Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: João Martins Pizauro Junior / Banca: Tiago Santana Balbuena / Banca: José Belasque Junior / Resumo: A ORF XAC1201 de Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) codifica uma proteína hipotética que, quando nocauteada por inserção de transposon, leva a alterações na patogenicidade da bactéria em citros. A ORF possui 819 pb e codifica a proteína XAC1201 que possui uma massa molecular de 29,1 kDa. A região codificadora foi clonada no vetor de expressão pET SUMO e a proteína de fusão His-SUMO-XAC1201 foi expressa na Escherichia coli linhagem BL21(DE3) pLysS. A melhor condição para expressão da proteína na forma solúvel foi a 28ºC e 250 rpm por 4h na presença de 0,2 mM IPTG. A purificação foi realizada por cromatografia de afinidade com íons metálicos imobilizados (IMAC) em coluna de Ni2+-Sepharose e a proteína de não fusão foi obtida após digestão com SUMO protease e nova cromatografia em coluna de Ni2+-Sepharose. O rendimento final do processo foi de 3,18% da proteína total, tendo a proteína recombinante nativa sido isolada com alto grau de pureza e na forma nativa. A identidade de XAC1201 recombinante foi confirmada pelas análises de espectrometria de massas, com mais de 80% de cobertura da sequência. Foram realizados testes enzimáticos para verificar as prováveis atividades de fosfohidrolase e histidina quinase, porém, estes testes não foram conclusivos. A análise de frequência e diversidade da ORF XAC1201 em bancos de dados sugere que se trata de uma proteína ubíqua e com função ancestral, presente em diversos filos dentro do Domínio Bacteria. A obtenção desta proteína na forma pura, solúvel e nativa é o primeiro passo para os estudos de caracterização da sua função e, devido à presença de alta identidade desta sequência com muitos outros grupos bacterianos, a elucidação da função desta proteína será de grande interesse, não apenas para Xac, como também para outros microrganismos / Abstract: The ORF XAC1201 of Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) encodes a hypothetical protein and when knocked out by transposon insertion leds to changes in the pathogenicity of the bacterium in citrus. The ORF XAC1201 has 819 bp and encodes a protein with a molecular mass of 29.1 kDa. The coding region was cloned into the expression vector pET SUMO and His-SUMO-XAC1201 fusion protein was expressed in Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS strain. The best condition for protein expression in soluble form was 28°C and 250 rpm for 4 hours in the presence of 0.2 mM IPTG. Purification was performed by immobilized metal ions affinity chromatography (IMAC) on a Ni2+-Sepharose column and the non-fusion protein was obtained after digestion with SUMO protease and new chromatography on Ni2+-Sepharose column. The final process yield was 3.18% of the total protein, and the protein was obtained highly pure and in the native form. The identity of the purified protein was confirmed by mass spectrometry analysis with sequence coverage above 80%. Enzymatic assays were made to verify phosphohydrolases and histidine kinase activities, however, the results are inconclusive. It is suggested that XAC1201 is a ubiquitous protein and plays an ancestral role, since it is found in several Phyla within the Bacteria Domain. Obtaining this protein in pure, soluble and native form is the first step towards characterization studies of its function. Since this protein is present not only in Xac but has a ubiquitous presence in many other bacterial groups, the understanding of its function is of great interest to many areas / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Alessandro de Mello Varani / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Marcos Tulio de Oliveira / Banca: Maria Teresa Marques Novo Mansur / Banca: Maria Célia Bertolini / Resumo: O Cancro Cítrico é uma importante doença que afeta diversas espécies de citros. Tal doença resulta da infecção pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), transmitida pela água, contato ou propagação de folhas infectadas. Estudos comparativos têm mostrado que uma das características mais intrigantes do gênero Xanthomonas é a extraordinária plasticidade do genoma e sua arquitetura altamente mosaica. Isso se deve principalmente a rearranjos genômicos envolvendo diversas ilhas genômicas (GI), sequências de Inserção (IS), e alguns eventos de inserção de profagos. A anotação de IS de alta qualidade em conjunto com a genômica comparativa revelaram um transposon completo da família TN3 no genoma de Xanthomonas citri (ISXax2), contendo