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Characterization of the in vivo functions of PrimPol, a novel TLS primase-polymerase

Stevanović, Irena, 1980- 04 December 2013 (has links)
We have identified PrimPol, a yet uncharacterized protein that can act in vitro as a low processivity polymerase able to bypasses thymine dimers in DNA. PrimPol localizes to both the nucleus and mitochondria. In order to investigate functional role of this enzyme we have generated genetrap mice and knock out mice where PrimPol expression is abolished. In cells lacking PrimPol, we can see increased genomic instability even in the absence of damage, indicating that it may suppress expression of common fragile sites. Upon UV damage and aphidicolin treatment, there was a significant increase in chromosomal aberrations. In genetrap embryos e14.5, PrimPol expression pattern was ectoderm and eye specific. This was confirmed in the skin of adult where PrimPol was most highly expressed in the skin compared to other tissues. PrimPol-/- UV damaged skin showed marked epidermal hyperplasia compared to WT. We have also observed in aged PrimPol-/- mice, and in young mice damaged by UV, upregulation of mitochondrial DNA copy number across different tissues, implying that PrimPol may be dealing with the repair of oxidative damage as well. In accordance with these findings, we hypothesize that PrimPol acts as a translesion polymerase that can bypass bulky lesions generated by UV and reactive oxygen to promote the integrity of nuclear and mitochondrial DNA and promote normal aging. / Hemos identificado PrimPol, una proteína no caracterizada que actua in vitro como una polimerasa de bajo procesamiento que es capaz de evitar los dímeros de timina del ADN y que se localiza en el núcleo y en las mitocondrias. Para poder investigar la función de este enzima, hemos generado ratones genetrap y knock out en los cuales se ha abolido la expression de PrimPol. En las células que no expresan PrimPol podemos observar un aumento de la inestabilidad genómica incluso en ausencia de daño, indicando que podría suprimir la expression de sitios frágiles comunes. Tras inducir daño mediante radiación ultravioleta y tratamiento con afidicolina se observó un aumento significativo de aberraciones cromosómicas. En embriones y ratones adultos mediante tinción de LacZ y pudimos ver que PrimPol está altamente expresado en piel y en los ojos en comparación con otros tejidos. La piel dañada con UV en ratones PrimPol-/- mostró una marcada hiperplasia epidérmica en comparación con los ratones salvajes. También hemos observado que en ratones PrimPol-/- de edad avanzada y en ratones jóvenes con lesiones por UV hay un aumento del número de copias de ADN mitocondrial en diferentes tejidos, lo que sugiere que PrimPol podría estar también implicada en la reparación del daño oxidativo. De acuerdo con estos descubrimientos nos planteamos la hipótesis de que PrimPol pueda actuar como una translesion polimerasa que puede saltarse grandes lesiones inducidas por UV y especies reactivas de oxígeno y así promover la integridad del ADN nuclear y mitocondrial además de un normal envejecimiento.
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Methodological preparation and characteritzation of the microbial ecology on the skin

Garcia i Garcerà, Marc, 1982- 21 June 2013 (has links)
The study of skin microbiota has always been focused from a clinical point of view. However, an ecological approach to the skin microbiota is impeded by different methodological limitations, including the high host/microbial DNA ratio or the low microbial content. In contrast with the burgeoning field of gut metagenomics, skin metagenomics has been hindered by the absence of an efficient methodology to work with skin microbial DNA. This thesis aims to settle the basis for further human skin microbiome studies from a systems approach. I have set four different important approaches for a ecological and systematic view of skin: 1) I have tested and compared a method to construct NGS libraries from trace amounts of DNA, allowing to work with very rare samples, and performing multiple functional experiments on the same sample; 2) I have defined a method to isolate the microbial DNA from a skin sample, to perform actual metagenomic studies. We have proved the utility of the method by constructing 2 metagenomic libraries from mouse skin biopsies; 3) I have tested the relationship between microbial diversity and unrelated phenotypes in mouse skin samples; 4) I have analyzed the host phenotypical spectra, characterized what it is metabolic health, and assessed the relationship between health and microbiota. / L’estudi de la microbiota de la pell ha estat sempre enfocat cap a un punt de vista clínic. No obstant, una aproximació ecològica a la microbiota cutània és impossibilitada per multiples limitacions metodològiques, que inclouen la baixa ràtio de DNA hospedador/DNA comensal o la baixa quantitat absoluta de DNA microbià. En contrast al pròsper camp de la metagenòmica intestinal, la metagenòmica cutània ha estat obstaculitzada metodològicament, i per això, aquesta tesi intenta sentar les bases per al futur de l’estudi del microbioma cutàni i la aplicació d’una aproximació de sistemes. He aplicat quatre aproximacions importants per a la observació sistemàtica i ecològica de la pell: 1) He testat i comparat un mètode per construir llibreries de NGS a partir de traces de DNA, permetent treballar amb mostres de difícil obtenció i aplicar-hi multiples experiments funcionals a la mateixa mostra, sense haver d’usar tot el material en la seqüenciació; 2) He definit un mètode per a aïllar el DNA microbià d’una mostra de pell completa per tal de dur a terme una anàlisi metagenòmica de la mostra. Hem demostrat la seva utilitat construint dues llibreries independents a partir de pell de ratolí; 3) He analitzat la relació entre la diversitat microbiana i un fenotip aïllat de l’hospedador; 4) He analitzat l’espectre fenotípic de l’hoste des d’un punt de vista sistèmic, he caracteritzat l’estat de salut metabòlica i la seua relació amb la microbiota.
