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Dissertacao_BCM_AssmaaElKhal.pdf: 1644167 bytes, checksum: 7bb691d3e4aacbab44aea2489c898875 (MD5) / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / O crescente surgimento de resistência bacteriana aos antibióticos convencionais é um grave problema que precisa ser enfrentado, seja pela descoberta de novas substâncias antimicrobianas, naturais ou sintéticas, ou através da pesquisa de terapias alternativas que sejam economicamente acessíveis. A terapia de fagos é
uma dessas alternativas. Trata-se de uma forma de controle biológico, baseado em vírus específicos que infectam e destroem células bacterianas: os bacteriófagos. No entanto, esta é uma fonte terapêutica ainda pouco explorada.
Esse trabalho utilizou o cultivo, isolamento e sequenciamento do genoma, além de técnicas de genômica de alto desempenho para isolar e caracterizar o genoma de bacteriófagos específicos para a linhagem enteroinvasiva de Escherichia coli ATCC 43893, visando o entendimento e a definição do ciclo de infecção desses vírus (líticos ou lisogênicos). A metodologia utilizada nessa pesquisa possibilitou o isolamento de 12 vírus. 8 diferentes linhagens virais tiveram seu material genético extraído e purificado, apresentando bom rendimento e quantidade reduzida de DNA bacteriano contaminante. O sequenciamento do genoma desses 8 vírus foi realizado usando a plataforma de nova geração MiSeq. Foi analisada a diversidade genética desses bacteriófagos e verificou-se que são vírus da ordem Caudovirales, sendo 2 da família Siphoviridae e 6 da família Myoviridae. Apenas um deles mostrou potencial de ter ciclo lisogênico, os outros sete vírus não
continham nenhum gene que sugerisse isso. Entretanto, apesar dos bacteriófagos isolados não terem apresentado genes relacionados ao ciclo lisogênico, análises mais aprofundadas devem ser realizadas para comprovar que são realmente exclusivamente líticos, já que muitos não apresentam seu genoma completo e
mais de 50% dos genes anotados não têm função definida. / serious problem that needs to be faced, either through the discovery of new antimicrobial substances, natural or synthetic, or by searching for alternative therapies that are affordable. The phage therapy is one of those alternatives. It is a form of biological control based on specific viruses that infect and kill bacterial
cells: the bacteriophages. However, this therapeutic source is still poorly explored.
This study used the cultivation, isolation and sequencing of the genome, as well as high-performance genomic techniques to isolate and characterize the genome of specific bacteriophages for enteroinvasive Escherichia coli ATCC 43893, for the understanding and the definition of the infection cycle (lytic or lysogenic) of these viruses. The methodology used in this study allowed the isolation of 12 viruses. 8
different viral strains had their genetic material extracted and purified, with good yield and reduced amount of contaminating bacterial DNA. The sequencing of the genome of these 8 viruses was conducted using the new generation MiSeq platform. The the genetical diversity of these bacteriophages was analyzed and it
was found that the viruses belong to the Caudovirales order, which 2 belong to the Siphoviridae family and 6 to the Myoviridae family. Only one of them showed the potential to have lysogenic cycle, the other seven viruses contained no gene to suggest that. However, despite the isolated bacteriophages have not presented
genes related to lysogenic cycle, further analysis should be conducted to demonstrate that they are really exclusively lytic, since many do not have their genome completed and more than 50% of the annotated genes have no defined function.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/16301 |
| Date | 19 October 2016 |
| Creators | El Khal, Assmaa |
| Contributors | Cuadros Orellana, Sara, Oliveira, Guilherme Corrêa de, Silva, Carlos Eduardo Calzavara, Fonseca, Flávio Guimarães da, Mourão, Marina de Moraes, Oliveira, Guilherme Corrêa de |
| Publisher | s.n. |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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