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Previous issue date: 2015-02-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Nematodes cause losses in plants throughout the world that can be translated into many economic losses. The root-knot nematodes (Meloidogyne sp.) are the most common and destructive pathogens within this group. In order to get an efficient method of nematode management, it is need to identify species and quantify accurately and reliably. The aim of this research was to optimize an assay based on real-time PCR to detect and quantify M. incognita. For this purpose the effectiveness of different DNA methods of extraction were compared through the values of Ct intervals. The DNA extraction was made from 100 individual nematodes by the methods: CTAB, Phenol: Chloroform and commercial kit (PureLink® Genomic ADN Kit, Invitrogen). In the comparative analysis using the three methods the CTAB method and commercial kit obtained similar Ct values. The CTAB was the best method of extraction with less variation among the replications and showed higher linearity of the standard curve in comparison with the other methods tested. It was possible to quantify nematodes in the samples based on the intervals of the Ct values established from different numbers of nematodes (1, 10, 25, 100, 250, 500 and 750). This study demonstrated that qPCR technique is a sensitive and reliable alternative for the quantification of M. incognita that may help laboratories of diagnose and field survey. Twenty-six populations of the root-knot nematode (Meloidogyne spp.) from five locations of the state of Bahia, five from the state of Mato Grosso, four from the state of Goiás and one from the state of Minas Gerais, were characterized based on morphology of perineal cut, biochemical analysis through esterase profile and molecular analysis with specific primers. Identification of nematodes in the samples using the analysis of perineal cut, esterase profile and molecular analysis was possible, but with some variations in the perineal patterns and some atypical profiles of esterase. In the analyses of esterase profiles were found 69.23% of M. javanica with esterase profiles J3 and J2, and 30.77% of M. incognita with esterase profile I1. There was a higher occurrence of M. javanica in the areas cultivated with soybeans. Molecular analysis showed to be practical and accurate. / Nematoides causam perdas em plantas em todo o mundo, as quais podem ser traduzidas em muitos prejuízos econômicos. Os nematoides das galhas (Meloidogyne spp.) são os mais comuns e destrutivos dentro deste grupo de patógenos. Para conseguir implantar um método eficiente de manejo de fitonematoides há uma necessidade de identificação das espécies e quantificação precisa e confiável. O objetivo deste trabalho foi a otimização de um ensaio baseado em PCR em tempo real para detectar e quantificar M. incognita. Para isto diferentes métodos de extração de DNA e sua eficiência foram comparados. A extração de DNA foi feita a partir de 100 nematoides pelos métodos do CTAB, Fenol: Clorofórmio e KIT comercial (PureLink® Genomic DNA Kits, Invitrogen). Na análise comparativa destes três métodos de extração de DNA observou-se que o método CTAB e o utilizando o Kit comercial obtiveram igual eficiência, dados pelos valores próximos Ct (cycle threshold). O melhor método de extração foi considerado o CTAB, apresentando menor variação entre as diferentes amostras biológicas utilizadas como repetições e demonstrando maior linearidade na curva-padrão em comparação com os demais métodos testados. Foi possível estabelecer um parâmetro para a quantificação de nematoides nas amostras baseado em faixas de valores de Ct, estabelecidas a partir de diferentes números de indivíduos (1, 10, 25, 100, 250, 500 e 750). Este estudo demonstrou que a técnica de qPCR é uma alternativa sensível e confiável para a quantificação de M. incognita, para auxiliar laboratórios de diagnóstico e o monitoramento no campo desses nematoides. Vinte e seis populações do nematoide das galhas (Meloidogyne spp.), provenientes de cinco municípios do Estado da Bahia, cinco municípios do Estado do Mato Grosso, quatro municípios do Estado de Goiás e um município do Estado de Minas Gerais, foram caracterizados com base em: morfologia do corte perineal, análise bioquímica por meio de perfil de esterase e análise molecular com iniciadores específicos. Baseado nestes parâmetros foi possível a identificação das amostras, porém foram encontradas algumas variações nos padrões perineais e perfis atípicos nos perfis de esterase. Nas análises dos perfis de esterase foram encontradas 69,23% de M. javanica com perfis de esterase J3 e J2, e 30,77% de M. incognita com perfil de esterase I1. Verificou-se a maior ocorrência de M. javanica, nas áreas coletadas cultivadas com soja. A análise molecular se mostrou prática e precisa.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/5957 |
| Date | 23 February 2015 |
| Creators | Oliveira, Camilla Martins de |
| Contributors | Rocha, Mara Rúbia da, Silva, Silvana Petroveza da, Freitas, Marcos Augusto de, Rocha, Mara Rúbia da, SIlva, Silvana Petrofeza da, Furlanetto, Cleber, Lobo Júnior, Murillo |
| Publisher | Universidade Federal de Goiás, Programa de Pós-graduação em Agronomia (EAEA), UFG, Brasil, Escola de Agronomia e Engenharia de Alimentos - EAEA (RG) |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFG, instname:Universidade Federal de Goiás, instacron:UFG |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 842119561133988381, 600, 600, 600, 600, 4500684695727928426, -8449819070180741964, -2555911436985713659 |
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