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Graduation Rates of Pell Grant Recipients at Mississippi Community Colleges

Armstrong, Christopher C 11 December 2015 (has links)
The purpose of this study was to determine the effect receiving a Pell Grant or not receiving a Pell Grant had on graduation rates at Mississippi community colleges. National averages suggest that Pell Grant recipients graduate at a much lower rate than non-recipients. This proved not to be the case in Mississippi. There were three Mississippi community colleges that participated in this study. The total number of students involved in the study was 3,479. The colleges provided the researcher information on Pell Grant status, gender, and ethnicity (i.e., Caucasian, African American, Hispanic or non-Hispanic, American Indian, Asian, or other). Students were compared based on their Pell Grant status and then combined with their gender and ethnicity as well as the region of the state in which they attended community college. The researcher used a quasi-experimental design for the study. The data gathered allowed for chi-square tests to be performed based on Pell Grant status, gender, and ethnicity. Each test included all 3,479 students involved in the study. The study used an ANOVA to study the effects Pell Grant status had on graduation rates in the different regions of the state. The study found that the differences among graduation rates for Pell Grant recipients and non-recipients are significant for gender and the different regions of the state. The results are not significant for Pell Grant recipients and non-recipients nor are they significant for Pell Grant recipients and non-recipients combined with ethnicity. Mississippi African Americans and Caucasian students graduate at a much higher rate than the national average. This study finds that Mississippi students perform better than the national average when it comes to graduation rates. Considerations for future research are discussed.
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The Influence of the Consolidated Appropriations Act of 2012 on Pell Grants in Baccalaureate Degree-Granting Institutions

Firmin, Tara 05 1900 (has links)
The Consolidated Appropriations Act of 2012 (CAA) was an omnibus spending bill that changed Pell grant funding in response to a budgetary shortfall after a four-year investment in student financial aid. The CAA occurred at a time of state disinvestment coupled with increasing tuition and fees. Through the lens of resource dependence and academic capitalism as a conceptual framework, I used panel data in an ordinary least squares (OLS) regression to explore the impact of the CAA on Pell grant revenues. I included an interaction term to specifically address the impact of the CAA on public regional universities (PRUs) versus other institutions. Results indicated that the interaction effect between CAA and PRU was jointly significant. The average Pell award per student at PRUs was $13 less than other institutions before the implementation of the CAA. The average Pell award per student at PRUs increased after the implementation of the CAA; however, the average Pell award per student at PRUs was still $20 less than other institutions. Results indicated that the percentage of students receiving Pell awards was a significant and positive predictor of an average Pell award. Interestingly, institutions designated as minority-serving institutions (MSIs) were also significant and positive predictors of an average Pell award. Admission rate was a significant and negative predictor of an average Pell award but offered little practical meaning. The results highlighted the ongoing fiscal disparities between PRUs and other institutions, particularly as a growing number of MSIs educate students who rely on Pell grants to attend college.
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Estudio de bases moleculares adicionales que definan la eficacia de vismodegib y fenómenos de resistencia en pacientes con carcinoma basocelular localmente avanzado y/o metastásico mediante la recogida de biopsias cutáneas seriadas durante el tratamiento con este fármaco

Ruiz Salas, Verónica 14 June 2016 (has links)
El carcinoma basocelular localmente avanzado (CBCla) se define de forma general, como aquel CBC en el que hay confirmación radiológica de invasión de determinadas estructuras vecinas en profundidad y también probablemente aquel CBC de un tamaño e invasión suficientes (aunque no exista demostración radiológica de invasión en profundidad) en el que la cirugía y RT fueran inadecuadas, insuficientes o contraindicadas para lograr la curación del tumor, ya sea por características del propio tumor (por ej localización, tumores múltiples) o del paciente. En la iniciación y desarrollo de este tipo de tumor, la vía de señalización Hedgehog (Hh) desempeña un papel fundamental. Vismodegib es el primer inhibidor selectivo de la vía de señalización Hh que ha sido aprobado por la FDA (Erivedge, Genentech, Enero 2012) y por la Agencia Europea del Medicamento (EMA) en Julio 2013 para el tratamiento del CBCla y del carcinoma basocelular metastásico ( CBCm). Los estudios publicados hasta la fecha evalúan la eficacia de vismodegib basándose en criterios clínicos y radiológicos, pero disponemos de escasa información respecto a las bases moleculares que justifican la eficacia clínica probada del fármaco. Mediante la realización de este estudio en 15 pacientes con CBCla, se pretende ampliar la información científica disponible e investigar nuevas bases moleculares que expliquen la eficacia, los diferentes niveles de respuesta clínica y fenómenos de resistencia durante el tratamiento con vismodegib. Los objetivos de este trabajo han sido los siguientes: 1- Evaluar la eficacia del tratamiento con vismodegib en nuestra cohorte de pacientes con CBCla (n=15). 