Coorientadora: Profa. Dra. Rose Adele Monteiro / Orientador : Prof. Dr. Luiz Antônio Pereira Neves / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 27/02/2012 / Bibliografia: fls. 61-64 / Resumo: Atualmente, com as inúmeras tecnológicas disponíveis para sequenciamento de transcritos, o problema consiste no número de ferramentas computacionais para a análise de dados. Neste trabalho apresentamos o desenvolvimento do Genetic Transcript Analyzer (GTA), uma nova ferramenta para comparação de resultados da análise de expressões gênicas por RNA-Seq para diferentes amostras, gerando informações mais ricas a partir de dados brutos no formato BAM ou SAM. O sistema proposto é freeware e foi desenvolvido utilizando a linguagem de programação Java® com auxílio da ferramenta SamTools®, uma biblioteca Java para leitura de arquivos no formato SAM e BAM (Heng li et al, 2009). As validações do sistema deram-se através de entrevistas de satisfação dos usuários e comparações diretas com programas de planilhas eletrônicas e também com comparações descritivas com outros softwares disponíveis que possuam módulos semelhantes ao aqui proposto. O resultado desta pesquisa foi o desenvolvimento de uma solução simples e prática para analisar os resultados de sequenciamentos realizados por máquinas de sequenciamento da nova geração através do método Rna-Seq. / Abstract: Nowadays, with a large number of technological tools available, the bottleneck has moved from collection to data analysis. This paper presents the development of the GTA (Genetic Transcript Analyzer), a new tool for comparing biological samples and analysis of statistical data, comparing their gene expression and generating richer information from the raw data type coming from sorted BAM files. The proposed system is freeware and was designed and built using the Java® language with the tool Samtools®, a Java library for reading files in SAM and BAM files(Heng li et al, 2009) . The system validations are made through user satisfactions interviews and direct comparisons with the program actually used by the professional, the Microsoft Excel and also descriptive comparison with others softwares that can make genetic data comparisons . As result we had developed a new computer software able to analyze the results of the new high output machines that works with Rna-Seq.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:dspace.c3sl.ufpr.br:1884/32331 |
| Date | January 2012 |
| Creators | Silva, Jesse Teixeira da |
| Contributors | Monteiro, Rose Adele, Neves, Luiz Antonio Pereira, Universidade Federal do Paraná. Setor de Educação Profissional e Tecnológica. Programa de Pós-Graduação em Bioinformática |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | 64f. : il., grafs., tabs., application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPR, instname:Universidade Federal do Paraná, instacron:UFPR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | Disponível em formato digital |
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