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Qualitative properties of stationary states of some nonlocal interaction equations

Balagué Guardia, Daniel 30 April 2013 (has links)
En aquesta tesi estudiem l'estabilitat d'estats estacionaris d'alguns models d'interacció, de fragmentació i de comportament de col·lectius. Tots aquests models comparteixen la propietat de no localitat i l'existència d'un funcional de Lyapunov. En el cas de les equacions d'interacció i dels models de col·lectius que considerem, hi ha en comú el terme no local ∇ ��∗ ��, on �� és potencial d'interacció, i �� la densitat de partícules en espai. El cas de les equacions de fragmentació és una mica diferent: són equacions integro-diferencials amb un terme no local donat per l'operador de fragmentació, una integral d'un nucli contra la densitat de partícules. Comencem amb una introducció a l'equació d'agregació amb potencial d'interacció repulsor-atractor i radial. Deduïm alguns resultats d'existència i convergència cap a estats estacionaris en forma de capes esfèriques. Busquem mínims de l'energia del funcional de Lyapunov per tal de trobar estats estacionaris per l'equació, i estudiem la in/estabilitat d'aquests estats estacionaris en particular. Propietats de confinament sobre les equacions d'agregació són estudiades en el Capítol 3. Demostrem que les solucions són de suport compacte i estan ficades en una bola grossa fixada per a tot temps. Continuem la recerca en les equacions d'agregació en el Capítol 4, on s'estudia la dimensió dels mínims locals pel funcional de l'energia d'interacció. Un altre problema que estudiem és el comportament asimptòtic de les equacions de creixement-fragmentació. Al Capítol 5 donarem estimacions sobre els perfils asimptòtics i provarem una desigualtat de forat espectral. Aquests models no són un flux gradient respecte del funcional de l'energia. Tanmateix, es pot trobar un funcional de Lyapunov que utilitzarem per a demostrar convergència exponencialment ràpida de les solucions cap als perfils asimptòtics demostrant una desigualtat d'entropia - dissipació d'entropia. Aquesta tècnica ens dóna estabilitat dels estats estacionaris demostrant convergència cap a mínims locals i, a més, ens permet estimar la ràtio de la convergència cap a l'equilibri. Acabem aquesta tesi amb els resultats del Capítol 6, on estudiem dos models de segon ordre de partícules pel comportament de col·lectius. Ens referim a aquests sistemes com a models basats en individus (IBMs), que és el llenguatge comú que s'utilitza per aquest tipus de models. Demostrem l'estabilitat de dues solucions particulars: la manada en forma d'anell i la rotació en forma d'anell. Relacionarem l'estabilitat d'aquestes solucions per aquests dos models de segon ordre amb l'estabilitat dels anells del model de primer ordre, la versió discreta de l'equació d'agregació del Capítol 2. / In this dissertation, we study the stability of stationary states for some interaction equations and for fragmentation and swarming models. All these models share the common property of nonlocality and the existence of a Lyapunov functional. In the case of the interaction equations and the models for swarming that we consider, they have in common the nonlocal interaction term ∇ �∗ � where � is the interaction potential, and � the density of particles in space. The case of the fragmentation equations is a bit different: they are integro-differential equations, with the nonlocal term given by the fragmentation operator, an integral of a kernel against the density of particles. We start with an introduction to aggregation equations, with repulsive-attractive radial interaction potential. We derive some existence results and convergence to spherical shell stationary states. We look for local minimizers of the interaction Lyapunov functional in order to find stable stationary states of the equation. We study radial ins/stability of these particular stationary states. For these aggregation models we will make use of the gradient flow structure that they have. Confinement properties of solutions of aggregation equations under certain conditions on the interaction potential are studied in Chapter 3. We show that solutions remain compactly supported in a large fixed ball for all times. We continue our research in aggregation equations in Chapter 4, where we characterize the dimensionality of local minimizers of the interaction energy. Another problem that we study is the asymptotic behavior of growth-fragmentation models. In Chapter 5, we give estimates on asymptotic profiles and a spectral gap inequality for growth-fragmentation equations. These models are not a gradient flow of a particular energy functional. However, they have a Lyapunov functional that we use to prove exponentially fast convergence of solutions to the asymptotic profiles by showing an entropy - entropy dissipation inequality. This technique gives us stability of the stationary states proving convergence to the local minimizers and it allows for estimates on the rate of convergence to equilibrium. We finish this thesis with the results in Chapter 6, where we study two second order particle systems for swarming. We refer to these systems as individual based models (IBMs), which is the common language used in swarming. We prove the stability of two particular solutions: flock rings and mill rings. We relate the stability of these ring solutions of the second order models with the stability of the rings of a first order model, the discrete version of the aggregation equation of Chapter 2.
