream added on 2014-06-13T19:24:12Z : No. of bitstreams: 1 siviero_a_dr_botfca.pdf: 1011233 bytes, checksum: b962f917617fbd995aa744e10e7a84f4 (MD5) / O presente estudo teve como objetivos selecionar isolados de Phytophthora parasitica com alta agressividade em citros, avaliar métodos de inoculação em genótipos quanto à resistência a gomose de Phytophthora e detectar marcadores moleculares ligados a locos controladores de características quantitativas (QTLs) de resistência a gomose. Foram testados 15 isolados de P. parasitica procedentes do Estado de São Paulo. As plantas foram inoculadas por meio de contato, método do disco, inserção sob casca, agulha e palitode- dente infestado com o patógeno. Para o trabalho de detecção de marcadores e QTLs foram inoculados 98 indivíduos de uma progênie F1, obtida do cruzamento entre Citrus sunki, parental suscetível, e Poncirus trifoliata ‘Rubidoux’, parental altamente resistente ao patógeno. As avaliações fenotípicas da resistência a gomose da progênie foram incorporadas aos mapas de ligação de P. trifoliata ‘Rubidoux’ e C. sunki, estabelecidos através de 170 marcadores moleculares do tipo RAPD, usando a estratégia de ‘pseudo testcross’. Os isolados apresentaram variação na agressividade quando inoculados em C. limon Burmann. e C. limonia Osbeck. com destaque para o isolado, LRS23/97. A avaliação de resistência de genótipos de citros a gomose pode ser realizada em plântulas e ‘in vitro’, através de inserção de agulha infestada com o patógeno e através do método do disco e da inserção sob casca em plantas com diâmetro acima de 4,0 mm. Os indivíduos da população F1, inoculados artificialmente através do método do disco, apresentaram lesões intermediárias em relação aos parentais. A herdabilidade do caráter foi de 18,7%. Foram detectados 36 marcadores moleculares associados à resistência a gomose, dos quais, 19 mapeados em P. trifoliata ‘Rubidoux’ e 10 em C. sunki... . / The objectives of the study were to select Phytophthora parasitica isolates with high agressivity on citrus, to evaluate inoculation methods and to detect molecular markers linked to resistance QTLs to Phytophthora gummosis. Fifth teen isolates of P. parasitica from the State of São Paulo were tested. Young plants were inoculated and by contact, through the insertion of a disc and tricking infested, needle and toothpick infested with pathogen. For the markers and QTLs detection, 98 individuals of the F1 progeny obtained from Citrus sunki, (susceptible parent) and Poncirus trifoliata ‘Rubidoux’, (resistant) cross were inoculated. The phenotypic evaluations for Phytophthora gummosis resistance were incorporated on genetic linkage maps built with 170 RAPD markers using the pseudotestcross strategy. The isolates showed variation in agressivity when inoculated on Citrus limon Burmann. and Citrus limonia Osbeck. The LRS23/97 isolate showed more agressivity. The citrus genotypes evaluation to resistance to Phytophphtora gummosis were made in seedlings and ‘in vitro’ by needle insertion with pathogen, disc insertion method under bark and disc method in plants with diameter larger than 4,0 mm. The F1 hybrids, which were artificially inoculated by disc method, showed intermediates symptoms compared to the parents. The heretability of Phytophthora gummosis resistance was 18,7%. 36 molecular markers were associated to Phytophthora gummosis resistance and 19 were associated with P. trifoliata ‘Rubidoux’ map and 10 with C. sunki map. It was also detected 3 QTLs linked to Phytophthora gummosis resistance on I, II and V linkage groups of P. trifoliata ‘Rubidoux’ map and 1 QTL on II linkage group of C. sunki map. The phenotypic variation ratio explained by association markers-QTLs, was in a range of 14 to 60% for P. trifoliata ‘Rubidoux’ and... (Complete abstract, click electronic address below).