diversos genes passageiros efetores do SSTT, incluindo a altamente conservada transglicosilase lítica de mureína (mlt), uma proteína auxiliar do SSTT. Inserção aleatória de transposons foi utilizada para gerar o mutante cromossomal XacΔmltB e mutação sítio-dirigida foi utilizada para gerar o mutante plasmidial XacΔmlt. Usando ISXax2 de Xac como exemplo demonstramos que a cópia plasmidial de mltB (mlt) era funcional e requerida para gerar sintomas in vivo. Ensaios de transposição demonstraram taxas para ISXax2 com uma frequência de cerca de 1.65 x 10-5. Neste estudo nós usamos uma mistura de abordagens experimentais e de bioinformática para elucidar o papel e comportamento desse potencial elemento transponível no plasmídeo de Xac. Demonstramos que a estrutura completa foi capaz de sofrer transposição e que Cassetes de Inserção Móveis (MICs) contendo efetores TAL também poderiam ser mobilizados. Estes resultados mostram forte evidência que em Xac e espécies relacionadas, genes de virulência e patogenicidade podem se espalhar através de um mecanismo de transposição do tipo TN3, usando para tanto plasmídeos conjugativos como vetores intercelulares. Propomos ... / Abstract: Citrus canker (CC) is an important disease affecting many citrus species. It can result from infection by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) and can be transmitted by water, contact or propagation of infected leaves. Comparative studies have shown that one of the most intriguing features within the Xanthomonas genus is the extraordinary genome plasticity and highly mosaic architecture. This is largely the consequence of genomic rearrangements involving several genomic islands (GI), insertion sequences (IS), and few prophages insertion events. High quality IS annotation coupled with comparative genomics revealed a complete transposon of the Tn3 family in the Xanthomonas citri genome (ISXax2), with several T3SEs passenger genes, including a highly conserved lytic murein transglycosylase (mlt), a helper protein of the T3SS. Random transposon insertion was used to generate XacΔmltB and site directed mutagenesis was used to generate the XacΔmlt mutant. Using ISXax2 from Xac as an example we demonstrated that the plasmid copy of mltB (mlt) was indeed functional and required to generate symptoms in vivo. Transposition assays showed transposition rates for ISXax2 with a frequency of about 1.65 x 10-5. In this study we have used a mixture of bioinformatic and experimental approaches to address the role and behavior of such potentially transposable element. We showed that the entire structure was capable of transposition and that MICs (Mobile Insertion Cassettes) containing TAL effectors could also be mobilized. These results provide strong evidence that, in the case of Xac and closely related species, pathogenicity and virulence genes can be spread by a Tn3-like transposition mechanism, using conjugative plasmids as intercellular vectors. We propose that this process is a key agent to modulate the bacterial virulence and the host-specificity in this group of plant pathogens / Doutor

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Rui Pereira Leite Júnior / Banca: Alessandro de Mello Varani / Banca: José Belasque Júnior / Resumo: O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial e ataca uma ampla gama de espécies comerciais de citros, causando perdas significativas nos países produtores. A espécie de laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) é suscetível ao cancro cítrico, enquanto a espécie de tangerina Satsuma (Citrus unshiu) é resistente. Para compreender os mecanismos moleculares relacionados aos sistemas de defesa ativados pela planta é importante identificar as alterações transcricionais de cada espécie vegetal sob estresse fitopatogênico, a fim de desvendar os elementos moleculares que são específicos de cada espécie. O objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise comparativa temporal do transcriptoma de duas espécies cítricas contrastantes em resposta à Xac, pela técnica do RNA-Seq (Illumina). Um total de 5.673 e 6.231 transcritos diferencialmente expressos foi induzido nos tempos 24, 48 e 72 horas após a inoculação de Xac em Satsuma e Hamlin, respectivamente, enquanto 3.982 e 7.944 transcritos foram reprimidos. Deste total, 52 transcritos foram induzidos em comum, nas duas espécies, em todos os tempos de inoculação. Estes genes estão relacionados com a defesa basal da planta contra o ataque de Xac, pois apresentam genes que participam na percepção e reconhecimento do patógeno, genes que codificam fatores de transcrição e