2- Estudiar las moléculas/variables que puedan ayudar a determinar la eficacia de vismodegib y establecer posibles fenómenos de resistencia al fármaco. 3- Intentar identificar bases moleculares adicionales que ayuden a la comprensión de los nive¬les de respuesta (completa, parcial y no respuesta), así como fenómenos de resistencia en pacientes con carcinoma basocelular localmente avanzado tratados con vismodegib. 4- Intentar definir y aclarar algunas de las bases moleculares implicadas en el desarrollo de diferenciación escamosa en las biopsias de seguimiento realizadas en el curso del tratamiento. Como resultados del estudio se ha obtenido: 1- Aquellos pacientes diagnosticados de CBCla extenso en tratamiento con vismodegib han ex-perimentado una aparente reducción clínica y/o radiológica tumoral, completa en el 20% de los pacientes y parcial en el 73.3% pudiendo lograr la resolución completa del mismo mediante tratamiento adyuvante con cirugía y/o RT sólos o en combinación, tratamientos que una gran mayoría de pacientes había recibido pero que no habían sido suficientes para obtener la cura¬ción tumoral. 2- Si que se ha observado una tendencia mayoritaria al descenso de los niveles en respuesta al tratamiento para los biomarcadores directamente relaccionados con la vía Hh como son Gli1, HES1, PRKCI, DISP1 y SOX2 con aumento de los marcadores de apoptosis tumoral, coherente con el grado de respuesta al fármaco, pero con incremento o estabilidad de otros correspon¬dientes a otras vías diferentes pero directamente relaccionadas con Hh. Con los datos obteni¬dos en este estudio no se pueden hacer inferencias claras y concretas con respecto a cuales de estos últimos marcadores podrían estar implicados en una menor respuesta y/o fenómenos de resistencia al fármaco. / Locally advanced basal cell carcinoma (laBCC) is defined generally as the BCC where there are radiological confirmation of invasiveness of certain neighboring structures and also the BCC with big size and sufficient invasion (although it do not exist radiological demonstration of invasion in depth) where the surgery and radiotherapy were inadequate, insufficient or contraindicated to achieve tumor cure, either by the tumor characteristics (eg location, multiple tumors) or patient. Hedgehog (Hh)signaling pathway plays a key role in the initiation and development of this type of tumor. Vismodegib is the first selective inhibitor of Hh signaling pathway that has been approved by the FDA (Erivedge, Genentech, January 2012) and the European Medicines Agency (EMA) in July 2013 for the treatment of laBCC and metastatic basal cell carcinoma (mBCC). The published studies in relation to vismodegib, evaluate the efficacy of this drug based on clinical and radiological criteria, but we have little information on the molecular basis justifying the proven clinical efficacy of the drug. Our study was conducted in 15 patients with CBCla diagnosis, and had the objective of increasing the available scientific information and investigate new molecular basis to explain the effectiveness, different levels of clinical response and resistance phenomena during treatment with vismodegib. The objectives of this study were as follows: 1- To evaluate the efficacy of treatment with vismodegib in our cohort of patients with CBCla (n = 15). 2- To study the molecules / variables that may help to determine the effectiveness of vismodegib and establish possible phenomena of drug resistance. 3- Try to identify additional molecular basis that help understanding the response levels (complete, partial and no response) and resistance phenomena in patients with laBCC treated with vismodegib. 4- Try to define and clarify some of the molecular basis involved in the development of squamous differentiation in the follow-up biopsies performed in the course of treatment. The results of our study were as follows: 1- The 20% of patients with extensive CBCla treated with vismodegib experienced an apparent complete clinical and / or radiological tumor reduction and 73.3% achieved a partial response; these patients achieved a complete tumor resolution through adjuvant therapy ( surgery or radiotherapy alone or in combination) 2- We have seen a major trend to lower levels, in response to treatment, for biomarkers directly related with the Hh pathway such as Gli1, HES1, PRKCI, DISP1 and SOX2 with increased apoptosis tumor markers, consistent with the degree of drug response, but with increased stability of other biomarkers belonging to other pathways but Hh related. We have not obtained statistical significance in the analysis.