Orientadora: Katia Cristina Kupper / Banca: Margarete Camargo / Banca: Sandra Regina Ceccato Antonini / Resumo: A mancha preta dos frutos cítricos, causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa afeta quase todas as espécies de citros, provocando problemas em sua comercialização. Sua principal medida de controle é através da utilização de fungicidas, porém devido aos impactos causados por estes, técnicas alternativas foram consideradas, como por exemplo, o controle biológico. Dessa forma, neste trabalho, avaliou-se a atividade antagônica, a produção de enzimas hidrolíticas e o efeito de metabólitos voláteis, termoestáveis e livres de células produzidos por setenta isolados de Bacil/us spp. sobre o desenvolvimento micelial de Phyllosticta citricarpa. No pareamento, fungo e bactéria foram cultivados juntos e o mesmo para a produção de compostos voláteis, porém, utilizando placas de Petri bipartidas. Para a produção de compostos termoestáveis e livres de células, uma alíquota de meio cultivado com a bactéria foi adicionada ao meio de cultura e submetido à autoclavagem. Outra alíquota foi filtrada em membrana millipore e adicionada ao meio fundente. Após vertidos e solidificados os meios, discos do patógeno foram transferidos para o centro das placas e, após incubação realizou-se a medição das colônias do fungo em dois sentidos perpendiculares. No pareamento, sessenta e nove isolados de Bacil/us spp. proporcionaram mais de 25% de inibição e para os metabólitos voláteis, vinte e sete isolados da bactéria mostraram ser capazes de controlar significativamente o desenvolvimento do fungo. Todos os isolados de Bacil/us spp. produziram substâncias antifúngicas que suportaram a autoclavagem e proporcionaram até 98% de inibição e sessenta e nove isolados produziram metabólitos livres de células em quantidades suficientes para inibir o desenvolvimento do fungo... / Abstract: The black spot of citrus caused by the fungus Phyllosticta citricarpa affects almost all citrus species, causing problems in their marketing. lt can be primarily controlled through the use of fungicidas, but due to impacts caused by these, alternativa techniques have been considered, such as biological control. ln this study, we have therefore evaluated the antagonistic activity, the production of hydrolytic enzymes and the effect of volatile, thermostable and free of cells metabolites, produced by seventy isolates of Bacillus spp. on mycelial growth of Phyllosticta citricarpa. ln the pairing, fungus and bacteria were grown together; the sarne was implemented for the production of volatile compounds, however, using bipartite Petri dishes. For the production of thermostable compounds, free of cells, an aliquot of the cultured medium with the bacterium was added to the cultura medium and subjected to autoclaving. Another aliquot was filtered through a millipore membrana and added to the melting medium. After the media were poured and solidified, the pathogen discs were transferred to the center of the plates and, after incubation the measurement of fungai colonies was made in two perpendicular directions. ln pairing, sixty-nine isolates of Bacillus spp. provided more than 25% inhibition and for the volatile metabolites, twenty seven different strains were shown to be capable of controlling fungai growth significantly. All isolates of Bacil/us spp. produced antifungai substances which sustained the autoclave and provided up to 98% inhibition and sixty-nine strains produced metabolites free of cells in amounts sufficient to inhibit the growth of the fungus... / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-31Bitstream added on 2014-06-13T20:12:11Z : No. of bitstreams: 1 000736043.pdf: 9515334 bytes, checksum: 57677252bfcdb7d8d15c132edf0fd749 (MD5) / A mancha preta dos frutos cítricos, causada pelo fungo Phyllosticta citricarpa afeta quase todas as espécies de citros, provocando problemas em sua comercialização. Sua principal medida de controle é através da utilização de fungicidas, porém devido aos impactos causados por estes, técnicas alternativas foram consideradas, como por exemplo, o controle biológico. Dessa forma, neste trabalho, avaliou-se a atividade antagônica, a produção de enzimas hidrolíticas e o efeito de metabólitos voláteis, termoestáveis e livres de células produzidos por setenta isolados de Bacil/us spp. sobre o desenvolvimento micelial de Phyllosticta citricarpa. No pareamento, fungo e bactéria foram cultivados juntos e o mesmo para a produção de compostos voláteis, porém, utilizando placas de Petri bipartidas. Para a produção de compostos