genes que participam na defesa da planta, como glucanases e proteinases. Entre os genes induzidos exclusivamente na espécie resistente Satsuma destacou-se uma proteinase aspártica. Esta proteína apresentou a maior expressão gênica no tempo 24 horas e pode estar envolvida na resistência desta espécie, visto que na espécie suscetível Hamlin, a expressão desta proteína foi menos expressiva e tardia, no tempo 48 horas. Outra resposta oposta entre as espécie foi na expressão de genes relacionados à ... / Abstract: Citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a one of the most important disease affecting citrus production worldwide and attacks a wide range of commercial species of citrus trees, causing significant losses in producing countries. Hamlin sweet orange (Citrus sinensis) is canker-sensitive, while Satsuma mandarin (Citrus unshiu) is canker-resistant. To understand the molecular mechanisms underlying the differences in responses to Xac, transcriptional profiles of these two genotypes following Xac attack were compared by RNA-Seq (Illumina). The purpose of this study was to examine simultaneous changes in gene expression profile during the early stages (24, 48 and 72 hpi) of citrus canker infection in Satsuma and Hamlin. A total of 5673 and 6231 up-regulated transcripts were identified at 24, 48 and 72 hpi in Satsuma and Hamlin, respectively, while 3982 and 7944 were down-regulated. Of these, 52 transcripts were up-regulated in common between both genotypes. These genes in common are related to basic defense against Xac, because there are genes involved in patogen perception and recognition, transcription factors and genes related to plant defense, such as glucanases and proteinases. Among up-regulated genes expressed only in Satsuma, aspartic proteinase was highlighted. This protein presented the highest gene expression 24 hpi and it can be involved in Satsuma resistance, since the expression of this protein was less pronounced and delayed in Hamlin. Another opposite response between these two genotypes was the expression of genes related to cell wall. Such genes were pectato lyase, extensin, cellulose sinthase, and xiloglucano endotransglycosilase. The genes were up-regulated in Satsuma, while in Hamlin, they were down-regulated. For genes related to plant defense, both genotypes up- regulated pathogenesis-related proteins, especially 72 hpi. However, the expression of these genes did not prevent the symptoms in ... / Mestre

Orientador: Eduardo Sanches Stuchi / Coorientador: Helvécio Della Coletta Filho / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: José Belasque Júnior / Resumo: Huanglongbing (HLB) doença dos citros emergiu como a principal ameaça à produção de citros no mundo, associado com a bactéria ("Candidatus Liberibacter asiaticus" - Las) limitada ao floema e ao vetor (Diaphorina citri). No Brasil, o HLB foi relatado pela primeira vez em 2004 e rapidamente se espalhou para todas as regiões geográficas do Estado de São Paulo (SPS), Paraná (PR) e Minas Gerais (MG). No entanto, informações sobre a diversidade genética desta bactéria são pouco conhecidas. Aqui nós testamos a hipótese H0: ambas as regiões geográficas diferentes e espécies de citros não moldam a diversidade genética de populações de Las do Brasil. Para comprovar a hipótese, DNA de 199 amostras de plantas cítricas com sintomas de HLB foram amplificados com 9 conjuntos de iniciadores microssatélites, sendo os iniciadores diretos marcados com corantes fluorescentes. Níveis moderadamente baixos de diversidade genética (HNei = 0,11 - 0,26) foram observados em todas as populações desta bactéria. Com uso da estatística F de Wright (FST), nenhuma diferença estatística foi observada entre populações de Las de todas as sete subdivisões das regiões geográficas do SPS e de MG (FST <0,095). Mas, valores significativos de diferenciação entre populações (FST = 0,118 - 0,191) foram obtidos para populações de Las do PR comparado com as do SPS e MG. Também, valores ainda mais altos e significativos (FST = 0,275 - 0,445) foram observados comparando populações de Las em laranjeiras doce do SPS, MG e PR com as populações de diferentes espécies de citros cultivados na região Sudeste do SPS. Por meio de métodos de agrupamento realizados por estatística Bayesiana e de coordenada principal pode-se agrupar todos os isolados estudados em três populações geneticamente distintas: 1. Um grupo contempla todas as estirpes das regiões do SPS mais MG, 2. Um segundo contendo somente as estirpes de Las do PR, 3. E... / Abstract: Citrus huanglongbing (HLB) disease emerged as a primary