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Predicción de Perfiles de Comportamiento de Aplicaciones Científicas en Nodos Multicore

Corredor Franco, John Jairo 01 June 2011 (has links)
Con la llegada de una amplia variedad de arquitecturas multicore (NUMA, UMA), seleccionar la mejor configuración del nodo de cómputo para una cierta aplicación paralela de memoria compartida, se convierte en la actualidad en un gran reto. Nuestro trabajo hace frente a este tema caracterizando los nodos de cómputo y las aplicaciones. Los nodos se caracterizan ejecutando pequeños programas (o microbenchmarks, μB), que contienen núcleos de estructuras representativas del comportamiento de programas paralelos de memoria compartida. Los μBs ejecutados en cada uno de los nodos nos proporcionan perfiles de rendimiento, o datos medidos del comportamiento, que se almacenan en una base de datos y se utilizan para estimar el comportamiento de nuevas aplicaciones. La aplicación es ejecutada sobre un nodo base para identificar sus fases representativas. Para cada fase se extrae información de rendimiento comparable con la de los μBs, con el fin de caracterizar dicha fase. En la base de datos de los perfiles de rendimiento se localizan aquellos μBs que tienen características similares en comportamiento a cada fase de la aplicación, ejecutados todos sobre el nodo base. Finalmente, se usan los perfiles seleccionados, pero ejecutados sobre los otros nodos candidatos, para comparar el rendimiento de los nodos de cómputo y seleccionar el nodo de cómputo apropiado para la aplicación. / With the advent of multicore architectures, there arises a need for comparative evaluations of the performance of well-understood parallel programs. It is necessary to gain an insight into the potential advantages of the available computing node configurations in order to select the appropriate computing node for a particular shared-memory parallel application. This paper presents a methodology to resolve this issue, by constructing a database with behavior information for various representative shared-memory programming structures, and then estimating the application behavior as a combination of these data. These structures are represented by small specific chunks of code called microbenchmarks (μB) based on the study of memory access patterns of shared-memory parallel applications. μBs set is run on each candidate node, and all execution performance profiles are stored in a database for future comparisons. Then, applications are executed on a base node to identify different execution phases and their weights, and to collect performance and functional data for each phase. Information to compare behavior is always obtained on the same node (Base Node (BN)). The best matching performance profile (from performance profile database) for each phase, is then searched. Finally, the candidates nodes performance profiles identify in the match process are used to project performance behavior in order to select the appropriate node for running the application. Resource centers own different machine configurations. This methodology helps the users or systems administrator of data centers to schedule the jobs efficiently.
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Magneto-Optical spectroscopy of complex systems. Magnetic oxides and photonic crystals

Caicedo Roque, Jose Manuel 08 June 2012 (has links)
La primera parte de esta tesis esta dividida en tres capítulos, en los cuales se introducen los conceptos básicos de magnetoóptica y detalles experimentales. Seguidamente se discuten los resultados experimentales en los siguientes cuatro capítulos los cuales forman la segunda parte. La tercera parte incluye apéndices, información complementaria y bibliografía. El primer capitulo llamado Conceptos Básicos introduce al lector en los fundamentos de la magnetoóptica. El segundo capitulo, Transiciones Metal-Aislante, presenta las propiedades básicas de las manganitas y la magnetita. El capitulo de Detalles Experimentales describe las diferentes configuraciones elipsometricas , así como metodologías usadas en esta tesis. La segunda parte incluye un estudio magnetoóptico detallado de manganitas ferromagnéticas y magnetita abarcando el rango óptico entre el ultravioleta y en infra-rojo cercano. Se estudio la influencia del acople electrón-fonon en los espectros magnetoópticos por medio de medidas sistemáticas sobre magnanitas con diferentes composiciones químicas y diferentes interacciones entre electrón-red. Se estableció una conexión directa entre la magneto-resistencia e interacción electrón-red, mediante el extenso análisis de diferentes óxidos magnéticos, entre los cuales se encuentran manganitas y magnetita. Se introduce el concepto de cristal magnetofónico como un sistema periódicamente ordenado con algun componente magnético. Con el objetivo de estudiar la respuesta magnetoóptica intrínseca de los materiales y compararla con la respuesta fotónica, se estudiaron soluciones coloidales como un sistema aleatorio (no ordenado), además demostramos el potencial de la espectroscopia magnetoóptica en el análisis dispersiones de nanoparticulas magnética extremadamente diluidas. En el capitulo de cristales magnetofónicos se describen los mecanismos subyacentes a la interacción de la luz con un medio con modulación periódica de la permitividad. En particular nosotros analizamos la modificación espectral de la respuesta magnetoóptica debida a efectos fotónicos. El documento finaliza con un conjunto de apéndices de información complementaria donde se describe exhaustivamente el sistema de caracterización magnetoóptica que se construyo.
