The study of skin microbiota has always been focused from a clinical point of view.
However, an ecological approach to the skin microbiota is impeded by different
methodological limitations, including the high host/microbial DNA ratio or the low
microbial content. In contrast with the burgeoning field of gut metagenomics, skin
metagenomics has been hindered by the absence of an efficient methodology to
work with skin microbial DNA. This thesis aims to settle the basis for further human skin
microbiome studies from a systems approach. I have set four different important
approaches for a ecological and systematic view of skin: 1) I have tested and
compared a method to construct NGS libraries from trace amounts of DNA, allowing to
work with very rare samples, and performing multiple functional experiments on the
same sample; 2) I have defined a method to isolate the microbial DNA from a skin
sample, to perform actual metagenomic studies. We have proved the utility of the
method by constructing 2 metagenomic libraries from mouse skin biopsies; 3) I have
tested the relationship between microbial diversity and unrelated phenotypes in mouse
skin samples; 4) I have analyzed the host phenotypical spectra, characterized what it is
metabolic health, and assessed the relationship between health and microbiota. / L’estudi de la microbiota de la pell ha estat sempre enfocat cap a un punt de vista
clínic. No obstant, una aproximació ecològica a la microbiota cutània és
impossibilitada per multiples limitacions metodològiques, que inclouen la baixa ràtio de
DNA hospedador/DNA comensal o la baixa quantitat absoluta de DNA microbià. En
contrast al pròsper camp de la metagenòmica intestinal, la metagenòmica cutània ha
estat obstaculitzada metodològicament, i per això, aquesta tesi intenta sentar les
bases per al futur de l’estudi del microbioma cutàni i la aplicació d’una aproximació
de sistemes. He aplicat quatre aproximacions importants per a la observació
sistemàtica i ecològica de la pell: 1) He testat i comparat un mètode per construir
llibreries de NGS a partir de traces de DNA, permetent treballar amb mostres de difícil
obtenció i aplicar-hi multiples experiments funcionals a la mateixa mostra, sense haver
d’usar tot el material en la seqüenciació; 2) He definit un mètode per a aïllar el DNA
microbià d’una mostra de pell completa per tal de dur a terme una anàlisi
metagenòmica de la mostra. Hem demostrat la seva utilitat construint dues llibreries
independents a partir de pell de ratolí; 3) He analitzat la relació entre la diversitat
microbiana i un fenotip aïllat de l’hospedador; 4) He analitzat l’espectre fenotípic de
l’hoste des d’un punt de vista sistèmic, he caracteritzat l’estat de salut metabòlica i la
seua relació amb la microbiota.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UPF/oai:www.tdx.cat:10803/119618 |
| Date | 21 June 2013 |
| Creators | Garcia i Garcerà, Marc, 1982- |
| Contributors | Calafell i Majó, Francesc, Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Publisher | Universitat Pompeu Fabra |
| Source Sets | Universitat Pompeu Fabra |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 234 p., application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess, L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/es/ |
Page generated in 0.002 seconds