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Púrpura de Schönlein-Henoch y estrés oxidativo

Giménez Llort, Antonio 13 February 2004 (has links)
INTRODUCCIÓN: La enfermedad de Schönlein-Henoch es una enfermedad multisitémica que afecta principalmente a vasos de pequeño calibre de la piel, articulaciones, sistema digestivo y riñón.MOTIVO Y JUSTIFICACIÓN DE LA TESIS: El estrés oxidativo puede ser determinante en la aparición del síndrome de Schönlein-Henoch, en su evolución o en la presentación de la nefropatía. Los radicales libres en exceso o un déficit de los mecanismos antioxidantes podría favorecer la aparición de la enfermedad.OBJETIVOS: 1. Estudiar el papel del daño oxidativo en la patogénesis y desarrollo de la púrpura de Schönlein-Henoch.2. Estudiar la implicación de los agentes antioxidantes (glutation peroxidasa, glutation reductasa, superóxido dismutasa, catalasa, ubiquinona, coenzima Q, malondialdehido, vitaminas A, C y E) en el desarrollo de la púrpura de Schönlein-Henoch en sus fases de actividad y remisión.3. Estudiar la implicación de los agentes antioxidantes en la nefropatía del Schönlein-Henoch.MATERIAL Y MÉTODOS: Se estudian 23 niños afectos de púrpura de Schönlein-Henoch. Se han dividido en dos grupos según su afectación renal. El grupo A comprende 12 pacientes con complicación renal y el grupo B 11 sin complicación renal. A todos ellos se les efectúa determinación de enzimas antioxidantes, sustancias antioxidantes y marcador de la peroxidación lipídica.Resultados: En la glutation reductasa se han obtenido valores significativamente inferiores en los niños que presentan enfermedad activa comparados con el grupo control (p<0,05). No hemos encontrado diferencias en el resto de agentes antioxidantes estudiados.CONCLUSIONES: 1. Los pacientes que tenían la púrpura de Schönlein-Henoch en actividad presentaban valores de glutation reductasa significativamente más bajos que el grupo control.2. Los enzimas antioxidantes estudiados: glutation peroxidasa, glutation reductasa, catalasa y superóxido dismutasa, no presntaron diferencias estadísticamente significativas entre el grupo control y los pacientes con púrpura de Schönlein-Henoch en actividad, en remisión o los que presentaron nefropatía.3. Las sustancias antioxidantes estudiadas: ubiquinona, coenzima Q, y vitaminas A, C y E, no presentaron diferencias estadísticamente significativas entre el grupo control y los pacientes con púrpura de Schönlein-Henoch en actividad, en remisión o los que presentaron nefropatía.4. La peroxidación lipídica estudiada mediante la determinación de malondialdehido no ha mostrado diferencias significativas entre el grupo control y los pacientes con púrpura de Schönlein-Henoch en actividad, en remisión o los que presentaron nefropatía. / INTRODUCTION: The Schönlein-Henoch purpura is a multisystemic disease that involves mainly small size vessels from the skin, joints, digestive tract and kidneys.AIM AND JUSTIFICATION OF DISSERTATION: Oxidative stress may be determinant in the occurrence of the Schönlein-Henoch syndrome, in its evolution or in the presentation of nephropathy. An excess of free radicals or a deficiency in the antioxidative mechanisms may favour the occurrence of this disease.OBJECTIVES: 1. To study the role of oxidative damage in the pathogenesis and development of the Schönlein-Henoch purpura.2. To study the involvement of antioxidative agents (glutathione peroxidase, glutathione reductase, superoxide dismutase, catalase, ubiquinone, co-enzyme Q, malondialdehide, vitamins A, C and E) in the development of the Schönlein-Henoch purpura in its active and remission phases.3. To study the involvement of antioxidative agents in the Schönlein-Henoch nephropathy.Material and methods: Twenty-three children affected by Schönlein-Henoch purpura were studied. They were divided in two groups according to renal involvement. Group A comprised 12 patients with renal complications, and group B, 11 without renal complications. In all of them the antioxidative enzymes, the antioxidative substances and the lipid peroxidation marker were determined.RESULTS: For the enzyme glutathione reductase we obtained significantly lower values in children with active disease compared to the control group (p<0.05). We did not find any differences in the other antioxidative agents studied.CONCLUSIONS:1. Patients with Schönlein-Henoch purpura in active phase showed significantly lower levels of glutathione reductase than the control group.2. The antioxidative enzymes studied: glutathione peroxidase, glutathione reductase, catalase and superoxide dismutase did not show statistically significant differences between the control group and patients with Schönlein-Henoch purpura in active phase, in remission or in the cases with nephropathy.3. The studied antioxidative substances: ubiquinone, co-enzyme Q and vitamins A, C and E) did not show statistically significant differences between the control group and patients with Schönlein-Henoch purpura in active phase, in remission or in the cases with nephropathy.4. The lipid peroxidation studied by the determination of malondialdehide did not show significant differences between the control group and patients with Schönlein-Henoch purpura in active phase, in remission or in the cases with nephropathy.
