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Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Uma família de enzimas do tipo aspartil proteases, conhecida como Plasmepsinas, tem sido descrita como alvo atrativo para pesquisa e desenvolvimento de novos compostos terapêuticos para o tratamento da malária. Isto se deve ao fato de que no vacúolo alimentar do parasita existem quatro Plasmepsinas ativas e a inibição destas impede que o parasita degrade a hemoglobina, sua fonte de nutrientes para crescimento e maturação. Sabendo-se que os parasitas Plasmodium falciparum spp. adquirem uma rápida resistência aos atuais fármacos antimalariais, se faz necessário que novos e mais efetivos fármacos sejam descobertos para tratamento desta doença. A área de planejamento de novos fármacos baseado em estrutura (Structure Based Drug Design - SBDD) é considerada estratégica pois se baseia em uma maior compreensão dos mecanismos de reconhecimento molecular através da utilização de métodos computacionais
O objetivo deste trabalho foi estudar, através da identificação dos modos de ligação e da determinação da energia livre de ligação, uma nova série de compostos planejados pelo Departamento de Síntese Orgânica de Farmanguinhos-Fiocruz. Métodos de docking e dinâmica molecular foram combinados e mostraram vantagens na utilização conjunta dessas técnicas apresentando uma boa correspondência entre o valor de energia livre de ligação, calculado através do método LIE, e o valor da afinidade de ligação obtida experimentalmente para os compostos estudados. Os resultados foram satisfatórios pois mostraram que os métodos usados no estudo de interações receptor-ligante envolvendo moléculas da família de aspartil proteases são interessantes na determinação dos plausíveis modos de ligação dos protótipos no sítio de ligação do alvo molecular / A family of aspartyl proteases enzyme, known as Plasmepsins, has been described
as attractive target for research and development of new therapeutic com
pounds for
treatment of malaria. This is because within the digestive vacuole of the parasite
there exist four active Plasmepsins whose inhibition prevents these parasites to
degrade the hemoglobin which is the source of nutrients for their growth and
matu
ration. Bearing in mind that the parasites of the genre
Plasmodium falciparum
spp
. acquire a rapid resistance to the antimalarial drugs currently on the market, it is
necessary that new and more effective compounds are discovered to treat the
disease. The
field of Structure Based Drug Design
–
SBDD is nowadays considered
crucial because it relies on the profound understanding of the mechanisms of
molecular recognition through the use of computational methods.
Thus, the goal of this study was to
identify
th
e binding modes and determining the
free energy of binding of a new series of compounds planned by the Department of
Organic Synthesis of Farmanguinhos
–
FIOCRUZ. The joint application of docking
and molecular dynamics methodologies showed advantages in us
ing these
techniques together. The results presented a good correspondence between the
calculated free energy values using the Linear Interaction Energy
–
LIE method of
compounds and their experimental values. The results may be considered
satisfactory in
the context of this job and show that the approach here applied to
study receptor
-
ligand interactions involving molecules of the aspartyl proteases
family was adequate in determining the plausible binding modes of prototypes
molecules in the target binding
site
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/12866 |
| Date | January 2012 |
| Creators | Hammes, Amanda Sutter de Oliveira |
| Contributors | Silva Junior, Floriano Paes, Sant’Anna, Carlos Mauricio Rabello de, Romeiro, Nelilma Correia, Alves,Carlos Roberto, Sodero, Ana Carolina Rennó, Caffarena, Ernesto Raul, Magalhães, Camila Silva de |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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