termoestáveis e livres de células, uma alíquota de meio cultivado com a bactéria foi adicionada ao meio de cultura e submetido à autoclavagem. Outra alíquota foi filtrada em membrana millipore e adicionada ao meio fundente. Após vertidos e solidificados os meios, discos do patógeno foram transferidos para o centro das placas e, após incubação realizou-se a medição das colônias do fungo em dois sentidos perpendiculares. No pareamento, sessenta e nove isolados de Bacil/us spp. proporcionaram mais de 25% de inibição e para os metabólitos voláteis, vinte e sete isolados da bactéria mostraram ser capazes de controlar significativamente o desenvolvimento do fungo. Todos os isolados de Bacil/us spp. produziram substâncias antifúngicas que suportaram a autoclavagem e proporcionaram até 98% de inibição e sessenta e nove isolados produziram metabólitos livres de células em quantidades suficientes para inibir o desenvolvimento do fungo... / The black spot of citrus caused by the fungus Phyllosticta citricarpa affects almost all citrus species, causing problems in their marketing. lt can be primarily controlled through the use of fungicidas, but due to impacts caused by these, alternativa techniques have been considered, such as biological control. ln this study, we have therefore evaluated the antagonistic activity, the production of hydrolytic enzymes and the effect of volatile, thermostable and free of cells metabolites, produced by seventy isolates of Bacillus spp. on mycelial growth of Phyllosticta citricarpa. ln the pairing, fungus and bacteria were grown together; the sarne was implemented for the production of volatile compounds, however, using bipartite Petri dishes. For the production of thermostable compounds, free of cells, an aliquot of the cultured medium with the bacterium was added to the cultura medium and subjected to autoclaving. Another aliquot was filtered through a millipore membrana and added to the melting medium. After the media were poured and solidified, the pathogen discs were transferred to the center of the plates and, after incubation the measurement of fungai colonies was made in two perpendicular directions. ln pairing, sixty-nine isolates of Bacillus spp. provided more than 25% inhibition and for the volatile metabolites, twenty seven different strains were shown to be capable of controlling fungai growth significantly. All isolates of Bacil/us spp. produced antifungai substances which sustained the autoclave and provided up to 98% inhibition and sixty-nine strains produced metabolites free of cells in amounts sufficient to inhibit the growth of the fungus...

Orientador: Edson Luiz Furtado / Resumo: O presente estudo teve como objetivos selecionar isolados de Phytophthora parasitica com alta agressividade em citros, avaliar métodos de inoculação em genótipos quanto à resistência a gomose de Phytophthora e detectar marcadores moleculares ligados a locos controladores de características quantitativas (QTLs) de resistência a gomose. Foram testados 15 isolados de P. parasitica procedentes do Estado de São Paulo. As plantas foram inoculadas por meio de contato, método do disco, inserção sob casca, agulha e palitode- dente infestado com o patógeno. Para o trabalho de detecção de marcadores e QTLs foram inoculados 98 indivíduos de uma progênie F1, obtida do cruzamento entre Citrus sunki, parental suscetível, e Poncirus trifoliata 'Rubidoux', parental altamente resistente ao patógeno. As avaliações fenotípicas da resistência a gomose da progênie foram incorporadas aos mapas de ligação de P. trifoliata 'Rubidoux' e C. sunki, estabelecidos através de 170 marcadores moleculares do tipo RAPD, usando a estratégia de 'pseudo testcross'. Os isolados apresentaram variação na agressividade quando inoculados em C. limon Burmann. e C. limonia Osbeck. com destaque para o isolado, LRS23/97. A avaliação de resistência de genótipos de citros a gomose pode ser realizada em plântulas e 'in vitro', através de inserção de agulha infestada com o patógeno e através do método do disco e da inserção sob casca em plantas com diâmetro acima de 4,0 mm. Os indivíduos da população F1, inoculados artificialmente através do método do disco, apresentaram lesões intermediárias em relação aos parentais. A herdabilidade do caráter foi de 18,7%. Foram detectados 36 marcadores moleculares associados à resistência a gomose, dos quais, 19 mapeados em P. trifoliata 'Rubidoux' e 10 em C. sunki... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: The objectives of the study were to select Phytophthora parasitica isolates with high agressivity on citrus, to evaluate inoculation methods and to detect molecular markers linked to resistance QTLs to Phytophthora gummosis. Fifth teen isolates of P. parasitica from the State of São Paulo were tested. Young plants were inoculated and by contact, through the insertion of a disc and tricking infested, needle and toothpick infested with pathogen. For the markers and QTLs detection, 98 individuals of the F1 progeny obtained from Citrus sunki, (susceptible parent) and Poncirus trifoliata 'Rubidoux', (resistant) cross were inoculated. The phenotypic evaluations for Phytophthora gummosis resistance were incorporated on genetic linkage maps built with 170 RAPD markers using the pseudotestcross strategy. The isolates showed variation in agressivity when inoculated on Citrus limon Burmann. and Citrus limonia Osbeck. The LRS23/97 isolate showed more agressivity. The citrus genotypes evaluation to resistance to Phytophphtora gummosis were made in seedlings and 'in vitro' by needle insertion with pathogen, disc insertion method under bark and disc method in plants with diameter larger than 4,0 mm. The F1 hybrids, which were artificially inoculated by disc method, showed intermediates symptoms compared to the parents. The heretability of Phytophthora gummosis resistance was 18,7%. 36 molecular markers were associated to Phytophthora gummosis resistance and 19 were associated with P. trifoliata 'Rubidoux' map and 10 with C. sunki map. It was also detected 3 QTLs linked to Phytophthora gummosis resistance on I, II and V linkage groups of P. trifoliata 'Rubidoux' map and 1 QTL on II linkage group of C. sunki map. The phenotypic variation ratio explained by association markers-QTLs, was in a range of 14 to 60% for P. trifoliata 'Rubidoux' and... (Complete abstract, click electronic address below). / Doutor

Orientador: Katia Cristina Kupper / Coorientador: Maurício Ventura Mazzi / Banca: Helia Harumi Sato / Banca: Tiago Santana Balbuena / Resumo: O setor citrícola enfrenta vários problemas com doenças que ocorrem na pós-colheita, como o bolor verde e a podridão azeda, causados por Penicillium digitatum e Geotrichum citri-aurantii, respectivamente. O surgimento de linhagens resistentes de P. digitatum e a falta de produtos registrados no Brasil para o controle da podridão azeda levam produtores e pesquisadores em busca de métodos alternativos de controle como o uso de leveduras, sendo o fator killer um dos possíveis mecanismos de ação desses microrganismos. Diante disso, esse trabalho teve por objetivo purificar a toxina killer produzida por Aureobasidium pullulans e testá-la no controle dos fitopatógenos P. digitatum e G. citri-aurantii. Inicialmente, foram testados diferentes métodos de precipitação proteica; em seguida, com a finalidade de conhecer a composição do extrato bruto proteico de A. pullulans foi determinada a atividade proteolítica e a presença de proteínas que agem sobre receptores da parede celular, β-1,3 glucanase e quitinase. A purificação da toxina foi realizada por cromatografia de exclusão molecular em coluna de gel Sephadex G-75 em tampão formiato de amônio 0,05M, pH 6,0 e cromatografia em coluna de Cellulose (Medium Fibers) em tampão citrato 0,01M, pH 4,6. Posteriormente, a purificação foi confirmada por eletroforese em gel de poliacrilamida e realizada a detecção de atividade killer em meio sólido YEPD-azul de metileno tamponado com citrato-fosfato (0,1 M pH 4,6). A identificação da toxina foi r... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The citrus sector faces several problems with post-harvest diseases, such as green mold and sour rot, caused by Penicillium digitatum and Geotrichum citri-aurantii, respectively. The emergence of resistant P. digitatum strains and the lack of products registered in Brazil for the control of sour rot lead producers and researchers in search for alternative control methods such as the use of yeasts, being the killer factor one of the possible mechanisms of action of these microorganisms. Therefore, this work aimed at purifying the killer toxin produced by Aureobasidium pullulans and testing it in the control of P. digitatum and G. citri-aurantii phytopathogens. Initially, different methods of protein precipitation were tested; then, in order to know the composition of the protein precipitate from A. pullulans, the photeolytic activity and the presence of proteins acting on cell wall receptors, β-1,3 glucanase and chitinase were determined. Toxin purification occurred by Sephadex G-75 gel exclusion chromatography with ammonium formate elution buffer (0.05M, pH 6.0) and Cellulose chromatography (Medium Fibers) and citrate elution buffer (0.01M, pH 4.6). Subsequently, purification was confirmed by polyacrylamide gel electrophoresis and the detection of killer activity was performed in solid YEPD-methylene blue buffered with citrate-phosphate (0.1 M pH 4.6). Toxin identification was performed by mass spectrometry (LC-MSE). Based on the results obtained, it was verified that the bes... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T18:29:32Z : No. of bitstreams: 1 santos_m_me_jabo.pdf: 333325 bytes, checksum: 9f90954b7831d0ab7d554fea50c99a27 (MD5) / O huanglongbing (HLB ou greening) é uma doença altamente destrutiva que ataca a maioria das espécies de citros. Trabalhos e observações recentes sugerem que os porta-enxertos podem ter influência na incidência e severidade da doença. O presente projeto teve como objetivo monitorar a reação de 16 variedades de porta-enxertos sob laranjeira „Valencia‟ frente ao Candidatus Liberibacter asiaticus por meio da técnica de q-PCR, e suas respostas biométricas, tais como: diâmetro 2 cm a baixo e a cima da linha da enxertia, altura do colo da planta ao enxerto e do enxerto a poda, comprimento do lançamento, peso fresco da parte aérea e do sistema radicular, volume do sistema radicular, e análise foliar de macro e micronutrientes. Os porta-enxertos empregados foram os principais em uso comercial: trifloliateiro „Flying Dragon‟, limoeiro „Cravo‟, „Poncirus trifoliata’, tangerineira „Sunki‟ e citrumelo „Swingle‟, testados experimentalmente com bons resultados: citrangeiros „Troyer‟ e „Carrizo‟ tetraplóides, HRS 643, HRS 702, HRS 849 e HRS 812, em fase de experimentação: „Clementina x trifoliata‟ (1615), „Cleópatra x Swingle‟ (1614), „Cleópatra x Rubidoux‟ (1600) e „Changsha x English Large‟, além de um híbrido „Rhode Red + Volkameriano‟, também em fase experimental. O experimento foi conduzido no Centro de Citricultura Sylvio Moreira, em Cordeirópolis. Cada associação copa e porta-enxerto apresentaram sete plantas, cinco delas foram inoculadas e duas não inoculadas. Para analisar a evolução da bactéria nas plantas foram realizadas três amostragens (8, 12, 16 meses após a inoculação), de pecíolos e nervuras centrais... / The Huanglongbing (HLB or greening) is a highly destructive disease that affects most citrus cultivars, species and hybrids. Recent works and researches suggest that rootstock variety influenced disease severity and incidence. This work aimed to characterize variation in the reaction of 16 cultivars of rootstocks grafted with a sweet orange „Valência‟ scion in response to Candidatus Liberibacter asiaticus by q-PCR and biometric characteristics such as: stem diameter 2 cm above and below the grafting, collar height of the plant to the graft, collar height of the graft to the pruning, length of the first bud after pruning, fresh weight of aerial part of the plant, fresh weight of root system, root volume and leaf analysis of macro and micronutrients. The rootstocks used in the work were the major commercial cultivars: trifoliate orange „Flying Dragon‟, Rangpur lime, „Poncirus trifoliata‟, mandarin „Sunki‟ and citrumelo „Swingle‟, tested experimentally with good results, citrange „Troyer‟ and „Carrizo‟ tetraploid, HRS 643, HRS 702, HRS 849 and HRS 812, in experimental stage, „Clementina x trifoliata‟ (1615), „Cleópatra x Swingle‟ (1614), „Cleópatra x Rubidoux‟ (1600) and „Changsha x English Large‟, plus a hybrid „Rhode Red + Volkameriano‟. The experiment was conducted at Centro de Citricultura Sylvio Moreira in Cordeirópolis. Each cultivar had seven plants, five were inoculated and two were used as control plants. To evaluate the growth of bacteria in plants, three sampling were done at (8, 12, 16 months after inoculation) by visually infected... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Antonio de Goes / Banca: Nilton Luiz de Souza / Banca: Marcel Bellato Spósito / Resumo: O presente estudo foi desenvolvido em pomares de citros localizados em propriedade comercial na região de Rio Claro-SP e teve como objetivo a determinação do efeito de práticas culturais na redução das fontes de inóculo e, conseqüente diminuição da severidade da mancha preta dos frutos cítricos, causada por Guignardia citricarpa. Desenvolveram-se dois experimentos em áreas distintas. No primeiro ensaio, testou-se a influência de cultivos intercalares, amendoim forrageiro e capim coastcross e posterior roçagem da massa formada sob a copa de laranjeiras 'Natal', na flutuação populacional de ascósporos e na severidade da doença, enquanto que no segundo, foi avaliado o efeito de diferentes