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Vies de senyalització regulades per les Presenilines en càncer de pell: paper del receptor d'EGF

Rocher Ros, Vidalba 17 June 2009 (has links)
Mutacions autosòmiques dominants en els gens de presenilines (PS) són la principal causa d'Alzheimer familiar hereditari. Aquestes mutacions alteren el metabolisme de l'APP i la generació del pèptid &#946;-amiloide, el qual s'acumula en forma de plaques en el cervell dels malalts d´Alzheimer. Les PS són les unitats catalítiques del complex enzimàtic &#947;-secretasa, responsable de la proteòlisi de proteïnes tipus I, entre elles l'APP i Notch. A més del seu important paper en la patologia de la malaltia d´Alzheimer, les PS regulen processos de proliferació ja que la seva inactivació produeix tumors epitelials en ratolins a través de mecanismes moleculars poc coneguts. Degut a l'important paper del receptor d'EGF (EGFR) en processos oncogènics, varem hipotetitzar que les PS podien alterar la transformació cel·lular en part mitjançant la regulació de la via de senyalització de l´EGFR.Els resultats obtinguts indiquen que la inactivació de les PS en fibroblasts causa transformació cel·lular que és específicament bloquejada amb un inhibidor de l'EGFR. Observarem un increment en l'expressió i senyalització de l'EGFR degut a un retard en la degradació a causa d'alteracions en els processos d'ubiquitinització/deubiquitinització d'aquest receptor. La regulació de PS sobre EGFR depèn de l'activitat de la E3 ubiquitina lligasa Fbw7. En aquest treball hem descrit per primera vegada que la pèrdua de funció de PS ocasiona un excés en la transcripció gènica de Fbw7, el qual regula positivament els nivells d'EGFR. Aquests resultats són innovadors ja que, tot i que Fbw7 actua com gen supressor de tumors en altres teixits, en aquest cas està promovent transformació cel·lular sent la primera vegada que es descriu un increment en els nivells de Fbw7 en un procés tumoral epitelial. Aquests resultats són corroborats en un model de ratolí induïble amb deficiència específica d'ambdues PS en pell (ePS cDKO), que ha estat generat en el desenvolupament d'aquest treball. Els ratolins ePS cDKO desenvolupen espontàniament tumors escatosos (SCC) a la pell del coll i presenten susceptibilitat a desenvolupar tumors en front a l'exposició a agents citotòxics.En aquesta tesi doctoral s'ha descrit que la pèrdua de funció de PS en pell té greus conseqüències en l'homeòstasi epitelial ja que l'absència de PS produeix el desenvolupament de SCC que porta a la mort dels animals a una edat màxima de 2.5-3 mesos d'edat. Aquest fenotip és degut a la desregulació de la via de senyalització de Notch, &#946;-catenina i EGFR, tenint aquest últim un paper cabdal segons els resultats obtinguts en aquest treball. El paper central de PS en la regulació de les diferents vies de senyalització esmentades suggereix que PS és un important gen supressor de tumors. / Dominant autosomic mutations of presenilin (PS) genes are the most important cause of familiar Alzheimer disease. These mutations modify APP metabolism and &#946;-amiloid peptide generation, which is accumulated forming plaques on the brain of Alzheimer disease patients. Presenilins are the catalytic unit of &#947;-secretase enzymatic complex, responsible of proteins type I proteolysis, such as APP and Notch. Besides their important role on Alzheimer disease, PS regulate proliferation processes since its inactivation on mice leads to development of epithelial tumor through poor understood molecular mechanisms. Due to the important role of EGF receptor (EGFR) on tumoral processes we hypothesized that presenilin could be involved on cellular transformation in part by regulating EGFR signaling pathway. Results obtained in this work indicate that inactivation of PS in fibroblasts cause cellular transformation that is specifically blocked by using an EGFR inhibitor. We observed an increase of EGFR expression and signaling due to a delayed degradation caused by an alteration of ubiquitination and de-ubiquitination processes. Regulation of EGFR by PS is depending of E3 ubiquitin ligase Fbw7 activity. This work describes for first time that lost of PS function leads to increased transcription of Fbw7, which positively regulates EGFR levels. These results are pioneering since, whereas Fbw7 is a tumor suppressor gene in other tissues, in skin it promotes cellular transformation being the first time that is described an increase of Fbw7 levels in skin tumor. These results are corroborated in a mice model inducible and conditional with PS deletion in skin (ePS cDKO), which has been generated during the development of this study. ePS cDKO mice develop spontaneously squamous cell carcinoma (SCC) in neck skin area and show increased tumor susceptibility in front of cytotoxic agents. This thesis has described that lost of PS function in skin has drastic consequences on epithelial homeostasis since PS deficiency leads to development of SCC and causes death of animals at 2.5-3 moths of age. This phenotype is due to a deregulation of Notch, &#946;-catenin and EGFR signaling pathways, where the last one has the most important role in accordance to the results obtained in this study. Key role of PS in regulation of several pathways suggest PS as an important tumor suppressor gene.
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Detecció de carcinoma basocel·lular residual en seccions de cirurgia de Mohs mitjançant microscòpia confocal de fluorescència ex vivo. Descripció de criteris i aplicabilitat clínica

Bennàsar Vicens, Antoni 19 December 2014 (has links)
