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Previous issue date: 2010-08-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In Brazil, naturalized pigs or animals called locally adapted are endangered species due to the overvaluation of exotic pig breeds that have caused loss of genetic diversity in these populations. Thus, this study aimed to characterize diversity and genetic structure of nine pig genetics groups locally adapted: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) and mongrel (SRD; n=47) and three exotic breeds (Duroc=04, Landrace=21 and Large White=04) with 18 microsatellite markers as well as testing these markers to allocate individuals from a mongrel population and their actual population. It was detected 198 alleles with 18 loci examined in 190 pigs from 12 genetic groups, all of them were polymorphic with PIC (polymorphic information content) ranged from 0.541 (SW72) to 0.933 (S0005). The results of AMOVA showed that 3.2% of total variation came from the difference between genetic groups (P<0.0001) and 3.6% (P<0.0001) between local and commercials pigs. The average alleles and alleles effectives Nea were lower for commercial Duroc breed (3.65 and 3.008) and higher for mongrel populations (8.89 and 4.53) and Canastra (8.61, 4.58) detaching the high genetic diversity of the last ones. The nine local GG showed greater average value for the rates: alleles average number (Nam = 7.22), Nea (4.18), PIC (0.67) and the expected heterozygosis (He = 0.71), while the heterozygosis observed (Ho = 0.60) was lower due to intrapopulation inbreeding (FIS = 0.17). Using the UPGMA method, Landrace breed was grouped with Canastra, Moura, Canastrão, Baé and Caruncho populations. Another group was formed by populations Piau, Mongrel, Nilo and Mamelado, while Large White and Duroc breeds were isolated from the rest. Based on the two populations (K=2) for allocation of mongrel pigs, most (71.8%) individuals SRD was grouped into separate clusters of commercial breeds. Two clusters seem to accordingly describe the distribution of genetic variability found in 12 GG, which showed low level of differentiation, leading to a complex population genetic structure and the 18 loci were effective to allocate mongrel individuals to their actual population. / No Brasil, os suínos naturalizados ou animais ditos localmente adaptados encontramse em via de extinção devido à supervalorização das raças suínas exóticas que tem ocasionado perda de diversidade genética nessas populações. Dessa forma, objetivou-se caracterizar a diversidade e estrutura genética de nove grupos genéticos (GG) de suínos localmente adaptados: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) e Sem Raça Definida (SRD; n=47) e três raças exóticas: Duroc (n=04), Landrace (n=21) e Large White (n=04) com 22 marcadores microssatélites, e testar a viabilidade desses marcadores para alocar indivíduos de um GG SRD à sua população real. Detectou-se 198 alelos com 18 loci analisados em 190 suínos de 12 GG, todos foram polimórficos com PIC (conteúdo de informação polimórfica) variando de 0,54 (SW72) a 0,93 (S0005). Os resultados da AMOVA mostraram que 3,2% da variação total foram provenientes da diferença entre GG (P<0,0001) e 3,6% (P<0,0001) entre suínos locais e comerciais. As médias de alelos totais e efetivo de alelo (Nea) foram menores para a raça comercial Duroc (3,65 e 3,01) e maiores para os GG SRD (8,89 e 4,53) e Canastra (8,61e 4,58). Os nove GG locais apresentaram maior valor médio para os índices: número médio de alelos (Nam = 7,22), Nea (4,18), PIC (0,67) e heterozigosidade esperada (He = 0,71), enquanto, a heterozigosidade observada (Ho = 0,60) foi menor devido à consanguinidade intrapopulacional (FIS = 0,17). Com exceção da raça Large White, todos os GG apresentaram desvio significativo (P<0,05) para o Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Utilizando o método UPGMA a partir da distância genética padrão de Nei, a raça Landrace foi agrupada com os GG locais Canastra, Moura, Canastrão, Baé e Caruncho. Baseando-se nos dois grupamentos (K=2) para os testes de alocação dos suínos SRD, a maior parte (71,8%) dos indivíduos SRD foi agrupada em clusters separados das raças comerciais. Dois grupamentos parecem descrever adequadamente a distribuição da variabilidade genética encontrada nos 12 GG, os quais apresentaram baixo nível de diferenciação, conduzindo a uma estrutura genética populacional complexa, e os 18 loci foram eficazes para alocar os indivíduos SRD a sua população real.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2:tede2/6737 |
| Date | 12 August 2010 |
| Creators | SILVA, Elizabete Cristina da |
| Contributors | DUTRA JÚNIOR, Wilson Moreira, PAIVA, Samuel Rezende, GOMES FILHO, Manoel Adrião, MAIA, Maria de Mascena Diniz |
| Publisher | Universidade Federal Rural de Pernambuco, Programa de Pós-Graduação em Zootecnia, UFRPE, Brasil, Departamento de Zootecnia |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPE, instname:Universidade Federal Rural de Pernambuco, instacron:UFRPE |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | -3881065194686295060, 600, 600, 600, 600, -7685654150682972432, 1346858981270845602, 2075167498588264571 |
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