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Monolithically integrated polymeric Lab-on- (Bio)Chips with photonic/electrochemical detection

Ibarlucea Cantón, Bergoi 14 November 2013 (has links)
En esta Tesis de Doctorado se han desarrollado sistemas lab-on-a-chip (LOC) funcionalizados de bajo coste para su uso como herramientas analíticas en aplicaciones medio ambientales y biomédicas. Inicialmente se exploró el potencial de LOCs fotónicos (PhLOC) previamente definidos en nuestro grupo, como sistemas en análisis. Se aplicaron sistemas microfluídicos de Reflexión Interna Múltiple (MIR) fabricados en polímeros de bajo coste, como polydimetilsiloxano (PDMS), siguiendo un procedimiento rápido de fabricación, en la detección de diferentes analitos (células e iones de metales pesados) y su funcionamiento se comparó con el de otras técnicas analíticas más convencionales. Para dotar de selectividad a los PhLOCs se desarrollaron y compararon diferentes protocolos de modificación de superficies para la inmovilización de proteínas en los materiales poliméricos utilizados para la fabricación de estos sistemas. Estos métodos mantienen inalteradas las propiedades ópticas y estructurales del material. Se utilizó la peroxidasa de rábano (HRP) como proteína modelo para estos estudios, y las superficies biofuncionalizadas resultantes se testaron mediante la medición de la actividad enzimática en la reacción de reducción de peróxido de hidrógeno en presencia del mediador redox 2,2’azino-bis (3-ethylbenzthiazoline-6-sulfonic acid) (ABTS), cuyo producto enzimático de color verde pudo ser detectado mediante medidas de absorbancia. Se midió la robustez del proceso de inmovilización mediante la medida de la actividad del HRP durante un periodo superior a un mes. Finalmente, se añadieron nuevos componentes fluídicos y funcionalidades a los PhLOCs previamente aplicados para mejorarsu desempeño. Estructuras microfluídicas tales como mezcladores biofuncionalizados (actuando en consecuencia como reactores) se integraron monolíticamente con el MIR, dando lugar a un PhLOC con mejores prestaciones analíticas. Estos nuevos elementos disminuyeron el tiempo de análisis y el volumen de muestra y reactivo. Con la integración de una celda electroquímica de oro en el substrato, se desarrolló un LOC con lectura de medida dual (DLOC), que permitió la transducción simultánea óptica y electroquímica e hizo el sistema desarrollado autoverificable, mejorando así su fiabilidad. Se mostró el potencial de este DLOC mediante el desarrollo de una herramienta analítica para la medida de glucosa. Se inmovilizaron glucosa oxidasa (GOx) y HRP siguiendo el protocolo desarrollado en esta Tesis y se aplicaron como receptores específicos para la detección de glucosa basada en una reacción enzimática en cascada utilizando el mediador redox ABTS. Como estudio adicional, se testó la aplicabilidad del protocolo de funcionalización en diferentes polímeros y también se llevó a cabo la inmovilización de componentes biológicos diferentes a enzimas. / In this PhD Thesis low-cost functionalized Lab-on-(bio)Chip systems (LOC) for their use as analytical tools for environmental and biomedical applications have been developed. Based on photonic LOC approaches (PhLOC) previously defined in our group, the potential of these devices in analysis was explored first. Multiple Internal Reflection (MIR) optofluidic systems made of cost-effective polymers, such as polydimethylsiloxane (PDMS), using rapid fabrication processes were applied for the detection of different analytes (cells and heavy metal ions) and their performance compared with other more conventional analytical techniques. In order to confer selectivity to the PhLOCs, different surface modification protocols for protein immobilization on the polymeric materials used in this work were developed and compared. These methods keep the optical and structural properties of the material unaltered. Horseradish peroxidase (HRP) was chosen as a model protein in these studies, and the resulting biofunctionalized surfaces tested by measuring the enzymatic activity to hydrogen peroxide in the presence of 2,2’azino-bis (3-ethylbenzthiazoline-6-sulfonic acid) (ABTS) redox mediator, whose green colored enzymatic product could be detected by absorbance measurements. The stability of the immobilized HRP was also tested for periods longer than one month. Finally, other fluidic components and functionalities were added to the previously applied PhLOCs in order to enhance their performance. Microfluidic structures such as biofunctionalized mixers (therefore also playing the role of reactors) were monolithically integrated with a MIR, resulting in a PhLOC with enhanced analytical performance. These new elements decreased the analysis time and sample / reagent volumes. With the integration of a gold electrochemical cell in the substrate, a dual readout LOC (DLOC) was developed, which enabled simultaneous optical and electrochemical transduction and made the developed system self-verifying, thereby improving its reliability. The potential of this DLOC was shown by developing an analytical tool for measuring glucose. Glucose oxidase (GOx) and HRP were immobilized following the protocol developed in this Thesis and applied as the specific receptors for the detection of glucose based on an enzymatic cascade reaction also using ABTS redox mediator. As an additional study, the applicability of the developed functionalization protocol was tested on different polymers and the immobilization of biological components other than enzymes was also carried out.