La cirurgia de Mohs (CMM) amb control intraoperatori microscòpic dels marges garanteix la negativitat dels marges quirúrgics al final de la intervenció amb el mínim malbaratament de pell sana perilesional. Tanmateix, aquesta tècnica té menor taxa de recurrència tumoral als 5 anys comparada amb la cirurgia convencional, especialment en aquell grup de pacients d’alt risc. Es tracta, emperò, d’una tècnica que troba moltes barreres en els hospitals en la seva configuració actual consumint recursos materials i humans així com endarrerint el temps fins al diagnòstic. Per això es necessiten noves eines de diagnòstic que ens permetin millorant l’eficiència de la tècnica de Mohs. La microscòpia confocal de fluorescència (MCF) ex vivo permet visualitzar la pell humana amb resolució cel·lular, en temps real i sense processament previ, mitjançant escombratge làser de la superfície a estudiar. L’objectiu d’aquesta tesi doctoral és demostrar l’aplicabilitat de la MCF ex vivo en la cirurgia del carcinoma basocel·lular (CBC) amb control intraoperatori de marges mitjançant la tècnica de Mohs. La tesi es presenta en format de tres articles científics publicats en revistes d’abast internacional i factor d’impacte dins del primer quartil de l’especialitat de Dermatologia. En el primer article es descriuen i validen vuit criteris per al diagnòstic del CBC a les imatges de MCF. Es reconeixen 69 tumors on s’avalua la presència i freqüència dels criteris i es compara amb les estructures de la pell normal (epidermis, dermis i estructures annexials) així com es fa l’estudi de concordança interobservador. A més, s’avalua la concordança entre la MCF i la histopatologia convencional per a classificar els diferents subtipus de CBC. Es conclou que els criteris de MCF són vàlids i reproduïbles amb observadors independents, que 4 d’ells són definitoris del carcinoma basocel·lular i que hi ha una alta concordança morfològica amb la histologia convencional. Al segon treball, s’utilitzen els criteris prèviament descrits per avaluar la sensibilitat (S), especificitat (E), valor predictiu positiu (VPP) i valor predictiu negatiu (VPN) de la MCF per a l’avaluació intraoperatòria dels marges quirúrgics durant la cirurgia de Mohs del carcinoma basocel·lular. Així, la S, E, el VPP i VPN foren de 88%, 99%, 98% i 97% respectivament de la MCF en la detecció de restes de CBC en els marges quirúrgics de CMM comparat amb el “patró or” que és la histopatologia en congelat. Així mateix, també es mesuren i comparen els temps emprats amb la MCF i amb el processament habitual en congelat de les mostres i es demostra que la MCF disminueix significativament els temps invertit en el processament de la mostra fins a obtenir les imatges comparar-la amb el processament en congelat clàssic. El tercer article explora les aplicacions clíniques pràctiques de la MCF en el maneig de pacients d’alt risc en tumors de difícil diagnòstic. Es descriuen dos casos clínics de dos pacients que presenten lesions clínica i dermatoscòpicament molt similars als dors nasal en les que no es pot descartar la presència de carcinoma basocel·lular. Mitjançant la MCF en poc més de 3 minuts tenim un resultat concloent per a seguir el tractament més adient en cada cas. Es conclou que la MCF és una eina vàlida per al diagnòstic intraoperatori en temps real del marges quirúrgics a la cirurgia oncològica cutània amb la tècnica de Mohs. Utilitzant els criteris descrits i validats s’obté una alta sensibilitat i especificitat per a la detecció de restes de carcinoma basocel·lular als marges quirúrgics en un menor temps que amb la tècnica convencional. La MCF podria suposar un augment en l’eficiència de la cirurgia de Mohs. / Real-time high-resolution imaging of human skin is possible with a confocal microscope. Fluorescence confocal microscopy (FCM) offers an attractive alternative to histopathologic analysis of frozen sections during Mohs surgery because cellular morphology can be observed, in real time, in thin optical sections and directly in freshly excised tissue. Furthermore, it takes only a few minutes to obtain a 12 × 12 mm FCM mosaic, compared with 15 to 30 minutes with classic pathologic analysis techniques. This represents a first step toward a rapid “bedside pathology.” There are a few articles analyzing the efficiency of FCM during Mohs surgery but, to our knowledge, the FCM fluorescence and morphological characteristics for basal cell carcinoma (BCC) have not been described thus far. In the first publication our group proposed, described, and validated 8 specific criteria for BCC diagnosis under FCM. Moreover, we demonstrated that there is a high correlation with the findings of the dermatopathologist when specimens are classified into the main BCC subtypes and an excellent correlation with frozen sections (kappa= 0.9). In the second publication we sought to evaluate the sensitivity and specificity of ex vivo imaging with FCM for the detection of residual BCC in Mohs tissue excisions, and to calculate the time invested up to the diagnosis for both FCM and frozen sections. For this aim, eighty consecutive BCCs were prospectively collected and the margins scanned with ex vivo FCM, including excisions with and without residual BCC of all major subtypes. Each mosaic was divided into two or four, resulting in 480 submosaics for study. Every confocal submosaic was assessed for the presence or absence of BCC and compared with standard frozen sections as the gold standard. Furthermore, the time spent for each technique was calculated and compared. THus, the overall sensitivity and specificity of detecting residual BCC were 88% and 99%, respectively. Moreover, the new technique reduced by almost two- thirds the time invested when compared with the processing of a frozen section (P < 0_001) These results demonstrate the feasibility of confocal mosaicing microscopy in fresh tissue for rapid surgical pathology, potentially to expedite and guide Mohs surgery with high accuracy. This observation is an important step towards the goal of using real-time surgical pathology for skin tumours.