threat for citrus production worldwide, associated with the phloem and vectored (Diaphorina citri) limited - bacterium "Candidatus Liberibacter asiaticus" (Las). In Brazil, HLB was first reported in 2004 and quickly spread for all geographic regions of the States of Sao Paulo (SP), Parana (PR) and Minas Gerais (MG). However, information about genetic diversity of this bacterium is poorly known. Here we tested the hypothesis H0: different geographic regions and citrus species have no influence on genetic diversity of Las populations in Brazil. To test this hypothesis, total DNA from 199 samples from citrus plants with symptoms of HLB was amplified by 9 sets of forwardfluorescent microsatellites primers. Moderately low levels of genetic diversity (HNei = 0,11 to 0,26) were observed through all populations. By Wright's F-statistics (FST), no statistic difference was observed among Las populations from all the seven previously subdivided geographic regions of SP and MG (FST <0,095). But significant FST values (0,118 to 0,191) were obtained for Las population from PR compared to SP and MG. On the other hand, highest and significant values for FST index (0,275 to 0,445) were observed comparing Las populations from sweet orange trees from SP, MG, and PR and the populations from different citrus species grown at the Southeast region of SP. By Bayesian statistics and principal coordinate analysis all isolates studied were clustered in three genetically different populations: 1. a group that includes all strains from SP regions and MG, 2. A second composed only by Las strains from PR, and 3. a third where strains from different citrus species were grouped. In conclusion, after 10 years of the HLB first report in Brazil, that genetically homogeneous populations of Las infecting sweet orange are present at different geographic regions sampled, with the exception of the populations ... / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Roberto Hirochi Herai / Banca: Fabrício José Jaciani / Banca: Flávia Maria de Souza Carvalho / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Resumo: A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii tipo C (XauC) é o agente causal da cancrose C, que afeta apenas lima ácida 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). A principal característica fenotípica desta doença é a hiperplasia e hipertrofia do tecido afetado, que leva à formação de lesões erupescentes características, sendo que o responsável pela proliferação celular desordenada é um efetor tipo TAL da família AvrBs3/PthA, que é injetado na planta pelo sistema de secreção tipo III (SST3) da bactéria e é translocado até o núcleo, onde interage com regiões UPA-box (up-regulated by AvrBs3) e funciona como um ativador transcricional. As variedades de laranja doce são resistentes à cancrose C e, quando inoculadas com XauC apresentam forte reação de hipersensibilidade (HR), causando morte celular programada local (apoptose) e abscisão das folhas afetadas. O(s) mecanismo(s) que confer(em) à lima ácida 'Galego' susceptibilidade à XauC não é(são) conhecido(s). Este estudo teve como objetivo identificar, através de sequenciamento de nova geração (NGS), transcritos de plantas diferencialmente expressos envolvidos na interação patógeno-hospedeiro nos patossistemas XauC-laranja 'Hamlin' (espécie resistente) e XauC-lima ácida 'Galego' (espécie susceptível). Para isso, folhas de laranja 'Hamlin' e lima ácida 'Galego' foram inoculadas com suspensão de XauC a uma concentração de 106 ufc/mL, sendo que o controle foram folhas inoculadas com água estéril. Essas folhas foram coletadas nos tempos de 5 e 7 dias após inoculação (dai) e o RNA total foi extraído e utilizado para a análise dos transcrissomas por RNA-seq. Os transcritos obtidos do sequenciamento foram normalizados e as redundâncias foram removidas. Foi montado um banco único de dados genômicos e de transcritos de citros... / Abstract: The bacterium Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii type C (XAC) is the causative agent of cancrose C, which affects only acid lime 'Galego' (Citrus aurantifolia (Christm) Swingle). The main phenotypic characteristic of this disease is the hyperplasia and hypertrophy of the affected tissue, leading to the formation of erupescentes characteristic lesions, and responsible for the abnormal cell growth is a transcription activator-like (TAL) effector family (also called the avrBs3/pthA family), which is injected into the plant by the type type III secretion system (T3SS) and is translocated to the nucleus, where it interacts with UPA-box regions (up-regulated by