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Estudio de la variación morfológica en una zona de polimorfismo Robertsoniano de ratón doméstico, Mus musculus domesticus (Schwarz y Schwarz, 1943)

Muñoz Muñoz, Francesc 23 April 2008 (has links)
Pendent
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Políticas de "Scheduling" Estático para Sistemas Multiprocesador

Hernández Budé, Porfidio 20 November 1991 (has links)
No description available.
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Estudis matemàtics de Pietro Mengoli (1625-1686): taules triangulars i quasi proporcions com a desenvolupament de l'àlgebra de Viète

Massa Esteve, M. Rosa 26 June 1998 (has links)
No description available.
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The use of spectroscopy and diffraction techniques in the study of bones and implications in Anthropology, Palaeontology and Forensic Sciences

Piga, Giampaolo 22 November 2012 (has links)
En el desenvolupament de la present tesi s’han tractat dos temes diferents encara que molt relacionats: l’anàlisi i diferenciació dels canvis microestructurals en els ossos a causa del tractament tèrmic i /o dels processos de diagènesi i fossilització. Durant l'estudi de diferents mostres d'esquelets humans, s'ha observat que alguns ossos mostren modificacions en el color, la textura i morfologia que es podrien interpretar com alteracions per exposició al calor. No obstant això, el color també pot ser degut a la interacció entre l’os i els diversos materials ambientals. Després d'enterrament, l'os pot estar alterat i pot canviar de color com a conseqüència de la composició del sòl, el pH del sediment, la temperatura o la humitat, i els canvis poden ocórrer tant en el teixit ossi com en la substitució iònica. Per tant, es necessiten tècniques que ens permetin distingir entre la diagènesi i el tractament tèrmic i, si és possible, que diferenciïn les diverses exposicions tèrmiques parcials. No obstant això, atès que els materials esquelètics humans que mostren aquest tipus de tractament són únics, aquestes tècniques han de ser el menys destructives possibles. Per fer front a aquest tipus d'anàlisi es van utilitzar diferents tècniques fisicoquímiques i espectroscòpiques (XRD, FT-IR) que han produït resultats importants, que es poden aplicar en diferents contexts forenses, arqueològics i paleontològics. En relació amb l'anàlisi d'ossos cremats, l'anàlisi dels diferents contexts amb ossos cremats ens permeten afirmar que les tècniques fisicoquímiques descrites aquí (XRD, FT-IR) es poden utilitzar per a determinar de manera molt precisa els canvis dels cristalls durant l'escalfament, proporcionant així un mitjà addicional de determinar els efectes del tractament tèrmic sobre la hidroxiapatita biogènica i detectar pràctiques de cremació en els registres forenses i arqueològiques. Així doncs la combinació de tècniques de XRD, FT-IR i SAXS constitueix una poderosa eina per avaluar si els ossos s'han sotmès al foc i, amb una fiabilitat bastant bona, a quina temperatura. L'aplicació d'aquestes tècniques al context arqueològic és útil per verificar si un os s'ha cremat o no, trobar explicacions a alguns ritus funeraris específics, obtenir un rang de temperatura raonablement precisa, determinar l’homogeneïtat de la temperatura en tot l'esquelet i la seva durada. Tot i el seu innegable poder en l’estudi dels canvis dels cristalls d’hidroxiapatita, no és possible distingir fàcilment els ossos animals i humans sobre la base dels patrons de difracció ja que s’han de tenir en compte un gran nombre de variables. Per tant, la possibilitat aquesta l’ús d’aquestes tècniques per distingir ossos d’animals i humans s’ha de tractar amb precaució En relació amb l'anàlisi d'ossos fòssils, es pot concloure que les investigacions conjuntes i les anàlisis amb FT-IR, XRD i XRF proporcionen informació dels canvis post mortem als que els ossos fòssils han estat sotmesos durant els temps geològics. Cal tenir en compte que la cristal·lització deguda al temps transcorregut es solapa amb altres factors que depenen de la formació geològica i que poden inhibir o potenciar el procés. La variabilitat extrema dels valors mitjans dels cristalls de francolita suggereix que la correlació entre els índexs de cristal·lització i l'edat òssia s'ha de considerar amb precaució òbvia. / En el desarrollo de la presente tesis se han tratado dos temas diferentes aunque muy relacionados: el análisis y diferenciación de los cambios microestructurales en los huesos debido al tratamiento térmico y / o los procesos de diagénesis y fosilización. Durante el estudio de diferentes muestras de esqueletos humanos, se ha observado que algunos huesos muestran modificaciones en el color, la textura y morfología que podrían ser interpretados como