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Estudio de genes KIR y HLA-C y de polimorfismos de citoquinas en pacientes con psoriasis

Pardo Sánchez, José 23 June 2015 (has links)
La psoriasis es una enfermedad de curso crónico caracterizada por la presencia de lesiones cutáneas eritemato-escamosas, y constituye uno de los procesos dermatológicos más frecuentes. Su curso clínico es dinámico e impredecible, y en algunos casos el impacto emocional y físico en el paciente que la sufre puede ser muy importante. Su inmunopatología se basa en mecanismos complejos, donde intervienen tanto una respuesta inmunitaria adaptativa, mediada fundamentalmente por células TH17, como innata, con la participación de elementos como el TNF-α o los receptores KIR (del inglés, Killer Immunoglobulin-like Receptors). Estos receptores son expresados fundamentalmente por las células NK, y su función principal es la de inhibir la actividad citotóxica de estas células tras su unión con ligandos como HLA-C. Igualmente, se sabe que el alelo HLA-C*06 es el principal determinante genético en la psoriasis, aunque los estudios en relación con el mismo realizados en nuestro país son escasos. Existe un número creciente de observaciones que demuestran que determinados genotipos receptor-ligando KIR/HLA-C modulan la acción de las células del sistema inmunitario innato a favor de interacciones activadoras que predispondrían a enfermedades autoinmunitarias como la psoriasis. Así, con el fin de realizar una descripción inmunológica de nuestros pacientes y de valorar la participación del sistema inmunitario innato en la enfermedad, en este trabajo se realizó el tipaje de los alelos HLA-C y de los genes KIR mediante técnicas de reacción en cadena de la polimerasa (PCR), tanto en pacientes con psoriasis como en controles sanos. Además, mediante tipajes de alta resolución se determinaron los polimorfismos tipo SNP de genes que codifican citoquinas proinflamatorias involucradas en la formación de la placa psoriásica (TNF-, IL-6, INF- e IL-23). Los resultados obtenidos en este trabajo confirmaron que el alelo HLA-C*06 constituía un factor de riesgo, especialmente para la psoriasis de debut precoz o tipo I, mientras que el alelo HLA-C*07 era sugestivo de protección. Con respecto a los genes KIR, los individuos que carecían de KIR2DL1, los KIR2DL2/L2 homocigotos y los portadores de KIR2DL5 mostraban una mayor predisposición a padecer psoriasis. El gen KIR2DL5 parecía actuar de manera sinérgica con HLA-C*06 sobre la susceptibilidad a padecer la enfermedad. Además, la presencia de KIR2DS2 y KIR2DS3 en el genoma del paciente constituía un factor de riesgo más específico para la artropatía psoriásica. El estudio de la combinación de los pares receptor-ligando KIR/HLA-C reveló que la presencia simultánea del alotipo HLA-C1 no modificaba el efecto de susceptibilidad a la psoriasis observado en los individuos KIR2DL2/L2 homocigotos. Sin embargo, en los pacientes KIR2DL2/L3 heterocigotos la presencia del ligando C1 ejercía un efecto protector frente a esta enfermedad, que era además dependiente de la dosis de este ligando e independiente de la presencia del alelo HLA-C*06. Además, la combinación de KIR2DS1/ligando C2 se asociaba específicamente a la psoriasis tipo I. El estudio de los polimorfismos de citoquinas mostró que los SNPs TNF -238G>A, IL6 -174G>C e INFG +874T>A determinaban una mayor susceptibilidad a la psoriasis, especialmente la tipo I. Sin embargo, en el caso del gen TNF el efecto del alelo A podía ser subsidiario de un desequilibrio de unión con HLA-C*06. Llamaba la atención que la asociación de este alelo con la psoriasis se observaba en varones pero no en mujeres. Además, el polimorfismo IL12B -1188A>C se asociaba con un efecto protector modesto. En definitiva, los hallazgos encontrados contribuyen a confirmar el papel del par KIR/HLA-C y de algunas citoquinas como el TNF-α en la patogenia de la psoriasis, y hablan a favor de la importancia de la inmunidad innata en esta enfermedad. / Psoriasis is a chronic disease characterized by the presence of erythematous and scaling skin lesions, and it is one of the most frequent dermatologic process. Its clinical course is dynamic and unpredictable, and in some cases the emotional and physical impact in patients can be very important. Its immunopathology is based on complex mechanisms, where either an adaptive immune response, mediated fundamentally by TH17 cells, and an innate immune response, with the participation of elements such TNF-α or Killer Immunoglobulin-like Receptors (KIR), are involved. These receptors are mainly expressed by NK cells, and their principal task is to inhibit these cells cytotoxic activity after their binding to ligands such as HLA-C molecules. Equally, it is known that HLA-C*06 allele is the main genetic factor in psoriasis, however studies related to this allele are hardly to be found in our country. There is a growing number of studies which demonstrate that certain KIR/HLA-C receptor-ligand genotypes modulate the action of cells from the innate immune system supporting activating interactions which would predispose to autoimmune diseases such as psoriasis. Thus, with the aim of performing an immunologic description of our patients and evaluating the participation of the innate immune system in the disease, in this study was carried out the genotyping of HLA-C alleles and KIR genes by means of polymerase chain reaction techniques, both in patients with psoriasis and in healthy controls. Besides, genotype of SNP polymorphisms of genes which codify pro-inflammatory cytokines involved in the formation of psoriatic plaques (TNF-α, IL-6, INF-γ and IL-23) were identified by high resolution techniques. The results of this study confirmed that HLA-C*06 allele is a risk factor, specially for patients with early onset psoriasis, type I, while HLA-C*07 allele suggested protection against the disease. Regarding KIR genes, individuals who lacked KIR2DL1, KIR2DL2 homozygotes and KIR2DL5 carriers, showed a higher predisposition to suffer from psoriasis. KIR2DL5 gene appeared to act synergistically with HLA-C*06 on the susceptibility to suffer from this disease. In addition, presence of KIR2DS2 and KIR2DS3 in patient’s genome constituted a more specific risk factor for psoriatic arthropathy. The study of the combination of KIR/HLA-C receptor-ligand pairs revealed that simultaneous presence of HLA-C1 allotype did not modify the susceptibility to suffer from psoriasis observed in KIR2DL2/L2 homozygotes individuals. However, in KIR2DL2/L3 heterozygotes patients, the presence of C1 ligand had a protective effect against the disease, which in addition was dependent on the dose ligand, and independent from the presence of HLA-C*06 allele. Moreover, the combination of KIR2DS1/C2-ligand was associated specifically to type I psoriasis. The study of cytokine polymorphisms illustrated that SNPs TNF -238G>A, IL6 -174G>C and INFG +874T>A determined a higher susceptibility to psoriasis, specially type I psoriasis. However, in the case of TNF gene, the effect of the A allele could be subsidiary of a linkage disequilibrium with HLA-C*06. It was very remarkable that the association of this allele with psoriasis was present in men, but not so in women. Likewise, the IL12B -1188A>C polymorphism was associated to a modest protective effect. In conclusion, the findings of this study contribute to confirm the role of KIR/HLA-C pair and of certain cytokines such as TNF-α in the pathogenesis of psoriasis, and give us insightful hints of the importance of innate immunity in this disease.