AvrBs3) and acts as a transcriptional activator. The sweet orange varieties are resistant, and when inoculated with XauC show strong hypersensitive response (HR), causing local programmed cell death (apoptosis) and abscission of affected leaves. The mechanisms that give the acid lime 'Galego' susceptibility to XauC is not known. This study aimed to identify, through next-generation sequencing (NGS), plant differentially expressed transcripts involved in host-pathogen interaction in pathosystems XauC-orange 'Hamlin' (species resistant) and XauC-acid lime 'Galego' (species susceptible). Leaves from 'Hamlin' and acid lime 'Galego' were inoculated with XauC suspension at a concentration of 106 cfu/mL (experimental) or sterile water (control) and collected at 5 and 7 days after inoculation (dai). Total RNA was extracted and used for transcriptome analysis by RNA-seq. The transcripts obtained from sequencing were normalized and redundancies removed. A single bank of genomic data and citrus transcripts was assembled, which was called CitSeqDB and is the junction of 6 public banks: AFFYM, NCBI Unigene, USDA, CITRUSGDB and PHYTOZOME. Transcripts that proved to be differentially expressed relative to controls were confronted with the bank and functional annotation was performed using ... / Doutor

Orientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Helen Alves Penha / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / A Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é a bactéria causadora da doença cancro cítrico. A doença atinge todas as variedades comerciais de citros e, o entendimento da relação fitopatogênica permitirá conhecer formas mais eficientes de controle da bactéria. Com o sequenciamento e análise do genoma e transcriptoma da Xac, foram identificadas ORFs que, provavelmente, estão envolvidas em processos de ataque e colonização da bactéria. Para iniciar a caracterização de uma destas ORFs foram utilizadas, neste estudo, as estratégias de mutação sítio-dirigida de PCR por sobreposição e extensão e modelagem molecular. A ORF XAC0239, é predita como proteína de membrana plasmática, e por homologia, possivelmente, pode fazer parte de uma proteína transportadora de zinco, além disso, há indícios de que é regulada por um fator sigma. A mutação teve efeito negativo sobre a ação de celulases e motilidade swimming e efeito positivo sobre a formação de biofilme e a multiplicação bacteriana in vivo. Aqui é sugerido que na falta desta proteína, houve pouca absorção de zinco, necessário para a formação de biofilme e consequentemente, para a patogenicidade. Além disso, sugestiona-se que, como subterfúgio, a bactéria superexpressou genes para produção e/ou ação de celulases, tentando atacar o hospedeiro de forma alternativa. / Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) causes the citrus canker disease. The disease reaches all commercial varieties of citrus and, the understanding of the phytopathogenic relationship allow knowing the ways of control of bacteria. With sequencing of the Xac genome and the realization of a transcriptome, ORFs have been identified that are probably involved in bacterial attack and colonization processes. To initiate the characterization of one of these ORFs, in this study, the strategies of site-directed mutagenesis by overlap extension PCR and molecular modeling were used. The ORF XAC0239 is predicted as plasma membrane protein, and by homology may possibly be part of a zinc transporter protein, moreover, there are indications that it is regulated by a sigma factor. The mutation had a negative effect at the cellulases action and swimming motility and a positive effect on biofilm formation and in vivo multiplication. Here it is suggested that in the absence of this protein, there was little absorption of zinc, necessary for biofilm formation and consequently for pathogenicity. In addition, it is suggested that, as a subterfuge, the bacteria overexpressed genes for production and / or cellulases action, trying to attack the host on alternative way. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-04-28Bitstream added on 2014-06-13T20:21:38Z : No. of bitstreams: 1 teixeira_ec_dr_araiq.pdf: 2441746 bytes, checksum: 6a8b98becf92d1426314457c9b30825c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho teve como principal objetivo realizar estudos funcionais na bactéria Xac, estudando o possível envolvimento dos genes copA, copB e cutC no mecanismo de resistência a cobre nesta bactéria. Estes estudos funcionais envolveram: análise da expressão dos genes durante o crescimento na presença de cobre por Northern e Western blots e por eletroforese bi-dimensional, produção e purificação das proteínas recombinantes e produção de anticorpos, inativação de um dos genes (copA) para avaliar a participação da proteína CopA no mecanismo de resistência a cobre e análise da interação das proteínas de resistência a cobre com outras proteínas de Xac através do ensaio de duplo híbrido de leveduras. Os resultados obtidos mostraram que a linhagem mutante infecta a planta, mas os sintomas são mais retardados na presença do metal, quando comparada à linhagem selvagem. O crescimento das células mutantes na ausência e presença de cobre in planta indicou maior sensibilidade ao cobre pelas células mutantes. Na tentativa de verificar se as proteínas CopA, CopB e CutC interagem com outras proteínas de Xac, um ensaio de duplo híbrido de leveduras foi realizado. Através deste ensaio, algumas proteínas foram identificadas, as quais necessitam de estudos de caracterização adicionais. / Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is the causal agent of the citrus canker, a serious disease that affects the most commercial citrus cultivars causing serious economic impacts. Symptoms include canker lesions, leading to abscission of fruit and leaves and general tree decline. By sequencing the genome of this bacterium (ONSA Network, FAPESP, Brazil), a better knowledge of this microorganism and its molecular interactions with the host might be elucidated. For this, we analyzed the gene expression during growth in the presence of copper by Northern and Western blots, 2D-electrophoresis, production and purification of the CopA, CopB, and CutC recombinant proteins, inactivation of the copA gene to evaluate the participation of CopA protein in the copper resistance mechanism, and protein-protein interactions assays by the yeast two-hybrid assay. Results showed that the mutant strain infects the plant, but the lesions formation was retarded in the presence of copper. The mutant strain showed more sensitivity to copper than the wild type strain during growth in planta. In order to verify whether the CopA, CopB, and CutC proteins interact with other proteins of Xac, a yeast two-hybrid assay was performed. By this assay, some proteins were identified, which need further characterizations.

Resumo: Recentemente, em dois campos comerciais de tomateiro dos tipos Salada e Italiano, localizados respectivamente em Bragança Paulista e Mogi Guaçú, SP, foram observados sintomas de queima generalizada nas folhas. Em observações ao microscópio óptico de tecidos infectados foi constatada a presença de exsudação bacteriana. Isolamentos realizados em meio de cultura permitiram obter bactérias com formato bastonete, Gramnegativas, com colônias de coloração branca e produtoras de pigmento fluorescente em meio B de King. Isolados bacterianos foram submetidos a testes bioquímicos e fisiológicos, entre eles, LOPAT, sendo enquadrados no grupo III de LOPAT (- + - - +) e, portanto, identificados como sendo Pseudomonas cichorii. Esses resultados foram corroborados por testes serológicos de imunofluorescência indireta, com antissoros produzidos para isolado tipo de P. cichorii. Esta bactéria causa doença em várias culturas de importância econômica e ainda não havia sido constatada em nosso país, na cultura do tomateiro. Isolados bacterianos encontramse depositados na Coleção de Culturas de Fitobactérias do Instituto Biológico, sob os números de acesso IBSBF 2309 e IBSBF 2323. Foram desenvolvidos também estudos visando a determinação da gama de hospedeiras e a reação de 28 genótipos de tomateiro aos isolados de P. cichorii. Plantas de abobrinha, alface, beldroega, berinjela, beterraba, cenoura, couvebrócolo, datura, fumo, girassol, jiló, melão, pepino, petúnia, pimentão, rabanete, repolho, rúcula, salsa e tomateiro, no estágio de um par de folhas verdadeiras, foram inoculadas por pulverização com os isolados IBSBF 2309 e IBSBF 2323 e um isolado de P. cichorii de girassol (GIR-1). Os isolados IBSBF 2309 e IBSBF 2323 mostraram-se patogênicos à beldroega, à datura, ao girassol, ao pimentão e ao tomateiro, enquanto que o isolado de girassol foi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Recently, generalized blight symptoms were observed in tomato leaves of the Salada and Italiano types, in two commercial fields located, respectively, in Bragança Paulista and Mogi Guaçú, SP, Brazil. The presence of bacterial exudation was verified in observations of infected tissues under the optical microscope. Rod-shaped, Gram-negative bacteria were obtained from isolations in culture medium; the colonies were white and