alteraciones por exposición al calor. Sin embargo, el color también puede ser debido a la interacción entre el hueso y los materiales ambientales. Después de enterramiento, el hueso puede estar alterado y puede cambiar de color como consecuencia de la composición del suelo, el pH del sedimento, la temperatura o la humedad, y los cambios pueden ocurrir tanto en el tejido óseo como en la sustitución iónica. Por lo tanto, se necesitan técnicas que nos permitan distinguir entre la diagénesis y el tratamiento térmico y, si es posible, que diferencien las diversas exposiciones térmicas parciales. Sin embargo, como los materiales esqueléticos humanos que muestran este tipo de tratamiento son únicos, estas técnicas deben ser lo menos destructivas posible. Para hacer frente a este tipo de análisis se utilizaron diferentes técnicas fisicoquímicas y espectroscópicas (XRD, FT-IR) que han producido resultados importantes, que se pueden aplicar en diferentes contextos forenses, arqueológicos y paleontológicos. En relación con el análisis de huesos quemados, se puede concluir que el análisis de los diferentes contextos con huesos quemados nos permiten afirmar que las técnicas fisicoquímicas descritas aquí (XRD, FT-IR) se pueden utilizar para determinar de manera muy precisa el cambio de cristales durante el calentamiento, proporcionando así un medio adicional de determinar los efectos del tratamiento térmico sobre hidroxiapatita biogénica y detectar prácticas de cremación en los registros forenses y arqueológicas. Así pues la combinación de técnicas de XRD, FT-IR y SAXS constituye una poderosa herramienta para evaluar si los huesos se han sometido al fuego y, con una fiabilidad bastante buena, a qué temperatura. La aplicación de estas técnicas al contexto arqueológico es útil para verificar si un hueso se ha quemado o no, encontrar explicaciones a algunos ritos funerarios específicos, obtener un rango de temperatura razonablemente precisa, determinar la homogeneidad de la temperatura en todo el esqueleto y su duración. A pesar de su innegable poder en el estudio de los cambios de los cristales de hidroxiapatita, no es posible distinguir fácilmente los huesos animales y humanos sobre la base de los patrones de difracción ya que se deben tener en cuenta un gran número de variables. Por lo tanto, la posibilidad esta el uso de estas técnicas para distinguir huesos de animales y humanos debe ser tratado con precaución. En relación con el análisis de huesos fósiles, se puede concluir que las investigaciones conjuntas y los análisis con FT-IR, XRD y XRF proporcionan información de los cambios post mortem a las que los huesos fósiles han sido sometidos durante los tiempos geológicos. Hay que tener en cuenta que la cristalización debida al tiempo transcurrido se solapa con otros factores que dependen de la formación geológica y que pueden inhibir o potenciar el proceso. La variabilidad extrema valores medios de los cristales de francolita sugiere que la correlación entre los índices de cristalización y la edad ósea debe considerarse con una precaución obvia. / In the development of the current thesis we have addressed two different although very related topics: analyzing and differentiating the microstructural changes in the bones due to the heat treatment and/or to diagenesis and fossilization processes. During the study of several human skeletal samples, we have observed that some bones show modifications in colour, texture and morphology that could be interpreted as alterations due to heat exposure. However, colours may also be due to bone interaction with environmental materials. After burial, bone may be altered and may change colour as a result of soil composition, sediment pH, temperature or moisture, and the changes may occur in the bone tissue as ionic substitution Thus, we need techniques that permit us to distinguish between diagenesis and thermal treatment and, if possible, that differentiate the various partial thermal exposures. However, as human skeletal materials showing this kind of treatment are unique, these techniques should be as non-destructive as possible. To address this type of analysis we used different physico-chemical and spectroscopic techniques (XRD, FT-IR) that have produced important results, which can be applied in various forensic, archaeological and paleontological contexts. In relation to the analysis of burned bones, we can conclude that the analysis of different contexts with burned bones permit us to affirm that the physico-chemical techniques described here (XRD, FT–IR) can be used as a more accurate determinant of crystallite change during heating, thus providing an additional means of determining the effects of heat treatment on biogenic hydroxylapatite or tracing burning practices in the forensic