tratamentos [(1) uréia 12,5 g/litro; (2) nitrato de cálcio 12,5 g/litro; (3) calcário dolomítico 2 t/ha; (4) microrganismos eficazes 1% do produto ativado; (5) combinação dos produtos comerciais Stuble Aid® + Compostaid® 0,75 mL/litro + 0,75 g/litro e (6) Testemunha] na aceleração da decomposição de folhas de limoeiros 'Siciliano' caídas sob a copa das plantas e na severidade da doença. Concluiu-se que o capim coastcross foi a espécie mais eficiente na supressão da liberação de ascósporos, com conseqüente redução da severidade da doença. No segundo ensaio, os tratamentos representados pela adição de microrganismos foram os mais eficientes na aceleração da decomposição de folhas de limoeiro, porém quanto à severidade da doença, todos os tratamentos apresentaram o mesmo comportamento, com reduções significativas em relação à testemunha. / Abstract: The present research was developed in citrus orchards located in commercial property in Rio Claro - SP region and it had as an objective the determination of the effect of cultural practice in the reduction of the source of inoculum and, consequently the reduction of strictness black spots in citric fruit, caused by Guignardia citricarpa. Two experiments in distinct areas were developed. In the first one, the influence of intercalary culture (peanut and coastcross grass) and later the skim of the a dough formed on the orange trees top 'Natal', in the floating of ascospores and in the strictness of the disease, while in the second experiment, the effect of different treatments were evaluated [(1) urea 12,5 g/liter; (2) calcium nitrate 12,5 g/liter; (3) dolomitic calcareous 2t/ha; (4) efficient microrganisms 1% from the active product; (5) the combination of the commercial products Stuble Aid® + Compostaid® 0,75 mL/liter + 0,75 g/liter and (6) Control] in the acceleration of the 'Siciliano' lemon trees leaves decomposition fallen down on the top trees and in the severity of the disease. It was concluded that the coastcross grass was the most efficient species in the supression of the discharge of the ascospores and in the decrease of the severity disease. In the second experiment, the treatments represented by the addition of microorganisms were the most efficient in the acceleration of the lemon trees leaves decomposition, however as for the severity of the disease, all the treatments presented the same performance, with statistically significative decreases in relation to control. / Mestre

Orientador: Eduardo Sanches Stuchi / Coorientador: Helvécio Della Coletta Filho / Banca: Antonio Baldo Geraldo Martins / Banca: Simone Rodrigues da Silva / Resumo: O huanglongbing (HLB ou greening) é uma doença altamente destrutiva que ataca a maioria das espécies de citros. Trabalhos e observações recentes sugerem que os porta-enxertos podem ter influência na incidência e severidade da doença. O presente projeto teve como objetivo monitorar a reação de 16 variedades de porta-enxertos sob laranjeira „Valencia‟ frente ao Candidatus Liberibacter asiaticus por meio da técnica de q-PCR, e suas respostas biométricas, tais como: diâmetro 2 cm a baixo e a cima da linha da enxertia, altura do colo da planta ao enxerto e do enxerto a poda, comprimento do lançamento, peso fresco da parte aérea e do sistema radicular, volume do sistema radicular, e análise foliar de macro e micronutrientes. Os porta-enxertos empregados foram os principais em uso comercial: trifloliateiro „Flying Dragon‟, limoeiro „Cravo‟, „Poncirus trifoliata', tangerineira „Sunki‟ e citrumelo „Swingle‟, testados experimentalmente com bons resultados: citrangeiros „Troyer‟ e „Carrizo‟ tetraplóides, HRS 643, HRS 702, HRS 849 e HRS 812, em fase de experimentação: „Clementina x trifoliata‟ (1615), „Cleópatra x Swingle‟ (1614), „Cleópatra x Rubidoux‟ (1600) e „Changsha x English Large‟, além de um híbrido „Rhode Red + Volkameriano‟, também em fase experimental. O experimento foi conduzido no Centro de Citricultura Sylvio Moreira, em Cordeirópolis. Cada associação copa e porta-enxerto apresentaram sete plantas, cinco delas foram inoculadas e duas não inoculadas. Para analisar a evolução da bactéria nas plantas foram realizadas três amostragens (8, 12, 16 meses após a inoculação), de pecíolos e nervuras centrais... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Huanglongbing (HLB or greening) is a highly destructive disease that affects most citrus cultivars, species and hybrids. Recent works and researches suggest that rootstock variety influenced disease severity and incidence. This work aimed to characterize variation in the reaction of 16 cultivars of rootstocks grafted with a sweet orange „Valência‟ scion in response to Candidatus Liberibacter asiaticus by q-PCR and biometric characteristics such as: stem diameter 2 cm above and below the grafting, collar height of the plant to the graft, collar height of the graft to the pruning, length of the first bud after pruning, fresh weight of aerial part of the plant, fresh weight of root system, root volume and leaf analysis of macro and micronutrients. The rootstocks used in the work were the major commercial cultivars: trifoliate orange „Flying Dragon‟, Rangpur lime, „Poncirus trifoliata‟, mandarin „Sunki‟ and citrumelo „Swingle‟, tested experimentally with good results, citrange „Troyer‟ and „Carrizo‟ tetraploid, HRS 643, HRS 702, HRS 849 and HRS 812, in experimental stage, „Clementina x trifoliata‟ (1615), „Cleópatra x Swingle‟ (1614), „Cleópatra x Rubidoux‟ (1600) and „Changsha x English Large‟, plus a hybrid „Rhode Red + Volkameriano‟. The experiment was conducted at Centro de Citricultura Sylvio Moreira in Cordeirópolis. Each cultivar had seven plants, five were inoculated and two were used as control plants. To evaluate the growth of bacteria in plants, three sampling were done at (8, 12, 16 months after inoculation) by visually infected... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Marcos Antonio Machado / Coorientador: Alessandra Alves de Souza / Banca: Celso Benedetti / Banca: Anete Pereira de Souza / Banca: Ivan de Godoy Maia / Banca: Henrique Ferreira / Resumo: A citricultura brasileira responde por 85% das exportações de suco concentrado do mundo, mesmo enfrentando graves problemas de ordem fitossanitária. Dentre as doenças que mais afetam sua produtividade encontra-se a clorose variegada do citros (CVC), causada pela Xylella fastidiosa. Cultivares dentro das espécies de Citrus apresentam respostas diferentes em relação à susceptibilidade à CVC. Enquanto cultivares de laranja doce (Citrus sinensis L. Osb) são bastante suscetíveis, as tangerinas (Citrus reticulata Blanco) por sua vez são consideradas tolerantes. Resultados prévios do nosso grupo sugerem que a resistência deve estar efetivamente envolvida com a ativação de vias de sinalização, não sendo somente consequência de menor bloqueio dos vasos do xilema. Portanto, a hipótese desse trabalho é que a resistência da tangerina Poncan e a suscetibilidade de laranja doce à CVC pode ser comparada através da avaliação da expressão diferencial de genes durante o processo de infecção. Desse modo, o objetivo do trabalho foi avaliar a expressão de genes dessas duas espécies submetidas à infecção pela bactéria. Para tanto plantas de laranja Pera e tangerina Poncan foram desafiadas com X. fastidiosa e as coletas das folhas infectadas e seus respectivos controles feitas em diferentes tempos (1, 7, 14 e 21 dias). Esse material foi utilizado para extração de DNA total que foi usado na confirmação, por RT-qPCR, da presença da bactéria. Após essa verificação, o RNA foi extraído em pools para a construção das bibliotecas subtrativas supressivas (SSHs). Foram feitas seis bibliotecas, porém, não foram obtidas sequencias de qualidade. Em função do baixo rendimento das SSHs, optou-se por proceder as análises com RNA-seq utilizando tecidos xilemáticos de tangerina Poncan, com um dia após... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Brazilian citrus industry accounts for 85% of exports of concentrated juice in the world despite facing serious plant health problems. Among the main diseases that affect its productivity is the citrus variegated chlorosis (CVC), caused by Xylella fastidiosa. Citrus species present different responses in relation to susceptibility to CVC. While sweet orange (Citrus sinensis L. Osb) is very susceptible, mandarin (Citrus reticulata Blanco) is considered tolerant. Previous results from our group suggest that this tolerance observed in mandarin effectively involves activation of signaling pathways and is not only consequence of limited blockage of the xylem vessels. Therefore, the hypothesis of this study is that the tolerance of Ponkan mandarin and susceptibility of sweet orange to CVC can be compared evaluating the differential expression of genes during the infection process, being that the objective of this study. For that, Ponkan mandarin and sweet orange plants were challenged with X. fastidiosa. Infected/non-infected leaves were collected at different times (1, 7, 14, and 21 days). This material was used for extraction of total DNA, which was used for confirming the presence of bacteria by RT-qPCR. After this verification, the RNA was extracted in pools for the construction of suppressive subtractive libraries (SSHs). Six libraries were prepared, but good quality sequences were not obtained. Due to the low efficiency of SSHs, it was decided to proceed with RNA-seq analysis using xylem tissues of mandarin Ponkan, one day after infection with X. fastidiosa. In this analysis it was obtained 35,344,265 transcripts for the non-infected library and 37,326,339 for the infected one. These transcripts were mapped in the whole reference genome of Citrus clementine by using TopHat software. The contigs generated... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Roberto Hirochi Herai / Banca: Fabrício José Jaciani / Banca: Flávia Maria de Souza Carvalho / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Resumo: A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C (XauC) é o agente causal da cancrose C, que afeta apenas lima ácida 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). A principal característica fenotípica desta doença é a hiperplasia e hipertrofia do tecido afetado, que leva à formação de lesões erupescentes características, sendo que o responsável pela proliferação celular desordenada é um efetor tipo TAL da família AvrBs3/PthA, que é injetado na planta pelo sistema de secreção tipo III (SST3) da bactéria e é translocado até o núcleo, onde interage com regiões UPA-box (up-regulated by AvrBs3) e funciona como um ativador transcricional. As variedades de laranja doce são resistentes à cancrose C e, quando inoculadas com XauC apresentam forte reação de hipersensibilidade (HR), causando morte celular programada local (apoptose) e abscisão das folhas afetadas. O(s) mecanismo(s) que confer(em) à lima ácida 'Galego' susceptibilidade à XauC não é(são) conhecido(s). Este estudo teve como objetivo identificar, através de sequenciamento de nova geração (NGS), transcritos de plantas diferencialmente expressos envolvidos na interação patógeno-hospedeiro nos patossistemas XauC-laranja 'Hamlin' (espécie resistente) e XauC-lima ácida 'Galego' (espécie susceptível). Para isso, folhas de laranja 'Hamlin' e lima ácida 'Galego' foram inoculadas com suspensão de XauC a uma concentração de 106 ufc/mL, sendo que o controle foram folhas inoculadas com água estéril. Essas folhas foram coletadas nos tempos de 5 e 7 dias após inoculação (dai) e o RNA total foi extraído e utilizado para a análise dos transcrissomas por RNA-seq. Os transcritos obtidos do sequenciamento foram normalizados e as redundâncias foram removidas. Foi montado um banco único de dados genômicos e de transcritos de citros... / Abstract: The bacterium Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii type C (XAC) is the causative agent of cancrose C, which affects only acid lime 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). The main phenotypic characteristic of this disease is the hyperplasia and hypertrophy of the affected tissue, leading to the formation of erupescentes characteristic lesions, and responsible for the abnormal cell growth is a transcription activator-like (TAL) effector family (also called the avrBs3/pthA family), which is injected into the plant by the type type III secretion system (T3SS) and is translocated to the nucleus, where it interacts with UPA-box regions (up-regulated by AvrBs3) and acts as a transcriptional activator. The sweet orange varieties are resistant, and when inoculated with XauC show strong hypersensitive response (HR), causing local programmed cell death (apoptosis) and abscission of affected leaves. The mechanisms that give the acid lime 'Galego' susceptibility to XauC is not known. This study aimed to identify, through next-generation sequencing (NGS), plant differentially expressed transcripts involved in host-pathogen interaction in pathosystems XauC-orange 'Hamlin' (species resistant) and XauC-acid lime 'Galego' (species susceptible). Leaves from 'Hamlin' and acid lime 'Galego' were inoculated with XauC suspension at a concentration of 106 cfu/mL (experimental) or sterile water (control) and collected at 5 and 7 days after inoculation (dai). Total RNA was extracted and used for transcriptome analysis by RNA-seq. The transcripts obtained from sequencing were normalized and redundancies removed. A single bank of genomic data and citrus transcripts was assembled, which was called CitSeqDB and is the junction of 6 public banks: AFFYM, NCBI Unigene, USDA, CITRUSGDB and PHYTOZOME. Transcripts that proved to be differentially expressed relative to controls were confronted with the bank and functional annotation was performed using ... / Doutor