produced fluorescent pigment in King's B medium. Bacterial isolates were submitted to biochemical and physiological tests, including LOPAT, and were classified into LOPAT group III (- + - - +); consequently, they were identified as Pseudomonas cichorii. These results were corroborated by indirect immunofluorescence tests, using antisera produced for the type isolate of P. cichorii. This bacterium causes diseases in several crops of economic importance and had not yet been observed in tomato in Brasil. Bacterial isolates were deposited in Phytobacteria Culture Collection of Instituto Biológico, under accession numbers IBSBF 2309 and IBSBF 2323. Studies were also carried out in order to determine the host range and reaction of 28 tomato genotypes to P. cichorii isolates. Caserta pumpkin, lettuce, purslane, eggplant, beet, broccoli, carrot, Jimson weed, sunflower, tobacco, scarlet eggplant, melon, cucumber, petunia, green pepper, radish, cabbage, arugula, parsley, and tomato plants, all with one pair of true leaves, were spray-inoculated with isolates IBSBF 2309 and IBSBF 2323 and one P. cichorii isolate from sunflower (GIR-1). Isolates IBSBF 2309 and IBSBF 2323 were pathogenic to purslane, Jimson weed, sunflower, green pepper, and tomatoe, while the sunflower isolate was only pathogenic to purslane, Jimson weed, and sunflower, but not to green pepper or... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Antonio Carlos Maringoni / Coorientador: Luís Otávio Saggion Beriam / Banca: Margarida Fumiko Ito / Banca: Ricardo Gioria / Mestre

Orientador: Durvalina Maria Mathias dos Santos / Coorientador: Camilo Lázaro Medina / Banca: Antonio Baldo Geraldo Martins / Banca: Dirceu de Mattos Júnior / Resumo: O huanglongbing (HLB) é considerada a mais severa doença em citros, foi constatada no Brasil em 2004 e desde então tem causado sérios danos à citricultura do país, podendo colocar em risco esse importante setor do agronegócio brasileiro. A doença é causada por bactérias limitadas ao floema. Os sintomas típicos das plantas são mosqueamento, ramos amarelos, frutos deformados e pequenos. Obstruções no floema, comuns no processo infeccioso também podem afetar a fotossíntese e as relações hídricas. Os sintomas do HLB podem ser mascarados por outros sintomas gerados a partir de algumas doenças, além do mais, tais sintomas podem ser confundidos com algumas deficiências minerais. O trabalho teve como objetivo verificar os efeitos do HLB no processo fotossintético, condutância estomática, transpiração, potencial hídrico e no conteúdo mineral das flores, folhas e ramos, em plantas de laranja 'Valência', visando conhecer as respostas fisiológicas nas plantas infectadas pela doença. Os tratamentos consistiram em plantas sadias; plantas doentes assintomáticas e plantas doentes sintomáticas. As trocas gasosas e relações hídricas foram medidas em dez/2011 e mar/2012. Para a estimativa da taxa de assimilação de carbono (A), condutância estomática (gs) e transpiração (E) foram selecionadas folhas de 8 a 9 meses de idade, porém evitou-se folhas com sintomas severos nas plantas sintomáticas, essas medidas foram realizadas às 8:00, 12:00 e 15:00 h. O potencial da água das folhas (Ψf) foi medido às 6:00 e 14:00 h, foram selecionados ramos com três folhas cada. Foram realizadas seis avaliações nutricionais para folhas e ramos, com intervalos de 30 dias cada, e as flores foram avaliadas apenas em Nov/2011. Os resultados evidenciaram que, A não foi alterada pela doença, mas a gs e a E apresentaram redução em plantas doentes, sintomáticas e assintomáticas, na ... / Abstract: The huanglongbing (HLB) is considered one of the most severe diseases of citrus. Since its discovery in Brazil in 2004, it has caused serious damage to the citrus production and industry in the country, making vulnerable this important sector of the Brazilian agribusiness. This disease is caused by phloemrestricted bacteria. Typical symptoms of plants are mottled, yellow branches, and small deformed fruits. Infected trees show phloem obstructions, which can also affect photosynthesis and water relations. The symptoms of HLB may be masked by other symptoms generated from some diseases, moreover, such symptoms can be confused with some mineral deficiencies. The objective of this study was to investigate the effects of HLB in the photosynthetic process, stomatal conductance, transpiration, water potential and mineral content of the flowers, leaves and branches on orange trees [Citrus sinensis (L.) Osbeck, 'Valencia'], to determine the physiological responses in plants infected by the disease. The treatments