and archaeological records. Therefore, the combined used of XRD, FT–IR and SAXS techniques is a powerful tool to assess whether the bones have subjected to fire and, with fairly good reliability, to which temperature. The application of these techniques to archaeological context is useful to verify if a bone has been burned or not, find explanations to some specific funerary rites, get a reasonably precise temperature range across the entire body, temperature homogeneity throughout the skeleton and its duration. In spite of the powerful us of these techniques, it is not easily possible to distinguish animal and human bones on the basis of powder diffraction patterns. A large number of variables have to be taken into proper account. Therefore, any claims to be able to distinguish animal and human bones should be treated with caution In relation to the analysis of fossil bones, we can conclude that the combined investigations and analyses by FT–IR, XRD and XRF techniques supplied detailed and to a certain extent satisfactory accounts of the post-mortem integral changes to which the fossil bones have been subjected during geological times. The crystallization induced by just the time is overlapped by other factors depending on the geological formation that may inhibit or enhance the process. The extreme variability of francolite average crystallite size values suggests that correlation between crystallisation indices and bone age has to be regarded with obvious caution.
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La reconstrucció tafonòmica dels enterraments col·lectius

Armentano i Oller, Núria 30 September 2013 (has links)
El material objecte d’estudi d’aquesta tesi són les restes antropològiques de set conjunts funeraris d’enterrament col·lectiu de finals del III mil·lenni fins a la primera meitat del I mil·lenni cal BC del Mediterrani occidental: Can Filuà, Can Ballarà, Mas Vilalba, Cova de Montanissell, Cova des Pas, Balma Solans de Recots i La Cantorella. Tres d’ells corresponen a enterraments en cova o balma, mentre que els altres corresponen a estructures subterrànies, ja siguin en fossa simple –sovint definida com a sitja reutilitzada- o complexa (fossa-hipogeu). El registre antropològic correspon en total a un nombre mínim de 169 individus, 77 procedents de coves, i 92 procedents de fosses, que van viure i morir fa entre 4000 i 3000 anys. La tesi està formada per 13 articles que intenten entendre i explicar perquè les restes esquelètiques es troben de la manera que es troben en el moment de la seva exhumació. La posició que presenten les restes humanes in-situ, prèvies a l’aixecament, sovint no és la mateixa en que les van deixar els seus contemporanis. Tampoc l’aspecte extern que presenten els ossos no és igual. A part de saber qui eren, quants eren, o com eren aquests protagonistes, la Tesi s’ha volgut centrar en què els va passar des que algú els va enterrar, i de quina manera es pot fer aquesta aproximació. La reconstrucció de les pràctiques mortuòries i l’estudi dels enterraments col·lectius no és una tasca gens fàcil; sovint el registre antropològic resulta ambigu, no només per la complexitat que suposa la composició d’un dipòsit osteològic que correspon a diversos individus, sinó pel seguit de modificacions post-deposicionals, tant naturals com culturals, que hi han actuat al llarg dels segles. Des de l’eventual cerimònia fúnebre original que acompanyava la inhumació d’un cos fa més de 3000 anys, fins a la intervenció arqueològica actual hauran passat molts incidents. Aquesta Tesi pretén entendre aquests dipòsits amb desordre aparent. Per això s’aposta per un estudi integral de les restes, que inclou la interrelació de les dades i observacions de camp, amb les dades de laboratori. La investigació aporta també una metodologia clara i fàcil per a la reconstrucció tafonòmica d’un jaciment amb restes humanes. Això la converteix en un model d’aplicació molt útil i pràctic que permet la reconstrucció de dipòsits funeraris de qualsevol àmbit i cronologia. / The material studied in this thesis corresponds to the anthropological record of seven collective burial from the late third millennium to the first half of the first millennium cal BC, from the western Mediterranean: Can Filuà, Can Ballarà , Mas Vilalba, Cova de Montanissell , Cova des Pas, Balma de Solans de Recots, and La Cantorella. Three of them correspond to burial in cave, while others correspond to underground structures, both in simple pits -often defined as a reused silo– or complex ones. The anthropological record corresponds to a minimum of 169 individuals, 77 of them recovered from caves and 92 of them recovered from pits, who lived and died between 4000 and 3000 years ago. The thesis consists of 13 articles that attempt to understand