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Estudi de les alteracions genètiques i moleculars implicades en el carcinoma escatós oral

Martín Ezquerra, Gemma 07 July 2011 (has links)
L’oncogènesi en la cavitat oral és deguda a l’acumulació d’alteracions genètiques, epigenètiques i metabòliques, que ocasionen un procés de transformació gradual des d’una mucosa oral normal a una mucosa displàsica, i posteriorment a un carcinoma escatós invasiu, normalment com a resultat de l’exposició a diversos factors ambientals (begudes alcohòliques, tabac, virus del papil·loma humà, etc.). El nombre d’alteracions cromosòmiques sembla que augmentaria durant la progressió del càncer. S’han descrit diferents alteracions citogenètiques en el carcinoma escatós oral (CEO) que inclouen anormalitats del cromosoma Y, l’activació de proto-oncogens com ciclina D1 (CCND1), v-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2 (ERBB2), neuro/glioblastoma derived oncogene homolov-myc myelocytomatosis viral oncogene homolog (MYC), RAS p21 protein activator (RAS), epidermal growth factor receptor (EGFR) i la inactivació de gens supressors tumorals com cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (CDKN2A) i tumor protein p53 (TP53). L’objectiu de l’estudi que presentem és la descripció de les alteracions genètiques i d’expressió proteica de CCND1, MYC, EGFR, CKS1B, ERBB2 i el supressor tumoral TP53 en mostres de CEO i metàstasis ganglionars i comparar-ho amb mucosa oral sana, amb lesions inflamatòries orals (liquen pla oral [LPO]) i lesions pre-malignes com la leucoplàsia oral (LKO). / The oncogenesis in the oral cavity is due to the accumulation of genetic, epigenetic and metabolic alterations that cause a gradual transformation from a normal oral mucosa to dysplastic mucosa, and subsequently to invasive squamous cell carcinoma, usually as a result of exposure to various environmental factors (alcohol, tobacco, human papilloma virus). The number of chromosomal abnormalities appears to increase during the progression of the illness. Different cytogenetic abnormalities have been described in oral squamous cell carcinoma (OSCC) that include the activation of proto-oncogenes such as cyclin D1 (CCND1), v-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene 2 (ERBB2) , neuro / glioblastoma derived Oncogene homolov-myc myelocytomatosis viral oncogene (MYC), RAS p21 protein activator (RAS), epidermal growth factor receptor (EGFR) and inactivation of tumor suppressor genes such as cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (CDKN2A) and tumor protein p53 (TP53). The aim of the herein study is the description of the genetic alterations and proteic status of CCND1, MYC, EGFR, CKS1B, ERBB2 and TP53 in OSCC and lymph node metastatic samples, and to compare it with healthy oral mucosa, oral inflammatory lesions (oral lichen planus [OLP]) and pre-malignant lesions such as oral leukoplakia (OLK). Methods We included 108 samples corresponding to 14 biopsies of normal oral mucosa, 51 samples of OSCC, 14 lymph node metastases, 13 OLP and 16 OLK, with which we have constructed two tissue microarrays (TMA). We collected clinical and pathological variables of each case. We performed immunohistochemical stains and fluorescent in situ hybridization (FISH) markers of interest. Results The first paper includes the findings by FISH and immunohistochemistry of the oncogenes and suppressor genes CCDN1, MYC, EGFR, ERBB2 and TP53. We found polisomies and amplifications of the oncogenes and losses of TP53 in a proportion significantly higher in samples of primary and metastatic OSCC, with correlation with the expression of their protein products. The presence of two or more genetic abnormalities in the studied loci was only found in OSCC primary and metastatic samples. The second paper describes the genetic and proteic status of CKS1B. It appears significantly overexpressed in primary and metastatic OSCC samples, which correlates with the infraexpression of p27 and overexpression of SKP2. The study also shows gains by FISH (polisomies and amplifications) of 1q21. Conclusions This study shows that the increased expression of several molecular markers can occur in all stages of oral cancer. The genetic aberrations detected by FISH were frequently observed in malignant lesions, rarely in OLK and iexceptionally rare in benign inflammatory samples. This supports the role of CKS1B, MYC, TP53, CCDN1, ERBB2 and EGFR in the pathogenesis of the CEO. Thus, OSCC samples accumulate more aberrations than pre-malignant and benign samples, both in the genetic and proteic level, which remains in agreement with the literature. This is indicative of the chromosomal instability that characterizes these solid tumors.

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