consisted of healthy plants, plants asymptomatic patients and symptomatic diseased plants. Gas exchange and water relations were measured in December/2011 and March/2012. To estimate the rate of carbon assimilation (A), stomatal conductance (gs) and transpiration (E) were selected leaves 8-9 months old, but was avoided leaves with severe symptoms in symptomatic plants, these measurements were performed 8:00 a.m., 12:00 a.m. and 3:00 p.m. The leaf water potential (Ψf) was observed during two day periods, at 6:00 a.m. and 2:00 p.m. Nutritional assessments were carried out for six leaves and branches, with intervals of 30 days each, and the flowers were evaluated only in November/2011. The results showed that A was not affected by the disease, but gs and E decreased in symptomatic and asymptomatic diseased plants, in the second evaluation. There was a reduction in Ψf at 2:00 p.m. Once ... / Mestre

Orientador: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Luís Otávio Saggion Beriam / Banca: Ricardo Marcelo Gonçalves / Banca: Tadeu Antonio Fernandes da Silva Júnior / Banca: Renate Krause Sakate / Resumo: A murcha-de-curtobacterium, incitada por Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff), é uma das principais doenças do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) no Brasil e em alguns países do mundo. Até o momento, sua principal forma de manejo é a utilização de cultivares com níveis de resistência. Porém há escassez de informações sobre a dinâmica populacional bacteriana, mecanismos de resistência e produtividade nessas cultivares. Diante disto, os objetivos deste trabalho foram: avaliar a dinâmica populacional de Cff em cultivares resistentes e suscetíveis de feijoeiro; caracterizar as principais alterações fisiológicas em resposta ao processo de infecção das plantas por Cff e; avaliar as características agronômicas das plantas de feijoeiro de cultivares resistentes e suscetíveis em resposta à infecção por Cff. Para tal, os ensaios foram conduzidos em casa-de-vegetação, na Faculdade de Ciências Agronômicas, UNESP, Botucatu-SP. No primeiro ensaio e na sua repetição, foi avaliada a dinâmica populacional bacteriana em cultivares resistentes e suscetíveis de feijoeiro nos quatro primeiros entrenós. No segundo ensaio, foi avaliada a atividade das enzimas superóxido dismutase (SOD), polifenoloxidase (PFO), peroxidase (POX) e a concentração de proteínas e compostos fenólicos totais em nove coletas realizadas às 0, 12, 24, 48, 72, 96, 120, 168 e 336 horas após a inoculação. No terceiro ensaio, em três repetições, foram avaliadas as principais características agronômicas par... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Bacterial wilt, induced by Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff), is one of the main disease of common bean crops (Phaseolus vulgaris L.) in Brazil and around world. Until now, the basic management form is the cultivars application with levels of resistance, however there is lack of information about bacterial population dynamic, resistance mechanisms and productivity in those cultivars. Based on that, the objectives of this work were: to evaluate the dynamic of Cff population in resistant and susceptible cultivars of common bean; to characterize the main physiological alterations in response to the plant colonization process by Cff and; to measure the agronomic parameters of bean plants from resistant and susceptible cultivars in response to the colonization by Cff. To this end, the assays were performed in greenhouse condition located on Faculdade de Ciências Agronômicas, UNESP, Botucatu-SP. During the first assay and your respective repetition, was evaluated the dynamic bacterial population in resistant and susceptive cultivars of bean in the first four internodes. In the second assay, was evaluate the activity of the enzymes superoxide dismutase (SOD), polyphenoloxidase (PPO), peroxidase (POX) and the concentration of proteins and total phenolic compounds in nine collections accomplished at 0, 12, 24, 48, 72, 96, 120, 168 and 336 hours after the inoculation. About the third assay, with three repetitions, were evaluated the main agronomic parameters for beans crop, such as number of pods per plant, number of grain per pod, mass of one hundred grains, along with the severity of the disease. It was observed that the colonization in cultivars with levels of resistance is slowest and present the smallest number of bacteria in their tissues comparing the susceptive cultivars, as this result influenced by medium temperatures higher. The enzymes evaluated respond with greater ... / Doutor