and explain why the skeletal remains are in the way they are during their exhumation. The position that human remains present in situ, before the uprising, is often not the same as the position in which their contemporaries left the bodies. The external appearance that bones offer is not equal, either. Aside from knowing who they were, how many they were, or how these people were, the thesis focuses on what processes happened since someone buried these people, and how this approach can be done. The reconstruction of the mortuary practices and the study of collective burials is not an easy task, since often anthropological record is ambiguous, not only because of the complexity of the osteological composition of a deposit that relates to various individuals, but because of the sequence of post-depositional changes, both natural and cultural, played here over the centuries. Starting from the original funerary ceremony accompanying the burial of a body over 3000 years ago, until the current archaeological excavations many incidents may have happened. This thesis aims to understand these deposits with apparent disorder. So, a comprehensive study of the remains is approached, including the interrelationship of data and field observations with laboratory data. The investigation also provides a clear and easy methodology for the taphonomic reconstruction of a site with human remains. Therefore, it becomes a useful and practical model that allows the reconstruction of funerary deposits of any field and timeline.
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Identification and partial characterization of acid phosphatases from Haemophilus parasuis

Manrique Ramírez, Paula Constanza 18 November 2013 (has links)
Haemophilus parasuis es una bacteria Gram negativa común en el tracto respiratorio superior de cerdos sanos y es el agente etiológico de la enfermedad de Glässer, que se caracteriza por poliserositis fibrinosa y poliartritis. En los últimos años, la prevalencia de las infecciones respiratorias, incluyendo la producida por H. parasuis, ha aumentado debido a prácticas de manejo de los animales, como el destete precoz, y a la aparición de virus inmunosupresores. Poco se sabe acerca de la patogénesis y los factores de virulencia de H. parasuis y esto complica el control de la enfermedad. Las fosfatasas ácidas son ubicuas en organismos eucariotas y procariotas y han recibido mucha atención con la finalidad de entender sus estructuras, funciones y mecanismos catalíticos. En bacterias Gram negativas estos enzimas tienen un papel esencial en numerosos procesos, incluyendo la patogénesis bacteriana. Resultados previos de nuestro grupo demostraron la presencia de fosfatasa ácida secretada en sobrenadantes de ciertas cepas de H. parasuis. De especial interés fue la observación de que la secreción de la fosfatasa se perdía tras pases de la bacteria en el laboratorio, indicando un papel de este enzima en la infección. Por lo tanto el objetivo principal de esta tesis fue identificar y caracterizar los genes responsables de esta actividad fosfatasa. El análisis de una genoteca de la cepa virulenta H. parasuis ER-6P permitió la identificación de 2 clones con actividad fosfatasa. Estos clones contenían los genes aphA y pgpB, respectivamente. El clonaje y análisis posterior de estos genes confirmó que codificaban dos fosfatasas. Específicamente, AphA muestra características típicas de fosfatasas ácidas bacterianas de clase B, incluyendo el dominio catalítico típico (motivo F-D-I-D-D-TV-L-F-S-S-P, localizado en el N-terminal y el motivo Y-G-D-[AS]-D-X-D-[IV] localizado cerca del C-terminal), un peso molecular teo rico de 24,33 KDa e inhibicio n por EDTA. Las fosfatasas ácidas bacterianas de clase B son un grupo de enzimas que forman homotetra meros y esta n presentes en una minorí a de bacterias, que incluye pato genos importantes. Por otro lado, PgpB es una fosfatasa de fosfatidilglicerofosfato, con seis dominios transmembrana, que pueden explicar su localización celular en la bacteria. Ambas proteínas, AphA y PgpB, mostraron un pH óptimo distinto que la actividad fosfatasa secretada por H. parasuis al sobrenadante. En un intento de purificar la fosfatasa secretada, sobrenadantes de H. parasuis fueron fraccionado por cromatografía de flujo por tamaño y las fracciones con actividad fosfatasa fueron analizadas por SDS-PAGE y MALDI-TOF-TOF. La proteína hipotética HPS_05483 se identificó en las fracciones con actividad fosfatasa, pero su expresión nativa recombinante no fue posible. Sin embargo, sí pudo ser purificada con una cola de His y se detectaron anticuerpos frente a ella en cerdos infectados, indicando que ésta proteína se expresa durante la infección. Se produjeron anticuerpos monoclonales (Acm) frente a un sobrenadante de H. parasuis con actividad fosfatasa y una selección inicial detectó Acm frente a Apha. Sin embargo, se debe realizar una selección más exhaustiva de los hibridomas para identificar Acm específicos frente a la fosfatasa del sobrenadante de H. parasuis. Finalmente, se estudió el efecto de sobrenadantes con actividad fosfatasa sobre los macrófagos. La expresión de marcadores de superficie de macrófagos alveolares CD163, SLAI, SLAII, sialoadhesina y SWC3 no se vio afectada por incubación con sobrenadantes de H. parasuis o sobrenadante de un clon que secretaba AphA. En conclusión, hemos identificado y caracterizado parcialmente dos fosfatasas de H. parasuis, AphA y PgpB. Sin embargo, más estudios son necesarios para determinar si la proteína hipotética HPS_05483 es realmente una fosfatasa. El papel de estos enzimas en la biología de H. parasuis debería ser estudiado en más profundidad. / The Gram-negative bacterium Haemophilus parasuis is common in the upper respiratory tract of healthy swine and is the etiological agent of Glässer´s disease, which is characterized by fibrinous polyserositis and polyarthritis. In the last few years the prevalence of respiratory infections, including those by H. parasuis, has increased due to management practices, as early weaning, and the emergence of immunosuppressive viruses. Little is known about the pathogenesis and virulence factors of H. parasuis and this complicates the control of the disease. Acid phosphatases are ubiquitous in eukaryotic and prokaryotic organisms and much attention has been given to these enzymes in order to understand their structures, functions, and catalytic mechanisms. In many Gram-negative bacteria these enzymes have been determined to play a critical role in numerous processes, including pathogenesis. Previous results by our group showed the presence of a secreted acid phosphatase in the culture supernatant of some strains of H. parasuis. Interestingly, the secretion of the phosphatase activity was lost after passages of the bacteria in the laboratory, indicating a role of this enzyme in the infection. Therefore the main objective of this thesis was to identify and characterize the genes responsible for this secreted phosphatase activity. Screening of a genomic library from the virulent strain ER-6P of H. parasuis identified 2 clones with phosphatase activity. These clones contained genes aphA and pgpB, respectively. The subsequent cloning and analysis of the genes demonstrated that their products were in fact phosphatases. Specifically, AphA presented characteristics of bacterial class B acid phosphatases, including the typical catalytic domain (motif F-D-I-D-D-TV-L-F-S-S-P, located in the N-terminal moiety, and Y-G-D-[AS]-D-X-D-[IV] located near the C-terminus), a predicted molecular weight of 24.33 KDa and inhibition by EDTA. Bacterial class B acid phosphatases are a group of homotetrameric enzymes, which are present in a minority of bacteria, most of which are important pathogens. PgpB is a phosphatidylglycerophosphate phosphatase, with six transmembrane domains in the predicted protein, which would explain its location in the bacterial cell. Both proteins, AphA and PgpB, showed a different optimal pH than the activity secreted by H. parasuis into the supernatant. In an attempt to purify the phosphatase from the H. parasuis supernatant, a size exclusion chromatography was performed and fractions with phosphatase activity were analyzed by SDS-PAGE and MALDI-TOF-TOF. A hypothetical protein HPS_05483 was identified in the fractions with phosphatase activity, but cloning and native expression of the gene was not achieved. However, the protein HPS_05483 was purified as a His-tagged protein and antibodies in infected pigs were detected against it, indicating that this protein is expressed during infection. Monoclonal antibodies (mAb) were produced against a phosphatase-positive supernatant from H. parasuis and an initial screening of the mAb identified several hybridomas with reaction against AphA. Further screenings are needed to identify mAb against the secreted phosphatase found in the supernatant of H. parasuis. Finally, the effect of the phosphatase-positive supernatant on porcine alveolar macrophages was studied. The level of macrophage surface markers CD163, SLAI, SLAII, sialoadhesin and SWC3 was not affected by incubation with supernatants from H. parasuis or supernatant from a clone secreting AphA. In conclusion, we have identified and partially characterize 2 phosphatases of H. parasuis, AphA and PgpB. More studies are needed to determine if the hypothetical protein HPS_05483 is in fact a phosphatase. The role of these enzymatic activities in the biology of H. parasuis needs to be further studied.

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